使用天然微生物条形码的植物定殖测定

摘要

本公开涉及利用其中天然存在条形码的细胞中的核酸条形码和相应扩增位点的方法。这些条形码和扩增位点被重新配置到单个核酸盒中，所述核酸盒便于用于标记细胞的特定物种、菌株或变体，每种采用不同的条形码。这些条形码可用于跟踪带条形码的细胞的定殖能力。本公开还提供了利用天然条形码来测量植物根系的相对微生物定殖能力的测定。

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年9月26日提交的序列号为62/906,419的美国临时申请和2019年1月7日提交的序列号为62/789,332的美国临时申请的优先权的权益，所述每一项美国临时申请均出于所有目的通过引用以其整体并入本文。

关于序列表的声明

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发明背景

联合国粮食及农业组织计划，到2050年，粮食总产量必须增加70％才能满足不断增长的人口的需求，这一挑战因多种因素而加剧，包括：淡水资源减少、耕地竞争加剧、能源价格上涨、投入成本增加以及作物可能需要适应更干燥、更热和更极端的全球气候的压力。

当前的农业实践未能很好地装备以满足对粮食生产的不断增长的需求，同时平衡因农业强度增加而导致的环境影响。

满足全球粮食需求所需的主要农业投入之一是氮肥。然而，目前用于生产氮肥的工业标准是称为Haber-Bosch工艺的人工固氮方法，所述方法通过在高温高压下使用金属催化剂与氢气(H

与合成Haber-Bosch工艺相反，某些生物系统已经进化为固定大气中的氮。这些系统利用称为固氮酶的酶催化N

因此，绝大多数现代中耕作物农业利用通过资源密集型和对环境有害的Haber-Bosch工艺生产的氮肥。例如，USDA指出，美国玉米农民的平均施氮量通常为每英亩130至200磅(146至224kg/ha)。这种氮不仅在资源密集的合成工艺中产生，而且还通过重型机械穿过/冲击田间的土壤、燃烧石油和需要数小时的人力来施用。

此外，通过工业Haber-Bosch工艺生产的氮肥没有被目标农作物很好地利用。雨水、径流、热量、挥发和土壤微生物组会降解施用的化学肥料。这不仅浪费了金钱，而且增加了污染，而不是收获的产量。为此，联合国计算出，在农作物能够利用肥料之前，将近80％的肥料已经流失。因此，现代农业肥料的生产和运输不仅对环境有害，而且效率极低。

为了满足世界日益增长的粮食供应需求，同时也平衡资源利用并对环境系统产生最小影响，迫切需要更好的固氮和向植物输送氮的方法。

发明内容

在一些方面，本公开涉及对宿主细胞进行条形码编码的方法，所述方法包括：(a)获得供体细胞；(b)选择并分离供体细胞的基因组中的第一核苷酸序列，选择并分离供体细胞的基因组中的第二核苷酸序列，以及选择并分离供体细胞的基因组中的第三核苷酸序列；(c)创建天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列作为：(i)第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，(ii)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和(iii)第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；以及(d)将天然条形码多核苷酸盒插入与(a)中供体细胞为同一物种的宿主细胞的基因组中；其中(i)、(ii)和(iii)的核苷酸序列对于宿主细胞是天然的。

在一些方面，供体细胞和宿主细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。在一些方面，供体细胞和宿主细胞各自是细菌细胞。

在一些方面，(i)、(ii)和(iii)中的至少一个的核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA分离的。在一些方面，(i)、(ii)和(iii)中的至少一种的核苷酸序列是从16S rDNA或18S rDNA分离的。

在一些方面，引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

在一些方面，供体细胞的基因组中的第一核苷酸序列和供体细胞的基因组中的第三核苷酸序列以彼此相同的取向存在。在一些方面，(i)、(ii)和(iii)中的至少一种非天然地彼此紧邻地存在于宿主细胞的基因组中。在一些方面，条形码由少于100个核苷酸组成。在一些方面，引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。在一些方面，引物结合位点和条形码的核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

在一些方面，条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

在一些方面，将盒插入宿主细胞的基因组中在宿主细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。在一些方面，所述盒插入宿主细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。在一些方面，所述盒插入终止子区与两个编码区之一之间。

在一些方面，(d)中的宿主细胞与(a)中的供体细胞属于同一菌株。

在一些方面，将天然条形码多核苷酸盒插入两种或更多种宿主细胞的基因组中的基因座处，所述基因座与宿主细胞的基因组中的复制起点相距设定的距离。在一些方面，距复制起点的设定距离在两种或更多种宿主细胞的每一种中相似或相同。复制起点可以在宿主细胞的基因组中或者在自主复制的染色体外遗传实体(例如，附加体或质粒)中。

在一些方面，细菌宿主细胞是转基因的。在一些方面，细菌宿主细胞是非属间改造细菌(non-intergeneric remodeled bacterium)。在一些方面，非属间改造细菌宿主细胞是或源自选自表1的细菌。在一些方面，非属间改造细菌包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，使得经修饰的细菌能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

在一些方面，细菌宿主细胞能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。在一些方面，细菌宿主细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中。在一些方面，细菌宿主细胞包含与固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的引入的控制序列。在一些方面，细菌宿主细胞包含与固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的异源启动子。

在一些方面，细菌宿主细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入选自由以下组成的组的成员：nifA、nifL、ntrB、ntrC、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glnA、glnB、glnK、drat、amtB、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB、nifQ、与固氮酶生物合成相关联的基因，以及其组合。

在一些方面，细菌宿主细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，导致以下一项或多项：NifA或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；NifL、NtrB、谷氨酰胺合成酶、GlnB、GlnK、DraT、AmtB的表达或活性降低；GlnE的腺苷酰基去除活性降低；以及GlnD的尿苷酰基去除活性降低。

在一些方面，细菌宿主细胞包含突变的nifL基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子。在一些方面，在一些方面，细菌宿主细胞包含突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。在一些方面，细菌宿主细胞包含突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达。

在一些方面，细菌宿主细胞包含以下的至少一种：突变的nifL基因，其包含在所述nifL基因中的异源启动子；突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白；突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达；以及其组合。在一些方面，细菌宿主细胞包含突变的nifL基因和突变的glnE基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。

在一些方面，细菌宿主细胞包含突变的nifL基因、突变的glnE基因和突变的amtB基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白，所述突变的amtB基因导致缺乏所述amtB基因的表达。

在一些方面，细菌宿主细胞选自水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)、变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)、精神无色杆菌(Achromobacterspiritinus)、马氏无色杆菌(Achromobacter marplatensis)、壁微杆菌(Microbacterium murale)、中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)、假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)、肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)、产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)和蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)。在一些方面，细菌宿主细胞是植物内生的、植物附生的或根际的。在一些方面，细菌宿主细胞选自：以ATCC PTA-126575保藏的细菌、以ATCC PTA-126576保藏的细菌、以ATCC PTA-126577保藏的细菌、以ATCC PTA-126578保藏的细菌、以ATCC PTA-126579保藏的细菌、以ATCC PTA-126580保藏的细菌、以ATCC PTA-126581保藏的细菌、以ATCC PTA-126582保藏的细菌、以ATCC PTA-126583保藏的细菌、以ATCC PTA-126584保藏的细菌、以ATCC PTA-126585保藏的细菌、以ATCC PTA-126586保藏的细菌、以ATCC PTA-126587保藏的细菌、以ATCC PTA-126588保藏的细菌、以NCMA 201701001保藏的细菌、以NCMA 201701002保藏的细菌、以NCMA 201701003保藏的细菌、以NCMA 201708004保藏的细菌、以NCMA 201708003保藏的细菌、以NCMA 201708002保藏的细菌、以NCMA 201708001保藏的细菌、以NCMA 201712001保藏的细菌和以NCMA 201712002保藏的细菌。

在一些方面，细菌宿主细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约95％序列同一性的核酸序列。在一些方面，细菌宿主细胞包含与选自SEQ IDNO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约99％序列同一性的核酸序列。在一些方面，细菌宿主细胞包含选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列。

在一些方面，本公开涉及组合物，其包含：(a)一种或多种经修饰的细胞，其在其基因组中包含：(i)天然存在的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列，和(ii)天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列作为：(1)第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，(2)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和(3)第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；其中(ii)的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列与(i)的天然存在的序列相比，彼此接近程度不同。

在一些方面，条形码对于一种或多种经修饰的细胞的每个不同的物种是独特的。在一些方面，条形码对于一种或多种经修饰的细胞的每个不同菌株是独特的。在一些方面，一种或多种经修饰的细胞包括同质细胞群。在一些方面，一种或多种经修饰的细胞包括异质细胞群。

在一些方面，异质细胞群包含两种或更多种不同的物种。在一些方面，异质细胞群包含两种或更多种不同的菌株。在一些方面，异质细胞群包含每种物种的两种或更多种菌株。

在一些方面，一种或多种经修饰的细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。在一些方面，一种或多种经修饰的细胞是细菌细胞。

在一些方面，(1)、(2)和(3)中的至少一种的核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA分离的。在一些方面，(1)、(2)或(3)中的至少一项的核苷酸序列是16SrDNA或18S rDNA。在一些方面，引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)

在一些方面，经修饰细胞的基因组中天然存在的第一核苷酸序列和第三核苷酸序列以彼此相同的取向存在。在一些方面，天然存在的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列或第三核苷酸序列中的至少一种彼此非紧邻地存在于经修饰的细胞的基因组中。

在一些方面，条形码由少于100个核苷酸组成。在一些方面，引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。在一些方面，引物结合位点和条形码的核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

在一些方面，条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。在一些方面，条形码的恒定条形码区域在一种或多种经修饰的细胞中的每一种中是相同的。在一些方面，条形码的可变条形码区域在一种或多种经修饰的细胞中的每一种中是不同的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的细胞才共享相同的可变区域。

在一些方面，在一种或多种经修饰的细胞中，所述盒具有在任一取向上的一个或多个终止密码子。

在一些方面，所述盒存在于一种或多种经修饰的细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。在一些方面，所述盒存在于终止子区与两个编码区之一之间。

在一些方面，所述盒存在于一种或多种经修饰的细胞中的每一种的基因组中距复制起点设定的距离。在一些方面，距复制起点的设定距离在两种或更多种细胞中的每一种中是相似的或相同的。

在一些方面，一种或多种经修饰的细菌是转基因的。在一些方面，一种或多种经修饰的细菌是非属间改造细菌。在一些方面，一种或多种经修饰的细菌包括转基因细菌群。在一些方面，一种或多种经修饰的细菌包括非属间改造细菌群。在一些方面，非属间改造细菌包括或源自选自表1的细菌。

在一些方面，非属间改造细菌包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，使得经修饰的细菌能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。在一些方面，细菌细胞能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

在一些方面，细菌细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中。在一些方面，细菌细胞包含与固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的引入的控制序列。在一些方面，细菌细胞包含与固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的异源启动子。

在一些方面，细菌细胞包含至少一种引入到选自由以下组成的组的成员的遗传变异：nifA、nifL、ntrB、ntrC、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glnA、glnB、glnK、drat、amtB、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB、nifQ、与固氮酶生物合成相关联的基因，以及其组合。

在一些方面，细菌细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，导致以下一项或多项：NifA或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；NifL、NtrB、谷氨酰胺合成酶、GlnB、GlnK、DraT、AmtB的表达或活性降低；GlnE的腺苷酰基去除活性降低；以及GlnD的尿苷酰基去除活性降低。

在一些方面，细菌细胞包含突变的nifL基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子。在一些方面，细菌细胞包含突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。在一些方面，细菌细胞包含突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达。

在一些方面，细菌细胞包含以下的至少一种：突变的nifL基因，其包含在所述nifL基因中的异源启动子；突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白；突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达；以及其组合。在一些方面，细菌细胞包含突变的nifL基因和突变的glnE基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。在一些方面，细菌细胞包含突变的nifL基因、突变的glnE基因和突变的amtB其中，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白，所述突变的amtB基因导致缺乏所述amtB基因的表达。

在一些方面，所述细菌细胞选自热带副伯克霍尔德氏菌(Paraburkholderiatropica)、异食副伯克霍尔德氏菌(Paraburkholderia xenovorans)、织片草螺菌(Herbaspirillum seropedicae)、弗赖森草螺菌(Herbaspirullum frisingense)、防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)、丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)、食苯假单胞菌(Pseudomonas benzenivorans)、马赛甲烷嗜杆菌(Metakosakonia massiliensis)、肠甲烷嗜杆菌(Metakosakonia intestinii)、水生拉恩菌、变栖克雷伯氏菌、精神无色杆菌、马氏无色杆菌、壁微杆菌、中间克吕沃尔菌、假蔗糖科萨克氏菌、肠杆菌属的某个种、产脂固氮螺菌和蔗糖科萨克氏菌。在一些方面，细菌细胞是植物内生的、植物附生的或根际的。在一些方面，细菌细胞选自：以ATCC PTA-126575保藏的细菌、以ATCC PTA-126576保藏的细菌、以ATCC PTA-126577保藏的细菌、以ATCC PTA-126578保藏的细菌、以ATCC PTA-126579保藏的细菌、以ATCC PTA-126580保藏的细菌、以ATCC PTA-126581保藏的细菌、以ATCC PTA-126582保藏的细菌、以ATCC PTA-126583保藏的细菌、以ATCC PTA-126584保藏的细菌、以ATCC PTA-126585保藏的细菌、以ATCC PTA-126586保藏的细菌、以ATCC PTA-126587保藏的细菌、以ATCC PTA-126588保藏的细菌、以NCMA 201701001保藏的细菌、以NCMA201701002保藏的细菌、以NCMA 201701003保藏的细菌、以NCMA201708004保藏的细菌、以NCMA201708003保藏的细菌、以NCMA201708002保藏的细菌、以NCMA 201708001保藏的细菌、以NCMA201712001保藏的细菌和以NCMA 201712002保藏的细菌。

在一些方面，细菌细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约95％序列同一性的核酸序列。在一些方面，细菌细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约99％序列同一性的核酸序列。在一些方面，细菌细胞包含选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列。

在一些方面，本公开涉及筛选样品中的细胞的方法，所述方法包括：(a)将天然条形码多核苷酸盒插入两种或更多种细胞的基因组中，其中所述盒包含从5’至3’取向的对于所述两种或更多种细胞中的每一种是天然的核苷酸序列作为：(i)正向引物结合位点，(ii)对于每种细胞、物种或菌株是独特的条形码，和(iii)反向引物结合位点；(b)将两种或更多种细胞施加于增殖培养基；(c)收集包含所述两种或更多种细胞的增殖培养基的样品；以及(d)通过分析条形码的丰度来确定样品中所述两种或更多种细胞的丰度。在一些方面，步骤(c)还包括裂解所述两种或更多种细胞。

在一些方面，丰度是相对丰度。在一些方面，丰度是绝对丰度。在一些方面，丰度通过PCR来测定。在一些方面，PCR选自多重PCR、dPCR、ddPCR或qPCR。在一些方面，丰度通过生成和利用标准曲线来测定。标准曲线可通过添加或搀入已知浓度或已知浓度范围的一个或多个样品来生成。可将一个或多个样品添加到从如本文所述的任何方法(例如，coco-seq测定)期间处理的样品中分离的核酸中。搀入的样品可以是本文提供的一种或多种对照条形码。

在一些方面，增殖培养基选自液体培养基、固体培养基或半固体培养基。在一些方面，增殖培养基是土壤。在一些方面，土壤包含一种或多种植物或植物部分。

在一些方面，一种或多种植物或植物部分选自非豆科植物。在一些方面，一种或多种非豆科植物是玉米。

在一些方面，步骤(c)与步骤(d)之间的时间段是足以使两种或更多种细胞至少加倍一次的时间量。在一些方面，正向引物结合位点和/或反向引物结合位点在两种或更多种细胞中的每一种中是相同的。在一些方面，正向引物结合位点和/或反向引物结合位点的GC含量是至少40％。

在一些方面，两种或更多种细胞包括同质细胞群。在一些方面，两种或更多种细胞包括异质细胞群。在一些方面，异质细胞群包含两种或更多种不同的物种。在一些方面，异质细胞群包含两种或更多种不同的菌株。在一些方面，异质细胞群包含每种物种的两种或更多种菌株。

在一些方面，两种或更多种细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。在一些方面，两种或更多种细胞是细菌细胞。

在一些方面，(i)、(ii)或(iii)中的至少一种的核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA分离的。在一些方面，(i)、(ii)和(iii)中的至少一种的核苷酸序列是16S rDNA或18S rDNA。

在一些方面，引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

在一些方面，条形码由少于100个核苷酸组成。在一些方面，引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。在一些方面，引物结合位点和条形码的核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

在一些方面，一种或多种细菌是转基因的。在一些方面，两种或更多种细菌是非属间改造细菌。在一些方面，两种或更多种细菌包括转基因细菌群。在一些方面，两种或更多种细菌包括非属间改造细菌群。在一些方面，非属间改造细菌包括或源自选自表1的细菌。在一些方面，两种或更多种细菌能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

在一些方面，条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。在一些方面，插入两种或更多种细胞中的每一种中的条形码的恒定条形码区域在所述两种或更多种细胞中的每一种中是相同的。在一些方面，插入两种或更多种细胞中的每一种中的条形码的可变条形码区域是不同的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的细胞才共享相同的可变区域。

在一些方面，将所述盒插入两种或更多种细胞的基因组中在两种或更多种细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。

在一些方面，所述盒存在于两种或更多种细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。在一些方面，所述盒存在于终止子区与两个编码区之一之间。

在一些方面，所述盒存在于两种或更多种细胞中的每一种的基因组中距复制起点设定的距离。在一些方面，距复制起点的设定距离在两种或更多种细胞中的每一种中是相似的或相同的。确保在每种细胞或菌株中在距复制起点半恒定距离处插入天然条形码多核苷酸盒可用于最小化由于距复制起点的距离而在测序覆盖度中引入的任何偏差。

在一些方面，本公开涉及对宿主细胞群进行条形码编码的方法，所述方法包括：(a)获得供体细胞；(b)选择并分离供体细胞的基因组中的第一核苷酸序列，选择并分离供体细胞的基因组中的第二核苷酸序列，以及选择并分离供体细胞的基因组中的第三核苷酸序列；(c)创建天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列作为：(i)第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，(ii)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和(iii)第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；(d)将天然条形码多核苷酸盒插入与(a)中供体细胞为同一属的宿主细胞的基因组中；以及(e)每次用相同属的不同宿主细胞重复(d)一次或多次；其中(i)、(ii)和(iii)的核苷酸序列对于宿主细胞是天然的，由此对宿主细胞群进行条形码编码。

在一些方面，宿主细胞群共享共同的物种。在一些方面，(e)的不同宿主细胞中的每一种是不同的菌株。在一些方面，(e)的不同宿主细胞中的每一种是不同的物种。

在一些方面，条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。在一些方面，插入宿主细胞群的每种宿主细胞中的条形码的恒定条形码区域在宿主细胞中的每一种中是相同的。在一些方面，插入宿主细胞群的每种宿主细胞中的条形码的可变条形码区域是不同的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的宿主细胞才共享相同的可变区域。在一些方面，将盒插入宿主细胞的基因组中在宿主细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。在一些方面，所述盒插入至群体的每种细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。在一些方面，所述盒的插入终止子区与两个编码区之一之间。在一些方面，所述盒至群体中的每种细胞的基因组中的插入距每种细胞中的复制起点设定的距离处。设定的距离可以是距复制起点的任何距离，前提是在其中掺入了条形码的群体的每个细胞中始终以相同或相似的距复制起点的距离掺入一个或多个条形码。

在一些方面，本公开涉及组合物，其包含：(a)经修饰的细胞群，其在其基因组中包含：(i)天然存在的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列，和(ii)天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列作为：(1)第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，(2)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和(3)第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；其中(ii)的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列与(i)的天然存在的序列相比，彼此接近程度不同。

在一些方面，经修饰的细胞群共享共同的物种。在一些方面，经修饰的细胞群包含不止一个物种。在一些方面，经修饰的细胞群包含每种物种的不止一个菌种。

在一些方面，条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。在一些方面，恒定条形码区域在经修饰的细胞中的每一种中是相同的。在一些方面，经修饰的细胞群中的可变条形码区域不是保守的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的经修饰的细胞才共享相同的可变区。在一些方面，将所述盒插入经修饰的细胞群的基因组中在经修饰的细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。

在一些方面，所述盒存在于宿主细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。在一些方面，所述盒存在于终止子区与两个编码区之一之间。

在一些方面，所述盒存在于宿主细胞的基因组中距复制起点设定的距离。在一些方面，距复制起点的设定距离在经修饰的细胞群的每一种经修饰的细胞中相似或相同。

附图说明

图1A描绘了根据实施方案的引导微生物改造过程的概述。

图1B描绘了如图1A所示的微生物组组成的测量的放大视图。

图1C描绘了有问题的“传统生物勘探”方法，所述方法与教导的引导微生物改造(guided microbial remodeling)(GMR)平台相比，具有有几个缺点。

图1D描绘了有问题的“生物勘探领域优先方法”系统，所述系统与教导的引导微生物改造(GMR)平台相比，具有有几个缺点。

图1E描绘了玉米生长周期中植物最需要氮的时期。

图1F描绘了改造的微生物的田间开发过程的概述。

图1G描绘了引导微生物改造平台实施方案的概述。

图1H描绘了计算引导的微生物改造平台的概述。

图1I描绘了在引导微生物改造平台方面结合建模的现场数据的使用。

图1J描绘了本公开的改造的微生物具有的5种特性。

图1K描绘了用于微生物PBC6.1的改造方法的示意图。

图1L描绘了改造微生物中与内源性氮调节解耦的nifA表达。

图1M描绘了改造的微生物对固定氮的改善的同化和排放。

图1N描绘了可归因于改造的微生物的玉米产量提高。

图1O说明了当前氮输送系统的低效率，这导致了施肥不足的田间、施肥过度的田间和对环境有害的氮径流

图2A说明了在GMR过程中使用的当前植物定殖测定，其基于绝对定殖。所描述的测定和过程不限于作为GMR过程的结果产生的细胞。

图2B描绘了使用不同方法评估19个菌株的定殖能力所需的假设植物计数。

图3A至图3D说明了通过利用天然微生物条形码实现的实施例2的教导的相对定殖测定的工作流程。这些相对定殖测定大大减少了定殖测定所需的植物数量。图3A说明了细菌基因组中选择天然存在的保守区以用作通用引物。图3B说明了从细菌菌株中选择天然存在的序列作为条形码序列。图3C说明了包含引物结合位点和条形码的盒。图3D说明了在植物中评估细菌竞争性定殖的一般工作流程。

图4说明了在来自多种野生型细菌菌株的基因组DNA的合并模板的PCR中引物结合位点对的优化。理想情况下，如泳道4中所观察到的，野生型菌株模板将不会产生任何产物。

图5说明了由于微生物(即，大肠杆菌(E.coli))染色体中的双向复制而导致的条形码偏斜(barcode skewing)。

图6A说明了微生物基因组中天然条形码多核苷酸序列的潜在插入位点，而图6B显示了微生物基因组中天然条形码多核苷酸序列相对于两个编码序列和位于其间的终止子序列的位置。

图7说明了如通过菌株基因组拷贝数(通过qPCR测定的)所反映的137-1036菌株对比亲本137菌株的较低定殖表型。每个菌株代表12株植物的单一处理。

图8说明了如通过生长在植物上的不同条形码标记的菌株的相对丰度的差异所反映的含有天然条形码(即，条形码1、2和7)的137菌株的差异定殖，所述植物接种有以100∶10∶1的比例分别含有每种天然条形码(即，条形码1、2和7)的接种物。

图9说明了如在植物上生长的不同条形码标记的菌株的相对丰度的差异所反映的137-1036菌株对比亲本137菌株的较低定殖表型，所述植物接种有不同条形码标记的菌株的混合物集合。

图10说明了使用实施例2和3以及本公开全文中描述的扩增和测序方法针对对照DNA和测试DNA的已知拷贝数确定的读段计数。对照DNA和测试DNA都具有相同的通用引物结合位点，其侧接对于对照DNA或测试DNA是独特的条形码序列。对照DNA中存在的独特条形码序列基于海獭基因组的序列，而测试DNA中存在的独特条形码序列是基于实施例2中描述的137亲本菌株的序列选择的。以跨越几个数量级的不同拷贝数(即，测试1中为10

图11说明了如使用实施例4中和整个本公开中描述的扩增和测序方法测定的菌株137、137-1036、137-3933、137-3944和137-2285的总丰度(细胞/克鲜重(gfw))。每个菌株都含有天然多核苷酸条形码序列，其含有侧接对于实施例4中描述的每个菌株是独特的条形码序列的相同的通用引物结合位点。如可以看到的，实施例4中描述的Coco-seq测定显示，每个带条形码的菌株具有比亲本137菌株更弱的定殖能力，其中菌株137-2285具有最弱的定殖能力。

具体实施方式

虽然本文已经示出和描述了本公开的各种实施方案，但对于本领域技术人员将显而易见的是此类实施方案仅通过举例的方式提供。在不偏离本公开的情况下本领域技术人员现将进行各种变型、变化和替换。应当理解，可以采用本文所述的本公开的实施方案的各种替代方案。

肥料利用的增加带来了环境问题，而且对于全球许多经济紧张的地区来说也是不可能的。此外，微生物领域的许多行业参与者都专注于产生属间微生物。然而，被表征/分类为属间的工程微生物承受着沉重的监管负担。这些属间微生物不仅面临更高的监管负担(这使得广泛采用和实施变得困难)，而且它们还面临着大量的公众认知审查。

目前，市场上没有非属间的、能够增加非豆科作物固氮的工程微生物。此类微生物的这种缺乏是帮助引入真正环境友好和更加可持续的21世纪农业系统的缺失因素。

在这种生物的开发中出现的问题是鉴定不仅能够固定氮，而且还能够在非豆科作物的根部定殖的候选生物的能力。在筛选候选生物时，固氮效率高但定殖效率较低的生物可能很难在混合样品中被检测到。本公开解决了上述问题，并提供了用于提高检测此类生物体的能力的方法。教导的方法和由此鉴定的非属间微生物将有助于21世纪的农民减少对使用不断增加的量的外源氮肥的依赖。

定义

除非本文另外指出或除非上下文中明显矛盾，否则在描述本公开的上下文中(尤其是在以下权利要求书的上下文中)，术语“一个/种(a)(an)”、“一个/种(an)”和“该(the)”以及类似指称对象的使用应解释为涵盖单数和复数两者。术语“包含”、“具有”、“包括”和“含有”应解释为开放式术语(即，意味着“包括但不限于”)，除非另外地注解。除非本文另外指出，否则本文中值的范围的列举仅仅意图用作个别地表示落入所述范围的各单独值的速记方法，并且将每个单个值并入说明书，如同其在本文中被单独引用一样。例如，如果公开范围10至15，那么也公开11、12、13和14。除非本文另外指出或除非上下文中明显矛盾，否则本文所述的所有方法都可以按任何合适的顺序进行。本文所提供的任何以及所有实例或示例性语言(例如，“诸如”)的使用仅意图更好地阐明本公开，并且除非另外要求，否则不会对本公开的范围施加限制。本说明书中的语言不应解释为指出任何未要求保护的实施本公开的必需要素。

术语“多核苷酸”、“核苷酸”、“核苷酸序列”、“核酸”和“寡核苷酸”可互换使用。它们是指任何长度的核苷酸(脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，或其类似物)的聚合物形式。多核苷酸可以具有任何三维结构，并且可以执行任何已知或未知的功能。以下是多核苷酸的非限制性实例：基因或基因片段的编码或非编码区、由连锁分析定义的多个基因座(基因座)、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)、微RNA(miRNA)、核酶、cDNA、重组多核苷酸、支链多核苷酸、质粒、载体、任何序列的分离DNA、任何序列的分离RNA、核酸探针和引物。多核苷酸可包含一种或多种经修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸和核苷酸类似物。如果存在，可以在聚合物组装之前或之后赋予对核苷酸结构的修饰。核苷酸序列可能被非核苷酸组分打断。聚合后可进一步修饰(诸如通过与标记组分缀合)多核苷酸。

“杂交”是指一种如下反应，其中一种或多种多核苷酸反应形成通过核苷酸残基的碱基之间的氢键合进行稳定的复合物。氢键合可以通过沃尔森克里克碱基配对、Hoogstein结合或根据碱基互补性以任何其它序列特异性方式发生。复合物可包含形成双链体结构的两条链、形成多链复合物的三条或更多条链、单条自杂交链、或这些的任意组合。杂交反应可以构成更广泛过程中的一个步骤，诸如PCR的起始，或核酸内切酶对多核苷酸的酶促切割。与第一序列互补的第二序列被称为第一序列的“互补物”。应用于多核苷酸的术语“可杂交的”是指多核苷酸形成复合物的能力，所述复合物通过杂交反应中核苷酸残基的碱基之间的氢键合而稳定。

如本文中所用，“生物膜”或“成熟生物膜”是指相关联的和/或积累的和/或聚集的微生物细胞、它们的产物(例如外聚合物质)和粘附至活性或惰性表面的无机颗粒。

“互补性”是指核酸通过常规沃尔森-克里克类型或其它非常规类型与另一核酸序列形成一个或多个氢键的能力。互补性百分比表示核酸分子中可以与第二核酸序列形成氢键(例如，沃尔森-克里克碱基配对)的残基的百分比(例如，10个中的5个、6个、7个、8个、9个、10个分别为50％、60％、70％、80％、90％和100％互补的)。“完全互补的”是指核酸序列的所有连续残基将与第二核酸序列中相同数量的连续残基形成氢键。如本文中所用，“基本上互补的”是指在8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、30个、35个、40个、45个、50个或更多个核苷酸的区域上至少为60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或100％的互补性程度，或者是指在严格条件下杂交的两个核酸。序列同一性，诸如出于评估互补性百分比的目的，可以通过任何合适的比对算法进行测量，所述比对算法包括但不限于Needleman-Wunsch算法(参见例如可在www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html上获得的EMBOSS Needle aligner，任选地利用默认设置)、BLAST算法(参见例如可blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi上在获得的BLAST比对工具，任选地利用默认设置)或Smith-Waterman算法(参见例如可在www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/nucleotide.html上获得的EMBOSS Water aligner，任选地利用默认设置)。可以使用所选算法的任何合适的参数(包括默认参数)来评估最佳比对。

一般而言，用于杂交的“严格条件”是指在其下与靶序列具有互补性的核酸主要与靶序列杂交，并且基本上不与非靶序列杂交的条件。严格条件通常是序列依赖性的，并取决于许多因素而变化。通常，序列越长，所述序列与其靶序列特异性杂交时的温度就越高。在Tijssen(1993),Laboratory Techniques In Biochemistry And Molecular Biology-Hybridization With Nucleic Acid Probes第I部分，第2章“Overview of principles ofhybridization and the strategy of nucleic acid probe assay”,Elsevier,N.Y.中详细地描述了严格条件的非限制性实例。

如本文中所用，“表达”是指多核苷酸籍以从DNA模板转录(诸如转录为mRNA或其它RNA转录物)的过程和/或随后籍以将转录的mRNA翻译成肽、多肽或蛋白质的过程。转录物和编码的多肽可统称为“基因产物”。如果多核苷酸源自基因组DNA，则表达可包括在真核细胞中mRNA的剪接。

术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，用于指任何长度的氨基酸聚合物。聚合物可以是直链或支链，其可以包含经过修饰的氨基酸，并且其可以间杂非氨基酸。所述术语还涵盖已被修饰的氨基酸聚合物；例如，二硫键形成、糖基化、脂质化、乙酰化、磷酸化或任何其它操作(诸如与标记组分缀合)。如本文中所用，术语“氨基酸”包括天然和/或非天然或合成的氨基酸，包括甘氨酸及D或L光学异构体，以及氨基酸类似物和肽模拟物。

如本文吕所用，术语“约”与术语“大约”同义使用。说明性地，关于量的术语“约”的使用表示值略微超出(例如加或减0.1％至10％)所引用值。

术语“生物纯培养物”或“基本上纯的培养物”是指本文所述的细菌物种的培养物，其不含数量足以干扰培养物复制或通过常规细菌学技术检测的其它细菌物种。

“植物生产力”通常是指作为植物生长原因的植物生长或发育的任何方面。对于粮食作物，诸如谷物或蔬菜，“植物生产力”可以指从特定作物收获的谷物或果实的产量。如本文中所用，提高的植物生产力泛指出于各种目的收获的谷物、果实、花或其它植物部分的产量的提高，包括茎、叶片和根在内的植物部分的生长的提高，植物生长的促进，叶片中高叶绿素含量的维持，增加果实或种子数量，增加果实或种子单位重量，由于减少氮肥使用而减少NO

粮食作物内部和周围的微生物会影响这些作物的性状。可受微生物影响的植物性状包括：产量(例如，谷物产量、生物量产生、果实发育、花集(flower set))；营养(例如，氮、磷、钾、铁、微量营养素获取)；非生物胁迫管理(例如，耐旱、耐盐、耐热)；和生物胁迫管理(例如害虫、杂草、昆虫、真菌和细菌)。改变作物性状的策略包括：增加关键代谢物浓度；改变微生物对关键代谢物影响的时间动态；将微生物代谢物的产生/降解与新的环境线索联系起来；减少负代谢物；以及改善代谢物或基础蛋白质的平衡。

如本文中所用，“控制序列”是指操纵子、启动子、沉默子或终止子。

如本文中所用，“在植物中”可以指在植物中、植物上或与植物密切相关，这取决于使用环境(例如植物内生、植物附生或根际关联)。植物可包括植物部分、组织、叶片、根、根毛、根茎、茎、种子、胚珠、花粉、花、果实等。

在一些实施方案中，本公开的基因的天然或内源控制序列被一种或多种属内控制序列替换。

如本文中所用，“引入”是指通过现代生物技术引入，而不是自然发生的引入。

在一些实施方案中，本公开的细菌已被修饰，使得它们不是天然存在的细菌。

在一些实施方案中，本公开的细菌以每克植物鲜重或干重至少10

本公开的肥料和外源氮可以包括以下含氮分子：铵、硝酸盐、亚硝酸盐、氨、谷氨酰胺等。本公开的氮源可以包括无水氨、硫酸铵、尿素、磷酸二铵、尿素-形式、磷酸一铵、硝酸铵、氮溶液、硝酸钙、硝酸钾、硝酸钠等。

如本文中所用，“外源氮”是指在非限氮条件下存在的在土壤、田间或生长培养基中容易获得的非大气氮，包括氨、铵、硝酸盐、亚硝酸盐、尿素、尿酸、铵酸等。

如本文中所用，“非限氮条件”是指在土壤、田间或培养基中以大于约4mM的氮浓度可用的非大气氮，如Kant等人(2010.J.Exp.Biol.62(4):1499-1509)(其通过引用并入本文)所公开的。

如本文中所用，“属间微生物”是通过有意组合最初从不同分类学的属的生物体分离的遗传物质形成的微生物。“属间突变体”可以与“属间微生物”互换使用。示例性“属间微生物”包括含有首先在与受体微生物不同属的微生物中鉴定的可移动遗传元件的微生物。进一步的解释，除其它以外，可见于40 C.F.R.§725.3。

在一些方面，本文教导的微生物是“非属间的”，这意味着微生物不是属间的。

如本文中所用，“属内微生物”是通过有意组合最初从相同分类学的属的生物体分离的遗传物质形成的微生物。“属内突变体”可以与“属内微生物”互换使用。

如本文中所用，“引入的遗传物质”是指添加到受体基因组并作为其组分保留的遗传物质。

如本文中所用，在非属间微生物的上下文中，术语“改造的”与术语“工程化的”同义使用。因此，“非属间改造微生物”与“非属间工程化微生物”具有同义含义，并且将互换使用。此外，本公开可能提及“工程化的菌株”或“工程化的衍生物”或“工程化的非属间微生物”，这些术语与“改造的菌株”或“改造的衍生物”或“改造的非属间微生物”同义使用。

在一些实施方案中，固氮和同化基因调控网络包含编码基因和非编码序列的多核苷酸，所述基因和非编码序列指导、调控并且/或者调节微生物固氮和/或同化，并且可以包含nif簇(例如，nifA、nifB、nifC、……nifZ)的多核苷酸序列、编码氮调节蛋白C的多核苷酸、编码氮调节蛋白B的多核苷酸、gln簇(例如，glnA和glnD)、draT和氨转运蛋白/通透酶的多核苷酸序列。在一些情况下，Nif簇可包括NifB、NifH、NifD、NifK、NifE、NifN、NifX、hesa和NifV。在一些情况下，Nif簇可包括NifB、NifH、NifD、NifK、NifE、NifN、NifX、hesa和NifV的子集。

在一些实施方案中，本公开的肥料包含按重量计至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％的氮。

在一些实施方案中，本公开的肥料包含按重量计至少约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％、约49％、约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％或约99％的氮。

在一些实施方案中，本公开的肥料包含按重量计约5％至50％、约5％至75％、约10％至50％、约10％至75％、约15％至50％、约15％至75％、约20％至50％、约20％至75％、约25％至50％、约25％至75％、约30％至50％、约30％至75％、约35％至50％、约35％至75％、约40％至50％、约40％至75％、约45％至50％、约45％至75％或约50％至75％的氮。

在一些实施方案中，相对于未暴露于本公开的细菌的对照植物，测量植物中固氮的增加/或1％或更多的氮的产生。相对于对照细菌测量细菌的所有增加或减少。相对于对照植物测量植物的所有增加或减少。

如本文中所用，“组成型启动子”是在大多数条件下和/或在大多数发育发阶段期间具有活性的启动子。在生物技术中使用的表达载体中使用组成型启动子有几个有利方面，诸如：高水平产生用于选择转基因细胞或生物体的蛋白质；高水平表达报告蛋白或可评分的标志物，便于检测和定量；高水平产生作为调控转录系统的一部分的转录因子；产生需要生物体中普遍存在的活性的化合物；以及产生所有开发阶段所需的化合物。非限制性示例性组成型启动子包括CaMV 35S启动子、冠瘿碱启动子、遍在蛋白启动子、醇脱氢酶启动子等。

如本文中所用，“非组成型启动子”是在某些条件下、在某些类型的细胞中和/或在某些发育阶段期间具有活性的启动子。例如，组织特异性启动子、组织优选启动子、细胞类型特异性启动子、细胞类型优选启动子、诱导型启动子和受发育控制的启动子是非组成型启动子。受发育控制的启动子的实例包括优先在某些组织中启动转录的启动子。

如本文中所用，“诱导型”或“可阻遏型”启动子是受化学或环境因素控制的启动子。可影响诱导型启动子转录的环境条件的实例包括厌氧条件、某些化学物质、光的存在、酸性或碱性条件等。

如本文中所用，“组织特异性”启动子是仅在某些组织中启动转录的启动子。与基因的组成型表达不同，组织特异性表达是基因调控的几个相互作用水平的结果。因此，在本领域中有时优选使用来自同源或密切相关的物种的启动子来在特定组织中实现转基因的高效和可靠表达。这是从科学和专利文献中发现的特定组织中分离出大量组织特异性启动子的主要原因之一。

如本文中所用，术语“可操作地连接”是指核酸序列在单个核酸片段上的缔合，使得一个核酸的功能受另一个核酸调节。例如，当启动子能够调控编码序列的表达时(即，编码序列处于启动子的转录控制之下)，启动子与编码序列可操作地连接。编码序列可以以有义或反义取向与调控序列可操作地连接。在另一个实例中，本公开的互补RNA区域可以直接或间接地可操作地连接到靶mRNA的5'，或靶mRNA的3'，或靶mRNA内部，或者第一互补区是5'并且它的互补序列是靶mRNA的3'。

在一些方面，“将多个非属间细菌施用于植物”包括籍以使植物(包括植物部分，诸如如种子、根、茎、组织等)在植物生命周期的任何阶段与所述细菌接触(即暴露)的任何方式。因此，“将多种非属间细菌施用于植物”包括将植物(包括植物部分，诸如种子、根、茎、组织等)暴露于所述细菌的以下任何方式：喷洒到植物上，滴在植物上，作为种皮施用，施用于随后将种植种子的田间，施用于已经种植种子的田间，施用于有成年植物的田间，等等。

如本文中所用，“MRTN”是最大返回氮(maximum return to nitrogen)的首字母缩写词，并在实施例中用作实验处理。MRTN由Iowa State University开发，并且信息可见于：cnrc.agron.iastate.edu/。MRTN是氮施用的经济净回报最大化时的施氮量。计算MRTN的方法是在各个州制定玉米施氮量指南的区域方法。对Illinois、Iowa、Michigan、Minnesota、Ohio和Wisconsin的施氮量试验数据进行了评估，这些地方有足够数量的研究试验可用于大豆后的玉米种植和玉米后的玉米种植。试验在春季、侧施或分次种植前/侧施施氮条件下进行，除了Wisconsin的灌溉沙地以外，其它地点不灌溉。MRTN是由Iowa State University开发的，原因是确定玉米生产所需的建议施氮量的方法存在明显差异、对施氮量指南的误解以及对施用率的担忧。通过计算MRTN，从业者可以确定以下内容：(1)氮施用的经济净收益最大化时的施氮量，(2)经济最优施氮量，即最后一次增氮带来产量的增加足够大以支付额外的氮的点，(3)归因于施氮的玉米籽粒增加值，以及最大产量，即施用更多氮不会导致玉米产量增加的产量。因此，MRTN计算为从业者提供了在不同地区最大化玉米作物，同时使氮施用的经济收益最大化的手段。

术语mmol是毫摩尔的缩写，其为摩尔(在本文中缩写为mol)的千分之一(10

如本文中所用，术语“微生物(microorganism)”或“微生物(microbe)”应被广义地理解。这些可互换使用的术语包括但不限于两个原核生物领域：细菌和古细菌。该术语还可包括真核生物真菌和原生生物。

术语“微生物聚生体(microbial consortia)”或“微生物聚生体(microbialconsortium)”是指单个微生物物种或物种的菌株的微生物群落的亚组，其可被描述为执行共同功能，或可被描述为参与或导致或关联可识别的参数，诸如目标表型性状。

术语“微生物群落”是指包含两种或更多种物种或菌株的一组微生物。与微生物聚生体不同，微生物群落不必执行共同的功能，或者不必参与、导致或关联可识别的参数，诸如目标表型性状。

如本文中所用，“分离”、“分离的”、“分离的微生物”等术语旨在表示一种或多种微生物已与在特定环境中与其相关联的材料(例如土壤、水、植物组织等)中的至少一种分离。因此，“分离的微生物”不存在于其天然存在的环境中；相反，正是通过本文所述的各种技术，微生物才得以从其天然环境中取出并被置于非天然存在的存在状态中。因此，分离的菌株或分离的微生物可以作为例如生物纯培养物或孢子(或菌株的其它形式)存在。一些方面，分离的微生物可以与可接受的载体结合，所述载体可以是农业上可接受的载体。

在本公开的某些方面，分离的微生物作为“分离的和生物学纯的培养物”存在。本领域技术人员将理解，特定微生物的分离且生物学纯的培养物表示所述培养物基本上不含其它活生物体并且仅包含所述的单种微生物。培养物可含有不同浓度的所述微生物。本公开指出，分离的和生物纯的微生物通常“必然不同于纯度较低或不纯的材料”。参见，例如Inre Bergstrom,427 F.2d 1394,(CCPA 1970)(讨论纯化的前列腺素)，另参见，In reBergy,596F.2d 952(CCPA 1979)(讨论纯化的微生物)，另参见，Parke-Davis&Co.v.H.K.Mulford&Co.,189F. 95(S.D.N.Y.1911)(Learned Hand讨论纯化的肾上腺素)，部分已附，部分已修订，196 F.496(2d Cir.1912)，每篇文献均通过引用并入本文。此外，在一些方面，本公开提供了必须在分离的和生物纯的微生物培养物中发现的浓度或纯度限制的某些定量测量。在某些实施方案中，这些纯度值的存在是将当前公开的微生物与以天然状态存在的那些微生物区分开的进一步属性。参见，例如，Merck&Co.v.Olin MathiesonChemical Corp.,253 F.2d 156(4th Cir.1958)(讨论微生物产生的维生素B12的纯度限制)，其通过引用并入本文。

如本文中所用，“单个分离株”应被认为是指在与一种或多种其它微生物分离后主要包含微生物的单一属、种或菌株的组合物或培养物。

本公开的微生物可以包括孢子和/或营养细胞。在一些实施方案中，本公开的微生物包括处于存活但不可培养(VBNC)状态的微生物。如本文中所用，“孢子(spore)”或“孢子(spores)”是指由细菌和真菌产生的适于生存和传播的结构。孢子通常以休眠结构为特征；然而，孢子能够通过萌发过程进行分化。萌发是孢子分化为能够进行代谢活动、生长和繁殖的营养细胞。单个孢子的萌发产生单个真菌或细菌营养细胞。真菌孢子是无性繁殖的单位，并且在一些情况下是真菌生命周期中的必要结构。细菌孢子是在以下条件下存活的结构，所述条件通常可能不利于营养细胞的存活或生长。

如本文所用，“微生物组合物”是指包含本公开的一种或多种微生物的组合物。在一些实施方案中，将微生物组合物施用于植物(包括各种植物部分)和/或在农业领域。

如本文中所用，“载体”、“可接受的载体”或“农业上可接受的载体”是指可与微生物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或媒介物，其不会对微生物产生不利影响。

固氮调控

在一些情况下，固氮途径可以作为基因工程改造和优化的靶标。可以通过本文描述的方法靶向调控的一种性状是固氮。氮肥是农场最大的运营费用，也是提高玉米和小麦等行栽作物产量的最大驱动力。本文描述了可以在非豆科作物中输送可再生形式的氮的微生物产品。虽然一些植物内生菌具有在纯培养中固氮所必需的遗传学，但基本的技术挑战是谷类和禾本科植物的野生型植物内生菌停止在施肥田间固氮。化学肥料的施用和田间土壤中残留的氮水平向微生物发出关闭固氮的生化途径的信号。

固氮调控网络组分的转录和翻译后水平的变化可以有利于开发能够在肥料存在的情况下将氮固定和转移到玉米的微生物。为此，本文描述了精确进化调控网络并引发新型表型的宿主微生物进化(HoME)技术。本文还描述了从玉米中分离出的独特的、专有的固氮植物内生菌文库，以及围绕微生物和宿主植物在不同环境条件(如氮胁迫和过量)下相互作用的广泛组学数据。在一些实施方案中，该技术能够实现植物内生菌基因调控网络的精确进化，以产生即使在田间存在肥料的情况下也能主动固氮的微生物。本文还描述了对进化微生物的技术潜力的评估，所述进化微生物定殖在玉米根组织并为施肥植物产生氮，以及对植物内生菌与标准配方实践和不同土壤的相容性的评估，以确定将微生物整合到现代氮管理策略中的可行性。

为了利用元素氮(N)进行化学合成，生命形式将大气中可用的氮气(N

在变形菌门(Proteobacteria)中，固氮的调控以σ

NifA从nifLA操纵子转录而来，所述操纵子的启动子被磷酸化的NtrC(另一种σ

NifA的活性也响应于环境氮而受到翻译后调控，最典型的是通过NifL介导的NifA活性的抑制。一般来说，NifL和NifA的相互作用受PII蛋白信号传导级联经由GlnK的影响，尽管GlnK与NifL/NifA之间相互作用的性质在固氮菌之间差异显著。在肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)中，两种形式的GlnK均抑制NifL/NifA相互作用，并且GlnK与NifL/NifA之间的相互作用由细胞内游离GlnK的总体水平决定。在氮过量的条件下，去尿苷酰基化的GlnK与铵转运蛋白AmtB相互作用，这既可以阻止AmtB对铵的摄取，又可以将GlnK隔离到膜上，从而允许NifL抑制NifA。另一方面，在维涅兰德固氮菌(Azotobactervinelandii)中，NifL/NifA相互作用和NifA抑制需要与去尿苷酰基化的GlnK的相互作用，而GlnK的尿苷酰基化抑制其与NifL的相互作用。在缺乏nifL基因的固氮菌中，有证据表明NifA活性在氮过量条件下直接被与GlnK和GlnB的去尿苷酰基化形式的相互作用抑制。在一些细菌中，Nif簇可受glnR调控，并且在一些情况下，这可包括负调控。不管机制如何，NifA的翻译后抑制是大多数已知固氮菌中nif簇的重要调控因子。此外，nifL、amtB、glnK和glnR是可以在本文描述的方法中突变的基因。

除了调控nif基因簇的转录之外，许多固氮菌还进化出用于直接翻译后修饰和抑制固氮酶本身的机制，称为固氮酶关闭(nitrogenase shutoff)。这是在氮过量条件下由Fe蛋白(NifH)的ADP核糖基化介导的，这会破坏其与MoFe蛋白复合物(NifDK)的相互作用并消除固氮酶活性。DraT催化Fe蛋白的ADP-核糖基化和固氮酶的关闭，而DraG催化ADP-核糖的去除和固氮酶的重新激活。与nifLA转录和NifA抑制一样，固氮酶关闭也通过PII蛋白信号传导级联进行调控。在氮过量条件下，去尿苷酰基化的GlnB与DraT相互作用并将其激活，而去尿苷酰基化的GlnK与DraG和AmtB相互作用形成复合物，将DraG隔离到膜上。在限氮条件下，GlnB和GlnK的尿苷酰基化形式不分别与DraT和DraG相互作用，导致DraT失活以及DraG扩散到Fe蛋白，在那里其去除ADP核糖并激活固氮酶。本文所述的方法还考虑将遗传变异引入nifH、nifD、nifK和draT基因中。

尽管一些植物内生菌具有体外固氮能力，但在田间施用大量外源化学肥料时，遗传学通常会被抑制。人们可以将外源氮的感知与固氮酶的表达解耦，以促进基于田间固氮。随时间提高整体固氮酶活性进一步有助于增加供作物利用的氮的产量。使用本文所述方法促进基于田间固氮的遗传变异的特定靶标包括一种或多种选自由以下组成的组的基因：nifA、nifL、ntrB、ntrC、glnA、glnB、glnK、draT、amtB、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB和nifQ。

使用本文描述的方法促进基于田间固氮的遗传变异的另一个靶标是NifA蛋白。NifA蛋白通常是固氮基因表达的激活因子。增加NifA的产生(组成性地或在高氨条件下)避免了天然的氨感应途径。此外，减少NifL蛋白(一种已知的NifA抑制剂)的产生也会导致自由活性NifA的水平升高。另外，增加nifAL操纵子的转录水平(组成型或在高氨条件下)也会导致NifA蛋白的整体水平更高。nifAL表达水平的提高是通过改变启动子本身或通过降低NtrB(ntrB和ntrC信号传导级联的一部分，其最初会在高氮条件下导致nifAL操纵子关闭)的表达来实现的。通过本文所述的这些方法或任何其它方法实现的高水平的NifA增加了植物内生菌的固氮活性。

使用本文描述的方法促进基于田间固氮的遗传变异的另一个靶标是GlnD/GlnB/GlnK PII信号传导级联。细胞内谷氨酰胺水平通过GlnD/GlnB/GlnK PII信号传导级联来感应。消除了GlnD尿苷酰基去除活性的GlnD中的活性位点突变破坏了氮感应级联。另外，GlnB浓度的降低会使谷氨酰胺感应级联短路。这些突变“诱骗”细胞感知限氮状态，从而提高固氮水平活性。这些过程也可响应于细胞内或细胞外的氨、尿素或硝酸盐水平。

amtB蛋白也是使用本文所述方法促进基于田间固氮的遗传变异的靶标。通过降低amtB蛋白的表达水平，可以减少从环境中摄取氨。如果没有细胞内氨，植物内生菌就无法感应高水平的氨，从而阻止了固氮基因的下调。任何设法进入细胞内区室的氨都被转化为谷氨酰胺。细胞内谷氨酰胺水平是氮感应的主要货币(currency)。降低细胞内谷氨酰胺水平可防止细胞感应环境中的高铵水平。这种效果可以通过增加谷氨酰胺酶的表达水平来实现，谷氨酰胺酶是一种将谷氨酰胺转化为谷氨酸的酶。另外，细胞内谷氨酰胺也可以通过减少谷氨酰胺合酶(一种将氨转化为谷氨酰胺的酶)来减少。在固氮菌中，固定氨很快被同化为谷氨酰胺和谷氨酸，以用于细胞过程。氨同化的中断可发使固定氮转向到以氨的形式从细胞中输出。固定氨主要通过由glnA编码的谷氨酰胺合成酶(GS)同化为谷氨酰胺，随后通过谷氨酰胺酮戊二酸氨基转移酶(GOGAT)同化为谷氨酰胺。在一些实例中，glnS编码谷氨酰胺合成酶。GS受到GS腺苷酰基转移酶(GlnE)翻译后调控，所述GS腺苷酰基转移酶是由glnE编码的双功能酶，其分别通过其腺苷酰基转移酶(AT)和去除腺苷酰基(AR)结构域的活性催化GS的腺苷酰化和去腺苷酰化。在限氮条件下，glnA被表达，并且GlnE的AR结构域使GS去腺苷酰化，使其具有活性。在氮过量的条件下，glnA表达被关闭，GlnE的AT结构域被谷氨酰胺变构激活，导致GS的腺苷酰化和失活。

此外，draT基因也是使用本文所述方法促进基于田间固氮的遗传变异的靶标。一旦细胞产生氮固定酶，固氮酶关闭代表其中细胞在高氮条件下下调固氮活性的另一个水平。这种关闭可通过降低DraT的表达水平来消除。

赋予新微生物表型的方法可以在转录、翻译和翻译后水平进行。转录水平包括启动子的变化(诸如改变σ因子或结合位点对转录因子的亲和力，包括缺失全部或部分启动子)或改变转录终止子和衰减子。翻译水平包括核糖体结合位点的变化和改变mRNA降解信号。翻译后水平包括突变酶的活性部位和改变蛋白质-蛋白质相互作用。这些变化可以通过多种方式实现。表达水平的降低(或完全消除)可以通过将天然核糖体结合位点(RBS)或启动子与另一个具有较低强度/功效的核糖体结合位点或启动子交换来实现。ATG起始位点可以交换为GTG、TTG或CTG起始密码子，这会导致编码区翻译活性降低。完全消除表达可以通过敲除(缺失)基因的编码区来完成。对开放阅读框(ORF)进行移码可能会导致沿ORF的过早终止密码子，从而产生无功能的截短产物。插入框内终止密码子也将类似地产生非功能性截短的产物。也可以在N或C端添加降解标签以降低特定基因的有效浓度。

相反，本文所述基因的表达水平可通过使用更强的启动子来实现。为了确保在高氮水平条件下(或任何其它条件)的高启动子活性，可以获得在高氮水平条件下整个基因组的转录谱，并且可以从该数据集中选择具有所需转录水平的活性启动子来代替弱启动子。弱起始密码子可用ATG起始密码子交换出去，以获得更好的翻译起始效率。弱核糖体结合位点(RBS)也可以用具有更高翻译起始效率的不同RBS交换出去。另外，还可以进行位点特异性诱变来改变酶的活性。

提高植物中发生的固氮水平可以减少作物生产所需的化学肥料的量并减少温室气体排放(例如，一氧化二氮)。

细菌群的产生

细菌的分离

可通过从天然植物的表面或组织中提取微生物来获得可用于本文公开的方法和组合物中的微生物。可通过研磨种子以分离微生物来获得微生物。可以通过在不同的土壤样品中种植种子并从组织中回收微生物来获得微生物。另外，可通过用外源微生物接种植物并确定哪些微生物出现在植物组织中来获得微生物。植物组织的非限制性实例包括种子、幼苗、叶片、插枝、植物、球茎或块茎。

获得微生物的一种方法可以是通过从土壤中分离细菌。可以从各种土壤类型收集细菌。在一些实例中，土壤可以通过诸如高肥力或低肥力、水分水平、矿物质水平和各种种植实践等性状来表征。例如，土壤可能参与轮作，其中在轮作的情况下，在连续的种植季节在同一土壤中种植不同的作物。同一土壤上不同作物的连续生长可以防止某些矿物质的不成比例消耗。可以从生长在选定土壤中的植物中分离细菌。幼苗可在生长2-6周时收获。例如，在一轮收获中可以收集至少400个分离株。土壤和植物类型揭示了允许某些表型的下游富集的植物表型以及条件。

可以从植物组织中分离微生物以评估微生物性状。处理组织样品的参数可能会有所不同，以分离不同类型的关联微生物，诸如根际细菌、植物附生菌或植物内生菌。分离物可以在无氮培养基中培养以富集进行固氮的细菌。或者，微生物可以从全球菌株库中获得。

在植物中，进行分析以评估微生物性状。在一些实施方案中，植物组织可经处理用于通过DNA和RNA的高通量处理进行筛选。另外，非侵入性测量可用于评估植物特性，诸如定殖。可在逐株植物的基础上获得对野生微生物的测量。也可使用中等通量方法在田间获得对野生微生物的测量。可以随时间推移连续进行测量。可使用的模型植物系统包括但不限于狗尾草(Setaria)。

植物系统中的微生物可以通过植物系统中微生物的转录谱进行筛选。通过转录谱分析进行筛选的实例包括使用定量聚合酶链式反应(qPCR)、用于转录物检测的分子条形码、下一代测序和使用荧光标记物进行微生物标记的方法。可以测量影响因素以评估温室中的定殖，包括但不限于微生物组、非生物因素、土壤条件、氧气、水分、温度、接种条件和根定位。可以通过如本文所述使用IRMS或NanoSIMS测量15N气体/肥料(稀释物)来评估细菌中的固氮作用，NanoSIMS是高分辨率二次离子质谱法。NanoSIMS技术是一种研究生物样品的化学活性的方法。可以在细胞、亚细胞、分子和元素水平上研究驱动微生物代谢的氧化反应的还原的催化作用。NanoSIMS可以提供大于0.1μm的高空间分辨率。NanoSIMS可以检测诸如

自动化温室可用于植物分析。响应于微生物暴露的植物衡量指标包括但不限于生物量、叶绿体分析、CCD相机、体积断层扫描测量。

富集微生物群的一种方式是根据基因型。例如，使用靶向引物或特异性引物进行聚合酶链式反应(PCR)分析。为nifH基因设计的引物可用于鉴定固氮菌，因为固氮菌在固氮过程中表达nifH基因。还可通过独立于单细胞培养的方法和趋化性引导的分离方法来富集微生物群。或者，可通过在选择培养基上培养微生物来进行微生物的靶向分离。针对所需性状富集微生物群的预谋方法可由生物信息学数据指导并在本文中进行描述。

使用生物信息学富集具有固氮能力的微生物

生物信息学工具可用于鉴定和分离促进植物生长的根际细菌(PGPR)，所述促进植物生长的根际细菌是根据它们进行固氮的能力选择的。具有高固氮能力的微生物可以促进植物的有利性状。用于鉴定PGPR的生物信息学分析模式包括但不限于基因组学、宏基因组学、靶向分离、基因测序、转录组测序和建模。

基因组学分析可用于鉴定PGPR并使用本文所述的下一代测序方法和微生物版本控制(microbe version control)确认突变的存在。

宏基因组学可用于使用定殖的预测算法鉴定和分离PGPR。元数据(Metadata)还可用于鉴定环境和温室样品中工程改造的菌株的存在。

转录组测序可用于预测导致PGPR表型的基因型。另外，转录组数据用于鉴定改变基因表达的启动子。可以结合全基因组序列(WGS)分析转录组数据，以生成代谢和基因调控网络模型。

微生物的驯化

从自然界中分离的微生物可以经历驯化过程，其中微生物被转化为可遗传追踪和鉴定的形式。驯化微生物的一种方式是用抗生素抗性来对其进行工程改造。工程改造抗生素抗性的过程可以从确定野生型微生物菌株的抗生素敏感性开始。如果细菌对抗生素敏感，那么抗生素可以成为抗生素抗性工程改造的良好候选者。随后，可使用重组工程方法将抗生素抗性基因或反向选择自杀载体并入到微生物的基因组中。反向选择自杀载体可以由目标基因的缺失、选择标记和反向选择标记sacB组成。反向选择可用于将天然微生物DNA序列与抗生素抗性基因进行交换。中等通量方法可用于同时评估多种微生物，允许平行驯化。替代的驯化方法包括使用归巢核酸酶来防止自杀载体序列环出或获得干预载体序列。

DNA载体可以通过数种方法引入细菌，包括电穿孔和化学转化。可将标准载体文库用于转化。基因编辑方法的实例是在CRISPR之前进行Cas9测试，以确保Cas9在微生物中的活性。

微生物的非转基因工程改造

可通过定向进化获得具有有利特征的微生物群。定向进化是其中模仿自然选择的过程以使蛋白质或核酸朝着用户定义的目标进化的方法。定向进化的实例是当随机突变被引入微生物群时，选择具有最有利性状的微生物，并且使所选择的微生物继续生长。促进生长的根际细菌(PGPR)中最有利的性状可以是固氮。基于每次重复后的选择过程，定向进化的方法可以是重复的和适应性的。

可以产生具有高固氮能力的促进植物生长的根际细菌(PGPR)。PGPR的进化可通过引入遗传变异来进行。遗传变异可以通过聚合酶链反应诱变、寡核苷酸定向诱变、饱和诱变、片段改组诱变、同源重组、CRISPR/Cas9系统、化学诱变及其组合来引入。这些方法可以将随机突变引入微生物群。例如，可通过寡核苷酸定向诱变使用合成DNA或RNA来产生突变体。可使用质粒上包含的工具生成突变体，所述突变体在以后被固化。可使用来自具有改良性状的其它物种的文库来鉴定目标基因，所述性状包括但不限于改进的PGPR特性、改进的谷物定殖、增强的氧敏感性、增强的固氮作用和增加的氨排放。可以使用诸如Geneious或Platypus设计软件等的软件基于这些文库设计属内基因。可以借助机器学习来设计突变。可以借助代谢模型来设计突变。突变的自动化设计可以使用a la Platypus完成，并将指导RNA进行Cas定向诱变。

可将属内基因转移到宿主微生物中。另外，报告系统也可被转移至微生物。报告系统表征启动子、确定转化成功、筛选突变体并充当阴性筛选工具。

携带突变的微生物可以通过连续传代进行培养。微生物菌落包含微生物的单一变体。借助自动菌落挑拣仪和液体处理器筛选微生物菌落。具有基因重复和拷贝数增加的突变体表达所需性状的更高基因型。

基于固氮选择促进植物生长的微生物

可使用各种评估固氮的测定来筛选微生物菌落。测量固氮的一种方式是通过单一发酵测定，所述测定测量氮排放。替代种方法是随时间推移进行在线采样的乙炔还原测定(ARA)。ARA可以在微管阵列的高通量板中进行。ARA可以用活植物和植物组织进行。在ARA测定中，培养基配方和培养基氧浓度可以变化。另一种筛选微生物变体的方法是使用生物传感器。NanoSIMS和拉曼显微光谱的使用可用于研究微生物的活性。在一些情况下，还可在生物反应器中使用发酵方法培养和扩增细菌。生物反应器的设计旨在提高细菌生长的稳健性，并降低细菌对氧气的敏感性。中高基于TP平板的微发酵罐用于评估氧敏感性、营养需求、固氮和氮排放。细菌也可以与竞争性或有益的微生物共培养，以阐明隐藏的途径。流式细胞术可用于使用化学、比色或荧光指示剂筛选产生高水平氮的细菌。细菌可以在存在或不存在氮源的情况下培养。例如，细菌可用谷氨酰胺、氨、尿素或硝酸盐培养。

引导微生物改造-概述

引导微生物改造是系统地鉴定和改善物种在作物微生物组中的作用的方法。在一些方面，根据特定的分组/分类方法，所述方法包括三个步骤：1)通过绘制植物-微生物相互作用图并预测与特定表型相关的调控网络来选择候选物种，2)通过微生物基因组内的调控网络和基因簇的种内杂交，务实和可预测地改善微生物表型，以及3)筛选和选择产生所需作物表型的新微生物基因型。

为了系统地评估菌株的改良，创建了模型，将微生物群落的定殖动态与关键物种的遗传活动联系起来。所述模型用于预测非属间遗传改造(即以非转基因方式工程改造微生物的遗传结构)的遗传靶标。关于该过程的实施方案的图形表示，参见，图1A。

如图1A至图1O所述，作物微生物组的合理改良可用于增加土壤生物多样性，调节关键物种的影响，并且/或者改变重要代谢途径的时间安排和表达。

为此，本发明人开发了平台来鉴定和改善菌株在作物微生物组中的作用。在一些方面，本发明人称该过程为微生物育种。

上述“引导微生物改造”过程将在实施例(例如在标题为：“引导微生物改造-用于农业微生物物种的合理改良的平台”的实施例1中)中进一步阐述。

连续传代

可通过连续传代来产生用于改善植物性状(例如，固氮)的细菌。这种细菌的产生可通过以下方式来完成：选择植物，所述植物具有受微生物菌群影响的特殊改良性状；另外还有鉴定能够赋予一种或多种植物一种或多种改良性状的细菌和/或组合物。一种产生细菌以改善植物性状的方法包括以下步骤：(a)从第一种植物的组织或土壤中分离细菌；(b)将遗传变异引入一种或多种细菌以产生一种或多种变异细菌；(c)使多株植物暴露于变异细菌；(d)从多株植物之一的组织或土壤中分离细菌，其中从其分离细菌的植物相对于多株植物中的其它植物具有改良的性状；和(e)用从具有改良的性状的植物中分离的细菌(步骤(d))重复步骤(b)至(d)。步骤(b)至(d)可以重复任意次数(例如，一次、两次、三次、四次、五次、十次或更多)，直至植物中的改良性状达到所需水平。另外，多株植物可以是多于两株植物，诸如10至20株，或20株或更多株，50株或更多株，100株或更多株，300株或更多株，500株或更多株，或者1000株或更多株。

除了获得具有改良性状的植物之外，还获得了包含细菌的细菌群，所述细菌包含引入一种或多种基因(例如，调控固氮的基因)中的一种或多种遗传变异。通过重复上述步骤，可以获得包含与目标植物性状相关的群体中最合适成员的细菌群。可以诸如通过遗传和/或表型分析鉴定该群中的细菌并确定它们的有益特性。在步骤(a)中可能会对分离的细菌进行遗传分析。表型和/或基因型信息可使用以下技术来获得，所述技术包括：植物来源化学组分的高通量筛选、包括遗传物质的高通量测序在内的测序技术、差异展示技术(包括DDRT-PCR和DD-PCR)、核酸微阵列技术、RNA测序(全转录组鸟枪法测序)和qRT-PCR(实时定量PCR)。获得的信息可用于获得关于存在的细菌的身份和活性的群落剖析信息，诸如编码rRNA操纵子或其它分类信息基因座的组分的核酸的系统发育分析或基于微阵列的筛选。分类信息基因座的实例包括16S rRNA基因、23S rRNA基因、5S rRNA基因、5.8S rRNA基因、12SrRNA基因、18S rRNA基因、28S rRNA基因、gyrB基因、rpoB基因、fusA基因、recA基因、coxl基因、nifD基因。US20140155283中描述了用于确定群体中存在的分类群的分类剖析的示例性过程。细菌鉴定可包括表征一种或多种基因或一种或多种信号传导途径(诸如与固氮途径相关的基因)的活性。细菌群中还可能存在不同细菌物种之间的协同相互作用(其中两种组分由于它们的组合而使所需效果增加了超过添加量)。

遗传变异-基因组改变的位置和来源

遗传变异可以是选自由以下组成的组的基因：nifA、nifL、ntrB、ntrC、glnA、glnB、glnK、draT、amtB、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB和nifQ。遗传变异可以是编码选自由以下组成的组的具有功能性的蛋白质的基因的变异：谷氨酰胺合成酶、谷氨酰胺酶、谷氨酰胺合成酶腺苷酰基转移酶、转录激活因子、抗转录激活因子、丙酮酸黄素氧还蛋白氧化还原酶、黄素氧还蛋白或NAD+-二氮还原酶aDP-D-核糖基转移酶。遗传变异可以是导致以下一项或多项的突变：NifA或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；NifL、NtrB、谷氨酰胺合成酶、GlnB、GlnK、DraT、AmtB的表达或活性降低；GlnE的腺苷酰基去除活性降低；或者GlnD的尿苷酰基去除活性降低。引入遗传变异可包括一个或多个核苷酸(诸如，1、2、3、4、5、10、25、50、100、250、500或更多个核苷酸)在靶位点上的插入和/或缺失。引入本文公开的方法的一种或多种细菌中的遗传变异可以是敲除突变(例如启动子的缺失、产生提前终止密码子的插入或缺失、整个基因的缺失)，或者其可以是消除或根除蛋白质结构域的活性(例如影响活性部位的点突变，或缺失编码蛋白质产物相关部分的基因的一部分)，或者可改变或消除靶基因的调控序列。还可插入一个或多个调控序列，包括异源调控序列和在与引入遗传变异的细菌相对应的细菌种或属的基因组内发现的调控序列。此外，可以基于基因在细菌培养物中或植物组织内的表达水平来选择调控序列。遗传变异可以是特异地引入靶位点的预定遗传变异。遗传变异可以是靶位点内的随机突变。遗传变异可以是一个或多个核苷酸的插入或缺失。在一些情况下，在将细菌暴露于植物以评估性状改善之前，将多种不同的遗传变异(例如2种、3种、4种、5种、10种或更多种)引入一种或多种分离的细菌中。多种遗传变异可以是上述类型，相同或不同的类型，以及任意组合中的任一种。在一些情况下，连续引入多个不同的遗传变异，在第一分离步骤后引入第一遗传变异，在第二次分离步骤后引入第二遗传变异，以此类推，从而在细菌中积累多种遗传变异，从而对相关植物赋予逐步改善的性状。

