目标序列二级结构对RNA干扰效果的影响

摘要

目的探讨RNA二级结构对RNA干扰效果的影响,为RNA干扰靶序列的选择及设计有效siRNA提供依据.方法以K562细胞为模型,N-RAS基因mRNA为模板,分别针对二级结构茎区及二级结构环区设计4对siRNA,并分别采用RT-PCR、细胞活力检测及流式细胞检测等方法在RNA及细胞水平检测干扰效果差异.结果干扰结果表明,针对目标序列的siRNA均能对同源基因的表达产生一定程度的抑制,而针对二级结构环区目标序列的siRNA干扰效果明显优于针对二级结构茎区的siRNA.结论RNA干扰效果与目标序列二级结构密切相关,在进行RNA干扰实验的目标序列选择时,应考虑二级结构的因素.