2015-2016年广东省猪流行性腹泻病毒部分S1基因的遗传进化分析

摘要

为分析2015年～2016年广东省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的遗传变异情况,本研究对16株来自广东地区的PEDV流行株部分S1基因进行克隆和测序,并将测序结果与GenBank中PEDV参考株S1基因进行同源性分析并构建系统进化树.结果显示,16株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为93.8％～100.0％,与国内参考株间核苷酸序列同源性为70.7％～98.1％.PEDVS1基因遗传进化分析显示,16株流行株与国内大部分流行株亲缘关系较近,与疫苗株CV777、中国早期分离株CH/S、韩国流行株DR13、泰国流行株TH/AY/2.7/12、日本株14JM/01、美国株Minnesota/XW001等亲缘关系较远.此外,16株PEDV流行株与华南地区2014年之前分离株CH/GDQY/2011、CH9/FJ、CH/GDGZ/2012、FM/YN/2013等属群不同,亲缘关系较远.试验结果表明广东省当前流行的PEDV存在新基因型,并已经成为优势病毒株.