RNA⁃Seq技术筛选APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠差异表达基因及功能分析

摘要

目的 分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制.方法 本研究随机选取9月龄雌性APP swe/PS1ΔE9(PAP)的模型小鼠和野生型C57BL/6 J小鼠各5只,提取前额叶皮层组织RNA,用Illumina HiSeq 3000测序.采用edgeR软件进行表达差异显著性分析.分析AD组和对照组基因表达变化,并采用qRT?PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证.然后对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析.结果 在AD组与对照组之间发现224个差异表达基因(P1.0),其中205个基因上调,19个基因下调.6个关键基因qRT?PCR验证结果与RNA?Seq趋势一致.GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因与免疫反应、炎症反应、趋化因子活动以及IgG结合等有关;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与吞噬、溶酶体、Toll样受体信号通路、细胞因子受体相互作用、NF?κB信号通路等重要生物学通路.结论 得到AD相关差异表达基因,为利用模型小鼠进行AD相关机制和治疗研究提供了实验依据.