利用已知植物R基因对大豆基因组抗病候选基因的预测

摘要

用已知的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank中对大豆(Glycine max L.)ESTs进行tblastn检索,得到的ESTs具备Score≥100和E-value≤10-10作为侯选的抗病基因同源ESTs (R-gene-like ESTs),利用Phrap软件进行聚类拼接,聚类后的unigene在GenBank数据库中通过Blastx来证实其可能的抗病功能.通过该方法,得到403条与抗病基因同源的ESTs,其中有33个推导编码产物含有NBS-LRR 或TIR-NBS-LRR结构域;102条推导的编码产物含有LRR或PK/LRR结构域;254条推导的编码产物含有PK结构域;其它结构域有14条.证明了应用全长序列进行数据库检索的方法是一种快速高效的基因预测方法,得到的RGA数量多类型丰富,为R基因的克隆提供了一种新思路.