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通城猪和大白猪胎儿期背最长肌miRNA测序及其与转录组和蛋白质组的整合分析

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缩略表(Abbreviation)

第一章前言

1.通城猪与大白猪

2.猪骨骼肌发育

2.1.猪骨骼肌发育的时间节点

2.2.猪骨骼肌肌纤维类型

3.骨骼肌发育中的肌动蛋白重塑

3.1.骨骼肌发育的主要调控因子

3.2.骨骼肌发育中调控因子的时序表达

3.3.肌细胞融合需要重构肌动蛋白

3.4.ADF家族在肌动蛋白重构中发挥重要作用

4.骨骼肌发育相关miRNA

4.1.miRNA的调控机制

4.2.骨骼肌发育中的miRNA

4.3.miR-499-5p促进慢肌纤维形成

5.猪肌肉miRNA组学及关联分析研究进展

5.1.猪肌肉miRNA组学研究进展

5.2.猪肌肉联合多组学分析miRNA的研究进展

5.3.其他物种的多组学关联分析研究

6.目的与意义

第二章猪miRNA文库构建及高通量测序分析

2.2.主要仪器和设备

2.3.主要试剂

2.4.常用试剂配制

2.5.生物信息学分析

2.6.生物技术服务

3.试验方法

3.1.RNA提取与质量检测

3.2.建立文库及测序

3.3.测序结果注释

3.4.聚类分析

3.5.功能富集分析

3.6.miRNA时序性表达分析

3.7.差异分析

3.8.实时荧光定量PCR

4.结果与分析

4.1.原始数据

4.2.miRNA特征分析

4.3.miRNA分类及靶基因预测

4.4.miRNA表达量及高表达miRNA的功能富集分析

4.5.聚类分析

4.6.miRNA时序性表达分析及功能注释

4.7.差异表达miRNA及功能注释

4.8.测序数据的实时荧光定量PCR验证

5.讨论

第三章miRNA组、转录组和蛋白质组的整合分析及验证

2.2.主要仪器和设备

2.3.主要试剂耗材

2.4.常用试剂配制

2.5.数据库与分析软件

2.6.生物技术服务

3.试验方法

3.1.miRNA与转录组关联分析

3.3.转录组与蛋白质组关联分析

3.4.功能富集分析

3.5.miRNA与蛋白质组关联分析

3.6.靶基因3'UTR双荧光素酶报告载体的构建

3.7.细胞培养

3.8.细胞转染

3.9.双荧光素酶活性的测定

4.结果与分析

4.1.miRNA与转录组关联分析

4.2.转录组与蛋白质组关联分析

4.3.miRNA与蛋白质组关联分析

4.4.三对猪miRNA与靶基因验证

4.5.三对小鼠miRNA与靶基因验证

5.讨论

第四章miR-499-5p的功能验证

2.2.主要仪器和设备

2.3.主要试剂耗材

2.4.常用试剂配制

2.5.数据库与分析软件

2.6.生物技术服务

3.试验方法

3.1.细胞培养及转染

3.2.RNA提取与质量检测

3.3.实时荧光定量PCR

3.4.免疫荧光检测

3.5.细胞周期检测

3.6.细胞迁移检测

3.7.细胞凋亡检测

4.结果与分析

4.1.miR-499-5p转录后水平调控DSTN

4.2.miR-499-5p促进细胞迁移

4.3.miR-499-5p提高G0、G1期细胞比例

4.4.分化的启动不能缺少miR-499-5p

4.5.miR-499-5p表达水平异常促进细胞凋亡

5.讨论

第五章总结

1.本研究的主要结论与创新点

2.本研究的不足之处与后续研究建议

参考文献

在读期间发表论文情况

致谢

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