基于群体分化指数FST的绵羊全基因组选择信号检测

摘要

本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina Ovine SNP50芯片分型数据,借助群体分化指数FST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因.结果,共找到343个“离群”位点,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因.其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2PB3、IGF1R、BMP2、BMPR 1B、CAPN3等,本研究结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果.通过GO分析发现,这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目.通过群体分化指数FST能有效地检测到具有选择信号的基因,其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因,研究结果能为绵羊的育种提供参考.