西南地区PRRSV分子流行病学调查及其类NADC30株基因组特征分析

摘要

为了解我国西南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的遗传变异和分子流行病学情况。本研究采集2018年我国四川、重庆、贵州和云南4省共计41个猪场292份疑似PRRS患病保育猪病料样本(肺脏样本48份和血清样本244份),对其进行PRRSV ORF7基因的检测和流行株全基因组特征分析。结果显示PRRSV的检出率为44.18%(95%confidence interval(CI)=38.4%~50.1%,129/292)。通过RT-PCR检测129份阳性样本的NSP2基因,结果有64份样品检出该基因。经测序分析表明类NADC30病毒株、高致病性病毒株(HP-PRRSV)和经典株的检出率分别为70.3%(95%CI=57.6%~81.1%,45/64)、12.5%(95%CI=5.6%~23.2%,8/64)和17.2%(95%CI=8.9%~28.7%,11/64)。通过对7株病毒基因组同源性分析结果表明其均与类NADC30病毒株SD53-1603同源性最高,为95.6%~96.4%,与欧洲型病毒株LV同源性最低,为58.7%~59.5%;通过对7株PRRSV基因组进行遗传演化分析结果显示其均与类NADC30病毒株聚为一大支;重组分析结果显示其均未与任何病毒株发生基因重组。序列分析显示7株病毒株均在GP5蛋白发生了一个氨基酸(S/N33)的缺失,并且存在该缺失模式的病毒已经在我国其它地区存在和流行。本研究表明近年来我国西南地区类NADC30病毒株的感染率呈逐年上升趋势,并且已经成为西南地区PRRSV的优势流行株。提示规模化养殖场应更加注重生物安全,完善引种程序,避免引入新的类NADC30病毒株。