甘蓝型油菜桔红花显性基因候选区域的NGS定位及InDel标记开发

摘要

甘蓝型油菜花色的选育和改良已成为种质资源鉴定和材料创制的重要研究方向.目前为止,甘蓝型油菜桔红花显性基因定位的研究还未见报道.本研究以甘蓝型油菜双单倍体(doubled haploid,DH)纯系黄花Y05和桔红花R08杂交,分析桔红花性状遗传模式.在F2群体中选取30株极端桔红花和30株极端纯黄花构建叶片DNA子代池和花瓣RNA子代池,对亲本和DNA子代池进行30×重测序,对RNA子代池进行6G测序.以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh为参考序列,QTL-seq流程和MMAPPR流程相互结合鉴定桔红花基因候选区间.利用IGV软件可视化分析候选区间内插入缺失(InDel)变异位点,根据候选区间信息设计InDel引物.结果表明,桔红花性状受1对显性主效基因控制,全基因组重测序定位桔红花性状基因候选区间结果与转录组测序定位结果高度一致,均位于法国甘蓝型油菜Darmor-bzh A07染色体18～19 Mb.聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选到3个与桔红花性状紧密连锁共分离的InDel标记.这些研究为精细定位桔红花显性候选基因以及分子标记辅助选育甘蓝型油菜桔红花新材料提供新思路.