一种基于低频种子的三代测序序列比对方法

摘要

随着测序技术的发展,三代测序已广泛应用于基因研究中.但是,由于三代测序序列具有平均长度长、错误率高的特性,如何快速、准确地将测序片段比对到参考基因组上成为严峻挑战.现有方法使用种子(从测序片段中挑选的短序列)来加速比对过程,但在挑选时未考虑频率特性,导致定位候选区域阶段时间消耗较大.因此,提出了一种基于低频种子的三代测序序列比对方法,该方法采用种子投票策略,使用低频种子进行投票,减少投票计数的时间消耗,并根据位置及票数关系对候选区域进行再过滤,进一步提高比对速度.实验结果表明,在确保敏感性和准确率的同时,本文方法比现有方法快3倍左右.