生物芯片高通量检测卵巢癌转录组差异表达基因的生物标记识别

摘要

目的 探究卵巢癌中基因的表达情况并识别重要的代谢通路.方法 从ArrayExpress数据库下载卵巢癌芯片数据,使用rank product方法 识别差异表达基因;利用STRING900、STRING、Bossi&Lehner和PSICQUIC四个数据库对这些差异基因进行KEGG通路富集分析,并运用R语言运算取这些通路的交集,以找出在卵巢癌发生中重要的代谢通路;最后构建各通路中重叠基因的网络节点图,以识别通路中的重要基因.结果 在卵巢癌中共检测到1,732个差异表达基因和176条代谢通路.其中,p53信号通路、酪氨酸代谢、鞘脂类代谢是卵巢癌中最重要的代谢通路.这些通路中基因的表达均发生了显著变化.结论 所识别的重要代谢通路和这些通路中基因表达的变化可作为卵巢癌诊断的潜在生物标记.