猪轮状病毒GZAS2020株与NX株VP7蛋白的结构预测和抗原表位分析

摘要

为了解猪轮状病毒(PoRV)VP7蛋白的生物信息学信息,运用Expasy-ProParam、YinOYang-1.2、TMHMM-2.0、ABCpred和IEDB等软件,预测分析PoRV临床分离株GZAS2020和疫苗株NX VP7蛋白的基本理化性质、结构功能和B细胞抗原表位差异。结果显示:两种VP7蛋白均属于稳定蛋白、亲水性蛋白、跨膜蛋白和非分泌性蛋白;分离株与疫苗株的O糖基化位点数分别为55和62,N糖基化位点数均为1,磷酸化位点数分别为29和30;亚细胞定位均位于质膜,均以α-螺旋和无规则卷曲为主要结构,延伸和β-转角贯穿其中;GZAS2020株的B细胞抗原表位位于67~72 aa(PYANSTT)、97~100 aa(KWTE)、176~179 aa(QQTD)、276~283 aa(TTAPQTER),NX株位于96~99 aa(TKWK)、176~182 aa(QQTDEAN)、274~279 aa(DPTTTP)、310~317 aa(MSKRSRSL),两者在97~100、176~179、276~279 aa处存在相同的B细胞抗原表位,但GZAS2020株在无规则卷曲位置(67~72 aa)存在独特的B细胞抗原表位。以上结果说明,疫苗株NX与贵州省流行株GZAS2020在主要抗原蛋白上存在差异。