运用无标记定量蛋白质组学技术分析AURKB介导骨肉瘤恶性表型的分子机制

摘要

目的 通过无标记定量蛋白质组学技术检测沉默Aurora-B(AURKB)的骨肉瘤(OS)细胞蛋白表达水平的变化,找出关键的差异蛋白,并对AURKB促进OS恶性表型的潜在分子机制进行分析预测.方法 根据编码AURKB基因的人mRNA序列(NM004217),在线设计针对AURKB mRNA的shRNA(invitrogen.com/rnai),构建重组慢病毒载体,获得Lv-shAURKB和阴性对照慢病毒(Lv-negative).分别转柒143B OS细胞,筛选稳定细胞株.运用无标记定量蛋白组学技术分析差异表达的蛋白,使用pheatmap软件包构建聚类分析热图,使用ggplot2软件构建火山图,运用Blast2GO v.4和KOBAS分别进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,并使用STRING分析构建PPI网络.结果 筛选的差异蛋白有105个.GO功能分析结果显示:差异蛋白主要参与单生物体细胞器组织和细胞骨架组织的生物学过程(BP);发挥RNA结合和肌动蛋白依赖性ATP酶活性的分子功能;主要定位于细胞质和膜界限的细胞器.KEGG通路富集分析显示:差异蛋白富集的主要信号通路为肌动蛋白细胞骨架的调节.PPI网络图中枢纽蛋白包括ACTN4、TPR和ACLY.结论 Rho/ROCH-ACTN4信号通路、TRP/ERK/NF-κβ信号通路和PI3K/Akv(SREBP-1)-ACLY/FASN信号通路可能在AURKB介导的OS恶性表型中发挥重要作用.