应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算

摘要

应用原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),对重组人纤溶酶原ringle 1结构域(1Pg)与配体ε-Aminocaproic aci(EACA),trans-4-(Aminomethyl) cyclohexane-1-carboxylic aci (AMCHA),L-Lysine(Lys),7-Aminoheptanoic aci(7-AHA)和Benzylamine进行了半柔性对接计算. EEMσπ/MM模型优化得到的复合物1Pg/EACA和1Pg/AMCHA的结构很接近实验晶体结构. 此外通过对5种配体与1Pg结合能的计算,得出5种配体与1Pg结合能的大小顺序为AMCHA>EACA>7-AHA>Lys>Benzy-lamine,与实验中测得5种配体与1pg的平衡结合常数a值大小顺序相一致.