2株鸡细小病毒全基因组序列测定与分析

摘要

为了解近年来鸡细小病毒(ChPV)流行毒株的全基因组基因特征和分子进化规律,本研究对2018年从山东潍坊和河南濮阳肠炎综合征病例中检测到的2株ChPV-SDWF和ChPV-HNPY进行了基因组克隆和序列测定.应用MEGA 5.02、SimPlot 3.5.1、Phyre 2等生物信息学软件对基因结构、遗传变异、重组情况及VP2蛋白3D结构进行了分析.结果显示,2株分离株基因组序列长度均为4 615 bp,核苷酸同源性为96.9％;ChPV-SDWF株和ChPV-HNPY株与不同参考株的核苷酸同源性分别为80.6％～95.7％、80.1％～95.4％.2株分离株与美国火鸡细小病毒参考株TuPV-260株和匈牙利ChPV参考株ChPV-ABU-Pl亲缘关系较近,属于同一个分支.分离株没有出现重组现象,核苷酸同源性由高到低依次为NS1基因、VP1基因、VP2基因.VP2蛋白3D结构含有8条反向平行的β折叠围成的桶,表面存在4个Loop,其中Loop3和Loop4变异最大.本研究可进一步了解我国ChPV的基因特征和遗传变异情况,为ChPV的监测及防控提供理论依据.