钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

摘要

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725.结果 表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16621 bp,碱基组成分别为A(31.23％)、G(16.17％)、C(27.87％)和T(24.73％);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser(UCN)、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码.钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97％和55.86％,具有明显的AT偏好性.线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3′的末端.在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser(AGY)外,均具有典型的三叶草二级结构.基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76％,与珠江流域三角鲂一致性为99.87％.基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与属、半属和细鳊属亲缘关系上较远.