遗传变异-引入基因组改变的方法

一般而言，术语“遗传变异”是指相对于参考多核苷酸，诸如参考基因组或其部分，或参考基因或其部分，引入多核苷酸序列中的任何变化。遗传变异可被称为“突变”，并且包含遗传变异的序列或生物体可被称为“遗传变体”或“突变体”。遗传变异可具有多种影响，诸如一些生物活性(包括基因表达、代谢和细胞信号传导)的增强或减弱。遗传变异可被特异性地引入靶位点，也可以随机引入。有多种分子工具和方法可用于引入遗传变异。例如，遗传变异可以通过聚合酶链式反应诱变、寡核苷酸定向诱变、饱和诱变、片段改组诱变、同源重组、重组工程、λred介导的重组、CRISPR/Cas9系统、化学诱变及其组合来引入。引入遗传变异的化学方法包括将DNA暴露于化学诱变剂，例如甲磺酸乙酯(EMS)、甲磺酸甲酯(MMS)、N-亚硝基脲(EN U)、N-甲基-N-硝基-N'-亚硝基胍、4-硝基喹啉N-氧化物、硫酸二乙酯、苯并芘、环磷酰胺、博来霉素、三乙基三聚氰胺、丙烯酰胺单体、氮芥、长春新碱、二环氧烷(例如二环氧丁烷)、ICR-170、甲醛、丙卡巴肼盐酸盐、环氧乙烷、二甲基亚硝胺、7,12二甲基苯并(a)蒽、苯丁酸氮芥、六甲基磷酰胺、双硫丹等。辐射突变诱导剂包括紫外线辐照、γ-辐照、X射线和快中子轰击。也可使用例如三甲基补骨脂素和紫外线将遗传变异引入到核酸中。移动DNA元件(例如转座元件)的随机或靶向插入是产生遗传变异的另一种合适的方法。在无细胞体外系统中扩增期间，可以例如，使用聚合酶链式反应(PCR)技术(诸如易错PCR)将遗传变异引入核酸。可以使用DNA改组技术(例如，外显子改组、结构域交换等)在体外将遗传变异引入核酸中。遗传变异也可由于细胞中缺乏DNA修复酶而被引入核酸中，例如，细胞中存在编码突变DNA修复酶的突变基因预计会在细胞的基因组中产生高频率的突变(即，约1个突变/100个基因-1个突变/10,000个基因)。编码DNA修复酶的基因的实例包括但不限于Mut H、Mut S、Mut L和Mut U，以及其在其它物种中的同源物(例如，MSH 1 6、PMS 1 2、MLH 1、GTBP、ERCC-1，等等)。在例如Stemple(2004)Nature 5:1-7；Chiang等人(1993)PCRMethods Appl 2(3):210-217；Stemmer(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:10747-10751；以及美国专利第6,033,861号和第6,773,900号中提供了引入遗传变异的各种方法的示例描述。

引入微生物的遗传变异可分为转基因的、顺基因的、基因组内的、属内的、属间的、合成的、进化的、重排的或SNP。

可以将遗传变异引入微生物内的众多代谢途径中，以引起上述性状的改善。代表性途径包括硫摄取途径、糖原生物合成、谷氨酰胺调节途径、钼摄取途径、固氮途径、氨同化、氨排放或分泌、氮摄取、谷氨酰胺生物合成、厌氧氨氧化(annamox)、磷酸盐增溶、有机酸转运、有机酸产生、凝集素产生、活性氧自由基清除基因、吲哚乙酸生物合成、海藻糖生物合成、植物细胞壁降解酶或途径、根部附着基因、胞外多糖分泌、谷氨酸合酶途径、铁摄取途径、铁载体途径、壳多糖酶途径、ACC脱氨酶、谷胱甘肽生物合成、磷信号传导基因、群体猝灭途径、细胞色素途径、血红蛋白途径、细菌血红蛋白样途径、小RNA rsmZ、根瘤菌素生物合成、lapA粘附蛋白、AHL群体感应途径、吩嗪生物合成、环脂肽生物合成和抗生素产生。

CRISPR/Cas9(成簇的规律间隔短回文重复序列)/CRISPR相关(Cas)系统可用于引入所需的突变。CRISPR/Cas9通过使用CRISPR RNA(crRNA)引导入侵核酸的沉默，为细菌和古细菌提供针对病毒和质粒的适应性免疫。Cas9蛋白(或功能等同物和/或其变体，即Cas9样蛋白)天然含有依赖于该蛋白与两种天然存在或合成的RNA分子(称为crRNA和tracrRNA(也称为引导RNA))缔合的DNA核酸内切酶活性。在一些情况下，两个分子共价连接以形成单个分子(也称为单引导RNA(“sgRNA”))。因此，Cas9或Cas9样蛋白与靶向DNA的RNA(该术语涵盖双分子引导RNA构型和单分子引导RNA构型)缔合，所述靶向DNA的RNA激活Cas9或Cas9样蛋白并引导蛋白质至靶核酸序列。如果Cas9或Cas9样蛋白保留其天然酶促功能，其将切割靶DNA以产生双链断裂，这可导致基因组改变(即，编辑：缺失、插入(当存在供体多核苷酸时)、置换等)，从而改变基因表达。Cas9的一些变体(所述些变体涵盖于术语Cas9样中)已经被改变，使得它们的DNA切割活性降低(在一些情况下，它们切割靶DNA的单链而不是双链，而在其它情况下，它们已严重降低至无DNA切割活性)。用于引入遗传变异的CRISPR系统的其它示例性描述可见于例如US8795965中。

作为一种循环扩增技术，聚合酶链式反应(PCR)诱变使用诱变引物引入所需的突变。PCR通过变性、退火和延伸循环进行。通过PCR扩增后，突变的DNA的选择和亲本质粒DNA的去除可以通过以下方式完成：1)在PCR过程中用羟甲基化-dCTP替换dCTP，然后用限制性内切酶消化以仅除去非羟甲基化的亲本DNA；2)同时诱变抗生素抗性基因和研究的基因，从而将质粒改变为不同的抗生素抗性，新的抗生素抗性有利于此后选择所需突变；3)在引入所需突变后，通过仅切割甲基化的DNA的限制性内切酶Dpnl消化亲本甲基化的模板DNA，由此回收诱变的未甲基化链；或者4)在额外的连接反应中环化突变的PCR产物，以提高突变DNA的转化效率。示例性方法的进一步描述可见于例如US7132265、US6713285、US6673610、US6391548、US5789166、US5780270、US5354670、US5071743和US20100267147中。

寡核苷酸定向诱变，也称为定点诱变，通常使用合成的DNA引物。这种合成引物包含所需的突变，并与突变位点周围的模板DNA互补，因此其可以与目标基因中的DNA杂交。突变可以是单个碱基变化(点突变)、多个碱基变化、缺失或插入，或这些变化的组合。然后使用DNA聚合酶延伸单链引物，这复制基因的其余部分。这样复制的基因含有突变位点，然后可以作为载体被引入宿主细胞并进行克隆。最后，可通过DNA测序选择突变体，以检查它们是否包含所需的突变。

可使用易错PCR引入遗传变异。在该技术中，在缺乏序列复制保真度的条件下，使用DNA聚合酶扩增目标基因。结果是扩增产物在序列中至少包含一个错误。当基因被扩增并且所得的一种或多种反应产物与模板分子相比在序列中包含一个或多个改变时，所得产物与模板相比被诱变。引入随机突变的另一种方法是将细胞暴露于化学诱变剂，诸如亚硝基胍或甲磺酸乙酯(Nestmann，Mutat Res 1975年6月；28(3):323-30),然后从宿主中分离出含有该基因的载体。

饱和诱变是随机诱变的另一种形式，其中尝试在特定位点或基因的狭窄区域产生所有或几乎所有可能的突变。一般而言，饱和诱变包括在待诱变的确定的多核苷酸序列(其中待诱变的序列的长度是例如15至100,000个碱基)中诱变完整的一组诱变盒(其中每个盒的长度为例如1-500个碱基)。因此，将一组突变(例如，1至100个突变)引入每个待诱变的盒中。在施用一轮饱和诱变期间，要引入一个盒中的一组突变可以与要引入第二盒中的第二组突变不同或相同。此类分组通过特定密码子的缺失、添加、分组和特定核苷酸盒的分组来例示。

片段改组诱变，也称为DNA改组，是快速传播有益突变的方式。在改组过程的实例中，DNA酶用于将一组亲本基因片段化成例如长度约50-100bp的片段。然后是没有引物的聚合酶链式反应(PCR)-具有充分重叠的同源序列的DNA片段将彼此退火，然后由DNA聚合酶延伸。在一些DNA分子达到亲本基因的大小后，允许进行几轮这种PCR延伸。然后可以通过另一个PCR扩增这些基因，这次添加设计成与链末端互补的引物。引物可在其5'端添加额外的序列，诸如连接到克隆载体中所需的限制性酶识别位点的序列。US20050266541中提供了改组技术的进一步实例。

同源重组诱变涉及外源DNA片段与靶向多核苷酸序列之间的重组。发生双链断裂后，断裂的5’末端周围的DNA部分在称为切除的过程中被切掉。在随后的链侵入步骤中，断裂的DNA分子的悬突3’末端然后“侵入”未断裂的相似或相同的DNA分子。该方法可用于缺失基因、去除外显子、添加基因和引入点突变。同源重组诱变可以是永久性的或有条件的。通常，还提供了重组模板。重组模板可以是另一个载体的组分，包含在单独的载体中，或作为单独的多核苷酸提供。在一些实施方案中，重组模板被设计成用作同源重组中的模板，诸如在被位点特异性核酸酶切刻或切割的靶序列内或附近。模板多核苷酸可以具有任何合适的长度，诸如长度约为或超过约10个、15个、20个、25个、50个、75个、100个、150个、200个、500个、1000个或更多个核苷酸。在一些实施方案中，模板多核苷酸与包含靶序列的多核苷酸的一部分互补。当最佳比对时，模板多核苷酸可能与靶序列的一个或多个核苷酸(例如约或超过约1个、5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、60个、70个、80个、90个、100个或更多个核苷酸)重叠。在一些实施方案中，当模板序列和包含靶序列的多核苷酸最佳比对时，模板多核苷酸的最近核苷酸距靶序列在约约1个、5个、10个、15个、20个、25个、50个、75个、100个、200个、300个、400个、500个、1000个、5000个、10000个或更多个核苷酸内。用于同源重组方法的定点核酸酶的非限制性实例包括锌指核酸酶、CRISPR核酸酶、TALE核酸酶和大范围核酸酶。关于此类核酸酶的用途的进一步描述，参见例如US8795965和US20140301990。

主要产生点突变和短的缺失、插入、颠换和/或转换的诱变剂，包括化学诱变剂或辐照，可用于产生遗传变异。诱变剂包括但不限于甲磺酸乙酯、甲磺酸甲酯、N-乙基-N-亚硝基脲、三乙基三聚氰胺、N-甲基-N-亚硝基脲、丙卡巴肼、苯丁酸氮芥、环磷酰胺、硫酸二乙酯、丙烯酰胺单体、美法仑、氮芥、长春新碱、二甲基亚硝胺、N-甲基-N'-硝基-亚硝基胍、亚硝基胍、2-氨基嘌呤、7,12二甲基-苯并(a)蒽、环氧乙烷、六甲基磷酰胺、双硫丹、二环氧烷烃(二环氧辛烷、二环氧丁烷等)、2-甲氧基-6-氯-9[3-(乙基-2-氯-乙基)氨基丙基氨基]吖啶二盐酸盐和甲醛。

引入遗传变异可能是不完整的过程，因此经过处理的细菌群中的一些细菌携带所需的突变，而其它细菌则没有。在一些情况下，需要施加选择压力以富集携带所需遗传变异的细菌。常规地，成功的遗传变体的选择包括选择出或选择掉由遗传变异赋予或消除的一些功能，诸如在插入抗生素抗性基因或消除能将非致死化合物转化为致死代谢物的代谢活性的情况下。还可基于多核苷酸序列本身施加选择压力，使得仅需要引入期望的遗传变异(例如，也不需要选择标记)。在这种情况下，选择压力可包括切割缺乏被引入靶位点的遗传变异的基因组，使得选择有效地针对寻求引入遗传变异的参考序列。通常，切割发生在靶位点的100个核苷酸内(例如，距靶位点75个、50个、25个、10个或更少的核苷酸内，包括在靶位点处或内的切割)。切割可由选自由以下组成的组的位点特异性核酸酶指导：锌指核酸酶、CRISPR核酸酶、TALE核酸酶(TALEN)或大范围核酸酶。除未提供用于同源重组的模板外，这种过程类似于用于在靶位点增强同源重组的过程。因此，缺乏所需遗传变异的细菌更有可能进行切割，如果不加以修复，则会导致细胞死亡。然后可以分离存活选择的细菌以用于暴露于植物以评估改良性状的赋予。

CRISPR核酸酶可用作位点特异性核酸酶以指导对靶位点的切割。通过使用Cas9杀死非突变细胞，可以获得改善的突变微生物选择。然后用突变的微生物接种植物以重新确认共生并产生进化压力以选择高效的共生体。然后可以从植物组织中重新分离微生物。用于选择掉非变体的CRISPR核酸酶系统可以使用与上文关于引入遗传变异所述的那些相似的元件，不同之处在于没有提供用于同源重组的模板。因此，针对靶位点的切割增强了受影响细胞的死亡。

用于在靶位点处特异性诱导切割的其它选项是可用的，诸如锌指核酸酶、TALE核酸酶(TALEN)系统和大范围核酸酶。锌指核酸酶(ZFN)是通过将锌指DNA结合结构域与DNA切割结构域融合而产生的人工DNA内切核酸酶。ZFN可被工程改造成靶向所需的DNA序列，并且这使锌指核酸酶能够切割独特的靶序列。当ZFN被引入细胞时，其可用于通过诱导双链断裂来编辑细胞中的靶DNA(例如，细胞的基因组)。转录激活因子样效应核酸酶(TALEN)是通过将TAL(转录激活因子样)效应DNA结合结构域与DNA切割结构域融合而产生的人工DNA内切核酸酶。TALENS可被快速工程改造成结合几乎任何所需的DNA序列，并且当将TALEN引入细胞时，其可用于通过诱导双链断裂来编辑细胞中的靶DNA(例如，细胞的基因组)。大范围核酸酶(归巢核酸内切酶)是以大识别位点(12至40个碱基对的双链DNA序列)为特征的脱氧核糖核酸内切酶。大范围核酸酶可用于以高度靶向的方式置换、消除或修饰序列。通过经由蛋白质工程改造修改它们的识别序列，可以改变靶向序列。大范围核酸酶可用于修饰所有基因组类型(无论是细菌的、植物的还是动物的)，并且通常分为四个家族：LAGLIDADG家族(SEQ ID NO:1)、GIY-YIG家族、His-Cyst盒家族和HNH家族。示例性归巢核酸内切酶包括I-SceI、I-CeuI、PI-PspI、PI-Sce、I-SceIV、I-CsmI、I-PanI、I-SceII、I-PpoI、I-SceIII、I-CreI、I-TevI、I-TevII和I-TevIII。

遗传变异-鉴定方法

本公开的微生物可以通过一种或多种已被引入所述微生物的遗传修饰或改变来鉴定。可籍以鉴定所述遗传修饰或改变的一种方法是通过参考包含微生物基因组序列的一部分的SEQ ID NO，所述部分足以鉴定遗传修饰或改变。

另外，在未将遗传修饰或改变引入其基因组的微生物的情况(例如野生型，WT)下，本公开可以利用16S核酸序列来鉴定所述微生物。16S核酸序列是“分子标记”或“遗传标记”的一个实例，其指的是用于使核酸序列特征差异可视化的方法的指示剂。其它此类指示剂的实例包括限制性片段长度多态性(RFLP)标记、扩增片段长度多态性(AFLP)标记、单核苷酸多态性(SNP)、插入突变、微卫星标记(SSR)、特征序列扩增区域(sequence-characterized amplified regions)(SCAR)、切割扩增多态性序列(cleaved amplifiedpolymorphic sequence)(CAPS)标记或同工酶标记或本文所述的标记的组合，其界定了特定的基因和染色体位置。标记还包括编码16S或18S rRNA的多核苷酸序列以及内部转录间隔区(ITS)序列，所述内部转录间隔区序列是在小亚基与大亚基rRNA基因之间发现的序列，当彼此相互比较时，它们被证明对阐明关系或区别特别有用。此外，本公开利用在目标基因(例如nif H、D、K、L、A、glnE、amtB等)中发现的独特序列来鉴定本文公开的微生物。

主要rRNA亚单位16S的一级结构包括保守区、可变区和高变区的特定组合，所述区域以不同的速率进化，使得能够分辨非常古老的谱系(诸如域(domain))和更现代的谱系(诸如属)。16S亚基的二级结构包括约50个螺旋，所述螺旋导致约67％的残基碱基配对。这些高度保守的二级结构特征具有重大的功能重要性，可用于确保多序列比对和系统发育分析中的位置同源性。在过去的几十年中，16S rRNA基因已成为测序最多的分类标记，并且是当前细菌和古细菌系统分类的基础(Yarza等人，2014.Nature Rev.Micro.12:635-45)。

因此，在某些方面，本公开提供了如下序列，所述序列与表23、表24、表25和表26中的任何序列共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。

因此，在某些方面，本公开提供了包含如下序列的微生物，所述序列与SEQ ID NO:62-303共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表25和表26中。

在某些方面，本公开提供了包含16S核酸序列的微生物，所述序列与SEQ ID NO:85、96、111、121、122、123、124、136、149、157、167、261、262、269、277-283共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表26中。

在一些方面，本公开提供了包含如下核酸序列的微生物，所述核酸序列与SEQ IDNO:86-95、97-110、112-120、125-135、137-148、150-156、158-166、168-176、263-268、270-274、275、276、284-295共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表26中。

在一些方面，本公开提供了包含如下核酸序列的微生物，所述核酸序列与SEQ IDNO:177-260、296-303共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表26中。

在一些方面，本公开提供了包含核酸序列、或包含所述核酸序列的引物、或包含所述核酸序列的探针或包含所述核酸序列的非天然接合序列(junction sequence)的微生物，所述核酸序列与SEQ ID NO:304-424共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列描述于表27中。

在一些方面，本公开提供了包含非天然接合序列的微生物，所述非天然接合序列与SEQ ID NO:372-405共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列描述于表27中。

在一些方面，本公开提供了包含氨基酸序列的微生物，所述氨基酸序列与SEQ IDNO:77、78、81、82或83共享至少约70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性。这些序列及其相关描述可见于表25中。

遗传变异-检测方法：引物、探针和测定

本公开教导了可用于检测本文教导的微生物的引物、探针和测定。在一些方面，本公开提供了检测WT亲本菌株的方法。在其它方面，本公开提供了检测源自WT菌株的非属间工程改造微生物的方法。在一些方面，本公开提供了鉴定微生物中的非属间遗传改变的方法。

在一些方面，本公开的基因组工程改造方法导致在衍生的非属间微生物中产生非天然核苷酸“接合点”序列。这些非天然存在的核苷酸接合点可用作一种诊断类型，指示本文教导的微生物中特定遗传改变的存在。

本技术能够通过使用专门的定量PCR方法，包括独特设计的引物和探针来检测这些非天然存在的核苷酸接合点。在一些方面，本公开的探针与非天然存在的核苷酸接合序列结合。在一些方面，使用常规PCR。在其它方面，使用实时PCR。在一些方面，使用定量PCR(qPCR)。

因此，本公开可以涵盖用于实时检测PCR产物的两种常用方法的利用：(1)嵌入任何双链DNA的非特异性荧光染料，以及(2)序列特异性DNA探针，其由用荧光报告基因标记的寡核苷酸组成，只有在探针与其互补序列杂交后才允许检测。在一些方面，仅非天然存在的核苷酸接合点将通过教导的引物扩增，因此可以通过非特异性染料或通过使用特异性杂交探针进行检测。在其它方面，选择本公开的引物，使得引物侧接接合序列的两侧，使得如果发生扩增反应，则所述接合序列存在。

本公开的方面涉及非天然存在的核苷酸接合序列分子本身，以及能够在温和至严格的杂交条件下与所述非天然存在的核苷酸接合序列结合的其它核苷酸分子。在一些方面，能够在温和至严格的杂交条件下与所述非天然存在的核苷酸接合序列结合的核苷酸分子被称为“核苷酸探针”。

在一些方面，基因组DNA可以从样品中提取并且用于通过使用qPCR来定量本公开的微生物的存在。qPCR反应中使用的引物可以是Primer Blast(www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)设计来扩增野生型基因组的独特区域或工程改造的非属间突变株的独特区域的引物。qPCR反应可以使用SYBR GreenER qPCR SuperMix Universal(ThermoFisher P/N 11762100)试剂盒，仅使用正向和反向扩增引物进行；或者，Kapa Probe Force试剂盒(Kapa Biosystems P/N KK4301)可以与扩增引物和TaqMan探针(Integrated DNATechnologies)一起使用，所述TaqMan探针含有在5’端的FAM染料标记、内部ZEN淬灭剂，和3’端的小沟结合剂和荧光淬灭剂。

某些引物、探针和非天然接合序列列于表27中。可使用从已知量的来自靶基因组的gDNA生成的标准曲线来测量qPCR反应效率。可使用组织重量和提取体积将数据以为每克鲜重的基因组拷贝数作归一化。

定量聚合酶链式反应(qPCR)是实时定量一个或多个核酸序列的扩增的方法。PCR测定的实时定量允许通过比较目标扩增核酸与适当的对照核酸序列来确定由PCR扩增步骤产生的核酸的数量，所述适当的对照核酸序列可以作为校准标准。

TaqMan探针通常用于qPCR测定中，所述测定需要更高的特异性来定量靶核酸序列。TaqMan探针包含具有附接至探针的5’端的荧光团和附接至探针的3’端的淬灭剂的寡核苷酸探针。当TaqMan探针保持原样且探针的5'和3'端彼此紧密接触时，淬灭剂会阻止荧光团的荧光信号传输。TaqMan探针被设计成在由一组特定引物扩增的核酸区域内退火。随着Taq聚合酶延伸引物并合成新生链，Taq聚合酶的5'至3'外切核酸酶活性降解与模板退火的探针。这种探针降解释放荧光团，从而破坏与淬灭剂的紧密接近并允许荧光团发出荧光。qPCR测定中检测到的荧光与释放的荧光团和反应中存在的DNA模板量成正比。

qPCR的特性允许从业者消除凝胶电泳制备的劳动密集型扩增后步骤，所述扩增后步骤通常是观察常规PCR测定的扩增产物所必需的。qPCR相对于常规PCR的益处是相当可观的，包括提高速度、易用性、重现性和定量能力。

性状的改良

可采用本公开的方法来引入或改良多种所需性状中的一种或多种性状。可以引入或改良的性状实例包括：根生物量、根长、高度、枝条长度、叶片数量、水分利用效率、总生物量、产量、果实大小、谷粒大小、光合作用速率、耐旱性、耐热性、耐盐性、线虫胁迫抗性、真菌病原体抗性、细菌病原体抗性、病毒病原体抗性、代谢物水平和蛋白质组表达。理想的性状，包括高度、总生物量、根和/或枝条生物量、种子萌发、幼苗存活、光合效率、蒸腾速率、种子/果实数量或质量、植物籽粒或果实产量、叶片叶绿素含量、光合速率、根长或其任意组合可用于测量生长，并与在同一条件下生长的参考农业植物(例如，无改良性状的植物)的生长速率进行比较。

如本文所述，待引入或改进的优选性状是固氮。在一些情况下，由本文所述方法产生的植物在性状方面表现出比在同一土壤条件下生长的参考农业植物大至少约5％，例如大至少约5％、至少约8％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约75％、至少约80％、至少约80％、至少约90％或至少100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％或更大的差异。在另外的实例中，由本文描述的方法产生的植物在性状方面表现出比在相似的土壤条件下生长的参考农业植物大至少约5％，例如大至少约5％、至少约8％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约75％、至少约80％、至少约80％、至少约90％或至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约400％或更大的差异。

要改良的性状可以在包括施加一种或多种生物或非生物胁迫因素(abioticstressor)在内的条件下进行评估。胁迫因素的实例包括非生物胁迫(诸如热胁迫、盐胁迫、干旱胁迫、冷胁迫和低营养胁迫)和生物胁迫(诸如线虫胁迫、昆虫食草胁迫、真菌病原体胁迫、细菌病原体胁迫和病毒病原体胁迫)。

通过本公开的方法和组合物改良的性状可以是固氮，包括在先前不能固氮的植物中的固氮。在一些情况下，根据本文所述方法分离的细菌产生1％或更多(例如2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％或更多)植物的氮，这可代表与从引入任何遗传变异之前的第一植物分离的细菌相比，至少2倍(例如3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、50倍、100倍、1000倍或更多)的固氮能力的增强。在一些情况下，细菌产生5％或更多植物的氮。在重复引入遗传变异、暴露于多株植物以及从具有改良性状的植物中分离细菌的步骤一次或多次(例如1次、2次、3次、4次、5次、10次、15次、25次或更多次)后，可达到所需的固氮水平。在一些情况下，在补充有谷氨酰胺、氨或其它化学氮源的肥料存在的情况下，可以实现增强水平的固氮。用于评估固氮程度的方法是已知的，其实例在本文中描述。

微生物育种是系统地鉴定和改善物种在作物微生物组中的作用的方法。所述方法包括三个步骤：1)通过绘制植物-微生物相互作用图和预测与特定表型相关的调控网络来选择候选物种，2)通过调控网络和基因簇的种内交叉来务实和可预测地改良微生物表型，以及3)筛选和选择产生所需作物表型的新微生物基因型。为了系统地评估菌株的改良，创建了模型，将微生物群落的定殖动态与关键物种的遗传活动联系起来。所述模型用于预测育种的遗传靶标，并提高选择微生物组编码的农艺相关性状改良的频率。

测量与农业相关的田间环境中输送的氮

在田间，输送的氮量可以通过定殖乘以活性的函数来确定。

上述方程需要(1)每单位植物组织的平均定殖和(2)作为每个微生物细胞固定的氮量或排放的氨量的活性。为了转化为每英亩的氮磅数，随着时间的推移跟踪玉米生长生理，例如在整个成熟阶段植物和相关根系的尺寸。

每英亩-季节输送给作物的氮磅数可以通过以下方程计算：

输送的氮量＝∫植物组织(t)×定殖(t)×活性(t)

植物组织(t)是玉米植物组织在生长时间(t)内的鲜重。合理进行计算的值在标题为Roots，Growth and Nutrient Uptake的出版物(Mengel.Dept.of Agronomy Pub.#AGRY-95-08(Rev.May-95.第1-8页)中有详细描述。

定殖(t)是在生长季节期间的任何特定时间t时，每克植物组织鲜重的在植物组织内发现的目标微生物的数量。在只有一个时间点可用的情况下，将该单个时间点归一化为整个季节的峰值定殖率，并相应调整其余时间点的定殖率。

活性(t)是在生长季节的任何特定时间t时，每单位时间由目标微生物固定N的速率。在本文公开的实施方案中，该活性速率通过在ARA培养基中在5mM谷氨酰胺存在的情况下进行体外乙炔还原测定(ARA)或者在ARA培养基中在5mM铵离子存在的情况下进行氨排放测定来近似。

然后通过对上述函数进行数值积分来计算氮输送量。在上述变量的值是在设定的时间点离散测量的情况下，这些时间点之间的值通过执行线性插值来近似。

固氮

本文描述了增加植物中固氮的方法，其包括将植物暴露于包含一种或多种遗传变异的细菌，所述遗传变异被引入一种或多种调控固氮的基因中，其中所述细菌在植物中产生1％或更多的氮(例如2％、5％、10％或更多)，与没有细菌的植物相比，这可代表至少2倍的固氮能力。在补充有谷氨酰胺、尿素、硝酸盐或氨的肥料存在的情况下，细菌可以产生氮。遗传变异可以是以任意数量和任意组合存在的本文所述的任何遗传变异，包括以上提供的实例。遗传变异可被引入选自由以下组成的组的基因中：nifA、nifL、ntrB、ntrC、谷氨酰胺合成酶、glnA、glnB、glnK、draT、amtB、谷氨酰胺酶、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB和nifQ。遗传变异可以是导致以下一项或多项的突变：nifA或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；nifL、ntrB、谷氨酰胺合成酶、glnB、glnK、draT、amtB的表达或活性降低；GlnE的腺苷酰基去除活性降低；或者GlnD的尿苷酰基去除活性降低。引入本文公开的方法的一种或多种细菌的遗传变异可以是敲除突变或者其可以消除靶基因的调控序列，或者其可以包括异源调控序列的插入，例如在同一细菌种或属的基因组内发现的调控序列的插入。可以基于基因在细菌培养物或植物组织中的表达水平来选择调控序列。遗传变异可通过化学诱变产生。在步骤(c)中生长的植物可以暴露于生物或非生物胁迫因素。

在本文所述的植物中发生的固氮量可以以多种方式测量，例如通过乙炔还原(AR)测定测量。乙炔还原测定可以在体外或体内进行。特定细菌向植物提供固定氮的证据可以包括:1)接种后植物总氮显著增加，优选伴随植物中氮浓度的增加；2)接种后在限氮条件下，缺氮症状得到缓解(应包括干物质增加)；3)N

野生型固氮调控级联可以表示为数字逻辑回路，其中输入O

例如，可以从nif基因簇中消除nifL、nifA、nifT和nifX基因。可以通过对编码每个氨基酸序列的DNA进行密码子随机化来设计合成基因。进行密码子选择，规定密码子使用与天然基因中的密码子使用尽可能趋异。扫描提议的序列的任何不需要的特征，诸如限制性酶识别位点、转座子识别位点、重复序列、σ54和σ70启动子、隐性核糖体结合位点和rho独立终止子。诸如通过构建荧光报告质粒选择合成核糖体结合位点以匹配每个相应天然核糖体结合位点的强度，在所述质粒中基因起始密码子周围的150bp(从-60至+90)与荧光基因融合。这种嵌合体可以在Ptac启动子的控制下表达，并通过流式细胞术测量荧光。为了产生合成核糖体结合位点，使用合成表达盒的150bp(-60至+90)产生了报告质粒文库。简言之，合成表达盒可以由随机DNA间隔区、编码RBS文库的简并序列和每个合成基因的编码序列组成。筛选多个克隆以鉴定与天然核糖体结合位点最匹配的合成核糖体结合位点。因此，构建由与天然操纵子相同的基因组成的合成操纵子并测试其功能性互补作用。US20140329326中提供了合成操纵子的进一步示例性描述。

细菌物种

可用于本文公开的方法和组合物的微生物可以从任何来源获得。在一些情况下，微生物可以是细菌、古细菌、原生动物或真菌。本公开的微生物可以是固氮微生物，例如固氮细菌、固氮古细菌、固氮真菌、固氮酵母或固氮原生动物。可用于本文公开的方法和组合物中的微生物可以是孢子形成微生物，例如孢子形成细菌。在一些情况下，可用于本文公开的方法和组合物中的细菌可以是革兰氏阳性细菌或革兰氏阴性细菌。在一些情况下，细菌可以是厚壁菌门(Firmicute phylum)的形成内生孢子的细菌。在一些情况下，细菌可能是固氮生物。在一些情况下，细菌可能不是固氮生物。

本公开的方法和组合物可以与古细菌例如，热自养甲烷热杆菌(Methanothermobacter thermoautotrophicus)一起使用。

在一些情况下，可以是有用的细菌包括但不限于放射形土壤杆菌(Agrobacteriumradiobacter)、酸热芽孢杆菌(Bacillus acidocaldarius)、酸土环脂芽孢杆菌(Bacillusacidoterrestris)、农业芽孢杆菌(土壤芽胞杆菌)、相泽芽孢杆菌(Bacillus aizawai)、白乳杆菌(Bacillus albolactis)、嗜碱芽孢杆菌(Bacillus alcalophilus)、蜂房芽孢杆菌(Bacillus alvei)、氨基葡萄糖苷芽孢杆菌(Bacillus aminoglucosidicus)、噬胺芽孢杆菌(Bacillus aminovorans)、溶淀粉芽孢杆菌(Bacillus amylolyticus)(也被称为溶淀粉类芽胞杆菌(Paenibacillus amylolyticus))、解淀粉芽孢杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)、解硫胺素芽胞杆菌(Bacillus aneurinolyticus)、萎缩芽孢杆菌(acillus atrophaeus)、产氮芽孢杆菌(Bacillus azotoformans)、栗褐芽孢杆菌(Bacillus badius)、蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)(同义词：内生芽孢杆菌(Bacillusendorhythmos)、水母芽孢杆菌(Bacillus medusa)、角质孢子芽孢菌(Bacilluschitinosporus)、环状芽孢杆菌(Bacillus circulans)、凝结芽孢杆菌(Bacilluscoagulans)、内寄生芽孢杆菌(Bacillus endoparasiticus)、苛求芽胞杆菌(Bacillusfastidiosus)、坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)、戈氏芽孢杆菌(Bacillus kurstaki)、栖乳芽孢杆菌(Bacillus lacticola)、乳病杆菌(Bacillus lactimorbus)、乳杆菌(Bacilluslactis)侧孢芽孢杆菌(Bacillus laterosporus)(也称为侧孢短芽孢杆菌(Brevibacilluslaterosporus))、灿烂芽胞杆菌(Bacillus lautus)、缓病芽孢杆菌(Bacilluslentimorbus)、迟缓芽胞杆菌(Bacillus lentus)、地衣型芽胞杆菌(Bacilluslicheniformis)、摩洛哥芽孢杆菌(Bacillusmaroccanus)、巨大芽孢杆菌(Bacillusmegaterium)、Bacillus metiens、蕈状芽孢杆菌(Bacillus mycoides)、纳豆芽孢杆菌(Bacillus natto)、杀线虫芽孢杆菌(Bacillus nematocida)、致黑芽孢杆菌(Bacillusnigrificans)、黑芽孢杆菌(Bacillus nigrum)、泛养芽胞杆菌(Bacilluspantothenticus)、金龟子芽孢杆菌(Bacillus popillae)、冷解糖芽孢杆菌(Bacilluspsychrosaccharolyticus)、短小芽胞杆菌(Bacillus pumilus)、暹罗芽孢杆菌(Bacillussiamensis)、史氏芽胞杆菌(Bacillus smithii)、球形芽孢杆菌(Bacillus sphaericus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)、(Bacillus uniflagellatus)、大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)、短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)、侧孢短芽孢杆菌(Brevibacillus laterosporus)(以前称为侧孢芽孢杆菌(Bacillus laterosporus))、活性紫色细菌(Chromobacterium subtsugae)、食酸丛毛单胞菌(Delftia acidovorans)、织片草螺菌、弗赖森草螺菌、(Lactobacillusacidophilus)、抗生素溶杆菌(Lysobacter antibioticus)、产酶溶杆菌(Lysobacterenzymogenes)、马赛甲烷嗜杆菌、肠甲烷嗜杆菌、蜂房类芽孢杆菌(Paenibacillus alvei)、多粘芽孢杆菌、日本甲虫类芽孢杆菌(Paenibacillus popilliae)(以前称为日本甲虫芽孢杆菌(Bacillus popilliae))、成团泛菌(Pantoea agglomerans)、热带副伯克霍尔德氏菌、异食副伯克霍尔德氏菌、穿刺巴斯德氏菌(Pasteuria penetrans)(以前称为穿刺芽孢杆菌(Bacillus penetrans))、巴氏杆菌(Pasteuria usgae)、胡萝卜软腐果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum)(以前称为胡萝卜软腐欧文氏菌(Erwinia carotovora))、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、致金色假单胞菌(Pseudomonasaureofaciens)、食苯假单胞菌、洋葱假单胞菌(Pseudomonas cepacia)(以前称为洋葱伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cepacia))、绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、(Pseudomonas proradix)、防御假单胞菌、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、丁香假单胞杆菌、嗜虫沙雷氏菌(Serratia entomophila)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、哥伦比亚链霉菌(Streptomyces colombiensis)、鲜黄链霉菌(Streptomyces galbus)、高氏链霉菌(Streptomyces goshikiensis)、灰绿链霉菌(Streptomyces griseoviridis)、淡紫链霉菌(Streptomyces lavendulae)、普氏链霉菌(Streptomyces prasinus)、沙拉西链霉菌(Streptomyces saraceticus)、委内瑞拉链霉菌(Streptomyces venezuelae)、野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)、发光致病杆菌(Xenorhabdus luminescens)、嗜线虫致病杆菌(Xenorhabdus nematophila)、圆红球菌AQ719(Rhodococcus globerulus AQ719)(NRRL登录号B-21663))、芽胞杆菌属的某个种AQ175(ATCC登录号55608)、芽孢杆菌属的某个种AQ 177(ATCC登录号55609)、芽孢杆菌属的某个种AQ178(ATCC登录号53522)和链霉菌属的某个种的菌株NRRL登录号B-30145。在一些情况下，细菌可以是褐球固氮菌(Azotobacter chroococcum)、巴氏甲烷八叠球菌(Methanosarcina barkeri)、肺炎克雷伯菌(Klesiella pneumoniae)、维涅兰德固氮菌(Azotobacter vinelandii)、巴西固氮螺菌(Azospirillum brasilense)、球形红杆菌(Rhodobacter spharoides)、荚膜红细菌(Rhodobacter capsulatus)、沼泽红细菌(Rhodobcter palustris)、深红红螺菌(Rhodosporillum rubrum)、豆科植物根瘤菌(Rhizobium leguminosarum)或菜豆根瘤菌(Rhizobium etli)。

在一些情况下，细菌可以是梭菌属(Clostridium)的种，例如巴氏梭菌(Clostridium pasteurianum)、拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutylicum)。

在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的细菌可以是蓝细菌(cyanobacteria)。蓝藻(cyanobacterial)属的实例包括鱼腥藻属(Anabaena)(例如金鱼属(Anagaena)的某个种PCC7120)、念珠藻属(Nostoc)(例如点形念珠藻(Nostocpunctiforme))或集胞藻属(Synechocystis)(例如集胞藻属的某个种PCC6803)。

在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的细菌可以属于绿细菌门，例如绿硫细菌(Chlorobium tepidum)。

在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的微生物可包含与已知NifH基因同源的基因。已知NifH基因的序列可见于例如Zehr lab NifH数据库中(wwwzehr.pmc.ucsc.edu/nifH_Database_Public/,2014年4月4日)，或Buckley lab NifH数据库(www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm，以及Gaby,John Christian和Daniel H.Buckley."A comprehensive aligned nifH gene database:a multipurposetool for studies of nitrogen-fixing bacteria."Database 2014(2014):bau001.)。在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的微生物可包含编码多肽的序列，所述多肽与来自Zehr lab NifH数据库的序列具有至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、96％、98％、99％或超过99％的序列同一性，(wwwzehr.pmc.ucsc.edu/nifH_Database_Public/，2014年4月4日)。在一些情况下，与本公开的方法和组合物一起使用的微生物可以包含编码多肽的序列，所述多肽与来自Buckley lab NifH数据库的序列具有至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、96％、98％、99％或超过99％的序列同一性，(Gaby,JohnChristian和Daniel H.Buckley."A comprehensive aligned nifH gene database:amultipurpose tool for studies of nitrogen-fixing bacteria."Database 2014(2014):bau001.)。

可通过以下方式获得可用于本文公开的方法和组合物中的微生物：从天然植物的表面或组织中提取微生物；研磨种子以分离微生物；在不同的土壤样品中种植种子并从组织中回收微生物；或用外源微生物接种植物并确定哪些微生物出现在植物组织中。植物组织的非限制性实例包括种子、幼苗、叶片、插枝、植物、球茎、块茎、根和根茎。在一些情况下，细菌是从种子中分离出来的。用于处理样品的参数可以变化，以分离不同类型的关联微生物，诸如根际微生物、植物附生微生物或植物内生微生物。细菌也可以来源于储存库，诸如环境菌株集合，而不是最初从第一植物中分离。可以通过以下方式对微生物进行基因分型和表型分型：对分离的微生物的基因组测序；剖析植物中群落的组成；表征群落或分离的微生物的转录组学功能；或者使用选择性或表型培养基(例如，固氮或磷酸盐增溶表型)筛选微生物特性。可通过以下数据获得选定的候选菌株或群体：序列数据、表型数据、植物数据(例如，基因组、表型和/或产量数据)、土壤数据(例如，pH、N/P/K含量和/或大量土壤生物群落)；或者这些数据的任意组合。

本文所述的细菌和产生细菌的方法可适用于能够在叶片表面、根表面或植物组织内部高效自我繁殖而不诱导破坏性植物防御反应的细菌，或对植物防御反应具有抗性的细菌。本文所述的细菌可通过在不添加氮的培养基中培养植物组织提取物或叶片表面洗液来分离。然而，细菌可能是不可培养的，也就是说，不知道使用本领域已知的标准方法是可培养的还是难以培养的。本文所述的细菌可以是植物内生菌或植物附生菌，或栖息在植物根际的细菌(根际细菌)。在重复引入遗传变异、暴露于多株植物以及从具有改良性状的植物中分离细菌的步骤一次或多次(例如1次、2次、3次、4次、5次、10次、15次、25次或更多次)后获得的细菌可以是植物内生的、植物附生的或根际的。植物内生菌是进入植物内部而不会引起疾病症状或引发共生结构形成，并且具有农学益处的生物，因为它们可以促进植物生长并改善植物的营养(例如，通过固氮)。细菌可以是种子传播的植物内生菌。种子传播的植物内生菌包括与草或植物的种子相关或源自其的细菌，诸如在成熟、干燥、未损坏(例如，无裂纹、可见的真菌感染或过早萌发)的种子中发现的种子传播的细菌植物内生菌。种子传播的细菌植物内生菌可以与种子表面有关联或来源于种子表面；可选地，或者另外地，其可以与内部种子区室(例如，表面消毒的种子的内部种子区室)相关联或源自内部种子区室。在一些情况下，种子传播的细菌植物内生菌能够在植物组织内，例如在种子内部复制。此外，在一些情况下，种子传播的细菌植物内生菌能够在干燥条件下存活。

根据本公开的方法分离的或用于本公开的方法或组合物的细菌可以包含多种不同的细菌分类群的组合。举例来说，细菌可以包括变形菌门(Proteobacteria)(诸如假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)、副伯克霍尔德氏菌属(Paraburkholderia)、根瘤菌属(Rhizobium)、草螺菌属(Herbaspirillum)、泛菌属(Pantoea)、沙雷氏菌属(Serratia)、拉恩菌属(Rahnella)、固氮螺菌属(Azospirillum)、固氮根瘤菌属(Azorhizobium)、固氮菌属(Azotobacter)、杜擀氏菌属(Duganella)、代尔夫特菌属(Delftia)、慢生根瘤菌属(Bradyrhizobiun)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、甲烷嗜杆菌属(Metakosakonia)和盐单胞菌属(Halomonas))、厚壁菌门(Firmicutes)(诸如芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、支原体属(Mycoplasma)和醋杆菌属(Acetabacterium))和放线菌门(Actinobacteria)(诸如链霉菌属(Streptomyces)、红球菌属(Rhodacoccus)、微杆菌属(Microbacterium)和短小杆菌属(Curtobacterium))。本公开的方法和组合物中使用的细菌可以包括两种或更多种物种的固氮细菌聚生体。在一些情况下，细菌聚生体的一种或多种细菌物种能够固氮。在一些情况下，细菌聚生体的一种或多种物种可以促进或增强其它细菌固氮的能力。固氮细菌和增强其它细菌固氮能力的细菌可以相同也可以不同。在一些实例中，当与不同的细菌菌株组合时，或者在某一细菌聚生体中，细菌菌株可能能够固氮，但可能无法在单一培养中固氮。可在固氮细菌聚生体中发现的细菌属的实例包括但不限于草螺菌属、固氮螺菌属、肠杆菌属和芽孢杆菌属。

可通过本文公开的方法产生的细菌包括固氮菌属的某个种、慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)的某个种、克雷伯氏菌属(Klebsiella)的某个种和中华根瘤菌属的某个种。在某些情况下，细菌可选自由以下组成的组：维涅兰德固氮菌、巴西固氮螺菌、大豆慢生根瘤菌、肺炎克雷伯菌和苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti)。在某些情况下，细菌可属于肠杆菌属或拉恩菌属。在一些情况下，细菌可属于弗兰克菌属(Frankia)或梭菌属。梭菌属细菌的实例包括但不限于丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutilicum)、巴氏梭菌(Clostridium pasteurianum)、拜氏梭菌Clostridium beijerinckii)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)和破伤风梭菌(Clostridium tetani)。在一些情况下，细菌可属于类芽孢杆菌属，例如固氮类芽孢杆菌(Paenibacillus azotofixans)、北极类芽孢杆菌(Paenibacillus borealis)、硬质类芽孢杆菌(Paenibacillus durus)、浸麻类芽孢杆菌(Paenibacillus macerans)、多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)、溶淀粉类芽胞杆菌、坎皮纳斯类芽孢杆菌(Paenibacillus campinasensis)、千叶类芽胞杆菌(Paenibacillus chibensis)、解葡糖类芽孢杆菌(Paenibacillus glucanolyticus)、依利诺斯类芽胞杆菌(Paenibacillus illinoisensis)、幼虫类芽孢杆菌幼虫亚种、幼虫类芽孢杆菌尘埃亚种、灿烂类芽孢杆菌(Paenibacillus lautus)、浸麻类芽孢杆菌、马阔里类芽孢杆菌(Paenibacillus macquariensis)、马阔里类芽孢杆菌、饲料类芽孢杆菌(Paenibacillus pabuli)、皮尔瑞俄类芽孢杆菌(Paenibacillus peoriae)或多粘类芽孢杆菌。

在一些实例中，根据本公开的方法分离的细菌可以是以下分类群中的一种或多种的成员：无色杆菌属(Achromobacter)、酸硫杆菌属(Acidithiobacillus)、食酸菌属(Acidovorax)、酸食菌属(Acidovoraz)、不动杆菌属(Acinetobacter)、游动放线菌属(Actinoplanes)、粘放线菌属(Adlercreutzia)、气球菌属(Aerococcus)、气单胞菌属(Aeromonas)、阿菲波菌属(Afipia)、壤霉菌属(Agromyces)、屈曲杆菌属(Ancylobacter)、节杆菌属(Arthrobacter)、奇枝菌属(Atopostipes)、固氮螺菌属(Azospirillum)、芽孢杆菌属、蛭弧菌属(Bdellovibrio)、拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)、Bosea、慢生根瘤菌属、短芽胞杆菌属(Brevibacillus)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、伯克霍尔德氏菌属、候选属盐重构菌属(Candidatus Haloredivivus)、柄细菌属(Caulobacter)、纤维单胞菌属(Cellulomonas)、纤维弧菌属(Cellvibrio)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、梭菌属、珊瑚微球菌属(Coraliomargarita)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、贪铜菌属(Cupriavidus)、短小杆菌属、丛毛单胞菌属(Curvibacter)、异常球菌属(Deinococcus)、代尔夫特菌属、德库菌属(Desemzia)、德沃斯氏菌属(Devosia)、独岛杆菌属(Dokdonella)、戴氏菌属(Dyella)、水栖菌属(Enhydrobacter)、肠杆菌属、肠球菌属(Enterococcus)、欧文氏菌属(Erwinia)、埃希氏菌属(Escherichia)、埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属(Escherichia/Shigella)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、铁丸菌属(Ferroglobus)、Filimonas、芬戈尔德菌属(Finegoldia)、黄色土源菌属(Flavisolibacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、寒冷杆菌属(Frigoribacterium)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)、哈夫尼菌属(Hafnia)、盐棒菌属(Halobaculum)、嗜盐单胞菌属(Halomonas)、盐红菌属(Halosimplex)、草螺菌属、薄层菌属(Hymenobacter)、克雷伯氏菌、考克氏菌属(Kocuria)、科萨克氏菌属(Kosakonia)、肠杆菌属、勒克氏菌属(Leclercia)、伦茨氏菌属(Lentzea)、藤黄色杆菌属(Luteibacter)、藤黄单孢菌属(Luteimonas)、马赛菌属(Massilia)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、微球菌属(Micrococcus)、微枝形杆菌属(Microvirga)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、奈瑟菌属(Neisseria)、诺卡氏菌属(Nocardia)、印度洋大洋杆菌属(Oceanibaculum)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、奥卡河杆菌属(Okibacterium)、寡氧菌属(Oligotropha)、Oryzihumus、嗜草酸菌属(Oxalophagus)、类芽胞杆菌属、Panteoa、泛菌属、嗜糖假单胞菌属(Pelomonas)、透明球菌种属(Perlucidibaca)、植物杆菌属(Plantibacter)、多核菌属(Polynucleobacter)、丙酸菌属(Propionibacterium)、棒状丙酸菌属(Propioniciclava)、假棍状杆菌属(Pseudoclavibacter)、假单胞菌属、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)、假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、拉恩氏菌属、罗尔斯通菌属(Ralstonia)、伦黑墨氏菌属(Rheinheimera)、根瘤菌属、红球菌属(Rhodococcus)、红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、巴尔德氏菌属(Sebaldella)、沉积物芽盹杆菌属(Sediminibacillus)、沉积物杆状菌属(Sediminibacterium)、沙雷氏菌属、志贺氏菌属(Shigella)、申氏杆菌属(Shinella)、中华根瘤菌属、白色中华孢囊菌(Sinosporangium)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、鞘氨醇宝盒菌属(Sphingopyxis)、鞘氨醇胞菌属(Sphingosinicella)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、25寡养单胞菌属、寡养单胞菌、链球菌属(Streptococcus)、链霉菌属、憎叶菌属(Stygiolobus)、硫磺球形菌属(Sulfurisphaera)、塔特姆菌属(Tatumella)、台湾温单胞菌属(Tepidimonas)、热单胞菌属(Thermomonas)、硫杆菌属(Thiobacillus)、贪噬菌属(Variovorax)、未分类科WPS-2属、黄单胞菌属(Xanthomonas)和齐默尔曼氏菌属(Zimmermannella)。

在一些情况下，使用选自以下属中的至少一种的细菌物种：肠杆菌属、克雷伯氏菌属、科萨克氏菌属和拉恩菌属。在一些情况下，使用来自以下属的细菌种的组合：肠杆菌属、克雷伯氏菌属、科萨克氏菌属和拉恩菌属。在一些情况下，所使用的种可以是下列中的一种或多种：蔗糖糖肠杆菌、变栖克雷伯氏菌、蔗糖科萨克氏菌和水生拉恩菌。

在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有钼-铁固氮酶系统，其包括：nifH、nifD、nifK、nifB、nifE、nifN、nifX、hesA、nifV、nifW、nifU、nifS、nifI1和nifI2。在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有钒固氮酶系统，其包括：vnfDG、vnfK、vnfE、vnfN、vupC、vupB、vupA、vnfV、vnfR1、vnfH、vnfR2、vnfA(转录调控因子)。在一些情况下，革兰氏阳性微生物可具有仅含铁的固氮酶系统，其包括：anfK、anfG、anfD、anfH、anfA(转录调控因子)。在某些情况下，革兰氏阳性微生物可具有包含glnB和glnK(氮信号传导蛋白)的固氮酶系统。革兰氏阳性微生物中参与氮代谢的酶的一些实例包括glnA(谷氨酰胺合成酶)、gdh(谷氨酸脱氢酶)、bdh(3-羟基丁酸脱氢酶)、谷氨酰胺酶、gltAB/gltB/gltS(谷氨酸合酶)、asnA/asnB(天冬氨酸-氨连接酶/天冬氨酸合成酶)和ansA/ansZ(天冬酰胺酶)。革兰氏阳性微生物中参与氮转运的蛋白质的一些实例包括amtB(铵转运蛋白)、glnK(铵转运调控因子)、glnPHQ/glnQHMP(ATP依赖性谷氨酰胺/谷氨酸转运蛋白)、glnT/alsT/yrbD/yflA(谷氨酰胺样质子同向转运蛋白)和gltP/gltT/yhcl/nqt(谷氨酸样质子同向转运蛋白)。

可能特别感兴趣的革兰氏阳性微生物的实例包括多粘类芽孢杆菌、里奥格兰类芽孢杆菌(Paenibacillus riograndensis)、类芽孢杆菌属的某个种、弗兰克氏菌属的某个种(Frankia sp.)、太阳杆菌属的某个种(Heliobacterium sp.)、氯化太阳杆菌(Heliobacterium chlorum)、太阳杆状菌属的某个种(Heliobacillus sp.)、嗜日菌属的某个种(Heliophilum sp.)、Heliorestis sp.、丙酮丁醇梭菌、梭菌属的某个种、玛尔摩分枝杆菌(Mycobacterium flaum)、分枝杆菌属的某个种、节杆菌属的某个种、壤霉菌属的某个种、自养棒杆菌(Corynebacterium autitrophicum)、棒状杆菌属的某个种(Corynebacterium sp.)、小单孢菌属的某个种(Micromonspora sp.)、丙酸杆菌属的某个种(Propionibacteria sp.)、链霉菌属的某个种和微杆菌属的某个种(Microbacteriumsp.)。

可在革兰氏阳性微生物中进行的遗传改变的一些实例包括：缺失glnR以在环境氮存在的情况下消除BNF的负调控；直接在nif簇的上游插入不同的启动子以消除GlnR响应环境氮而进行的调控；突变glnA以降低通过GS-GOGAT途径的铵同化速率；缺失amtB以减少从培养基中摄取铵；突变glnA，使其组成型地处于反馈抑制(FBI-GS)状态，以减少通过GS-GOGAT途径的铵同化。

在一些情况下，glnR是类芽孢杆菌属种中N代谢和固定的主要调控因子。在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可以不包含产生glnR的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可以不包含产生glnE或glnD的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可以含有产生glnB或glnK的基因。例如类芽孢杆菌属的某个种WLY78不包含glnB基因或在古生菌海沼甲烷球菌(Methanococcus maripaludis)中发现的其同源物nifI1和nifI2。在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可以是可变的。例如，多粘类芽孢杆菌E681缺乏glnK和gdh，具有几种氮化合物转运蛋白，但似乎只有amtB受GlnR控制。在另一个实例中，类芽孢杆菌属的某个种JDR2具有glnK、gdh和大多数其它中心氮代谢基因，具有少得多的氮化合物转运蛋白，但glnPHQ确实受GlnR控制。里奥格兰类芽孢杆菌SBR5包含标准glnRA操纵子、fdx基因、主要的nif操纵子、次要的nif操纵子和anf操纵子(编码纯铁固氮酶)。在这些操纵子中的每一个的上游发现了推定的glnR/tnrA位点。GlnR可以调节所有上述操纵子，除anf操纵子外。GlnR可以作为二聚体与这些调控序列中的每一个结合。

类芽孢杆菌属固氮菌株可分为两个亚组：亚组I，其只包含最小的nif基因簇；和亚组II，其包含最小的簇，加上nifX与hesA之间的未表征的基因，以及通常复制nif基因中的一些(诸如nifH、nifHDK、nifBEN)的其它簇，或编码钒固氮酶(vnf)或纯铁固氮酶(anf)基因的簇。

在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可以不包含产生glnB或glnK的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可包含最小的nif簇，其具有9个从sigma-70启动子转录的基因。在一些情况下，类芽孢杆菌属nif簇可能会受到氮或氧的负调控。在一些情况下，类芽孢杆菌属物种的基因组可以不包含产生sigma-54的基因。例如，类芽孢杆菌属的某个种WLY78不包含sigma-54的基因。在一些情况下，nif簇可受glnR和/或TnrA调控。在一些情况下，nif簇的活性可通过改变glnR和/或TnrA的活动而改变。

在芽孢杆菌属中，谷氨酰胺合成酶(GS)受到细胞内高浓度谷氨酰胺的反馈抑制，导致确认的转变(称为FBI-GS)。Nif簇在几种芽孢杆菌属种中包含调控因子GlnR和TnrA的不同结合位点。GlnR在存在过量细胞内谷氨酰胺和AMP的情况下结合并抑制基因表达。GlnR的作用可能是在高氮可用性条件下阻止谷氨酰胺和铵的流入和细胞内产生。TnrA可在限制细胞内谷氨酰胺存在的情况下和/或在FBI-GS存在的情况下结合并且/或者激活(或抑制)基因表达。在一些情况下，芽孢杆菌属的nif簇的活性可通过改变GlnR的活性而改变。

反馈抑制型谷氨酰胺合成酶(FBI-GS)可以结合GlnR并稳定GlnR与识别序列的结合。几种细菌物种在nif簇的上游具有GlnR/TnrA结合位点。改变FBI-GS与GlnR的结合可能会改变nif途径的活性。

微生物的来源

细菌(或根据本公开的任何微生物)可以从任何以下地方获得：一般陆地环境，包括其土壤、植物、真菌、动物(包括无脊椎动物)和其它生物群，包括湖泊和河流的沉积物、水和生物群；海洋环境、其生物群和沉积物(例如，海水、海泥、海洋植物、海洋无脊椎动物(例如海绵)、海洋脊椎动物(例如鱼))；陆地和海洋岩石圈(风化层和岩石，例如破碎的地下岩石、沙子和粘土)；冰冻圈及其融水；大气(例如，过滤后的空气尘埃、云和雨滴)；城市、工业和其它人造环境(例如，在混凝土、路边排水沟、屋顶表面和路面上积累的有机和矿物质)。

从中获得细菌(或根据本公开的任何微生物)的植物可以是具有一种或多种所需性状的植物，例如在特定环境中或在某些目标条件下自然生长的植物。举例来说，某种植物可以在高盐度的沙质土壤或沙子中，或者在极端温度下，或者几乎没有水的情况下自然地生长，或者其可以抵抗环境中存在的某些害虫或疾病，并且可能希望商业作物在此类条件下生长，特别是如果它们是例如特定地理位置中唯一可用的条件。作为进一步的实例，细菌可以从在此类环境中生长的经济作物中收集，或者更具体地从在任何特定环境中生长的作物中最好地显示出目标性状的个体作物植物中收集，所述植物可以是例如，生长在限盐土壤中的作物中生长最快的植物，或暴露于严重虫害或流行疾病的作物中受损最少的植物，或具有所需数量的某些代谢物和其它化合物(包括纤维含量、油含量等)的植物，或显示理想的颜色、味道或气味的植物。细菌可以从目标植物或目标环境中出现的任何物质中收集，包括真菌和其它动植物生物群、土壤、水、沉积物和前面提到的环境的其它元素。

细菌(或根据本公开的任何微生物)可以从植物组织中分离。这种分离可以从植物中任何合适的组织(包括例如根、茎和叶片，以及植物生殖组织)中进行。例如，从植物中分离的常规方法通常包括对目标植物材料(例如根或茎的长度、叶片)进行无菌切除，用适当的溶液(例如2％次氯酸钠)进行表面灭菌，然后将植物材料置于营养培养基上以供微生物生长。或者，可将经表面灭菌的植物材料在无菌液体(通常是水)和液体悬浮液中压碎，包括散布在一种或多种合适的固体琼脂培养基上的压碎植物材料的小块，所述培养基可以是或者可以不是选择性的(例如，仅含有植酸作为磷的来源)。这种方法特别用于形成分离菌落的细菌，其可以单独挑选以分离营养培养基板，并通过公知的方法进一步纯化为单一物种。或者，植物根或叶片样品可以不进行表面灭菌，而只是轻轻清洗，从而在分离过程中包括表面栖息的植物附生微生物，或者可以通过将植物根、茎或叶片的小块印记和剥离到琼脂培养基的表面上，然后如上分离单个菌落来单独分离植物附生微生物。例如，这种方法对细菌特别有用。或者，可以在不洗掉附着在根部的少量土壤的情况下处理根部，从而包括在植物根际定殖的微生物。否则，可将粘附在根上的土壤取下、稀释并铺展到合适的选择性和非选择性培养基的琼脂上，以分离根际细菌的单个菌落。

关于出于专利程序目的的微生物保藏的国际认可的布达佩斯条约

本公开的微生物保藏物是根据关于出于专利程序目的的微生物保藏的国际认可的布达佩斯条约(Budapest Treaty)的规定制成的。

本申请人声明，根据37 C.F.R.§1.808(a)(2)，“在授予专利后，保藏人对公众获得保藏材料所施加的所有限制将被不可撤销地取消”本声明受本节段落(b)(即37 C.F.R.§1.808(b))的约束。

蔗糖肠杆菌现在已重新归类为蔗糖科萨克氏菌，该生物的名称在整个手稿中可以互换使用。

本公开的许多微生物源自两种野生型菌株。菌株CI006是以前被归入肠杆菌属的细菌物种(参见前面提到的重新归类为科萨克氏菌属)。菌株CI019是归入拉恩菌属的细菌物种。CI006科萨克氏菌属野生型(WT)和CI019拉恩菌属WT的保藏信息见于下表1中。

本申请中描述的一些微生物于2017年1月6日或2017年8月11日保藏于位于60Bigelow Drive,East Boothbay,Maine 04544,USA的Bigelow国家海藻和微生物中心(NCMA)。如上所述，所有保藏物都是根据关于出于专利程序目的的微生物保藏的国际认可的布达佩斯条约的条款制成的。表1中提供了上述布达佩斯条约保藏物的Bigelow国家海藻和微生物中心登录号和保藏日期。

蔗糖科萨克氏菌(WT)、水生拉恩菌(WT)和变异/改造的蔗糖科萨克氏菌菌株的生物纯培养物于2017年1月6日保藏于位于60Bigelow Drive,East Boothbay,Maine 04544,USA的Bigelow国家海藻和微生物中心(NCMA)，并被分别赋予NCMA专利保藏指定编号201701001、201701003和201701002。适用的保藏信息见于下表1中。

变异/改造的蔗糖科萨克氏菌菌株的生物纯培养物于2017年8月11日保藏在位于60Bigelow Drive,East Boothbay,Maine 04544,USA的Bigelow国家海藻和微生物中心(NCMA)，并被分别赋予NCMA专利保藏指定编号201708004、201708003和201708002。适用的保藏信息见于下表1中。

变栖克雷伯氏菌(WT)的生物纯培养物于2017年8月11日保藏在位于60 BigelowDrive,East Boothbay,Maine 04544,USA的Bigelow国家海藻和微生物中心(NCMA)，并被赋予NCMA专利保藏指定编号201708001。两种变栖克雷伯氏菌变异/改造菌株的生物纯培养物于2017年12月20日保藏在位于60 Bigelow Drive,East Boothbay,Maine 04544,USA的Bigelow国家海藻和微生物中心(NCMA)，并被分别赋予NCMA专利保藏指定编号201712001和201712002。适用的保藏信息见于下表1中。

两种蔗糖科萨克氏菌变异/改造菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 University Boulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被赋予ATCC专利保藏号PTA-126575和PTA-126576。四种变栖克雷伯氏菌变异/改造菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 UniversityBoulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被赋予ATCC专利保藏号PTA-126577、PTA-126578、PTA-126579和PTA-126580。多粘类芽孢杆菌(WT)菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 University Boulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被赋予ATCC专利保藏号PTA-126581。热带副伯克霍尔德氏菌(WT)菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 University Boulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被赋予ATCC专利保藏号PTA-126582。水生草螺菌(WT)菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 University Boulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被赋予ATCC专利保藏号PTA-126583。四种肠甲烷嗜杆菌变异/改造菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 University Boulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被分别赋予ATCC专利保藏号PTA-126584、PTA-126586、PTA-126587和PTA-126588。肠甲烷嗜杆菌(WT)菌株的生物纯培养物于2019年12月23日保藏在位于10801 University Boulevard,Manassas,Virginia 20110-2209,USA的美国典型培养物保藏中心(ATCC)，并且被赋予ATCC专利保藏号PTA-126585。适用的保藏信息见于下表1中。

表1:根据布达佩斯条约保藏的微生物

分离的和生物纯的微生物

在某些实施方案中，本公开提供了尤其在农业上具有应用的分离的和生物学纯的微生物。所公开的微生物可以以其分离的和生物纯的状态使用，以及被配制成组合物(参见下面的示例性组合物描述部分)。此外，本公开提供了含有至少两种公开的分离的和生物纯的微生物成员的微生物组合物，以及利用所述微生物组合物的方法。此外，本公开提供了通过利用所公开的分离的和生物纯的微生物来调节植物中固氮的方法。

在一些方面，本公开的分离的和生物纯的微生物是来自表1的那些。在其它方面，本公开的分离的和生物纯的微生物源自表1的微生物。例如，本文提供了来自表1的微生物的菌株、子代、突变体或衍生物。本公开考虑了表1中列出的微生物的所有可能组合，所述组合有时形成微生物聚生体。表1中的微生物可以单独地或以任意组合与本公开中提及的任何植物、活性分子(合成的、有机的等)、佐剂、载体、补充剂或生物组合。

在一些方面，本公开提供包含如表2至表8中分组的物种的微生物组合物。在一些方面，这些包含各种微生物物种的组合物被称为微生物聚生体或聚生体。

关于表2至表8，字母A至I代表本公开的微生物的非限制性选择，其被定义为：

A＝表1中鉴定的登录号为201701001的微生物；

B＝表1中鉴定的登录号为201701003的微生物；

C＝表1中鉴定的登录号为201701002的微生物；

D＝表1中鉴定的登录号为201708004的微生物；

E＝表1中鉴定的登录号为201708003的微生物；

F＝表1中鉴定的登录号为201708002的微生物；

G＝表1中鉴定的登录号为201708001的微生物；

H＝表1中鉴定的登录号为201712001的微生物；和

I＝表1中鉴定的登录号为201712002的微生物。

表2：八菌株和九菌株组合物

表3：七菌株组合物

表4：6菌株组合物

表5：5菌株组合物

表6：4菌株组合物

表7：3菌株组合物

表8：2菌株组合物

在一些实施方案中，微生物组合物可选自表2-8的任何成员组。

在一些实施方案中，本公开的任何微生物可被修饰或优化以组成性或非组成性地排放铵。在一些实施方案中，本公开的任何微生物的修饰是转基因修饰。在一些实施方案中，微生物已经是转基因生物体并且菌株被修饰成使得它们不再包含转基因元件。在一些实施方案中，本公开的任何微生物的修饰是非转基因修饰。在一些实施方案中，将任意两种或更多种PGPR组合在微生物聚生体中。在一些实施方案中，将本公开的任何两种或更多种微生物组合在微生物聚生体中。在一些实施方案中，将微生物聚生体施用于本公开的任一种或多种植物和/或周围的土壤或生长培养基中。在一些实施方案中，将任何PGPR施用于本公开的任何一种或多种植物和/或周围的土壤或生长培养基。

在一些实施方案中，本公开的微生物被修饰或优化成增强或增加定殖于植物的能力。在一些实施方案中，增强的或增加的定殖于植物的能力是增强的或增加的定殖于根表面的能力。

农业组合物

包含根据本文所述方法产生的细菌或细菌群和/或具有本文所述特征的组合物还可呈液体、泡沫或无水产品形式。包含根据本文所述方法产生的细菌或细菌群和/或具有本文所述特征的组合物还可用于改良植物性状。在一些实例中，包含细菌群的组合物可呈干粉、粉末和水的浆液或可流动的种子处理剂的形式。包含细菌群的组合物可以包被在种子的表面上，并且可呈液体形式。

所述组合物可以在诸如连续搅拌罐反应器、间歇式反应器等的生物反应器中和农场上制造。在一些实例中，组合物可以储存在容器(诸如壶)中或以小批量储存。在一些实施方案中，组合物可以储存在选自由以下组成的组的物体内：瓶子、罐、安瓿、包装、器皿、袋子、盒子、箱、信封、纸箱、容器、筒仓、运输容器、卡车车厢和/或箱盒(case)。

组合物也可用于改善植物性状。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被到种子上。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被到幼苗上。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被到种子的表面上。在一些实例中，可将一种或多种组合物包被为种子表面上的层。在一些实例中，包被到种子上的组合物可呈液体形式、无水产品形式、泡沫形式、粉末和水的浆液形式或可流动的种子处理剂形式。在一些实例中，可通过用一种或多种组合物对种子和/或幼苗进行喷洒、浸泡、包被、包封和/或施撒来将一种或多种组合物施用到种子和/或幼苗上。在一些实例中，可将多种细菌或细菌群包被到植物的种子上和/或幼苗上。在一些实例中，细菌组合的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或超过十种细菌可以选自以下属之一：食酸菌属、土壤杆菌属(Agrobacterium)、芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、金黄杆菌属、短小杆菌属、肠杆菌属、埃希氏菌属、甲基杆菌属、类芽孢杆菌属、泛菌属、假单胞菌属、罗尔斯通菌属、糖芽胞杆菌属(Saccharibacillus)、鞘脂单胞菌属和寡养单胞菌属。

