口蹄疫病毒OR株基因组5'UTR和3'UTR的一级和二级结构分析

摘要

利用反转录聚合酶链式反应(RT—PCR)及测序技术,获得了FMDV OR株基因组5'UTR和3'UTR的核苷酸序列,用DNAstar和RNAdraw比较分析了其一级结构和二级结构.序列分析表明,FMDV OR株基因组5'UTR和3'UTK各区段中,IRES最保守;基因组功能未知区(FUR)有44nt的缺失,这与OTW yl/97株相同;与OAkesu58相似(43nt).与参考毒株相比,各区段均成OTW yl/97的同源性最高;二级结构分析表明,S片段为长柄茎环结构,其5'端与3'互补形成二级结构的柄部,除OTWyl/97无分支结构和01Campos有4个分支外,其余6株与OR株均有3个分支,且其第1和第3分支非常保守,在第2分支中也有保守的共有亚结构域,功能未知区(FUR)的二级结构有多个结构域,由简单的茎环结构和发夹结构连在一起,9株FMDV FUR的共同特点是3'端保守,均具有3个相同的茎环结构;IRES的二级结构较复杂,也有数个结构域,有些结构域为简单的茎环结构,有些结构域为由发夹结构和茎环结构互相连接形夸复杂的亚结构域,9株FMDV IRES的共同特点是具有4—6个共有的亚结构域,尤其是其单链环部更保守;3'UTR的二级结构比较简单,各毒株均有3个结构域,由3个单独的茎环连在一起.