细菌紫红质中氢键相互作用和质子转移机理的分子模拟

摘要

用CHARMM程序以细菌紫红质1R84晶体为模型,模拟了在等温定容条件下细菌紫红质在1 ps过程中的变化,分析了与质子传递相关的ASP85,ASP212和水分子与视黄醛间氢键的结构变化情况.考虑到氨基酸残基和席夫碱质子的不同距离,考察了EC和PC两种结构的变化情况,探讨了紫红质中质子传递的可能途径.模拟结果表明1R84中可能的质子连续传递的机理是质子由席夫碱向水传递,再由水向ASP85传递.发现Asp212在模拟过程中保持EC结构,这样可能更有利于顺序质子传递.