氯离子通道蛋白ericf1/ericf2与变形链球菌及耐氟菌株耐氟性增强关系的研究

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第一章 绪论

1.1综述:单核苷酸多态性检测的常用方法及应用

第二章 转录组测序

2.1.1细菌分组

2.1.2实验试剂

2.1.3仪器设备

2.2RNA-seq实验方法及流程

2.2.1样品准备

2.2.2建库测序流程

2.2.3文库构建

2.2.4生物信息分析流程

2.2.5 测序错误率分布检查

2.2.6参考序列比对分析

2．3 RNA-seq测序结果

2.3.1基因表达水平分析

2.3.2 基因表达水平对比

2.3.3 RNA-seq的整体质量评估

2.3.4 差异基因的表达筛选

2.3.5RNA-seq差异基因聚类分析

2.3.6差异基因GO富集分析

2.3.7GO富集柱状图

2.3.8 差异基因KEGG富集散点图

第三章 ericf1/ericf2差异表达的验证

3.1材料和试剂

3.2实验方法

3.2.1变形链球菌亲代菌株及其耐氟菌株的鉴定

3.2.2实验分组

3.3引物设计

3.4实验过程

3.4.1 提取样本总RNA

3.4.2 RNA浓度和质量测定

3.4.3 反转录

3.5 Q-PCR

3.5.1仪器及分析方法

3.5.2操作过程

3.6结果

3.6.1.RNA浓度和质量测定

3.6.2.q-PCR检测结果

第四章 讨论

第五章 结论

参考文献

作者简介及在学期间取得的科研成果

致谢