在一些实例中，植物内生菌组合的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或超过十种细菌和细菌群选自以下科之一：芽孢杆菌科(Bacillaceae)、伯克霍尔德氏菌科(Burkholderiaceae)、丛毛单胞菌科(Commonadaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、微杆菌科(Microbacteriaceae)、类芽孢杆菌科(Paenibacillileae)、假单胞菌科(Pseudomonnaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)、炱菌科(Cladosporiaceae)、日规壳科(Gnomoniaceae)、未分类科(Incertae sedis)、毛球壳科(Lasiosphaeriaceae)、丛赤壳科(Netriaceae)和多孢菌科(Pleosporaceae)。

在一些实例中，植物内生组合的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少一种、至少十种或超过十种细菌和细菌群选自以下科之一：芽孢杆菌科、伯克霍尔德菌科、丛毛单胞菌科、肠杆菌科、黄杆菌科、甲基杆菌科、微杆菌科、类芽孢杆菌科、假单胞菌科、根瘤菌科、鞘脂单胞菌科、黄单胞菌科、枝孢菌科、日规壳科、未分类科、毛球壳科、丛赤壳科(Netriaceae)、格孢菌科。

组合物的实例可包括用于商业上重要的农作物例如高粱、油菜、番茄、草莓、大麦、水稻、玉米和小麦的种子包衣。组合物的实例还可包括用于玉米、大豆、油菜、高粱、马铃薯、水稻、蔬菜、谷物和油籽的种子包衣。本文提供的种子可以是经遗传修饰的生物(GMO)、非GMO、有机或常规的。在一些实例中，组合物可喷洒在植物地上部分，或通过插入种植植物种子的犁沟、浇灌土壤或将根浸入组合物的悬浮液中而施用于根部。在一些实例中，可以以维持细胞活力以及人工接种和定殖于宿主植物的能力的合适方式使组合物脱水。细菌物种可能以10

可将包含本文所述细菌群的组合物包被到种子表面上。因此，还考虑了包含用本文所述的一种或多种细菌包被的种子的组合物。种子包衣可以通过将细菌群与多孔的、化学惰性的颗粒载体混合来形成。或者，可将组合物直接插入种子种植的犁沟中，或者喷洒到植物叶片上，或通过将根浸入组合物的悬浮液中来施用。有效量的组合物可用于使植物根部附近的底土区生长有活细菌，或使植物的叶片生长有活细菌。一般而言，有效量是足以产生具有改良性状(例如所需固氮水平)的植物的量。

可使用农业上可接受的载体配制本文所述的细菌组合物。可用于这些实施方案的制剂可包括选自由以下组成的组的至少一个成员：增粘剂、微生物稳定剂、杀真菌剂、抗菌剂、防腐剂、稳定剂、表面活性剂、抗络合剂、除草剂、杀线虫剂、杀虫剂、植物生长调节剂、肥料、杀鼠剂、干燥剂、杀菌剂、营养物或其任意组合。在一些实例中，组合物可以是耐贮存的。例如，本文所述的任何组合物可包含农业上可接受的载体(例如，一种或多种肥料，诸如非天然存在的肥料；粘合剂，诸如非天然存在的粘合剂；和杀虫剂，诸如非天然存在的杀虫剂)。非天然存在的粘合剂可以是例如聚合物、共聚物或合成蜡。例如，本文所述的包被的种子、幼苗或植物中的任何一种可以在种子包衣中包含这种农业上可接受的载体。在本文所述的任何组合物或方法中，农业上可接受的载体可以是或可以包括非天然存在的化合物(例如，非天然存在的肥料、非天然存在的粘合剂诸如聚合物、共聚物或合成蜡或非天然存在的农药)。在下文中描述了农业上可接受的载体的非限制性实例。农业上可接受的载体的其它实例是本领域已知的。

在一些情况下，细菌与农业上可接受的载体混合。载体可以是固体载体或液体载体，并且呈各种形式，包括微球、粉末、乳液等。载体可以是多种载体中的任何一种或多种，其赋予多种性质，诸如增强的稳定性、润湿性或分散性。润湿剂，诸如天然或合成表面活性剂，可以是非离子型或离子型表面活性剂，或其组合可包含在组合物中。油包水乳液也可用于配制包含分离的细菌的组合物(参见，例如，美国专利第7,485,451号)。可以制备的合适制剂包括可湿性粉剂、颗粒剂、凝胶剂、琼脂条或丸剂、增稠剂等、微囊化颗粒等、液体诸如水性流动剂、水性悬浮液、油包水乳液等。制剂可包括谷物或豆类产品，例如磨碎的谷物或豆类、源自谷物或豆类的液体培养基(broth)或面粉、淀粉、糖或油。

在一些实施方案中，农业载体可以是土壤或植物生长培养基。可使用的其它农业载体包括水、肥料、植物油、保湿剂或其组合。或者，农业载体可以是固体，诸如硅藻土、壤土、硅土、藻酸盐、粘土、膨润土、蛭石、种子壳、其它植物和动物产品或组合，包括颗粒、丸粒或悬浮液。任何上述成分的混合物也被考虑作为载体，诸如但不限于，pesta(面粉和高岭土)、琼脂或壤土、沙子或粘土等中的粉基颗粒。制剂可包括细菌的食物来源，诸如大麦、水稻或其它生物材料，诸如种子、植物部分、甘蔗渣、来自谷物加工的壳或茎、磨碎的植物材料或建筑垃圾中的木材、锯末或来自回收纸张、织物或木材的小纤维。

例如，肥料可用于帮助促进生长或为种子、幼苗或植物提供营养物。肥料的非限制性实例包括氮、磷、钾、钙、硫、镁、硼、氯化物、锰、铁、锌、铜、钼和硒(或其盐)。肥料的其它实例包括一种或多种氨基酸、盐、碳水化合物、维生素、葡萄糖、NaCl、酵母提取物、NH

在一些实施方案中，粘合剂可以是例如蜡，诸如巴西棕榈蜡、蜂蜡、中国蜡、虫胶蜡、鲸蜡、小烛树蜡、蓖麻蜡、小冠巴西棕榈蜡(ouricury wax)和米糠蜡、多糖(例如，淀粉、糊精、麦芽糊精、藻酸盐和壳聚糖)、脂肪、油、蛋白质(例如，明胶和玉米醇溶蛋白)、阿拉伯树胶和虫胶。粘合剂可以是非天然存在的化合物，例如聚合物、共聚物和蜡。例如，可用作粘合剂的聚合物的非限制性实例包括：聚乙酸乙烯酯、聚乙酸乙烯酯共聚物、乙烯乙酸乙烯酯(EVA)共聚物、聚乙烯醇、聚乙烯醇共聚物、纤维素(例如，乙基纤维素、甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟丙基纤维素和羧甲基纤维素)、聚乙烯吡咯烷酮、氯乙烯、偏二氯乙烯共聚物、木质素磺酸钙、丙烯酸共聚物、聚丙烯酸乙烯酯、聚环氧乙烷、酰胺聚合物和共聚物、丙烯酸聚羟乙酯、甲基丙烯酰胺单体和聚氯丁二烯。

在一些实例中，粘合剂、抗真菌剂、生长调节剂和农药(例如，杀虫剂)中的一种或多种是非天然存在的化合物(例如，以任意组合)。农业上可接受的载体的其它实例包括分散剂(例如，聚乙烯吡咯烷酮/乙酸乙烯酯PVPIVA S-630)、表面活性剂、粘合剂和填充剂。

所述制剂还可包含表面活性剂。表面活性剂的非限制性实例包括氮-表面活性剂掺混物，诸如Prefer 28(Cenex)、Surf-N(US)、Inhance(Brandt)、P-28(Wilfarm)和Patrol(Helena)；酯化种子油包括Sun-It II(AmCy)、MSO(UAP)、Scoil(Agsco)、Hasten(Wilfarm)和Mes-100(Drexel)；以及有机硅酮表面活性剂包括Silwet L77(UAP)、Silikin(Terra)、Dyne-Amic(Helena)、Kinetic(Helena)、Sylgard 309(Wilbur-Ellis)和Century(Precision)。在一个实施方案中，表面活性剂以0.01％v/v至10％v/v的浓度存在。在另一个实施方案中，表面活性剂以0.1％v/v至1％v/v的浓度存在。

在某些情况下，制剂包含微生物稳定剂。这种剂可包括干燥剂，其可包括可归类为干燥剂的任何化合物或化合物的混合物，而不管所述一种或多种化合物是否以它们实际上对液体接种物具有干燥作用的浓度使用。此类干燥剂与所使用的细菌群理想地相容，并且应当促进微生物群在种子上施用时存活和干燥存活的能力。合适的干燥剂的实例包括海藻糖、蔗糖、甘油和亚甲基二醇中的一种或多种。其它合适的干燥剂包括但不限于非还原糖和糖醇(例如，甘露糖醇或山梨糖醇)。加入制剂中的干燥剂的量可为约5％至约50％重量/体积，例如，约10％至约40％、约15％至约35％,或约20％至约30％。在一些情况下，有利的是制剂含有诸如杀真菌剂、抗菌剂、除草剂、杀线虫剂、杀虫剂、植物生长调节剂、杀鼠剂、杀菌剂或营养物的剂。在一些实例中，剂可包括提供针对种子表面传播病原体的保护作用的保护剂。在一些实例中，保护剂可以对土壤传播的病原体提供一定水平的控制。在一些实例中，保护剂可能主要对种子表面有效。

在一些实例中，杀真菌剂可包括可抑制真菌生长或杀死真菌的化合物或剂，无论是化学的还是生物的。在一些实例中，杀真菌剂可包括可以抑制真菌或杀真菌的化合物。在一些实例中，杀真菌剂可以是保护剂，或主要对种子表面有效，针对种子表面传播病原体提供保护作用并针对土壤传播病原体提供一定程度控制的剂。保护性杀真菌剂的非限制性实例包括克菌丹、代森锰、福美双或咯菌腈。

在一些实例中，杀真菌剂可以是内吸杀真菌剂，其可以被吸收到出苗的幼苗中并抑制或杀死宿主植物组织内的真菌。用于种子处理的内吸杀真菌剂包括但不限于以下几种：腈嘧菌酯、萎锈灵(carboxin)、精甲霜灵、甲霜灵、噻苯哒唑(thiabendazole)、三氟敏以及各种三唑杀真菌剂，包括苯醚甲环唑(difenoconazole)、种菌唑(ipconazole)、戊唑醇(tebuconazole)和灭菌唑(triticonazole)。精甲霜灵和甲霜灵主要用于靶向水霉真菌腐霉属(Pythium)和疫霉属(Phytophthora)。一些杀真菌剂比其它杀真菌剂更受欢迎，这取决于植物物种，或者是因为致病真菌物种敏感性的细微差异，或者是因为杀真菌剂分布或植物敏感性的差异。在一些实例中，杀真菌剂可以是生物控制剂，诸如细菌或真菌。此类生物体可以寄生于病原真菌，或分泌可杀死或以其它方式阻止真菌生长的毒素或其它物质。任何类型的杀真菌剂，尤其是通常用于植物的杀真菌剂，都可以用作种子组合物中的控制剂。

在一些实例中，种子包衣组合物包含具有抗菌特性的控制剂。在一个实施方案中，具有抗菌特性的控制剂选自本文别处描述的化合物。在另一个实施方案中，化合物是链霉素、土霉素、奥索利酸或庆大霉素。可用作种子包衣组合物的一部分的抗菌化合物的其它实例包括基于双氯酚和苯甲醇半缩甲醛的那些(来自ICI的

在一些实例中，生长调节剂选自由以下组成的组：脱落酸、胺草胺、环丙嘧啶醇、6-苄氨基嘌呤、芸苔素内酯、丁乐灵(butralin)、矮壮素(chlormequat chloride)、氯化胆碱、环丙酰草胺(cyclanilide)、丁酰肼、调呋酸、噻节因、2,6-二甲基嘌呤、乙烯利、氟节胺(flumetralin)、呋嘧醇、达草氟(fluthiacet)、吡效隆(forchlorfenuron)、赤霉酸、抗倒胺(inabenfide)、吲哚-3-乙酸、马来酰肼、氟草磺、缩节胺(mepiquat)(氯化二甲基哌啶)、萘乙酸、N-6-苄基基腺嘌呤、多效唑、三硫代磷酸调环酸(prohexadionephosphorotrithioate)、2,3,5-三碘苯甲酸、抗倒酯(trinexapac-ethyl)和烯效唑。其它生长调节剂的非限制性实例包括油菜素甾醇、细胞分裂素(例如激动素和玉米素)、生长素(例如，吲哚乙酸和吲哚乙酰天冬氨酸)、黄酮类和异黄酮(例如，刺芒柄花素和洋芜荽黄素(diosmetin)、植物毒素(例如、glyceolline)、植物抗毒素诱导寡糖(例如，果胶、壳多糖、壳聚糖、聚半乳糖醛酸和寡聚半乳糖醛酸)和赤霉素(gibellerin)。此类剂与施用该剂的农业种子或幼苗理想地相容(例如，其不应对植物的生长或健康有害)。此外，所述剂理想地是不会引起人、动物或工业用途的安全问题的剂(例如，没有安全问题，或者该化合物足够不稳定以致源自该植物的商品植物产品含有可忽略量的该化合物)。

线虫拮抗生物防治剂的一些实例包括ARF18；30个节丛孢属的某些种(Arthrobotrys spp.)；毛壳菌属的某些种(Chaetomium spp.)；柱孢属的某些种(Cylindrocarpon spp.)；外瓶霉属的某些种(Exophilia spp.)；镰刀菌属的某些种(Fusarium spp.)；粘帚霉的某些种(Gliocladium spp.)；被毛孢属的某些种(Hirsutellaspp.)；蜡蚧菌属的某些种(Lecanicillium spp.)；单孢菌属的某些种(Monacrosporiumspp.)；漆斑菌属的某些种(Myrothecium spp.)；新赤壳属的某些种(Neocosmospora spp)；拟青霉属的某些种(Paecilomyces spp.)；普可尼亚属的某些种(Pochonia spp.)；壳多孢属的某些种(Stagonospora spp.)；水泡-丛枝菌根真菌(vesicular-arbuscularmycorrhizal fungi)，伯克霍尔德菌属的某些种(Burkholderia spp.)；巴斯德氏菌属的某些种(Pasteuria spp.)，短芽孢杆菌属的某些种(Brevibacillus spp.)；假单胞菌属的某些种(Pseudomonas spp.)；和根际细菌(Rhizobacteria)。特别优选的线虫拮抗性生物防治剂包括ARF18、少孢节丛孢(Arthrobotrys oligospora)、指状节丛孢(Arthrobotrysdactyloides)、球毛壳菌(Chaetomium globosum)、异丝藻柱孢(Cylindrocarponheteronema)、甄氏外瓶霉(Exophilia jeanselmei)、嗜鱼外瓶霉(Exophiliapisciphila)、曲霉镰刀菌(Fusarium aspergilus)、茄病镰刀菌(Fusarium solani)、链孢粘帚霉(Gliocladium catenulatum)、(Gliocladium roseum)、粉红粘帚霉(Gliocladiumvixens)、洛斯里被毛孢(Hirsutella rhossiliensis)、明尼苏达被毛孢(Hirsutellaminnesotensis)、蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)、、掘氏单顶孢(Monacrosporiumdrechsleri)、Monacrosporium gephyropagum、疣孢菌(Myrotehcium verrucaria)、侵管新赤壳菌(Neocosmospora vasinfecta)、淡紫拟青霉菌(Paecilomyces lilacinus)、厚垣普可尼亚菌(Pochonia chlamydosporia)、异角星孢菌(Stagonospora heteroderae)、菜豆星孢菌(Stagonospora phaseoli)、泡状丛枝菌根真菌(vesicular-arbuscular mycorrhizalfungi)、洋葱伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cepacia)、穿刺巴斯德氐菌(Pasteuriapenetrans)、多刺巴斯德氏菌(Pasteuria thornei)、拟斯扎瓦巴斯德氏菌(Pasteurianishizawae)、分支巴斯德氏菌(Pasteuria ramosa)、Pastrueia usage、侧孢短芽孢杆菌菌株G4(Brevibacillus laterosporus strain G4)、荧光假单胞菌(Pseudomonasfluorescens)和根际细菌(Rhizobacteria)。

营养物的一些实例可以选自由以下组成的组：氮肥，包括但不限于尿素、硝酸铵、硫酸铵、无压氮溶液、氨水、无水氨、硫代硫酸铵、含硫尿素(Sulfur-coated urea)、尿素-甲醛、IBDU、聚合物包被的尿素、硝酸钙、Ureaform和亚甲基尿素；磷肥诸如磷酸二铵、磷酸一铵、聚磷酸铵、浓缩过磷酸盐和重过磷酸盐；以及钾肥诸如氯化钾、硫酸钾、硫酸钾镁、硝酸钾。此类组合物可以在种子包衣组合物中以游离盐或离子的形式存在。或者，可将营养物/肥料复合或螯合以提供随时间持续释放。

灭鼠剂的一些实例可包括选自由以下组成的组：2-异戊烷-1,3-二酮、4-(喹喔啉-2-基氨基)苯磺酰胺、α-氯乙醇、磷化铝、antu、氧化亚砷、碳酸钡、双鼠脲(bisthiosemi)、溴鼠灵、溴敌隆、溴鼠胺、氰化钙、氯醛糖、氯敌鼠、胆钙化醇、氯杀鼠灵、克鼠灵、杀鼠醚、杀鼠嘧、鼠得克、噻鼠灵、双苯杀鼠酮钠、麦角钙化醇、氟鼠灵、氟乙酰胺、氟鼠啶、盐酸氟鼠啶、氰化氢、碘甲烷、林丹、磷化镁、溴甲烷、灭鼠宁、毒鼠磷、磷化氢、磷、杀鼠酮、亚砷酸钾、灭鼠优、海葱糖苷、亚砷酸钠、氰化钠、氟乙酸钠、士的宁、硫酸铊、华法令和磷化锌。

在液体形式(例如溶液或悬浮液)中，可在水或水溶液中混合或悬浮细菌群。合适的液体稀释剂或载体包括水、水溶液、石油馏出物或其它液体载体。

固体组合物可以通过将细菌群分散在适当分开的固体载体中和固体载体上来制备，所述固体载体是诸如泥炭、小麦、麦麸、蛭石、粘土、滑石、膨润土、硅藻土、漂白土、经巴氏消毒的土壤等。当此类制剂用作可湿性粉剂时，可以使用生物相容性分散剂，诸如非离子型、阴离子型、两性或阳离子型分散剂和乳化剂。

配制时使用的固体载体包括例如矿物载体诸如高岭土、叶蜡石、膨润土、蒙脱石、硅藻土、酸性白土、蛭石和珠光体；以及无机盐诸如硫酸铵、磷酸铵、硝酸铵、尿素、氯化铵和碳酸钙。此外，还可使用有机细粉，诸如小麦粉、麦麸和米糠。液体载体包括植物油诸如豆油和棉籽油、甘油、乙二醇、聚乙二醇、丙二醇、聚丙二醇等。

害虫

本公开的农业组合物可以包含本文教导的任何微生物，有时与一种或多种农药组合。

与本公开的微生物组合的农药可以靶向以下提到的任何害虫。

“害虫”包括但不限于昆虫、真菌、细菌、线虫、螨、蜱等。害虫包括选自鞘翅目、双翅目、膜翅目、鳞翅目、食毛目、同翅目、半翅目直翅目、缨翅目、革翅目、等翅目、虱目、蚤目、毛翅目等，特别是鳞翅目和鞘翅目的昆虫。

本领域技术人员将认识到并非所有化合物对所有害虫都同样有效。可与本公开的微生物组合的化合物可显示出针对害虫的活性，所述害虫可包括经济上重要的农艺、森林、温室、苗圃观赏植物、食物和纤维、公共和动物健康、家庭和商业结构、家庭和储存产品的害虫。

如上所述，本公开的农业组合物(其可包含本文教导的任何微生物)在实施方案中与一种或多种农药组合。这些杀虫剂可能对以下任何害虫有活性：

鳞翅目幼虫包括但不限于夜蛾科的草地夜蛾(Spodoptera frugiperda J ESmith)(秋夜蛾(fall armyworm))科中的粘虫、地老虎、尺蠖和日光虫(heliothines)；甜菜夜蛾(S.exigua Hubner)(甜菜粘虫(beet armyworm))；斜纹夜蛾(S.litura Fabricius)(烟草地老虎、丛生毛虫)；蓓带夜蛾(Mamestra configurata Walker)(披肩粘虫(berthaarmyworm))；甘蓝夜蛾(M.brasicae Linnaeus)(卷心菜蛾cabbage moth))；小地老虎(Agrotis ipsilon Hufnagel)(黑地蚕(black cutworm))；地老虎(A.orthogoniaMorrison)(西方地老虎(western cutworm))；A.subterranea Fabricius((粒肤地老虎(granulate cutworm))；棉叶波纹夜蛾(Alabama argillacea Hubner)(棉叶虫(cottonleaf worm))；粉纹夜蛾(Trichoplusia ni Hubner)(粉纹夜蛾(cabbage looper))；大豆尺夜蛾(Pseudoplusia includens Walker)(大豆夜蛾(soybean looper))；黎豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis Hubner)(黎豆夜蛾(velvet bean caterpillar))；粗长须夜蛾(Hypena scabra Fabricius)(苜蓿绿夜蛾(green clover worm))；烟芽夜蛾(Heliothisvirescens Fabricius)(烟草夜蛾(tobacco budworm))；一星粘虫(Pseudaletiaunipuncta Haworth(粘虫(army worm))；粗皮夜蛾(Athetis mindara Barnes和Mcdunnough)(粗皮地老虎)；暗缘地老虎(Euxoa messoria Harris(暗缘切根虫(darksidedcutworm))；棉斑实蛾(Earias insulana Boisduval)(多刺螟蛉(spiny bollworm))；翠纹钻夜蛾(E.vittella Fabricius)(斑点螟蛉(spotted bollworm))；棉铃虫(Helicoverpaarmigera Hubner)(美洲螟蛉(American bollworm))；玉米穗虫(H.zea Boddie(玉米穗蛾(cornear worm)或棉螟蛉(cotton bollworm))；斑马纹夜蛾(Melanchra picta Harris)(斑马毛虫(zebra caterpillar))；柑橘夜蛾(Egira(Xylomyges)curialis)(柑橘地老虎(citrus cutworm))；来自螟蛾科玉米螟(Pyralidae Ostrinia nubilalis Hubner)(欧洲玉米螟)(European corn borer))的螟虫、鞘蛾、结网虫、锥形虫(coneworms)和雕叶虫(skeletonizers)；脐橙螟蛾(Amyelois transtellella Walker(脐橙螟(navalorangeworm))；地中海粉螟(Anagasta kuehniella Zeller)(地中海粉斑螟(Mediterranean flour moth))；干果斑螟(Cadra cautella Walker)(粉斑螟(almondmoth))；二化螟(Chilo suppressalis Walker)(水稻螟虫水稻螟虫(rice stem borer))；斑禾草螟(C.Partellus)(高粱螟(sorghum)、高粱螟(sorghum borer))；米螟(Corcyracephalonica Stainton)(米蛾(rice moth))；玉米根草螟(Crambus caliginosellusClemens)(玉米根结网虫(corn root webworm))；早熟禾草螟(C.teterrellus Zincken)(早熟禾结网虫(bluegrass webworm))；稻纵卷叶螟(Cnaphalocrocis medinalis Guenee)(稻纵卷叶螟(rice leaf roller)；葡萄野螟(Desmia Federalis Hubner)(葡萄甘薯麦蛾(grape leaf folder))；绢野螟(Diaphania hyalinata Linnaeus)(瓜虫(melon worm))；黄瓜绢野螟(D.nitidalis Stoll)(泡菜虫(pickleworm))；巨座玉米螟(Diatraeagrandiosella Dyar)(西南玉米秆草螟(southwestern corn borer))、蔗螟(D.saccharalis Fabricius)(甘蔗螟虫(surgarcane borer))；墨西哥稻螟(Eoreumaloftini Dyar)(墨西哥水稻螟(Mexicanriceborer))；烟草粉斑螟(Ephestia elutellaHubner)(烟草飞蛾(tobacco(cacao)moth))；大蜡螟(Galleria mellonella Linnaeus)(大蜡蛾(greater wax moth))；水稻切叶野螟(Herpetogramma licarsisalis Walker)(草地螟(sod webworm))；向日葵同斑螟(Homoeosomalectellum Hulst)(向日葵螟(sunflowermoth))；南美玉米苗斑螟(Elasmopalpus lignosellus Zeller)(小玉米茎蛀虫(lessercornstalk borer))；小蜡螟(Achroia grisella Fabricius)(小蜡蛾(lesser waxmoth))；草地螟(Loxostege sticticalis Linnaeus)(甜菜网虫(beet web worm))；茶树螟(Orthaga thyrisalis Walker)(茶树结网蛾(tea tree web moth))；豆荚野螟(Marucatestulalis Geyer)(豆荚蛀螟(bean pod borer))；印度谷螟(Plodia interpunctellaHubner)(印度食蛾(Indian meal moth))；三化螟(Scirpophaga incertulas Walker)(黄螟(yellow stem borer))；温室螟(Udea rubigalis Guenee)(芹菜卷叶螟(celeryleaftier))；和卷蛾科(Tortricidae)中的卷叶虫、蚜虫、种实虫以及果实虫，西部黑头长翅卷蛾(Acleris gloverana Walsingham)(西方黑头粉虱(Western blackheadedbudworm))；东部黑头长翅卷蛾(A.variana Fernald)(东部黑头蚜虫(Easternblackheaded budworm))；果树黄卷蛾(Archips argyrospila Walker)(果树卷叶蛾(fruittree leaf roller))；罗萨娜黄卷蛾(A.rosana Linnaeus)(欧洲卷叶蛾(European leafroller))；和其它其它黄卷蛾属(Archips)的物种，苹小卷叶蛾(Adoxophyes oranaFischer von Rosslerstamm)(苹果小卷蛾summer fruit tortrix moth)；条纹向日葵螟(Cochylis hospes Walsingham)(带状向日葵斑蛾(banded sunflower moth))；榛小卷蛾(Cydia latiferreana Walsingham)(榛子虫)；苹果蠹蛾(C.pomonella Linnaeus)((苹果蚕蛾(codling moth))；杂色卷叶蛾(Platynota flavedana Clemens)(色稻纵卷叶螟(variegated leafroller))；荷兰石竹小卷蛾(P.stultana Walsingham)(杂食卷叶蛾(omnivorous leafroller))；鲜食葡萄小卷蛾(Lobesia botrana Denis&Schiffermuller)(欧洲葡萄蛾(European grape vine moth))；苹白小卷蛾(Spilonota ocellana Denis&Schiffermuller)(苹果芽小卷叶蛾(eyespotted bud moth)；萄果实虫主虫(Endopizaviteana Clemens)(葡萄小卷叶蛾(grape berry moth))；女贞细卷蛾(Eupoeciliaambiguella Hubner)(葡萄果蠹蛾(vine moth))；巴西苹果卷叶虫(Bonagota salubricolaMeyrick)(巴西苹果小卷叶蛾(Brazilian apple leafroller)；东方果实蛾(Grapholitamolesta Busck)(梨小食心虫(oriental fruit moth)；向日葵芽蛾(Suleima helianthanaRiley)((sunflower bud moth)；带卷蛾属的某些种(Argyrotaenia spp.)；卷叶蛾属的某些种(Choristoneura spp.)。

鳞翅目中选定的其它农艺害虫包括但不限于，秋星尺蠖(Alsophila pometariaHarris)(fall cankerworm)；桃蚜蛾(Anarsia lineatella Zeller)(桃条麦蛾(peachtwig borer))；栎橙纹犀额蛾(Anisota senatoria J.E.Smith)(橙色斑纹橡木虫(orangestriped oakworm))；柞蚕(Antheraea pernyi Guerin-Meneville)(中国橡树柞蛾(Chinese Oak Tussah Moth))；B家蚕(ombyx mori Linnaeus)(桑蚕(Silkworm))；棉潜蛾(Bucculatrix thurberiella Busck)(棉叶潜蛾(cotton leaf perforator))；纹黄豆粉蝶(Colias eurytheme Boisduval)(苜蓿粉蝶(alfalfa caterpillar))；核桃舟蛾(Datanaintegerrima Grote&Robinson)(胡桃毛虫(walnut caterpillar))；西伯利亚松毛虫(Dendrolimus sibiricus Tschetwerikov)(西伯利亚丝蛾(Siberian silk moth)),Ennomos subsignaria Hubner(榆树尺蠖(elm spanworm))；菩提尺蠖(Erannis tiliariaHarris)(椴尺蠖(linden looper))；黄毒蛾(Euproctis chrysorrhoea Linnaeus)(棕尾毒蛾(browntail moth))；黑拟蛉蛾(Harrisina americana Guerin-Meneville)(野棉花夜蛾(grapeleaf skeletonizer))；行列半白大蚕蛾(Hemileuca oliviae Cockrell)(山脉毛虫(range caterpillar))；美国白蛾(Hyphantria cunea Drury)(落网虫(fall webworm))；番茄茎麦蛾(Keiferia lycopersicella Walsingham)(番茄蛲虫(tomato pinworm))；铁杉尺蠖(Lambdina fiscellaria fiscellaria Hulst)(东部铁杉尺蠖(Eastern hemlocklooper))；西部铁杉尺蠖(L.fiscellaria lugubrosa Hulst)(西方铁杉尺蠖(Westernhemlock looper))；毒蛾(Leucoma salicis Linnaeus)(柳毒蛾(satin moth))；舞毒蛾(Lymantria dispar Linnaeus)舞毒蛾(gypsy moth))；番茄天蛾(Manducaquinquemaculata Haworth)(五点天蛾(five spotted hawk moth)、番茄天蛾幼虫(tomatohornworm))；烟草天蛾(M.sexta Haworth)(番茄天蛾(tomato homworm)，烟草天蛾(tobacco hornworm))；冬尺蠖蛾(Operophtera brumata Linnaeus)(冬尺蠖(wintermoth))；春尺蠖(Paleacrita vernata Peck)春尺蠖(spring cankerworm))；美洲大芷凤蝶(Papilio cresphontes Cramer)(大黄带凤蝶(giant swallowtail)、柑桔凤蝶(orangedog))；加州木角斗蛾(Phryganidia californica Packard)(加州槲蛾(Californiaoakworm))；柑桔潜蛾(Phyllocnistis citrella Stainton)(柑桔潜叶蛾(citrusleafminer)；斑幕潜叶蛾(Phyllonorycter blancardella Fabricius)(斑点幕型潜叶虫(spotted tentiform leafminer))；欧洲粉蝶(Pieris brassicae Linnaeus)(大白粉蝶(large white butterfly))；菜青虫(P.rapae Linnaeus)(小菜粉蝶(small whitebutterfly))；暗脉菜粉蝶(P.napi Linnaeus)(绿色纹理粉蝶(green veined whitebutterfly))；洋蓟葱羽蛾(Platyptilia carduidactyla Riley)(洋蓟羽蛾(artichokeplume moth))；小菜蛾(Plutella xylostella Linnaeus)(diamondback moth))；红铃麦蛾(Pectinophora gossypiella Saunders)棉红铃虫((pink bollworm))；多形云粉蝶(Pontia protodice Boisduval and Leconte)(南方菜青虫(Southern cabbageworm))；杂食尺蠖(Sabulodes aegrotata Guenee)(onmivorous looper))；红疣天社蛾(Schizuraconcinna J.E.Smith)(红疣天社蛾(red humped caterpillar))；麦蛾(Sitotrogacerealella Olivier)(Angoumois grain moth))；松异带蛾(Thaumetopoea pityocampaSchiffermuller)(松树列队毛虫(pine processionary caterpillar))；幕谷蛾(Tineolabisselliella Hummel)(织带衣蛾(webbing clothes moth))；番茄斑潜蝇Tuta absolutaMeyrick)(番茄潜叶虫(tomato leafminer))；苹果巢蛾(Yponomeuta padella Linnaeus)(巢蛾(ermine moth))；实夜蛾(Heliothis subflexa Guenee)；天幕毛虫属的某些种(Malacosoma spp.)和古毒蛾属的某些种(Orgyia spp.)；玉米螟(Ostrinia nubilalis)(欧洲玉米螟(European corn borer))；种蝇(seed corn maggot)；小地老虎(Agrotisipsilon)(黑地蚕(black cutworm))。

鞘翅目的幼虫和成虫，包括来自长角象虫科(Anthribidae)、豆象科(Bruchidae)和象甲科(Curculionidae)的象鼻虫，包括但不限于：墨西哥棉铃象(Anthonomus grandisBoheman)(棉铃象甲)；稻水象甲(Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel)(稻水象(ricewater weevil))；谷象鼻虫(Sitophilus granarius Linnaeus)(谷象(granary weevil)；稻象虫(S.oryzae Linnaeus)(米象(rice weevil)；三叶草叶象(Hypera punctataFabricius)(车轴草叶象虫(clover leaf weevil)；密点细枝象(Cylindrocopturusadspersus LeConte)(向日葵茎象鼻虫(sunflower stem weevil)；黄褐小爪象(Smicronyxfulvus LeConte)(红色葵花籽象鼻虫(red sunflower seed weevil)；灰色小爪象(S.sordidus LeConte)(灰葵花籽象甲(gray sunflower seed weevil)；玉米隐啄象(Sphenophorus maidis Chittenden)(玉米象虫(maize billbug))；叶甲科(Chrysomelidae)的跳甲、黄瓜叶甲、根虫、叶甲、马铃薯叶甲以及潜叶虫，包括但不限于：马铃薯叶甲(Leptinotarsa decemlineata Say)(科罗拉多马铃薯甲虫(Colorado potatobeetle)；玉米根萤叶甲(Diabrotica virgifera virgifera LeConte)(西方玉米根虫(western corn rootworm)；巴氏根叶甲(D.barberi Smith and Lawrence)(北方玉米根虫)；斑点黄瓜甲虫(D.undecimpunctata howardi Barber)(南方玉米根虫(southern cornrootworm))；玉米跳甲(Chaetocnema pulicaria Melsheimer)(玉米跳甲(corn fleabeetle)；十字花科条跳甲(Phyllotreta cruciferae Goeze)(Crucifer flea beetle)；黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata(黄条跳甲(stripped flea beetle)；肖叶甲褐斑(Colaspis brunnea Fabricius)(葡萄肖叶甲(grape colaspis)；橙足负泥虫(Oulemamelanopus Linnaeus)(谷物叶甲(cereal leaf beetle)；向日葵叶甲(Zygogrammaexclamationis Fabricius)(向日葵甲虫(sunflower beetle))；来自瓢虫科(Coccinellidae)的甲虫(包括但不限于：墨西哥豆瓢虫(Epilachna varivestis Mulsant)(墨西哥豆瓢虫(Mexican bean beetle))；金龟子和来自金龟子科(Scarabaeidae)的其他甲虫，包括但不限于：日本丽金龟(Popillia japonica Newman)(日本甲虫)；北方圆头犀金龟(Cyclocephala borealis Arrow)(北方独角仙(northern masked chafer、白蛴螬(white grub))；南方圆头犀金龟(C.immaculata Olivier)(南方独角仙(southern maskedchafer)、白蛴螬(white grub))；欧洲切根鳃金龟(Rhizotrogus majalis Razoumowsky)(欧洲金龟子(European chafer))；具毛鳃角金龟(Phyllophaga crinita Burmeister)(蛴螬(white grub))；胡萝卜甲虫(Ligyrus gibbosus De Geer)胡萝卜金龟(carrotbeetle))；来自皮蠹科的红缘皮蠹(carpet beetle)；来自叩甲科(Elateridae)、伪金针虫属的某些种(Eleodes spp.)、梳爪叩头虫属的某些种(Melanotus spp.)的金针虫；宽胸金针虫属的某些种(Conoderus spp.)；叩甲属的某些种(Limonius spp.)；缺隆叩甲属的某些种(Agriotes spp.)；特尼塞拉属的某些种(Ctenicera spp.)；埃俄罗斯属的某些种(Aeolus spp.)；来自小蠹科(Scolytidae)的树皮甲虫和来自拟步甲科(Tenebrionidae)的甲虫；Cerotoma trifurcate(豆青叶甲(bean leaf beetle)；和金针虫。

双翅目的成虫和幼虫，包括潜叶虫玉米斑潜蝇(Agromyza parvicornis Loew)(玉米斑潜蝇(corn blotch leafminer))；摇蚊科(包括但不限于：高粱瘿蚊(Contariniasorghicola Coquillett)(高梁瘿蚊(sorghum midge))；黑森瘿蚊(Mayetiola destructorSay)(黑森蝇(Hessian fly))；麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Gehin)(小麦吸浆虫(wheat midge))；葵花籽蚊(Neolasioptera murtfeldtiana Felt)(向日葵籽瘿蚊(sunflower seed midge))；果蝇(实蝇科(Tephritidae))、瑞典麦秆蝇(Oscinella fritLinnaeus)(果蝇(fruit flies))；蛆虫(包括但不限于：灰地种蝇(Delia platura Meigen)(种蝇(seedcorn maggot))；麦地种蝇(D.coarctata Fallen)(麦种蝇(wheat bulb fly))和其它的地种蝇属的某些种(Delia spp.)、美洲麦秆蝇(Meromyza americana Fitch)(美洲麦秆蝇(wheat stem maggot))；家蝇(Musca domestica Linnaeus)(house flies))；夏厕蝇(Fannia canicularis Linnaeus)、小舍蝇(F.femoralis Stein)(小家蝇(lesserhouse flies))；厩螫蝇(Stomoxys calcitrans Linnaeus)(螫蝇(stable flies))；秋家蝇(face flies)、角蝇(horn flies)、丽蝇(blow flies)、金蝇属的某些种(Chrysomyaspp.)；伏蝇属的某些种(Phormia spp.)和其它蝇状的蝇类有害生物，马蝇虻属的某些种(Tabanus spp.)；肤蝇(bot flies)胃蝇属的某些种(Gastrophilus spp.)；狂蝇属的某些种(Oestrus spp)；纹皮蝇(cattle grubs)皮蝇属的某些种(Hypoderma spp.)；鹿虻(deerflies)斑虻属的某些种(Chrysops spp.)；绵羊虱蝇(Melophagus ovinus Linnaeus)(羊蜱蝇(keds))和其他短角亚目(Brachycera)、蚊子伊蚊属的某些种(Aedes spp.)；疟蚊属的某些种(Anopheles spp.)；家蚊属的某些种(Culex spp.)；黑蝇(blackflies)原蚋属的某些种(Prosimulium spp.)；蚋属的某些种(Simulium spp.)；蠓、沙蝇、眼菌蚊和其它长角亚目。

半翅目和同翅目的成虫和若虫，例如但不限于来自来自球蚜科(Adelgidae)的球蚜、来自盲蝽科(Miridae)的盲蝽、来自蝉科(Cicadidae)的蝉、叶蝉、小绿叶蝉属的某些种(Empoasca spp.)；来自大叶蝉科(Cicadellidae)的，来自菱蜡蝉科(Cixiidae)、青翅飞虱科(Flatidae)、蜡蝉总科(Fulgoroidea)、瓢蜡蝉科(Issidae)和(Delphacidae)的飞虱，来自角蝉科(Membracidae)的角蝉，来自木虱科(Psyllidae)的木虱，来自粉虱科(Aleyrodidae)的粉虱，来自蚜科(Aphididae)的蚜虫，来自根瘤蚜科(Phylloxeridae)的葡萄根瘤蚜，来自粉蚧科(Pseudococcidae)的粉蚧，来自链介壳虫科(Asterolecanidae)、蚧科(Coccidae)、粉蚧科(Dactylopiidae)、盾蚧科(Diaspididae)、绒蚧科(Eriococcidae)、旌介壳虫科(Ortheziidae)、刺葵介壳虫科(Phoenicococcidae)和绵蚧科(Margarodidae)的介壳虫，来自网蝽科的网蝽，来自蝽科(Pentatomidae)的椿象，长蝽(cinchbug)，土长蝽属的某些种(Blissus spp.)；和来自长蝽科(Lygaeidae)的其它籽长蝽、来自沫蝉科(Cercopidae)的沫蝉、来自缘蝽科(Coreidae)的南瓜缘蝽和来自红蝽科(Pyrrhocoridae)的秋恙螨和棉蝽。

同翅目的重要农艺成员还包括但不限于：豌豆蚜(Acyrthisiphon pisum Harris(豌豆蚜虫(pea aphid))；黑豆蚜(Aphis craccivora Koch)(豇豆蚜(cowpea aphid))；甜菜蚜(A.fabae Scopoli)(黑豆蚜(black bean aphid))；棉蚜(A.gossypii Glover)(棉蚜虫(cotton aphid)、瓜蚜(melon aphid))；槐蚜(A.maidiradicis Forbes)(玉米根蚜(cornroot aphid))；苹果蚜(A.pomi De Geer)(苹果蚜(apple aphid))；绣线菊蚜(A.spiraecola Patch)(尖蚜(spirea aphid))；茄沟无网蚜(Aulacorthum solaniKaltenbach)(毛地黄蚜虫(foxglove aphid))；草莓钉蚜(Chaetosiphon fragaefoliiCockerell)(草莓蚜(strawberry aphid))；麦双尾蚜(Diuraphis noxia Kurdjumov/Mordvilko)(俄罗斯小麦蚜虫(Russian wheat aphid))；车前圆尾蚜(Dysaphisplantaginea Paaserini)(红苹果蚜(rosy apple aphid))；苹果绵蚜(Eriosomalanigerum Hausmann)(苹绵蚜(woolly apple aphid))；甘蓝蚜(Brevicoryne brassicaeLinnaeus)(菜蚜(cabbage aphid))；大尾蚜(Hyalopterus pruni Geoffroy)(桃大尾蚜(mealy plum aphid))；萝卜蚜(Lipaphis erysimi Kaltenbach)(菜缢管蚜(turnipaphid))；麦无网蚜(Metopolophium dirrhodum Walker)(谷物蚜虫(cereal aphid))；马铃薯蚜(Macrosiphum euphorbiae Thomas)(马铃薯蚜(potato aphid))；桃蚜(Myzuspersicae Sulzer)(桃-马铃薯蚜虫(peach potato aphid)、绿桃蚜虫(green peachaphid))；莴苣蚜(Nasonovia ribisnigri Mosley)(莴苣蚜(lettuce aphid))；瘿绵蚜属的某些种(Pemphigus spp.)(根蚜(root aphids)和倍蚜(gall aphids))；玉米蚜(Rhopalosiphum maidis Fitch)(玉米叶蚜(corn leaf aphid))；稻麦蚜(R.padiLinnaeus)(禾谷缢管蚜(bird cherry-oat aphid))；麦二叉蚜(Schizaphis graminumRondani)(麦二岔蚜(greenbug))；牛鞭草蚜(Sipha flava Forbes)(甘蔗黄蚜(yellowsugarcane aphid))；麦长管蚜(Sitobion avenae Fabricius)(麦长管蚜(English grainaphid))；苜蓿斑蚜(Therioaphis maculata Buckton)(苜蓿斑翅蚜(spotted alfalfaaphid))；茶二叉蚜(Toxoptera aurantii Boyer de Fonscolombe)(黑色柑橘蚜(blackcitrus aphid))和褐色橘蚜(T.citricida Kirkaldy)(桔二叉蚜(brown citrus aphid))；Melanaphis sacchari)(sugarcane aphid))；球蚜属的某些种(Adelges spp.)(球蚜(adelgids))；长山核桃根瘤蚜(Phylloxera devastatrix Pergande)(山胡桃根瘤蚜(pecan phylloxera))；烟粉虱(Bemisia tabaci Gennadius)(烟草粉虱(tobaccowhitefly)、甘薯粉虱(sweetpotato whitefly))；银叶粉虱(B.argentifolii Bellows&Perring)(银叶粉虱(silverleaf whitefly))；柑桔粉虱(Dialeurodes citri Ashmead)(桔粉虱(citrus whitefly))；结翅白粉虱(Trialeurodes abutiloneus)(带状翅白粉虱(bandedwinged whitefly))和温室粉虱(T.vaporariorum Westwood)(温室粉虱(greenhouse whitefly))；马铃薯小绿叶蝉(Empoasca fabae Harris)(马铃薯叶蝉(potato leafhopper))；灰飞虱(Laodelphax striatellus Fallen)(小褐飞虱(smallerbrown planthopper))；二点叶蝉(Macrolestes quadrilineatus Forbes)(紫菀叶蝉(aster leafhopper))；黑尾叶蝉(Nephotettix cinticeps Uhler)(青大叶蝉(greenleafhopper))；二条斑黑尾叶蝉(N.nigropictus Stal)(稻叶蝉(rice leafhopper))；稻褐飞虱(Nilaparvata lugens Stal)(褐飞虱(brown planthopper))；玉米蜡蝉(Peregrinusmaidis Ashmead)(玉米飞虱(corn planthopper))；白背飞虱(Sogatella furciferaHorvath)(白背飞虱(white backed planthopper))；稻条背飞虱(Sogatodes orizicolaMuir(稻飞虱(rice delphacid))；苹果白叶蝉(Typhlocyba pomaria McAtee)(苹白小叶蝉(white apple leafhopper))；葡萄斑叶蝉属的某些种(Erythroneoura spp.)(葡萄叶蝉(grape leafhoppers))；十七年蝉(Magicicada septendecim Linnaeus)(晚秀蝉(periodical cicada))；吹绵蚧(Icerya purchasi Maskell)(吹绵蚧(cottony cushionscale))；梨圆蚧(Quadraspidiotus perniciosus Comstock)(梨圆蚧(San Jose scale))；臀纹粉蚧(Planococcus citri Risso)(桔粉蚧(citrus mealybug))；粉蚧属物种(Pseudococcus spp.)(其他粉蚧系群)；梨木虱(Cacopsylla pyricola Foerster)(木虱pear psylla))；柿木虱(Trioza diospyri Ashmead)(柿木虱(persimmon psylla))。

来自半翅目的物种包括但不限于：拟绿蝽(Acrosternum hilare Say)(稻绿蝽(green stink bug))；南瓜缘蝽(Anasa tristis De Gee)(南瓜虫(squash bug))；美洲谷长蝽(Blissus leucopterus Say)(麦长蝽(chinch bug))；方翅网蝽(Corythuca gossypiiFabricius)(棉网蝽(cotton lace bug))；番茄蝽(Cyrtopeltis modesta Distant)(番茄虫(tomato bug))；棉蝽(Dysdercus suturellus Herrich-Schaffer)(棉红蝽(cottonstainer))；褐臭蝽(Euschistus servus Say)(褐蝽象(brown stink bug))；一斑臭蝽(E.variolarius Palisot de Beauvais)(单斑椿象(one spotted stink bug))；长蝽属的某些种(Graptostethus spp.)(果实蝽系群(complex of seed bugs))；叶足松树长蝽(Leptoglossus corculus Say)(叶足松籽虫(leaf footed pine seed bug))；美洲牧草盲蝽(Lygus lineolaris Palisot de Beauvais)(牧草盲蝽(tarnished plant bug))；豆荚盲蝽(L.Hesperus Knight)(西方牧草盲蝽(Western tarnished plant bug))；牧草盲蝽(L.pratensis Linnaeus)(寻常草地虫(common meadow bug))；长毛草盲蝽(L.rugulipennis Poppius)(欧洲牧草盲蝽(European tarnished plant bug))；长绿盲蝽(Lygocoris pabulinus Linnaeus)(苹绿盲蝽(common green capsid))；南方绿椿象(Nezara viridula Linnaeus)(南方喜绿蝽(southern green stink bug))；美洲稻蝽(Oebalus pugnax Fabricius)(稻褐蝽(rice stink bug))；马利筋长蝽(Oncopeltusfasciatus Dallas)(大马利筋长蝽(large milkweed bug))；棉跳盲蝽(Pseudatomoscelisseriatus Reuter)(棉跳蚤(cotton flea hopper))。

半翅目，诸如，草莓蝽(Calocoris norvegicus Gmelin)(草莓长蝽(strawberrybug))；荒野奥盲蝽(Orthops campestris Linnaeus)；苹果盲蝽(Plesiocoris rugicollisFallen)(苹盲蝽(apple capsid))；番茄蝽(Cyrtopeltis modestus Distant)(番茄虫(tomato bug))；黑斑烟盲鋳(Cyrtopeltis notatus Distant)(吸蝇(suckfly))；白斑盲蝽(Spanagonicus albofasciatus Reuter)(水印跳盲蝽(whitemarked fleahopper))；皂荚蝽(Diaphnocoris chlorionis Say)(皂角蝽(honeylocust plant bug))；洋葱蝽(Labopidicola allii Knight)(葱盲蝽(onion plant bug))；棉跳盲蝽(Pseudatomoscelis seriatus Reuter)(棉跳蚤(cotton fleahopper))；苜蓿褐盲蝽(Adelphocoris rapidus Say)(快速植食蝽(rapid plant bug))；四线盲蝽(Poecilocapsus lineatus Fabricius)(四线叶虫(four lined plant bug))；小长蝽(Nysius ericae Schilling)(谷长蝽(false chinch bug))；假麦长蝽(Nysius raphanusHoward)(谷长蝽(false chinch bug))；南方绿椿象(Nezara viridula Linnaeus)(南方喜绿蝽(Southern green stink bug))；扁盾蝽属的某些种(Eurygaster spp.)；缘蝽科的某些种(Coreidae spp.)；红蝽科的某些种(Pyrrhocoridae spp.)；谷蛾科的某些种(Tinidaespp.)；负子蝽科的某些种(Blostomatidae spp.)；猎蝽科的某些种(Reduviidae spp.)和臭虫科的某些种(Cimicidae spp)。

蜱螨目(螨)的成虫和幼虫，诸如小麦瘤瘿螨(Aceria tosichella Keifer)(小麦卷叶螨(wheat curl mite))；麦岩螨(Petrobia latens Muller)(棕色小麦螨(brownwheat mite))；叶螨科中的蜘蛛螨(spidermite)和红螨(redmite)，苹果全爪螨(Panonychus ulmi Koch)(欧洲红螨(European red mite))；二斑叶螨(Tetranychusurticae Koch)(二点叶螨(two spotted spider mite))；迈叶螨(T.mcdanieli McGregor)(McDaniel mite))；朱砂虫螨(T.cinnabarinus Boisduval)(胭脂红蜘蛛螨(carminespider mite))；土耳其斯坦叶螨(T.turkestani Ugarov&Nikolski)(草莓蜘蛛螨(strawberry spider mite))；细须螨科中的平螨，短须螨(Brevipalpus lewisiMcGregor)(柑橘平螨(citrus flat mite))；瘿螨科(Eriophyidae)中的锈螨和芽瘿螨以及其它食叶螨和对人和动物健康重要的螨，即表皮螨科(Epidermoptidae)的尘螨、蠕形螨科(Demodicidae)的毛囊螨、食甜螨科(Glycyphagidae)的谷螨，硬蜱科(Ixodidae)的蜱。肩突硬蜱(Ixodes scapularis Say)(鹿蜱(deer tick))；全环硬蜱(I.holocyclus Neumann)(澳大利亚麻痹蜱(Australian paralysis tick))；变异革蜱(Dermacentor variabilisSay)(美洲犬蜱(American dog tick))；美洲钝眼蜱(Amblyomma americanum Linnaeus)(孤星蜱(lone star tick))和痒螨科、蒲螨科和疥螨科中的疥螨和痒螨。

缨尾目(Thysanura)的昆虫害虫，诸如衣鱼(Lepisma saccharina Linnaeus)(蠹虫(silverfish))；家衣鱼(Thermobia domestica Packard)(小灶衣鱼(firebrat))。

其它节肢动物害虫包括：蜘蛛目中的蜘蛛诸如棕色遁蛛(Loxosceles reclusaGertsch和Mulaik)(棕色隐蛛(brown recluse spider))和美国毒蛛(Latrodectusmactans Fabricius)(黑寡妇毒蛛(black widow spider))和蚰蜒目(Scutigeromorpha)中的蜈蚣诸如蚰蜒(Scutigera coleoptrata Linnaeus)(蚰蜒(house centipede))。

臭蝽和其它相关昆虫的总科，包括但不限于属于以下各科的种：蝽科(稻绿蝽、茶翅蝽(Halyomorpha halys)、Piezodorus guildini、褐臭蝽、拟绿蝽、英雄美洲蝽(Euschistus heros)、美洲蝽(Euschistus tristigmus)、拟绿蝽、褐蝽(Dichelopsmelacanthus)、和蓓蝽(Bagrada hilaris)(Bagrada Bug))，龟蝽科(Plataspidae)(筛豆龟蝽(Megacopta cribraria)-豆平腹蝽蟓(Bean plataspid)和土蝽科(Scaptocoriscastanea-Root stink bug)，以及鳞翅目物种，包括但不限于：小菜蛾，例如，玉米穗虫(Helicoverpa zea Boddie)；大豆尺蠖，例如，大豆尺夜蛾(Pseudoplusia includensWalker)以及黎豆夜蛾，例如，黎豆夜蛾(Anticarsia gemmatalis Hubner)。

线虫包括寄生线虫，诸如根结线虫、胞囊线虫和病斑线虫(lesion nematode)，包括异皮线虫属的某些种(Heterodera spp.)、根结线虫属的某些种Meloidogynespp.)和球异皮线虫属的某些种(Globodera spp.)，特别是胞囊线虫的成员，包括但不限于大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)(大豆胞囊线虫)；甜菜胞囊线虫(Heterodera schachtii)(甜菜胞囊线虫)；禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)(谷物胞囊线虫)以及马铃薯金线虫(Globodera rostochiensis)和马铃薯白线虫(Globodera pailida)(马铃薯胞囊线虫)。病变线虫包括短体线虫属(Pratylenchus)的某些种。

包含本公开的农药和微生物的农药组合物

如上所述，本公开的农业组合物可以包含本文教导的任何微生物，有时与一种或多种农药组合。农药可包括除草剂、杀虫剂、杀真菌剂、杀线虫剂等。

在一些实施方案中，农药/微生物组合可以以组合物的形式施用并且可以与其它化合物同时或相继地向待处理的作物区域或植物施用。这些化合物可以是肥料、除草剂、冷冻保护剂、表面活性剂、去垢剂、杀虫皂、休眠油、聚合物，和/或允许在单次施用该制剂后对目标区域长期给药的时间释放或可生物降解的载体制剂。如果需要，它们还可以是与在制剂领域中通常使用的另外的农业上可接受的载体、表面活性剂或促用助剂(applicationpromoting adjuvant)一起的选择性除草剂、化学杀虫剂、杀病毒剂、杀微生物剂、杀阿米巴虫剂(amoebicides)、农药、杀真菌剂、杀菌剂、杀线虫剂、杀软体动物剂或这些制剂中的几种的混合物。合适的载体(即农业上可接受的载体)和佐剂可以是固体或液体并且对应于通常用于配制技术的物质，例如天然或再生矿物质、溶剂、分散剂、润湿剂、粘着剂(stickingagent)、增粘剂、粘合剂或肥料。同样，可将制剂制备成可食用的诱饵或制成害虫诱捕器以允许杀虫制剂被目标害虫摄食或摄入。

可与本公开的微生物组合的示例性化学组合物包括：

果实/蔬菜除草剂:阿特拉津(Atrazine)、除草定、敌草隆(Diuron)、草甘膦(Glyphosate)、利谷隆(Linuron)、赛克津(Metribuzin)、西玛津(Simazine)、氟乐灵(Trifluralin)、吡氟禾草灵(Fluazifop)、草铵膦、Halo sulfuron Gowan、百草枯(Paraquat)、戊炔草胺(Propyzamide)、稀禾定(Sethoxydim)、氟丙嘧草酯(Butafenacil)、氯吡嘧磺隆(Halosulfuron)、三嗪茚草胺(Indaziflam)；果实/蔬菜杀虫剂：涕灭威(Aldicarb)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、胺甲萘(Carbaryl)、虫螨威、毒死蜱(Chlorpyrifos)、氯氰菊酯(Cypermethrin)、溴氰菊酯(Deltamethrin)、敌匹硫磷、马拉硫磷(Malathion)、阿维菌素(Abamectin)、氟氯氰菊酯(Cyfluthrin)/β氟氯氰菊酯、杀灭阿菊酯(Esfenvalerate)、高效氯氟氰菊酯、灭螨醌(Acequinocyl)、联苯肼酯(Bifenazate)、甲氧虫酰肼(Methoxyfenozide)、双苯氟脲(Novaluron)、环虫酰肼(Chromafenozide)、噻虫啉(Thiacloprid)、呋虫胺(Dinotefuran)、嘧螨酯(FluaCrypyrim)、唑虫酰胺(Tolfenpyrad)、噻虫胺(Clothianidin)、螺螨酯(Spirodiclofen)、γ-氯氟氰菊酯(Gamma-cyhalothrin)、螺甲螨酯(Spiromesifen)、多杀菌素(Spinosad)、氯虫苯甲酰胺(Rynaxypyr)、溴氰虫酰胺(Cyazypyr)、Spinoteram、杀铃脲(Triflumuron)、螺虫乙酯(Spirotetramat)、吡虫啉(Imidacloprid)、氟虫酰胺(Flubendiamide)、硫双威(Thiodicarb)、氰氟虫腙(Metaflumizone)、氟啶虫胺腈(Sulfoxaflor)、丁氟螨酯(Cyflumetofen)、氰吡菌胺(Cyanopyrafen)、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪(Thiamethoxam)、Spinotoram、硫双威、氟啶虫酰胺(Flonicamid)、灭虫威(Methiocarb)、甲胺基阿维菌素苯甲酸盐(Emamectin benzoate)、茚虫威(Indoxacarb)、Forthiazate、苯线磷(Fenamiphos)、卡杜沙磷(Cadusaphos)、吡丙醚(Pyriproxifen)、苯丁锡(Fenbutatin oxide)、Hexthiazox、灭多虫(Methomyl)、4-[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮；果实蔬菜杀真菌剂：多菌灵(Carbendazim)、百菌清(Chlorothalonil)、EBDC、硫磺(Sulphur)、甲基硫菌灵(Thiophanate-methyl)、腈嘧菌酯(Azoxystrobin)、霜脲氰(Cymoxanil)、氟啶胺(Fluazinam)、福賽得(Fosetyl)、异菌脲(Iprodione)、醚菌酯(Kresoxim-methyl)、甲霜灵/精甲霜灵(Metalaxyl/mefenoxam)、三氟敏(Trifloxystrobin)、噻唑菌胺(Ethaboxam)、丙森锌(Iprovalicarb)、三氟敏、环酰菌胺(Fenhexamid)、富马酸噁咪唑(Oxpoconazole fumarate)、氰霜唑(Cyazofamid)、咪唑菌酮(Fenamidone)、苯酰菌胺(Zoxamide)、啶氧菌酯(Picoxystrobin)、唑菌胺酯(Pyraclostrobin)、环氟菌胺(Cyflufenamid)、啶酰菌胺(Boscalid)；

谷物除草剂:异丙隆(Isoproturon)、溴苯腈(Bromoxynil)、氯炔(loxynil)、Phenoxies、绿磺隆(Chlorsulfuron)、炔草酸(Clodinafop)、二氯苯氧基苯氧基丙酸(Diclofop)、吡氟草胺(Diflufenican)、噁唑禾草灵(Fenoxaprop)、双氟磺草胺(Florasulam)、氟代吡咯(Fluoroxypyr)、甲磺隆(Metsulfuron)、醚苯黄隆(Triasulfuron)、氟酮磺隆(Flucarbazone)、lodosulfuron、丙苯磺隆(Propoxycarbazone)、

玉米除草剂:阿特拉津、甲草胺(Alachlor)、溴苯腈、乙草胺(Acetochlor)、麦草畏(Dicamba)、二氯吡啶酸(Clopyralid)、S-二甲吩草胺(S-Dimethenamid)、草铵膦(Glufosinate)、草甘膦、异噁唑草酮(Isoxaflutole)、精异丙甲草胺(S-Metolachlor)、硝磺酮(Mesotrione)、烟嘧磺隆(Nicosulfuron)、氟嘧磺隆(Primisulfuron)、玉嘧磺隆(Rimsulfuron)、磺草酮(Sulcotrione)、甲酰胺磺隆(Foramsulfuron)、苯吡唑草酮(Topramezone)、环磺酮(Tembotrione)、苯嘧磺草胺(Saflufenacil)、噻烯卡巴腙(Thiencarbazone)、氟噻草胺、派罗克杀草砜；玉米杀虫剂：虫螨威(Carbofuran)、毒死蜱、联苯菊酯、氟虫腈(Fipronil)、吡虫啉、高效氯氟氰菊酯、七氟菊酯(Tefluthrin)、特丁磷(Terbufos)、噻虫嗪、噻虫胺、螺甲螨酯、氟虫酰胺、杀铃脲、氯虫苯甲酰胺、溴氰菊酯、硫双威、β-氟氯氰菊酯、氯氰菊酯、联苯菊酯、氯芬奴隆(Lufenuron)、杀铃脲(Triflumoron)、七氟菊酯、丁基嘧啶磷(Tebupirim-phos)、乙虫腈(Ethiprole)、溴氰虫酰胺、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、阿维菌素(Avermectin)、灭虫威、螺螨酯、螺虫乙酯；玉米杀真菌剂：种衣酯(Fenitropan)、福美双(Thiram)、丙硫菌唑、戊唑醇、三氟敏

水稻除草剂:丁草胺(Butachlor)、敌稗(Propanil)、四唑嘧磺隆(Azimsulfuron)、苄嘧磺隆(Bensulfuron)、氰氟草酯(Cyhalofop)、杀草隆(Daimuron)、四唑酰草胺(Fentrazamide)、咪唑磺隆(Imazosulfuron)、苯噻草胺(Mefenacet)、噁嗪草酮(Oxaziclomefone)、吡嘧磺隆(Pyrazosulfuron)、稗草畏(Pyributicarb)、快克草(Quinclorac)、禾草丹(Thiobencarb)、茚草酮(Indanofan)、氟噻草胺、四唑酰草胺、氯吡嘧磺隆、噁嗪草酮、苯并双环酮(Benzobicyclon)、环酯草醚(Pyriftalid)、五氟磺草胺(Penoxsulam)、双草醚(Bispyribac)、丙炔噁草酮(Oxadiargyl)、乙氧磺隆(Ethoxysulfuron)、丙草胺(Pretilachlor)、硝磺酮、特呋三酮(Tefuryltrione)、噁草酮(Oxadiazone)、噁唑禾草灵、嘧磺草胺(Pyrimisulfan)；水稻杀虫剂：敌匹硫磷(Diazinon)、杀螟松(Fenitro-thion)、仲丁威(Fenobucarb)、久效磷(Monocrotophos)、丙硫克百威(Benfuracarb)、噻嗪酮(Buprofezin)、呋虫胺、氟虫腈、吡虫啉、异丙威(Isoprocarb)、噻虫啉、环虫酰肼、噻虫啉、呋虫胺、噻虫胺、乙虫腈、氟虫酰胺、氯虫苯甲酰胺、溴氰菊酯、啶虫脒、噻虫嗪、溴氰虫酰胺、多杀菌素、Spinotoram、氨基阿维菌素苯甲酸盐、氯氰菊酯、氯蜱硫磷(Chlorpyriphos)、杀螟丹(Cartap)、甲胺磷(Methamidophos)、依芬普司(Etofen-prox)、三唑磷(Triazophos)、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、虫螨威、丙硫克百威；水稻杀真菌剂：甲基硫菌灵、腈嘧菌酯、环丙酰菌胺(Carpropamid)、稻瘟光(Edifenphos)、嘧菌腙(Ferimzone)、异稻瘟净(Iprobenfos)、稻瘟灵(Isoprothiolane)、戊菌隆(Pencycuron)、烯丙苯噻唑(Probenazole)、咯喹酮(Pyroquilon)、三环唑(Tricyclazole)、三氟敏、双氯氰菌胺(Diclocymet)、氰菌胺(Fenoxanil)、硅氟唑、噻吡菌胺(Tiadinil)；

棉花除草剂:敌草隆、优草隆(Fluometuron)、MSMA、乙氧氟草醚(Oxyfluorfen)、扑草净(Prometryne)、氟乐灵、唑草酮(Carfentrazone)、烯草酮(Clethodim)、精吡氟禾草灵(Fluazifop-butyl)、草甘膦、达草灭(Norflurazon)、对硫磷(Pendimethalin)、嘧草硫醚(Pyrithiobac-sodium)、三氟啶磺隆(Trifloxysulfuron)、得杀草(Tepraloxydim)、草铵膦(Glufosinate)、丙炔氟草胺(Flumioxazin)、噻苯隆(Thidiazuron)；棉花杀虫剂：高灭磷(Acephate)、涕灭威、毒死蜱、氯氰菊酯、溴氰菊酯、马拉硫磷、久效磷、阿维菌素、啶虫脒、甲胺基阿维菌素苯甲酸盐、吡虫啉、茚虫威、高效氯氟氰菊酯、多杀菌素、硫双威、γ-氯氟氰菊酯、螺甲螨酯、啶虫丙醚(Pyridalyl)、氟啶虫酰胺、氟虫酰胺、杀铃脲、氯虫苯甲酰胺、β-氟氯氰菊酯、螺虫乙酯、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、呋虫胺、氟虫酰胺、溴氰虫酰胺、多杀菌素、Spinotoram、γ氯氟氰菊酯、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、硫双威、阿维菌素、氟啶虫酰胺、啶虫丙醚、螺甲螨酯、氟啶虫胺腈、丙溴磷(Profenophos)、三唑磷(Thriazophos)、硫丹(Endosulfan)；棉花杀真菌剂：土菌灵(Etridiazole)、甲霜灵、五氯硝苯(Quintozene)；

大豆除草剂:甲草胺、灭草松(Bentazone)、氟乐灵、氯嘧磺隆

甜菜除草剂：氯草敏(Chloridazon)、双苯胺灵(Desmedipham)、乙氧呋草黄(Ethofumesate)、苯敌草(Phenmedipham)、野麦畏(Triallate)、二氯吡啶酸、吡氟禾草灵、环草定(Lenacil)、苯嗪草酮(Metamitron)、喹草酸(Quinmerac)、噻草酮(Cycloxydim)、氟胺磺隆(Triflusulfuron)、得杀草、喹禾灵(Quizalofop)；甜菜杀虫剂：吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、噻虫啉、啶虫脒、呋虫胺、溴氰菊酯、β-氟氯氰菊酯、γ/λ氯氟氰菊酯、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、七氟菊酯、氯虫苯甲酰胺、Cyaxypyr、氟虫腈、虫螨威；

油菜除草剂:二氯吡啶酸、二氯苯氧基苯氧基丙酸、吡氟禾草灵、草铵膦、草甘膦、吡草胺(Metazachlor)、氟乐灵乙胺磺隆(Trifluralin Ethametsulfuron)、喹草酸、喹禾灵、烯草酮、得杀草；油菜杀真菌剂：腈嘧菌酯、多菌灵、咯菌腈(Fludioxonil)、异菌脲、丙氯灵(Prochloraz)、伐菌唑灵(Vinclozolin)；油菜杀虫剂：呋喃丹有机磷酸酯(Carbofuranorganophos-phates)、拟除虫菊酯类(Pyrethroids)、噻虫啉、溴氰菊酯、吡虫啉、噻虫胺、噻虫嗪、啶虫脒、呋虫胺、β-氟氯氰菊酯、γ和λ氯氟氰菊酯、τ氟胺氰菊酯、乙虫腈、多杀菌素、Spinotoram,氟虫酰胺、氯虫苯甲酰胺、溴氰虫酰胺、4-[[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮。

包含本公开的杀虫剂和微生物的杀虫组合物

如上所述，本公开的农业组合物可以包含本文教导的任何微生物，有时与一种或多种杀虫剂组合。可与本公开的微生物组合的示例性杀虫剂可见于表9。可与本公开的微生物组合的示例性杀虫剂可见于表10。

