SAGE方法分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达

摘要

目的：采用基因表达系列分析（ｓｅｒｉａｌ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ＳＡＧＥ）方法，分析永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞及α粒子诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞的基因表达。方法：细胞培养，收获永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞及α粒子诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞；提取细胞总ＲＮＡ，分离ｍＲＮＡ，合成生物素标记的双链ｃＤＮＡ；采用ＳＡＧＥ方法获取标签序列，结合ＵｎｉＧｅｎｅ文库分析标签代表的转录本，最终通过ＳＡＧＥ软件分析标签丰度，比较两组细胞基因表达差异。选取ＳＡＧＥ实验得到的在两组细胞中表达的已知基因Ｓｍａｄ７和 ＣＣＲ１１，以 ＲＴ－ＰＣＲ方法制备探针，用两组细胞等量总ＲＮＡ为样本，做 Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ杂交。结果：建立了２个独立的 ＳＡＧＥ文库。一个是１．５ Ｇｙα粒子照射诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞的ＳＡＧＥ文库，一个是永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞ＳＡＧＥ文库。从２个文库中分别挑取克隆５３个、５０个，进行测序，测序一共得到总标签２３３１个，代表单一转录本 ２５２个，有 ７０％的 ＳＡＧＥ标签可找到与之一一对应的基因，有８４个核糖体蛋白基因，约占３３％；有１２个转录本（４．８％）找不到与之理想匹配的已知基因；