基于16S rRNA和RubisCO基因对嗜酸硫杆菌的系统发育及多样性

摘要

[目的]明确不同地理来源的Acidithiobacillus spp.种群是否表现出显著的地域性和异域物种形成;为了解微生物谱系地理、多样性维持机制和微生物分子地理学提供基础数据.[方法]采用16SrRNA基因、核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(RubisCO)功能基因序列同源性分析构建相应的系统发育树,分析Acidithiobacillus spp.种群的遗传多样性.[结果]从3个不同的地域分离到35株菌聚为5大类群,其中菌株YNTR4-15可能是铁氧化细菌(Leptspirillum ferrooxidans),菌株HBDY3-3被鉴定为另一铁氧化细菌(Leptospirillum ferrodiazotrophum);有4株可能是Acidithiobacillus ferrivorans;6株是Acidithiobacillus ferridurans,其余菌株均被鉴定为Acidithiobacilus ferrooxidan.对26株代表性菌株的RubisCO Ⅰ型cbbL基因和Ⅱ型cbbM基因的分析,发现19株菌具有双拷贝cbbL基因,分别为cbbL1和cbbL2基因;7株菌只检测到了cbbL1.cbbL1和cbbL2基因都有3个序列型;而cbbM基因是单拷贝.RubisCO基因的密码子偏爱性不强.[结论]分离自3个地域的菌株16SrRNA/RubisCO基因存在序列差异,Acidithiobacillus spp.种群存在显著的遗传多样性.嗜酸硫杆菌分离菌株基于16SrRNA基因的系统发育树和RubisCO基因的发育树不一致.