基于新测序技术的比对与组装算法

牛北方; 张西广; 刘涛; 郎显宇; 陆忠华; 迟学斌

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基于新测序技术的比对与组装算法

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针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取从头(De novo)组装的方法进行组装.测试结果表明SRMA算法具有较高的性能和敏感度,以及良好的应用前景.

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来源
《计算机工程》 |2009年第20期|4-6|共3页
作者
牛北方; 张西广; 刘涛; 郎显宇; 陆忠华; 迟学斌;
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作者单位

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心;

北京;

100190;

中国科学院研究生院;

北京;

100039;

中国科学院研究生院;

北京;

100039;

中原工学院计算机学院;

郑州;

450007;

中国科学院北京基因组研究所;

北京;

100029;

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心;

北京;

100190;

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心;

北京;

100190;

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心;

北京;

100190;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类算法理论;
关键词
序列比对; 组装; 新测序技术;

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