基于离散小波变换的蛋白质结构、功能与进化关系延时交叉相关分析

摘要

基于氨基酸的疏水特性,将离散小波变换与延时交叉相关分析相结合,提出了一种分析蛋白质结构、功能和进化关系的新方法--序列小波层次相关法.以丝氨酸蛋白酶超家族中Trypsin种属为研究对象,描述了该方法在揭示不同物种的Trypsin蛋白质进化关系中的应用;以蛋白质酪氨酸磷酸酶、血红蛋白和溶菌酶为例,采用该方法揭示了蛋白质之间功能与序列的内在关系.该方法为非参数方法,具有简单、直观、可视和可操作性强等特点,且不需要事先知道蛋白质的结构,仅从蛋白质的氨基酸序列出发即可比较和揭示蛋白质之间的关系.