在一些实施方案中，杀虫组合物可包含在本文所述的组合物中，并可与其它化合物同时或相继施用于一株或多株植物或其一个或多个部分。杀虫剂包括碳酸铵、水性硅酸钾、硼酸、硫酸铜、元素硫、石硫合剂、辛酸蔗糖酯、4-[(6-氯吡啶-3-基)甲基](2,2-二氟乙基)氨基]呋喃-2(5H)-酮、阿维菌素、烯酮(notenone)、喹螨醚(fenazaquin)、霸螨灵(fenpyroximate)、哒螨灵(pyridaben)、嘧螨醚(pyrimedifen)、吡螨胺(tebufenpyrad)、唑虫酰胺、高灭磷、甲胺基阿维菌素苯甲酸盐、雷皮菌素(lepimectin)、米尔倍霉素(milbemectin)、hdroprene、烯虫炔酯(kinoprene)、烯虫酯(methoprene)、苯氧威(fenoxycarb)、百利普芬(pyriproxyfen)、溴甲烷和其它烷基卤化物、氟化糠(fulfurylfluoride)、氯化苦(chloropicrin)、硼砂、八硼酸二钠、硼酸钠、偏硼酸钠、酒石酸锑钾、棉隆(dazomet)、威百亩(metam)、吡蚜酮(pymetrozine)、氟虫吡喹(pyrifluquinazon)、flofentezine,氟螨嗪(diflovidazin)、噻螨酮(hexythiazox)、联苯肼酯、噻虫嗪、吡虫啉、霸螨灵、印楝素(azadirachtin)、苄氯菊酯(permethrin)、杀灭阿菊酯、啶虫脒、联苯菊酯、茚虫威、印楝素、除虫菊酯、吡虫啉、β-氟氯氰菊酯、治螟磷(sulfotep)、丁基嘧啶磷(tebupirimfos)、替美磷(temephos)、特丁磷、杀虫畏(tetrachlorvinphos)、甲基乙拌磷(thiometon)、三唑磷、棉铃威(alanycarb)、涕灭威、噁虫威(bendiocarb)、氟虫威(benfluracarb)、丁叉威(butocarboxim)、丁酮砜威(butoxycarboxim)、胺甲萘、虫螨威、丁硫克百威(carbosulfan)、乙硫苯威(ethiofencarb)、仲丁威、伐虫脒(formetanate)、呋线威(furathiocarb)、异丙威、灭虫威、methymyl、速灭威(metolcarb)、杀线威、primicarb、残杀威(propoxur)、硫双威、久效威(thiofanox)、唑蚜威(triazamate)、混杀威(trimethacarb)、XMC,灭杀威(xylylcarb)、高灭磷、甲基吡噁磷(azamethiphos)、乙基谷硫磷(azinphos-ethyl)、甲基谷硫磷(azinphos-methyl)、硫线磷(cadusafos)、氯烯炔菊酯(chlorethoxyfox)、三氯磷酸酯(trichlorfon)、蚜灭多(vamidothion)、氯丹(chlordane)、硫丹、乙虫腈、氟虫腈、氟丙菊酯(acrinathrin)、丙烯除虫菊(allethrin)、联苯菊酯、生物丙烯菊酯(bioallethrin)、生物丙烯醚X-环戊烯基(bioalletherin X-cyclopentenyl)、生物苄呋菊酯(bioresmethrin)、环菊酯(cyclorothrin)、氟氯氰菊酯、氯氟氰菊酯、氯氰菊酯、苯醚氰菊[(1R)-反式-异构体]、溴氰菊酯、右旋烯炔菊酯[(EZ)-(1R)-异构体]、杀灭阿菊酯、依芬普司、甲氰菊酯(fenpropathrin)、氰戊菊酯(fenvalerate)、氟氰菊酯(flucythrinate)、氟氯苯菊酯(flumethrin)、苄螨醚(halfenprox)、kadathrin、苯氧司林[(1R)-反式-异构体])、炔丙菊酯(prallethrin)、除虫菊酯(除虫菊杀虫剂)、灭虫菊(resmethrin)、氟硅菊酯(silafluofen)、七氟菊酯、胺菊酯(tetramethrin)、胺菊酯[(1R)-异构体]、四溴菊酯(tralomethrin)、四氟苯菊酯(transfluthrin)、α-氯氰菊酯、β-氟氯氰菊酯、β-氯氰菊酯(beta-cypermethrin)、d-顺式-反式-丙烯除虫菊(d-cis-transallethrin)、d-反式-丙烯除虫菊(d-trans allethrin)、γ-氯氟氰菊酯、λ-氯氟氰菊酯、τ-氟胺氰菊酯(tau-fluvalinate)、θ-氯氰菊酯(theta-cypermethrin)、ζ-氯氰菊酯(zeta-cypermethrin)、甲氧氯(methoxychlor)、烟碱(nicotine)、氟啶虫胺腈、啶虫脒、噻虫胺、呋虫胺、吡虫啉、烯啶虫胺(nitenpyram)、噻虫啉、噻虫嗪、tebuprimphos、β-氟氯氰菊酯、噻虫胺、氟啶虫酰胺、氟蚁腙(hydramethylnon)、阿米曲士(amitraz)、氟虫酰胺、氯虫苯甲酰胺(blorantraniliprole)、λ氯氟氰菊酯、多杀菌素、γ氯氟氰菊酯、球孢白僵菌(Beauveriabassiana)、辣椒油树脂提取物(capsicum oleoresin extract)、大蒜油、胺甲萘、毒死蜱、氟吡氰胺、λ氯氟氰菊酯、毒虫畏(Chlorfenvinphos)、氯甲磷(Chlormephos)、毒死蜱、毒死蜱(Chlorpyrifos-methyl)、库马磷(Coumaphos)、杀螟睛(Cyanophos)、内吸磷-S-甲基(demeton-S-methyl)、敌匹硫磷、敌敌畏(Dichlorvos)/DDVP、百治磷(Dicrotophos)、乐果、甲基毒虫畏(Dimethylvinphos)、乙拌磷(Disulfoton)、EPN、乙硫磷(Ethion)、丙线磷(Ethoprophos)、氨磺磷(Famphur)、苯线磷、杀螟松、倍硫磷(Fenthion)、噻唑膦(Fosthiazate)、蚜螨磷(Heptenophos)、新烟磷(Imicyafos)、异柳磷(Isofenphos)、O-(甲氧基氨基硫代磷酰基)水杨酸异丙酯(Isopropyl O-(methoxyaminothio-phosphoryl)salicylate)、异噁唑磷(Isoxathion)、马拉硫磷、灭蚜磷(Mecarbam)、甲胺磷、杀扑磷(Methidathion)、速灭磷(Mevinphos)、久效磷、二溴磷(Naled)、氧乐果(Omethoate)、砜吸磷(Oxydemeton-methyl)、对硫磷、甲基对硫磷(Parathion-methyl)、稻丰散(Phenthoate)、甲拌磷(Phorate)、伏杀磷(Phosalone)、亚胺硫磷(Phosmet)、磷胺(Phosphamidon)、肟硫磷(Phoxim)、甲基嘧啶磷(Pirimiphos-methyl)、丙溴磷(Profenofos)、胺丙畏(Propetamphos)、丙硫磷(Prothiofos)、吡唑硫磷(Pyraclofos)、哒嗪硫磷(Pyridaphenthion)、喹硫磷嘧螨酯(Quinalphosfluacrypyrim)、呋喃虫酰肼(tebufenozide)、氯虫酰胺(chlorantraniliprole)、苏云金芽孢杆菌库尔斯塔克亚种(Bacillus thuringiensis subs.Kurstaki)、特丁磷、矿物油、甲氰菊酯、聚乙醛(metaldehyde)、溴氰菊酯、敌匹硫磷、乐果、除虫脲(diflubenzuron)、百利普芬、迷迭香油(reosemary oil)、薄荷油(peppermint oil)、牻牛儿醇(geraniol)、印楝素、胡椒基丁醚(piperonyl butoxide)、氰虫酰胺(cyantraniliprole)、α氯氰菊酯、七氟菊酯、吡蚜酮、马拉硫磷、苏云金芽孢杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp.israelensis)、杀螨醇(dicofol)、溴螨酯(bromopropylate)、苯螨特(benzoximate)、印楝素、氟啶虫酰胺、大豆油、活性紫色细菌菌株PRAA4-1(Chromobacterium subtsugae strain PRAA4-1)、ζ氯氰菊酯、亚胺硫磷、甲氧虫酰肼、石蜡油、螺虫乙酯、灭多虫、金龟子绿僵菌菌株F52(Metarhizium anisopliae strain F52)、丙线磷、四氯杀螨砜(tetradifon)、炔螨特(propargite)、苯丁锡、三唑锡(azocyclotin)、三环锡(cyhexatin)、杀螨隆(diafenthiuron)、球形芽孢杆菌、乙螨唑(etoxazole)、氟吡呋喃酮(flupyradifurone)、印楝素、球孢白僵菌、丁氟螨酯、印楝素、灭螨猛(chinomethionat)、高灭磷、玫烟色棒束孢菌菌株97(Isaria fumosorosea Apopka strain 97)、十水合四硼酸钠、甲胺基阿维菌素苯甲酸盐、冰晶石(cryolite)、乙基多杀菌素(spinetoram)、土荆芥提取物(Chenopodiumambrosioides extract)、苯氟脲、呋虫胺、胺甲萘、灭螨醌、氟吡呋喃酮、磷酸铁、高岭土、噻嗪酮、环丙氨嗪(cyromazine)、环虫酰肼、氯虫酰肼(halofenozide)、甲氧虫酰肼、呋喃虫酰肼、双三氟虫脲(bistrifluron)、定虫隆(chlorfluazuron)、除虫脲、氟环脲(flucycloxuron)、氟虫脲(flufenoxuron)、氟铃脲(hexaflumuron)、氯芬奴隆、诺卡卢隆(nocaluron)、诺福隆(noviflumuron)、氟苯脲(teflubenzuron)、杀铃脲、杀虫磺(bensultap)、盐酸杀螟丹(cartap hydrochloride)、杀虫环(thiocyclam)、杀虫双(thiosultap-sodium)、DNOC、虫螨腈(chlorfenapyr)、(二)氟虫胺(sulfuramid)、甲拌磷、唑虫酰胺、氟啶虫胺腈、印度楝树油(neem oil)、苏云金芽胞杆菌拟步行甲亚种菌株SA-10(Bacillus thuringiensis subsp.tenebrionis strain SA-10)、环丙氨嗪、热灭活的伯克霍尔德菌属的某些种(heat-killed Burkholderia spp.)、氰虫酰胺、腈吡螨酯(cyenopyrafen)、丁氟螨酯、氰化钠、氰化钾、氰化钙、磷化铝、磷化钙、磷化氢、磷化锌、螺双氯芬(spriodiclofen)、螺甲螨酯、螺虫乙酯、氰氟虫腙、氟虫酰胺、吡氟虫胺(pyflubumide)、杀线威、苏云金芽孢杆菌鲇泽亚种、乙螨唑和杀灭阿菊酯。

表9.与各种作用模式相关联的示例性杀虫剂，其可与本公开的微生物组合

表10.可与本公开的微生物组合的农药的示例性列表

杀虫剂还包括增效剂或活化剂，它们本身不被认为是有毒的或杀虫的，而是与杀虫剂一起使用以协同或增强杀虫剂活性的物质。增效剂或活化剂包括胡椒基丁醚。

生物合理农药

杀虫剂可以是生物合理的，也可以称为生物农药或生物学农药。生物合理是指对特定的一种或多种目标害虫(例如昆虫、杂草、植物病害(包括线虫)和脊椎动物害虫)具有有害或致死作用，具有独特的作用方式，对人、家养植物和动物无毒，以及对野生动物和环境几乎没有或没有不利影响的任何天然来源的物质(或类似于天然来源的人造物质)。

生物合理杀虫剂(或生物杀虫剂或生物学杀虫剂)可分为：(1)生物化学物质(激素、酶、信息素和天然剂，诸如昆虫和植物生长调节剂)，(2)微生物(病毒、细菌、真菌、原生动物和线虫)，或(3)植物结合保护剂(PIP)-主要是转基因植物，诸如Bt玉米。

生物农药或生物学农药可以广泛地包括由活微生物或天然产品制造并出售用于控制植物害虫的剂。生物农药可以是：微生物、生物化学品和化学信息素。生物农药还可包括肽、蛋白质和核酸，诸如双链DNA、单链DNA、双链RNA、单链RNA和发夹DNA或RNA。

细菌、真菌、卵菌、病毒和原生动物都用于昆虫害虫的生物防治。使用最广泛的微生物生物农药是昆虫病原菌苏云金芽孢杆菌(Bt)，其在细菌孢子形成过程中产生蛋白质晶体(Btδ-内毒素)，当其被易感昆虫食用时，能够引起肠道细胞裂解。微生物Bt生物农药由发酵罐中大量生产的细菌孢子和δ-内毒素晶体组成，并被配制成可喷洒的产品。Bt不会伤害脊椎动物，对人、有益生物和环境都是安全的。因此，Bt喷雾剂是用于果蔬作物害虫控制的日益发展的策略，在所述作物中，它们的高选择性和安全性被认为是想要的，并且对合成化学杀虫剂的抗性是个问题。Bt喷雾剂也已用于商品作物，诸如玉米、大豆和棉花，但随着植物遗传修饰的出现，农民越来越多地种植Bt转基因作物品种。

其它微生物杀虫剂包括基于昆虫病原杆状病毒的产品。对节肢动物有致病性的杆状病毒属于病毒家族，具有大的环状、共价闭合和双链DNA基因组，所述基因组被包装到核衣壳中。已从鳞翅目、膜翅目和双翅目昆虫中鉴定出700多种杆状病毒。杆状病毒通常对其宿主昆虫具有高度特异性，因此对环境、人、其它植物和有益生物是安全的。超过50种杆状病毒产品已被用于控制全球不同的害虫。在美国和欧洲，苹果蠹蛾(Cydia pomonella)颗粒体病毒(CpGV)被用作淹没性生物农药，用于对抗苹果上的苹果小卷蛾(codlingmoth)。华盛顿州作为美国最大的苹果生产者，对13％的苹果作物使用了CpGV。在巴西，大豆毛虫黎豆夜蛾的核多角体病毒在1990年代中期被用于多达400万公顷(约35％)的大豆作物。诸如

已经开发了至少170种基于昆虫病原真菌的不同生物农药产品，用于对抗温室作物、水果和田间蔬菜以及商品作物中的至少五种昆虫目和螨目。大多数产品基于子囊菌球孢白僵菌或金龟子绿僵菌。金龟子绿僵菌还被开发用于控制非洲和澳大利亚的蝗虫和蚱蜢害虫，并被联合国粮食及农业组织(FAO)推荐用于蝗虫控制。

在美国注册的多种微生物农药列于Kabaluk等人2010(Kabaluk,J.T.等人.(编辑).2010 The Use and Regulation of Microbial Pesticides in RepresentativeJurisdictions Worldwide.IOBC Global.第99页)中的表16中，并且在选定国家注册的微生物农药列于Hoeschle-Zeledon等人2013(Hoeschle-Zeledon,I.,P.Neuenschwander和L.Kumar.(2013)Regulatory Challenges for biological control.SP-IPMSecretariat,International Institute of Tropical Agriculture(IITA),Ibadan,Nigeria.第43页)的附件4中，所述每篇文献均以其整体并入本文。

植物产生多种次生代谢物，其阻止食草动物以它们为食。其中一些可用作生物农药。例如，它们包括除虫菊酯，其是由除虫菊(Chrysanthemum cinerariaefolium)产生的速效杀虫化合物。它们对哺乳动物的毒性低，但施用后会迅速降解。这种短暂的持久性促进了合成除虫菊酯(拟除虫菊酯)的开发。最广泛使用的植物化合物是印度楝树油，一种从印楝(Azadirachta indica)种子中提取的杀虫化学物质。有两种基于土壤放线菌合成的次级代谢产物的高活性杀虫剂可用，但监管机构对它们的评价似乎是合成化学农药。多杀菌素是来自多刺甘蔗多孢菌(Saccharopolyspora spinosa)的两种大环内酯化合物的混合物。其对哺乳动物的毒性非常低，并且残留物在田间迅速降解。农民和种植者在1997年引入其后广泛使用，但在一些重要的害虫(诸如西方花蓟马(western flower thrips))中已经产生了抗药性。阿维菌素是由阿维链霉菌(Streptomyces avermitilis)产生的大环内酯化合物。其对一系列害虫物种有活性，但在例如叶螨中也对其产生了抗药性。

已经发现来自许多生物体的肽和蛋白质具有杀虫特性。也许最突出的是来自蜘蛛毒液的肽(King,G.F.和Hardy,M.C.(2013)Spider-venom peptides:structure,pharmacology,and potential for control of insect pests.Annu.Rev.Entomol.58:475-496)。蜘蛛毒液肽中二硫键的独特排列使它们对蛋白酶具有极强的抵抗力。因此，这些肽在昆虫肠道和血淋巴中高度稳定，并且其中许多具有口服活性。这些肽靶向昆虫神经系统中的多种受体和离子通道。杀虫肽的其它实例包括：作用于电压门控Na+通道的海葵毒液(Bosmans,F.和Tytgat,J.(2007)Sea anemone venom as a source of insecticidalpeptides acting on voltage-gated Na+channels.Toxicon.49(4):550–560)；来自豆科植物种子的对几种害虫(诸如蚊子、一些蚜虫和谷类象鼻虫)具有致死活性的PA1b(豌豆白蛋白1，亚基b)肽(Eyraud,V.等人(2013)Expression and Biological Activity of theCystine Knot Bioinsecticide PA1b(Pea Albumin 1Subunit b).PLoS ONE 8(12):e81619)；和由易感昆虫中的矮刀豆(Canavalia ensiformis)(杰克豆)脲酶的酶促水解产生的10kDa内部肽(Martinelli,A.H.S.等人(2014)Structure–function studies onjaburetox,a recombinant insecticidal peptide derived from jack bean(Canavaliaensiformis)urease.Biochimica et Biophysica Acta 1840:935–944)。商购可得的肽杀虫剂的实例包括用于处理温室中的蔬菜和观赏植物中的蓟马的Spear

化学信息素是生物体产生的化学信号，其会导致相同或不同物种的个体发生行为变化。用于作物保护的最广泛使用的化学信息素是昆虫性信息素，其中一些现在可以合成并用于监测或通过大规模诱捕、诱杀系统和干扰交配进行害虫控制。在世界范围内，超过660,000公顷的土地使用了干扰交配，并且干扰交配在果园作物中特别有用。

如本文中所用，“转基因杀虫性状”是指已被遗传工程改造以表达对一种或多种害虫有害的核酸或多肽的植物所表现出的性状。在一个实施方案中，本公开的植物对本公开的任何一种或多种害虫的附着和/或感染具有抗性。在一个实施方案中，所述性状包括来自苏云金芽孢杆菌的营养杀虫蛋白(VIP)、来自植物的凝集素和蛋白酶抑制剂、萜类化合物、来自链霉菌属的某些种的胆固醇氧化酶、昆虫几丁质酶和真菌几丁质分解酶、细菌杀虫蛋白和早期识别抗性基因的表达。在另一个实施方案中，所述性状包括对害虫有毒性的苏云金芽孢杆菌蛋白的表达。在一个实施方案中，Bt蛋白是Cry蛋白(晶体蛋白)。Bt作物包括Bt玉米、Bt棉花和Bt大豆。Bt毒素可来自Cry家族(参见，例如，Crickmore等人，1998,Microbiol.Mol.Biol.Rev.62:807-812)，其对鳞翅目、鞘翅目和双翅目特别有效。

Bt Cry和Cyt毒素属于一类被称为成孔毒素(PFT)的细菌毒素，它们以水溶性蛋白质的形式分泌，发生构象变化以插入或转移穿过它们的宿主的细胞膜。PFT有两大类:(i)α螺旋毒素，其中α螺旋区形成跨膜孔，和(ii)β桶毒素，其通过形成由每个单体的β折叠发夹组成的β桶插入膜中。参见，Parker MW,Feil SC,“Pore-forming protein toxins:fromstructure to function,”Prog.Biophys.Mol.Biol.2005年5月；88(1):91-142。第一类PFT包括诸如大肠杆菌素、外毒素A、白喉毒素以及还有Cry三结构域毒素等毒素。另一方面，气单胞菌溶素(aerolysin)、α-溶血素、炭疽保护性抗原、胆固醇依赖性毒素如产气荚膜梭菌溶血素O(perfringolysin O)和Cyt毒素属于β-桶毒素。Id.一般来说，产生PFT的细菌会分泌它们的毒素，而这些毒素会与位于宿主细胞表面的特定受体相互作用。在大多数情况下，PFT在受体结合后被宿主蛋白酶激活，诱导形成具有插入能力的寡聚结构。最后，在大多数情况下，膜插入是由pH值的降低触发的，pH值的降低会诱导蛋白质呈熔融的小球状态。Id.

产生Bt Cry蛋白的转基因作物的开发使化学杀虫剂被环境友好的替代品替代。在转基因植物中，Cry毒素不断产生，保护毒素免于降解，并使咀嚼口器害虫和钻孔害虫可以接触到其。植物中Cry蛋白的生产已通过工程改造cry基因使其具有植物偏好密码子使用、通过去除原毒素的假定的剪接信号序列和缺失原毒素的羧基末端区域而得到改进。参见，Schuler TH等人，“Insect-resistant transgenic plants,”Trends Biotechnol.1998；16:168–175。在种植这些转基因作物的地区，抗虫作物的使用大大减少了化学农药的使用。参见，Qaim M,Zilberman D,“Yield effects of genetically modified crops indeveloping countries,”Science.2003年2月7日；299(5608):900-2。

已知的Cry蛋白包括：δ-内毒素，包括但不限于：Cry1、Cry2、Cry3、Cry4、Cry5、Cry6、Cry7、Cry8、Cry9、Cry10、Cry11、Cry12、Cry13、Cry14、Cry15、Cry16、Cry17、Cry18、Cry19、Cry20、Cry21、Cry22、Cry23、Cry24、Cry25、Cry26、Cry27、Cry 28、Cry 29、Cry30、Cry31、Cry32、Cry33、Cry34、Cry35、Cry36、Cry37、Cry38、Cry39、Cry40、Cry41、Cry42、Cry43、Cry44、Cry45、Cry 46、Cry47、Cry49、Cry 51、Cry52、Cry 53、Cry 54、Cry55、Cry56、Cry57、Cry58、Cry59。Cry60、Cry61、Cry62、Cry63、Cry64、Cry65、Cry66、Cry67、Cry68、Cry69、Cry70和Cry71类的δ-内毒素基因和苏云金芽孢杆菌溶细胞cytl和cyt2基因。

苏云金芽孢杆菌杀虫蛋白的这些种类的成员包括但不限于：CrylAa1(登录号AAA22353)；Cry1Aa2(登录号登录号AAA22552)；Cry1Aa3(登录号BAA00257)；Cry1Aa4(登录号CAA31886)；Cry1Aa5(登录号BAA04468)；Cry1Aa6(登录号AAA86265)；Cry1Aa7(登录号AAD46139)；Cry1Aa8(登录号126149)；Cry1Aa9(登录号BAA77213)；CrylAa10(登录号AAD55382)；CrylAa11(登录号CAA70856)；Cry1Aa12(登录号AAP80146)；Cry1Aa13(登录号AAM44305)；Cry1Aa14(登录号AAP40639)；Cry1Aa15(登录号AAY66993)；Cry1Aa16(登录号HQ439776)；Cry1Aa17(登录号HQ439788)；Cry1Aa18(登录号HQ439790)；Cry1Aa19(登录号HQ685121)；Cry1Aa20(登录号JF340156)；Cry1Aa21(登录号JN651496)；Cry1Aa22(登录号KC158223)；Cry1Abl(登录号AAA22330)；Cry1Ab2(登录号AAA22613)；Cry1Ab3(登录号AAA22561)；Cry1Ab4(登录号BAA00071)；Cry1Ab5(登录号CAA28405)；Cry1Ab6(登录号AAA22420)；Cry1Ab7(登录号CAA31620)；Cry1Ab8(登录号AAA22551)；Cry1Ab9(登录号CAA38701)；Cry1Ab10(登录号A29125)；CrylAb11(登录号Il2419)；Cry1Ab12(登录号AAC64003)；Cry1Ab13(登录号AAN76494)；Cry1Ab14(登录号AAG16877)；Cry1Ab15(登录号AA013302)；Cry1Ab16(登录号AAK55546)；Cry1Ab17(登录号AAT46415)；Cry1Ab18(登录号AAQ88259)；Cry1Ab19(登录号AAW31761)；Cry1Ab20(登录号ABB72460)；Cry1Ab21(登录号ABS18384)；Cry1Ab22(登录号ABW87320)；Cry1Ab23(登录号HQ439777)；Cry1Ab24(登录号HQ439778)；Cry1Ab25(登录号HQ685122)；Cry1Ab26(登录号HQ847729)；Cry1Ab27(登录号JN135249)；Cry1Ab28(登录号JN135250)；Cry1Ab29(登录号JN135251)；Cry1Ab30(登录号JN135252)；Cry1Ab31(登录号JN135253)；Cry1Ab32(登录号JN135254)；Cry1Ab33(登录号AAS93798)；Cry1Ab34(登录号KC156668)；Cry1Ab样(登录号AAK14336)；Cry1Ab样(登录号AAK14337)；Cry1Ab样(登录号AAK14338)；Cry1Ab样(登录号ABG88858)；Cry1Ac1(登录号AAA22331)；Cry1Ac2(登录号AAA22338)；Cry1Ac3(登录号CAA38098)；Cry1Ac4(登录号AAA73077)；Cry1Ac5(登录号AAA22339)；Cry1Ac6(登录号AAA86266)；Cry1Ac7(登录号AAB46989)；Cry1Ac8(登录号AAC44841)；Cry1Ac9(登录号AAB49768)；CrylAc10(登录号CAA05505)；CrylAc11(登录号CAA10270)；Cry1Ac12(登录号Il2418)；Cry1Ac13(登录号AAD38701)；Cry1Ac14(登录号AAQ06607)；Cry1Ac15(登录号AAN07788)；Cry1Ac16(登录号AAU87037)；CrylAc17(登录号AAX18704)；Cry1Ac18(登录号AAY88347)；Cry1Ac19(登录号ABD37053)；Cry1Ac20(登录号ABB89046)；Cry1Ac21(登录号AAY66992)；Cry1Ac22(登录号ABZ01836)；Cry1Ac23(登录号CAQ30431)；Cry1Ac24(登录号ABL01535)；Cry1Ac25(登录号FJ513324)；Cry1Ac26(登录号FJ617446)；Cry1Ac27(登录号FJ617447)；Cry1Ac28(登录号ACM90319)；Cry1Ac29(登录号DQ438941)；Cry1Ac30(登录号GQ227507)；Cry1Ac31(登录号GU446674)；Cry1Ac32(登录号HM061081)；Cry1Ac33(登录号GQ866913)；Cry1Ac34(登录号HQ230364)；Cry1Ac35(登录号JF340157)；Cry1Ac36(登录号JN387137)；Cry1Ac37(登录号JQ317685)；CrylAd1(登录号AAA22340)；Cry1Ad2(登录号CAA01880)；CrylAe1(登录号AAA22410)；CrylAf1(登录号AAB82749)；CrylAg1(登录号AAD46137)；CrylAh1(登录号AAQ14326)；Cry1Ah2(登录号ABB76664)；Cry1Ah3(登录号HQ439779)；CrylAi1(登录号AA039719)；Cry1Ai2(登录号HQ439780)；Cry1A样(登录号AAK14339)；Cry1Bal(登录号CAA29898)；Cry1Ba2(登录号CAA65003)；Cry1Ba3(登录号AAK63251)；Cry1Ba4(登录号AAK51084)；Cry1Ba5(登录号AB020894)；Cry1Ba6(登录号ABL60921)；Cry1Ba7(登录号HQ439781)；CrylBb1(登录号AAA22344)；Cry1Bb2(登录号HQ439782)；Cry1Bcl(登录号CAA86568)；Cry1Bdl(登录号AAD10292)；Cry1Bd2(登录号AAM93496)；CrylBe1(登录号AAC32850)；Cry1Be2(登录号AAQ52387)；Cry1Be3(登录号ACV96720)；Cry1Be4(登录号HM070026)；CrylBf1(登录号CAC50778)；Cry1Bf2(登录号AAQ52380)；Cry1Bgl(登录号AA039720)；Cry1Bhl(登录号HQ589331)；Cry1Bil(登录号KC156700)；Cry1Cal(登录号CAA30396)；Cry1Ca2(登录号CAA31951)；Cry1Ca3(登录号AAA22343)；Cry1Ca4(登录号CAA01886)；Cry1Ca5(登录号CAA65457)；Cry1Ca6[1](登录号AAF37224)；Cry1Ca7(登录号AAG50438)；Cry1Ca8(登录号AAM00264)；Cry1Ca9(登录号AAL79362)；CrylCa10(登录号AAN16462)；Cry1Ca11(登录号AAX53094)；Cry1Ca12(登录号HM070027)；Cry1Ca13(登录号HQ412621)；Cry1Ca14(登录号JN651493)；CrylCb1(登录号M97880)；Cry1Cb2(登录号AAG35409)；Cry1Cb3(登录号ACD50894)；Cry1Cb样(登录号AAX63901)；Cry1Dal(登录号CAA38099)；Cry1Da2(登录号I76415)；Cry1Da3(登录号HQ439784)；Cry1 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δ-内毒素的实例还包括但不限于美国专利第5,880,275号、第7,858,849号第8,530,411号、第8,575,433号和第8,686,233号的Cry1A蛋白；美国专利第8,304,604号、第8,304,605号和第8,476,226号的DIG-3或DIG-11毒素(cry蛋白诸如Cry1A、Cry3A的α-螺旋1和/或α-螺旋2变体的N端缺失)；序列号为10/525,318的美国专利申请的Cry1B；美国专利第6,033,874号的Cry1C；美国专利第5,188,960号和第6,218,188号的Cry1F；美国专利第7,070,982号、第6,962,705号和第6,713,063号的Cry1A/F嵌合体)；美国专利第7,064,249号的Cry2蛋白诸如Cry2Ab蛋白)；Cry3A蛋白，包括但不限于通过融合至少两种不同Cry蛋白的可变区和保守区的独特组合而产生的工程杂交杀虫蛋白(eHIP)(美国专利申请公布第2010/0017914号)；Cry4蛋白；Cry5蛋白；Cry6蛋白；美国专利第7,329,736号、第7,449,552号、第7,803,943号、第7,476,781号、第7,105,332号、第7,378,499号和第7,462,760号的Cry8蛋白；Cry9蛋白，诸如Cry9A、Cry9B、Cry9C、Cry9D、Cry9E和Cry9F家族的成员，包括但不限于美国专利第8,802,933号的Cry9D蛋白和美国专利第8,802,934号的Cry9B蛋白；Naimov等人，(2008),“Applied and Environmental Microbiology,”74:7145-7151的Cry15蛋白；美国专利第6,127,180号、第6,624,145号和第6,340,593号的Cry22、Cry34Abl蛋白；美国专利第6,248,53 5号、第6,326,351号、第6,399,330号、第6,949,626号、第7,385,107号和第7,504,229号的CryET33和cryET34蛋白；美国专利公布第2006/0191034号、第2012/0278954号和第PCT公布第WO 2012/139004号的CryET33和CryET34同源物；美国专利第6,083,499号、第6,548,291号和第6,340,593号的Cry35Abl蛋白；Cry46蛋白、Cry 51蛋白、Cry二元毒素；TIC901或相关毒素；美国专利申请公布第2008/0295207号的TIC807；PCT US 2006/033867的ET29、ET37、TIC809、TIC810、TIC812、TIC127、TIC128；美国专利第8,513,494号的TIC853毒素、美国专利第8,236,757号的AXMI-027、AXMI-036和AXMI-038；美国专利第7,923,602号的AXMI-031、AXMI-039、AXMI-040、AXMI-049；WO2006/083891的AXMI-018、AXMI-020和AXMI-021；WO 2005/038032的AXMI-010；WO 2005/021585的AXMI-003；美国专利申请公布第2004/0250311号的AXMI-008；美国专利申请公布第2004/0216186号的AXMI-006；美国专利申请公布第2004/0210965号的AXMI-007；美国专利申请第2004/0210964号的AXMI-009；美国专利申请公布第2004/0197917号的AXMI-014；美国专利申请公布第2004/0197916号的AXMI-004；WO 2006/119457的AXMI-028和AXMI-029；WO 2004/074462的AXMI-007、AXMI-008、AXMI-0080rf2、AXMI-009、AXMI-014和AXMI-004；美国专利第8,084,416号的AXMI-150；美国专利申请公布第2011/0023184号的AXMI-205；美国专利申请公布第2011/0263488号的AXMI-011、AXMI-012、AXMI-013、AXMI-015、AXMI-019、AXMI-044、AXMI-037、AXMI-043、AXMI-033、AXMI-034、AXMI-022、AXMI-023、AXMI-041、AXMI-063和AXMI-064；美国专利申请公布第2010/0197592号的AXMI-Rl和相关蛋白；WO 2011/103248的AXMI221Z、AXMI222z、AXMI223z、AXMI224z和AXMI225z；WO 2011/103247和美国专利第8,759,619号的AXMI218、AXMI219、AXMI220、AXMI226、AXMI227、AXMI228、AXMI229、AXMI230和AXMI231；美国专利第8,334,431号的AXMI-115、AXMI-113、AXMI-005、AXMI-163和AXMI-184；美国专利申请公布第2010/0298211号的AXMI-001、AXMI-002、AXMI-030、AXMI-035和AXMI-045；美国专利申请公布第2009/0144852号的AXMI-066和AXMI-076；美国专利第8,318,900号的AXMI128、AXMI130、AXMI131、AXMI133、AXMI140、AXMI141、AXMI142、AXMI143、AXMI144、AXMI146、AXMI148、AXMI149、AXMI152、AXMI153、AXMI154、AXMI155、AXMI156、AXMI157、AXMI158、AXMI162、AXMI165、AXMI166、AXMI167、AXMI168、AXMI169、AXMI170、AXMI171、AXMI172、AXMI173、AXMI174、AXMI175、AXMI176、AXMI177、AXMI178、AXMI179、AXMI180、AXMI181、AXMI182、AXMI185、AXMI186、AXMI187、AXMI188、AXMI189；美国专利申请公布第2010/0005543号的AXMI079、AXMI080、AXMI081、AXMI082、AXMI091、AXMI092、AXMI096、AXMI097、AXMI098、AXMI099、AXMI100、AXMI101、AXMI102、AXMI103、AXMI104、AXMI107、AXMI108、AXMI109、AXMI110、AXMI111、AXMI112、AXMI114、AXMI116、AXMI117、AXMI118、AXMI119、AXMI120、AXMI121、AXMI122、AXMI123、AXMI124、AXMI1257、AXMI1268、AXMI127、AXMI129、AXMI164、AXMI151、AXMI161、AXMI183、AXMI132、AXMI138、AXMI137、美国专利申请公布US20140223598的AXMI270、专利申请公布US20140223599的AXMI279、美国专利第8,319,019号的cry蛋白，诸如具有经修饰的蛋白水解位点的Cry1A和Cry3A；美国专利申请公布第2011/0064710号的苏云金芽孢杆菌菌株VBTS 2528的Cry1Ac、Cry2Aa和Cry1Ca毒素蛋白。其它Cry蛋白是本领域技术人员所公知的。参见，N.Crickmore,等人，“Revision of theNomenclature for the Bacillus thuringiensis Pesticidal Crystal Proteins,”Microbiology and Molecular Biology Reviews,”(1998)第62:807-813卷；另参见，在www.btnomenclature.info/上的N.Crickmore,等人，“Bacillus thuringiensis toxinnomenclature”(2016)。

Cry蛋白作为转基因植物性状的用途是本领域技术人员所公知的，并且Cry转基因植物(包括但不限于表达CrylAc、Cry1Ac+Cry2Ab、CrylAb、CrylA.105、CrylF、Cry1Fa2、CrylF+CrylAc、Cry2Ab、Cry3A、mCry3A、Cry3Bbl、Cry34Abl、Cry35Abl、Vip3A、mCry3A、Cry9c和CBI-Bt的植物)已获得监管机构批准。参见，Sanahuja等人，“Bacillus thuringiensis:acentury of research,development and commercial applications,”(2011)PlantBiotech Journal,April 9(3):283-300和CERA(2010)GM Crop Database Center forEnvironmental Risk Assessment(CERA),ILSI Research Foundation,WashingtonD.C.at cera-gmc.org/index.php？action＝gm_crop_database，可以在万维网上使用“www”前缀)。不止一种本领域技术人员熟知的杀虫蛋白也可以在植物中表达，诸如Vip3Ab及CrylFa(US2012/0317682)；CrylBE及CrylF(US2012/0311746)；CrylCA及CrylAB(US2012/0311745)；CrylF及CryCa(US2012/0317681)；CrylDA及CrylBE(US2012/0331590)；CrylDA及CrylFa(US2012/0331589)；CrylAB及CrylBE(US2012/0324606)；CrylFa及Cry2Aa和Cryll及CrylE(US2012/0324605)；Cry34Ab/35Ab及Cry6Aa(US20130167269)；Cry34Ab/VCry35Ab及Cry3Aa(US20130167268)；CrylAb及CrylF(US20140182018)；以及Cry3A和CrylAb或Vip3Aa(US20130116170)。农药蛋白还包括杀虫脂肪酶，包括美国专利第7,491,869号的脂酰基水解酶和诸如来自链霉菌属的胆固醇氧化酶(Purcell等人.(1993)Biochem Biophys ResCommun 15:1406-1413)。

杀虫蛋白还包括VIP(植物杀虫蛋白)毒素。昆虫病原菌产生在包涵体或伴胞晶体中积累的杀虫蛋白(诸如上述的Cry和Cyt蛋白)，以及分泌到培养基中的杀虫蛋白。后者中有Vip蛋白，根据其氨基酸同一性分为四个家族。Vip1和Vip2蛋白用作二元毒素，并且对鞘翅目和半翅目的一些成员有毒。Vip1组分被认为与昆虫中肠膜中的受体结合，而Vip2组分进入细胞，在细胞中其显示出其针对肌动蛋白的ADP-核糖基转移酶活性，防止微丝形成。Vip3与Vip1或Vip2没有序列相似性，并且对鳞翅目的多种成员有毒性。尽管Vip3A蛋白与Cry蛋白不共享结合位点，但在蛋白水解激活、与中肠上皮膜的结合以及孔形成方面，其作用模式已被证明与Cry蛋白相似。后一特性使它们成为在转基因植物(苏云金芽孢杆菌处理的作物[Bt作物])中与Cry蛋白组合的良好候选者，以防止或延迟昆虫抗性并拓宽杀虫谱。有商业化种植的Bt棉花和Bt玉米品种，它们表达与Cry蛋白组合的Vip3Aa蛋白。对于最近报道的Vip4家族，尚未发现目标昆虫。参见，Chakroun等人，“Bacterial VegetativeInsecticidal Proteins(Vip)from Entomopathogenic Bacteria,”Microbiol Mol BiolRev.2016年3月2日；80(2):329-50。VIP可见于美国专利第5,877,012号、第6,107,279号、第6,137,033号、第7,244,820号、第7,615,686号和第8,237,020号等。其它VIP蛋白是本领域技术人员公知的(参见，lifesci.sussex.ac.uk/home/Neil_Crickmore/Bt/vip.html,其可使用“www”前缀在万维网上访问)。

杀虫蛋白还包括毒素复合物(TC)蛋白，其可获自诸如致病杆菌属(Xenorhabdus)、光杆状菌属(Photorhabdus)和类芽孢杆菌属的生物体(参见，美国专利第7,491,698号和第8,084,418号)。一些TC蛋白具有“独立的”杀虫活性，而其它TC蛋白可增强同一给定生物体产生的独立毒素的活性。“独立的”TC蛋白(例如，来自光杆状菌属、致病杆菌属或类芽孢杆菌属)的毒性可由源自不同属的来源生物的一种或多种TC蛋白“增效剂”增强。存在三种主要类型的TC蛋白。如本文所指，A类蛋白(“A蛋白”)是独立的毒素。B类蛋白(“蛋白质B”)和C类蛋白质(“蛋白质C”)增强A类蛋白的毒性。A类蛋白的实例是TcbA、TcdA、XptAl和XptA2。B类蛋白的实例是TcaC、TcdB、XptBlXb和XptCl Wi。C类蛋白的实例是TccC、XptClXb和XptBlWi。农药蛋白还包括蜘蛛毒蛋白、蛇毒蛋白和蝎毒蛋白。蜘蛛毒肽的实例包括但不限于莱科毒素-1(lycotoxin-1)肽及其突变体(美国专利第8,334,366号)。

一些目前已注册的PIP列于表11中。转基因植物也被工程改造成表达针对昆虫基因的dsRNA(Baum,J.A.等人.(2007)Control of coleopteran insect pests through RNAinterference.Nature Biotechnology 25:1322-1326；Mao,Y.B.等人.(2007)Silencing acotton bollworm P450 monooxygenase gene by plant-mediated RNAi impairs larvaltolerance of gossypol.Nature Biotechnology 25:1307-1313)。通过给害虫喂食转基因植物，可以在害虫中触发RNA干扰。因此，害虫进食会导致害虫受伤或死亡。

表11.可与本公开的微生物组合的示例性植物掺入保护剂的列表

在一些实施方案中，本文所述的任一种或多种除草剂可与本公开的任一种或多种微生物一起使用并且可施用至植物或其部分(包括种子)。

除草剂

如上所述，本公开的农业组合物可包含本文教导的任何微生物，有时与一种或多种除草剂组合。

包含根据本文所述方法产生的细菌或细菌群并且/或者具有本文所述特征的组合物还可包含一种或多种除草剂。在一些实施方案中，将除草组合物施用于植物和/或植物部分。在一些实施方案中，除草剂组合物可包含在本文所述的组合物中，并可与其它化合物同时或相继施用于一株或多株植物或其一个或多个部分。

除草剂包括2,4-D,2,4-DB,乙草胺、氟锁草醚(acifluorfen)、甲草胺、莠灭净(ametryne)、阿特拉津、氯氨基吡啶酸(aminopyralid)、氟草胺(benefin)、苄嘧黄隆、地散磷(bensulide)、苯达松(bentazon)、二环吡草酮(bicyclopyrone)、除草定(bromacil)、溴苯腈、丁草特(butylate)、唑草酮、氯嘧磺隆、绿磺隆、烯草酮、异噁草松(clomazone)、二氯吡啶酸、氯酯磺草胺(cloransulam)、草灭特(cycloate),DCPA,双苯胺灵、麦草畏、敌草腈(dichlobenil)、二氯苯氧基苯氧基丙酸、双氯磺草胺(diclosulam)、氟吡草腙(diflufenzopyr)、甲酚噻草胺(dimethenamid)、敌草快、敌草隆、DSMA、草藻灭(endothall)、EPTC、丁氟消草(ethalfluralin)、乙氧呋草黄、噁唑禾草灵,精吡氟禾草灵(fluazifop-P)、氟卡宾(flucarbzone)、氟噻草胺、氟唑嘧磺草胺(flumetsulam)、氟烯草酸(flumiclorac)、丙炔氟草胺、优草隆、氟草烟(fluroxypyr)、氯酯磺草胺甲酯、甲酰胺磺隆、草铵膦、草甘膦、氯吡嘧磺隆、环嗪酮(hexazinone)、咪草酸(imazamethabenz)、咪草啶酸、甲咪唑烟酸(imazapic)、咪唑喹啉酸、咪唑乙烟酸、异噁唑草酮、乳氟禾草灵(lactofen)、利谷隆、MCPA,MCPB,硝磺酮、左旋莫多草(metolachlor-s)、赛克津,三嗪茚草胺、甲磺隆、molinate,MSMA,草萘胺(napropamide)、抑草生(naptalam)、烟嘧磺隆、达草灭、黄草消(oryzalin)、噁草酮(oxadiazon)、乙氧氟草醚、百草枯、天竺葵酸(pelargonic acid)、对硫磷、苯敌草、picloram,氟嘧磺隆、氨基丙乐灵(prodiamine)、扑草净(prometryne)、戊炔草胺(pronamide)、敌稗、氟磺隆、杀草敏(pyrazon)、pyrithioac,快克草、喹禾灵、玉嘧磺隆、精异丙甲草胺、稀禾定、环草隆(siduron)、西玛津、磺酰唑草酮(sulfentrazone)、甲嘧磺隆(sulfometuron)、磺酰磺隆、丁噻隆(tebuthiuron)、环磺酮、特草定(terbacil)、噻草啶(thiazopyr)、噻吩磺隆、禾草丹、苯吡唑草酮、肟草酮,野麦畏、醚苯黄隆、苯黄隆、定草酯(triclopyr)、氟乐灵和氟胺磺隆。

在一些实施方案中，本文所述的任何一种或多种除草剂可以与本文所述的任何一种或多种植物或其部分一起使用。

除草产品可包括CORVUS、BALANCE FLEXX、CAPRENO、DIFLEXX、LIBERTY、LAUDIS、AUTUMN SUPER和DIFLEXX DUO。

在一些实施方案中，下表12中列出的任一种或多种除草剂可以与本文教导的任一种或多种微生物一起使用，并且可以施用于本文中所述的任一种或多种植物或其部分。

表12.可与本公开的微生物组合的示例性除草剂的列表

杀真菌剂

如上所述，本公开的农业组合物可以包含本文教导的任何微生物，有时与一种或多种杀真菌剂组合。

包含根据本文所述方法产生的细菌或细菌群和/或具有本文所述特征的组合物还可包含一种或多种杀真菌剂。在一些实施方案中，杀真菌组合物可包含在本文所述的组合物中，并可与其它化合物同时或相继施用于一株或多株植物或其一个或多个部分。杀真菌剂包括腈嘧菌酯、克菌丹、萎锈灵、噻唑菌胺、咯菌腈、精甲霜灵、咯菌腈、噻苯哒唑、thiabendaz、种菌唑、代森锰锌(mancozeb)、氰霜唑、苯酰菌胺、甲霜灵、PCNB、甲基康唑(metaconazole)、唑菌胺酯、枯草芽孢杆菌菌株QST 713、环丙吡菌胺(sedaxane)、噻虫嗪、咯菌腈、福美双、甲基托氯磷(tolclofos-methyl)、三氟敏、枯草芽孢杆菌菌株MBI 600、唑菌胺酯、氟嘧菌酯、短小芽孢杆菌菌株QST 2808、百菌清、铜、粉唑醇、氟苯吡菌胺(fluxapyroxad)、代森锰锌、gludioxonil、吡噻菌胺(penthiopyrad)、三唑、丙环唑(propiconaozole)、丙硫菌唑、戊唑醇、氟嘧菌酯、唑菌胺酯、啶氧菌酯、qols、氟醚唑、三氟敏、环丙唑醇、粉唑醇、SDHI、EBDC、环丙吡菌胺、MAXIM QUATTRO(gludioxonil、精甲霜灵、腈嘧菌酯和thiabendaz)、RAXIL(戊唑醇、丙硫菌唑、甲霜灵和乙氧化(牛脂烷基)胺(ethoxylated tallow alkyl amines))和苯并烯氟菌唑(benzovindiflupyr)。

在一些实施方案中，本文所述的任何一种或多种杀真菌剂可以与本文所述的任何一种或多种植物或其部分一起使用。

杀线虫剂

如上所述，本公开的农业组合物可以包含本文教导的任何微生物，有时与一种或多种杀线虫剂组合。

包含根据本文所述方法产生的细菌或细菌群和/或具有本文所述特征的组合物还可包含一种或多种杀线虫剂。在一些实施方案中，杀线虫组合物可包含在本文所述的组合物中，并可与其它化合物同时或相继施用于一株或多株植物或其一个或多个部分。杀线虫剂可选自D-D、1,3-二氯丙烯、二溴化乙烯、1,2-二溴-3-氯丙烷、溴甲烷、氯化苦、威百亩(metam sodium)、棉隆、异硫氰酸甲酯、四硫代碳酸钠、涕灭威、氧涕灭威(aldoxycarb)、虫螨威、杀线威、丙线磷(ethoprop)、苯线磷、硫线磷、噻唑膦、特丁磷、砜线磷、甲拌磷、DiTera、clandosan、sincocin、碘甲烷、溴丙块、2,5-二羟甲基-3,4-二羟基吡咯烷(DMDP)、除草剂中的任何一种或多种、阿维菌素类、叠氮化钠、糠醛、紧强芽胞杆菌、害极灭(abamectrin)、噻虫嗪、咯菌腈、噻虫胺(clothiandin)、水杨酸和苯并-(1,2,3)-噻二唑-7-硫代甲酸S-甲酯。

在一些实施方案中，本文所述的任何一种或多种杀线虫剂可以与本文所述的任何一种或多种植物或其部分一起使用。

在一些实施方案中，本文所述的任一种或多种杀线虫剂、杀真菌剂、除草剂、杀虫剂和/或农药可与本文所述的任一种或多种植物或其部分一起使用。

肥料、氮稳定剂和脲酶抑制剂

如上所述，可包含本文教导的任何微生物的本公开的农业组合物有时与肥料、氮稳定剂或脲酶抑制剂中的一种或多种组合。

在一些实施方案中，肥料与本公开的方法和细菌组合使用。肥料包括无水氨、尿素、硝酸铵和尿素-硝酸铵(UAN)组合物等等。在一些实施方案中，弹出式施肥(pop-upfertilization)和/或起始施肥(starter fertilization)与本公开的方法和细菌组合使用。

在一些实施方案中，氮稳定剂与本公开的方法和细菌组合使用。氮稳定剂包括氯甲基吡啶(nitrapyrin)、2-氯-6-(三氯甲基)吡啶、N-SERVE 24、INSTINCT、双氰胺(DCD)。

在一些实施方案中，脲酶抑制与本公开的方法和细菌组合使用。脲酶抑制剂包括N-(正丁基)-硫代磷酰三胺(NBPT)、AGROTAIN、AGROTAIN PLUS和AGROTAIN PLUS SC。另外，本公开考虑使用AGROTAIN ADVANCED 1.0、AGROTAIN DRI-MAXX和AGROTAIN ULTRA。

另外，可以使用稳定形式的肥料。例如，稳定形式的肥料是SUPER U，在稳定的基于尿素的颗粒中含有46％的氮，SUPERU含有脲酶和硝化抑制剂，以防止反硝化、沥滤和挥发。本文也可使用稳定的和靶向的叶面肥料，诸如NITAMIN。

玉米田常用弹出式肥料(Pop-up fertilizer)。弹出式施肥包括在种植时将几磅营养物与种子一起施用。弹出式施肥用于增加幼苗活力。

可在本文中使用的缓释或控释肥料需要：含有植物养分的肥料，其形式延迟了其在施用后对于植物吸收和使用的可用性，或者其对植物的可用性显著延长超过参考的“速效营养肥”(诸如硝酸铵或尿素、磷酸铵或氯化钾)。这种初始可用性的延迟或延长的持续可用性时间可以通过多种机制发生。这些包括通过半渗透涂层、封闭、蛋白质材料或其它化学形式，通过水溶性低分子量化合物的缓慢水解或通过其它未知方式来控制材料的水溶性。

可用于本文的稳定氮肥需要：其中添加了氮稳定剂的肥料。氮稳定剂是添加到肥料中的物质，其可延长肥料中的氮组分以尿素氮或氨态氮形式保留在土壤中的时间。

可用于本文的硝化抑制剂需要：抑制氨态氮至硝酸盐氮的生物氧化的物质。一些实例包括：(1)2-氯-6-(三氯甲基-吡啶)，通用名称氯甲基吡啶，由Dow Chemical制造；(2)4-氨基-1,2,4-6-三唑-HCl，通用名ATC，由Ishihada Industries制造；(3)2,4-二氨基-6-三氯-甲基三嗪，通用名CI-1580，由American Cyanamid制造；(4)双氰胺，通用名DCD，由Nitto Ryuso制造；(5)硫脲，通用名TU，Nitto Ryuso制造；(6)1-巯基-1,2,4-三唑，通用名MT，由Nippon制造；(7)2-氨基-4-氯-6-甲基-吡喃脒，通用名AM，由Mitsui Toatsu制造；(8)3,4-二甲基吡唑磷酸盐(DMPP)，来自BASF；(9)1-酰胺-2-硫脲(ASU)，来自Nitto ChemicalInd.；(10)硫代硫酸铵(ATS)；(11)1H-1,2,4-三唑(HPLC)；(12)5-环氧乙烷-3-三氯-甲基1,2,4-噻二唑(氯唑灵(Terrazole))，来自Olin Mathieson；(13)3-甲基吡唑(3-MP)；(14)1-氨甲酰-3-甲基-吡唑(CMP)；(15)印度楝树；和(16)DMPP。

可用于本文的脲酶抑制剂需要：抑制脲酶对脲素的水解作用的物质。数千种化学品已被评估为土壤脲酶抑制剂(Kiss和Simihaian,2002)。然而，在所测试的众多化合物中，只有少数满足无毒、低浓度有效、稳定和与尿素(固体和溶液)相容、可在土壤中降解且价格低廉的必要要求。它们可以根据它们的结构和它们与脲酶的假定相互作用进行分类(Watson,2000,2005)。已提出四种主要类别的脲酶抑制剂：(a)与巯基相互作用的试剂(巯基试剂)，(b)异羟肟酸酯类(hydroxamates)，(c)农作物保护化学品，以及(d)尿素和相关化合物的结构类似物。N-(正丁基)硫代磷酰三酰胺(NBPT)、苯基磷酰二胺(PPD/PPDA)和对苯二酚可能是研究最彻底的脲酶抑制剂(Kiss和Simihaian,2002)。还用N-(2-硝基苯基)磷酸三酰胺(2-NPT)和硫代硫酸铵(ATS)进行了研究和实际测试。有机磷化合物是尿素的结构类似物，并且是一些最有效的脲酶活性抑制剂，可阻断酶的活性位点(Watson,2005)。

玉米杀虫种子处理(IST)

玉米种子处理通常靶向三个害虫谱：线虫、真菌幼苗病害和昆虫。

杀虫剂种子处理通常是种子处理包的主要组成部分。当今可用的大多数玉米种子都带有基本包装，其中包括杀真菌剂和杀虫剂。在一些方面，用于种子处理的杀虫剂选项包括PONCHO(噻虫胺)、CRUISER/CRUISER EXTREME(噻虫嗪)和GAUCHO(吡虫啉)。所有这三种产品都是新烟碱类化学品。250(.25mg AI/种子)比率的CRUISER和PONCHO是一些可用于玉米的最常见的基础选项。在一些方面，用于处理的杀虫剂选项包括CRUISER 250噻虫嗪、CRUISER 250(噻虫嗪)加LUMIVIA(氯虫酰胺)、CRUISER 500(噻虫嗪)和PONCHO VOTIVO1250(噻虫胺及坚强芽孢杆菌I-1582)。

Pioneer的基础杀虫剂种子处理包由也可用的CRUISER 250和PONCHO/VOTIVO1250组成。VOTIVO是防止线虫的生物制剂。

包括玉米、大豆和棉花在内的Monsanto的产品都属于ACCELERON处理的范畴。Dekalb玉米种子依照标准配置带有PONCHO 250。生产者还可选择升级到PONCHO/VOTIVO，其中PONCHO以500的比率施用。

Agrisure、Golden Harvest和Garst具有包含杀真菌剂和CRUISER 250的基本包装。也可提供AVICTA完整玉米；这包括CRUISER 500、杀真菌剂和线虫保护。然而，CRUISEREXTREME是另一个可用作种子处理包的选项；CRUISER的量与常规CRUISER种子处理相同，即250、500或1250。

另一种选项是购买可用的最低杀虫剂处理剂，并让经销商在下游处理种子。

商购可得的玉米IST列于下表13中并且可以与本文教导的一种或多种微生物组合。

表13.可与本公开的微生物组合的示例性种子处理(包括IST)的列表

F＝杀真菌剂；I＝杀虫剂；N＝杀线虫剂；P＝植物生长调节剂

在作物上施用细菌群

本文所述的细菌或细菌群的组合物可以在犁沟中、在滑石粉中或作为种子处理剂施用。所述组合物可以以散装、小散装、袋或在滑石粉中施加于种子包装。

种植者可以按照常规方式、双行(twin row)或不需要耕作的方式种植处理过的种子并种植作物。可使用控制料斗或单独的料斗分配种子。种子也可以使用加压空气或手动分配。可使用可变速率技术进行种子放置。另外，可使用可变速率技术来施加本文所述的细菌或细菌群的施用。在一些实例中，细菌可施用于玉米、大豆、油菜、高粱、马铃薯、水稻、蔬菜、谷物、伪谷物和油籽的种子。谷物的实例可以包括大麦、福尼奥米(fonio)、燕麦、帕尔默草(palmer’s grass)、黑麦、珍珠粟、高粱、斯佩尔特小麦、画眉草、小黑麦和小麦。伪谷物的实例可包括面包坚果(breadnut)、荞麦、香蒲、芡欧鼠尾草(chia)、亚麻、粒用苋(grainamaranth)、hanza、藜麦(quinoa)和芝麻。在一些实例中，种子可以是遗传修饰的生物(GMO)、非GMO、有机或常规的。

可额外使用诸如微肥、PGR、除草剂、杀虫剂、杀真菌剂等添加剂来处理作物。添加剂的实例包括作物保护剂,诸如杀虫剂、杀线虫剂、杀真菌剂；增强剂，诸如着色剂、聚合物、造粒剂、底漆(priming)和消毒剂；以及其它剂，诸如接种剂、PGR、软化剂和微量营养素。PGR可以是影响根生长、开花或茎伸长的天然或合成植物激素。PGR可包括生长素、赤霉素、细胞分裂素、乙烯和脱落酸(ABA)。

所述组合物可以与液体肥料组合施用在犁沟中。在一些实例中，液体肥料可以保持在罐中。NPK肥料含有钠、磷和钾等常量营养素。

所述组合物可以改善植物性状，诸如促进植物生长、保持叶片中的高叶绿素含量、增加果实或种子数量以及增加果实或种子单位重量。可采用本公开的方法来引入或改良多种所需性状中的一种或多种性状。可以引入或改良的性状的实例包括：根生物量、根长、高度、枝条长度、叶片数量、水分利用效率、总生物量、产量、果实大小、谷粒大小、光合作用速率、耐旱性、耐热性、耐盐性、耐低氮胁迫性、氮利用效率、线虫胁迫抗性、真菌病原体抗性、细菌病原体抗性、病毒病原体抗性、代谢物水平、代谢物水平的调节、蛋白质组表达。所需性状，包括高度、总生物量、根和/或枝条生物量、种子萌发、幼苗存活、光合效率、蒸腾速率、种子/果实数量或质量、植物籽粒或果实产量、叶片叶绿素含量、光合速率、根长或其任意组合可用于测量生长，并与在同一条件下生长的参考农业植物(例如，无引入性状和/或改良性状的植物)的生长速率进行比较。在一些实例中，所需性状，包括高度、总生物量、根和/或芽生物量、种子萌发、幼苗存活、光合效率、蒸腾速率、种子/果实数量或质量、植物籽粒或果实产量、叶片叶绿素含量、光合速率、根长或其任意组合可用于测量生长，并与在相似条件下生长的参考农业植物(例如，无引入性状和/或改良性状的植物)的生长速率进行比较。

宿主植物的农艺性状可包括但不限于以下：与从没有所述种子处理制剂的种子生长的等值线植物(isoline plant)相比，改变的油含量、改变的蛋白质含量、改变的种子碳水化合物组成、改变的种子油组成和改变的种子蛋白质组成、化学耐受性、冷耐受性、延迟衰老、抗病性、耐旱性、穗重、生长改善、健康增强、耐热性、除草剂耐受性、食草动物抗性改善的固氮、改善的氮利用、改善的根系结构、提高的水分利用效率、增加的生物量、增加的根长、增加的种子重量、增加的枝条长度、增加的产量、在限水条件下增加的产量、籽粒质量(kernel mass)、籽粒含水量、金属耐受性、穗数、每穗粒数、豆荚数、营养增强、病原体抗性、抗虫性、光合能力的提高、耐盐性、持绿(stay-green)、活力提高、增加的成熟种子干重、增加的成熟种子鲜重、增加的每株成熟种子数、增加的叶绿素含量、增加的每株豆荚数、增加的每株豆荚长度、减少的每株枯萎叶片数、减少的每株严重枯萎的叶片数和增加的每株未枯萎的叶片数、代谢物水平的可检测调节、转录物水平的可检测调节和蛋白质组中的可检测调节。

用细菌或细菌群接种植物，所述细菌或细菌群是从与所述接种植物的植物成分属于同一物种的植物分离的。例如，通常在一个玉米(玉米)品种中发现的细菌或细菌群与另一个玉米品种的植物(所述植物在其自然状态下缺乏所述细菌和细菌群)的植物成分相关联。在一个实施方案中，细菌和细菌群源自作为接种植物的植物成分的相关植物物种的植物。例如，通常在大刍草(Zea diploperennis)(Iltis等人)(diploperennial Teosinte)中发现的细菌和细菌群被施用于玉米(玉米)，或者反之亦然。在一些情况下，对植物接种与所述接种植物的植物成分异源的细菌和细菌群。在一个实施方案中，细菌和细菌群源自另一物种的植物。例如，将通常在双子叶植物中发现的细菌和细菌群施用于单子叶植物(例如，用大豆来源的细菌和细菌群接种玉米)，或者反之亦然。在其它情况下，待接种到植物中的细菌和细菌群源自正在接种的植物的相关物种。在一个实施方案中，细菌和细菌群源自相关分类群，例如来自相关物种。另一物种的植物可以是农业植物。在另一个实施方案中，细菌和细菌群是接种到任何宿主植物成分中的设计的组合物的一部分。

在一些实例中，细菌或细菌群是外源的，其中细菌和细菌群是从与所述接种植物不同的植物分离的。例如，在一个实施方案中，细菌或细菌群可从与所述接种植物相同的物种的不同植物中分离。在一些情况下，细菌或细菌群可从与所述接种植物相关的物种中分离。

在一些实例中，本文所述的细菌和细菌群能够从一种组织类型移动到另一种组织类型。例如，本公开在种子外部包被后对植物成熟组织内的细菌和细菌群的检测和分离证明了它们从种子外部进入成熟植物营养组织的能力。因此，在一个实施方案中，细菌群和多个细菌群能够从种子外部移动到植物的营养组织内。在一个实施方案中，包被在植物种子上的细菌和细菌群能够在种子萌发成营养状态时定位于植物的不同组织。例如，细菌和细菌群能够定位于植物中的任一种组织，包括：根、不定根、种子5根、根毛、枝条、叶片、花、芽、穗、分生组织、花粉、雌蕊、子房、雄蕊、果实、匍匐茎、根茎、根瘤、块茎、毛状体、保卫细胞、排水器、花瓣、萼片、颖片、叶轴、维管形成层、韧皮部和木质部。在一个实施方案中，细菌和细菌群能够定位于植物的根和/或根毛。在另一个实施方案中，细菌和细菌群能够定位于光合组织，例如植物的叶片和枝条。在其它情况下，细菌和细菌群位于植物的维管组织，例如木质部和韧皮部。在另一个实施方案中，细菌和细菌群能够定位于植物的生殖组织(花、花粉、雌蕊、子房、雄蕊、果实)。在另一个实施方案中，细菌和细菌群能够定位于植物的根、枝条、叶片和生殖组织。在又一个实施方案中，细菌和细菌群定殖于植物的果实或种子组织。在又一个实施方案中，细菌和细菌群能够定殖于植物，使得其存在于植物表面中(即，其存在可检测地存在于植物外部或植物的上半球上)。在其它实施方案中，细菌和细菌群能够定位于植物的基本上所有或所有组织。在某些实施方案中，细菌和细菌群不局限于植物的根部。在其它情况下，细菌和细菌群并不局限于植物的光合组织。

还可通过测量作物或作物热单位(CHU)的相对成熟度来评估组合物的有效性。例如，可以将细菌群施用于玉米，并且可以根据玉米粒的相对成熟度或玉米粒处于最大重量的时间来评估玉米生长。作物热单位(CHU)还可用于预测玉米作物的成熟度。CHU通过测量作物生长的每日最高温度来确定热积累量。

在实例中，细菌可以定位于植物中的任一组织，包括：根、不定根、种子根、根毛、枝条、叶片、花、芽缨(bud tassel)、分生组织、花粉、雌蕊、子房、雄蕊、果实、匍匐茎、根茎、节结、块茎、毛状体、保卫细胞、排水器、花瓣、萼片、颖片、叶轴、维管形成层、韧皮部和木质部。在另一个实施方案中，细菌或细菌群能够定位于光合组织，例如植物的叶片和枝条。在其它情况下，细菌和细菌群位于植物的维管组织，例如木质部和韧皮部。在另一个实施方案中，细菌或细菌群能够定位于植物的生殖组织(花、花粉、雌蕊、子房、雄蕊或果实)。在另一个实施方案中，细菌和细菌群能够定位于植物的根、枝条、叶片和生殖组织。在另一个实施方案中，细菌或细菌群定殖在植物的果实或种子组织中。在另一个实施方案中，细菌或细菌群能够在植物上定殖，使得其存在于植物表面。在另一个实施方案中，细菌或细菌群能够定位于植物的基本上所有或全部组织。在某些实施方案中，细菌或细菌群不局限于植物的根部。在其它情况下，细菌和细菌群并不局限于植物的光合组织。

施加于作物的细菌组合物的有效性可以通过测量作物生长的各种特征来评估，包括但不限于种植率、种子活力(seeding vigor)、根强度、耐旱性、植物高度、干枯和测试重量。

植物物种

本文所述的方法和细菌适用于多种植物中的任一种，诸如大麦属、稻属、玉蜀黍属和小麦属中的植物。合适植物的其它非限制性实例包括苔藓、地衣和藻类。在某些情况下，植物具有经济、社会和/或环境价值，诸如粮食作物、纤维作物、油料作物、林业或纸浆和造纸工业中的植物、用于生物燃料生产的原料和/或观赏植物。在一些实例中，植物可用于生产具有经济价值的产品，诸如粮食、面粉、淀粉、糖浆、膳食、油、薄膜、包装、营养产品、纸浆、动物饲料、鱼饲料、工业化学品的散装材料、谷物产品、加工过的人类食品、糖、酒精和/或蛋白质。作物植物的非限制性实例包括玉米、水稻、小麦、大麦、高粱、小米、燕麦、黑麦、黑小麦、荞麦、甜玉米、甘蔗、洋葱、番茄、草莓和芦笋。在一些实施方案中，本文所述的方法和细菌适用于多种转基因植物、非转基因植物及其杂交植物中的任一种。

在一些实例中，可使用本文公开的方法和组合物获得或改良的植物可包括对农业、园艺、用于生产生物燃料分子和其它化学品的生物量和/或林业重要或感兴趣的植物。这些植物的一些实例可包括菠萝、香蕉、椰子、百合、草豌豆和草；和双子叶植物，例如豌豆、苜蓿、绿番茄(tomatillo)、甜瓜、鹰嘴豆、菊苣、三叶草、羽衣甘蓝、扁豆、大豆、烟草、马铃薯、甘薯、萝卜、卷心菜、油菜、苹果树、葡萄、棉花、向日葵、塔勒水芹(thale cress)、芸苔、柑橘(包括橙子、桔子、金橘、柠檬、酸橙、葡萄柚、橘子、橘子、柚子和柚子)、胡椒、豆类、莴苣(生菜)、柳枝稷(Panicum virgatum)(细软枝条(switch))、两色蜀黍(Sorghum bicolor)(高粱、苏丹草(sudan))、奇岗(Miscanthus giganteus)(芒草(miscanthus))、甘蔗属的某个种(Saccharum sp.)(能源甘蔗(energycane))、香脂杨(Populus balsamifera)(白杨)、玉蜀黍(Zea mays)(玉米)、大豆(Glycine max)(大豆)、欧洲油菜(Brassica napus)(油菜)、小麦(Triticum aestivum)(小麦)、陆地棉(Gossypium hirsutum)(棉花)、稻(Oryzasativa)(水稻)、向日葵(Helianthus annuus)(向日葵)、紫花苜蓿(Medicago Sativa)(苜蓿)、甜菜(Beta vulgaris)(甜菜)、珍珠粟(Pennisetum glaucum)(珍珠粟)、黍属的某些种(Panicum spp.)、高粱属的某些种(Sorghum spp.)、芒属的某些种(Miscanthus spp.)、蔗属的某些种(Saccharum spp.)、蔗茅属的某些种(Erianthus spp.)、杨属的某些种(Populus spp.)、黑麦(Secale cereale)(黑麦)、沙柳属的某些种(Salix spp.)(柳树)、桉树属的某些种(Eucalyptus spp.)(桉树)、小麦属的某些种(Triticosecale spp.)(小麦-25小麦X黑麦)、竹子(Bamboo)、红花(Carthamus tinctorius)(红花)、麻疯树(Jatrophacurcas)(麻疯树)、蓖麻(Ricinus communis)(蓖麻)、油棕(Elaeis guineensis)(油棕)、海枣(Phoenix dactylifera)(椰枣)、阔叶假槟榔(Archontophoenix cunninghamiana)(国王棕榈)、皇后葵(Syagrus romanzoffiana)(女王棕榈)、亚麻(Linum usitatissimum)(亚麻)、芥菜(Brassica juncea)、木薯(Manihot esculenta)(cassaya)、番茄(Lycopersiconesculentum)(番茄)、莴苣(Lactuca saliva)(生菜)、香蕉(Musa paradisiaca)(香蕉)、马铃薯(Solanum tuberosum)(马铃薯)、甘蓝(Brassica oleracea)(绿花椰菜、花椰菜、抱子甘蓝)、茶树(Camellia sinensis)(茶)、凤梨草莓(Fragaria ananassa)(草莓)、可可树(Theobroma cacao)(可可)、咖啡(Coffea arabica)(咖啡)、葡萄(Vitis vinifera)(葡萄)、菠萝(Ananas comosus)(菠萝)、辣椒(Capsicum annum)(辣(甜椒))、洋葱(Alliumcepa)(洋葱)、厚皮甜瓜(Cucumis melo)(甜瓜)、黄瓜(Cucumis sativus)(黄瓜)、西葫芦(Cucurbita maxima)(笋瓜)、南瓜(Cucurbita moschata)(南瓜)、菠菜(Spinaceaoleracea)(菠菜)、西瓜(Citrullus lanatus)(西瓜)、黄秋葵(Abelmoschus esculentus)(秋葵)、茄子(Solanum melongena)(茄子)、罂粟(Papaver somniferum)(罂粟)、东方罂粟(Papaver orientale)、红豆杉(Taxus baccata)、短叶红豆杉(Taxus brevifolia)、黄花蒿(Artemisia annua)、Cannabis saliva、喜树(Camptotheca acuminate)、长春花(Catharanthus roseus)、玫瑰红长春花(Vinca rosea)、金鸡纳树(Cinchonaofficinalis)、秋水仙(Coichicum autumnale)、加州藜芦(Veratrum californica)、毛花洋地黄(Digitalis lanata)、毛地黄(Digitalis purpurea)、薯蓣属5的某些种(Dioscorea5spp.)、穿心莲(Andrographis paniculata)、颠茄(Atropa belladonna)、曼陀罗(Daturastomonium)、小檗属的某些种(Berberis spp.)、三尖杉属的某些种(Cephalotaxus spp.)、草麻黄(Ephedra sinica)、麻黄属的某些种(Ephedra spp.)、古柯(Erythroxylum coca)、雪花莲(Galanthus wornorii)、东莨菪属的某些种(Scopolia spp.)、蛇足石松(Lycopodium serratum)(石杉)、石松属的某些种(Lycopodium spp.)、蛇根木(Rauwolfiaserpentina)、萝芙木属的某些种(Rauwolfia spp.)、加拿大血根草(Sanguinariacanadensis)、天仙子属(Hyoscyamus spp.)、金盏菊(Calendula officinalis)、短舌匹菊(Chrysanthemum parthenium)、毛喉鞘蕊花(Coleus forskohlii)、小白菊(Tanacetumparthenium)、银胶菊(Parthenium argentatum(guayule))、三叶橡胶属的某些种(Heveaspp.)(橡胶)、绿薄荷(Mentha spicata)(薄荷)、辣薄荷(Mentha spicata)(薄荷)、胭脂树(Bixa orellana)、六出花属的某些种(Alstroemeria spp.)、蔷薇属的某些种(spp.)(玫瑰)、香石竹(Dianthus caryophyllus)(康乃馨)、矮牵牛属的某些种(Petunia spp.)(矮牵牛)、一品红(Poinsettia pulcherrima)(一品红)、烟草(Nicotiana tabacum)(烟草)、白羽扇豆(Lupinus albus)(羽扇豆)、Uniola paniculata(燕麦)、大麦(Hordeum vulgare)(大麦)和黑麦草属的某些种(Lolium spp.)(黑麦)。

