2014-2016年我国江苏地区猪流行性腹泻病毒S基因的序列分析

摘要

2010年以来,猪流行性腹泻给我国养猪业造成了严重的经济损失.为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本研究对2014-2016年江苏地区20株PEDV野毒株的S基因进行克隆和测序,并对其遗传进化、序列变化、抗原表位等情况进行分析.遗传进化树显示,所测的PEDV毒株可分为G1、G2两大分支,12株流行野毒株位于G2b分支上,8株属于Gl群S-Indel型,而与疫苗毒株亲缘关系较远.序列对比发现,氨基酸变化主要集中于S1区N端,所测毒株JSCZ1601出现了特异性的缺失.20株毒株的核苷酸(氨基酸)同源性为95.1％～99.8％ (94.6％ ～99.9％),与我国流行毒株AH2012、疫苗毒株Attenuated DR13、欧美毒株CV777的同源性为95.5％ ～ 99.3％ (94.6％ ～ 99.0％)、93.5％ ～ 96.0％ (92.5％～96.3％)、93.6％ ～ 95.8％ (93.0％ ～ 96.5％).表位分析表明,主要变异位于COE、SS2区域,两个线性表位(SS6和against 2C10)相对保守;跨膜螺旋区域的预测得知毒株之间存在部分差异.这些结果表明,江苏省流行的PEDV毒株发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发.