花生四烯酸代谢基因对小鼠肝细胞癌中环氧化酶P 450途径的影响

摘要

目的 探讨在小鼠肝细胞癌(HCC)微环境中花生四烯酸(AA)代谢相关内质网膜基因在HCC发生中的可能作用.方法 以AA代谢相关基因为背景,以小鼠HCC瘤体组织和癌旁组织为材料,以RNA-seq和生物信息学分析参与AA代谢的差异表达内质网膜基因(ADEGs)的功能,并用RT-qPCR验证ADEGs的表达情况.结果 HCC中共有35个ADEGs(基因表达以每百万测序碱基中每千个转录子测序碱基中所包含的测序片断数(FPKM)≥2或≤0.5且错误发现率(FDR)≤0.05);它们参与了2个生物学程序(BPs)、5个细胞组分(CCs)、9个分子功能(MFs)、1个蛋白位点序列特征(US)和6个信号通路(KPs).这些基因的功能主要集中在内质网膜上铁离子结合(IIB)对环氧化酶P450途径(EPP)的影响上.进一步分析发现,IIB中的ADEGs在HCC微环境中发生了广泛的单核苷酸位点变异(SNV)和插入、缺失(INDEL)现象,且其发生频率与基因表达正相关(r=0.83).结论 HCC微环境中的ADEGs可能通过内质网中的IIB引起EPP异常,从而在HCC发生、发展中发挥重要作用,而SNV和INDEL则可能是其中重要的基因表达调控方式.