猪ZFAND6基因克隆、序列分析及其多态位点检测

摘要

为了丰富猪ZFAND6基因研究的基础数据以及多态性分析,以'申农猪'肝脏组织为材料,采用RT-PCR和测序技术对猪ZFAND6基因CDS区进行扩增,使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等软件进行序列分析,并采用RFLP-PCR方法检测猪ZFAND6基因g.2395C>T位点和g.15060A>G位点在不同猪群体中的多态性.结果表明:获得猪ZFAND6基因长度为1097 bp,包括CDS区624 bp,共编码208个氨基酸残基,(A+T)含量高于(G+C)含量.猪ZFAND6蛋白为酸性蛋白质,氨基酸残基中Ser(15.38％)、Val(8.17％)及Gln(7.21％)的频率较高,属于不稳定类和可溶性蛋白.猪ZFAND6蛋白主要由α-螺旋、β折叠和无规卷曲构成,分布在细胞质、线粒体、溶菌体和内质网的比例分别为65％、10％、10％和15％,具有ZnF-A20结构域和ZnF-AN1结构域.猪ZFAND6蛋白氨基酸序列在不同物种之间同源性较高,在系统发育树中与牛、羊距离最近.ZFAND6基因g.2395C>T和g.15060A>G两个SNP位点在5个猪群体内表现出不同的遗传特点.在'长白猪'群体中未检出g.2395C>T位点的TT型和g.15060A>G位点的不利基因型GG型,并且GG型在'杜洛克猪''大白猪''申农猪'和'梅山猪'群体中比例较低.