Mitf-m敲除小鼠的基因差异表达分析

摘要

目的 使用RNA-Seq技术分析Mitf-m敲除鼠与野生鼠的血管纹转录组,研究Mitf-m基因敲除后的差异表达基因及相关改变的分子机制.方法 分别取Mitf-m敲除鼠(Mitfm’△M/mi-△M;MM组)与野生鼠(Mitf-m+/+;WW组)的血管纹进行总RNA提取;制备cDNA文库,用Illumina HiSeq 2000测序系统行高通量测序.利用软件Tophat 2.2.0将clean reads比对到参考基因组;分别用软件RSeQS-2.3.2和cufflinks来检测测序结果的均一性和基因表达水平.使用edgeR和DESeq程序筛选差异表达基因(differential expressed genes,DEGs);选择下调DEGs,用KOBAS2.0进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢途径的富集分析.结果 MM组与WW组在参考基因组上mapping的clean reads数分别为42463888和3971 8542,分别有88.7％和87.4％的reads是唯一映射,说明RNA-Seq结果可靠.DEGs筛查结果表明,相对于WW组,Mitf-m敲除鼠血管纹有45个DEGs,上调表达基因有7个,下调表达基因有38个.GO富集分析发现下调表达基因与黑色素的合成和代谢过程、色素沉着有关,值得关注的是与内向整流钾离子通道Kcnj 10和Kcnj13相关.KEGG富集分析显示下调表达基因主要富集于黑色素生成通路.结论 RNA-Seq分析拓展了Mitf-m基因调控网,为探究Mitf-m突变所致听力-色素综合征的分子机制及特异性研究Mitf不同转录子的功能奠定了基础.