一种新的挑选对接采样中近天然构象的方法

摘要

分析了包含静电能(△Eele)、去水化自由能(△GACE)以及范德华能(△Evdw)的打分函数在蛋白质-蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数(△Eele+△GACE+△Evdw)比通常的打分函数(△Eele、△GACE、△Eele+△GACE、△Eele+△Evdw、△GACE+△Evdw)具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明,优化(EM)对接体系后再进行打分,上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善,其中打分函数(△Eele+△GACE+△Evdw)有更明显的改善.为了进一步确定候选结构中的近天然构象,以一种蛋白质复合物为例,对候选结构进行分子动力学(MD)模拟,根据MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差(MSD)随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象,得到了较好的结果。