结合基因表达谱与基因功能模块选择淋巴瘤特征基因

摘要

特定的疾病状态一般仅与少数基因有比较直接的关系,而这少数疾病相关的基因对应的基因功能类中应该显著聚集由于疾病状态引起的差异表达的基因.据此假设,提出了一种结合基因功能分类知识的特征基因选择与疾病分类方法.在将基因注释到基因功能分类体系(Gene Ontology)中的功能类后,通过显著聚集差异表达基因,寻找可能的疾病相关基因功能类,并根据类内的基因表达谱进行疾病分类分析.本文采用支持向量机分析了一套淋巴瘤数据集,结果显示,基于功能特征基因选择的方法可以显著降低分析维数,得到高准确度的疾病样本分类结果,并直接从功能水平上给出相应的生物学解释.