在一些实例中，可使用单子叶植物。单子叶植物属于泽泻目(Alismatales)、天南星目(Arales)、槟榔目(Arecales)、凤梨目(Bromeliales)、鸭跖草目(Commelinales)、环花草目(Cyclanthales)、莎草目(Cyperales)、谷精草目(Eriocaulales)、水鳖目(Hydrocharitales)、灯心草目(Juncales)、百合目(Lilliales)、茨藻目(Najadales)、兰目(Orchidales)、露兜树目(Pandanales)、禾本目(Poales)、帚灯草目(Restionales)、霉草目(Triuridales)、香蒲目(Typhales)和姜目(Zingiberales)。属于裸子植物纲的植物是苏铁属(Cycadales)、银杏属、银杏目(Ginkgoales)、买麻藤目(Gnetales)和松目(Pinales)。在一些实例中，单子叶植物可选自由以下组成的组：玉米、水稻、小麦、大麦和甘蔗。

在一些实例中，可以使用双子叶植物，包括属于以下目的双子叶植物：马兜铃目(Aristochiales)、菊目(Asterales)、肉穗果目(Batales)、桔梗目(Campanulales)、白花菜目(Capparales)、石竹目(Caryophyllales)、木麻黄目(Casuarinales)、卫矛目(Celastrales)、山茱萸目(Cornales)、(Diapensales)、五桠果目(Dilleniales)、川续断目(Dipsacales)、柿目(Ebenales)、杜鹃花目(Ericales)、杜仲目(Eucomiales)、大戟目(Euphorbiales)、豆目(Fabales)、山毛榉目(Fagales)、龙胆目(Gentianales)、牻牛儿苗目(Geraniales)、小二仙草目(Haloragales)、金缕梅目(Hamamelidales)、Middles、胡桃目(Juglandales)、唇形目(Lamiales)、樟目(Laurales)、玉蕊目(Lecythidales)、莱特纳亚目(Leitneriales)、木兰目(Magniolales)、锦葵目(Malvales)、杨梅目(Myricales)、桃金娘目(Myrtales)、睡莲目(Nymphaeales)、罂粟目(Papeverales)、胡椒目(Piperales)、车前目(Plantaginales)、蓝雪目(Plumb aginales)、川草目(Podostemales)、花葱目(Polemoniales)、远志目(Polygalales)、蓼目(Polygonales)、报春花目(Primulales)、山龙眼目(Proteales)、大花草目(Rafflesiales)、毛茛目(Ranunculales)、鼠李目(Rhamnales)、蔷薇目(Rosales)、茜草目(Rubiales)、杨柳目(Salicales)、檀香目(Santales)、无患子目(Sapindales)、瓶子草科(Sarraceniaceae)、玄参目(Scrophulariales)、山茶目(Theales)、昆蓝树目(Trochodendrales)、伞形目(Umbellales)、荨麻目(Urticales)和Violates。在一些实例中，双子叶植物可选自由以下组成的组：棉花、大豆、胡椒和番茄。

在一些情况下，要改良的植物不容易适应实验条件。例如，作物可能需要很长时间才能长到足以实际评估连续经过多次重复的改良性状。因此，最初从中分离出细菌的第一植物，和/或对其施用经遗传操作的细菌的多种植物可以是模型植物，诸如在所需条件下更易于评价的植物。模型植物的非限制性实例包括狗尾草属、短柄草属和拟南芥属。然后可将根据本公开的方法使用模型植物分离的细菌的能力应用于另一种类型的植物(例如作物植物)以确认改良性状的赋予。

可通过本文公开的方法改良的性状包括植物的任何可观察特征，包括例如植物产生一种或多种化合物(包括例如，代谢物、蛋白质、药物、碳水化合物、油和任何其它化合物)时的生长速率、高度、重量、颜色、味道、气味变化。还设想了基于基因型信息选择植物(例如，包括响应于细菌的植物基因表达模式，或鉴定遗传标记(诸如与增加的固氮相关的那些)的存在)。还可基于某种特征或性状(例如不希望的特征或性状)的不存在、阻遏或抑制而不是某种特征或性状(诸如所需的特征或性状)的存在来选择植物。

非遗传修饰的玉米

本文所述的方法和细菌适用于多种非遗传修饰的玉米植物的任一种或其部分。在一些方面，玉米是有机的。此外，本文所述的方法和细菌适用于以下非遗传修饰的杂种、品种、谱系等中的任一种。在一些实施方案中，玉米品种通常属于六个类别：甜玉米、硬玉米、爆玉米(popcorn)、凹玉米、荚玉米(pod corn)和粉玉米(flour corn)。

Yellow su品种包括Earlivee、Early Sunglow、Sundance、Early Golden Bantam、Iochief、Merit、Jubilee和Golden Cross Bantam。White su品种包括True Platinum、Country Gentleman、Silver Queen和Stowell's Evergreen。Bicolor su品种包括Sugar&Gold、Quickie、Double Standard、Butter&Sugar、Sugar Dots、Honey&Cream。Multicolorsu品种包括Hookers、Triple Play、Painted Hill、Black Mexican/Aztec。

Yellow se品种包括Buttergold、Precocious、Spring Treat、Sugar Buns、Colorow、Kandy King、Bodacious R/M、Tuxedo、Incredible、Merlin、Miracle和Kandy KornEH.White se品种包括Spring Snow、Sugar Pearl、Whiteout、Cloud Nine、Alpine、SilverKing和Argent。Bicolor se品种包括Sugar Baby、Fleet、Bon Jour、Trinity、Bi-Licious、Temptation、Luscious、Ambrosia、Accord、Brocade、Lancelot、Precious Gem、Peaches以及Cream Mid EH和Delectable R/M。多色硒品种包括Ruby Queen。

Yellow sh2品种包括Extra Early Super Sweet、Takeoff、Early Xtra Sweet、Raveline、Summer Sweet Yellow、Krispy King、Garrison、Illini Gold、Challenger、Passion、Excel、Jubilee SuperSweet、Illini Xtra Sweet和Crisp‘N Sweet。White sh2品种包括Summer Sweet White、Tahoe、Aspen、Treasure、How Sweet It Is和Camelot。Bicolor sh2品种包括Summer Sweet Bicolor、Radiance、Honey'N Pearl、Aloha、Dazzle、Hudson和Phenomenal。

Yellow sy品种包括Applause、Inferno、Honeytreat和Honey Select。White sy品种包括Silver Duchess、Cinderella、Mattapoisett、Avalon和Captivate。Bicolor sy品种包括Pay Dirt、Revelation、Renaissance、Charisma、Synergy、Montauk、Kristine、Serendipity/Providence和Cameo。

增黄超甜品种包括Xtra-Tender 1ddA、Xtra-Tender 11dd、Mirai131Y、Mirai130Y、Vision和Mirai 002。增白超甜品种包括Xtra-Tender3dda、Xtra-Tender 31dd、Mirai421W、XTH 3673和Devotion。双色增强型超甜品种包括Xtra-Tender 2dda、Xtra-Tender21dd、Kickoff XR、Mirai 308BC、Anthem XR、Mirai 336BC、Fantastic XR、Triumph、Mirai301BC、Stellar、American Dream、Mirai 350BC和Obsession。

硬玉米品种包括Bronze-Orange、Candy Red Flint、Floriani Red Flint、GlassGem、Indian Ornamental(Rainbow)、Mandan Red Flour、Painted Mountain、Petmecky、Cherokee White Flour，

爆裂型玉品种包括Monarch Butterfly,Yellow Butterfly,Midnight Blue,RubyRed,Mixed Baby Rice,Queen Mauve,Mushroom Flake,Japanese Hull-less,Strawberry、Blue Shaman、Miniature Colored、Miniature Pink、Pennsylvania Dutch Butter Flavor和Red Strawberry。

凹玉米品种包括Bloody Butcher、Blue Clarage、Ohio Blue Clarage、CherokeeWhite Eagle、Hickory Cane、Hickory King、Jellicorse Twin、Kentucky Rainbow、DaymonMorgan’s Knt.Butcher、Leaming、Leaming’s Yellow、McCormack’s Blue Giant、NealPaymaster、Pungo Creek Butcher、Reid’s Yellow Dent、Rotten Clarage和TennesseeRed Cob。

在一些实施方案中，玉米品种包括P1618W、P1306W、P1345、P1151、P1197、P0574、P0589和P0157。W＝白玉米。

在一些实施方案中，本文所述的方法和细菌适用于本文所述的玉米品种的杂种中的任一种。

经遗传修饰的玉米

本文描述的方法和细菌适用于遗传修饰的玉米植物的杂种、品种、谱系等中的任一种或其部分。

此外，本文所述的方法和细菌适用于已经在一个或多个国家批准的下列经遗传修饰的玉米事件中的任一种：32138(32138 SPT Maintainer)、3272(ENOGEN)、3272 x Bt11、3272 x bt11 x GA21、3272 x Bt11 x MIR604、3272 x Bt11 x MIR604 x GA21、3272 xBt11 x MIR604 x TC1507 x 5307 x GA21、3272 x GA21、3272 x MIR604、3272x MIR604 xGA21、4114、5307(AGRISURE Duracade)、5307 x GA21、5307 x MIR604 x Bt11 x TC1507 xGA21(AGRISURE Duracade 5122)、5307 x MIR604 x Bt11 x TC1507 x GA21 x MIR162(AGRISURE Duracade 5222)、59122(HERCULEX RW)、59122 x DAS40278、59122 x GA21、59122 x MIR604、59122 x MIR604 x GA21、59122 x MIR604 x TC1507、59122 x MIR604 xTC1507 x GA21、59122x MON810、59122 x MON810 x MIR604、59122 x MON810 x NK603、59122 x MON810 x NK603 x MIR604、59122 x MON88017、59122 x MON88017 x DAS40278、59122 x NK603(Herculex RW ROUNDUPREADY 2)、59122 x NK603 x MIR604、59122 xTC1507 x GA21、676、678、680、3751 IR、98140、98140 x 59122、98140 x TC1507、98140 xTC1507 x 59122、Bt10(Bt10)、Bt11[X4334CBR、X4734CBR](AGRISURE CB/LL)、Bt11 x5307、Bt11 x 5307 x GA21、Bt11 x 59122 x MIR604、Br11 x 59122 x MIR604 x GA21、Bt11 x 59122 x MIR604 x TC1507、M53、M56、DAS-59122-7、Bt11 x 59122 x MIR604 xTC1507 x GA21、Bt11 x 59122 x TC1507、TC1507 x DAS-59122-7、Bt11 x 59122 xTC1507 x GA21、Bt11 x GA21(AGRISURE GT/CB/LL)、Bt11 x MIR162(AGRISURE Viptera2100)、BT11 x MIR162 x 5307、Bt11 x MIR162 x 5307 x GA21、Bt11 x MIR162 x GA21(AGRISURE Viptera 3110)、Bt11 x MIR162 x MIR604(AGRISURE Viptera 3100)、Bt11 xMIR162 x MIR604 x 5307、Bt11 x MIR162 x MIR604 x 5307 x GA21、Bt11 x MIR162 xMIR604 x GA21(AGRISURE Viptera 3111/AGRISURE Viptera 4)、Bt11、MIR162 x MIR604x MON89034 x 5307 x GA21、Bt11 x MIR162 x MIR604 x TC1507、Bt11 x MIR162 xMIR604 x TC1507 x 5307、Bt11 x MIR162 x MIR604 x TC1507 x GA21、Bt11 x MIR162 xMON89034、Bt11 x MIR162 x MON89034 x GA21、Bt11 x MIR162 x TC1507、Bt11 x MIR162x TC1507 x 5307、Bt11 x MIR162 x TC1507 x 5307 x GA21、Bt11 x MR162 x TC1507 xGA21(AGRISURE Viptera 3220)、BT11 x MIR604(Agrisure BC/LL/RW)、Bt11 x MIR604 x5307、Bt11 x MIR604 x 5307 x GA21、Bt11 x MIR604 x GA21、Bt11 x MIR604 x TC1507、Bt11 x MIR604 x TC1507 x 5307、Bt11 x MIR604 x TC1507 x GA21、Bt11 x

其它遗传修饰的植物

本文描述的方法和细菌适用于多种经遗传修饰的植物中的任一种或其部分。

此外，本文所述的方法和细菌适用于已经在一个或多个国家批准的下列经遗传修饰的植物事件中的任一种(参见表14至表19)。

表14-可与本公开的微生物组合的玉米性状

表15-可与本公开的微生物组合的苜蓿性状

表16-可与本公开的微生物组合的小麦性状

表17-可与本公开的微生物组合的向日葵性状

表18-可与本公开的微生物组合的大豆性状

表19-可与本公开的微生物组合的玉米性状

以下是表19中出现的速记的定义。AM-具有YGCB、HX1、LL、RR2的OPTIMUM ACREMAX昆虫保护系统。AMT-具有RW、YGCB、HX1、LL、RR2的OPTIMUM ACREMAX TRISECT昆虫保护系统。AMXT-(OPTIMUM ACREMAX XTreme).HXX-HERCULEX XTRA包含Herculex I和Herculex RW基因。HX1-包含HERCULEX I昆虫保护基因，其可提供针对欧洲玉米螟、西南玉米螟、小地老虎、秋粘虫、西部豆切根虫、小玉米茎蛀虫(lesser corn stalk borer)、南方玉米茎蛀虫和甘蔗螟的保护作用；并抑制玉米穗虫。LL-包含对LIBERTY除草剂具有抗性的LIBERTYLINK基因。RR2-包含ROUNDUP READY玉米2性状，当按照标签说明施用时，所述性状可为标记草甘膦除草剂的过度施用提供作物安全性。YGCB–包含YIELDGARD玉米螟基因，其提供高水平的对欧洲玉米螟、西南玉米螟和南方玉米茎蛀虫的抗性；中等的对玉米穗虫和普通茎螟的抗性；以及高于平均水平的对秋粘虫的抗性。RW–包含AGRISURE根虫抗性性状。Q–提供针对易感的欧洲玉米螟、西南玉米螟、小地老虎、秋粘虫、小玉米茎蛀虫、南方玉米茎蛀虫、茎蛀虫、甘蔗螟和玉米穗虫的保护作用或抑制作用；还提供免受由易感的西方玉米根虫、北方玉米根虫和墨西哥玉米根虫引起的幼虫伤害的保护作用；包含(1)产生Cry1F和Cry34ab1以及Cry35ab1蛋白的HERCULEX XTRA昆虫保护基因，(2)包括产生mCry3A蛋白的基因的AGRISURERW性状，以及(3)产生Cry1Ab蛋白的YIELDGARD玉米螟基因。

农业组合物的施用浓度和比率

如上所述，包含教导的微生物的本公开的农业组合物可以以多种方式施用于植物。在两个特定方面，本公开考虑了犁沟内处理或种子处理。

对于种子处理实施方案，本公开的微生物可以以多种浓度存在于种子上。例如，可在浓度为每种子1×10

在美国，约10％的玉米种植面积以每英亩约36,000粒种子以上的种子密度种植；1/3的玉米种植面积以每英亩约33,000至36,000粒种子的种子密度种植；1/3的玉米种植面积以每英亩约30,000至33,000粒种子的种子密度种植，其余的种植面积是可变的。参见可在www.pioneer.com/home/site/us/agronomy/library/corn-seeding-rate-considerations/上获取的Steve Butzen撰写的“Corn Seeding Rate Considerations”。

下面的表20利用每种子各种cfu浓度(在设想的种子处理实施方案(横排)中)和各种种子种植面积种植密度(第1列：15K-41K)，以计算每英亩cfu的总量，这将用于各种农业情景(即每种子的种子处理浓度×每英亩种植的种子密度)。因此，如果使用每种子1×10

表20：种子处理实施方案的每英亩总CFU计算

对于犁沟内实施方案，本公开的微生物可以以每英亩1×10

在一些方面，犁沟内组合物包含在液体制剂中。在液体犁沟内实施方案中，微生物可以以每毫升1×10

DNA条形码编码

如本文所用，术语“条形码(barcode)”、“条形码(barcodes)”或“DNA条形码”可以指与样品内的靶标相关联的核酸代码或序列。条形码可以是例如核酸标签。条形码可以是完全或部分可扩增的条形码。条形码可以是完全或部分可测序的条形码。条形码可以是可鉴定为不同的天然核酸的一部分。条形码可以是已知序列。条形码可以是随机序列。条形码可包含核酸序列的接合点，例如天然和非天然序列的接合点。如本文中所用，术语“条形码”可与术语“索引”、“标签”或“标记-标签”互换使用。条形码可以传达信息。例如，在各种实施方案中，条形码可用于确定核酸的身份、核酸的来源、细胞的身份和/或靶标。

在测序时，DNA条形码允许使用短的独特DNA序列客观鉴定序列的来源样品。正如通用产品代码(UPC)中独特的条形图案标识每个消费品一样，“DNA条形码”是在样品制备过程中添加的专门设计的DNA序列，其鉴定DNA测序仪每次读取输出的样品来源。2007年，对于第一个下一代测序(NGS)平台GS 20描述了用于样品鉴定的DNA条形码编码(ParameswaranP,Jalili R,Tao L等人A pyrosequencing-tailored nucleotide barcode designunveils opportunities for large-scale sample multiplexing.Nucleic AcidsResearch.2007；35(19):e130.doi:10.1093/nar/gkm760)。从那时起，Illumina(SanDiego,Calif.)、Pacific Biosciences(Menlo Park,Calif.)和Thermo FisherScientific(Waltham,Mass.)测序平台已将条形码编码策略商业化。

使用特定DNA标签对单个样品进行条形码编码，可允许多个样品组合在一起进行测序，从而简化工作流程、提高效率并降低成本。通常，对于测序，从每个样品中提取DNA，并在每个样品的聚合酶链式反应(PCR)过程中添加该样品的唯一识别条形码。每个样品经过单独的PCR/条形码编码过程后，可将多个PCR扩增子混合在一起(多重化)进行测序。由于可以使用条形码跟踪每个扩增子的来源样品，因此可以在测序后再次将样品的所有读段分组在一起。靶DNA序列可以是扩增子或靶基因序列，诸如细菌16S rRNA基因、23S rRNA基因、真核18S rRNA、人HLA、微生物产毒基因、微生物致病基因、微生物质粒基因、人免疫系统基因、植物和其它生物体的免疫系统组分和其它可变遗传区域。

可选择具有足够长度的DNA条形码以生成所需数量的具有足够的可变性的条形码，以解释常见的测序错误，通常大小为约2至约20个碱基，但可以更长或更短。更长的条形码将允许更高的序列多样性，并且通常允许组合更多的样品。通常，DNA条形码是合成的、人工生成的序列。然而，本文公开的方法利用天然基因组序列作为条形码。

在一些方面，细胞诸如细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞或昆虫细胞被标上条形码。

在一些方面，细胞是转基因的。在一些方面，细胞是非基因间改造细胞。在一些方面，细胞存在于细胞群中。在一些方面，细胞群是同种的(homogeneous)。在一些方面，细胞群是同质的(homogenous)。

在一些方面，细胞群包含两种或更多种不同的物种。在一些方面，细胞群包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种或至少15种不同的物种。

在一些方面，细胞群包含两种或更多种不同的菌株。在一些方面，细胞群包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种不同的菌株。

在一些方面，细胞群包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种不同的物种；并且其中所述群还包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种每物种的不同菌株。

在一些方面，用天然条形码序列对细胞进行条形码编码包括评估对应于目标细胞物种的基因组DNA以寻找可用作条形码以及正向和反向引物结合位点的潜在核酸序列。在一些方面，将评估扩展到目标细胞属的所有种。

如本文中所述，“天然条形码多核苷酸盒”是仅包含天然存在于与将引入盒的细胞相同的分类属中的核酸序列的多核苷酸序列。例如，如果将包含来自芽孢杆菌属的核酸序列的盒引入克雷伯氏菌属中，假设准确的序列不是在克雷伯氏菌属中天然存在的，则该盒不是天然条形码多核苷酸盒。此外，天然条形码多核苷酸盒必须包含足以将不同天然条形码多核苷酸盒彼此区分开的条形码。在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含两个或多个序列，所述序列与天然微生物基因组中天然存在的两个或多个序列的位置相比，它们处于彼此不同的位置。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列。核苷酸序列之一是条形码，其余两个核苷酸序列是引物结合位点。

在一些方面，可以在计算机处理中选择天然条形码多核苷酸盒的条形码部分的序列。计算机处理可能需要使用非暂时性的基于计算机的介质(例如，定制的Python脚本)，该介质可以从目标菌株的基因组中鉴定离散序列，当这些序列连接在一起时会产生用于天然条形码多核苷酸盒的候选条形码。然后可以筛选天然条形码多核苷酸盒的候选条形码以过滤出具有一个或多个起始密码子、核酸二级结构、限制性酶切位点、不平衡GC含量和/或低碱基对多样性的候选条形码。然后将选择通过这些过滤中的一些或全部的候选条形码作为用于本文提供的方法中的天然条形码多核苷酸盒的条形码序列。每个候选条形码可具有如本文所述的恒定区域和可变区域。每个候选条形码可以侧接如本文所述的正向和反向引物结合位点。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含第一核苷酸序列、第二核苷酸序列、第三核苷酸序列、第四核酸序列、第五核酸序列、第六核酸序列、第七核酸序列、第八核酸序列和第九核酸序列。在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少至少十三、至少十四或至少十五个核酸序列。

在一些方面，一种或多种天然存在的序列可以选自核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA。在一些方面，一种或多种天然存在的序列可以选自16S rDNA或18S rDNA。

在一些方面，一种或多种天然存在的序列可以选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)；特别是引物结合位点。

在一些方面，一个或多个天然存在的序列以相对于天然条形码多核苷酸盒中一个或多个序列的取向不同的取向存在。在一些方面，与天然条形码多核苷酸盒中的一个或多个序列的取向相反，所述一个或多个天然存在的序列都以相同的取向存在。在一些方面，选择引入的一个或多个条形码和/或引物结合位点以避免以任一取向引入起始和/终止密码子。在一些方面，引入的条形码和/或引物结合位点彼此处于相同的相对取向，它们通常以所述取向存在于它们的天然基因组中。在一些方面，引入的一个或多个条形码和/或引物结合位点彼此处于不同的相对取向，它们通常以所述取向存在于它们的天然基因组中。

在一些方面，一个或多个天然存在的序列在天然条形码多核苷酸盒中比它们在它们天然存在的生物体的基因组中更接近彼此。在一些方面，它们的天然微生物的基因组中的天然存在的序列彼此相隔至少25个、至少50个、至少100个、至少200个、至少300个、至少400个、至少500个、至少700个、至少1,000个或至少10,000个核苷酸；而天然条形码多核苷酸盒中的天然存在的序列相隔少于1个、少于2个、少于5个、少于10个、少于15个或少于20个核苷酸。核苷酸碱基中距离或接近度的度量是将核苷酸序列的末端彼此分开的核苷酸数量的计数。在一些方面，距离或接近度的度量在两个天然存在的序列的最接近的末端之间。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含不止一个条形码序列。在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含不止一个条形码序列，其中第一条形码序列对于已插入天然条形码多核苷酸盒的物种、菌株或变体是独特的。第二条形码序列可以充当索引位点，其允许合并多个样品，对于这些样品，索引位点识别样品集合。索引位点将允许在包含特定索引位点的细胞中进行第二级区分。例如，索引位点可用于指示哪个技术人员产生了一批细胞、产生细胞的时间段、使用哪种方案产生细胞、细胞来自哪个亲本系等。

包含索引位点的样品可以与其它样品合并，以便于运行单批样品，而不是对每个单独的实验运行多个小批次。合并样品的测序输出结果可以通过索引位点进行鉴定，然后通过条形码进一步鉴定，从而可以对数据进行简单排序以进行进一步分析。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含不止两组的引物结合位点。在一些方面，天然条形码多核苷酸盒包含至少两组、至少三组、至少四组、至少五组、至少六组、至少七组、至少八组、至少九组或至少十组引物结合位点。在一些方面，每组引物结合位点在核苷酸长度和/或核苷酸序列方面彼此不同。在一些方面，一组引物结合位点足以扩增整个条形码序列或仅是条形码序列的一部分。在一些方面，一组引物结合位点足以扩增天然条形码多核苷酸结合盒的子部分。

在一些方面，条形码包含不同的区域。在一些方面，条形码包含恒定条形码区域。如本文中所用，“恒定条形码区域”是指包含条形码的细胞群，其中在整个细胞群保守的条形码区域是恒定条形码区域。在一些方面，恒定条形码区域存在于条形码序列的5’端。在一些方面，恒定条形码区域在条形码序列的3’端结束。在一些方面，恒定条形码区域的每一端侧接可变条形码区域。在一些方面，侧翼可变条形码区域是被恒定条形码区域一分为二的单个可变条形码区域。在一些方面，侧翼可变条形码区域是两个单独的可变条形码区域。

在一些方面，条形码包含可变条形码区域。如本文中所用，“可变条形码区域”是指包含条形码的细胞群，其中在细胞群体中不保守的条形码区域是可变条形码区域。在一些方面，可变条形码区域存在于条形码序列的5’端。在一些方面，可变条形码区域在条形码的3’端结束。在一些方面，可变区域的每一端侧接恒定条形码区域。在一些方面，侧翼恒定条形码区域是被可变条形码区域一分为二的单个恒定条形码区域。在一些方面，侧翼恒定条形码区域是两个单独的恒定条形码区域。在一些方面，“可变的”是指序列身份的差异。在一些方面，“可变的”是指序列长度的差异。

在一些方面，细胞群源自相同的亲本菌株，并且细胞群由多个不同的菌株形成。在这方面，源自相同亲本菌株的所有细胞将共享至少一个恒定条形码区域，并且只有属于相同菌株的群体的那些细胞才共享相同的可变条形码区域。在一些方面，可将细胞群与另一个细胞群混合，并且可裂解细胞，扩增引物结合位点，对所得扩增子进行测序，并且鉴于一个或多个恒定条形码区域和一个或多个可变条形码区域的存在，可以适当地区分所得测序数据。

在一些方面，可在不同时间点对细胞群进行任意数量的qPCR测定，并且鉴于一个或多个恒定条形码区域和一个或多个可变条形码区域的存在，可以适当地区分所得扩增子。

在一些方面，常数和/或可变条形码区域的长度为约20nt、约25nt、约30nt、约40nt、约50nt、约60nt、约70nt约80nt、约90nt或约100nt。在一些方面，恒定和/或可变条形码区域的长度为至少约20nt、至少约25nt、至少约30nt、至少约40nt、至少约50nt、至少约60nt、至少约70nt、至少约80nt、至少约90nt或至少约100nt。

在一些方面，恒定条形码区域和可变条形码区域是彼此不直接相邻的不同条形码。在一些方面，条形码间隔约5nt、约10nt、约15nt、约20nt、约25nt、约30nt、约50nt、约75nt、约100nt、约150nt、约200nt、约300nt、约400nt、约500nt、约1,000nt、约1,500nt、约2,000或约5,000nt.。在一些方面，条形码间隔至少约5nt、至少约10nt、至少约15nt、至少约20nt、至少约25nt、至少约30nt、至少约50nt、至少约75nt、至少约100nt、至少约150nt、至少约200nt、至少约300nt、至少约400nt、至少约500nt、至少约1,000nt、至少约1,500nt、至少约2,000nt或至少约5,000nt。

在一些方面，所有条形码的一侧侧接至少一个正向引物结合位点，另一侧侧接至少一个反向引物结合位点。在一些方面，可以根据本公开对本公开的任一种或多种生物体的任一种或多种细胞进行条形码编码。在一些方面，可根据本公开对本公开的任一种或多种微生物进行条形码编码。在一些方面，所述微生物可以选自，但不限于：热带副伯克霍尔德氏菌、异食副伯克霍尔德氏菌、丁香假单胞杆菌、食苯假单胞菌、马赛甲烷嗜杆菌、肠甲烷嗜杆菌、硝基还原假单胞菌(Pseudomonas nitroreductans)、冷杉假单胞菌(Pseudomonasabietaniphila)、贝提卡假单胞菌(Pseudomonas baetica)、织片草螺菌(Herbaspirillumseropedicae)、弗赖森草螺菌(Herbaspirullum frisingense)、防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)、杰氏假单胞菌(Pseudomonas jessenii)、油菜假单胞菌(Pseudomonas brassicacaerum)、极端假单胞菌(Pseudomonas extremorientalis)、猿猴假单胞菌(Pseudomonas simiae)、原噬假单胞菌(Pseudomonas protagens)、施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)、红草螺菌(Herbaspirillum robiniae)、弗里辛恩斯草螺菌(Herbaspirillum frisingense)、胡蒂草螺菌(Herbaspirillum huttiense)和血清草螺菌(Herbaspirillum seropedicae)。

在一些方面，一个或多个条形码和/或引物结合位点通过1或2或3或4个点突变进行修饰，以便于在克隆和工作流程中使用。在某些方面，一个或多个条形码和/或引物结合位点通过使用简并引物进行PCR克隆来修饰。

在一些方面，本公开的引物结合位点是通用引物结合位点。在一些方面，引物结合位点对天然条形码多核苷酸盒是特异性的。在一些方面，包含天然条形码多核苷酸盒的细胞群在每个盒中包含相同的反向/正向引物结合位点。在一些方面，引物结合位点的GC含量为至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少60％、至少65％、至少70％或至少75％。在一些方面，引物结合位点的GC含量为30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％。在一些方面，引物结合位点的GC含量为约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％或约75％。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的长度为50个、55个、60个、65个、70个、75个、80个、85个、90个、95个、100个、105个、110个、115个、120个、125个、130个、135个、140个、145个、150个、160个、170个、180个、190个、200个、210个、220个、230个、240个、250个、260个、270个、280个、290个、300个、325个、350个、375个、400个、425个、450个、475个或500个核苷酸。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的长度为约50个、约55个、约60个、约65个、约70个、约75个、约80个、约85个、约90个、约95个、约100个、约105个、约110个、约115个、约120个、约125个、约130个、约135个、约140个、约145个、约150个、约160个、约170个、约180个、约190个、约200个、约210个、约220个、约230个、约240个、约250个、约260个、约270个、约280个、约290个、约300个、约325个、约350个、约375个、约400个、约425个、约450个、约475个或约500个核苷酸。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的长度少于50个、少于55个、少于60个、少于65个、少于70个、少于75个、少于80个、少于85个、少于90个、少于95个、少于100个、少于105个、少于110个、少于115个、少于120个、少于125个、少于130个、少于135个、少于140个、少于145个、少于150个、少于160个、少于170个、少于180个、少于190个、少于200个、少于210个、少于220个、少于230个、少于240个、少于250个、少于260个、少于270个、少于280个、少于290个、少于300个、少于325个、少于350个、少于375个、少于400个、少于425个、少于450个、少于475个或少于500个核苷酸。

在一些方面，所述天然条形码多核苷酸盒的长度为至少50个、至少55个、至少60个、至少65个、至少70个、至少75个、至少80个、至少85个、至少90个、至少95个、至少100个、至少105个、至少110个、至少115个、至少120个、至少125个、至少130个、至少135个、至少140个、至少145个、至少150个、至少160个、至少170个、至少180个、至少190个、至少200个、至少210个、至少220个、至少230个、至少240个、至少250个、至少260个、至少270个、至少280个、至少290个、至少300个、至少325个、至少350个、至少375个、至少400个、至少425个、至少450个、至少475个或至少500个核苷酸。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的长度为约50个、约55个、约60个、约65个、约70个、约75个、约80个、约85个、约90个、约95个、约100个、约105个、约110个、约115个、约120个、约125个、约130个、约135个、约140个、约145个、约150个、约160个、约170个、约180个、约190个、约200个、约210个、约220个、约230个、约240个、约250个、约260个、约270个、约280个、约290个、约300个、约325个、约350个、约375个、约400个、约425个、约450个、约475个或约500个核苷酸。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的长度为50至500个、50至400个、50至300个、50至250个、50至200个、50至180个、50至160个、50至140个、50至120个、50至100个、50至80个、50至70个、50至60个、60至500个、60至400个、60至300个、60至250个、60至200个、60至180个、60至160个、60至140个、60至120个、60至100个、60至80个、60至70个、70至500个、70至400个、70至300个、70至250个、70至200个、70至180个、70至160个、70至140个、70至120个、70至100个、70至80个、80至500个、80至400个、80至300个、80至250个、80至200个、80至180个、80至160个、80至140个、80至120个、80至100个、100至500个、100至400个、100至300个、100至250个、100至200个、100至180个、100至160个、100至140个、100至120个、120至500个、120至400个、120至300个、120至250个、120至200个、120至180个、120至160个、120至140个、140至500个、140至400个、140至300个、140至250个、140至200个、140至180个、140至160个、160至500个、160至400个、160至300个、160至250个、160至200个、160至180个、180至500个、180至400个、180至300个、180至250个、180至200个、200至500个、200至400个、200至300个、200至250个、250至500个、250至400个、250至300个、300至500个、300至400个或400至500个核苷酸。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的长度为约50至500个、约50至400个、约50至300个、约50至250个、约50至200个、约50至180个、约50至160个、约50至140个、约50至120个、约50至100个、约50至80个、约50至70个、约50至60个、约60至500个、约60至400个、约60至300个、约60至250个、约60至200个、约60至180个、约60至160个、约60至140个、约60至120个、约60至100个、约60至80个、约60至70个、约70至500个、约70至400个、约70至300个、约70至250个、约70至200个、约70至180个、约70至160个、约70至140个、约70至120个、约70至100个、约70至80个、约80至500个、约80至400个、约80至300个、约80至250个、约80至200个、约80至180个、约80至160个、约80至140个、约80至120个、约80至100个、约100至500个、约100至400个、约100至300个、约100至250个、约100至200个、约100至180个、约100至160个、约100至140个、约100至120个、约120至500个、约120至400个、约120至300个、约120至250个、约120至200个、约120至180个、约120至160个、约120至140个、约140至500个、约140至400个、约140至300个、约140至250个、约140至200个、约140至180个、约140至160个、约160至500个、约160至400个、约160至300个、约160至250个、约160至200个、约160至180个、约180至500个、约180至400个、约180至300个、约180至250个、约180至200个、约200至500个、约200至400个、约200至300个、约200至250个、约250至500个、约250至400个、约250至300个、约300至500个、约300至400或约400至500个核苷酸。

在一些方面，引物结合位点的长度为10个、12个、14个、16个、18个、20个、22个、24个、26个、28个、30个、32个、34个、36个、38个、40个、42个、44个、46个、48个或50个核苷酸。

在一些方面，引物结合位点的长度为约10个、约12个、约14个、约16个、约18个、约20个、约22个、约24个、约26个、约28个、约30个、约32个、约34个、约36个、约38个、约40个、约42个、约44个、约46个、约48或约50个核苷酸。

在一些方面，引物结合位点的长度少于10个、少于12个、少于14个、少于16个、少于18个、少于20个、少于22个、少于24个、少于26个、少于28个、少于30个、少于32个、少于34个、少于36个、少于38个、少于40个、少于42个、少于44个、少于46个、少于48或少于50个核苷酸。

在一些方面，引物结合位点的长度为至少10个、至少12个、至少14个、至少16个、至少18个、至少20个、至少22个、至少24个、至少26个、至少28个、至少30个、至少32个、至少34个、至少36个、至少38个、至少40个、至少42个、至少44个、至少46个、至少48或至少50个核苷酸。

在一些方面，引物结合位点的长度为10至50个、10至44个、10至40个、10至36个、10至34个、10至30个、10至26个、10至24个、10至20个、10至16个、10至14个、14至50个、14至44个、14至40个、14至36个、14至34个、14至30个、14至26个、14至24个、14至20个、14至16个、16至50个、16至44个、16至40个、16至36个、16至34个、16至30个、16至26个、16至24个、16至20个、20至50个、20至44个、20至40个、20至36个、20至34个、20至30个、20至26个、20至24个、24至50个、24至44个、24至40个、24至36个、24至34个、24至30个、24至26个、26至50个、26至44个、26至40个、26至36个、26至34个、26至30个、30至50个、30至44个、30至40个、30至36个、30至34个、34至50个、34至44个、34至40个、34至36个、36至50个、36至44个、36至40个、40至50个、40至44个或44至50个核苷酸。

在一些方面，引物结合位点的长度为约10至50个、约10至44个、约10至40个、约10至36个、约10至34个、约10至30个、约10至26个、约10至24个、约10至20个、约10至16个、约10至14个、约14至50个、约14至44个、约14至40个、约14至36个、约14至34个、约14至30个、约14至26个、约14至24个、约14至20个、约14至16个、约16至50个、约16至44个、约16至40个、约16至36个、约16至34个、约16至30个、约16至26个、约16至24个、约16至20个、约20至50个、约20至44个、约20至40个、约20至36个、约20至34个、约20至30个、约20至26个、约20至24个、约24至50个、约24至44个、约24至40个、约24至36个、约24至34个、约24至30个、约24至26个、约26至50个、约26至44个、约26至40个、约26至36个、约26至34个、约26至30个、约30至50个、约30至44个、约30至40个、约30至36个、约30至34个、约34至50个、约34至44个、约34至40个、约34至36个、约36至50个、约36至44个、约36至40个、约40至50个、约40至44个或约44至50个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度为20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个、65个、70个、75个、80个、85个、90个、95个、100个、110个、120个、130个、140个、150个、160个、170个、180个、190个或200个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度为约20个、约25个、约30个、约35个、约40个、约45个、约50个、约55个、约60个、约65个、约70个、约75个、约80个、约85个、约90个、约95个、约100个、约110个、约120个、约130个、约140个、约150个、约160个、约170个、约180个、约190个或约200个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度少于20个、少于25个、少于30个、少于35个、少于40个、少于45个、少于50个、少于55个、少于60个、少于65个、少于70个、少于75个、少于80个、少于85个、少于90个、少于95个、少于100个、少于110个、少于120个、少于130个、少于140个、少于150个、少于160个、少于170个、少于180个、少于190个或少于200个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度为至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个、至少50个、至少55个、至少60个、至少65个、至少70个、至少75个、至少80个、至少85个、至少90个、至少95个、至少100个、至少110个、至少120个、至少130个、至少140个、至少150个、至少160个、至少170个、至少180个、至少190个或至少200个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度为至少约20个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约55个、至少约60个、至少约65个、至少约70个、至少约75个、至少约80个、至少约85个、至少约90个、至少约95个、至少约100个、至少约110个、至少约120个、至少约130个、至少约140个、至少约150个、至少约160个、至少约170个、至少约180个、至少约190个或至少约200个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度为20至200个、20至160个、20至140个、20至120个、20至100个、20至80个、20至70个、20至60个、20至40个、20至30个、30至200个、30至160个、30至140个、30至120个、30至100个、30至80个、30至70个、30至60个、30至40个、40至200个、40至160个、40至140个、40至120个、40至100个、40至80个、40至70个、40至60个、60至200个、60至160个、60至140个、60至120个、60至100个、60至80个、60至70个、70至200个、70至160个、70至140个、70至120个、70至100个、70至80个、80至200个、80至160个、80至140个、80至120个、80至100个、100至200个、100至160个、100至140个、100至120个、120至200个、120至160个、120至140个、140至200个、140至160个或160至200个核苷酸。

在一些方面，条形码的长度为约20至200个、约20至160个、约20至140个、约20至120个、约20至100个、约20至80个、约20至70个、约20至60个、约20至40个、约20至30个、约30至200个、约30至160个、约30至140个、约30至120个、约30至100个、约30至80个、约30至70个、约30至60个、约30至40个、约40至200个、约40至160个、约40至140个、约40至120个、约40至100个、约40至80个、约40至70个、约40至60个、约60至200个、约60至160个、约60至140个、约60至120个、约60至100个、约60至80个、约60至70个、约70至200个、约70至160个、约70至140个、约70至120个、约70至100个、约70至80个、约80至200个、约80至160个、约80至140个、约80至120个、约80至100个、约100至200个、约100至160个、约100至140个、约100至120个、约120至200个、约120至160个、约120至140个、约140至200个、约140至160个或约160至200个核苷酸。

在一些方面，天然条形码多核苷酸盒的一个或多个多核苷酸序列间隔以来自天然微生物或来自共享同一属的任何微生物的基因组的天然存在的接头序列。在一些方面，接头序列的长度为1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个核苷酸。在一些方面，接头序列的长度为至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个核苷酸。在一些方面，接头序列的长度为少于2个、少于3个、少于4个、少于5个、少于6个、少于7个、少于8个、少于9个、少于10个、少于11个、少于12个、少于13个、少于14个、少于15个、少于16个、少于17个、少于18个、少于19个或少于20个核苷酸。

在一些方面，本申请涉及包含一种或多种经修饰的细胞的组合物，其中至少一种修饰是将天然条形码多核苷酸盒插入细胞中。在一些方面，所述一种或多种经修饰的细胞在其基因组中包含(i)天然存在的第一核苷酸序列、天然存在的第二核苷酸序列和天然存在的第三核苷酸序列；和(ii)天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列作为：(1)第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，(2)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和(3)第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；其中(ii)的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列与(i)的天然存在的序列在其在基因组中的天然位置上的接近程度相比，彼此接近程度不同。

在一些方面，本公开涉及一种对细胞进行条形码编码的方法。在一些方面，对细胞进行条形码编码的方法包括(a)获得供体细胞；(b)选择并分离细胞的基因组中的第一核苷酸序列，选择并分离细胞的基因组中的第二核苷酸序列，选择并分离细胞的基因组中的第三核苷酸序列；(c)创建天然条形码多核苷酸盒，其包含从5’至3’取向的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列和第三核苷酸序列作为：(i)第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，(ii)第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和(iii)第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；以及(d)将天然条形码多核苷酸盒插入与(a)中细胞为同一属或种的宿主细胞的基因组中；其中(i)、(ii)和(iii)的核苷酸序列对于宿主细胞是天然的。

在一些方面，本公开涉及筛选样品中的细胞的方法。在一些方面，筛选样品中细胞的方法包括(a)将天然条形码多核苷酸盒插入两种或更多种细胞的基因组中，其中所述盒包含从5’至3’取向的对于所述两种或更多种细胞中的每一种是天然的核苷酸序列，作为(i)正向引物结合位点，(ii)对于每个细胞、物种或菌株是独特的条形码，和(iii)反向引物结合位点；(b)将细胞施加于增殖培养基；(c)收集包含细胞的增殖培养基的样品；以及(d)通过分析微生物的丰度来确定样品中细胞的丰度。丰度可以是相对丰度或绝对丰度。样品可以是本文提供的任何样品，例如植物细胞。植物细胞可以是非豆科植物细胞。植物细胞可来自植物的任何部分或部位，例如根。

在一个实施方案中，相对于样品中在其基因组中包含天然条形码多核苷酸盒的每个其它细胞的丰度，测定样品中各自在其基因组中包含天然条形码多核苷酸盒的细胞的丰度。对于该实施方案，存在于待测定其相对丰度的样品中的每个细胞中的天然条形码多核苷酸盒包含相同或等同的正向和反向引物结合位点以及位于其间的不同条形码序列。相对丰度可通过生成和分析包含本文提供的天然条形码多核苷酸盒(例如，RB-TnSeq)的每个细胞的序列读段来确定。

在一些情况下，可通过处理原始的下一代测序(NGS)读段(例如，在IlluminaMiSeq平台上产生的NGS读段)的质量和长度，鉴定读段中的条形码序列，并将观察到的条形码序列与已知的条形码序列进行匹配，来确定包含特定天然条形码的菌株的相对丰度百分比。观察到的条形码序列与已知条形码序列的匹配可使用任何用于进行本领域已知的全局或局部序列比对的序列相似性搜索程序来进行。在一些方面，通过采用利用Smith-Waterman算法或Needleman-Wunsch算法的程序来完成所述匹配。用于本文提供的方法中的序列比对程序的实例可包括BLAST、Bowtie、vsearch、usearch、NW-align、GGSEARCH、GLSEARCH、DNASTAR、JAligner、DNADot、ALLALIGN、ACANA、needle、matcher、NW、water和wordmatch。可以进行接种时包含特定天然条形码的特定菌株的相对丰度相对于随后收获日期时的定殖有该特定菌株的植物的相对丰度之间的比较，以突出特定菌株的定殖能力。然后可以直接比较多个菌株(每个菌株都标有独特的天然条形码)的定殖能力，以确定多个菌株的相对定殖能力。

在一个实施方案中，确定样品中在其基因组中包含天然条形码多核苷酸盒的细胞的绝对丰度或总丰度。在其基因组中包含天然条形码多核苷酸盒的细胞的绝对丰度可通过生成对照条形码来确定，所述对照条形码包含与天然条形码多核苷酸盒中存在的正向和反向引物结合位点相同或等同的正向和反向引物结合位点，所述天然条形码多核苷酸盒存在于想要知道其绝对丰度的细胞的基因组中。对照条形码还可包含位于所述正向与反向引物结合位点之间的序列，该序列对于对照条形码是独特的。在一些情况下，为了确定样品中在其基因组中包含天然条形码多核苷酸盒的细胞的绝对丰度，可将对应于存在于细胞的基因组中的天然条形码多核苷酸盒的对照DNA以单个、两个或阶梯(即，3个或更多个)的已知浓度或拷贝数搀入从样品分离的DNA(例如，基因组DNA)，以便在扩增和测序后生成特定天然条形码多核苷酸盒的序列读段计数的标准曲线，对照该标准曲线可以比较来自包含存在于其基因组中的相应天然条形码多核苷酸盒的细胞的读段计数，并由此确定它们的绝对丰度。可以为可能存在于样品中的细胞中存在的每个天然条形码多核苷酸生成对照条形码或对照条形码阶梯。对应于样品中细胞的基因组中存在的天然条形码多核苷酸盒的任何对照DNA的已知浓度或拷贝数的阶梯可包含至少3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10种浓度或拷贝数。对应于样品中细胞的基因组中存在的天然条形码多核苷酸盒的任何对照DNA的已知浓度或拷贝数的阶梯可包含至多3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10种浓度或拷贝数。可将两个或阶梯对照条形码以跨越几个数量级的浓度搀入或添加到DNA制剂中。绝对或总丰度可以表示为每克菌株鲜重(gfw)的细胞数。可从使用本文提供的任何方法结合使用最小二乘线性回归模型产生的扩增和测序数据计算每gfw菌株的细胞数。为了测定每gfw的菌株或多种菌株中的每一种的细胞数，最小二乘线性回归模型可以使用对照条形码(或多个对照条形码中的每一个)的读段计数和对照条形码(或多个对照条形码中的每一个)的已知拷贝数，以建立用于扩增反应的核酸制剂中存在的一个或多个菌株的扩增反应(例如，PCR反应)中存在的读段计数与拷贝数的函数。最小二乘线性回归模型在预测菌株拷贝数方面的准确性可通过计算R平方值来确定或测量。然后可将从最小二乘线性回归模型测确定的菌株或来自多种菌株的每种菌株的扩增反应中存在的拷贝数与组织因子(采样的根组织相对于用正在计算每的gfw细胞数的菌株接种的植物中存在的总根组织的量)以及洗脱体积(在采样的根组织的gDNA制备过程中用于洗脱的液体量)一起使用，以计算用正在计算每gfw的细胞数的一个或多个菌株接种的植物的整个根中的菌株或来自多种菌株的每种菌株的总丰度。这可通过将计算出的菌株反应中存在的拷贝数乘以组织因子和洗脱体积并除以使用的模板量来完成，如下面的等式所示：

对照条形码或多个对照条形码中的每一个可以是本文提供的海獭对照条形码。

在一些方面，通过利用能够插入盒的载体将天然条形码多核苷酸盒插入细胞的基因组中。在一些方面，载体仅插入天然条形码多核苷酸盒。在一些方面，载体插入天然条形码多核苷酸盒以及来自载体的一个或多个侧翼序列。在一些方面，从细胞的基因组中切除来自载体的一个或多个侧翼序列，仅留下插入细胞的基因组中的天然条形码多核苷酸盒。在一些方面，载体是自杀载体。

下一代测序中出现的一个常见问题是，由于远离或接近复制起点，测序覆盖范围会出现偏差。复制起点附近的基因组区域在分裂细胞中可具有更高的拷贝数，因此可以更频繁地出现在测序结果中，如Wetmore KM等人，"Rapid Quantification of MutantFitness in Diverse Bacteria by Sequencing Randomly Bar-Coded Transposons,"mBio 2015年5月,6(3)e00306-15(其通过引用并入本文)所述。

为了避免或减轻这一问题，本文提供的天然条形码多核苷酸序列可以被设计成插入本文提供的微生物物种、菌株或变体的基因组中，使得与每个菌株中微生物染色体复制起点的距离保持半恒定。

为了确定天然条形码多核苷酸序列相对于复制起点的插入位置，Ori-Finder(参见Gao F,Zhang C-T(2008)Ori-Finder:a web-based system for finding oriCs inunannotated bacterial genomes.BMC Bioinformatics,9:79以及Gao F,Zhang C-T(2007)DoriC:a database of oriC regions in bacterial genomes.Bioinformatics,23,1866-1867，每篇文献通过引用并入本文)可用于首先鉴定与特定目标菌株密切相关的生物体的精选的封闭基因组的大型公共数据集中的复制起点序列。然后可将这些复制起点序列组装到数据库中，并用于鉴定目标菌株中可能的复制起点。如果本文提供的天然条形码多核苷酸的候选插入区域落在已鉴定的复制起点的设定距离内，则可以随后考虑它们。设定的距离可以是距复制起点的任何距离，前提是条形码始终以距复制起点相同或相似的距离掺入每个掺入了条形码的细胞中。Ori-Finder的替代方法可用于鉴定可能的复制起点和终点，包括计算(封闭)基因组的GC偏斜或Z曲线(//en.wikipedia.org/wiki/GC_skew)。

此外，候选插入区域也可通过在两个编码DNA片段之间找到非编码区来鉴定，这两个编码DNA片段以交替的方向转录并被终止子区分开(参见图6A)。在鉴定相关菌株中的插入位点时，可通过Blast(参见Altschul,S.F.,Gish,W.,Miller,W.,Myers,E.W.和Lipman,D.J.(1990)"Basic local alignment search tool."J.Mol.Biol.215:403-410，其通过引用并入本文)选择菌株之间的同源区域。由于具有通用引物结合位点的天然条形码多核苷酸序列位于终止子的一侧(见图6B)，条形码的转录可能只以一个方向进行，而不是以两个方向进行。此外，在核糖体可能遇到条形码序列之前，任一基因的末端的终止密码子停止了RNA序列的翻译。此外，可以筛选该区域更大的周围遗传背景，以确保在以前的研究中证明附近的遗传元件都不是至关重要的。

在一些方面，增殖培养基是生长培养基。在一些方面，增殖培养基是液体。在一些方面，增殖培养基是固体。在一些方面，增殖培养基是半固体。在一些方面，增殖培养基是组织培养基。在一些方面，增殖培养基是土壤。在一些方面，土壤包含植物或植物部分。在一些方面，土壤包含植物根。在一些方面，增殖培养基是细胞在其中/上生长和分裂的培养基。在一些方面，增殖培养基是细胞能够在其中/上进行对数期生长的培养基。

在一些方面，在将细胞施加于增殖培养基和收集包含细胞的增殖培养基的样品之间存在一段时间。在一些方面，所述时间段是足以使细胞在数量上加倍至少一次的时间量。在一些方面，所述时间段是足以使细胞在数量上加倍至少1次、至少2次、至少3次、至少4次、至少5次、至少6次、至少7次、至少8次、至少9次、至少10次、至少11次、至少12次、至少13次、至少14次、至少15次、至少20次、至少30次、至少40次、至少50次、至少60次或至少70次的时间量。

在一些方面，所述时间段是至少20分钟、至少40分钟、至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少5小时、至少6小时、至少7小时、至少8小时、至少9小时、至少10小时、至少11小时、至少12小时、至少13小时、至少14小时、至少15小时、至少17小时、至少19小时、至少21小时、至少24小时、至少30小时、至少36小时、至少42小时、至少48小时、至少54小时、至少60小时、至少66小时、至少72小时、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天、至少17天、至少18天、至少19天或至少20天。

对核酸序列进行扩增和测序的方法是本领域公知的。在一些方面，细胞丰度的确定需要分析样品中条形码的数量，这需要对包含条形码的样品进行扩增和测序。

在一些实施方案中，扩增是指数的，例如在通过聚合酶链式反应(PCR)对特定双链DNA序列的酶促扩增中。在其它实施方案中，扩增方法是线性的。在其它实施方案中，扩增方法是等温的。在一些实施方案中，扩增是指数的，例如在通过聚合酶链式反应(PCR)对特定双链DNA序列的酶促扩增中。

合适的扩增反应可以是指数或等温的，并且可以包括任何DNA扩增反应，包括但不限于聚合酶链式反应(PCR)、链置换扩增(SDA)线性扩增、多重置换扩增(MDA)、滚环扩增(RCA)、单引物等温扩增(SPIA，参见例如美国专利第6,251,639号)、Ribo-SPIA或其组合。在一些情况下，用于提供模板核酸的扩增方法可以在限制条件下进行，使得仅进行几轮扩增(例如，1轮、2轮、3轮、4轮、5轮、6轮、7轮、8轮、9轮、10轮、11轮、12轮、13轮、14轮、15轮、16轮、17轮、18轮、19轮、20轮、21轮、22轮、23轮、2.4轮、25轮、26轮、28轮、29轮、30轮等)，例如，如通过对于cDNA产生通常所进行的。扩增的轮数可以是约1-30轮、1-20轮、1-10轮、5-30轮、10-30轮、15-30轮、20-30轮、10-30轮、15-30轮、20-30轮或25-30轮。

PCR是体外扩增程序，其基于变性、寡核苷酸引物退火和由嗜热模板依赖性多核苷酸聚合酶进行引物延伸的重复循环，导致引物侧接的多核苷酸分析物的所需序列的拷贝数呈指数增加。两个不同的PCR引物与DNA的相对链退火，它们的位置使得一个引物的聚合酶催化的延伸产物可以作为另一个引物的模板链，导致其长度由寡核苷酸引物的5'端之间的距离限定的不连续的双链片段的积累。适用于本公开的方法的PCR反应包括实时PCR、多重PCR、定量PCR、数字PCR和数字微滴PCR。

随机带条形码的转座子测序(RB-TnSeq)

随机带条形码的转座子测序(RB-TnSeq)是利用表型数据表征可培养微生物中的基因的重要工具(Wetmore等人(2015)Rapid quantification of mutant fitness indiverse bacteria by sequencing randomly barcoded transposons(RB-TnSeq).mBio 6(3):e00306-15))。

细菌中的高通量突变体适合度剖析通常通过混合大量转座子突变体并在利用下一代测序的竞争性生长测定中监测它们的丰度来进行。已经开发了许多用于细菌中转座子插入位点测序的方法，它们可以统称为TnSeq。典型地，在TnSeq中，转座子插入位点处的基因组DNA(gDNA)作为鉴定每种菌株的“标签”，并且每个基因适合度的重要性是根据对应于该基因内的插入的读段数来估计的。

例如，一种Tn-seq方法使用Himar I mariner转座子(一种常见且稳定的转座子)。通过在mariner的末端重复序列中的单个核苷酸改变，可将称为MmeI的IIS型限制性核酸内切酶的识别位点引入转座子中。MmeI在识别位点下游20个碱基处进行2个碱基对的交错切割。将从转座子插入突变体文库中提取的DNA用MmeI消化。消化后，会产生包含周围基因组DNA的16个碱基对的片段化DNA。16碱基对的片段可用于通过测序确定转座子在细菌基因组中的插入位置。然而，mariner转座子仅在TA位点插入，因此该方法对于具有高GC含量的基因组不理想。因此，TnSeq方案已更新为可用于任何转座子；然而，仍然需要DNA剪切和多个酶促步骤。因此，即使可通过TnSeq确定突变体适合度，但这种技术及其变型尚未应用于数百个实验条件，可能是因为TnSeq测序文库的制备很费力。

在RB-TnSeq中，带DNA条形码的转座子用于生成大型细菌突变体群，目的是使群中的每个突变菌株携带单个包含独特DNA条形码的转座子插入。为了鉴定表型并深入了解基因功能，将带条形码的转座子突变体群进行竞争性生长测定。在这些实验中，每个突变菌株的相对丰度会根据潜在基因突变对该菌株适合度的影响而变化。RB-TnSeq的开发人员通过在每个转座子的反向重复序列的边缘附近克隆数百万个随机的20-核苷酸的DNA条形码，将Tn5和mariner转座子递送载体转化为RB-TnSeq载体。使用这些转座子，在五种细菌中生成了全基因组转座子突变体文库。对于每个突变体文库，通过对在单个Illumina读段中的转座子插入位置和连接的DNA条形码的身份进行作图，执行TnSeq以表征突变体文库。在五个突变体文库中的每一个中都鉴定出超过100,000个具有独特DNA条形码的转座子插入。随后，使用BarSeq或DNA条形码深度测序来定量转座子插入菌株的丰度并计算竞争性生长测定中的基因适合度。也就是说，为了确定每个基因在给定条件下的适合度，在生长选择之前和之后比较了不同菌株的基因(独立转座子插入)的条形码丰度。

然而，即使有RB-TnSeq，在没有因单个突变导致显著的功能丧失表型的情况下推断基因功能也可能是具有挑战性的。如果目标是最终在田间利用这些突变体，对于RB-TnSeq而言，培养和诱变田间的微生物分离株是不可行的，因为在环境中应用转基因菌株受到限制。

基于16S的宏基因组剖析

如本文所用，术语“宏基因组”是指直接从微生物或微生物群获得的基因组材料。如本文中所用，术语“宏基因组学”是指基于从样品中获得的DNA，将现代基因组学技术应用于直接在其环境中研究微生物群落。宏基因组学提供关于微生物群落的基因组材料的信息。

宏基因组学允许对环境样品中包含的基因组进行直接遗传分析，而无需事先通过使用下一代测序(NGS)或高通量测序来培养克隆培养物。宏基因组学分析可能涉及环境样品中包含的集体微生物基因组的基于功能和序列的分析，称为鸟枪宏基因组学。用于对许多培养的微生物和人基因组进行测序的鸟枪法测序方法适用于从环境样品中回收的DNA序列的分析。鸟枪法宏基因组学能够对环境样品(或群落)中的大部分可用基因组进行完全测序。

或者，宏基因组学分析可能涉及某些目标“标记”基因(诸如16S核糖体RNA基因)的聚合酶链式反应(PCR)扩增，以及对这些标记基因的测序。这种宏基因组学方法可称为基于基因的宏基因组学，或者在16S rRNA的情况下，称为基于16S rRNA宏基因组学。16S核糖体RNA(或16S rRNA)是微生物核糖体中存在的非编码RNA分子之一。16S rRNA基因片段也可以从鸟枪法宏基因组序列(宏基因组)中检索出来并用于物种剖析。两种方法都有其局限性。由于物种的16S rRNA基因扩增不均，因此16S rRNA测序可能存在偏差，而鸟枪法宏基因组测序的深度可能不足以检测群落中稀有物种的16S rRNA基因。

靶向16S rRNA基因的高度保守区域的大量PCR引物使得能够扩增所有细菌物种的rRNA基因序列；并且广泛且快速增长的16S基因序列数据库便于物种或属水平的序列鉴定。细菌16S核糖体RNA(rRNA)基因包含九个“高变区”(VI-V9)，其在不同细菌之间表现出相当大的序列多样性。依赖高变区来鉴定样品中细菌的一个不利方面是16S rRNA高变区表现出不同程度的序列多样性，并且高变区都不能够区分所有细菌。理论上，全长16S rRNA基因(约1500bp)可用于基于不同细菌物种之间潜在序列多样性的准确分类鉴定。然而，目前的高通量DNA测序技术只能产生16S rRNA基因片段，而不能产生全长基因。因此，通过短的16SrRNA基因序列的分类学分类获得细菌群落的可靠表示可能是具有挑战性的。

候选微生物的转录组学剖析

本发明人先前的工作需要对菌株CI010进行转录组剖析，以鉴定在环境氮存在的情况下具有活性的启动子。将菌株CI010在补充有10mM谷氨酰胺的确定成分的无氮培养基中培养。从这些培养物中提取总RNA(QIAGEN RNeasy试剂盒)，并通过Illumina HiSeq(SeqMatic,Fremont CA)进行RNAseq测序。使用Geneious将测序读段作图到CI010基因组数据，并鉴定出在近端转录启动子控制下的高表达基因。

表21至表23列出了通过总RNA的RNASeq测序测量的基因及其相对表达水平。记录近端启动子的序列以用于nif途径、氮利用相关途径或具有所需表达水平的其它基因的诱变。

表21

表22

表23

表24–菌株表

实施例

给出以下实施例是为了说明本公开的各个实施方案，并不意味着以任何方式限制本公开。本领域技术人员将认识到其中的变化和涵盖于权利要求的范围限定的本公开的精神内的其它用途。

引导微生物改造(GMR)平台的实施方案的示例性概述可以总结于图1A的示意图中。

图1A说明可以首先表征微生物组的组成并鉴定目标物种(例如，以寻找具有适当定殖特征的微生物)。

可将目标物种的代谢作图并与遗传学联系起来。例如，可以表征微生物的固氮途径。可以在一系列环境条件下检查正在表征的途径。例如，可以检查微生物在其环境中存在各种水平的外源氮时固定大气氮的能力。氮的代谢可涉及氨(NH

然后，可使用包括但不限于：接合和重组、化学诱变、适应性进化和基因编辑的方法，将靶向的非属间基因组改变引入微生物的基因组。靶向非属间基因组改变可包括基因组的插入、中断、缺失、改变、扰动、修饰等。

然后将衍生的改造微生物用于接种作物，所述衍生的改造微生物包含由改造的潜在基因型产生的所需表型。

在某些实施方案中，本公开提供了能够固定大气氮并将这种氮供应给植物的非属间改造微生物。在一些方面，这些非属间改造微生物即使在外源氮存在的情况下也能够固定大气氮。

图1B描绘了测量微生物组的步骤的放大视图。在一些实施方案中，本公开发现具有所需定殖特征的微生物物种，然后将这些物种用于随后的改造过程。

现在将更具体地描述上述引导微生物改造(GMR)平台。

在一些方面，GMR平台包括以下步骤：

A.分离–从目标作物植株的土壤、根际、表面等中获取微生物；

B.表征–涉及表征分离的微生物的目标基因型/表型(例如基因组序列、定殖能力、固氮活性、P增溶能力、目标代谢物的排放、促进植物排放的化合物等)；

C.驯化-用于微生物的非属间遗传修饰的分子方案的开发；

D.非属间工程改造活动和优化–在关键途径(例如定殖相关基因、固氮/同化基因、P增溶基因)中具有遗传修饰的衍生的非属间微生物菌株的产生；

E.分析–在体外(例如ARA测定)和在植物中(例如定殖测定)评价衍生的非属间菌株的目标表型；

F.重复工程改造活动/分析–对步骤D和E进行重复以进一步改进微生物菌株。

现在将在下面详细说明每个GMR平台流程步骤。

A.微生物的分离

1.获取土壤样品

将微生物从土壤和/或植物的根中分离出来。在一个实例中，将植物种植在实验室或温室中的小盆中。土壤样品将从不同的农业区获得。例如，可以采集具有不同质地特征的土壤，包括壤土(例如泥炭质粘壤土、沙壤土)、粘土(例如重粘土、粉质粘土)、沙土、粉质土、泥炭质土、白垩质土等。

2.种植诱饵植物

诱饵植物(目标植物)(例如玉米、小麦、水稻、高粱、小米、大豆、蔬菜、水果等)的种子将被种植到每种土壤类型中。在一个实例中，将在各种土壤类型中种植不同品种的诱饵植物。例如，如果目标植物是玉米，则将在上述各种土壤类型中种植不同玉米品种(诸如非甜质玉米(field corn)、甜玉米、传统玉米(heritage corn)等)的种子。

3.收获土壤和/或根样品并涂铺在适当的培养基上

在生长数周(例如2-4周)后通过连根拔起收获植物。作为在实验室/温室中种植植物的替代方案，可以直接从具有不同土壤类型的田间收集目标植物的土壤和/或根。

为了分离根际微生物和植物附生菌(epiphytes)，将通过用蒸馏水浸透土壤或用手轻轻疏松土壤来温和地取出植物，以避免损坏根。如果存在较大的土壤颗粒，通过将根部浸入静止的蒸馏水池中和/或通过轻轻摇动根部来去除这些颗粒。切断根部，通过将根放入装有少量蒸馏水的盘子或管中，并在振荡器上轻轻摇动盘子/管或者以低速离心管来制备粘在根部的土壤的浆液。该浆液将如下所述进行处理。

为了分离植物内生菌，用去离子水去除根表面上多余的土壤。土壤去除后，植物将进行表面消毒并在无菌水中进行剧烈漂洗。从植物上切下干净的1cm根部分，并将其置于含有3mm钢珠的磷酸盐缓冲盐水溶液中。通过用Qiagen TissueLyser II剧烈摇动溶液产生浆液。

取决于待分离的微生物的期望的植物有益性状，可以各种方式处理土壤和/或根浆液。例如，土壤和根浆液可被稀释并接种到各种类型的筛选培养基上，以分离根际、植物内生、植物附生微生物和其它植物相关微生物。例如，如果期望的植物有益性状是固氮，则将土壤/根浆液涂铺在不含氮的培养基(例如Nfb琼脂培养基)上以分离固氮微生物。类似地，为了分离解磷细菌(PSB)，可使用含有磷酸钙作为唯一磷源的培养基。PSB可使磷酸钙增溶，吸收和释放更大量的磷。该反应在板上表现为晕区或透明区，并且可用作分离PSB的初始步骤。

4.挑选菌落、纯化培养物并筛选目标基因的存在。

将步骤A3中获得的微生物群划线以获得单个菌落(纯培养物)。将一部分纯培养物重新悬浮在合适的培养基(例如R2A与甘油的混合物)中，并进行PCR分析，以筛选一个或多个目标基因的存在。例如，为了鉴定固氮细菌(固氮生物)，可对分离微生物的纯化培养物进行PCR分析，以检测nif基因的存在，所述nif基因编码参与将大气氮固定为活生物体可利用的氮形式的酶。

5.储存纯化的培养物

分离菌株的纯化培养物将被例如储存在-80℃下，以供将来参考和分析。

B.分离微生物的表征

1.系统发育表征和全基因组测序

将分析分离微生物的系统发育表征(属和种的分配)，并对微生物的整个基因组进行测序。

对于系统发育表征，将使用简并16S rDNA引物对分离微生物的16S rDNA进行测序，以产生系统发育同一性。16S rDNA序列读段将被映射到数据库，以为分离微生物初步分配属、种和菌株名称。全基因组测序被用作将系统发育属/种分配给微生物的最后步骤。

