BHV-1感染MDBK细胞lncRNA表达谱系及lncRNA与mRNA的关联性分析

摘要

为探究牛疱疹病毒1型(BHV-1)感染MDBK细胞的长链非编码RNA (lncRNA)表达谱系变化及lncRNA与mRNA的关联性,本研究将BHV-1感染MDBK细胞,以未感染BHV-1的MDBK细胞作为对照,于感染后采用Illumina HiSeqTM 4000测序,测序数据基于stringtie进行转录本重构,得到7935个lncRNA转录本,再用CPC和CNCI两个软件进行新转录本编码能力的预测,获得681个新产生的lncRNA转录本.利用DESeq2软件对差异表达的lncRNA进行分析,结果显示,实验组共获得839个差异表达的lncRNA转录本,其中表达上调转录本508个,表达下调转录本331个.利用RNA plex软件对反义lncRNA与mRNA进行关联性分析,得到lncRNA-mRNA相互作用的靶基因对1227个,其中差异表达的lncRNA-mRNA相互作用靶基因对42个;顺式作用lncRNA与mRNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对3793个,差异表达的lncRNA-mRNA靶基因对149个;反式作用lncRNA与mRNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对268409个.通过基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析进一步对与lncRNA关联mRNA的功能和途径进行分析,结果显示,关联的mRNA在细胞进程、单组织代谢过程、代谢过程及生物学调节等过程显著富集.随机选取10个差异表达的lncRNA,利用qRT-PCR方法进行验证,结果显示,其表达变化趋势与高通量测序数据趋势一致.本研究为进一步研究lncRNA在病毒感染中的作用奠定了基础,同时为进一步阐述BHV-1的发病机制、致病机理提供参考.