ATP7B基因同义变异通过影响外显子剪接增强子导致mRNA剪接异常

摘要

目的 探讨ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响.方法 从ExAc数据库中筛选出入群等位基因频率＜0.005的248种罕见同义变异,用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响,进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响.筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异,用体外迷你基因剪接报告系统进行验证.结果 HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)的基序;ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合.体外迷你基因实验证实其中c.1620C＞T(p.L540L)和c.3888C＞T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常,分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25％.结论 同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接,其中以破坏ESEs基序最为常见.本研究结果证实c.1620C＞ T(p.L540L)和c.3888C＞T(p.A1296A)变异会对ATP7B基因的mRNA剪接产生影响,使相应的外显子发生跳跃,从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据.