用并行计算从基因表达数据构建大规模基因调控网络

摘要

为解决大规模基因调控网络构建算法精度不高、计算时间过长的问题,提出一种从基因表达数据分析出发,并行计算和阈值限定相结合的新算法来构建大规模基因调控网络.该算法中基因间交互强度值采用条件互信息值度量,并行计算采用GPU与CPU相结合的CUDA与OpenMP架构.综合数据集的运行结果证明该算法较新的构建算法(如贝叶斯模型算法和微分方程模型算法)相比,在构建大规模基因调控网络时有更高的运算精度和更短的运行时间.