仙台病毒天津株F基因克隆及序列分析

摘要

目的:从F基因的氨基酸序列上分析仙台病毒天津株的种系发生进化地位.方法:以仙台病毒天津株的基因组RNA为模板,根据GenBank中仙台病毒全基因组序列用GeneRunner设计出两对引物,通过RT-PCR方法扩增出包括F基因全长的两段首尾相连的序列,并进行测序,根据测序结果推导出F基因氨基酸序列,与GenBank中公布的15株仙台病毒相应序列进行同源性比较,并绘制系统发生树.结果:F基因核苷酸和氨基酸序列同源性分析表明,仙台病毒天津株与BB1株同源性最高,分别为94.5％和95.4％,与其他仙台病毒株相比较,核苷酸序列同源性在85.3％～90.5％,氨基酸序列同源性在90.4％～94.5％,均有较大差异.从系统发生树来看,仙台病毒天津株与BB1株亲缘关系比较接近,而与其他仙台病毒株距离比较远.结论:从F基因氨基酸序列分析来看,仙台病毒天津株很可能不属于Ohita株和Z株分别代表的两个进化分支,而是和BB1株一起属于独立于这两个分支之外的第三个分支.