武汉地区戊型肝炎病毒开放读码框3基因序列分析

摘要

目的:对武汉地区戊型肝炎病毒（HEV)开放读码框3(ORF3)基因序列进行分析。方法:收集103份抗-HEV IgM阳性血清,采用逆转录.巢式聚合酶链反应(RT-nPCR)扩增HEV RNA两个基因片段(5020～5392nt和5347～5956nt.EF570133),对PCR产物进行测序,然后采用ContigExpress将测序结果拼接(含有ORF3基因),对ORF3基因序列进行分析。结果:103份抗.HEV IgM阳性血清HEV RNA两个基因片段均扩增出来的样本为18份,18株HEV ORF3基因全长均为345bp,编码114个氨基酸。各毒株间的核苷酸同源性为92.5％～99.4％,与基因Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型的核苷酸同源性分别为83.5％～86.7％、83.2％～85.2％、84.6％～87.2％、92.0％～96.5％;系统进化分析表明18株HEV均为基因Ⅳ型.结论:武汉地区HEV主要为基因Ⅳ型,ORF3基因序列可用于系统进化分析.