蛋白质翻译后修饰的生物信息学研究:从底物位点,酶,到酶-底物调控关系

摘要

蛋白质翻译后修饰是指在细胞生命活动过程中,特定氨基酸残基的侧链共价地连接新的化学基团或小蛋白质,以及主链共价键在水解酶切的作用下发生断裂.翻译后修饰的时空特异性极大地丰富了蛋白质组的多样性,并在调节蛋白质的稳定性与功能上起到了极为重要的作用,从而参与细胞的各项生化和生理过程.最近,围绕翻译后修饰,针对赖氨酸修饰的底物位点构建了数据资源CPLM,针对磷酸化相关的蛋白激酶和磷酸酶构建了数据资源EKPD,系统分析了小鼠睾丸中的磷酸化调控。蛋白质磷酸化是另外一种重要的翻译后修饰，参与了几乎所有的生物学过程。磷酸化由复杂的蛋白激酶和磷酸酶可逆地调节。通过计算预测重构了位点特异性激酶底物调控网络，并获得了精子发生相关蛋白质的子网络。对网络的分析结果发现包括MAPK,CDK2和CDC2在内的激酶拥有显著多的底物位点，这表明这些激酶应该有很高的活性并在精子发生过程中非常重要。