基于通路活性的抗癌药物敏感性预测

摘要

通路数据库是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库,通路作为基因功能集合能够提高预测模型的预测能力和解释能力.本研究通过整合KEGG通路数据和CCLE基因表达谱推断通路活性并结合药物数据建立药物敏感性预测模型.在推断通路活性时,并没有把通路简单地作为基因集合,而是选择通路中的高连接度基因,取高连接度基因的平均表达水平作为通路活性值,合并每个通路的活性向量得到通路活性矩阵,然后输入到弹性网进行药物敏感性预测.实验结果表明,对于大多数药物,使用基于通路中高连接度基因的计算分析方法更有利于药物敏感性预测,同时能识别出更多与药物相关基因的通路.