将对分离的微生物的全基因组进行测序，以鉴定关键途径。对于全基因组测序，将使用基因组DNA分离试剂盒(例如QIAGEN的QIAmp DNA mini试剂盒)来分离基因组DNA，并使用本领域已知的方法制备总DNA文库。将使用本领域已知的高通量测序(也称为下一代测序)方法对全基因组进行测序。例如，Illumina,Inc.、Roche和Pacific Biosciences提供了全基因组测序工具，其可用于制备总DNA文库和执行全基因组测序。

将组装每个分离菌株的全基因组序列；将鉴定目标基因；注释；以及被注释为供改造的潜在靶标。全基因组序列将存储在数据库中。

2.测定微生物在温室中对宿主植物的定殖

将表征分离的微生物在温室中对宿主植物的定殖。为此，所需宿主植物(例如，玉米、小麦、水稻、高粱、大豆)的种子将用分离的微生物的培养物单独或组合接种并种植到土壤中。或者，可通过将土壤直接接种在根上，将分离的微生物的培养物单独或组合施加到寄主植物的根部。微生物的定殖潜力将例如使用下面更详细描述的定量PCR(qPCR)方法进行测定。

3.在小规模田间试验中测定微生物对宿主植物的定殖，并从被定殖的根样品中分离RNA(CAT试验)

将在小规模田间试验中评估分离的微生物对所需宿主植物的定殖。另外，将从被定殖的根样品中分离RNA，以获得田间环境中菌株的转录组数据。这些小规模田间试验在本文中称为CAT(定殖和转录)试验，因为这些试验提供田间环境中菌株的定殖和转录数据。

对于这些试验，宿主植物(例如，玉米、小麦、水稻、高粱、大豆)的种子将用分离的微生物培养物单独或组合接种，并种植到土壤中。或者，可通过将土壤直接接种在根上，将分离的微生物的培养物单独或组合施加到寄主植物的根部。CAT试验可以在各种土壤中和/或在不同温度和/或水分条件下进行，以评估定殖潜力并获得微生物在各种土壤类型和环境条件下的转录组谱。

将例如使用如下所述的qPCR方法评估一种或多种接种微生物对宿主植物根部的定殖。

在一个方案中，如下评估分离的微生物的定殖潜力。在种植玉米种子后一天，正好在种子所在的位置淋入1ml微生物过夜培养物(SOB培养基)。1mL的这种过夜培养物大致相当于约10^9cfu，彼此相差3倍以内，这取决于所使用的菌株。每颗幼苗每周用50mL补充有2.5mM或0.25mM的硝酸铵的改良的霍格兰氏溶液施肥3次。种植4周后，收集根部样品用于DNA提取。使用加压水喷雾冲走土壤碎屑。然后使用QIAGEN Tissuelyzer将这些组织样品均质化，然后使用QIAmp DNA Mini试剂盒(QIAGEN)，根据推荐的方案提取DNA。使用被设计(使用NCBI的引物BLAST)成对每种微生物的基因组中的基因座特异的引物，利用StratageneMx3005P RT-PCR对这些DNA提取物进行qPCR测定。

对微生物基因组拷贝的存在定量，这反映了微生物的定殖潜力。通过对PCR扩增产物进行测序来确认微生物物种的身份。

另外，将从定殖的根和/或土壤样品中分离出RNA，并对其进行测序。

与DNA谱不同，RNA谱因环境条件而异。因此，从定殖的根和/或土壤中分离的RNA的测序将反映根际植物中基因的转录活性。

可在不同时间点从定殖的根和/或土壤样品中分离RNA，以分析在这些时间点的定殖微生物的RNA谱的变化。

例如，可在田间施肥后立即以及在田间施肥后数周从定殖的根和/或土壤样品中分离RNA，并对其进行测序以生成相应的转录谱。

同样，可在高磷酸盐和低磷酸盐条件下进行RNA测序，以了解哪些基因在这些条件下具有转录活性或被抑制。

用于转录组学/RNA测序的方法是本领域已知的。简言之，将从分离微生物的纯化培养物中分离出总RNA；将使用逆转录酶制备cDNA；以及将使用上述高通量测序工具对cDNA进行测序。

来自转录组分析的测序读段可被映射到基因组序列，并且可以鉴定目标基因的转录启动子。

4.测定分离的微生物的植物有益活性

将评估分离的微生物的植物有益活性。

例如，将使用乙炔还原测定(ARA)来测定固氮微生物的固氮活性，或者将测定解磷微生物的磷酸盐增溶。可利用任何目标参数，并为此开发适当的测定。例如，测定可包括定殖衡量指标的生长曲线和植物激素(如吲哚乙酸(IAA)或赤霉素)的产生的测定。可以开发针对任何目标植物有益活性的测定。

此步骤将确认目标表型并消除任何假阳性。

5.从分离的微生物中选择潜在候选物

上述步骤产生的数据将用于选择微生物用于进一步开发。例如，表现出定殖潜力、植物有益活性和/或相关的DNA和RNA谱的期望组合的微生物将被选择用于驯化和改造。

C.选定微生物的驯化

选定的微生物将被驯化；其中，微生物将被转化为遗传上易处理且可鉴定的形式。

1.抗生素敏感性的测试

驯化微生物的一种方式是用抗生素抗性对其进行工程改造。为此，将测试野生型微生物菌株对各种抗生素的敏感性。如果菌株对抗生素敏感，那么抗生素可以是用于改造菌株的遗传工具/载体的良好候选物。

2.设计和构建载体

将构建对其复制有条件的载体(例如自杀质粒)来驯化选定的微生物(宿主微生物)。例如，将构建自杀质粒，所述自杀质粒包含适当的抗生素抗性标记、反向选择标记、用于在供体微生物(例如大肠杆菌)中维持的复制起点、编码荧光蛋白(GFP、RFP、YFP、CFP等)(以通过荧光筛选插入)的基因、用于接合到宿主微生物中的转移起点、以及包含具有所需遗传变异的宿主基因组的同源臂的多核苷酸序列。载体可包含SceI位点和其它附加元件。

示例性抗生素抗性标记包括氨苄青霉素抗性标记、卡那霉素抗性标记、四环素抗性标记、氯霉素抗性标记、红霉素抗性标记、链霉素抗性标记、壮观霉素抗性标记等。示例性反向选择标记包括sacB、rpsL、tetAR、pheS、thyA、lacY、gata-1、ccdB等。

3.供体微生物的产生

在一个方案中，将自杀质粒转化到大肠杆菌ST18(氨基乙酰丙酸(ALA)的营养缺陷型)以产生供体微生物，所述自杀质粒包含适当的抗生素抗性标记、反向选择标记、用于在包含pir复制起始基因的大肠杆菌ST18中维持的λpir复制起点、编码绿色荧光蛋白(GFP)(以通过荧光筛选插入)的基因、用于接合到宿主微生物中的转移起点、以及包含具有所需遗传变异(例如，来自微生物自身基因组内的用于插入异源位置的启动子)的宿主基因组的同源臂的多核苷酸序列。

4.将供体微生物与宿主微生物混合

供体微生物将与宿主微生物(从步骤B5中选择的候选微生物)混合，以允许将质粒接合性地整合到宿主基因组中。将供体和宿主微生物的混合物涂铺在含有抗生素但不含ALA的培养基上。自杀质粒能够在供体微生物(大肠杆菌ST18)中复制，但不能在宿主中复制。因此，当含有供体和宿主微生物的混合物被涂铺在含有抗生素但不含ALA的培养基上时，只有将质粒整合到其基因组中的宿主细胞才能够在培养基上生长并形成菌落。由于缺乏ALA，供体微生物不会生长。

5.确认载体的整合

含有荧光蛋白标记、抗生素抗性标记、反向选择标记等的自杀质粒在宿主微生物的预期基因座处的正确整合将通过板上菌落的荧光和使用菌落PCR来确认。

6.划线确认整合菌落

宿主微生物中的第二轮同源重组将环出(去除)质粒骨架，留下所需的遗传变异(例如来自微生物自身基因组内的启动子，用于插入异源位置)整合到一定百分比的宿主微生物的宿主基因组中，同时将一定百分比的微生物恢复为野生型。

可通过在合适的培养基上生长宿主微生物的菌落来选择已经环出质粒骨架(因此，环出反向选择标记)的宿主微生物菌落。

例如，如果sacB用作反向选择标记，由于质粒骨架丢失而导致的该标记丢失将通过在含有蔗糖的培养基上生长菌落来测试(sacB赋予对蔗糖的敏感性)。在这种培养基上生长的菌落将失去sacB标记和质粒骨架，并且将包含所需的遗传变异或者恢复为野生型。此外，由于荧光蛋白标记的丢失，这些菌落不会在板上发出荧光。

在一些分离株中，sacB或其它可反向选择的标记不会赋予对蔗糖或其它反向选择机制的完全敏感性，这需要筛选大量菌落以分离成功的环出。在这些情况下，可通过使用在宿主细胞中独立复制并表达限制性内切核酸酶(例如SceI)的“辅助质粒”来辅助环出，所述限制性内切核酸酶识别整合的自杀质粒骨架中的位点。将具有整合的自杀质粒的菌株用辅助质粒转化，所述辅助质粒含有抗生素抗性标记、与宿主菌株相容的复制起点和由组成型或诱导型启动子控制的编码限制性内切核酸酶的基因。限制性内切核酸酶在整合的质粒骨架中诱导的双链断裂促进同源重组以环出自杀质粒。这会增加反向选择板上的环出菌落的数量，并减少需要筛选以找到包含所需突变的菌落的菌落数量。然后在没有质粒抗生素选择的情况下，通过培养和连续传代从菌株中去除辅助质粒。将传代培养物划线以获得单菌落，挑取菌落并筛选其对用于选择辅助质粒的抗生素的敏感性，以及菌落PCR证实的质粒的不存在。最后，对基因组进行测序，并如D6中所述确认辅助质粒DNA的不存在。

7.通过菌落PCR确认遗传变异的整合

将挑选在含蔗糖的培养基(或其它合适的培养基，取决于所用的反向选择标记)上生长更好的菌落，并通过使用菌落PCR筛选菌落来确认遗传变异在预期基因座处的存在。

尽管本实施例描述了用于驯化微生物并将遗传变异引入微生物的方案，但本领域普通技术人员将理解，可使用本领域已知的多种其它技术将遗传变异引入所选微生物，所述技术是诸如：聚合酶链式反应诱变、寡核苷酸定向诱变、饱和诱变、片段改组诱变、同源重组、ZFN、TALENS、CRISPR系统(Cas9、Cpf1等)、化学诱变及其组合。

8.重复步骤C2-C7

如果步骤C2-C7中的任何步骤未能提供预期结果，将重复所述步骤以设计替代载体，所述替代载体可包含不同元件用于促进将所需遗传变异和标记整合到宿主微生物中。

9.开发标准操作程序(SOP)

一旦步骤C2-C7可对于给定的菌株一致地重现，所述步骤就可用于针对该菌株和载体开发标准操作程序(SOP)。该SOP可用于改善微生物的其它植物有益性状。

D.非属间工程改造活动和优化

1.鉴定供优化的基因靶标

将对选定的微生物进行工程改造/改造以改善植物有益活性的性能。为此，将鉴定用于改善植物有益活性的基因靶标。

基因靶标可通过多种方式鉴定。例如，可在注释来自分离的微生物的全基因组测序的基因的同时鉴定目标基因。它们可通过文献检索来鉴定。例如，参与固氮的基因在文献中是已知的。这些已知基因可用作引入遗传变异的靶标。还可根据步骤B3(用于定殖的小规模田间试验)中获得的RNA测序数据或通过执行以下步骤中描述的RNA测序来鉴定基因靶标。

2.选择供启动子交换的启动子

用于改善植物有益活性的所需遗传变异可包括启动子交换，其中靶基因的天然启动子被来自微生物基因组内的更强或更弱的启动子(当与天然启动子相比时)或被不同地调控的启动子(例如不依赖于N的)替换。如果靶基因的表达增强了植物有益活性(例如nifA，其表达增强了微生物的固氮作用)，则启动子交换所需的启动子是更强的启动子(与靶基因的天然启动子相比)，与天然启动子相比，其将进一步提高靶基因的表达水平。如果靶基因的表达降低了植物有益活性(例如，下调固氮的nifL)，则启动子交换所需的启动子是弱启动子(与靶基因的天然启动子相比)，与天然启动子相比，其会显著降低靶基因的表达水平。启动子可以插入基因中以“敲除”基因的表达，同时上调下游基因的表达。

可根据RNA测序数据选择用于启动子交换的启动子。例如，RNA测序数据可用于鉴定强启动子和弱启动子，或组成型活性与诱导型启动子。

例如，为了鉴定固氮途径中的强启动子和弱启动子，或组成型活性与诱导型启动子，将在贫氮和富氮条件下体外培养选定的微生物；从这些培养物中分离出微生物的RNA；并进行测序。

在一个方案中，将比较贫氮和富氮条件下的微生物的RNA谱，并鉴定具有所需转录水平的活性启动子。可以选择这些启动子来交换弱启动子。

还可使用在步骤B3中获得的RNA测序数据选择启动子，所述RNA测序数据反映了宿主植物根际中植物中的微生物的RNA谱。

各种条件下的RNA测序允许选择启动子，所述启动子a)在施肥的田间条件下，在宿主植物生长周期中在根际具有活性，和b)在相关的体外条件下也具有活性，因此可以快速筛选它们。

在示例性方案中，来自定殖测定(例如步骤B3)的植物中RNA测序数据用于测量分离的微生物中的基因表达水平。在一个实施方案中，基因表达水平计算为每千碱基读段/百万映射的读段(RPKM)。将各种基因的表达水平与靶基因的表达水平进行比较，并且选择至少前10个、20个、30个、40个、50个、60个或70个与各种基因相关联的启动子作为用于启动子交换的可能候选者，所述各种基因与靶基因相比显示最高或最低的表达水平。因此，观察各种基因相对于靶基因的表达水平，然后选择相对于靶(或标准)基因表现出表达增加的基因，然后找到与所述基因相关联的启动子。

例如，如果靶基因是nifA的上调，则选择与nifA相比表现出最高表达水平的基因的前10个、20个、30个、40个、50个或60个启动子作为启动子交换的可能候选者。

基于体外RNA测序数据，这些候选者可进一步入围。例如，对于作为靶基因的nifA，通过选择在体外贫氮对比富氮条件下与nifA相比具有相似或提高的基因表达水平的启动子，进一步选择基于植物内RNA测序数据选择的可能启动子候选者。

在该步骤中选择的启动子组用于交换靶基因(例如nifA)的天然启动子。在体外测定中测试了具有交换的启动子的改造菌株；活性低于预期的菌株被淘汰；并在田间测试具有预期或高于预期活性的菌株。可对改造的菌株重复进行启动子选择循环，以进一步提高它们的植物有益活性。

此处描述了示例性启动子交换实验，该实验基于来自变栖克雷伯氏菌菌株CI137的植物内和体外RNA测序数据进行，以改良固氮性状。在ARA测定中以0mM和5mM谷氨酰胺浓度分析CI137，并从这些ARA样品中提取RNA。将RNA通过NextSeq进行测序，将来自一个样品的一个亚组的读段映射到CI137基因组(体外RNA测序数据)。在针对CI137的定殖和活性测定(例如B3步骤)中，在V5阶段从玉米植物的根中提取RNA。合并6株植物的样品；使用NextSeq对来自合并样品的RNA进行测序，并将读段映射到CI137基因组上(植物中RNA测序数据)。在2x10

本领域普通技术人员从上述实施例中可以理解，虽然植物中和/或体外RNA测序数据可用于选择启动子供进行启动子交换，但启动子选择的步骤是高度不可预知的，并且涉及许多挑战。

例如，植物中RNA测序主要揭示高表达的基因；然而，很难检测表达水平低的基因表达和/或基因的细微差异。例如，在一些植物中RNA测序实验中，来自微生物基因组的约5000个基因中，只有约40被检测到。因此，植物中RNA测序技术可用于鉴定大量表达的基因及其相应的启动子；然而，该技术难以鉴定低表达基因和相应的启动子以及基因表达之间的微小差异。

此外，植物中RNA谱反映了分离微生物时的基因的状态；然而，田间条件的轻微变化可以显著改变根际/植物附生/植物内生微生物的RNA谱。因此，当在体外和田间测试改造的菌株时，很难预先预测基于一次田间试验RNA测序数据选择的启动子是否会提供靶基因的理想表达水平。

此外，植物中评估既耗时又耗费资源；因此，植物中实验不能经常进行并且/或者快速或容易地重复进行。另一方面，虽然体外RNA测序可以相对快速且容易地进行，但体外条件并不模拟田间条件，并且可能在体外显示高活性的启动子可能在植物中不显示相当的活性。

此外，在新的环境中，启动子表现得往往不像预期的那样。因此，植物中和体外RNA测序数据最多可以作为启动子选择步骤的起点；然而，在一些情况下，获得在该领域提供靶基因的期望表达水平的任何特定启动子是不可预知的。

启动子选择步骤的另一个限制是可用启动子的数量。因为本发明的目标之一是提供非转基因微生物；用于启动子交换的启动子需要从微生物基因组或属中选择。因此，与转基因方法不同，本方法不能仅仅进入文献并从不同的宿主生物中找到/使用充分表征的转基因启动子。

另一个限制是启动子必须在期望的生长阶段在植物中具有活性。例如，植物中对氮的最高需求通常是在生长季节的后期，例如营养阶段的后期和生殖阶段的早期。例如，在玉米中，在V6(6片叶片)至R1(生殖阶段1)阶段，氮摄取高。因此，为了在玉米的V6至R1阶段增加氮的利用率，改造的微生物必须在玉米生命周期的这些阶段表现出最高的固氮活性。因此，需要选择在玉米的营养阶段后期和生殖阶段早期在植物中具有活性的启动子。这种限制不仅减少了在启动子交换中可以测试的启动子的数量，而且还使得启动子选择的步骤不可预知。如上所述，出现不可预知性的部分原因是，尽管来自小规模田间试验(例如，B3步骤)的RNA测序数据可用于鉴定在所需生长阶段期间在植物中具有活性的启动子，但RNA数据是基于样品收集时的田间条件(例如，土壤类型、土壤中的水位、有效氮水平等)的。如本领域普通技术人员将理解的，在同一田间，田间条件可以随着时间段的推移而变化，并且也可以在不同的田间发生显著变化。因此，在一种田间条件下选择的启动子在其它田间条件下可能表现得不像预期的那样。类似地，在交换后，选定的启动子可能表现不符合预期。因此，很难预先预期所选择的启动子在目标植物的期望生长阶段是否在植物中具有活性。

3.设计非属间遗传变异

基于步骤D1(基因靶标的鉴定)和D2(用于启动子交换的启动子的鉴定)，将设计非属间遗传变异。

术语“非属间”表示待引入宿主的遗传变异不包含来自宿主属外的核酸序列(即，无转基因DNA)。尽管载体和/或其它遗传工具将用于将遗传变异引入宿主微生物，但本公开的方法包括环出(去除)引入宿主微生物的骨架载体序列或其它遗传工具，仅将期望的遗传变异留在宿主基因组中的步骤。因此，所得微生物是非转基因的。

示例性非属间遗传变异包括目标基因中的突变，所述突变可以改善该基因编码的蛋白质的功能；能够替代目标基因的内源启动子以增加基因表达的组成型活性启动子；会使目标基因失活的突变；来自宿主基因组内的启动子至异源位置的插入，例如启动子至基因中的插入(该插入导致所述基因失活和下游基因上调)；等等。突变可以是点突变、插入和/或缺失(基因的完全或部分缺失)。例如，在一个方案中，为了提高宿主微生物的固氮活性，期望的遗传变异可包括nifL基因(固氮途径的负调节子)的失活突变并且/或者包括用组成性驱动nifH基因表达的组成型活性启动子替换nifH基因(催化固定大气氮的关键反应的固氮酶铁蛋白)的内源启动子。

4.产生非属间衍生菌株

在设计非属间遗传变异后，将进行步骤C2-C7以产生非属间衍生菌株(即改造的微生物)。

5.储存改造的微生物的纯化培养物

改造的微生物的纯化培养物将保存在库中，使得可以提取gDNA以供进行下述全基因组测序。

6.确认所需遗传变异的存在

将提取改造的微生物的基因组DNA，并使用先前描述的方法对基因组DNA进行全基因组测序。所得读段将被映射到先前存储在LIMS中的读段，以确认：a)存在所需的遗传变异，以及b)完全不存在映射到用于产生改造的微生物的载体序列(例如质粒骨架或辅助质粒序列)的读段。

该步骤允许灵敏检测在环出载体骨架(例如自杀质粒)方法后可保留在菌株中的非宿主属DNA(转基因DNA)，并且可以为遗传变异的意外脱靶插入提供对照，等等。

E.对改造微生物的分析

1.植物有益活性的分析

将在体外评估改造微生物的植物有益活性和生长动力学。

例如，将通过乙炔还原测定、氨排放测定等评估为提高固氮功能而改造的菌株的固氮活性和适合度。

将评估为改善磷酸盐增溶而改造的菌株的磷酸盐增溶活性。

这一步骤允许快速、中等至高通量筛选改造的菌株的目标表型。

2.改变的基因的定殖和转录的分析

改造的菌株将使用B3中描述的步骤评估在温室中或田间的宿主植物的定殖。此外，将从定殖的根和/或土壤样品中分离出RNA，并进行测序以分析靶基因的转录活性。靶基因包括含有引入的遗传变异的基因，并且也可以包括在微生物的植物有益性状方面起作用的其它基因。

例如，一簇基因，即nif基因，控制着微生物的固氮活性。使用上述方案，可将遗传变异引入其中一个nif基因(例如启动子插入)，而nif簇中的其它基因处于其内源形式(即它们的基因序列和/或启动子区域没有改变)。将针对含有遗传变异的nif基因的转录活性来分析RNA测序数据，并且还可针对未被插入的遗传变化直接改变，但可能受到引入的遗传变化影响的其它nif基因来分析RNA测序数据。

该步骤允许确定根际中表现最优秀的体外菌株的适合度，并允许测量植物中改变的基因的转录活性。

F.重复工程改造活动/分析

来自体外和植物中分析(步骤E1和E2)的数据将用于重复地堆叠有益突变。

此外，可以重复上述步骤A-E来微调微生物的植物有益的性状。例如，将使用在第一轮中改造的微生物菌株接种植物；生长几周后收获；以及分离来自土壤和/或植物根的微生物。将对分离的微生物的功能活性(植物有益性状和定殖潜力)以及DNA和RNA谱进行表征，以便选择具有改善的植物有益活性和定殖潜力的微生物。选定的微生物将被改造以进一步改善植物有益活性。将在体外和植物中筛选改造的微生物的功能活性(植物有益性状和定殖潜力)和RNA谱，并选择表现最好的菌株。如果需要，可以重复步骤A-E以进一步改善来自第二轮的改造微生物的植物有益活性。该过程可以重复1轮、2轮、3轮、4轮、5轮、6轮、7轮、8轮、9轮、10轮或更多轮。

上述示例性步骤概述于下表A中。

表A–引导微生物改造平台的实施方案的概述

与野生型(WT)微生物或转基因方法的纯生物勘探不同，GMR允许对微生物内的关键调控网络进行非属间遗传优化，这改善了相对于WT微生物对植物有益的表型，但不存在与转基因方法相关的风险(例如不可预测的基因功能、公众和监管问题)。参见，图1C描绘了有问题的“常规生物勘探”方法，所述方法与教导的GMR平台相比，具有几个缺点。

为农业开发微生物的其它方法要么集中于广泛的实验室开发上(这在田间规模上通常失败)，要么集中于在不了解潜在机制/植物-微生物相互作用的情况下进行广泛的温室或“田间优先”测试上。参见，图1D描述了有问题的“田间优先生物勘探方法”系统，与教导的GMR平台相比，该系统有几个缺点。

GMR平台的一个优势是鉴定活性启动子，所述启动子在目标作物的关键生理重要时间具有活性，并且在特定的农业相关环境条件下也具有活性。

正如已经解释的那样，在固氮的背景下，GMR平台能够鉴定微生物启动子序列，所述启动子序列在外源氮升高的环境条件下是活跃的，从而在现代农业行播作物的条件下，以及在植物最需要固定氮的时候，允许改造的微生物固定大气氮并将其输送到目标作物。参见，图1E描述了玉米生长周期中植物最需要氮的时期。教导的GMR平台能够产生改造的微生物，所述改造的微生物在需要氮的时期向玉米植物供应氮，并且即使在土壤环境中存在外源氮的情况下也能输送这种氮。

这些启动子可以通过根际RNA测序和读段映射到微生物基因组序列来鉴定，关键路径可以被“重新编程”以在植物生长周期的关键阶段打开或关闭。另外，通过对优化的微生物进行全基因组测序并映射到先前转化的序列，该方法能够确保没有转基因序列通过质粒DNA的脱靶插入、通过PCR或抗生素抗性未检测到的质粒的低水平保留等意外释放到田间。

GMR平台通过在实验室和植物环境中重复评估微生物来组合这些方法，从而产生在温室和田间条件下而不仅仅是在实验室条件下健壮的微生物。

所教导的GMR平台的各个方面和实施方案可见于图1F至图1I中。GMR平台最终衍生/创造/产生了具有植物有益特性(例如固氮)的改造的微生物。

常规生物勘探方法无法产生具有上述特性的微生物。

在为固氮而改造微生物的背景下，改造的微生物可具有若干特性。例如，图1J描绘了本公开的改造的微生物可具有的5种特性。

本发明人已利用GMR平台生产能够固定大气氮并将所述氮输送至玉米植物的改造的非属间细菌(即蔗糖科萨克氏菌)，即使在外源氮存在于环境中的条件下也是如此。参见，图1K至图1M，其说明改造过程成功地：(1)使nifA表达与内源氮调节解耦；以及(2)提高了固定氮的同化和排放

当施用于玉米作物时，这些改造的微生物最终导致玉米产量的提高。参见，图1N。

如前所解释的，目标作物没有很好地利用工业Haber-Bosch工艺生产的氮肥。雨水、径流、热量、挥发和土壤微生物组会降解施用的化学肥料。这不仅浪费了金钱，而且增加了污染，而不是收获的产量。为此，联合国计算出，在农作物能够利用肥料之前，将近80％的肥料已经流失。因此，现代农业肥料的生产和运输不仅对环境有害，而且效率极低。参见，图1O说明了当前氮输送系统的低效率，这导致施肥不足的田间，过度施肥的田间，和对环境有害的氮径流。

目前的GMR平台，以及由此改造的微生物，为固氮和向植物输送氮提供了更好的途径。本公开的非属间改造微生物能够定殖在玉米植物的根部，并且大量供给(spoon feed)所述玉米植物固定的大气氮，即使在外源氮存在的情况下亦如此。这种由教导的GMR平台实现的固氮和输送氮系统将有助于将现代农业转变为更具环境可持续性的系统。

表25和表26描述了微生物、它们潜在的遗传结构和它们相应的SEQ ID NO。这些微生物是利用实施例1中描述的GMR平台产生的。

表25：WT和改造的非属间微生物

表26：WT和改造的非属间微生物

表27：微生物检测

目的

下面的实施例是植物定殖测定的概念证明，其可利用天然微生物条形码来改进当前的植物定殖测定。特别地，本实施例中所述的测定可以形成整体引导微生物改造(GMR)系统的一部分，如实施例1中所说明的。从当前实施例中可以看出，利用天然微生物条形码的定殖测定可以提供优于依赖绝对丰度数量的测定的有利方面，因此对实施例1中的系统提供了改进和/或替代。

背景

概括而言，实施例1的GMR流程(pipeline)测量绝对植物根部定殖。绝对定殖信息是最终模型的组成部分，其中提供给植物的益处通过将微生物的计数或绝对定殖数乘以它们向植物供应氮的能力来确定。该工作流程的概述尤其可见于图2A中。

虽然对于构建模型至关重要，但绝对定殖定量是一个时间和劳动密集型过程。

本实施例中描述的测定，而不是绝对定殖数，利用相对丰度数进行定殖剖析。该方法利用DNA序列(即条形码)以高分辨率跟踪各种群体中(包括植物根上)微生物丰度的差异。

在一些实施方案中，这些相对丰度确定技术比绝对定殖方法需要更少的处理并且/或者提供更高分辨率的微生物丰度信息。

该方法的总体方法论在图3A至图3D中进行了解释并在下文中以及本公开通篇中进一步描述。与上述绝对定殖方法相比，图3A至图3D中提出的过程与实施例1的GMR方案不同，因为其提出案子高分辨率竞争性测定中在少数植物中的相对性能，而不是在数百株植物中进行的低分辨率绝对定殖方法对菌株进行评级。如图3A至图3B所示，一般方法需要鉴定天然存在于目标细菌中的基因组核酸序列(即，至少三个)。第一步需要将鉴定的序列分离并插入天然条形码多核苷酸盒，使得至少一个序列充当条形码，并且侧接条形码的两个序列充当正向引物结合位点和反向引物结合位点。下一步需要产生盒(例如，通过使用对正向和反向引物结合位点特异的寡核苷酸对盒进行PCR扩增，以产生包含条形码的扩增子或通过DNA合成)。随后的步骤需要将目标细菌暴露于产生的盒中，以便于将盒插入目标细菌的基因组中，但前提是细菌的基因组天然包含引物结合位点和条形码(参见图3C)。引物结合位点和条形码在细菌基因组中的天然位置不必彼此非常接近，也不必以特定的取向天然存在。为了有效地确定微生物的丰度(例如，相对丰度)，每个目标微生物(按物种、菌株或变体区分)必须包含天然条形码多核苷酸盒，该盒包含对于该物种、菌株或变体是独特的条形码。如图3D所示，本文描述的相对丰度定殖测定的一般方法中的下一步骤是用含有天然条形码多核苷酸盒的细菌接种目标植物；在植物生长了所需的时间段后，从植物的所需部分(例如根)中分离gDNA；使用针对条形码盒中存在的正向和反向引物结合位点的引物扩增条形码盒；进行测序(例如，下一代测序(NGS))；以及通过从NGS数据确定条形码盒序列的相对丰度来估计植物上含有条形码的微生物的相对丰度。具体而言，可使用本文所述的定制分析流程来确定相对丰度。在替代方法中，从接种了含条形码微生物的植物中分离出的gDNA可用于以条形码为探针靶标的qPCR分析。然后，针对特定分离株确定的相对丰度值可以作为内部定殖阶梯，新的分离株可以与该阶梯进行比较。这对于确定或检测特定物种、菌株或变体的定殖缺陷是有用的。本文所述的相对丰度定殖测定包括微生物核酸的扩增和测序，以确定所述微生物菌株的定殖能力，所述测定可称为竞争性定殖测序或Coco-Seq。

方法和结果

为了说明图3A至图3D所示的概念，产生了4个天然条形码多核苷酸盒，用于插入微生物菌株(即，亲本137菌株和137-1036菌株)。条形码序列是通过定制的Python脚本生成的，所述条形码序列从目标菌株的基因组中随机鉴定出两个离散的24个核苷酸的序列，并将它们连接在一起。筛选得到的48个核苷酸的序列(其被认为是天然条形码多核苷酸盒的条形码部分)以避免起始密码子、核酸二级结构、特定的酶促限制性位点、不平衡的GC含量和低碱基对多样性。仅考虑通过所有过滤的新型条形码。三个天然条形码多核苷酸盒(指定为137条形码1、2和7)被设计成对菌株137(亲本菌株)是独特的，而第4个盒被设计成对变异菌株137-1036(即137-1036条形码)是独特的。每个天然条形码多核苷酸盒还包含338R正向引物结合位点和806R反向引物结合位点，它们侧接各自的条形码序列。4个盒中的每个盒的条形码序列与本实施例中使用的另外的条形码中的每一个不同。

本实施例中使用的48个碱基对的条形码序列是：

137条形码_1TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGACGACTGGTCGCGTGACCTGAATGC(SEQ IDNO:425)

137条形码_2TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAGCCATTATGCAGTCGATCGTTCAC(SEQ IDNO:426)

137条形码_7TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAGTGAAGTCTACTACGCTCTCTCAG(SEQ IDNO:427)

137-1036条形码：TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAAACGGCACGTCCGAATCGTATCAA(SEQID NO:428)

应该注意的是，上述每个条形码的前24个碱基对对于所有菌株都是相同的，而最后24个碱基对是不同的。这是因为所有菌株都是137变体或突变体。因此，条形码被设计成使得前24个碱基对将其指定为针对特定谱系(例如，CI137、CI910或CI6)，而后24个碱基对鉴定特定变体或突变体(例如，137-1036，或者，在这种情况下，再次为亲本菌株137)。

338R和806R引物结合位点是在对大量已经在16S rRNA基因中鉴定的充分表征的、保守的引物结合位点序列进行测试后选择的(参见图3A)。这些引物结合位点(或其互补序列)中的每个的序列见表B。

表B.引物名称和用作引物结合位点的序列

*515F、806R、804F和1392R引物包含混合碱基，所述混合碱基遵循见于www.idtdna.com/pages/products/custom-dna-rna/mixed-bases的DNA的混合碱基代码。综上所述，在表B的引物序列中，M可以是A或C；H可以是A、C或T/U；V可以是A、C或G；D可以是A、G或T/U；R可以是A或G；W可以是A或T。

从几个菌株(即CI1293、63-1146、1021-1612、1251、6、910和137-1036)中分离出基因组DNA，将其合并并使用Phusion聚合酶进行PCR，如表C所示。

表C.实验的PCR方案如图4所示。

将这些组配对，使得2个正向引物和2个反向引物匹配，因此，预计不会产生任何产物。如图4所示，对#1和#3具有出乎意料的强扩增，而对#2、#5和#6具有轻度背景扩增。对#4的预测结果显示没有明显的背景扩增，因此被选为用于本实施例中描述的定殖测定的盒的通用结合位点(即，它们侧接上述条形码序列)。

以上提供的每一种天然条形码多核苷酸盒均由IDT合成。应该注意的是，在天然条形码多核苷酸盒的合成过程中，引入了同源臂，所述同源臂包含与测试菌株基因组中所需基因座或位点互补的序列。

本实施例中为相对丰度研究产生的天然条形码多核苷酸盒随后各自被克隆到载体(即，自杀载体)中，并被转化到亲本137菌株(即，条形码1、2或7)或137-1036菌株(即，137-1036条形码)中，或转化到大肠杆菌菌株中，所述菌株随后用于通过接合将盒转移到137菌株中。根据Hmelo等人“Precision-engineering the Pseudomonas aeruginosagenome with two-step allelic exchange,”Nat.Protoc.2015年11月(其通过引用并入本文)中描述的方案，盒的每一端上同源臂的存在有助于将盒插入测试菌株基因组中的所需位点。

所得的非转基因、独特地带条形码的菌株被用于几个植物实验，以测试所述相对丰度测定的效用。

在第一组实验中，一组12株植物各自分别接种亲本137菌株(条形码1)，另一组12株植物各自分别接种137-1036(参见图7)。这组实验中的137和137-1036菌株不含天然条形码多核苷酸盒，并被用于实施例1第3节中描述的定殖测定。总之，使用如下所述的qPCR方法评估一种或多种接种的微生物(即，137和136-1037)对植物根的定殖。

播种后一天，正好在种子所在的位置淋入1ml微生物过夜培养物(SOB培养基)。1mL的这种过夜培养物大致相当于约10

还进行了第二组和第三组实验，以测试Coco-seq测定用于确定相对丰度的功效，以及其与第一组实验中进行的定殖测定相比如何。

在第二组实验中，一组12株植物各自分别接种合并接种物，所述混合接种物以100∶10∶1的比例包含含有条形码1盒的亲本137菌株、含有条形码2盒的亲本137菌株以及含有条形码7盒的亲本137菌株(参见图8)。

在第三组实验中，一组12株植物各自分别接种合并接种物，所述合并接种物以1∶1∶1∶1的比例包含含有条形码1盒的亲本137菌株、含有条形码2盒的亲本137菌株、含有条形码7盒的亲本137菌株和含有条形码4盒的137-1036菌株(参见图9)。

对于上述第二组和第三组实验，随后进行了类似于WO2019084342的实施例17中所述的定殖测定的定殖测定，所述专利通过引用并入本文。简言之，每组实验中的植物在萌芽后接种待测菌株的约10

表D.Coco-Seq PCR程序。

每个实验中来自每株植物的包含特定条形码的菌株的相对丰度百分比通过定制分析流程来确定。该流程由以下过程组成：处理Illumina MiSeq平台上产生的原始NGS读段(2x75bp)的质量和长度，鉴定读段中的条形码序列，以及通过Smith-Waterman算法将观察到的条形码序列与已知的条形码序列进行匹配。应该注意的是，在每个实验中，通过从接种物中分离DNA，也为每个菌株确定了第0天特定菌株的相对丰度百分比。

如图7所示，使用未带条形码的菌株(即，第一组实验中的137和137-1036)的qPCR，137-1036的拷贝数平均少于野生型137菌株的拷贝数。图7中箱线图上的须几乎完全重叠，并且第二高的单株测量值来自突变体(图中137-1036侧的顶点)。虽然该测定表明突变体的定殖没有野生型丰度高，但变异性仍然很高。

图8显示，用于接种实验中使用的12株植物的合并混合物中以最高浓度存在的137菌株(即，用条形码1标记的137菌株)与接种物中以第二高浓度存在的137菌株(即，用条形码2标记的137菌株)相比，具有更高的序列读段百分比。在接种物中以最低浓度存在的137菌株(即，用条形码7标记的137菌株)相对于所测试的另外两个137菌株的序列读段百分比显示具有最低的序列读段百分比。因此，图8显示了本实施例的定殖测定是高度灵敏的，并且可以检测菌株的定殖能力的相对差异(超过2个对数)，所述菌株用于使用本公开通篇中描述的天然条形码多核苷酸盒同时接种植物根。

与图8一样，图9比较了野生型137的定殖；然而，图9比较了合并的带条形码的菌株混合物的定殖，所述混合物包括野生型137的3种不同的带条形码的变体和137-1036的1种带条形码的变体。使用天然条形码多核苷酸盒的本实施例的Coco-seq测定是高度敏感的，并且当4个菌株混合并用于接种和生长在同一组植物上时，与亲本137菌株中的任一个相比，可以容易地检测到137-1036菌株的不良定殖表型。在图7中，对绝对定殖计数进行了测定，并在不同的植物样品间进行了比较。这导致137-1036偶尔可能比野生型更好地定殖(参见图7的137-1036列顶部的须和异常值)。然而，在图9中的每一个单株植物中,137-1036显然定殖不如野生型有效。因此，在最后的分析中，本实施例中给出的定殖测定可用于通过确定每个菌株相对于其它新分离株的丰度以及对比已知定殖能力的阶梯菌株来对菌株进行评级。另外，结果还表明，本实施例中描述的定殖测定可以在植物样品之间产生一致的结果，从而使得能够用更少的处理(和每次处理更少的植物)更准确地比较定殖表型。

结论

在本定殖测定中，与实施例1的工作流程相反，首先驯化所有菌株，然后利用相对丰度方法生成其余数据。

应该注意的是，当前的方法可用于突变菌株，而不仅仅适用于野生型定殖测定。

从图2B可以看出，如实施例1中所描述，存在确定绝对丰度的过程所需的大量植物。在一些情况下，基于绝对定殖数的定殖测定只能在统计上区分超过50倍的定殖差异。与绝对定殖(其中需要240-800株植物来研究19个菌株)(图2B)不同，本实施例中描述的相对定殖测定的目标之一是减少研究多种不同菌株所需的植物的数量，使得例如几十种菌株理论上可以在少至1株植物中进行研究。这意味着植物减少了超过100倍，并且微生物基因组DNA制剂减少了超过100倍。此外，如果只需要相对测量，可以简化基因组制备。虽然绝对定殖定量取决于从样品中获得每一细菌DNA片段，但本实施例中描述的相对定殖定量取决于获得测试微生物的代表性样品。只要获得了代表性基因组DNA样品，收获了多少群体就无关紧要了。

鉴于本实施例中提供的数据，所描述的利用天然条形码并基于相对定殖数的定殖测定可用于削减实施例1的定殖工作流程并导致更高的分辨率。

应该注意的是，在未来的实验中，天然条形码多核苷酸盒的期望位点或靶位点将被选择来满足下面讨论的约束，以避免在下一代测序(NGS)中经常引入的偏差，从而潜在地进一步改进Coco-seq测定。

下一代测序产生的常见问题是由于距离复制起点的距离而在测序覆盖范围内引入的偏差。复制起点附近的基因组区域在分裂的细胞中可以具有更高的拷贝数，因此更频繁地出现在测序结果中，如Wetmore KM等人，“Rapid Quantification of Mutant Fitnessin Diverse Bacteria by Sequencing Randomly Bar-Coded Transposons,”mBio May2015,6(3)e00306-15(其通过引用并入本文)所述。图5提供了此问题的说明。

为了避免这一问题，所述方法中的天然条形码多核苷酸盒通常将被设计成插入测试菌株中，使得与每个菌株中细菌染色体复制起点的距离保持半恒定。换句话说，在每个菌株中，多核苷酸盒将被插入所述菌株基因组中的基因座中，所述基因座距离遗传元件(例如，染色体)的复制起点的距离，与在每个其它菌株中距离用于插入每个其它多核苷酸盒的复制起点的距离相同或几乎相同。可以这样做，以最小化扩增偏差，所述偏差可源自本文提供的天然条形码在菌株基因组中的位置。

除了考虑到距复制起点的距离之外，每个盒的插入区域将通过在两个编码DNA区段之间找到非编码区域来进一步鉴定，所述两个编码DNA片段以交替的方向转录并被终止子区分隔(参见图6A)。将天然条形码盒插入靶向此类位置的目标是将细胞行为的意外改变的可能性降至最低。细菌基因组包含基因内区域，所述基因内区域最初可能看起来是沉默区域，在此区域条形码插入可能没有影响。一个这样的可能区域包括大肠杆菌中rplL与rpoB之间的321碱基对间隔。虽然该区域最初似乎是沉默的，但其已被证明是多基因操纵子中间的非翻译调控区(www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/？term＝2437101)。如果在此处插入条形码，就有可能无意中干扰至关重要的rpoB基因的表达水平。通过聚焦在转录终止子旁边的区域，干扰基因调控的机会将被最小化。认识到所需插入位于基因的终止密码子与其终止子序列之间的活跃转录区域的事实，避免引入任何新的起始密码子将被小心控制，以避免任何天然条形码盒的翻译。因此，天然条形码盒将连同338R/806R通用引物结合位点(例如，本实施例中描述的天然条形码多核苷酸盒)一起被靶向到终止子的一侧(见图6B)，使得条形码的转录将只在一个方向，而不是两个方向上发生。此外，在核糖体可遇到特定的天然条形码序列之前，任一基因末端的终止密码子将停止翻译RNA序列。

目的

下面的实施例是植物定殖测定的概念证明，其可以利用天然微生物条形码来确定植物样品中微生物的绝对丰度。

方法和结果

为了使用如本文提供的自然或天然微生物条形码来测定植物上微生物的绝对丰度，如实施例2中所述，产生了天然条形码多核苷酸盒，其包含338R的通用引物结合位点作为正向引物结合位点和806R作为反向引物结合位点，其间具有对于137菌株是独特的条形码序列。另外，生成了对照条形码，所述对照条形码与137菌株特异性天然条形码多核苷酸包含相同的通用引物结合位点，但包含位于正向与反向通用引物结合位点之间的不同条形码序列。使用实施例2中描述的参数选择不同的条形码序列，并且其基于海獭基因组中天然存在的序列。

作为概念的证明，一旦产生了137-特异性条形码和海獭对照条形码，将每一个都加入到植物gDNA的制剂中，并进行实施例2中描述的扩增和测序方案及分析。137-特异性条形码DNA以已知水平(10

如从图10中的趋势线以及封闭和开放方块可以看出，预测137-特异性条形码DNA的水平为1.26x10

结论

图10中显示的结果表明，本公开通篇中描述的天然条形码多核苷酸盒可用于定殖测定，以通过将已知量的对照条形码DNA的阶梯搀入用一种或多种微生物菌株接种的植物的gDNA制剂中，并确定一种或多种微生物菌株的读段计数落在由对照条形码DNA生成的标准曲线上的位置来确定植物上生长的一种或多种微生物菌株的绝对丰度，所述对照条形码DNA包含存在于一种或多种菌株中的天然条形码共享的引物结合位点。应该注意的是，接种到植物上的每种菌株、变体或物种可以包含天然条形码，所述天然条形码具有对于该菌株、物种或变体的条形码是独特的通用引物结合位点，并且可通过在已知量的对照条形码中搀入共享对于特定菌株、物种或变体的条形码是独特的通用引物结合位点的DNA来生成标准曲线，以用于确定绝对丰度。

目的

下面的实施例是植物定殖测定的概念验证，其可以利用天然微生物条形码来确定植物样品中在微生物混合群体存在的每种微生物的绝对丰度或总丰度，其中该群体中的微生物包含不同的天然条形码序列。与其中绝对丰度通过将条形码序列搀入gDNA制剂中来测定的实施例3对比，实施本实施例是为了显示使用与实施例3中讨论的类似概念，但在含有天然条形码序列的菌株中实施来计算绝对丰度的效用。

方法和结果

为了使用如本文提供的自然或天然微生物条形码来测定植物上微生物混合群中每种微生物菌株的绝对丰度，如实施例2所述产生了自然或天然条形码多核苷酸盒，其包含338R的通用引物结合位点作为正向引物结合位点和806R作为反向引物结合位点，其间具有自然或天然条形码序列，所述天然条形码序列对于混合群体中的每种菌株是独特的。更具体地，为5种菌株(即，137、137-1036、137-3933、137-3944和137-2285)中的每一种设计了自然或天然条形码多核苷酸盒，使得每个自然或天然条形码多核苷酸盒共享相同的正向和反向通用引物结合位点(即338R和806R)，所述正向和反向通用引物结合位点由对于每种菌株是独特的自然或天然条形码序列分隔。菌株特异性天然条形码序列如下：

137条形码_7TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAGTGAAGTCTACTACGCTCTCTCAG(SEQ IDNO:427)

137-1036条形码3:TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAAACGGCACGTCCGAATCGTATCAA(SEQID NO:428)

137-3933条形码_15:

TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGACAAAGATCTTCTCCTGACTGGTCT(SEQ ID NO:435)

137-3944条形码_17:

TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAGACCTTCAGCCTTTATCTTAACGG(SEQ ID NO:436)

137-2286条形码_10:

TATCCGTAAGCGAGCAAAGCGTGAGACTATCCGATTCTGCTCCTTGAT(SEQ ID NO:437)

另外，产生了六(6)种对照条形码，使得6种对照条形码中的每一种与菌株特异性自然或天然条形码多核苷酸包含相同的正向和反向通用引物结合位点(即338R和806R)，但6种对照条形码中的每一种包含位于正向与反向通用引物结合位点之间的不同条形码序列。使用实施例2中描述的参数选择不同的条形码序列，并且所述条形码序列基于海獭基因组中天然存在的序列。6个Otter块对照条形码序列如下：

Otter块1：

CAAGATGCAGTGGCCGAAAACCAGGAAGCTCACGGGATGGAAGTAGCT(SEQ ID NO:438)

Otter块2：

CAAGATGCAGTGGCCGAAAACCAGGGCGAGGAAACAGTCTTTAATCCT(SEQ ID NO:439)

Otter块3：

CAAGATGCAGTGGCCGAAAACCAGAGAGACCTAGCATCGTCCTCCACT(SEQ ID NO:440)

Otter块4：

AATGAATAGGTATTTCTGGCTCGGTCATCATTTTCCTTCTCTGGGGCT(SEQ ID NO:441)

Otter块5：

AGATTTATCCATATCATTGCATGAGCCTGTCGGTCTTATTTGGGTGGT(SEQ ID NO:442)

Otter块6：

AAGTCCCAGCTCCCTACTTTGTGGGGACTAGAACCAGTTTGGCTCTTT(SEQ ID NO:443)

设计完成后，上面提供的每个天然条形码多核苷酸盒和Otter块对照条形码均由IDT合成。应该注意的是，在天然条形码多核苷酸盒的合成过程中，引入了同源臂，所述同源臂包含与测试菌株基因组中所需基因座或位点互补的序列。

随后将天然条形码多核苷酸盒各自克隆到载体(即，自杀载体)中并转化到大肠杆菌菌株中，随后将该菌株用于通过接合将所述盒转移到各自的137菌株中。根据Hmelo等人“Precision-engineering the Pseudomonas aeruginosa genome with two-stepallelic exchange,”Nat.Protoc.2015年11月(其通过引用并入本文)中描述的方案，盒的每一端上同源臂的存在有助于将盒插入测试菌株基因组中的所需位点。

然后将所得的非转基因的、独特地带条形码的菌株各自分别接种到5ml管中的SOB培养基中，并将所得培养物在30℃下以200rpm振荡生长24小时。随后将菌株以相等的比率混合并稀释至最终光密度(590nm)为1.0。然后将合并的菌株接种物用于与WO2019084342(其通过引用并入本文)的实施例17中描述的定殖测定相似的定殖测定。

简言之，将10株植物(见于下表F中的植物样品)各自接种1毫升合并的菌株接种物(合并的带条形码的菌株的约10^9个细胞)，使其在生长室中生长21天，然后将其收获。组合的种子根和第一节的样品取自10株植物中的每一株的花冠下约1-2英寸处。收集后，裂解样品，分离DNA并使用上表D中的PCR参数进行PCR(0.2μl KAPA3G聚合酶、12.5μl 2x KAPA植物PCR缓冲液、7.8μl分子级水、6μl DNA模板、1.5μl具有Illumina NGS衔接子序列的338R和806R引物(10μM))。将一组确定的海獭对照条形码DNA(即，表E中的Otter块1-6)以不同的量(参见表E)与模板gDNA一起搀入用于每株植物的PCR反应中。然后对所得PCR扩增产物进行实施例2中所述的测序方案和分析。简言之，处理Illumina MiSeq平台上产生的原始NGS读段(2x75bp)的质量和长度，鉴定读段内的条形码序列，并通过Smith-Waterman算法将观察到的条形码序列与已知的条形码序列进行匹配。

表E.搀入每种海獭对照条形码DNA的PCR模板中的拷贝数。

类似于图10，已知海獭对照条形码DNA用于生成趋势线并预测模板gDNA中存在的未知带条形码的菌株。这些预测用于根据采样的根组织的量和PCR反应中使用的gDNA模板，以每克鲜重(gfw)的根组织的细胞数为单位计算单个带条形码的菌株的总丰度。

结果

表F显示了在如本实施例描述进行的Coco-seq测定中测试的每株植物的测序结果。表G和表H显示了从测序数据中获得的所测试的每种天然条形码(表G)以及Otter块对照条形码DNA(表H)的原始计数，而表I和表J显示了基于检测到的otter块原始计数(表H)的数量的每个天然条形码(表I)和otter块(表J)的拷贝数。最后，表K显示了用于在10株植物中的每一株上接种和生长的合并菌株中存在的每种菌株的每gfw的细胞数。每gfw的细胞数计算以下列方式生成：将六个otter块的读段计数(表H)与PCR反应中存在的每个otter块的已知拷贝数一起用于生成最小二乘线性回归模型，该模型产生读段计数(表F)与PCR反应中存在的拷贝数(表I)的函数。表H中包含的R平方值是线性回归模型在进行预测时的准确性的量度。用于PCR反应的拷贝数与为32的组织因子(取样的组织相对于植物中存在的总根组织的量)和为100ul的洗脱体积(在取样的根组织的gDNA制备过程中用于洗脱的液体量)一起用于计算整个根中菌株的总丰度(表K)。这通过将反应中的拷贝数乘以组织因子和洗脱体积，再除以使用的模板量来完成，如下面方程式中所看到的：

表K还显示了与如使用qPCR测定利用实施例1所述的137菌株特异性探针所测定的所有基于137的菌株的每gfw的细胞总数相比，使用Coco-seq测定对每株植物测定的所有基于137的菌株的每gfw的细胞总数。如从表K可以看出，每个菌株的定殖能力因每个菌株而异，显示出比亲本菌株137更弱的定殖能力。图11反映了选择测试的菌株相对于亲本菌株137的较弱的定殖能力。

表F.在如本实施例所述进行的Coco-seq测定中测试的每株植物的原始测序结果。

表G从测序数据中获得的每个测试的天然条形码的原始计数。

表H.从测序数据中获得的otter块对照条形码DNA的原始计数。

表I.基于检测到的原始otter块计数的数量的每个天然条形码的拷贝数。

表J.基于检测到的otter块计数数量的otter块的数量。

表K.针对每株测试植物上的每种菌株计算的每gfw的细胞数量。

结论

表K和图11中显示的结果表明，本公开通篇中描述的天然条形码多核苷酸盒可用于定殖测定，以通过将已知量的对照条形码DNA(所述对照条形码DNA包含存在于一种或多种菌株中的天然条形码共享的引物结合位点)搀入来自接种有一种或多种微生物菌株的植物的gDNA制剂中，并确定一种或多种微生物菌株的拷贝数可通过从对照条形码DNA生成的最小二乘线性回归模型计算的位置来测定生长在植物上的一种或多种微生物菌株的总丰度。应该注意的是，接种到植物上的每个菌株、变体或物种可包含天然条形码(所述条形码具有对于该菌株、物种或变体的条形码是独特的通用引物结合位点)，并且可以通过搀入已知量的对照条形码DNA(所述对照条形码DNA共享对特定菌株、物种或变体的条形码是独特的通用引物结合位点)来生成趋势线，以确定总丰度。

表28.来自本公开的菌株的进一步描述

本公开的编号的实施方案

在以下编号的实施方案中陈述了本公开所设想的其它主题：

1.一种对宿主细胞进行条形码编码的方法，所述方法包括：

(a)获得供体细胞；

(b)选择并分离所述供体细胞的基因组中的第一核苷酸序列，

选择并分离所述供体细胞的基因组中的第二核苷酸序列，以及选择并分离所述供体细胞的基因组中的第三核苷酸序列；

(c)创建天然条形码多核苷酸盒，其包含

从5’至3’取向的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列作为：

(i)所述第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，

(ii)所述第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和

(iii)所述第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；以及

(d)将所述天然条形码多核苷酸盒插入与(a)中所述供体细胞为同一物种的宿主细胞的基因组中；其中(i)、(ii)和(iii)的所述核苷酸序列对于所述宿主细胞是天然的。

2.实施方案1所述的方法，其中所述供体细胞和所述宿主细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。

3.实施方案2所述的方法，其中所述供体细胞和所述宿主细胞中的每一种是细菌细胞。

4.上述实施方案中任一项所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一种的核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA分离的。

5.上述实施方案中任一项所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一种的核苷酸序列是从16S rDNA或18S rDNA分离的。

6.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

7.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述供体细胞的基因组中的所述第一核苷酸序列和所述供体细胞的基因组中的所述第三核苷酸序列以彼此相同的取向存在。

8.上述实施方案中任一项所述的方法，其中(i)、(ii)和(iii)中的至少一种非天然地彼此紧邻地存在于所述宿主细胞的基因组中。

9.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述条形码由少于100个核苷酸组成。

10.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。

11.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述引物结合位点和所述条形码的所述核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

12.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

13.上述实施方案中任一项所述的方法，其中将所述盒插入所述宿主细胞的基因组中在所述宿主细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。

14.上述实施方案中任一项所述的方法，其中所述盒插入所述宿主细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。

15.实施方案14所述的方法，其中将所述盒插入所述终止子区与所述两个编码区之一之间。

16.上述实施方案中任一项所述的方法，其中(d)中的所述宿主细胞与(a)中的所述供体细胞属于同一菌株。

17.实施方案3所述的方法，其中所述细菌宿主细胞是转基因的。

18.实施方案3所述的方法，其中所述细菌宿主细胞是非属间改造细菌

19.实施方案18所述的方法，其中所述非属间改造细菌宿主细胞是或源自选自表1的细菌。

20.实施方案19所述的方法，其中所述非属间改造细菌包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，使得所述经修饰的细菌能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

21.实施方案3或17-20中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

22.实施方案3或17-21中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中。

23.实施方案3或17-22中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含与所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的引入的控制序列。

24.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含与所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的异源启动子。

25.实施方案3或17-24中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到选自由以下组成的组的成员中：nifA、nifL、ntrB、ntrC、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glnA、glnB、glnK、drat、amtB、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB、nifQ、与固氮酶生物合成相关联的基因，以及其组合。

26.实施方案3或17-25中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，导致以下一项或多项：NifA或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；NifL、NtrB、谷氨酰胺合成酶、GlnB、GlnK、DraT、AmtB的表达或活性降低；GlnE的腺苷酰基去除活性降低；以及GlnD的尿苷酰基去除活性降低。

27.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含突变的nifL基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子。

28.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。

29.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达。

30.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含以下的至少一种：突变的nifL基因，其包含在所述nifL基因中的异源启动子；突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白；突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达；以及其组合。

31.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含突变的nifL基因和突变的glnE基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。

32.实施方案3或17-23中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含突变的nifL基因、突变的glnE基因和突变的amtB基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白，所述突变的amtB基因导致缺乏所述amtB基因的表达。

33.实施方案3或17-32中任一项所述的方法，其中所述细菌细胞选自热带副伯克霍尔德氏菌、异食副伯克霍尔德氏菌、织片草螺菌、弗赖森草螺菌、防御假单胞菌、丁香假单胞菌、食苯假单胞菌、马赛甲烷嗜杆菌、肠甲烷嗜杆菌、水生拉恩菌、变栖克雷伯氏菌、精神无色杆菌、马氏无色杆菌、壁微杆菌、中间克吕沃尔菌、假蔗糖科萨克氏菌、肠杆菌属的某个种、产脂固氮螺菌和蔗糖科萨克氏菌。

34.实施方案3或17-33中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞是植物内生的、植物附生的或根际的。

35.实施方案3或17-34中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞选自：以ATCCPTA-126575保藏的细菌、以ATCC PTA-126576保藏的细菌、以ATCC PTA-126577保藏的细菌、以ATCC PTA-126578保藏的细菌、以ATCC PTA-126579保藏的细菌、以ATCC PTA-126580保藏的细菌、以ATCC PTA-126581保藏的细菌、以ATCC PTA-126582保藏的细菌、以ATCC PTA-126583保藏的细菌、以ATCC PTA-126584保藏的细菌、以ATCC PTA-126585保藏的细菌、以ATCC PTA-126586保藏的细菌、以ATCC PTA-126587保藏的细菌、以ATCC PTA-126588保藏的细菌、以NCMA 201701001保藏的细菌、以NCMA 201701002保藏的细菌、以NCMA 201701003保藏的细菌、以NCMA 201708004保藏的细菌、以NCMA 201708003保藏的细菌、以NCMA201708002保藏的细菌、以NCMA 201708001保藏的细菌、以NCMA 201712001保藏的细菌和以NCMA 201712002保藏的细菌。

36.实施方案3或17-35中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约95％序列同一性的核酸序列。

37.实施方案3或17-35中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约99％序列同一性的核酸序列。

38.实施方案3或17-35中任一项所述的方法，其中所述细菌宿主细胞包含选自SEQID NO:177-260和296-303的核酸序列。

39.一种组合物，其包含：

(a)一个或多个经修饰的细胞，其在其基因组中包含：

(i)天然存在的第一核苷酸序列、第二核苷酸

序列和第三核苷酸序列，和

(ii)天然条形码多核苷酸盒，其包含

从5’至3’取向的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列作为：

(1)所述第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸

序列是正向引物结合位点，

(2)所述第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸

序列是条形码，和

(3)所述第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸

序列是反向引物结合位点，

其中(ii)的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列与(i)的所述天然存在的序列相比，彼此接近程度不同。

40.实施方案39所述的组合物，其中所述条形码对于所述一种或多种经修饰的细胞的不同物种是独特的。

41.实施方案39所述的组合物，其中所述条形码对于所述一种或多种经修饰的细胞的不同菌株是独特的。

42.实施方案39-41中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细胞包括同质细胞群。

43.实施方案39-41中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细胞包括异质细胞群。

44.实施方案43所述的组合物，其中所述异质细胞群包含两种或更多种不同的物种。

45.实施方案43所述的组合物，其中所述异质细胞群包含两种或更多种不同的菌株。

46.实施方案44所述的组合物，其中所述异质细胞群包含每种物种的两种或更多种菌株。

47.实施方案39-46中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。

48.实施方案39-47中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细胞是细菌细胞。

49.实施方案39-48中任一项所述的组合物，其中(1)、(2)或(3)中的至少一项的所述核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA中分离的。

50.实施方案39-49中任一项所述的组合物，其中(1)、(2)或(3)中的至少一项的所述核苷酸序列是16S rDNA或18S rDNA。

51.实施方案39-50中任一项所述的组合物，其中所述引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

52.实施方案39-51中任一项所述的组合物，其中所述经修饰的细胞的基因组中的所述天然存在的第一核苷酸序列和第三核苷酸序列以彼此相同的取向存在。

53.实施方案39-52中任一项的组合物，其中所述天然存在的第一核苷酸序列、第二核苷酸序列或第三核苷酸序列中的至少一种彼此非紧邻地存在于经修饰的细胞的基因组中。

54.实施方案39-53中任一项所述的组合物，其中所述条形码由少于100个核苷酸组成。

55.实施方案39-54中任一项所述的组合物，其中所述引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。

56.实施方案39-55中任一项所述的组合物，其中所述引物结合位点和所述条形码的所述核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

57.实施方案39-56中任一项所述的方法，其中所述条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

58.实施方案57所述的组合物，其中所述条形码的恒定条形码区域在所述一种或多种经修饰的细胞中的每一种中是相同的。

59.实施方案57或58所述的组合物，其中所述条形码的所述可变条形码区域在所述一种或多种经修饰的细胞中的每一种中是不同的，其中只有相同菌株、物种或其它分类区别的细胞才共享所述相同的可变区域。

60.实施方案39-59中任一项所述的组合物，其中在所述一种或多种经修饰的细胞中，所述盒具有在任一取向上的一个或多个终止密码子。

61.实施方案39-60中任一项所述的组合物，其中所述盒存在于所述一种或多种经修饰的细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。

62.实施方案61所述的组合物，其中所述盒存在于所述终止子区与所述两个编码区之一之间。

63.实施方案39-62中任一项所述的组合物，其中所述盒存在于所述一种或多种经修饰的细胞中的每一种的基因组中距复制起点设定的距离。

64.实施方案63所述的组合物，其中距所述复制起点的所述设定距离在所述两种或更多种细胞的每一种中相似或相同。

65.实施方案48所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细菌是转基因的。

66.实施方案48所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细菌是非属间改造细菌。

67.实施方案48所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细菌包括转基因细菌群。

68.实施方案48或66所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰的细菌包括非属间改造细菌群。

69.实施方案66所述的组合物，其中所述非属间改造细菌包括或源自选自表1的细菌。

70.实施方案69所述的组合物，其中所述非属间改造细菌包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，使得所述经修饰的细菌能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

71.实施方案48所述的组合物，其中所述细菌细胞能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

72.实施方案48所述的组合物，其中所述细菌细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到所述固氮或同化基因调控网络的至少一种基因或非编码多核苷酸中。

73.实施方案48或65-72中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含与所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的引入的控制序列。

74.实施方案48或65-73中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含与所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因可操作地连接的异源启动子。

75.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到选自由以下组成的组的成员中：nifA、nifL、ntrB、ntrC、编码谷氨酰胺合成酶的多核苷酸、glnA、glnB、glnK、drat、amtB、编码谷氨酰胺酶的多核苷酸、glnD、glnE、nifJ、nifH、nifD、nifK、nifY、nifE、nifN、nifU、nifS、nifV、nifW、nifZ、nifM、nifF、nifB、nifQ、与固氮酶生物合成相关联的基因，以及其组合。

76.实施方案48或65-75中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含至少一种遗传变异，所述遗传变异被引入到所述固氮或同化基因调控网络的至少一个基因或非编码多核苷酸中，导致以下一项或多项：NifA或谷氨酰胺酶的表达或活性增加；NifL、NtrB、谷氨酰胺合成酶、GlnB、GlnK、DraT、AmtB的表达或活性降低；GlnE的腺苷酰基去除活性降低；以及GlnD的尿苷酰基去除活性降低。

77.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含突变的nifL基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子。

78.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。

79.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌宿主细胞包含突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达。

80.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含以下的至少一种：突变的nifL基因，其包含在所述nifL基因中的异源启动子；突变的glnE基因，其产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白；突变的amtB基因，其导致缺乏所述amtB基因的表达；以及其组合。

81.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含突变的nifL基因和突变的glnE基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白。

82.实施方案48或65-74中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含突变的nifL基因、突变的glnE基因和突变的amtB基因，所述突变的nifL基因包含在所述nifL基因中的异源启动子，所述突变的glnE基因产生缺乏腺苷酰基去除(AR)结构域的截短的GlnE蛋白，所述突变的amtB基因导致缺乏所述amtB基因的表达。

83.实施方案48或65-82中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞选自水生拉恩菌、变栖克雷伯氏菌、精神无色杆菌、马氏无色杆菌、壁微杆菌、中间克吕沃尔菌、假蔗糖科萨克氏菌、肠杆菌属的某个种、产脂固氮螺菌和蔗糖科萨克氏菌。

84.实施方案48或65-83中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞是植物内生的、植物附生的或根际的。

85.实施方案48或65-84中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞选自：以ATCCPTA-126575保藏的细菌、以ATCC PTA-126576保藏的细菌、以ATCC PTA-126577保藏的细菌、以ATCC PTA-126578保藏的细菌、以ATCC PTA-126579保藏的细菌、以ATCC PTA-126580保藏的细菌、以ATCC PTA-126581保藏的细菌、以ATCC PTA-126582保藏的细菌、以ATCC PTA-126583保藏的细菌、以ATCC PTA-126584保藏的细菌、以ATCC PTA-126585保藏的细菌、以ATCC PTA-126586保藏的细菌、以ATCC PTA-126587保藏的细菌、以ATCC PTA-126588保藏的细菌、以NCMA 201701001保藏的细菌、以NCMA 201701002保藏的细菌、以NCMA 201701003保藏的细菌、以NCMA 201708004保藏的细菌、以NCMA 201708003保藏的细菌、以NCMA201708002保藏的细菌、以NCMA 201708001保藏的细菌、以NCMA 201712001保藏的细菌和以NCMA201712002保藏的细菌。

86.实施方案48或65-85中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约95％序列同一性的核酸序列。

87.实施方案48或65-85中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含与选自SEQ ID NO:177-260和296-303的核酸序列共享至少约99％序列同一性的核酸序列。

88.实施方案48或65-85中任一项所述的组合物，其中所述细菌细胞包含选自SEQID NO:177-260和296-303的核酸序列。

89.一种筛选样品中的细胞的方法，所述方法包括：

(a)将天然条形码多核苷酸盒插入

所述两种或更多种细胞的基因组，其中所述盒包含从5’至3’取向的对于所述两种或更多种细胞中的每一种是天然的核苷酸序列作为：

(i)正向引物结合位点，

(ii)对于每种细胞、物种或菌株是独特的条形码，和

(iii)反向引物结合位点；

(b)将所述两种或更多种细胞施加到增殖培养基中；

(c)收集包含所述两种或更多种细胞的增殖培养基样品；以及

(d)通过分析

所述条形码的丰度来确定所述样品中所述两种或更多种细胞的丰度。

90.实施方案89所述的方法，其中步骤(c)还包括裂解所述两种或更多种细胞。

91.实施方案89或90所述的方法，其中所述丰度是相对丰度。

92.实施方案89或90所述的方法，其中所述丰度是绝对丰度。

93.实施方案89-92中任一项所述的方法，其中通过PCR确定所述丰度。

94.实施方案93所述的方法，其中所述PCR选自多重PCR、dPCR、ddPCR和qPCR。

95.实施方案89-94中任一项所述的方法，其中所述增殖培养基选自液体培养基、固体培养基和半固体培养基。

96.实施方案89-94中任一项所述的方法，其中所述增殖培养基是土壤。

97.实施方案96所述的方法，其中所述土壤包含一种或多种植物或植物部分。

98.实施方案97所述的方法，其中所述一种或多种植物或植物部分选自非豆科植物。

99.实施方案98所述的方法，其中所述一种或多种非豆科植物是玉米。

100.实施方案89-99中任一项所述的方法，其中步骤(c)与(d)之间的时间段是足以使两种或更多种细胞至少加倍一次的时间量。

101.实施方案89-100中任一项所述的方法，其中所述正向引物结合位点和/或所述反向引物结合位点在两种或更多种细胞中的每一种中是相同的。

102.实施方案89-101中任一项所述的方法，其中所述正向引物结合位点和/或所述反向引物结合位点的GC含量是至少40％。

103.实施方案89-102中任一项所述的方法，其中所述两种或更多种细胞包括同质细胞群。

104.实施方案89-102中任一项所述的方法，其中所述两种或更多种细胞包括异质细胞群。

105.实施方案104所述的方法，其中所述异质细胞群包含两种或更多种不同的物种。

106.实施方案104所述的方法，其中所述异质细胞群包含两种或更多种不同的菌株。

107.实施方案105所述的方法，其中所述异质细胞群包含每种物种的两种或更多种菌株。

108.实施方案89-107中任一项所述的方法，其中所述两种或更多种细胞选自细菌细胞、真菌细胞、植物细胞、动物细胞、原生动物细胞和昆虫细胞。

109.实施方案108所述的方法，其中所述两种或更多种细菌是细菌细胞。

110.实施例89-109中任一项所述的方法，其中(i)、(ii)或(iii)中的至少一种的所述核苷酸序列是从核糖体DNA或内部转录间隔区(ITS)DNA中分离的。

111.实施方案89-110中任一项所述的方法，其中(i)、(ii)或(iii)中的至少一种的所述核苷酸序列是16S rDNA或18S rDNA。

112.实施方案89-111中任一项所述的方法，其中所述引物结合位点中的至少一个选自8F、27F、CCF、357F、515F、533F、16S.1100.F16、804F、1237F、338R、519R、CDR、806R、907R、1100R、1391R、1392R、1492R(l)和1492R(s)。

113.实施方案89-112中任一项所述的方法，其中所述条形码由少于100个核苷酸组成。

114.实施方案89-113中任一项所述的方法，其中所述引物结合位点中的一个或多个由少于30个核苷酸组成。

115.实施方案89-114中任一项所述的方法，其中所述引物结合位点和所述条形码的所述核苷酸序列共同由少于160个核苷酸组成。

116.实施方案109所述的方法，其中所述两种或更多种细菌是转基因的。

117.实施方案109所述的方法，其中所述两种或更多种细菌是非属间改造细菌。

118.实施方案109所述的方法，其中所述两种或更多种细菌包括转基因细菌群。

119.实施方案109所述的方法，其中所述两种或更多种细菌包括非属间改造细菌群。

120.实施方案117所述的方法，其中所述非属间改造细菌包括或源自选自表1的细菌。

121.实施方案109或116-120中任一项所述的方法，其中所述两种或更多种细菌能够在外源氮存在的情况下固定大气氮。

122.实施方案89-121中任一项所述的方法，其中所述条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

123.实施方案122所述的方法，其中插入所述两种或更多种细胞中的每一种中的所述条形码的恒定条形码区域在所述两种或更多种细胞中的每一种中是相同的。

124.实施方案122或123所述的方法，其中插入所述两种或更多种细胞中的每一种中的所述条形码的可变条形码区域是不同的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的细胞才共享所述相同的可变区域。

125.实施方案89-124中任一项所述的方法，其中将所述盒插入所述两种或更多种细胞的基因组中在所述两种或更多种细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。

126.实施方案89-125中任一项所述的方法，其中所述盒存在于所述两种或更多种细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。

127.实施方案126所述的方法，其中所述盒存在于所述终止子区与所述两个编码区之一之间。

128.实施方案89-127中任一项所述的方法，其中所述盒存在于所述两种或更多种细胞中的每一种的基因组中距复制起点设定的距离。

129.实施方案128所述的组合物，其中距所述复制起点的所述设定距离在所述两种或更多种细胞的每一种中相似或相同。

130.一种对宿主细胞群进行条形码编码的方法，所述方法包括：

(a)获得供体细胞；

(b)选择并分离所述供体细胞的基因组中的第一核苷酸序列，

选择并分离所述供体细胞的基因组中的第二核苷酸序列，以及选择并分离所述供体细胞的基因组中的第三核苷酸序列；

(c)创建天然条形码多核苷酸盒，其包含

从5’至3’取向的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列作为：

(i)所述第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸序列是正向引物结合位点，

(ii)所述第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸序列是条形码，和

(iii)所述第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸序列是反向引物结合位点；

(d)将所述天然条形码多核苷酸盒插入

与(a)中的所述供体细胞为同一属的宿主细胞的基因组中；以及

(e)每次用所述同一属的不同宿主细胞重复(d)一次或多次；

其中(i)、(ii)和(iii)的所述核苷酸序列对于所述宿主细胞是天然的，由此对宿主细胞群进行条形码编码。

131.实施方案130所述的方法，其中所述宿主细胞群共享共同的物种。

132.实施方案130所述的方法，其中(e)的所述不同宿主细胞中的每一种属于不同的菌株。

133.实施方案130所述的方法，其中(e)的所述不同宿主细胞中的每一种属于不同物种。

134.实施方案130-133中任一项所述的方法，其中所述条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

135.实施方案134所述的方法，其中插入所述宿主细胞群的每种宿主细胞中的条形码的所述恒定条形码区域在所述宿主细胞中的每一种中是相同的。

136.实施方案134或135所述的方法，其中插入所述宿主细胞群的每种宿主细胞中的条形码的可变条形码区域是不同的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的宿主细胞才共享相同的可变区域。

137.实施方案130-136中任一项所述的方法，其中将所述盒插入所述宿主细胞的基因组中在所述宿主细胞中引入在任一取向上的一个或多个终止密码子。

138.实施方案130-137中任一项所述的方法，其中所述盒存在于所述宿主细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。

139.实施方案138所述的方法，其中所述盒存在于所述终止子区与所述两个编码区之一之间。

140.实施方案130-139中任一项所述的方法，其中所述盒存在于所述宿主细胞的基因组中距复制起点设定的距离。

141.如实施方案140所述的方法，其中距所述复制起点的所述设定距离在所述宿主细胞群的每种宿主细胞中相似或相同。

142.一种组合物，其包含：

(a)经修饰的细胞群，其在其基因组中包含：

(i)天然存在的第一核苷酸序列、第二核苷酸

序列和第三核苷酸序列，和

(ii)天然条形码多核苷酸盒，其包含

从5’至3’取向的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列作为：

(1)所述第一核苷酸序列，其中所述第一核苷酸

序列是正向引物结合位点，

(2)所述第二核苷酸序列，其中所述第二核苷酸

序列是条形码，和

(3)所述第三核苷酸序列，其中所述第三核苷酸

序列是反向引物结合位点，

其中(ii)的所述第一核苷酸序列、所述第二核苷酸序列和所述第三核苷酸序列与(i)的所述天然存在的序列相比，彼此接近程度不同。

143.实施方案142所述的组合物，其中所述经修饰的细胞群共享共同的物种。

144.实施方案142所述的组合物，其中所述经修饰的细胞群包含不止一种物种。

145.实施方案144所述的组合物，其中所述经修饰的细胞群包含每种物种的不止一种菌株。

146.实施方案142-145中任一项所述的组合物，其中所述条形码包含恒定条形码区域和可变条形码区域。

147.实施方案146所述的组合物，其中所述恒定条形码区域在所述经修饰的细胞中的每一种中是相同的。

148.实施方案146或147所述的组合物，其中所述经修饰的细胞群中的所述可变条形码区域不是保守的，只有相同菌株、物种或其它分类区别的经修饰的细胞才共享所述相同的可变区。

149.实施方案142-148中任一项所述的组合物，其中由于所述盒的存在，所述经修饰的细胞群包含所述经修饰的细胞中的任一取向上的一个或多个终止密码子。

150.实施方案142-149中任一项所述的组合物，其中所述盒存在于所述宿主细胞的基因组中由终止子区分隔的两个编码区之间。

151.实施方案150所述的组合物，其中所述盒存在于所述终止子区与所述两个编码区之一之间。

152.实施方案142-151中任一项所述的组合物，其中所述盒存在于所述宿主细胞的基因组中距复制起点设定的距离。

153.如实施方案152所述的组合物，其中距所述复制起点的所述设定距离在所述经修饰的细胞群的每种经修饰的细胞中相似或相同。

通过引用并入

本文引用的所有参考文献、论文、出版物、专利、专利公布和专利申请出于所有目的通过引用以其整体并入。然而，对本文所引用的任何参考文献、论文、出版物、专利、专利公布和专利申请的提及，并不被视为，也不应被视为对它们构成有效的现有技术或形成世界上任何国家的公知常识的一部分的承认或任何形式的建议。另外，2018年5月22日发布的名称为Methods and Compositions for Improving Plant Traits的美国专利第9,975,817号据此通过引用并入。另外，2018年1月12日提交的名称为Methods and Compositionsfor Improving Plant Traits的PCT/US2018/013671(于2018年7月19日作为WO2018132774A1公布)据此通过引入并入。另外，2019年7月11日提交的名称为Temporallyand Spatially Targeted Dynamic Nitrogen Delivery by Remodeled Microbes的PCT/US2019/041429据此通过引入并入。

序列表

<110> 皮沃特生物股份有限公司(PIVOT BIO, INC.)

