声明
1 引言
1.1葡萄科常见病害对葡萄生长的影响
1.2葡萄抗病机理研究进展
1.2.1葡萄抵御病原入侵的理化屏障
1.2.2白藜芦醇及其衍生物对葡萄抗病能力的影响
1.3白藜芦醇代谢途径关键酶及其调控机理研究进展
1.3.1白藜芦醇合成途径关键酶研究进展
1.3.2白藜芦醇代谢途径关键酶调控机理研究进展
1.4葡萄基因组测序与转录组研究进展
1.4.1葡萄基因组测序与注释研究进展
1.4.2葡萄转录组测序研究进展
1.4.3 RNA-Seq数据的分析方法
1.5存在的问题及本文主要研究内容
1.5.1存在的问题
1.5.2本文主要研究内容
2 材料与方法
2.1参考基因组及其注释文件下载
2.2基因家族鉴定使用的材料与方法
2.2.1基因家族鉴定使用的材料
2.2.2基因家族鉴定方法
2.3葡萄蛋白质序列的结构域注释
2.4转录组测序数据的下载
2.5 RNA-Seq原始数据的质量控制
2.6转录组数据的定量
2.7差异表达基因的筛选
2.8差异表达基因的表达趋势分析
2.9差异表达基因的GO分析
2.10植物目标基因转录因子预测工具PlantTF-Predictor的构建
2.10.1植物目标基因转录因子初始数据的获取
2.10.2靶基因与转录因子间Pearson相关系数的计算
2.10.3靶基因保守位点信息的获得
2.10.4靶基因转录因子预测信息的整合
2.10.5 PlantTF-Predictor工具的预测方法设计
2.11靶基因转录因子预测工具PlantTF-Predictor的评价
2.12白藜芦醇代谢途径基因转录因子预测方法
3结果与分析
3.1葡萄白藜芦醇代谢途径相关基因家族的鉴定
3.1.1葡萄基因组中4CL基因家族成员的鉴定
3.1.2葡萄基因组中C4H基因家族成员的鉴定
3.1.3葡萄基因组中RGT基因家族成员的鉴定
3.1.4小结
3.2不同逆境胁迫下葡萄白藜芦醇代谢途径基因的差异表达分析
3.2.1葡萄品种Pinot Noir转录组数据的质量控制
3.2.2不同胁迫条件下葡萄白藜芦醇代谢途径基因的差异表达模式分析
3.2.3不同胁迫下葡萄中与STS基因具有相同表达趋势基因的GO分析
3.2.4不同生物逆境胁迫下葡萄白藜芦醇代谢途径基因的差异表达分析
3.2.5不同非生物逆境胁迫下葡萄白藜芦醇代谢途径基因的差异表达分析
3.2.6生物和非生物逆境胁迫下葡萄白藜芦醇代谢途径基因的差异表达分析
3.2.7小结
3.3葡萄果实不同组织部位白藜芦醇代谢途径基因的差异表达分析
3.3.1葡萄品种Cabernet Sauvignon转录组数据的质量控制
3.3.2葡萄果实不同组织部位差异基因的表达模式分析
3.3.3葡萄果实不同部位白藜芦醇代谢途径基因的差异表达分析
3.3.4小结
3.4植物靶基因转录因子预测工具的构建
3.4.1转录组数据的质控
3.4.2植物靶基因转录因子预测工具PlantTF-predictor的构建
3.5植物靶基因转录因子预测工具PlantTF-predictor的评价
3.5.1用于评价PlantTF-Predictor工具的数据来源
3.5.2评价PlantTF-Predictor工具的预测效果
3.6白藜芦醇代谢途径基因转录因子的预测分析
3.6.1 STS基因的转录因子
3.6.2 PAL基因的转录因子
3.6.3 C4H基因的转录因子
3.6.4 4CL基因的转录因子
3.6.5 ROMT基因的转录因子
3.6.6小结
3.7葡萄STS基因表达调控的信号通路分析
3.7.1基于Pearson相关系数筛选VvMYB14基因的转录因子
3.7.2基于pearson相关系数分析STS基因的上游信号通路
3.7.3小结
4讨论
4.1葡萄基因组中白藜芦醇代谢途径基因的鉴定
4.2白藜芦醇代谢途径基因参与葡萄响应不同逆境胁迫的过程
4.2.1白藜芦醇代谢途径基因应对不同逆境胁迫的共同机制
4.2.2白藜芦醇代谢途径基因应对不同逆境胁迫的不同机制
4.3白藜芦醇代谢途径基因在葡萄发育不同阶段不同组织的差异表达
4.4葡萄白藜芦醇代谢途径关键基因的转录因子
4.5葡萄白藜芦醇代谢途径关键基因表达的调控机制
5展 望
参考文献
附录 A
附录 B
攻读硕士学位期间的学术论文与研究成果
致谢
福建农林大学;
