基于RPP13基因的葡萄属欧亚支系的系统发育研究

摘要

葡萄具有丰富的观赏价值和经济价值，而野生葡萄又具有丰富的农艺性状，可以为优质品种的选育提供砧木和抗性基因资源。我国是野生葡萄种质资源最丰富的国家之一，因此弄清楚野生葡萄的种类和它们之间的系统进化关系，并加以收集与保存，意义重大。本研究利用核基因DNA序列分析对包含我国25个种（变种）、1个欧亚种、2个美洲种以及1个外类群在内的29份葡萄属欧亚支系材料进行系统发育研究，得到的结果如下:
　　(1)本研究将RPP13基因分成片段a1、a2、a3，然后对29份葡萄属欧亚支系材料的这3个片段分别进行比对，并构建系统发育树。结果表明，葡萄属的系统进化关系与地理分布是一致的，分为圆叶葡萄亚属和真葡萄亚属。
　　(2)3个片段的系统发育树联合分析推断:华东葡萄和葛藟葡萄相近，秋葡萄和陕西葡萄相近，变叶葡萄和菱叶葡萄相近，小果葡萄和桦叶葡萄相近，东南葡萄与鸡足葡萄相近，红叶葡萄和乳源葡萄相近。
　　(3)由于基因冲突和基因的选择导致3个系统发育树有点塌陷，只能解决部分关系。所以需要选择更合适的基因，并结合多个基因联合分析，才能进一步解决它们内部的系统发育关系。
　　(4) RPP13基因对霜霉病的抗性与野生葡萄内部的系统发育关系有一些联系，可以起到一个辅助作用。

目录

声明

摘要

1 绪论

1．1 引言

1．2 葡萄种质资源系统发育研究进展

1．3 我国野生葡萄种质资源的分布与保存现状

1．4 我国野生葡萄系统发育研究方法与进展

1．4．1 形态学分类方法

1．4．2 孢粉学分类方法

1．4．3 解剖学分类方法

1．4．4 同工酶分类方法

1．4．5 细胞学分类方法

1．4．6 分子标记

1．4．7 DNA序列分析

1．5 RPP13基因研究进展

1．6 本研究的目的及意义

1．7 技术路线

2 材料与方法

2．1 试验材料

2．2 仪器与试剂

2．2．1 试验仪器

2．2．2 试验试剂

2．3 试验方法

2．3．1 葡萄基因组DNA提取

2．3．2 RPP13基因片段的PCR扩增

2．3．3 克隆与测序

2．3．4 数据整理与分析

3 结果与分析

3．1 基因组DNA提取后的检测结果

3．2 RPP13基因序列分析及在我国野生葡萄系统发育中的作用

3．2．1 VIT_13s0158g00210在NCBI数据库中的比对结果

3．2．2 基因片段PCR扩增结果

3．2．3 PCR产物回收

3．2．4 菌落PCR检测

3．2．5 不同种野生葡萄RPP13基因片段的序列比较

3．2．6 我国野生葡萄的RPP13进化树分析

4 讨论

4．1 我国野生葡萄基因组DNA提取方法的改良

4．2 RPP13基因在我国野生葡萄系统发育中的作用

4．2．1 片段a1系统发育树分析

4．2．2 片段a2系统发育树分析

4．2．3 片段a3系统发育树分析

4．2．4 片段a1、a2、a3系统发育树联合分析

4．2．5 RPP13基因对霜霉病的抗性与葡萄的系统发育之间的关系

5 结论

5．1 RPP13基因在我国葡萄野生种系统发育中的应用

5．2 RPP13基因对抗霜霉病的抗性与葡萄属欧亚支系系统发育之间的关系

参考文献

附录

致谢