湖羊与卡拉库尔羊瘤胃菌群结构差异性比较分析

摘要

本试验旨在利用高通量测序方法研究饲喂相同饲粮条件下湖羊与卡拉库尔羊瘤胃菌群结构的差异性。选取体重[(35±2)kg]相近的健康卡拉库尔羊和湖羊各6只,饲喂相同饲粮,预试期为30 d,正试期3 d,于正试期的第1~3天通过口腔采集瘤胃液,应用PacBio测序技术对细菌16S rRNA基因进行高通量测序。结果显示:1)卡拉库尔羊瘤胃菌群多样性和丰富度极显著高于湖羊(P<0.01)。2)湖羊与卡拉库尔羊的优势菌门均为厚壁菌门和拟杆菌门。湖羊厚壁菌门的相对丰度显著高于卡拉库尔羊(P<0.05),拟杆菌门的相对丰度极显著低于卡拉库尔羊(P<0.01)。湖羊的优势菌属为奎恩氏菌属、丁酸弧菌属和克里斯滕森菌科_R-7_群,卡拉库尔羊的优势菌属为普雷沃氏菌属_1、克里斯滕森菌科_R-7_群和奎恩氏菌属。湖羊奎恩氏菌属的相对丰度极显著高于卡拉库尔羊(P<0.01),丁酸弧菌属的相对丰度显著高于卡拉库尔羊(P<0.05);而卡拉库尔羊克里斯滕森菌科_R-7_群和普雷沃氏菌属_1的相对丰度极显著高于湖羊(P<0.01)。3)湖羊在传染病(细菌)、免疫疾病、能量代谢以及折叠、分类和降解等生物代谢通路的富集高于卡拉库尔羊;而卡拉库尔羊在核苷酸代谢、复制和修复、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、膜运输等生物代谢通路的富集高于湖羊。由此可见,湖羊卡与拉库尔羊的瘤胃菌群结构具有相似性,但在一些特异性菌属的相对丰度及生物代谢通路的富集上存在一定差异,这可能是卡拉库尔羊较湖羊对高粗饲料饲粮有更好适应性的原因之一。