基于lncRNA-mRNA共表达网络的HBV相关肝癌生物靶点筛选及综合分析

摘要

目的 对公共基因表达数据库(GEO)中的HBV相关肝癌数据进行生物信息学分析,探讨长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA在HBV相关肝癌中的作用.方法 从GEO数据库下载HBV相关肝癌数据集,利用相应R包对数据集的差异表达基因进行计算与比较,获取差异基因并构建lncRNA-mRNA共表达网络、蛋白质相互作用(PPI)网络和模块分析;继而对共表达网络中的mRNA进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)路径分析;并分析与关键lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 通过基因分析获得HBV相关肝癌高度相关的差异lncRNA 30个,mRNA 676个.共表达的mRNA主要参与的GO通路有细胞黏附、细胞运动的负调控、生物黏附、酶联受体蛋白信号通路、细胞趋化性;KEGG通路主要有类固醇激素生物合成、视黄醇代谢、PI3K-Akt信号通路、ECM-受体相互作用、化学致癌作用、黏着斑、Rapl信号通路等.与关键lncRNA(DNM30S、HAND2-AS1、HELLPAR、AC126118.1、FAM230E、LINC01139、LINC01943、AL022344.1 和PCAT7)高度相关的mRNA(GGT5、CEP55、DPT、TEK、TR1P13、STAB2、ESM1 和MS4A1)与患者生存曲线有显著相关性(P＜0.01).结论 In-cRNA(DNM30S、HAND2-AS1、HELLPAR、AC126118.1、FAM230E、LINC01139、LINC01943、AL022344.1 和 PCAT7)对HBV相关肝癌的发生发展及预后具有重要作用,为HBV相关HCC发生发展的机制研究、预后指标、药物治疗靶点的选择等提供参考.