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论文说明:缩略词
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第一章绪论
1.1 HIV概述
1.1.1 HIV的基因组结构
1.1.2 HIV的基因型
1.1.3 HIV的流行概况
1.1.4 HIV的复制过程
1.1.5 HIV的进化
1.2 HIV-1细胞嗜性的研究进展
1.2.1 HIV-1细胞嗜性与疾病发展的关系
1.2.2 HIV-1细胞嗜性转换的研究
1.3 HIV-1细胞嗜性在治疗中的意义
1.3本研究的目的和意义
1.4本研究的主要内容
第二章不同细胞嗜性HIV-1的全基因组适应性进化分析
2.1引言
2.2数据和方法
2.2.1序列收集和排序
2.2.2适应性进化分析方法
2.2.3统计分析
2.3结果
2.3.1 HIV-1主要基因的正选择分析
2.3.2 env基因上正选择位点的鉴定
2.3.3 gag和pol基因上正选择位点的鉴定
2.2.4 HIV-1的env基因上正选择位点的定位分析
2.3 讨论
本章小结
第三章甲型H1N1流感病毒的适应性进化研究
3.1引言
3.2数据和方法
3.2.1序列收集
3.2.2系统发生分析
3.2.3适应性进化分析
3.3结果
3.3.1甲型H1N1流感病毒的起源
3.3.2甲型H1N1流感病毒的进化距离分析
3.3.3甲型H1N1流感病毒的正选择分析
3.3.4甲型H1N1流感在跨种传播之前的遗传分化分析
3.4 讨论
本章小结
第四章不同参数和不恰当的亚型参考序列对HIV-1 CRFs重组分析的影响
4.1引言
4.2数据和方法
4.2.1序列下载
4.2.2系统发生树构建
4.2.3 Bootscan分析
4.2.4统计分析
4.3结果与讨论
4.3.1重组分析中最适参数的确定
4.3.2最适亚型参考序列的选择
4.4 HIV-1 CRF03_AB重组结构的重新分析
本章小结
第五章结论与展望
5.1结论
5.2展望
参考文献
致谢
攻读硕士期间发表的论文