基于堆积能量和协变信息的RNA二级结构预测算法

摘要

预测含伪结的RNA二级结构是生物信息学研究中的热点和难点问题.本文提出一种基于堆积能量和协变信息的含伪结RNA二级结构预测算法.该方法以堆积能量和协变信息得分作为茎区得分函数,每次迭代得到得分最优的茎区,在初始序列中将茎区中的碱基标识出来使其不参与以后的迭代,通过多次迭代计算出茎区集,从而得到RNA二级结构.算法能够预测伪结,时间复杂度为O(n2).实验表明,算法具有平均76％的正确率.