基于核糖体18SrRNA和28SrRNA基因的常见肉食螨系统关系分析

摘要

本论文在探索运用Chelex-100螯合树脂提取单头螨DNA的方法基础之上,基于核糖体18SrDNA基因、28SrDNA基因对肉食螨亚科常见的2属4种肉食螨(马六甲肉食螨、强壮肉食螨、转开肉食螨及磷翅触足螨)的系统关系进行分析,主要研究内容和结果如下:
　　 1、单头螨DNA的提取方法
　　 成功探索了用Chelex-100螯合树脂从单头螨种提取DNA的快速而简便的方法。结果表明:与传统方法相比,此方法提取单头螨的DNA效果理想,稳定性好,保存时间较长,可广泛用于各种螨的单头螨DNA提取。而且对于应用到螨这类微小动物具有许多优点:痕量取材,操作简单、安全无毒,标本提取,费用低廉等。
　　 2、四种肉食螨的18SrRNA基因系统分析
　　 对四种肉食螨的18SrRNA基因碱基组成研究发现,该片段具有A+T含量偏向性,进行四种肉食螨的序列进行对比,共检测到此段序列含变异位点92个,简约信息位点52个,变异位点大都集中在该片段的中部。此段序列插入／缺失较少,相对保守。肉食螨属的马六甲肉食螨与强壮肉食螨其遗传距离为0,两者与同为肉食螨属的转开肉食螨间的遗传距离为0.085,因此认为马六甲肉食螨与强壮肉食螨为同物异名种。
　　 对肉食螨亚科的5个属7种肉食螨包括肉食螨属3种、触足螨属1种、仿螯螨属一种、奥螯螨属一种及Neochelacheles(仿螯螨属一种、奥螯螨属一种及Neochelacheles均从genebank中下载)一种,基于18SrRNA基因肉食螨序列比对分析,结合建立系统发育树,表明此段18SrRNA序列能够很好的区分肉食螨种属间的差异。从NJ和MP树显示,拓扑结构一致,肉食螨科5个属间的系统关系为[(马六甲肉食螨+强壮肉食螨)+转开肉食螨]+([(Che.wellsi+磷翅触足螨)+O.sp.]+N.messersmithi)。
　　 3、四种肉食螨的28SrRNA基因系统分析
　　 对四种肉食螨的28SrRNA基因碱基组成研究发现,该片段A+T与G+C平均含量基本持平,进行四种肉食螨的序列进行对比,共检测到此段序列含变异位点197个,简约信息位点72个,变异位点大都集中在该片段的100-400bp之间。肉食螨属的马六甲肉食螨与强壮肉食螨其遗传距离为0,两者与同为肉食螨属的转开肉食螨间的遗传距离为0.196,因此认为马六甲肉食螨与强壮肉食螨为同物异名种。
　　 对肉食螨亚科4种肉食螨包括肉食螨属3种、触足螨属1种构建了分子系统发育树,从NJ和MP树显示,拓扑结构一致,肉食螨科2个属间的关系为(马六甲肉食螨+强壮肉食螨)+(转开肉食螨+磷翅触足螨)。
　　 4、马六甲肉食螨18SrRNA和28SrRNA基因地理种群研究
　　 本论文同时还对马六甲肉食螨5个地理种群包括江西南昌、九江,广东广州,山东济宁,安徽桐城的18SrRNA和28SrRNA基因进行测序,结果表明马六甲肉食螨此段18SrRNA和28SrRNA基因的地理种群之间均无差异,此两段核糖体基因相对比较保守,不适于做肉食螨种内差异分析。