应用NGS技术对ffDNA进行胎儿性染色体非整倍性的NIPT及临床遗传咨询

摘要

背景与目的：基于大规模平行测序(Massively Parallel Sequencing,MPS)技术的无创产前检测(Non-invasive Prenatal Testing,NIPT)已经在产前筛查中广泛应用于临床实践,用于检测胎儿染色体非整倍体性.但是,迄今仅有少量研究报告了NIPT在胎儿性染色体非整倍性筛查中的应用.本研究对来自2011年6月至2012年12月,在中国重庆西南医院产前诊断中心就诊的5950例单胎孕妇血浆游离DNA进行5种染色体(21,18,13,X,Y)的MPS检测,评估了MPS技术在NIPT时的准确性和临床适用性.并为胎儿性染色体非整倍性的高危指征孕妇建立两个阶段的专业临床咨询方案.rn 方法:共计5950例妇参与次研究,平均年龄30±5岁(23.1％≧35岁),采集孕妇外周血时平均孕周为19±4周.采取孕妇外周血5mL,提取血浆中的ffDNA进行高通量测序及生物信息学分析来检测胎儿患21-三体、18-三体或13-三体以及SCA的风险值.rn 结果:MPS技术检测发现33例性染色体异常，分别为XO 7例、47,XXX 14例、47,XXY 9例、47,XYY 3例。随后，33例高危孕妇均收到了第一阶段临床咨询方案，被告知:1)测试的局限性；2)是否获知性染色体非整倍体的进一步信息;3)是否进行侵入性诊断。第一阶段临床咨询方案执行后，33例(100%)高危孕妇均选择要知晓此次检测结果。25例(75. 8%)高危孕妇进行有创产前诊断，13例测试结果与核型结果一致，其中XO 2例，47,XXX 7例，47,XXY 3例，47,XYY 1例:11例假阳性样本中，XO 3例、47,XXX 3例、47,XXY 4例、47,XYY 1例;1例XO样本因羊水过少而导致羊水穿刺术失败。阳性预测值(Positive Predictive Value,PPV)为54.2%(13/24)。当侵入性诊断完成之后，向孕妇提供第二阶段遗传咨询，包括告知孕妇具体的性染色体非整倍体类型，以及解释病理发生机制，胎儿存活率，干预建议和各种妊娠选择及其后果等。第二阶段临床咨询方案执行后，13例测试结果与核型结果一致的样本中，7例孕妇选择终止妊娠，6例孕妇选择继续妊娠，后续追踪发现6名婴儿在出生时表型正常(无核型结果)。在11例假阳性样本中，1例XXX因为异常超声检查结果选择人工流产终止妊娠，1例XXX经自然分娩时因缺氧导致新生儿死亡，1例XXX经验证是来自母源性影响(母亲核型:47，XXX).1例XXY因21一三体选择人工流产终止妊娠，另外7例婴儿在出生时表型均正常。对于a例拒绝接受侵入性诊断的孕妇，经后续跟踪发现婴儿出生时表型均正常(1例X0，4例XXX，2例XXY，1例XYY)。5874例无创产前检测结果为阴性的受检者，均由接受过专业培训的监测人员在预产期后进行电话随访，共获得5466例反馈报告，随访率达到93. 1%e基于本研究所有数据，采用NIPT技术对胎儿性染色体非整倍体检测的检出率为100%(13/13)(95%CI:75.29%,100%)，假阳性率为0.18%(11/5937)(95%CI:O.10%,0.32%)。rn 结论:大规模平行测序技术对检测胎儿性染色体非整倍性具有较高的检测率，在早期妊娠中与常规产前筛查相结合有巨大的合作潜力和这一合作的光明前景。联合两个阶段的临床咨询方案后，可以更好的为高危孕妇做出临床决定时提供支持与帮助。