保守性与特异性人源增强子序列识别及转录调控的研究

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摘要

缩略语表

图表汇总

1背景

1．1转录调控研究背景

1．1．1三维基因组学促进了基因表达的转录调控研究

1．1．2表观遗传修饰参与基因表达的转录调控的研究进展

1．2增强子的研究背景

1．2．1增强子是一种重要的基因表达的转录调控元件

1．2．2增强子在疾病中的研究进展

1．3增强子参与转录调控机制的研究进展

1．3．1转录调控机制的研究进展

1．3．2增强子远程调控基因表达的DNA-loop模型

1．3．3增强子序列的分子进化方面的研究进展

1．4研究目的及意义

2材料与方法

2．1实验材料

2．1．1增强子数据来源

2．1．2转录因子数据来源

2．1．3MCF7细胞RNA PⅡ介导的ChIA-PET数据

2．1．4乳腺细胞和乳腺癌症临床样本基因表达数据

2．2实验方法

2．2．1增强子序列的比对和转换

2．2．2序列保守性分析

2．2．3转录因子结合位点在增强子序列中的富集统计

2．2．4增强子序列调控的启动子区域筛选

2．2．5增强子靶基因预测和功能预测

2．2．6基因功能注释和通路富集分析

2．2．7基因富集分析与癌症相关的基因分析

2．3使用软件

3结果与讨论

3．1人源特异性增强子与保守增强子序列

3．1．1人源特异性与保守性增强予序列识别

3．1．2增强子序列保守性分析

3．2增强子序列靶基因与功能注释

3．2．1增强子序列功能的预测

3．2．2增强子靶基因的表达水平和功能富集

3．3增强子关联的转录调控单元的发现

3．3．1增强子与启动子之间的相互作用

3．3．2增强子关联的转录调控机制

3．3．3增强子关联基因的表达分析

3．4小结

4讨论与展望

4．1增强子转录调控研究总结

4．2工作展望

参考文献

附录

致谢