一种求解MSA问题的自适应遗传算法

摘要

多序列比对(MSA)在生物信息学研究中占有重要地位,MSA问题是一个典型的NP问题,遗传算法是求解NP完全问题的一种有效方法.文章针对MSA问题,提出了一种新型自适应遗传算法,根据群体的多样性自适应调节变异概率,有效消除了算法中的欺骗性条件,使用突变算子来确保算法的搜索能力.整个算法模拟了自然界进化的周期性,较好的解决了群体的多样性和收敛深度的矛盾.算法的分析和测试表明,该算法是有效的.