<120> 使用天然微生物条形码的植物定殖测定

<130> PIVO-012/02WO 316309-2055

<150> US 62/906,419

<151> 2019-09-26

<150> US 62/789,332

<151> 2019-01-07

<160> 443

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 9

<212> PRT

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> "LAGLIDADG"家族肽基序序列

<400> 1

Leu Ala Gly Leu Ile Asp Ala Asp Gly

1 5

<210> 2

<211> 90

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成寡核苷酸

<400> 2

gttgatcaga ccgatgttcg gaccttccaa ggtttcgatc ggacatacgc gaccgtagtg 60

ggtcgggtgt acgtctcgaa cttcaaagcc 90

<210> 3

<211> 257

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 3

gcctctcggg gcgctttttt ttattccggc actagccgct attaataaaa atgcaaatcg 60

gaatttacta tttaacgcga gattatctaa gatgaatccg atggaagcgc gctgttttca 120

ctcgcctttt taaagttacg tgatgatttc gatgcttctt tgagcgaacg atcaaaaata 180

agcgtattca ggtaaaaaaa tattctcatc acaaaaaagt ttgtgtaata cttgtaacgc 240

tacatggaga ttaactc 257

<210> 4

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 4

ggttcacata aacataatta tcgccacggc gatagccgta cgctttttgc gtcacaacat 60

ccatggtgaa gccggctttt tcaagaacac gcgccacctc atcgggtctt aaatacatac 120

tcattcctca ttatctttta ccgcacgtta accttacctt attcattaaa ggcaacgctt 180

tcggaatatt ccataaaggg ctatttacag cataattcaa aatcttgtcc tacacttata 240

gactcaatgg aattaaggga 260

<210> 5

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 5

gcgcggaaaa tcgacgcata gcgcattctc agaagccggc ctggtctcgg tggaaaagcg 60

aatctttccc acgaccgccg ggcctttaac aaaagaatca atgacctgat taatgtcgct 120

atccattctc tctccgcgta atgcgatctt ttttcatcat acctaacaaa ctggcagagg 180

gaaaagccgc gcggtttttc tgcgaagtgt attgtaagat ttgtttgata tgttatatcg 240

taacatatta ttgcaaacat 260

<210> 6

<211> 259

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 6

ctgacgaagc gagttacatc accggtgaaa ctctgcacgt caacggcgga atgtatatgg 60

tctgaccgag atttgcgcaa aacgctcagg aaccgcgcag tctgtgcggt tcactgtaat 120

gttttgtaca aaatgatttg cgttatgagg gcaaacagcc gcaaaatagc gtaaaatcgt 180

ggtaagacct gccgggattt agttgcaaat ttttcaacat tttatacact acgaaaacca 240

tcgcgaaagc gagttttga 259

<210> 7

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 7

acgcctgggg cgccgaccag cgggaagagt gatttggcca acgaggcgcc gctctgaatg 60

gaaatcatgg cgattaaaat aaccagtatc ggcaaccatg ccggtacctt acgagacgag 120

ccgggcatcc tttctcctgt caattttgtc aaatgcggta aaggttccag tgtaattgaa 180

ttaccccgcg ccggttgagc taatgttgaa aaaaagggtc ttaaaagcag tacaataggg 240

cgggtctgaa gataatttca 260

<210> 8

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 8

tctgattcct gatgaaaata aacgcgacct tgaagaaatt ccggataacg ttatcgccga 60

tttagatatc catccggtga aacgaatcga ggaagttctg gcacttgcgc tacagaacga 120

accgtttgga atggaagtcg tcacggcaaa atagtgattt cgcgcaaata gcgctaagaa 180

aaatagggct ggtaagtaaa ttcgtacttg ccagcctttt tttgtgtagc taacttagat 240

cgctggcagg ggggtcaatt 260

<210> 9

<211> 259

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 9

gtaagaaagt cggcctgcgt aaagcacgtc gtcgtcctca gttctccaaa cgttaattgt 60

tttctgctca cgcagaacaa tttgcgaaaa aacccgcttc ggcgggtttt tttatggata 120

aatttgccat tttccctcta caaacgcccc attgttacca ctttttcagc atttccagaa 180

tcccctcacc acaacgtctt caaaatctgg taaactatca tccaattttc tgcccaaatg 240

caggtgattg ttcattttt 259

<210> 10

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 10

gtcaaagccg tattatcgac cccttaggga caacgcttgc cggggcggga gagcggccgc 60

agttgatttt tgccgaactt tcagctgatt atattcagca ggtacgcgag cgcctgccgg 120

tgttgcgcaa tcgccgcttt gcgccaccgc aattattatg acgttttttt aaacaaggct 180

tgattcacct tgttacagat tgctattgtg tccgcgcgtc aaatagccgt taattgtatg 240

cgtgtatgat ggcgtattcg 260

<210> 11

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 11

gaggcggtgg ttgaccgtat cggtcccgag catcatgagc tttcggggcg agcgaaagat 60

atgggatcgg cggcggtact gctggcgatt atcatcgcgc tgatcgcgtg gggaacgctg 120

ctgtgggcga actaccgcta agtcttgtcg tagctgctcg caaaacggaa agaaactcct 180

gatttttgtg tgaaatgtgg ttccaaaatc accgttagct gtatatactc acagcataac 240

tgtatataca cccagggggc 260

<210> 12

<211> 260

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 12

taagaaaagc ggcctgtacg aagacggcgt acgtaaagac aggctggata acgacgatat 60

gatcgatcag ctggaagcgc gtattcgcgc taaagcatcg atgctggatg aggcgcgtcg 120

tatcgatatc cagcaggttg aagcgaaata acgtgttggg aagcgatacg cttcccgtgt 180

atgattgaac ctgcgggcgc gaggcgccgg ggttcatttt tgtatatata aagagaataa 240

acgtggcaaa gaacattcaa 260

<210> 13

<211> 237

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 13

atgaatcgta ctaaactggt actgggcgcg gtaatcctgg gttctactct gctggctggt 60

tgctccagca atgctaaaat cgatcagctg tcttctgacg ttcagactct gaacgctaaa 120

gttgaccagc tgagcaacga cgtgaacgca atgcgttccg acgttcaggc tgctaaagat 180

gacgcagctc gcgctaacca gcgtctggac aacgcagcta ctaaataccg taagtaa 237

<210> 14

<211> 327

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 14

atggccaacc gagcaaaccg caacaacgta gaagagagcg ctgaagatat ccataacgat 60

gtcagccaat tagcggatac gctggaagag gtgctgaaat cgtggggcag cgacgccaaa 120

gacgaagcgg aggccgcgcg caaaaaagcg caggcgctgc tgaaagagac ccgcgcccgg 180

cttaacggca acaaccgcgt ccagcaggcg gcgtgcgacg ccatgggctg cgctgacagc 240

tacgtgcgcg acaaaccgtg gcaaagcgtc ggcgccgcag cagccgttgg ggtatttatt 300

ggcgtattac tgaatttacg tcgataa 327

<210> 15

<211> 648

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 15

atgaccaaaa agatttccgc cctagcgttt ggcattggca tggtaatggc gagcagccag 60

gcttttgccc acggtcacca tagtcatggc ccggcgctga ccgaagcgga acaaaaggcg 120

agtgaaggca tttttgctga ccaggacgta aaggacaggg cgctgagcga ctgggagggg 180

atctggcagt cggttaaccc ctatctgctg aacggggatt tagatccggt tctggagcag 240

aaggccaaaa aggccggtaa aagcgtggcg gaatatcggg aatattataa gaagggctac 300

gctaccgatg tcgaccagat tggtatcgag gataacgtca tggagtttca cgtcgggaaa 360

accgtcaacg cctgtaagta cagctattcc ggttacaaaa ttctgaccta cgcatccggt 420

aaaaaaggcg tgcgctacct gttcgaatgc cagcaggcgg attcaaaagc gccgaagttt 480

gttcagttta gcgatcacac catcgcgcca cgcaagtccc agcatttcca catctttatg 540

ggcaatgagt cccaggaagc gctgctgaaa gagatggata actggccaac ctactatcct 600

tatgcgctgc ataaagagca gattgtcgac gaaatgctgc accactaa 648

<210> 16

<211> 237

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 16

atgagcacta tcgaagaacg cgttaagaaa attatcggcg aacagctggg cgttaagcag 60

gaagaagtta ccaacaatgc ttccttcgtt gaagacctgg gcgctgattc tcttgacacc 120

gttgagctgg taatggctct ggaagaagag tttgatactg agattccgga cgaagaagct 180

gagaaaatca ctactgttca ggctgccatt gattacatca acggccacca ggcgtaa 237

<210> 17

<211> 513

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 17

atgaataaaa ttgcacgttt ttcagcactg gccgttgttc tggctgcatc cgtaggtacc 60

actgctttcg ctgcgacttc taccgttacc ggtggctacg cgcagagcga catgcagggt 120

gaagcgaaca aagctggcgg tttcaacctg aagtaccgct acgagcaaga caacaacccg 180

ctgggtgtta tcggttcttt cacctacacc gaaaaagatc gttctgaatc tggcgtttac 240

aaaaaaggcc agtactacgg catcaccgca ggtccggctt accgtctgaa cgactgggct 300

agcatctacg gcgtagtggg tgttggttac ggtaaattcc aggacaacag ctacccgaac 360

aaatctgata tgagcgacta cggtttctct tacggcgctg gtctgcagtt caacccgatc 420

gaaaacgttg ccctggactt ctcctacgag cagtctcgca ttcgtaacgt tgacgttggc 480

acctggattg ctggcgtagg ttaccgcttc taa 513

<210> 18

<211> 273

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 18

gtgaataaat ctcaactgat tgacaaaatt gctgccggtg cggacatttc taaagccgca 60

gctggacgtg cgttagatgc tttaatcgct tctgttactg aatctctgca ggctggagat 120

gacgttgcgc tggtagggtt tggtactttt gctgttaaag agcgcgctgc ccgtactggt 180

cgcaatccgc aaacaggcaa agaaatcacc attgctgctg ctaaagttcc gggtttccgc 240

gcaggtaaag cgctgaaaga cgcggtaaac tga 273

<210> 19

<211> 639

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 19

atggctgtcg ctgccaacaa acgttcggta atgacgctgt tttctggtcc tactgacatc 60

tatagccatc aggtccgcat cgtgctggcc gaaaaaggtg ttagttttga gatagagcac 120

gtggagaagg acaacccgcc tcaggatctg attgacctca acccgaatca aagcgtaccg 180

acgcttgtgg atcgtgagct cactctgtgg gaatctcgca tcattatgga atatctggat 240

gagcgtttcc cgcatccgcc gctcatgccg gtttacccgg tggcgcgtgg ggaaagccgt 300

ctgtatatgc agcgtatcga aaaggactgg tattcgttga tgaataccat tcagaccggt 360

accgctgcgc aggctgatac tgcgcgtaag cagctgcgtg aagaactaca ggcgattgcg 420

ccagttttca cccagaagcc ctacttcctg agcgatgagt tcagcctggt ggactgctac 480

ctggcaccac tgctgtggcg tctgccggtt ctcggcgtag agctggtcgg cgctggcgcg 540

aaagagctta aaggctatat gactcgcgta tttgagcgcg actctttcct cgcttcttta 600

actgaagccg aacgtgaaat gcgtctcggt cggggctaa 639

<210> 20

<211> 204

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 20

atgggtgaga ttagtattac caaactgctg gtagtcgcag cgctgattat cctggtgttt 60

ggtaccaaaa agttacgcac gctgggtgga gacctgggct cggctatcaa aggctttaaa 120

aaagccatga gcgatgacga tgacagtgcg aagaagacca gtgctgaaga agcgccggca 180

cagaagctct ctcataaaga gtaa 204

<210> 21

<211> 609

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 21

atgaaagcgt taacgaccag gcagcaagag gtgtttgatc tcattcggga tcatatcagc 60

cagacgggca tgccgccgac gcgtgcggag attgctcagc gcttggggtt tcgctcccca 120

aacgcggcgg aagagcatct gaaagcgctg gcgcgtaaag gcgcaatcga gatcgtttcc 180

ggcgcctccc gcggtattcg tctgctgacg gaagaagaaa ccggtctgcc gcttattggc 240

cgcgtcgcgg caggtgagcc gctgctagcg cagcagcaca ttgaaggcca ctaccaggtg 300

gacccggcca tgtttaagcc gaacgccgat tttctgctgc gtgttagcgg tatgtcgatg 360

aaggatatcg gtattctcga tggcgacctg ctggctgtcc ataaaacgca ggatgtgcgc 420

aatggtcagg tggttgtggc gcgtatcgac gaagaagtga ccgtgaagcg tctgaaaaaa 480

cagggtaacg tcgtggaatt gctgccggaa aacagcgaat tctcgccgat cgtggtcgac 540

cttcgcgaac aaagctttac tattgaaggc ctggccgtcg gcgttatccg caacggcaac 600

tggcaataa 609

<210> 22

<211> 1245

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 22

atgaacgatt atctgccggg cgaaaccgct ctctggcagc gcattgaagg ctcactgaag 60

caggtgcttg gtagctacgg ttacagcgaa atccgtttgc cgattgtaga gcagaccccg 120

ttattcaaac gcgctatcgg cgaagtgacc gacgtggttg aaaaagagat gtacaccttt 180

gaggaccgta acggcgatag cctgactcta cgtccggaag gcacggctgg ctgcgtacgc 240

gccggtatcg aacatggtct cctgtacaat caagaacagc gcctgtggta cattgggccg 300

atgttccgcc acgaacgtcc gcaaaaaggc cgctaccgtc agttccacca gattggcgcc 360

gaagcgtttg gcctgcaggg gccggatatc gatgccgagc tgattatgct gaccgcccgc 420

tggtggcgcg agctgggcat ctccggccac gttgcgctgg agctgaactc tatcggttcg 480

ctggaggctc gcgctaacta tcgcgacgcg ctggtggcct atcttgagca gtttaaagat 540

aagctggacg aagactgcaa acgccgcatg tacaccaacc cgctgcgcgt gctggattct 600

aaaaacccgg acgtccaggc gctgctgaac gacgccccga cgctgggcga ctatcttgat 660

gaagagtcca aaacgcattt tgccgggctg tgcgcgctgc tggatgatgc cggtattcgc 720

tataccgtga atcagcgtct ggtacgcggt ctcgactact acaaccgcac cgtgtttgag 780

tgggtcacca ccagcctcgg ttcccagggc accgtctgcg ccggaggccg ttacgatggt 840

ctggttgagc agcttggcgg tcgcgctacc cctggcgtcg gctttgcgat ggggctggaa 900

cgtcttgttt tactggttca ggcagtgaat ccggaattta aagccgatcc tgttgtcgat 960

atatacctgg tagcctccgg aactgacacc cagtccgcag caatgcgtct ggctgaacag 1020

gtacgcgatg cgttacccgg cgttaagctg atgaccaacc atggcggcgg caactttaag 1080

aagcagtttg cgcgcgctga taaatggggc gctcgcgttg cgctggtgct gggcgaatca 1140

gaaatcgccg acggaaacgt ggtagtgaaa gatttacgct caggtgagca aactaccgta 1200

acgcaggata gcgttgctgc gcatttgcgc acacttctgg gttaa 1245

<210> 23

<211> 1413

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 23

atgaaaaaga ccaaaattgt ttgcaccatc ggtccgaaaa ccgaatccga agagatgttg 60

accaaaatgc tggacgcggg catgaacgtt atgcgtctga acttctctca cggtgactat 120

gcggaacacg gtcagcgcat ccagaatctg cgcaatgtga tgagtaaaac cggtaagaaa 180

gcggcaatcc tgctggacac caaaggtccg gaaatccgta ccattaagct ggaaggcggc 240

aacgacgtct ccctgaaagc gggccagacc ttcaccttca ccaccgataa atccgttgtc 300

ggtaataacg aaatcgttgc ggtgacctat gaaggcttca ccagcgacct gagcgttggc 360

aacacggtac tggttgacga tggtctgatc ggtatggaag tgaccgctat cgaaggcaac 420

aaagttgttt gtaaagtgct gaacaacggc gacctcggcg agaacaaagg cgttaacctg 480

ccgggcgtat ctatcgcgct gccggcgctg gctgaaaaag acaaacagga tctgatcttc 540

ggttgcgaac agggcgttga ctttgttgcg gcatccttta tccgtaagcg ttctgacgtt 600

gttgaaatcc gtgagcacct gaaagcccac ggcggcgaga agatccagat catctccaaa 660

atcgaaaacc aggaaggcct gaacaacttc gacgaaatcc tcgaagcctc tgacggcatc 720

atggtagccc gtggcgacct gggcgttgaa atcccggttg aagaagttat cttcgcgcag 780

aagatgatga tcgagaaatg tatccgcgcg cgtaaagtcg ttatcaccgc gacccagatg 840

ctggattcca tgatcaaaaa cccgcgtccg acccgtgcgg aagcaggcga cgtggccaac 900

gccatcctcg acggcaccga cgcagttatg ctgtccggcg aatccgcgaa aggtaaatac 960

ccgctggaag cggtcaccat catggcgacc atctgcgaac gtaccgaccg cgtcatgacc 1020

agccgtcttg agtacaacaa cgacaaccgt aagctgcgca tcaccgaagc ggtgtgccgc 1080

ggtgcggtag aaacggctga aaaactggaa gcgccgctga tcgttgtggc aacccagggc 1140

ggtaaatccg cgcgcgccgt acgtaaatac ttcccggatg ccactatcct ggcgctgacc 1200

accaacgaaa ccaccgcgcg tcagctggtg ctgagcaaag gcgttgtggc acagctggtt 1260

gaagatatct cctctaccga tgcgttctac atccagggta aagaactggc gctgcagagc 1320

ggtctggcgc gtaaaggcga cgtggttgtt atggtttccg gcgcgttagt cccgagcgga 1380

accaccaata ccgcttccgt gcacgtgctg taa 1413

<210> 24

<211> 351

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 24

atgtatttaa gacccgatga ggtggcgcgt gttcttgaaa aagccggctt caccatggat 60

gttgtgacgc aaaaagcgta cggctatcgc cgtggcgata attatgttta tgtgaaccgt 120

gaagctcgta tggggcgtac cgcgttaatt attcatccgg ctttaaaaga gcgcagcaca 180

acgcttgcgg agcccgcgtc ggatatcaaa acctgcgatc attatgagca gttcccgctc 240

tatttagcgg gggatgctca acagcattat ggtattccac acgggttcag ttcgcgaatg 300

gcgcttgagc gttttctgag tggcctgttt ggcgaaacgc agtatagctg a 351

<210> 25

<211> 864

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 25

atggatagcg acattaatca ggtcattgat tcttttgtta aaggcccggc ggtcgtggga 60

aagattcgct tttccaccga gaccaggccg gcttctgaga atgcgctatg cgtcgatttt 120

ccgcgcctcg aaatcatgct tgcgggtcag cttcacgatc cggcgattaa agccgatcgc 180

gcccagctca tgccgcacga tgtgctgtat attcccgctg gcggatggaa tgacccgcaa 240

tggctggcgc cctccactct gctcactatc ttatttggta aacagcagct ggaattcgtc 300

ctgcgccact gggacggcag cgcgcttaac gtgctggata aacagcaggt tccgcgccgc 360

ggtccccggg tcggctcttt tctgctgcag gcgctgaatg aaatgcagat gcagccgcgg 420

gagcagcaca cggcccgctt tattgtcacc agcctgctca gccactgtgc cgatctgctg 480

ggcagccagg tacaaacctc atcgcgcagc caggcgcttt ttgaagcgat tcgtaagcat 540

attgacgccc actttgccga cccgttaacc cgggagtcgg tggcgcaggc gttttacctc 600

tcgccaaact atctatccca cctgttccag aaatgcgggc caatgggctt taacgagtat 660

ctgaatcaca tccgcctgga gcaggccaga atgctgttaa aaggccacga tatgaaagtg 720

aaagatatcg cccacgcctg cggtttcgcc gacagcaact acttctgccg cctgtttcgc 780

aaaaacaccg aacgctcgcc gtcggagtat cgccgtcaat atcacagcca gctgacggaa 840

aaaacagccc cggcaaaaaa ctag 864

<210> 26

<211> 735

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 26

atgagttttg aaggaaaaat cgcgctggtt accggtgcaa gtcgcgggat tggccgcgca 60

atcgctgaaa cgctcgttgc ccgtggcgcg aaagttatcg ggactgcgac cagcgaaagc 120

ggcgcgcagg cgatcagcga ttatttaggt gctaacggta aaggtctgct gctgaatgtg 180

accgatcctg catctattga atctgttctg ggaaatattc gcgcagaatt tggtgaagtt 240

gatatcctgg tgaacaatgc cgggatcact cgtgataacc tgttaatgcg catgaaagat 300

gatgagtgga acgatattat cgaaaccaac ctgtcatctg ttttccgtct gtcaaaagcg 360

gtaatgcgcg ctatgatgaa aaagcgtcat ggacgtatta tcactatcgg ttctgtggtt 420

ggtaccatgg gaaatgcggg tcaggccaac tacgctgcgg cgaaagcggg tctgattggc 480

ttcagtaaat cactggctcg cgaagttgcg tcccgcggta ttactgtaaa cgttgttgct 540

ccgggcttta ttgaaacgga catgacgcgt gcgctgaccg atgagcagcg tgcgggtacg 600

ctggcggcag ttcctgcggg gcgcctcggc tctccaaatg aaatcgccag tgcggtggca 660

tttttagcct ctgacgaagc gagttacatc accggtgaaa ctctgcacgt caacggcgga 720

atgtatatgg tctga 735

<210> 27

<211> 71

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成寡核苷酸

<400> 27

atgcccggct cgtctcgtaa ggtaccggca tggttgccga tactggttat tttaatcgcc 60

atgatttcca t 71

<210> 28

<211> 2355

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 28

atgaatcctg agcgttctga acgcattgaa atccccgtat tgccgttgcg cgatgtggtg 60

gtttatccgc acatggtcat acccctgttt gtagggcggg aaaaatctat ccgttgtctc 120

gaagcagcca tggaccatga taaaaaaatc atgctggttg cgcagaaaga agcctcgacg 180

gatgagccgg gtgtaaacga tcttttcacc gtcgggaccg tggcgtctat tttgcaaatg 240

ctgaagctac cggacggtac tgttaaagtg ctggtcgaag gtttgcagcg cgcgcgcatc 300

tctgcgctgt ctgataatgg cgaacatttt tcggcgaagg cggaatacct tgaatcgccg 360

gcgattgacg aacgcgagca ggaagtgctg gttcgtaccg ctatcagcca gtttgaaggc 420

tacatcaagc tgaacaaaaa aatccctccg gaagtgctga cgtcgctgaa tagcatcgac 480

gatccggcgc gtctggcgga taccatcgct gcgcatatgc cgctgaagct ggcggacaaa 540

cagtccgtgc tggagatgtc cgacgttaac gagcgtctgg aatatctgat ggcgatgatg 600

gagtcggaaa tcgatctgct gcaggtggag aagcgtattc gcaaccgcgt gaaaaagcag 660

atggagaaat ctcagcgcga gtactatctg aatgagcaaa tgaaagccat tcaaaaagag 720

ctcggcgaga tggacgacgc cccggacgag aacgaagcgc tgaagcgtaa gatcgacgcg 780

gcgaaaatgc cgaaagaggc aaaagagaaa accgaagcgg aactgcaaaa actgaaaatg 840

atgtccccga tgtcggcgga agcgaccgtc gttcgcggct acatcgactg gatggtgcag 900

gtaccgtgga acgctcgcag caaggttaaa aaagacctgc gtcaggctca ggagatcctc 960

gataccgatc actacggcct tgagcgcgtg aaggatcgca ttcttgagta cctcgcggtg 1020

cagagccgtg ttaacaagct caaagggccg atcctgtgcc tggttgggcc tccgggggta 1080

ggtaaaacct ctctcggcca atccatcgcc aaagcaactg gacgcaaata tgtgcgtatg 1140

gcgctgggcg gcgtgcgtga tgaagcggaa atccgcggtc accgccgtac ctatattggc 1200

tcaatgccgg gcaaactgat ccagaaaatg gctaaagtgg gcgttaaaaa cccgctgttc 1260

ttgctggatg agatcgacaa gatgtcttct gacatgcgcg gcgatccggc ctcggcgctg 1320

ctggaggtgt tggatccgga acagaacgtg gcctttaacg accactatct ggaagtggat 1380

tacgatctca gcgacgtgat gttcgttgcg acctctaact ccatgaacat cccggcgccg 1440

ctgctggatc gtatggaagt gatccgcctc tccggctata ccgaagatga gaagctaaac 1500

atcgccaaac gccatctgct gtcaaaacag attgagcgta acgcgctcaa gaaaggcgag 1560

ctgacggtgg atgacagcgc gattatcggc atcattcgct actacacccg tgaagcaggc 1620

gtgcgtggtc tggagcgtga aatctcgaaa ctgtgccgca aagcggtgaa acagctgctg 1680

ctggataagt cgctgaaaca catcgagatt aacggcgaca acctgcacga tttccttggc 1740

gtgcagcgct acgactatgg tcgtgcggat agcgaaaacc gcgtaggtca ggtgaccgga 1800

ctggcgtgga cggaagtggg cggcgatctg ctgaccattg aaaccgcctg cgttccgggt 1860

aaaggcaaac tgacctacac cggttcactg ggtgaagtca tgcaggaatc catccaggcg 1920

gcgctgacgg tggttcgttc acgtgcggat aagctgggta ttaactcaga cttttacgaa 1980

aaacgtgata ttcacgttca cgtgccggaa ggcgcgacgc cgaaggatgg tccaagcgcc 2040

ggtatcgcga tgtgcaccgc gctggtttcc tgtctgacgg gtaatccggt acgcgccgac 2100

gtggcgatga ccggtgagat taccctccgt ggccaggtat tgccgattgg tggtctgaag 2160

gaaaaactgt tggccgcgca tcgcggcggc attaagactg ttctgattcc tgatgaaaat 2220

aaacgcgacc ttgaagaaat tccggataac gttatcgccg atttagatat ccatccggtg 2280

aaacgaatcg aggaagttct ggcacttgcg ctacagaacg aaccgtttgg aatggaagtc 2340

gtcacggcaa aatag 2355

<210> 29

<211> 393

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 29

atggctgaaa atcaatacta cggcaccggt cgccgcaaaa gttccgcagc tcgcgttttc 60

atcaaaccgg gcaacggtaa aatcgttatc aaccagcgtt ctctggaaca gtacttcggt 120

cgtgaaactg cccgcatggt agttcgtcag ccgctggaac tggtcgacat ggttgagaaa 180

ttagatctgt acatcaccgt taaaggtggt ggtatctctg gtcaggctgg tgcgatccgt 240

cacggtatca cccgcgctct gatggagtac gacgagtccc tgcgtggcga actgcgtaaa 300

gctggtttcg ttactcgtga tgctcgtcag gttgaacgta agaaagtcgg cctgcgtaaa 360

gcacgtcgtc gtcctcagtt ctccaaacgt taa 393

<210> 30

<211> 789

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 30

atgtttgttg ctgccggaca atttgccgta acgccggact ggacgggaaa cgcgcagacc 60

tgcgtcagca tgatgcgcca ggccgcggag cggggggcgt cgcttctggt tctgcctgag 120

gcgttgctgg cgcgagacga taacgatgcg gatttatcgg ttaaatccgc ccagcagctg 180

gatggcggct tcttacagct cttgctggcg gagagcgaaa acagcgcttt gacgacggtg 240

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gaatccaggc tggtcgatgc cgggcggcaa attccgccgc tgatcgaagt cgacgggatg 420

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ctcagcggcg cgcagctcat agtgttgcct gccgcgtggg taaaagggcc gctgaaggaa 540

catcactggg cgacgctgct ggcggcgcgg gcgctggata caacctgcta tattgtcgcc 600

gcaggagagt gcgggacgcg taatatcggt caaagccgta ttatcgaccc cttagggaca 660

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attcagcagg tacgcgagcg cctgccggtg ttgcgcaatc gccgctttgc gccaccgcaa 780

ttattatga 789

<210> 31

<211> 369

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 31

atggccaata ataccactgg gttaacccga attattaaag cggccgggta ttcctggaaa 60

ggattccgtg cggcgtgggt caatgaggcc gcatttcgtc aggaaggcat cgcggccgtt 120

attgccgtgg cgatcgcctg ctggttggac gtcgatgcca tcacgcgggt gctgctcatt 180

agctcggtcc tgttagtgat gatagttgaa attatcaata gcgcgattga ggcggtggtt 240

gaccgtatcg gtcccgagca tcatgagctt tcggggcgag cgaaagatat gggatcggcg 300

gcggtactgc tggcgattat catcgcgctg atcgcgtggg gaacgctgct gtgggcgaac 360

taccgctaa 369

<210> 32

<211> 1122

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 32

atgcataacc aggctccgat tcaacgtaga aaatcaaaac gaatttacgt tgggaatgtg 60

ccgattggcg atggcgcccc catcgccgta cagtcgatga caaacacgcg caccaccgat 120

gtggcggcga cggtaaatca aattaaagcc ctcgagcgcg ttggcgcgga tatcgtgcgc 180

gtttcggtgc cgacgatgga tgcggcggaa gcgttcaaac ttatcaaaca gcaggttaac 240

gtcccgctgg ttgccgatat ccacttcgat taccgcattg cgctgaaggt agcggaatac 300

ggcgttgatt gcctgcgtat taacccgggc aatatcggca acgaagagcg tatccgcatg 360

gtggtggact gcgctcgcga taaaaatatt cctatccgta tcggggtaaa cgccggttct 420

ctggaaaaag atctccagga aaaatacggc gaaccgactc cgcaggcgct gctggaatcg 480

gcaatgcgcc atgttgatca tctcgatcgt ctcaacttcg atcagtttaa agtcagcgta 540

aaagcctccg atgtgttcct cgcggttgaa tcctatcgcc tgttggcgaa acagatcgat 600

cagcctctgc acctcgggat caccgaagcg ggcggcgcgc gcagcggcgc ggtgaagtcc 660

gcgatcggcc tcggcctgct gctgtctgaa gggattggcg atacgctgcg cgtctctctg 720

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cgctctcgcg ggatcaactt tattgcctgc ccgacctgtt cacgtcagga gtttgacgtt 840

atcggtaccg ttaacgcgct ggagcagcgc ctggaagata tcattacgcc gatggatatt 900

tcgatcattg gctgcgtggt aaacggtccc ggcgaggcgc tggtttccac cctcggcgta 960

accggcggca ataagaaaag cggcctgtac gaagacggcg tacgtaaaga caggctggat 1020

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gaggcgcgtc gtatcgatat ccagcaggtt gaagcgaaat aa 1122

<210> 33

<211> 876

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 33

atgagccata ttcaacggga aacgtcttgc tccaggccgc gattaaattc caacatggat 60

gctgatttat atgggtataa atgggctcgc gataatgtcg ggcaatcagg tgcgacaatc 120

tatcgattgt atgggaagcc cgatgcgcca gagttgtttc tgaaacatgg caaaggtagc 180

gttgccaatg atgttacaga tgagatggtc agactaaact ggctgacgga atttatgcct 240

cttccgacca tcaagcattt tatccgtact cctgatgatg catggttact caccactgcg 300

atccccggga aaacagcatt ccaggtatta gaagaatatc ctgattcagg tgaaaatatt 360

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gttgatgcga gtgattttga tgacgagcgt aatggctggc ctgttgaaca agtctggaaa 540

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cttgataacc ttatttttga cgaggggaaa ttaataggtt gtattgatgt tggacgagtc 660

ggaatcgcag accgatacca ggatcttgcc atcctatgga actgcctcgg tgagttttct 720

ccttcattac agaaacggct ttttcaaaaa tatggtattg ataatcctga tatgaataaa 780

ttgcagtttc atttgatgct cgatgagttt ttctaataag cctgcctggt tctgcgtttc 840

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<210> 34

<211> 1491

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 34

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gagcgtgttg 120

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aatgacattc ttgcaggtat cttcgagcca gccacgatcg acattgatct ggctatcttg 780

ctgacaaaag caagagaaca tagcgttgcc ttggtaggtc cagcggcgga ggaactcttt 840

gatccggttc ctgaacagga tctatttgag gcgctaaatg aaaccttaac gctatggaac 900

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cgcctgccgg cccagtatca gcccgtcata cttgaagcta gacaggctta tcttggacaa 1080

gaagaagatc gcttggcctc gcgcgcagat cagttggaag aatttgtcca ctacgtgaaa 1140

ggcgagatca ccaaggtagt cggcaaataa tgtctaacaa ttcgttcaag ccgacgccgc 1200

ttcgcggcgc ggcttaactc aagcgttaga tgcactaagc acataattgc tcacagccaa 1260

actatcaggt caagtctgct tttattattt ttaagcgtgc ataataagcc ctacacaaat 1320

ggtacccgac cggtggtgaa tttaatctcg ctgacgtgta gacattccct tatccagacg 1380

ctgatcgccc atcatcgcgg ttctttagat ctctcggtcc gccctgatgg cggcaccttg 1440

ctgacgttac gcctgccggt acagcaggtt atcaccggag gcttaaaatg a 1491

<210> 35

<211> 1021

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 35

ctgatccttc aactcagcaa aagttcgatt tattcaacaa agccacgttg tgtctcaaaa 60

tctctgatgt tacattgcac aagataaaaa tatatcatca tgaacaataa aactgtctgc 120

ttacataaac agtaatacaa ggggtgttat gagccatatt caacgggaaa cgtcttgctc 180

caggccgcga ttaaattcca acatggatgc tgatttatat gggtataaat gggctcgcga 240

taatgtcggg caatcaggtg cgacaatcta tcgattgtat gggaagcccg atgcgccaga 300

gttgtttctg aaacatggca aaggtagcgt tgccaatgat gttacagatg agatggtcag 360

actaaactgg ctgacggaat ttatgcctct tccgaccatc aagcatttta tccgtactcc 420

tgatgatgca tggttactca ccactgcgat ccccgggaaa acagcattcc aggtattaga 480

agaatatcct gattcaggtg aaaatattgt tgatgcgctg gcagtgttcc tgcgccggtt 540

gcattcgatt cctgtttgta attgtccttt taacagcgat cgcgtatttc gtctcgctca 600

ggcgcaatca cgaatgaata acggtttggt tgatgcgagt gattttgatg acgagcgtaa 660

tggctggcct gttgaacaag tctggaaaga aatgcataag cttttgccat tctcaccgga 720

ttcagtcgtc actcatggtg atttctcact tgataacctt atttttgacg aggggaaatt 780

aataggttgt attgatgttg gacgagtcgg aatcgcagac cgataccagg atcttgccat 840

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tggtattgat aatcctgata tgaataaatt gcagtttcat ttgatgctcg atgagttttt 960

ctaataagcc ttgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 1020

a 1021

<210> 36

<211> 1071

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 36

atgaagatag caacaatgaa aacaggtctg ggagcgttgg ctcttcttcc ctgatccttc 60

aactcagcaa aagttcgatt tattcaacaa agccacgttg tgtctcaaaa tctctgatgt 120

tacattgcac aagataaaaa tatatcatca tgaacaataa aactgtctgc ttacataaac 180

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ttaaactcca acatggacgc tgatttatat gggtataaat gggctcgcga taatgtcggg 300

caatcaggtg cgacaatcta tcgcttgtat gggaagcccg atgcgccaga gttgtttctg 360

aaacatggca aaggtagcgt tgccaatgat gttacagatg agatggtccg tctcaactgg 420

ctgacggagt ttatgcctct cccgaccatc aagcatttta tccgtactcc tgatgatgcg 480

tggttactca ccaccgcgat tcctgggaaa acagccttcc aggtattaga agaatatcct 540

gattcaggtg aaaatattgt tgatgcgctg gccgtgttcc tgcgccggtt acattcgatt 600

cctgtttgta attgtccttt taacagcgat cgtgtatttc gtcttgctca ggcgcaatca 660

cgcatgaata acggtttggt tgatgcgagt gattttgatg acgagcgtaa tggctggcct 720

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attgatgttg gacgggtcgg aatcgcagac cgttaccagg accttgccat tctttggaac 900

tgcctcggtg agttttctcc ttcattacag aaacggcttt ttcaaaaata tggtattgat 960

aatcctgata tgaataaatt gcagtttcat ttgatgctcg atgagttttt ctaataagcc 1020

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<210> 37

<211> 1071

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 37

atgaccctga atatgatgct cgataacgcc gtacccgagg cgattgccgg ctgatccttc 60

aactcagcaa aagttcgatt tattcaacaa agccacgttg tgtctcaaaa tctctgatgt 120

tacattgcac aagataaaaa tatatcatca tgaacaataa aactgtctgc ttacataaac 180

agtaatacaa ggggtgttat gagccatatt caacgggaaa cgtcttgctc ccgtccgcgc 240

ttaaactcca acatggacgc tgatttatat gggtataaat gggctcgcga taatgtcggg 300

caatcaggtg cgacaatcta tcgcttgtat gggaagcccg atgcgccaga gttgtttctg 360

aaacatggca aaggtagcgt tgccaatgat gttacagatg agatggtccg tctcaactgg 420

ctgacggagt ttatgcctct cccgaccatc aagcatttta tccgtactcc tgatgatgcg 480

tggttactca ccaccgcgat tcctgggaaa acagccttcc aggtattaga agaatatcct 540

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cgcatgaata acggtttggt tgatgcgagt gattttgatg acgagcgtaa tggctggcct 720

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actcatggtg atttctcact tgataacctt atttttgacg aggggaaatt aataggttgt 840

attgatgttg gacgggtcgg aatcgcagac cgttaccagg accttgccat tctttggaac 900

tgcctcggtg agttttctcc ttcattacag aaacggcttt ttcaaaaata tggtattgat 960

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 39

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc tcaccacggc gataaccata ggttttcggc 60

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 40

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc tgacgaggca ggttacatca ctggtgaaac 60

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 41

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga 60

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

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<223> 合成多核苷酸

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ggctccgcag tggatggcgg cctgaagcca cacagtgata ttgatttgct ggttacggtg 540

accgtaaggc ttgatgaaac aacgcggcga gctttgatca acgacctttt ggaaacttcg 600

gcttcccctg gagagagcga gattctccgc gctgtagaag tcaccattgt tgtgcacgac 660

gacatcattc cgtggcgtta tccagctaag cgcgaactgc aatttggaga atggcagcgc 720

aatgacattc ttgcaggtat cttcgagcca gccacgatcg acattgatct ggctatcttg 780

ctgacaaaag caagagaaca tagcgttgcc ttggtaggtc cagcggcgga ggaactcttt 840

gatccggttc ctgaacagga tctatttgag gcgctaaatg aaaccttaac gctatggaac 900

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tacagcgcag taaccggcaa aatcgcgccg aaggatgtcg ctgccgactg ggcaatggag 1020

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gaagaagatc gcttggcctc gcgcgcagat cagttggaag aatttgtcca ctacgtgaaa 1140

ggcgagatca ccaaggtagt cggcaaataa tgtctaacaa ttcgttcaag ccgacgccgc 1200

ttcgcggcgc ggcttaactc aagcgttaga tgcactaagc acataattgc tcacagccaa 1260

actatcaggt caagtctgct tttattattt ttaagcgtgc ataataagcc ctacacaaat 1320

ggtacccgac cggtggtgaa tttaatctcg ctgacgtgta gacattccct tatccagacg 1380

ctgatcgccc atcatcgcgg ttctttagat ctctcggtcc gccctgatgg cggcaccttg 1440

ctgacgttac gcctgccggt acagcaggtt atcaccggag gcttaaaatg a 1491

<210> 57

<211> 1491

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 57

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gagcgtgttg 120

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gactgttttt ttggggtaca gtctatgcct cgggcatcca agcagcaagc gcgttacgcc 300

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aaaacaaagt taaacatcat gagggaagcg gtgatcgccg aagtatcgac tcaactatca 420

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ggctccgcag tggatggcgg cctgaagcca cacagtgata ttgatttgct ggttacggtg 540

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gaagaagatc gcttggcctc gcgcgcagat cagttggaag aatttgtcca ctacgtgaaa 1140

ggcgagatca ccaaggtagt cggcaaataa tgtctaacaa ttcgttcaag ccgacgccgc 1200

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ctgacgttac gcctgccggt acagcaggtt atcaccggag gcttaaaatg a 1491

<210> 58

<211> 1021

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 58

ctgatccttc aactcagcaa aagttcgatt tattcaacaa agccacgttg tgtctcaaaa 60

tctctgatgt tacattgcac aagataaaaa tatatcatca tgaacaataa aactgtctgc 120

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ggcgcaatca cgaatgaata acggtttggt tgatgcgagt gattttgatg acgagcgtaa 660

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ttcagtcgtc actcatggtg atttctcact tgataacctt atttttgacg aggggaaatt 780

aataggttgt attgatgttg gacgagtcgg aatcgcagac cgataccagg atcttgccat 840

cctatggaac tgcctcggtg agttttctcc ttcattacag aaacggcttt ttcaaaaata 900

tggtattgat aatcctgata tgaataaatt gcagtttcat ttgatgctcg atgagttttt 960

ctaataagcc ttgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 1020

a 1021

<210> 59

<211> 1491

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 59

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gagcgtgttg 120

agtcatcctg actagctgag atgagggctc gccccctcgt cccgacactt ccagatcgcc 180

atagcgcaca gcgcctcgag cggtggtaac ggcgcagtgg cggttttcat ggcttgttat 240

gactgttttt ttggggtaca gtctatgcct cgggcatcca agcagcaagc gcgttacgcc 300

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aaaacaaagt taaacatcat gagggaagcg gtgatcgccg aagtatcgac tcaactatca 420

gaggtagttg gcgtcatcga gcgccatctc gaaccgacgt tgctggccgt acatttgtac 480

ggctccgcag tggatggcgg cctgaagcca cacagtgata ttgatttgct ggttacggtg 540

accgtaaggc ttgatgaaac aacgcggcga gctttgatca acgacctttt ggaaacttcg 600

gcttcccctg gagagagcga gattctccgc gctgtagaag tcaccattgt tgtgcacgac 660

gacatcattc cgtggcgtta tccagctaag cgcgaactgc aatttggaga atggcagcgc 720

aatgacattc ttgcaggtat cttcgagcca gccacgatcg acattgatct ggctatcttg 780

ctgacaaaag caagagaaca tagcgttgcc ttggtaggtc cagcggcgga ggaactcttt 840

gatccggttc ctgaacagga tctatttgag gcgctaaatg aaaccttaac gctatggaac 900

tcgccgcccg actgggctgg cgatgagcga aatgtagtgc ttacgttgtc ccgcatttgg 960

tacagcgcag taaccggcaa aatcgcgccg aaggatgtcg ctgccgactg ggcaatggag 1020

cgcctgccgg cccagtatca gcccgtcata cttgaagcta gacaggctta tcttggacaa 1080

gaagaagatc gcttggcctc gcgcgcagat cagttggaag aatttgtcca ctacgtgaaa 1140

ggcgagatca ccaaggtagt cggcaaataa tgtctaacaa ttcgttcaag ccgacgccgc 1200

ttcgcggcgc ggcttaactc aagcgttaga tgcactaagc acataattgc tcacagccaa 1260

actatcaggt caagtctgct tttattattt ttaagcgtgc ataataagcc ctacacaaat 1320

ggtacccgac cggtggtgaa tttaatctcg ctgacgtgta gacattccct tatccagacg 1380

ctgatcgccc atcatcgcgg ttctttagat ctctcggtcc gccctgatgg cggcaccttg 1440

ctgacgttac gcctgccggt acagcaggtt atcaccggag gcttaaaatg a 1491

<210> 60

<211> 1491

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 60

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gagcgtgttg 120

agtcatcctg actagctgag atgagggctc gccccctcgt cccgacactt ccagatcgcc 180

atagcgcaca gcgcctcgag cggtggtaac ggcgcagtgg cggttttcat ggcttgttat 240

gactgttttt ttggggtaca gtctatgcct cgggcatcca agcagcaagc gcgttacgcc 300

gtgggtcgat gtttgatgtt atggagcagc aacgatgtta cgcagcaggg cagtcgccct 360

aaaacaaagt taaacatcat gagggaagcg gtgatcgccg aagtatcgac tcaactatca 420

gaggtagttg gcgtcatcga gcgccatctc gaaccgacgt tgctggccgt acatttgtac 480

ggctccgcag tggatggcgg cctgaagcca cacagtgata ttgatttgct ggttacggtg 540

accgtaaggc ttgatgaaac aacgcggcga gctttgatca acgacctttt ggaaacttcg 600

gcttcccctg gagagagcga gattctccgc gctgtagaag tcaccattgt tgtgcacgac 660

gacatcattc cgtggcgtta tccagctaag cgcgaactgc aatttggaga atggcagcgc 720

aatgacattc ttgcaggtat cttcgagcca gccacgatcg acattgatct ggctatcttg 780

ctgacaaaag caagagaaca tagcgttgcc ttggtaggtc cagcggcgga ggaactcttt 840

gatccggttc ctgaacagga tctatttgag gcgctaaatg aaaccttaac gctatggaac 900

tcgccgcccg actgggctgg cgatgagcga aatgtagtgc ttacgttgtc ccgcatttgg 960

tacagcgcag taaccggcaa aatcgcgccg aaggatgtcg ctgccgactg ggcaatggag 1020

cgcctgccgg cccagtatca gcccgtcata cttgaagcta gacaggctta tcttggacaa 1080

gaagaagatc gcttggcctc gcgcgcagat cagttggaag aatttgtcca ctacgtgaaa 1140

ggcgagatca ccaaggtagt cggcaaataa tgtctaacaa ttcgttcaag ccgacgccgc 1200

ttcgcggcgc ggcttaactc aagcgttaga tgcactaagc acataattgc tcacagccaa 1260

actatcaggt caagtctgct tttattattt ttaagcgtgc ataataagcc ctacacaaat 1320

ggtacccgac cggtggtgaa tttaatctcg ctgacgtgta gacattccct tatccagacg 1380

ctgatcgccc atcatcgcgg ttctttagat ctctcggtcc gccctgatgg cggcaccttg 1440

ctgacgttac gcctgccggt acagcaggtt atcaccggag gcttaaaatg a 1491

<210> 61

<211> 1563

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<400> 61

atgtttaacg atctgattgg cgatgatgaa acggattcgc cggaagatgc gctttctgag 60

agctggcgcg aattgtggca ggatgcgttg caggaggagg attccacgcc cgtgctggcg 120

catctctcag aggacgatcg ccgccgcgtg gtggcgctga ttgccgattt tcgcaaagag 180

ttggataaac gcaccattgg cccgcgaggg cggcaggtac tcgatcactt aatgccgcat 240

ctgctcagcg atgtatgctc gcgcgacgat gcgccagtac cgctgtcacg cctgacgccg 300

ctgctcaccg gaattattac ccgcaccact taccttgagc tgctaagtga atttcccggc 360

gcactgaaac acctcatttc cctgtgtgcc gcgtcgccga tggttgccag tcagctggcg 420

cgctacccga tcctgcttga tgaattgctc gacccgaata cgctctatca accgacggcg 480

atgaatgcct atcgcgatga gctgcgccaa tacctgctgc gcgtgccgga agatgatgaa 540

gagcaacagc ttgaggcgct gcggcagttt aagcaggcgc agttgctgcg cgtggcggcg 600

gcggatattg ccggtacgtt gccagtaatg aaagtgagcg atcacttaac ctggctggcg 660

gaagcgatta ttgatgcggt ggtgcagcaa gcctgggggc agatggtggc gcgttatggc 720

cagccaacgc atctgcacga tcgcgaaggg cgcggttttg cggtggtcgg ttatggcaag 780

ctgggcggct gggagctggg ttacagctcc gatctggatc tggtattcct gcacgactgc 840

ccgatggatg tgatgaccga tggcgagcgt gaaatcgatg gtcgccagtt ctatttgcgt 900

ctcgcgcagc gcgtgatgca cctgtttagc acgcgcacgt cgtccggcat cctttatgaa 960

gttgatgcgc gtctgcgtcc atctggcgct gcggggatgc tggtcactac tacggaatcg 1020

ttcgccgatt accagcaaaa cgaagcctgg acgtgggaac atcaggcgct ggcccgtgcg 1080

cgcgtggtgt acggcgatcc gcaactgacc gccgaatttg acgccattcg ccgcgatatt 1140

ctgatgacgc ctcgcgacgg cgcaacgctg caaaccgacg tgcgagaaat gcgcgagaaa 1200

atgcgtgccc atcttggcaa caagcataaa gaccgcttcg atctgaaagc cgatgaaggc 1260

ggtatcaccg acatcgagtt tatcgcccaa tatctggtgc tgcgctttgc ccatgacaag 1320

ccgaaactga cgcgctggtc ggataatgtg cgcattctcg aagggctggc gcaaaacggc 1380

atcatggagg agcaggaagc gcaggcattg acgctggcgt acaccacatt gcgtgatgag 1440

ctgcaccacc tggcgctgca agagttgccg ggacatgtgg cgctctcctg ttttgtcgcc 1500

gagcgtgcgc ttattaaaac cagctgggac aagtggctgg tggaaccgtg cgccccggcg 1560

taa 1563

<210> 62

<211> 1536

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 来源

<222> (1)..(1536)

<223> 16S rDNA - 重叠群5, 菌株CI006

<400> 62

ttgaagagtt tgatcatggc tcagattgaa cgctggcggc aggcctaaca catgcaagtc 60

gaacggtagc acagagagct tgctctcggg tgacgagtgg cggacgggtg agtaatgtct 120

gggaaactgc ctgatggagg gggataacta ctggaaacgg tagctaatac cgcataacgt 180

cgcaagacca aagaggggga ccttcgggcc tcttgccatc agatgtgccc agatgggatt 240

agctagtagg tggggtaacg gctcacctag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg 300

accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat 360

attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtgtgaagaa ggccttcggg 420

ttgtaaagca ctttcagcgg ggaggaaggg agtaaggtta ataaccttat tcattgacgt 480

tacccgcaga agaagcaccg gctaactccg tgccagcagc cgcggtaata cggagggtgc 540

aagcgttaat cggaattact gggcgtaaag cgcacgcagg cggtctgtca agtcggatgt 600

gaaatccccg ggctcaacct gggaactgca tccgaaactg gcaggcttga gtctcgtaga 660

gggaggtaga attccaggtg tagcggtgaa atgcgtagag atctggagga ataccggtgg 720

cgaaggcggc ctcctggacg aagactgacg ctcaggtgcg aaagcgtggg gagcaaacag 780

gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgtcta tttggaggtt gtgcccttga 840

ggcgtggctt ccggagctaa cgcgttaaat agaccgcctg gggagtacgg ccgcaaggtt 900

aaaactcaaa tgaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgat 960

gcaacgcgaa gaaccttacc tggtcttgac atccacagaa ctttccagag atggattggt 1020

gccttcggga actgtgagac aggtgctgca tggctgtcgt cagctcgtgt tgtgaaatgt 1080

tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatcctttgt tgccagcggt ccggccggga 1140

actcaaagga gactgccagt gataaactgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat 1200

ggcccttacg accagggcta cacacgtgct acaatggcgc atacaaagag aagcgacctc 1260

gcgagagtaa gcggacctca taaagtgcgt cgtagtccgg attggagtct gcaactcgac 1320

tccatgaagt cggaatcgct agtaatcgtg gatcagaatg ccacggtgaa tacgttcccg 1380

ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtgggtt gcaaaagaag taggtagctt 1440

aaccttcggg agggcgctta ccactttgtg attcatgact ggggtgaagt cgtaacaagg 1500

taaccgtagg ggaacctgcg gttggatcac ctcctt 1536

<210> 63

<211> 1537

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1537)

<223> 16S rDNA - 重叠群8, 菌株CI006

<220>

<221> misc_feature

<222> (450)..(450)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (452)..(452)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (455)..(455)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (473)..(473)

<223> n是a, c, g或t

<400> 63

ttgaagagtt tgatcatggc tcagattgaa cgctggcggc aggcctaaca catgcaagtc 60

gaacggtagc acagagagct tgctctcggg tgacgagtgg cggacgggtg agtaatgtct 120

gggaaactgc ctgatggagg gggataacta ctggaaacgg tagctaatac cgcataacgt 180

cgcaagacca aagaggggga ccttcgggcc tcttgccatc agatgtgccc agatgggatt 240

agctagtagg tggggtaacg gctcacctag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg 300

accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat 360

attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtgtgaagaa ggccttcggg 420

ttgtaaagca ctttcagcgg ggaggaaggn antanggtta ataacctgtg ttnattgacg 480

ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 540

caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag gcggtctgtc aagtcggatg 600

tgaaatcccc gggctcaacc tgggaactgc atccgaaact ggcaggcttg agtctcgtag 660

agggaggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga gatctggagg aataccggtg 720

gcgaaggcgg cctcctggac gaagactgac gctcaggtgc gaaagcgtgg ggagcaaaca 780

ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacgatgtct atttggaggt tgtgcccttg 840

aggcgtggct tccggagcta acgcgttaaa tagaccgcct ggggagtacg gccgcaaggt 900

taaaactcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960

tgcaacgcga agaaccttac ctggtcttga catccacaga acttagcaga gatgctttgg 1020

tgccttcggg aactgtgaga caggtgctgc atggctgtcg tcagctcgtg ttgtgaaatg 1080

ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcctttg ttgccagcgg ttaggccggg 1140

aactcaaagg agactgccag tgataaactg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca 1200

tggcccttac gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg catacaaaga gaagcgacct 1260

cgcgagagta agcggacctc ataaagtgcg tcgtagtccg gattggagtc tgcaactcga 1320

ctccatgaag tcggaatcgc tagtaatcgt ggatcagaat gccacggtga atacgttccc 1380

gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagtgggt tgcaaaagaa gtaggtagct 1440

taaccttcgg gagggcgctt accactttgt gattcatgac tggggtgaag tcgtaacaag 1500

gtaaccgtag gggaacctgc ggttggatca cctcctt 1537

<210> 64

<211> 1540

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 拉恩菌属的某个种(Rahnella sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1540)

<223> 16S rDNA, 菌株CI019

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (267)..(267)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (455)..(455)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (458)..(458)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (473)..(473)

<223> n是a, c, g或t

<220>

<221> misc_feature

<222> (1135)..(1135)

<223> n是a, c, g或t

<400> 64

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcan cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgaaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggctnacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcancanac ttaatacgtg tgntgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgagcttaa cttgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccaga gaatttgcca gagatggcga 1020

agtgccttcg ggaactctga gacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc acgtnatggt 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgaga gcaagcggac ctcataaagt atgtcgtagt ccggattgga gtctgcaact 1320

cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat cgtagatcag aatgctacgg tgaatacgtt 1380

cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgggagtg ggttgcaaaa gaagtaggta 1440

gcttaacctt cgggagggcg cttaccactt tgtgattcat gactggggtg aagtcgtaac 1500

aaggtaaccg taggggaacc tgcggttgga tcacctcctt 1540

<210> 65

<211> 882

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH, 菌株CI006

<400> 65

atgaccatgc gtcaatgcgc catttacggc aaaggtggga tcggcaaatc gaccaccaca 60

cagaacctgg tcgccgcgct ggcggagatg ggtaaaaaag tcatgattgt cggctgtgac 120

ccgaaagccg attccacgcg tttgatcctg catgcgaaag cgcagaacac cattatggag 180

atggctgctg aagtcggctc cgtggaagac ctggagttag aagacgtgct gcaaatcggt 240

tacggcggcg tgcgctgcgc agagtccggc ggcccggagc caggcgtggg ctgtgccggt 300

cgcggggtga tcaccgcgat taacttcctc gaagaagaag gcgcttacgt gccggatctc 360

gattttgttt tctacgacgt gctgggcgac gtggtatgcg gtggtttcgc catgccgatt 420

cgtgaaaaca aagcgcagga gatctacatc gtttgctctg gcgaaatgat ggcgatgtac 480

gccgccaaca acatctccaa aggcatcgtg aaatacgcca aatccggtaa agtgcgcctc 540

ggcgggctga tttgtaactc gcgccagacc gaccgtgaag atgaactgat cattgcgctg 600

gcagaaaaac tcggcacgca gatgatccac tttgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgt 660

gcggaaatcc gccgtatgac ggttatcgaa tatgacccga cctgcaatca ggcgaacgaa 720

tatcgcagcc ttgccagcaa aatcgtcaac aacaccaaaa tggtggtgcc caccccctgc 780

accatggatg aactggaaga actgctgatg gagttcggca ttatggatgt ggaagacacc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgccgaagaa aacgccgtct ga 882

<210> 66

<211> 1449

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> NifD, 菌株CI006

<400> 66

atgagcaatg caacaggcga acgcaacctg gagataatcg agcaggtgct cgaggttttc 60

ccggagaaga cgcgcaaaga acgcagaaaa cacatgatgg tgacggaccc ggagcaggaa 120

agcgtcggta agtgcatcat ctctaaccgc aaatcgcagc caggcgtgat gaccgtgcgc 180

ggctgctcgt atgccggttc gaaaggggtg gtatttgggc caatcaagga tatggcgcat 240

atctcgcatg gcccaatcgg ctgcggccaa tactcccgcg ccgggcggcg gaactactac 300

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cgcgacatcg tgtttggcgg cgataaaaag ctcgccaaac tgattgaaga gctggaagag 420

ctgttcccgc tgaccaaagg catttcgatt cagtcggaat gcccggtcgg cctgattggc 480

gatgacattg aggccgtcgc gaacgccagc cgcaaagcca tcaacaaacc ggttattccg 540

gtgcgttgcg aaggctttcg cggcgtgtcg caatccctcg gtcaccatat tgccaacgat 600

gtgatccgcg actgggtgct ggataaccgc gaaggcaaac cgttcgaatc caccccttac 660

gatgtggcga tcatcggcga ttacaacatc ggcggcgatg cctgggcttc gcgcattttg 720

ctcgaagaga tgggcttgcg ggtggtggca cagtggtctg gcgacggtac gctggtggag 780

atggaaaaca cgccgttcgt caaactgaac ctggtgcatt gttaccgctc aatgaactac 840

atctcgcgcc atatggagga gaagcacggt attccgtgga tggaatacaa cttctttggt 900

ccgacgaaaa tcgcggaatc gctgcgcaaa atcgccgacc agtttgacga caccattcgc 960

gccaacgccg aagcggtgat cgccagatac caggcgcaaa acgacgccat tatcgccaaa 1020

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catgtgattg gcgcctatga agacctggga atggagatca tcgctgccgg ttatgagttc 1140

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tccgcctga 1449

<210> 67

<211> 1563

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK, 菌株CI006

<400> 67

atgagccaga ctgctgagaa aatacagaat tgccatcccc tgtttgaaca ggatgcttac 60

cagacgctgt ttgccggtaa acgggcactc gaagaggcgc actcgccgga gcgggtgcag 120

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ctgactatcg acccggcaaa agcctgccag ccgctgggcg cggtgctctg ttcgctgggg 240

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tactttaacc gccactttaa agaaccggtg gcctgcgtgt cggattcaat gacggaagac 360

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ccctacgcgc acacccccag ttttatcggc agccatatca ccggctggga taacatgttt 600

gaaggttttg cccggacctt tacggcagac catgaagctc agcccggcaa actttcacgc 660

atcaacctgg tgaccgggtt tgaaacctat ctcggcaatt tccgcgtgct gaaacgcatg 720

atggaacaaa tggaggtgcc ggcgagtgtg ctctccgatc cgtcggaagt gctggatact 780

cccgccaacg ggcattacca gatgtacgcg ggcgggacga cgcagcaaga gatgcgcgag 840

gcgccggatg ctatcgacac cctgttgctg cagccctggc aactggtgaa aagcaaaaaa 900

gtggtgcagg agatgtggaa tcagcccgcc accgaggttt ctgttcccgt tgggctggca 960

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aaagcaatga agaaaatgct tgacgcctcg ccgtacggcc aggagagcga agtgtttatc 1260

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acctggggct acgagggcgc catgagcatt ctcactaccc ttgtgaatgc ggtactggag 1500

aaagtggaca aagagaccat caagctcggc aaaaccgact acagcttcga tcttatccgt 1560

taa 1563

<210> 68

<211> 1488

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL, 菌株CI006

<400> 68

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc gcgcccgagg caatcgccgg tgcgctttcg 60

cgacaccatc ctgggctgtt ttttaccatc gttgaagaag cgcccgtcgc catttcgctg 120

actgatgccg acgcacgcat tgtctatgcc aacccggctt tctgccgcca gaccggctat 180

gaactagaag cgttgttgca gcaaaatccc cgcctgcttg caagtcgcca aaccccacgg 240

gaaatctatc aggatatgtg gcacaccttg ttacaacgcc gaccgtggcg cgggcaattg 300

attaaccgcc accgcgacgg cagcctgtat ctggtcgaga tcgatatcac cccggtgatt 360

aacccgtttg gcgaactgga acactacctg gcaatgcagc gcgatatcag cgccagttat 420

gcgctggagc agcggttgcg caatcacatg acgctgaccg aagcggtgct gaataacatt 480

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acccgctacg agcaggggaa aaatttgcag gtcacgctgg attcccatca tctggtggga 1140

