基于RNA-Seq数据筛选小菜蛾的看家基因

摘要

背景：看家基因的确定对于基因表达的定量测量至关重要。方法：为了得到来自4个不同发育阶段和2个抗药性品系的小菜蛾RNA-Seq数据中38150个基因表达标签的稳定模式，计算了每个基因表达标签的平均值、变异系数以及最大倍数。在此基础上，用geNorm软件计算已筛选出的部分基因表达标签的平均基因稳定性指标。结果：将变动异数<=0.1、最大倍数<=2.0、平均值大于20以及平均基因稳定性<0.17的基因表达标签作为看家基因，得到泡状甘露糖结合凝集素、非网格外壳蛋白gamma2-COP、硫化物氧化还原酶、一种钙联结蛋白AGAP005032-PB作为小菜蛾看家基因。同时，本文研究发现一些常见的看家基因在小菜蛾的基因表达中并不稳定。结论与意义：本文是首次尝试从RNA-Seq数据中筛选小菜蛾的看家基因。本研究为其它昆虫看家基因的选择提供了较好的研究思路。