肺癌相关基因编码蛋白质间相互作用研究

摘要

本研究首次应用共进化法，对肺癌相关蛋白质的相互作用进行分析，并试图对蛋白质进行分组。通过在NCBI等数据库搜索，共搜集到小细胞肺癌(SCLC)相关蛋白序列20条，非小细胞肺癌(NSCLC)相关蛋白序列100条。利用NCBI提供的Protein-ProteinBLAST程序在相关蛋白质数据库中搜索，寻找符合条件的同源序列。小细胞肺癌(SCLC)有19条蛋白质序列，非小细胞肺癌(NSCLC)有92条蛋白质序列在Homosapiens，Bostauru，Canisfamiliaris，Daniorerio,Musmusculus,Rattusnorvegicus六种物种中找到P(N)＜1×10-5的同源序列，对以上每条蛋白质序列与其同源序列共六条序列为一组，分别用ClustalX和Bioedit程序为各组蛋白分别建立进化树和距离矩阵。利用编写的计算程序，将这些距离矩阵进行两两比较，得到相关系数分析其相似度，对目标蛋白相互作用做出预测，与蛋白质相互作用数据库实验得到的蛋白质相互作用比较验证，并在此基础上构建了一类肺癌蛋白质相互作用网络。以期对研究和揭示肺癌的发病机制，发现早期诊断标记提供指导。同时，对共进化方法研究真核生物蛋白质组相互作用的优缺点做出评估。为发展高效的蛋白质组相互作用预测方法，大通量分析生物数据奠定基础。

目录

文摘

英文文摘

1.前言

2数据与方法

3肺癌相关基因编码蛋白相互作用的预测研究

4结论与讨论

参考文献

附录一小细胞肺癌(SCLC)相关蛋白相互作用的相关系数

附录二非小细胞肺癌(NSCLC)各目标序列进化距离矩阵

附录三非小细胞肺癌(NSCLC)相关蛋白相互作用的相关系数

致谢

原创性声明