一种优化的三序列比对算法及并行实现

摘要

序列比对算法在许多不同的领域得到应用.当前,一个重要的应用就是比对大分子,例如DNA和蛋白质序列比对.许多情况,有必要比对三序列.David R.powell就提出过一种使用线性空位罚分的优化的三序列比对算法.这个算法最早是由Ukkonen提出的,该算法基于简单打分的两序列比对.该文通过引入"检查点法"对其进行改进,并充分利用近期蓬勃发展的高性能计算技术,对算法并行化,且在cluster机上实现.