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tcgccggatg cgcttaacgc tccgggaaaa ggcatggagc tgcgcctgat ccagacgctg 1380

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accctacgat tcccgctatt tcattcactg accggaggtt caaaatga 1488

<210> 69

<211> 1575

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA, 菌株CI006

<400> 69

atgacccagc gaaccgagtc gggtaatacc gtctggcgct tcgatttgtc ccagcagttc 60

actgcgatgc agcgcataag cgtggtactc agccgggcga ccgaggtcga tcagacgctc 120

cagcaagtgc tgtgcgtatt gcacaatgac gcctttttgc agcacggcat gatctgtctg 180

tacgacagcc agcaggcgat tttgaatatt gaagcgttgc aggaagccga tcagcagtta 240

atccccggca gctcgcaaat ccgctatcgt ccgggcgaag ggctggtcgg gacggtgctt 300

tcgcagggcc aatcattagt gctggcgcgc gttgctgacg atcagcgctt tcttgaccgg 360

ctcgggttgt atgattacaa cctgccgttt atcgccgtgc cgctgatagg gccagatgcg 420

cagactttcg gtgtgctgac ggcacaaccc atggcgcgtt acgaagagcg attacccgcc 480

tgcacccgct ttctggaaac ggtcgctaac ctggtcgcgc aaaccgtgcg tttgatggca 540

ccaccggcag tgcgcccttc cccgcgcgcc gccataacac aggccgccag cccgaaatcc 600

tgcacggcct cacgcgcatt tggttttgaa aatatggtcg gtaacagtcc ggcgatgcgc 660

cagaccatgg agattatccg tcaggtttcg cgctgggaca ccaccgttct ggtacgcggc 720

gagagtggca ccggcaagga gctgattgcc aacgccatcc accaccattc gccgcgtgcc 780

ggtgcgccat ttgtgaaatt caactgtgcg gcgctgccgg acacactgct ggaaagcgaa 840

ttgttcggtc acgagaaagg ggcatttacc ggcgcggtac gccagcgtaa aggccgtttt 900

gagctggccg atggcggcac gctgtttctt gacgagatcg gcgagagtag cgcctcgttt 960

caggctaagc tgctgcgcat tttgcaggaa ggcgaaatgg aacgcgtcgg cggcgacgag 1020

acattgcaag tgaatgtgcg cattattgcc gcgacgaacc gcaatcttga agatgaagtc 1080

cggctggggc actttcgcga agatctctat tatcgcctga atgtgatgcc catcgccctg 1140

ccgccactac gcgaacgcca ggaggacatt gccgagctgg cgcactttct ggtgcgtaaa 1200

atcgcccata accagagccg tacgctgcgc attagcgagg gcgctatccg cctgctgatg 1260

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atgtcggaga acggtctgat cgatcgggat gtgattttgt ttaatcatcg cgaccagcca 1380

gccaaaccgc cagttatcag cgtctcgcat gatgataact ggctcgataa caaccttgac 1440

gagcgccagc ggctgattgc ggcgctggaa aaagcgggat gggtacaagc caaagccgcg 1500

cgcttgctgg ggatgacgcc gcgccaggtc gcctatcgta ttcagacgat ggatataacc 1560

ctgccaaggc tataa 1575

<210> 70

<211> 876

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 拉恩菌属的某个种(Rahnella sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(876)

<223> nifH, 菌株CI019

<400> 70

atggcaatgc gtcaatgtgc aatctacggg aaagggggta ttggtaaatc caccactacc 60

caaaaccttg tagcggctct ggccgaaatg aataagaagg tcatgatcgt cggctgtgac 120

cctaaggctg attcaacccg cctcattctg catgcgaaag cacagaacac catcatggaa 180

atggccgctg aagtgggctc cgtggaagat ctggagctgg aagatgtgat gcaaatcggc 240

tatggcggcg tgcgctgtgc ggaatcaggc ggccctgagc ctggtgtggg ttgtgccgga 300

cgcggggtga tcaccgccat caacttcctc gaagaagaag gcgcgtatgt gccggatctg 360

gatttcgtgt tttacgacgt attgggcgat gtggtctgtg gcggtttcgc gatgccaatt 420

cgcgaaaaca aagcgcagga aatctacatc gtatgctccg gtgaaatgat ggcgatgtat 480

gccgccaaca acatttccaa aggcatcgtg aaatacgcga aatcgggcaa agttcgcctg 540

gccgggctga tctgtaactc ccgccagacg gatcgcgaag atgaactgat catcgcgctg 600

gctgaaaaac ttggcacgca aatgatccac ttcgtgccgc gtgacaacat tgtgcaacgc 660

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tatcgtgcac tggcgaacaa aatcgtcaac aacaccaaaa tggtggtgcc gacaccggtc 780

accatggatg agctggaagc cctgttaatg gaatttggca ttatggaaga agaagacctg 840

accatcgtcg gtcgtaccgc cgccgaagag gcgtga 876

<210> 71

<211> 1449

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 拉恩菌属的某个种(Rahnella sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD, 菌株CI019

<400> 71

atgaccagtg aaacacgcga acgtaacgag gcattgatcc aggaagtgct ggagatcttc 60

cccgagaagg cgcttaaaga tcgtaagaaa cacatgatga ccaccgaccc ggcgatggaa 120

tctgtcggca agtgtattgt ctcaaaccgc aaatcacagc cgggcgtgat gaccgtgcga 180

ggctgcgctt acgccggttc caaaggcgtg gtctttggcc cgatcaaaga catggcgcat 240

atctcccacg gcccggttgg ttgcggccag tattctcgtg ccggacgccg taactattac 300

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cgggacatcg tatttggcgg cgataaaaag ctcgacaaac tgatcgacga actggagatg 420

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gatgacattt ctgccgtcgc caaagccagc agcgccaaaa tcggtaagcc ggtcgtgccg 540

gtacgctgcg aggggttccg cggtgtgtcg caatcgctcg gccatcacat tgctaacgat 600

gtcatccgcg actgggtgct ggataaccgc gaaggcaatg aatttgaaac cacgccttac 660

gacgtggcga ttatcggcga ctacaacatc ggcggtgacg cctgggcctc acgtattctg 720

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atctcccgtc atatggaaga aaaacacggc attccgtgga tggaatacaa cttctttggc 900

ccgaccaaaa ttgcggaatc tctgcgcgaa atcgcggcgc gttttgacga taccatccgg 960

aaaaacgccg aagcggtgat tgaaaaatat caggcgcaaa cgcaggcggt gatcgacaaa 1020

taccgtccgc gtctggaagg caaaaaggtg ctgttgtatc tcggcggttt acgtccgcgc 1080

cacatcatcg gggcgtatga agatctggga atggaaatca tcggtaccgg ctatgaattc 1140

ggtcataacg atgattacga ccgcacctta ccgatgctca aagaaggcac gttgctgttc 1200

gatgacctga gcagttatga gctggaagcg ttcgttaaag cgctgaaacc ggatcttgtc 1260

gggtcaggca tcaaagaaaa atacattttc cagaaaatgg gcgtgccgtt ccgccagatg 1320

cactcctggg attattccgg cccttatcac ggctacgacg gtttcggcat ttttgcccgt 1380

gacatggaca tgacgctgaa caatccgggc tggagtcagc tgaccgcccc ctggttgaaa 1440

tcggcctga 1449

<210> 72

<211> 1569

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 拉恩菌属的某个种(Rahnella sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1569)

<223> nifK, 菌株CI019

<400> 72

atgagtcaag atcttggcac cccaaaatcc tgtttcccgc tgttcgagca ggatgaatac 60

cagagtatgt ttacccacaa acgcgcgctg gaagaagcac acggcgaggc gaaagtgcgg 120

gaagtgtttg aatggaccac cacgcaggaa tatcaggatc tgaacttctc gcgtgaagcg 180

ctgaccgtcg acccggcgaa agcctgccag ccgttaggcg cggtactttg cgcgctgggt 240

tttgccaaca cgttgccgta tgtccacggt tcacaaggct gtgtggcgta tttccgtacc 300

tattttaatc gtcatttcaa agagccggtg gcctgtgttt ccgactcaat gaccgaagat 360

gccgccgttt ttggcggaaa taacaacatg aatgtcggtc tggaaaacgc cagcgcgctg 420

tacaagccgg aaattattgc tgtctccacc acctgtatgg cggaagtgat cggtgatgac 480

ctgcaggctt ttatcgccaa cgccaaaaaa gacggatttg tggatgccgg tatgccaatc 540

ccgtatgccc atacaccgag ttttctgggc agtcatgtca ccggctggga caacatgttt 600

gaaggcttcg cccgtacctt taccaccgac gccacgcggg aatatcagcc gggcaaactt 660

gccaaactga acgtggtgac cggttttgaa acttatctcg gcaactaccg ggttattcac 720

cgcatgatga gccagatggg ggtcgaatgc agcgtcttgt ccgatccgtc tgaagtgctc 780

gacaccccgg ctgacggcca ataccgcatg tatgccggcg gcaccacgca aaccgaaatg 840

cgtgatgcac cggatgccat cgacaccttg ctgctgcaac cgtggcaatt gcagaaaacc 900

aaaaaagtgg tgcagggcga ctggaatcag ccgggcaccg aagtcagtgt accgattggc 960

ctggcggcga ccgatgcctt gctgatgacg gtaagcgaac tgaccggcaa accgatagct 1020

gacacgctgg cgactgaacg tggccgtctg gtggacatga tgctcgattc ccacacctgg 1080

ctgcatggca agcgtttcgg tctctacggt gacccggatt ttgtgatggg catgaccgca 1140

ttcctgctgg aactgggctg tgaaccgacc accattctca gccataacgg caacaaacgc 1200

tggcagaaag ccatgaagaa aatgctggct gattcgcctt acgggcagga cagcgaagtg 1260

tatgtgaact gcgatctgtg gcatttccgc tcgctgatgt ttacccgtaa accggacttt 1320

atgatcggca actcttacgg aaaattcatt cagcgtgaca cgctggccaa aggcgaacag 1380

ttcgaagtgc cgctgatccg catcggtttt ccgatttttg accggcacca tttgcaccgt 1440

cagaccacct ggggatacga aggggcgatg agcatactga cgcaactggt gaatgcggta 1500

cttgaacaac tggatcgcga aaccatgaag ctcggcaaaa ccgactacaa cttcgacctg 1560

atccgctaa 1569

<210> 73

<211> 1488

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 拉恩菌属的某个种(Rahnella sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL, 菌株CI019

<400> 73

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg ccagccagca gacgccgaaa 240

catatctatg acgaaatgtg gcgcactttg ttgcagggca aatcctggaa cggccaactg 300

atcaaccggc gtaataaccg ttcgctttat ctggcggatg tcactatcac gcctgtttta 360

ggcgcggacg ggcaggtgga gcattacctc ggcatgcaca aagatatcag cgagaaatac 420

gcgctggaac agcggttgcg caaccacatc accttgttca cggaggtgct gaacaatatt 480

cccgccgccg tggtggtggt ggatgagcag gacaatgtgg tgatggacaa tctggcctac 540

aaaacccttt gcgcggactg cggcggcaaa gagctgctgg ctgaaatggg ctatccgcaa 600

ctcaaagaga tgctcaacag tggcgaaccg gtgccggttt ccatgcgcgg caacgtacgc 660

tggttttctt tcggtcaatg gttattgcag ggcgttaatg aagaggccag ccgctttttt 720

accggcatta ccgcgccggg aaaactgatt gttctgaccg actgcaccga tcagcatcac 780

cggcagcagc agggttatct tgaccggctt aagcaaaaac tcaccaacgg caaattattg 840

gcggccatcc gtgagtcgct cgatgccgcg cttatccagc tcaacgggcc aatcaatatg 900

ctggcggctg cgcgtcgtct taacggcgaa gaaggcaaca acatggcgct ggaattcgcc 960

tggcgcgaag gcgagcaggc ggtgagtcgc ttacaggcct gccgtccgtc gctggatttt 1020

gagccgcagg cagaatggcc ggtcagtgaa ttctttgacg atctgagcgc gctgtacgac 1080

agccattttc tcagtgacgg tgaattgcgt tacgtggtca tgccatctga tctgcacgct 1140

gtcgggcaac gaacgcaaat ccttaccgcg ctgagcttat ggattgatca cacgctgtca 1200

caggcgcagg ccatgccgtc tctgaagctc tcggtgaaca ttgttgcgag gcaggatgcg 1260

agctggttgt gttttgacat taccgataat gtgccgcgtg aacgggtgcg ttatgcccgc 1320

ccggaagcgg cgttttcccg tccggggaat ggcatggagc tgcgccttat ccagacgctg 1380

atcgcccatc atcgcggttc tttagatctc tcggtccgcc ctgatggcgg caccttgctg 1440

acgttacgcc tgccggtaca gcaggttatc accggaggct taaaatga 1488

<210> 74

<211> 1557

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 拉恩菌属的某个种(Rahnella sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1557)

<223> nifA, 菌株CI019

<400> 74

atgacccagt tacctaccgc gggcccggtt atccggcgct ttgatatgtc tgcccagttt 60

acggcgcttt atcgcatcag cgtggcgctg agtcaggaaa gcaacaccgg gcgcgcactg 120

gcggcgatcc tcgaagtgct tcacgatcat gcatttatgc aatacggcat ggtgtgtctg 180

tttgataaag aacgcaatgc actctttgtg gaatccctgc atggcatcga cggcgaaagg 240

aaaaaagaga cccgccatgt ccgttaccgc atgggggaag gcgtgatcgg cgcggtgatg 300

agccagcgtc aggcgctggt gttaccgcgc atttcagacg atcagcgttt tctcgaccgc 360

ctgaatattt acgattacag cctgccgttg attggcgtgc cgatccccgg tgcggataat 420

cagccatcgg gcgtgctggt ggcacagccg atggcgttgc acgaagaccg gctgactgcc 480

agtacgcggt ttttagaaat ggtcgccaat ctcatcagcc agccactgcg ttctgccacg 540

cccccggaat cattgcctgc tcaaacgccg gtccggtgca gtgttccgcg ccagtttggt 600

ttcgagcaga tggtcgggaa aagtcaggcg atgcgccaga cgatggacat tttacggcag 660

gtttccaaat gggataccac ggttctggtg cgtggtgaaa gcggcaccgg caaggaactt 720

atcgccaatg ccattcatta caactcaccc cgtgcggccg cgccatttgt gaaattcaac 780

tgcgccgcgc tgccggataa cctgctggaa agcgaactgt tcggtcatga aaaaggggcc 840

ttcaccggcg ctatccgtac ccgtaaaggc cgctttgaac tggcggacgg gggcacgtta 900

ttcctcgatg aaatcggcga atcgagcgcg tcgtttcagg ccaaattgct gcgcattttg 960

caggaaggtg aaatggaacg ggtcggcggc gataccacgc tgaaagttga tgtgcgcatt 1020

attgctgcca ccaaccgtaa tcttgaagag gaagtgcgtg ccgggaattt tcgcgaagac 1080

ctgtattatc gcctgaacgt gatgccggtt tcgctgcctg cactgcgtga aaggctggat 1140

gatatcgccg atctggcgcc gtttctggtc aaaaagattg cgctgcgtca ggggcgggaa 1200

ctgcgcatca gcgacggtgc ggtgcgtctg ctgatgacct acagctggcc aggcaacgtg 1260

cgtgaactgg aaaactgtct cgaacgggcg tcggtaatga ccgatgaagg gctgatcgac 1320

cgcgacgtga tcctgttcaa tcaccatgaa tccccggcgc tgtccgtcaa acccggcctg 1380

ccgctcgcga cagatgaaag ctggctggat caggaactcg acgaacgcca gcgggtgatt 1440

gccgcactgg agaaaaccgg ctgggtgcag gccaaagcgg cccgactgct gggcatgaca 1500

ccgcgccaga ttgcctaccg tatccagatt atggacatca acatgcaccg tatctga 1557

<210> 75

<211> 1314

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1314)

<223> 具有500bp侧翼区域的Prm5, 菌株CI006

<400> 75

aaaactaccg ccgcaattaa tgaacccaac gctactgttg ccgggccatg ctcttccccg 60

gcgcgctgcc cggaaaggat atagattgcc cagcacgcgc cagcaccaag cgcgaacgcc 120

gcgccagtga gatcaacatg tgaaacattt tcgcccagcg gcagcagata caagaggcca 180

agtaccgcca ggatcaccca gatgaaatcc accgggcggc gtgaggcaaa aagcgccacc 240

gccagcgggc cggtaaattc cagcgccacc gcaacgccga gcggtatcgt ctggatcgat 300

aaatagaaca tatagttcat ggcgccgagc gacaggccat aaaacagcag tggcaggcgt 360

tgttcacggg taaaatgtaa acgccagggc ttgaacacta cgaccaaaat aagggtgcca 420

agtgcgagac gcagcgcggt gacgccgggt gcgccaacaa tcggaaacag tgatttcgcc 480

agcgacgcgc ctccctgaat ggacatcatc gcgacaaaca atattaatac cggcaaccac 540

accggcaatt tacgagactg cgcaggcatc ctttctcccg tcaatttctg tcaaataaag 600

taaaagaggc agtctacttg aattaccccc ggctggttga gcgtttgttg aaaaaaagta 660

actgaaaaat ccgtagaata gcgccactct gatggttaat taacctattc aattaagaat 720

tatctggatg aatgtgccat taaatgcgca gcataatggt gcgttgtgcg ggaaaactgc 780

ttttttttga aagggttggt cagtagcgga aactttctgt tacatcaaat ggcgctttag 840

accccaattc ccgcaaagag tttcttaact aattttgata tatttaaacg cgtaggacgt 900

aggatttact tgaagcacat ttgaggtgga ttatgaaaaa aattgcatgt ctttcagcac 960

tggccgcact tctggcggtt tctgcaggtt ccgcagtagc agcaacttca accgtaactg 1020

gcggctacgc tcagagcgac gctcagggta ttgctaacaa aactaacggt ttcaacctga 1080

aatatcgcta cgagcaggac aacaacccgc tgggtgttat cggttccttt acttacactg 1140

aaaaagatcg caccgaaagc agcgtttata acaaagcgca gtactacggc atcaccgcag 1200

gcccggctta ccgcatcaac gactgggcga gcatctacgg tgttgtgggt gtaggttacg 1260

gtaaattcca gcagactgta gacaccgcta aagtgtctga caccagcgac tacg 1314

<210> 76

<211> 3413

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(3413)

<223> nifLA操纵子 - 上游基因间区域 +nifL和nifA

CDS, 菌株CI006

<400> 76

aacacacgct cctgttgaaa aagagatccc gccgggaaat gcggtgaacg tgtctgatat 60

tgcgaagagt gtgccagttt tggtcgcggg caaaacctgc accagtttgg ttattaatgc 120

accagtctgg cgcttttttt cgccgagttt ctcctcgcta atgcccgcca ggcgcggctt 180

tggcgctgat agcgcgctga ataccgatct ggatcaaggt tttgtcgggt tatcagccaa 240

aaggtgcact ctttgcatgg ttatacgtgc ctgacatgtt gtccgggcga caaacggcct 300

ggtggcacaa attgtcagaa ctacgacacg actaactgac cgcaggagtg tgcgatgacc 360

ctgaatatga tgatggatgc cggcgcgccc gaggcaatcg ccggtgcgct ttcgcgacac 420

catcctgggc tgttttttac catcgttgaa gaagcgcccg tcgccatttc gctgactgat 480

gccgacgcac gcattgtcta tgccaacccg gctttctgcc gccagaccgg ctatgaacta 540

gaagcgttgt tgcagcaaaa tccccgcctg cttgcaagtc gccaaacccc acgggaaatc 600

tatcaggata tgtggcacac cttgttacaa cgccgaccgt ggcgcgggca attgattaac 660

cgccaccgcg acggcagcct gtatctggtc gagatcgata tcaccccggt gattaacccg 720

tttggcgaac tggaacacta cctggcaatg cagcgcgata tcagcgccag ttatgcgctg 780

gagcagcggt tgcgcaatca catgacgctg accgaagcgg tgctgaataa cattccggcg 840

gcggtggttg tagtggatga acgcgatcat gtggttatgg ataaccttgc ctacaaaacg 900

ttctgtgccg actgcggcgg aaaagagctc ctgagcgaac tcaatttttc agcccgaaaa 960

gcggagctgg caaacggcca ggtcttaccg gtggtgctgc gcggtgaggt gcgctggttg 1020

tcggtgacct gctgggcgct gccgggcgtc agcgaagaag ccagtcgcta ctttattgat 1080

aacaggctga cgcgcacgct ggtggtgatc accgacgaca cccaacaacg ccagcagcag 1140

gaacagggcc gacttgaccg ccttaaacag cagatgacca acggcaaact actggcagcg 1200

atccgcgaag cgcttgacgc cgcgctgatc cagcttaact gccccatcaa tatgctggcg 1260

gcggcgcgac gtttaaacgg cagtgataac aacaatgtgg cgctcgacgc cgcgtggcgc 1320

gaaggtgaag aggcgatggc gcggctgaaa cgttgccgcc cgtcgctgga actggaaagt 1380

gcggccgtct ggccgctgca accctttttt gacgatctgc gcgcgcttta tcacacccgc 1440

tacgagcagg ggaaaaattt gcaggtcacg ctggattccc atcatctggt gggatttggt 1500

cagcgtacgc aactgttagc ctgcctgagt ctgtggctcg atcgcacgct ggatattgcc 1560

gccgggctgg gtgatttcac cgcgcaaacg cagatttacg cccgcgaaga agagggctgg 1620

ctctctttgt atatcactga caatgtgccg ctgatcccgc tgcgccacac ccactcgccg 1680

gatgcgctta acgctccggg aaaaggcatg gagctgcgcc tgatccagac gctggtggca 1740

caccaccacg gcgcaataga actcacttca caccccgaag ggggaagttg cctgacccta 1800

cgattcccgc tatttcattc actgaccgga ggttcaaaat gacccagcga accgagtcgg 1860

gtaataccgt ctggcgcttc gatttgtccc agcagttcac tgcgatgcag cgcataagcg 1920

tggtactcag ccgggcgacc gaggtcgatc agacgctcca gcaagtgctg tgcgtattgc 1980

acaatgacgc ctttttgcag cacggcatga tctgtctgta cgacagccag caggcgattt 2040

tgaatattga agcgttgcag gaagccgatc agcagttaat ccccggcagc tcgcaaatcc 2100

gctatcgtcc gggcgaaggg ctggtcggga cggtgctttc gcagggccaa tcattagtgc 2160

tggcgcgcgt tgctgacgat cagcgctttc ttgaccggct cgggttgtat gattacaacc 2220

tgccgtttat cgccgtgccg ctgatagggc cagatgcgca gactttcggt gtgctgacgg 2280

cacaacccat ggcgcgttac gaagagcgat tacccgcctg cacccgcttt ctggaaacgg 2340

tcgctaacct ggtcgcgcaa accgtgcgtt tgatggcacc accggcagtg cgcccttccc 2400

cgcgcgccgc cataacacag gccgccagcc cgaaatcctg cacggcctca cgcgcatttg 2460

gttttgaaaa tatggtcggt aacagtccgg cgatgcgcca gaccatggag attatccgtc 2520

aggtttcgcg ctgggacacc accgttctgg tacgcggcga gagtggcacc ggcaaggagc 2580

tgattgccaa cgccatccac caccattcgc cgcgtgccgg tgcgccattt gtgaaattca 2640

actgtgcggc gctgccggac acactgctgg aaagcgaatt gttcggtcac gagaaagggg 2700

catttaccgg cgcggtacgc cagcgtaaag gccgttttga gctggccgat ggcggcacgc 2760

tgtttcttga cgagatcggc gagagtagcg cctcgtttca ggctaagctg ctgcgcattt 2820

tgcaggaagg cgaaatggaa cgcgtcggcg gcgacgagac attgcaagtg aatgtgcgca 2880

ttattgccgc gacgaaccgc aatcttgaag atgaagtccg gctggggcac tttcgcgaag 2940

atctctatta tcgcctgaat gtgatgccca tcgccctgcc gccactacgc gaacgccagg 3000

aggacattgc cgagctggcg cactttctgg tgcgtaaaat cgcccataac cagagccgta 3060

cgctgcgcat tagcgagggc gctatccgcc tgctgatgag ctacaactgg cccggtaatg 3120

tgcgcgaact ggaaaactgc cttgagcgct cagcggtgat gtcggagaac ggtctgatcg 3180

atcgggatgt gattttgttt aatcatcgcg accagccagc caaaccgcca gttatcagcg 3240

tctcgcatga tgataactgg ctcgataaca accttgacga gcgccagcgg ctgattgcgg 3300

cgctggaaaa agcgggatgg gtacaagcca aagccgcgcg cttgctgggg atgacgccgc 3360

gccaggtcgc ctatcgtatt cagacgatgg atataaccct gccaaggcta taa 3413

<210> 77

<211> 495

<212> PRT

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> MISC_FEATURE

<222> (1)..(495)

<223> NifL, 菌株CI006

<400> 77

Met Thr Leu Asn Met Met Met Asp Ala Gly Ala Pro Glu Ala Ile Ala

1 5 10 15

Gly Ala Leu Ser Arg His His Pro Gly Leu Phe Phe Thr Ile Val Glu

20 25 30

Glu Ala Pro Val Ala Ile Ser Leu Thr Asp Ala Asp Ala Arg Ile Val

35 40 45

Tyr Ala Asn Pro Ala Phe Cys Arg Gln Thr Gly Tyr Glu Leu Glu Ala

50 55 60

Leu Leu Gln Gln Asn Pro Arg Leu Leu Ala Ser Arg Gln Thr Pro Arg

65 70 75 80

Glu Ile Tyr Gln Asp Met Trp His Thr Leu Leu Gln Arg Arg Pro Trp

85 90 95

Arg Gly Gln Leu Ile Asn Arg His Arg Asp Gly Ser Leu Tyr Leu Val

100 105 110

Glu Ile Asp Ile Thr Pro Val Ile Asn Pro Phe Gly Glu Leu Glu His

115 120 125

Tyr Leu Ala Met Gln Arg Asp Ile Ser Ala Ser Tyr Ala Leu Glu Gln

130 135 140

Arg Leu Arg Asn His Met Thr Leu Thr Glu Ala Val Leu Asn Asn Ile

145 150 155 160

Pro Ala Ala Val Val Val Val Asp Glu Arg Asp His Val Val Met Asp

165 170 175

Asn Leu Ala Tyr Lys Thr Phe Cys Ala Asp Cys Gly Gly Lys Glu Leu

180 185 190

Leu Ser Glu Leu Asn Phe Ser Ala Arg Lys Ala Glu Leu Ala Asn Gly

195 200 205

Gln Val Leu Pro Val Val Leu Arg Gly Glu Val Arg Trp Leu Ser Val

210 215 220

Thr Cys Trp Ala Leu Pro Gly Val Ser Glu Glu Ala Ser Arg Tyr Phe

225 230 235 240

Ile Asp Asn Arg Leu Thr Arg Thr Leu Val Val Ile Thr Asp Asp Thr

245 250 255

Gln Gln Arg Gln Gln Gln Glu Gln Gly Arg Leu Asp Arg Leu Lys Gln

260 265 270

Gln Met Thr Asn Gly Lys Leu Leu Ala Ala Ile Arg Glu Ala Leu Asp

275 280 285

Ala Ala Leu Ile Gln Leu Asn Cys Pro Ile Asn Met Leu Ala Ala Ala

290 295 300

Arg Arg Leu Asn Gly Ser Asp Asn Asn Asn Val Ala Leu Asp Ala Ala

305 310 315 320

Trp Arg Glu Gly Glu Glu Ala Met Ala Arg Leu Lys Arg Cys Arg Pro

325 330 335

Ser Leu Glu Leu Glu Ser Ala Ala Val Trp Pro Leu Gln Pro Phe Phe

340 345 350

Asp Asp Leu Arg Ala Leu Tyr His Thr Arg Tyr Glu Gln Gly Lys Asn

355 360 365

Leu Gln Val Thr Leu Asp Ser His His Leu Val Gly Phe Gly Gln Arg

370 375 380

Thr Gln Leu Leu Ala Cys Leu Ser Leu Trp Leu Asp Arg Thr Leu Asp

385 390 395 400

Ile Ala Ala Gly Leu Gly Asp Phe Thr Ala Gln Thr Gln Ile Tyr Ala

405 410 415

Arg Glu Glu Glu Gly Trp Leu Ser Leu Tyr Ile Thr Asp Asn Val Pro

420 425 430

Leu Ile Pro Leu Arg His Thr His Ser Pro Asp Ala Leu Asn Ala Pro

435 440 445

Gly Lys Gly Met Glu Leu Arg Leu Ile Gln Thr Leu Val Ala His His

450 455 460

His Gly Ala Ile Glu Leu Thr Ser His Pro Glu Gly Gly Ser Cys Leu

465 470 475 480

Thr Leu Arg Phe Pro Leu Phe His Ser Leu Thr Gly Gly Ser Lys

485 490 495

<210> 78

<211> 524

<212> PRT

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> MISC_FEATURE

<222> (1)..(524)

<223> NifA, 菌株CI006

<400> 78

Met Thr Gln Arg Thr Glu Ser Gly Asn Thr Val Trp Arg Phe Asp Leu

1 5 10 15

Ser Gln Gln Phe Thr Ala Met Gln Arg Ile Ser Val Val Leu Ser Arg

20 25 30

Ala Thr Glu Val Asp Gln Thr Leu Gln Gln Val Leu Cys Val Leu His

35 40 45

Asn Asp Ala Phe Leu Gln His Gly Met Ile Cys Leu Tyr Asp Ser Gln

50 55 60

Gln Ala Ile Leu Asn Ile Glu Ala Leu Gln Glu Ala Asp Gln Gln Leu

65 70 75 80

Ile Pro Gly Ser Ser Gln Ile Arg Tyr Arg Pro Gly Glu Gly Leu Val

85 90 95

Gly Thr Val Leu Ser Gln Gly Gln Ser Leu Val Leu Ala Arg Val Ala

100 105 110

Asp Asp Gln Arg Phe Leu Asp Arg Leu Gly Leu Tyr Asp Tyr Asn Leu

115 120 125

Pro Phe Ile Ala Val Pro Leu Ile Gly Pro Asp Ala Gln Thr Phe Gly

130 135 140

Val Leu Thr Ala Gln Pro Met Ala Arg Tyr Glu Glu Arg Leu Pro Ala

145 150 155 160

Cys Thr Arg Phe Leu Glu Thr Val Ala Asn Leu Val Ala Gln Thr Val

165 170 175

Arg Leu Met Ala Pro Pro Ala Val Arg Pro Ser Pro Arg Ala Ala Ile

180 185 190

Thr Gln Ala Ala Ser Pro Lys Ser Cys Thr Ala Ser Arg Ala Phe Gly

195 200 205

Phe Glu Asn Met Val Gly Asn Ser Pro Ala Met Arg Gln Thr Met Glu

210 215 220

Ile Ile Arg Gln Val Ser Arg Trp Asp Thr Thr Val Leu Val Arg Gly

225 230 235 240

Glu Ser Gly Thr Gly Lys Glu Leu Ile Ala Asn Ala Ile His His His

245 250 255

Ser Pro Arg Ala Gly Ala Pro Phe Val Lys Phe Asn Cys Ala Ala Leu

260 265 270

Pro Asp Thr Leu Leu Glu Ser Glu Leu Phe Gly His Glu Lys Gly Ala

275 280 285

Phe Thr Gly Ala Val Arg Gln Arg Lys Gly Arg Phe Glu Leu Ala Asp

290 295 300

Gly Gly Thr Leu Phe Leu Asp Glu Ile Gly Glu Ser Ser Ala Ser Phe

305 310 315 320

Gln Ala Lys Leu Leu Arg Ile Leu Gln Glu Gly Glu Met Glu Arg Val

325 330 335

Gly Gly Asp Glu Thr Leu Gln Val Asn Val Arg Ile Ile Ala Ala Thr

340 345 350

Asn Arg Asn Leu Glu Asp Glu Val Arg Leu Gly His Phe Arg Glu Asp

355 360 365

Leu Tyr Tyr Arg Leu Asn Val Met Pro Ile Ala Leu Pro Pro Leu Arg

370 375 380

Glu Arg Gln Glu Asp Ile Ala Glu Leu Ala His Phe Leu Val Arg Lys

385 390 395 400

Ile Ala His Asn Gln Ser Arg Thr Leu Arg Ile Ser Glu Gly Ala Ile

405 410 415

Arg Leu Leu Met Ser Tyr Asn Trp Pro Gly Asn Val Arg Glu Leu Glu

420 425 430

Asn Cys Leu Glu Arg Ser Ala Val Met Ser Glu Asn Gly Leu Ile Asp

435 440 445

Arg Asp Val Ile Leu Phe Asn His Arg Asp Gln Pro Ala Lys Pro Pro

450 455 460

Val Ile Ser Val Ser His Asp Asp Asn Trp Leu Asp Asn Asn Leu Asp

465 470 475 480

Glu Arg Gln Arg Leu Ile Ala Ala Leu Glu Lys Ala Gly Trp Val Gln

485 490 495

Ala Lys Ala Ala Arg Leu Leu Gly Met Thr Pro Arg Gln Val Ala Tyr

500 505 510

Arg Ile Gln Thr Met Asp Ile Thr Leu Pro Arg Leu

515 520

<210> 79

<211> 2850

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2850)

<223> glnE, 菌株CI006

<400> 79

atgccgcacc acgcaggatt gtcgcagcac tggcaaacgg tattttctcg tctgccggaa 60

tcgctcaccg cgcagccatt gagcgcgcag gcgcagtcag tgctcacttt tagtgatttt 120

gttcaggaca gcatcatcgc gcatcctgag tggctggcag agcttgaaag cgcgccgccg 180

cctgcgaacg aatggcaaca ctatgcgcaa tggctgcaag cggcgctgga tggcgtcacc 240

gatgaagcct cgctgatgcg cgcgctgcgg ctgtttcgcc gtcgcatcat ggtgcgcatc 300

gcctggagcc aggcgttaca gttggtggcg gaagaagata tcctgcaaca gcttagcgtg 360

ctggcggaaa ccctgatcgt cgccgcgcgc gactggcttt atgaggcctg ctgccgtgag 420

tggggaacgc cgagcaatcc acaaggcgtg gcgcagccga tgctggtact cggcatgggc 480

aaactgggtg gcggcgaact caatttctca tccgatatcg atttgatttt cgcctggccg 540

gaaaatggcg caacgcgcgg tggacgccgt gagctggata acgcgcaatt tttcactcgc 600

cttggtcaac ggctgattaa agtcctcgac cagccaacgc aggatggctt tgtctaccgc 660

gtcgatatgc gcttgcgccc gtttggcgac agcggcccgc tggtgctgag ctttgccgcg 720

ctggaagatt actaccagga gcaggggcgc gattgggaac gctacgcgat ggtgaaagcg 780

cgcattatgg gcgataacga cggcgaccat gcgcgggagt tgcgcgcaat gctgcgcccg 840

tttgttttcc gccgttatat cgacttcagc gtgattcagt ccctgcgtaa catgaaaggc 900

atgattgccc gcgaagtgcg tcgccgtggc ctgaaggaca acattaagct cggcgcgggc 960

gggatccgcg aaatagaatt tatcgtccag gttttccagc tgattcgcgg cggtcgcgag 1020

cctgcactgc aatcgcgttc actgttgccg acgcttgctg ccatagatca actgcatctg 1080

ctgccggatg gcgacgcaac ccggctgcgc gaggcgtatt tgtggctgcg acggctggag 1140

aacctgctgc aaagcatcaa tgacgaacag acacagacgc tgccgggcga tgaactgaat 1200

cgcgcgcgcc tcgcctgggg aatgggcaaa gatagctggg aagcgctctg cgaaacgctg 1260

gaagcgcata tgtcggcggt gcgtcagata tttaacgatc tgattggcga tgatgaaacg 1320

gattcgccgg aagatgcgct ttctgagagc tggcgcgaat tgtggcagga tgcgttgcag 1380

gaggaggatt ccacgcccgt gctggcgcat ctctcagagg acgatcgccg ccgcgtggtg 1440

gcgctgattg ccgattttcg caaagagttg gataaacgca ccattggccc gcgagggcgg 1500

caggtactcg atcacttaat gccgcatctg ctcagcgatg tatgctcgcg cgacgatgcg 1560

ccagtaccgc tgtcacgcct gacgccgctg ctcaccggaa ttattacccg caccacttac 1620

cttgagctgc taagtgaatt tcccggcgca ctgaaacacc tcatttccct gtgtgccgcg 1680

tcgccgatgg ttgccagtca gctggcgcgc tacccgatcc tgcttgatga attgctcgac 1740

ccgaatacgc tctatcaacc gacggcgatg aatgcctatc gcgatgagct gcgccaatac 1800

ctgctgcgcg tgccggaaga tgatgaagag caacagcttg aggcgctgcg gcagtttaag 1860

caggcgcagt tgctgcgcgt ggcggcggcg gatattgccg gtacgttgcc agtaatgaaa 1920

gtgagcgatc acttaacctg gctggcggaa gcgattattg atgcggtggt gcagcaagcc 1980

tgggggcaga tggtggcgcg ttatggccag ccaacgcatc tgcacgatcg cgaagggcgc 2040

ggttttgcgg tggtcggtta tggcaagctg ggcggctggg agctgggtta cagctccgat 2100

ctggatctgg tattcctgca cgactgcccg atggatgtga tgaccgatgg cgagcgtgaa 2160

atcgatggtc gccagttcta tttgcgtctc gcgcagcgcg tgatgcacct gtttagcacg 2220

cgcacgtcgt ccggcatcct ttatgaagtt gatgcgcgtc tgcgtccatc tggcgctgcg 2280

gggatgctgg tcactactac ggaatcgttc gccgattacc agcaaaacga agcctggacg 2340

tgggaacatc aggcgctggc ccgtgcgcgc gtggtgtacg gcgatccgca actgaccgcc 2400

gaatttgacg ccattcgccg cgatattctg atgacgcctc gcgacggcgc aacgctgcaa 2460

accgacgtgc gagaaatgcg cgagaaaatg cgtgcccatc ttggcaacaa gcataaagac 2520

cgcttcgatc tgaaagccga tgaaggcggt atcaccgaca tcgagtttat cgcccaatat 2580

ctggtgctgc gctttgccca tgacaagccg aaactgacgc gctggtcgga taatgtgcgc 2640

attctcgaag ggctggcgca aaacggcatc atggaggagc aggaagcgca ggcattgacg 2700

ctggcgtaca ccacattgcg tgatgagctg caccacctgg cgctgcaaga gttgccggga 2760

catgtggcgc tctcctgttt tgtcgccgag cgtgcgctta ttaaaaccag ctgggacaag 2820

tggctggtgg aaccgtgcgc cccggcgtaa 2850

<210> 80

<211> 1563

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> glnE_KO1, 菌株CI006

<400> 80

atgtttaacg atctgattgg cgatgatgaa acggattcgc cggaagatgc gctttctgag 60

agctggcgcg aattgtggca ggatgcgttg caggaggagg attccacgcc cgtgctggcg 120

catctctcag aggacgatcg ccgccgcgtg gtggcgctga ttgccgattt tcgcaaagag 180

ttggataaac gcaccattgg cccgcgaggg cggcaggtac tcgatcactt aatgccgcat 240

ctgctcagcg atgtatgctc gcgcgacgat gcgccagtac cgctgtcacg cctgacgccg 300

ctgctcaccg gaattattac ccgcaccact taccttgagc tgctaagtga atttcccggc 360

gcactgaaac acctcatttc cctgtgtgcc gcgtcgccga tggttgccag tcagctggcg 420

cgctacccga tcctgcttga tgaattgctc gacccgaata cgctctatca accgacggcg 480

atgaatgcct atcgcgatga gctgcgccaa tacctgctgc gcgtgccgga agatgatgaa 540

gagcaacagc ttgaggcgct gcggcagttt aagcaggcgc agttgctgcg cgtggcggcg 600

gcggatattg ccggtacgtt gccagtaatg aaagtgagcg atcacttaac ctggctggcg 660

gaagcgatta ttgatgcggt ggtgcagcaa gcctgggggc agatggtggc gcgttatggc 720

cagccaacgc atctgcacga tcgcgaaggg cgcggttttg cggtggtcgg ttatggcaag 780

ctgggcggct gggagctggg ttacagctcc gatctggatc tggtattcct gcacgactgc 840

ccgatggatg tgatgaccga tggcgagcgt gaaatcgatg gtcgccagtt ctatttgcgt 900

ctcgcgcagc gcgtgatgca cctgtttagc acgcgcacgt cgtccggcat cctttatgaa 960

gttgatgcgc gtctgcgtcc atctggcgct gcggggatgc tggtcactac tacggaatcg 1020

ttcgccgatt accagcaaaa cgaagcctgg acgtgggaac atcaggcgct ggcccgtgcg 1080

cgcgtggtgt acggcgatcc gcaactgacc gccgaatttg acgccattcg ccgcgatatt 1140

ctgatgacgc ctcgcgacgg cgcaacgctg caaaccgacg tgcgagaaat gcgcgagaaa 1200

atgcgtgccc atcttggcaa caagcataaa gaccgcttcg atctgaaagc cgatgaaggc 1260

ggtatcaccg acatcgagtt tatcgcccaa tatctggtgc tgcgctttgc ccatgacaag 1320

ccgaaactga cgcgctggtc ggataatgtg cgcattctcg aagggctggc gcaaaacggc 1380

atcatggagg agcaggaagc gcaggcattg acgctggcgt acaccacatt gcgtgatgag 1440

ctgcaccacc tggcgctgca agagttgccg ggacatgtgg cgctctcctg ttttgtcgcc 1500

gagcgtgcgc ttattaaaac cagctgggac aagtggctgg tggaaccgtg cgccccggcg 1560

taa 1563

<210> 81

<211> 949

<212> PRT

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> MISC_FEATURE

<222> (1)..(949)

<223> glnE, 菌株CI006

<400> 81

Met Pro His His Ala Gly Leu Ser Gln His Trp Gln Thr Val Phe Ser

1 5 10 15

Arg Leu Pro Glu Ser Leu Thr Ala Gln Pro Leu Ser Ala Gln Ala Gln

20 25 30

Ser Val Leu Thr Phe Ser Asp Phe Val Gln Asp Ser Ile Ile Ala His

35 40 45

Pro Glu Trp Leu Ala Glu Leu Glu Ser Ala Pro Pro Pro Ala Asn Glu

50 55 60

Trp Gln His Tyr Ala Gln Trp Leu Gln Ala Ala Leu Asp Gly Val Thr

65 70 75 80

Asp Glu Ala Ser Leu Met Arg Ala Leu Arg Leu Phe Arg Arg Arg Ile

85 90 95

Met Val Arg Ile Ala Trp Ser Gln Ala Leu Gln Leu Val Ala Glu Glu

100 105 110

Asp Ile Leu Gln Gln Leu Ser Val Leu Ala Glu Thr Leu Ile Val Ala

115 120 125

Ala Arg Asp Trp Leu Tyr Glu Ala Cys Cys Arg Glu Trp Gly Thr Pro

130 135 140

Ser Asn Pro Gln Gly Val Ala Gln Pro Met Leu Val Leu Gly Met Gly

145 150 155 160

Lys Leu Gly Gly Gly Glu Leu Asn Phe Ser Ser Asp Ile Asp Leu Ile

165 170 175

Phe Ala Trp Pro Glu Asn Gly Ala Thr Arg Gly Gly Arg Arg Glu Leu

180 185 190

Asp Asn Ala Gln Phe Phe Thr Arg Leu Gly Gln Arg Leu Ile Lys Val

195 200 205

Leu Asp Gln Pro Thr Gln Asp Gly Phe Val Tyr Arg Val Asp Met Arg

210 215 220

Leu Arg Pro Phe Gly Asp Ser Gly Pro Leu Val Leu Ser Phe Ala Ala

225 230 235 240

Leu Glu Asp Tyr Tyr Gln Glu Gln Gly Arg Asp Trp Glu Arg Tyr Ala

245 250 255

Met Val Lys Ala Arg Ile Met Gly Asp Asn Asp Gly Asp His Ala Arg

260 265 270

Glu Leu Arg Ala Met Leu Arg Pro Phe Val Phe Arg Arg Tyr Ile Asp

275 280 285

Phe Ser Val Ile Gln Ser Leu Arg Asn Met Lys Gly Met Ile Ala Arg

290 295 300

Glu Val Arg Arg Arg Gly Leu Lys Asp Asn Ile Lys Leu Gly Ala Gly

305 310 315 320

Gly Ile Arg Glu Ile Glu Phe Ile Val Gln Val Phe Gln Leu Ile Arg

325 330 335

Gly Gly Arg Glu Pro Ala Leu Gln Ser Arg Ser Leu Leu Pro Thr Leu

340 345 350

Ala Ala Ile Asp Gln Leu His Leu Leu Pro Asp Gly Asp Ala Thr Arg

355 360 365

Leu Arg Glu Ala Tyr Leu Trp Leu Arg Arg Leu Glu Asn Leu Leu Gln

370 375 380

Ser Ile Asn Asp Glu Gln Thr Gln Thr Leu Pro Gly Asp Glu Leu Asn

385 390 395 400

Arg Ala Arg Leu Ala Trp Gly Met Gly Lys Asp Ser Trp Glu Ala Leu

405 410 415

Cys Glu Thr Leu Glu Ala His Met Ser Ala Val Arg Gln Ile Phe Asn

420 425 430

Asp Leu Ile Gly Asp Asp Glu Thr Asp Ser Pro Glu Asp Ala Leu Ser

435 440 445

Glu Ser Trp Arg Glu Leu Trp Gln Asp Ala Leu Gln Glu Glu Asp Ser

450 455 460

Thr Pro Val Leu Ala His Leu Ser Glu Asp Asp Arg Arg Arg Val Val

465 470 475 480

Ala Leu Ile Ala Asp Phe Arg Lys Glu Leu Asp Lys Arg Thr Ile Gly

485 490 495

Pro Arg Gly Arg Gln Val Leu Asp His Leu Met Pro His Leu Leu Ser

500 505 510

Asp Val Cys Ser Arg Asp Asp Ala Pro Val Pro Leu Ser Arg Leu Thr

515 520 525

Pro Leu Leu Thr Gly Ile Ile Thr Arg Thr Thr Tyr Leu Glu Leu Leu

530 535 540

Ser Glu Phe Pro Gly Ala Leu Lys His Leu Ile Ser Leu Cys Ala Ala

545 550 555 560

Ser Pro Met Val Ala Ser Gln Leu Ala Arg Tyr Pro Ile Leu Leu Asp

565 570 575

Glu Leu Leu Asp Pro Asn Thr Leu Tyr Gln Pro Thr Ala Met Asn Ala

580 585 590

Tyr Arg Asp Glu Leu Arg Gln Tyr Leu Leu Arg Val Pro Glu Asp Asp

595 600 605

Glu Glu Gln Gln Leu Glu Ala Leu Arg Gln Phe Lys Gln Ala Gln Leu

610 615 620

Leu Arg Val Ala Ala Ala Asp Ile Ala Gly Thr Leu Pro Val Met Lys

625 630 635 640

Val Ser Asp His Leu Thr Trp Leu Ala Glu Ala Ile Ile Asp Ala Val

645 650 655

Val Gln Gln Ala Trp Gly Gln Met Val Ala Arg Tyr Gly Gln Pro Thr

660 665 670

His Leu His Asp Arg Glu Gly Arg Gly Phe Ala Val Val Gly Tyr Gly

675 680 685

Lys Leu Gly Gly Trp Glu Leu Gly Tyr Ser Ser Asp Leu Asp Leu Val

690 695 700

Phe Leu His Asp Cys Pro Met Asp Val Met Thr Asp Gly Glu Arg Glu

705 710 715 720

Ile Asp Gly Arg Gln Phe Tyr Leu Arg Leu Ala Gln Arg Val Met His

725 730 735

Leu Phe Ser Thr Arg Thr Ser Ser Gly Ile Leu Tyr Glu Val Asp Ala

740 745 750

Arg Leu Arg Pro Ser Gly Ala Ala Gly Met Leu Val Thr Thr Thr Glu

755 760 765

Ser Phe Ala Asp Tyr Gln Gln Asn Glu Ala Trp Thr Trp Glu His Gln

770 775 780

Ala Leu Ala Arg Ala Arg Val Val Tyr Gly Asp Pro Gln Leu Thr Ala

785 790 795 800

Glu Phe Asp Ala Ile Arg Arg Asp Ile Leu Met Thr Pro Arg Asp Gly

805 810 815

Ala Thr Leu Gln Thr Asp Val Arg Glu Met Arg Glu Lys Met Arg Ala

820 825 830

His Leu Gly Asn Lys His Lys Asp Arg Phe Asp Leu Lys Ala Asp Glu

835 840 845

Gly Gly Ile Thr Asp Ile Glu Phe Ile Ala Gln Tyr Leu Val Leu Arg

850 855 860

Phe Ala His Asp Lys Pro Lys Leu Thr Arg Trp Ser Asp Asn Val Arg

865 870 875 880

Ile Leu Glu Gly Leu Ala Gln Asn Gly Ile Met Glu Glu Gln Glu Ala

885 890 895

Gln Ala Leu Thr Leu Ala Tyr Thr Thr Leu Arg Asp Glu Leu His His

900 905 910

Leu Ala Leu Gln Glu Leu Pro Gly His Val Ala Leu Ser Cys Phe Val

915 920 925

Ala Glu Arg Ala Leu Ile Lys Thr Ser Trp Asp Lys Trp Leu Val Glu

930 935 940

Pro Cys Ala Pro Ala

945

<210> 82

<211> 520

<212> PRT

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> MISC_FEATURE

<222> (1)..(520)

<223> GlnE_KO1, 菌株CI006

<400> 82

Met Phe Asn Asp Leu Ile Gly Asp Asp Glu Thr Asp Ser Pro Glu Asp

1 5 10 15

Ala Leu Ser Glu Ser Trp Arg Glu Leu Trp Gln Asp Ala Leu Gln Glu

20 25 30

Glu Asp Ser Thr Pro Val Leu Ala His Leu Ser Glu Asp Asp Arg Arg

35 40 45

Arg Val Val Ala Leu Ile Ala Asp Phe Arg Lys Glu Leu Asp Lys Arg

50 55 60

Thr Ile Gly Pro Arg Gly Arg Gln Val Leu Asp His Leu Met Pro His

65 70 75 80

Leu Leu Ser Asp Val Cys Ser Arg Asp Asp Ala Pro Val Pro Leu Ser

85 90 95

Arg Leu Thr Pro Leu Leu Thr Gly Ile Ile Thr Arg Thr Thr Tyr Leu

100 105 110

Glu Leu Leu Ser Glu Phe Pro Gly Ala Leu Lys His Leu Ile Ser Leu

115 120 125

Cys Ala Ala Ser Pro Met Val Ala Ser Gln Leu Ala Arg Tyr Pro Ile

130 135 140

Leu Leu Asp Glu Leu Leu Asp Pro Asn Thr Leu Tyr Gln Pro Thr Ala

145 150 155 160

Met Asn Ala Tyr Arg Asp Glu Leu Arg Gln Tyr Leu Leu Arg Val Pro

165 170 175

Glu Asp Asp Glu Glu Gln Gln Leu Glu Ala Leu Arg Gln Phe Lys Gln

180 185 190

Ala Gln Leu Leu Arg Val Ala Ala Ala Asp Ile Ala Gly Thr Leu Pro

195 200 205

Val Met Lys Val Ser Asp His Leu Thr Trp Leu Ala Glu Ala Ile Ile

210 215 220

Asp Ala Val Val Gln Gln Ala Trp Gly Gln Met Val Ala Arg Tyr Gly

225 230 235 240

Gln Pro Thr His Leu His Asp Arg Glu Gly Arg Gly Phe Ala Val Val

245 250 255

Gly Tyr Gly Lys Leu Gly Gly Trp Glu Leu Gly Tyr Ser Ser Asp Leu

260 265 270

Asp Leu Val Phe Leu His Asp Cys Pro Met Asp Val Met Thr Asp Gly

275 280 285

Glu Arg Glu Ile Asp Gly Arg Gln Phe Tyr Leu Arg Leu Ala Gln Arg

290 295 300

Val Met His Leu Phe Ser Thr Arg Thr Ser Ser Gly Ile Leu Tyr Glu

305 310 315 320

Val Asp Ala Arg Leu Arg Pro Ser Gly Ala Ala Gly Met Leu Val Thr

325 330 335

Thr Thr Glu Ser Phe Ala Asp Tyr Gln Gln Asn Glu Ala Trp Thr Trp

340 345 350

Glu His Gln Ala Leu Ala Arg Ala Arg Val Val Tyr Gly Asp Pro Gln

355 360 365

Leu Thr Ala Glu Phe Asp Ala Ile Arg Arg Asp Ile Leu Met Thr Pro

370 375 380

Arg Asp Gly Ala Thr Leu Gln Thr Asp Val Arg Glu Met Arg Glu Lys

385 390 395 400

Met Arg Ala His Leu Gly Asn Lys His Lys Asp Arg Phe Asp Leu Lys

405 410 415

Ala Asp Glu Gly Gly Ile Thr Asp Ile Glu Phe Ile Ala Gln Tyr Leu

420 425 430

Val Leu Arg Phe Ala His Asp Lys Pro Lys Leu Thr Arg Trp Ser Asp

435 440 445

Asn Val Arg Ile Leu Glu Gly Leu Ala Gln Asn Gly Ile Met Glu Glu

450 455 460

Gln Glu Ala Gln Ala Leu Thr Leu Ala Tyr Thr Thr Leu Arg Asp Glu

465 470 475 480

Leu His His Leu Ala Leu Gln Glu Leu Pro Gly His Val Ala Leu Ser

485 490 495

Cys Phe Val Ala Glu Arg Ala Leu Ile Lys Thr Ser Trp Asp Lys Trp

500 505 510

Leu Val Glu Pro Cys Ala Pro Ala

515 520

<210> 83

<211> 341

<212> PRT

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> MISC_FEATURE

<222> (1)..(341)

<223> GlnE酰基转移酶结构域, 菌株CI006

<400> 83

Glu Glu Gln Gln Leu Glu Ala Leu Arg Gln Phe Lys Gln Ala Gln Leu

1 5 10 15

Leu Arg Val Ala Ala Ala Asp Ile Ala Gly Thr Leu Pro Val Met Lys

20 25 30

Val Ser Asp His Leu Thr Trp Leu Ala Glu Ala Ile Ile Asp Ala Val

35 40 45

Val Gln Gln Ala Trp Gly Gln Met Val Ala Arg Tyr Gly Gln Pro Thr

50 55 60

His Leu His Asp Arg Glu Gly Arg Gly Phe Ala Val Val Gly Tyr Gly

65 70 75 80

Lys Leu Gly Gly Trp Glu Leu Gly Tyr Ser Ser Asp Leu Asp Leu Val

85 90 95

Phe Leu His Asp Cys Pro Met Asp Val Met Thr Asp Gly Glu Arg Glu

100 105 110

Ile Asp Gly Arg Gln Phe Tyr Leu Arg Leu Ala Gln Arg Val Met His

115 120 125

Leu Phe Ser Thr Arg Thr Ser Ser Gly Ile Leu Tyr Glu Val Asp Ala

130 135 140

Arg Leu Arg Pro Ser Gly Ala Ala Gly Met Leu Val Thr Thr Thr Glu

145 150 155 160

Ser Phe Ala Asp Tyr Gln Gln Asn Glu Ala Trp Thr Trp Glu His Gln

165 170 175

Ala Leu Ala Arg Ala Arg Val Val Tyr Gly Asp Pro Gln Leu Thr Ala

180 185 190

Glu Phe Asp Ala Ile Arg Arg Asp Ile Leu Met Thr Pro Arg Asp Gly

195 200 205

Ala Thr Leu Gln Thr Asp Val Arg Glu Met Arg Glu Lys Met Arg Ala

210 215 220

His Leu Gly Asn Lys His Lys Asp Arg Phe Asp Leu Lys Ala Asp Glu

225 230 235 240

Gly Gly Ile Thr Asp Ile Glu Phe Ile Ala Gln Tyr Leu Val Leu Arg

245 250 255

Phe Ala His Asp Lys Pro Lys Leu Thr Arg Trp Ser Asp Asn Val Arg

260 265 270

Ile Leu Glu Gly Leu Ala Gln Asn Gly Ile Met Glu Glu Gln Glu Ala

275 280 285

Gln Ala Leu Thr Leu Ala Tyr Thr Thr Leu Arg Asp Glu Leu His His

290 295 300

Leu Ala Leu Gln Glu Leu Pro Gly His Val Ala Leu Ser Cys Phe Val

305 310 315 320

Ala Glu Arg Ala Leu Ile Lys Thr Ser Trp Asp Lys Trp Leu Val Glu

325 330 335

Pro Cys Ala Pro Ala

340

<210> 84

<211> 1342

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1342)

<223> 插入nifL区的Prm5, 菌株CI006, 现为菌株CM029

<400> 84

ccgagcgtcg gggtgcctaa tatcagcacc ggatacgaga gaaaagtgtc tacatcggtt 60

cggttgatat tgaccggcgc atccgccagc ccgcccagtt tctggtggat ctgtttggcg 120

attttgcggg tcttgccggt gtcggtgccg aaaaaaatac caatatttgc cataacacac 180

gctcctgttg aaaaagagat cccgccggga aatgcggtga acgtgtctga tattgcgaag 240

agtgtgccag ttttggtcgc gggcaaaacc tgcaccagtt tggttattaa tgcaccagtc 300

tggcgctttt tttcgccgag tttctcctcg ctaatgcccg ccaggcgcgg ctttggcgct 360

gatagcgcgc tgaataccga tctggatcaa ggttttgtcg ggttatcagc caaaaggtgc 420

actctttgca tggttatacg tgcctgacat gttgtccggg cgacaaacgg cctggtggca 480

caaattgtca gaactacgac acgactaact gaccgcagga gtgtgcgatg accctgaata 540

tgatgatgga tgccggcgga catcatcgcg acaaacaata ttaataccgg caaccacacc 600

ggcaatttac gagactgcgc aggcatcctt tctcccgtca atttctgtca aataaagtaa 660

aagaggcagt ctacttgaat tacccccggc tggttgagcg tttgttgaaa aaaagtaact 720

gaaaaatccg tagaatagcg ccactctgat ggttaattaa cctattcaat taagaattat 780

ctggatgaat gtgccattaa atgcgcagca taatggtgcg ttgtgcggga aaactgcttt 840

tttttgaaag ggttggtcag tagcggaaac aactcacttc acaccccgaa gggggaagtt 900

gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt cactgaccgg aggttcaaaa tgacccagcg 960

aaccgagtcg ggtaataccg tctggcgctt cgatttgtcc cagcagttca ctgcgatgca 1020

gcgcataagc gtggtactca gccgggcgac cgaggtcgat cagacgctcc agcaagtgct 1080

gtgcgtattg cacaatgacg cctttttgca gcacggcatg atctgtctgt acgacagcca 1140

gcaggcgatt ttgaatattg aagcgttgca ggaagccgat cagcagttaa tccccggcag 1200

ctcgcaaatc cgctatcgtc cgggcgaagg gctggtcggg acggtgcttt cgcagggcca 1260

atcattagtg ctggcgcgcg ttgctgacga tcagcgcttt cttgaccggc tcgggttgta 1320

tgattacaac ctgccgttta tc 1342

<210> 85

<211> 1270

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1270)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (186)..(186)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (458)..(458)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1041)..(1041)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1131)..(1132)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1135)..(1135)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1139)..(1140)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 85

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcag cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgnaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcatcanac ttaatacgtg tggtgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgcgcttaa cgtgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccacg gaattcgcca gagatggctt 1020

agtgccttcg ggaaccgtga nacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc nngtnatgnn 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgagg 1270

<210> 86

<211> 876

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(876)

<223> nifH

<400> 86

atggcaatgc gtcaatgcgc aatctacggg aaagggggta ttgggaaatc caccactacc 60

caaaaccttg tagcggctct ggccgaaatg aataagaagg tcatgatcgt cggctgtgac 120

cctaaggctg attcaacccg cctcattctg catgcgaaag cacagaacac catcatggaa 180

atggccgctg aagtgggctc cgtggaagat ctggagctgg aagatgtgat gcaaatcggc 240

tatggcggcg tgcgctgtgc ggaatcaggc ggccctgagc ctggtgtggg ttgtgccgga 300

cgcggggtga tcaccgccat caacttcctc gaagaagaag gcgcgtatgt gccggatctg 360

gattttgtgt tttacgacgt attgggcgat gtggtctgtg gcggtttcgc gatgccaatt 420

cgcgaaaaca aagcgcagga aatctacatc gtgtgctccg gtgaaatgat ggcgatgtat 480

gccgccaaca acatttccaa aggcatcgtg aaatacgcga aatcgggcaa agttcgcctg 540

gccgggctga tctgtaactc ccgccagacg gatcgcgaag atgaactgat catcgcgctg 600

gctgaaaaac ttggcacgca aatgatccac ttcgtgccgc gtgacaacat tgtgcaacgc 660

gctgaaatcc gccgcatgac ggtcatcgaa tacgacccga cttgtgcgca ggcagatcag 720

tatcgtgcac tggcgaacaa aatcgtcaac aacaccaaaa tggtggtgcc gacaccggtc 780

accatggatg agctggaagc cctgttaatg gaatttggca ttatggaaga agaagacctg 840

gccatcgtcg gtcgtaccgc cgccgaagag gcgtga 876

<210> 87

<211> 1374

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD1

<400> 87

atgaaggcaa aagagattct ggcgctgatt gatgagccag cctgtgagca taaccacaag 60

cagaagtcgg gttgcagcct gccgaaaccg ggcgcgacgg caggcggttg tgcgtttgat 120

ggcgcgcaga ttgcgctgct gccggtcgcg gacgtcgcgc atctggtgca cggcccgatt 180

ggctgtaccg gcagttcatg ggacaaccgt ggcagccgca gttccgggcc ttccatcaac 240

cgcatgggct tcaccaccga catgagcgag caggatgtga ttatggggcg cggcgagcga 300

cgcttatttc acgccgtgca gcacatcgtc agccattacc atccggtggc ggtctttatt 360

tacaacacct gcgtacccgc gatggaaggg gatgacgttg aagccgtgtg tcgcgccgca 420

tcggccgctg ccggtgtgcc ggttatttca gtcgatgccg ccggtttcta cggcagcaaa 480

aatctcggta accgcattgc cggggacgtg atggtcaaaa aggtgatcgg ccagcgcgaa 540

cccgcgccgt ggccggaaaa ctcaccgatc cccgccggac accgccacag catcagcctg 600

attggcgaat tcaatattgc cggcgagttc tggcacgttc tgccgctgct cgatgagctc 660

gggatccgcg tgctgtgcag cctttccggg gattcccgtt ttgctgaaat ccagactatg 720

caccgtggcg aagccaacat gctggtgtgc tcgcgggcgc tgatcaacgt cgcccgaaaa 780

atggaagagc gttaccagat cccatggttt gaaggcagtt tttatggcct gcgttccatg 840

gctgattccc tgcgcacgat cgccgtgctg ctcaaagacc cggatttaca ggcgcgcaca 900

gaacgtctga ttgagcgcga ggaggcggcg acacatcttg cgcttgcgcc ttaccgtgcg 960

cggctcagcg ggcgcaaggc gctgctgtat accggtggcg tgaaatcctg gtcggtggtc 1020

tcggcgttac aggatttagg catcacggtg gtggcgaccg gcacccgaaa atcaaccgaa 1080

gaagacaagc agcgtattcg cgaactgatg ggtgaagacg tgctgatgct cgacgaaggc 1140

aatgccagaa ccttgctcga caccctctat cgtttcggcg gcgacatcat gatcgccggg 1200

ggccgcaaca tgtataccgc gtacaaagcc cgcctgccgt tcctggatat caatcaggag 1260

cgcgagcatg cgtttgccgg atatcacggg ctggtaaatc tggccgaaca gttgtgtatc 1320

accctggaaa gcccggtctg ggcgcaggtc aaccgtctgg cgccgtggcg ctaa 1374

<210> 88

<211> 1449

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD2

<400> 88

atgaccagtg aaacacgcga acgtaacgag gcattgatcc aggaagtgct ggagatcttc 60

cccgagaagg cgcttaaaga tcgtaagaaa cacatgatga ccaccgaccc ggcgatggaa 120

tctgtcggca agtgtattgt ctcaaaccgc aaatcacagc cgggcgtgat gaccgtgcga 180

ggctgcgctt acgccggttc caaaggcgtg gtctttggcc cgatcaaaga catggcgcat 240

atctcccacg gcccggttgg ttgcggccag tattcccgtg ccggacgccg taactattac 300

accggctgga gcggcgtgaa cagctttggc accctcaact tcaccagtga ttttcaggaa 360

cgggacatcg tatttggcgg cgataaaaag ctcgacaaat tgatcgatga actggagatg 420

ttgttcccgc tgagcaaagg catttcggtg cagtcggaat gtccggtcgg tctgatcggc 480

gatgacattt ctgccgtcgc caaagccagc agcgccaaaa tcggtaagcc ggtcgtgccg 540

gtacgctgcg aggggttccg cggtgtgtcg caatcgctcg gccatcacat tgctaacgat 600

gtcatccgcg actgggtgct ggataaccgc gaaggcaatg aatttgaaac cacgccttac 660

gacgtggcga ttatcggcga ctacaacatc ggcggtgacg cctgggcctc acgtattctg 720

ctcgaagaaa tggggctgcg cgtggtggcg cagtggtccg gcgacggcac gctggtggag 780

atggaaaaca ccccgaaagt cgcgctcaat ctggtgcact gctaccgctc gatgaactac 840

atctcccgtc atatggaaga aaaacacggc attccgtgga tggaatacaa cttctttggc 900

ccgaccaaaa ttgcggaatc tctgcgcgaa atcgcggcgc gttttgacga taccatccgg 960

aaaaacgccg aagcggtgat tgaaaaatat caggcgcaaa cgcaggcggt gatcgacaaa 1020

taccgtccgc gtctggaagg caaaaaggtg ctgttgtatc tcggcggttt acgtccgcgc 1080

cacatcatcg gggcgtatga agatctggga atggaaatca tcggtaccgg ctatgaattc 1140

ggtcataacg atgattacga ccgcacctta ccgatgctca aagaaggcac gttgctgttc 1200

gatgacctga gcagttatga gctggaagcg ttcgttaaag cgctgaaacc ggatcttgtc 1260

gggtcaggta tcaaagaaaa atacattttc cagaaaatgg gcgtgccgtt ccgccagatg 1320

cactcctggg attattccgg cccttatcac ggctacgacg gtttcggcat ttttgcccgt 1380

gacatggaca tgacgctgaa caatccgggc tggagtcagc tgaccgcccc ctggttgaaa 1440

acggcctga 1449

<210> 89

<211> 1386

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK1

<400> 89

atggctcaaa ttctgcgtaa tgccaagccg cttgccacca cgcctgtcaa aagcgggcaa 60

ccgctcgggg cgatcctggc cagtcagggg ctggaaaatt gcatcccgct ggttcacggc 120

gcgcaaggtt gtagcgcgtt cgccaaagtt ttcttcatcc agcattttca cgatccgatc 180

ccgttgcagt ccacggcgat ggaatcgacc acgactatca tgggctcgga tggcaacgtc 240

agtactgcgt tgaccacgtt gtgtcagcgc agtaatccaa aagccattgt gattttgagc 300

accggactgt cagaagcgca gggcagtgat ttgtcgatgg cgctgcgtga gtttcgcgac 360

aaagaaccgc gctttaatgc catcgctatt ctgaccgtta acacgccgga tttttacggc 420

tcgctggaaa acggctacag cgcgctgatg gaaagcgtga tcactcagtg ggtgccggaa 480

aagccgccga ccggcatgcg taacaagcgc gtgaacctgc tggtgagcca tctgctgacg 540

ccgggggatc tggaattact gcgcagctat gtcgaagcct ttggcctgca accggtgatc 600

ctgccggatt tatcacagtc gctggacgga catctggcga atggcgattt caatccggtc 660

acgcagggcg gcacgtcgca acgccagatt gaacaaatgg ggcagagcct gaccaccatt 720

accattggca gttcgctcaa ctgcgccgcc agtctgatgg cgatgcgcag ccgtggcatg 780

gcgctgaacc tgccgcacct gatgacgctg gaaaacatgg acagtctgat ccgccatctg 840

catcaggtgt caggccgcga ggtaccggca tggattgagc gccagcgcgg gcaactgctg 900

gacgccatga tcgactgcca tacctggctg cagtcacagc gtattgcgct ggcggcagaa 960

gcggatttgc tggtggcgtg gtgcgatttc gctcagagcc agggaatgcg cgtcgggccg 1020

gtgattgcgc cggttaatca gcagtcactg gccgggctgc cggtcgaaca ggtggtgatc 1080

ggcgatctgg aagatttaca aacccggctc gacagctacc cggtttcact gctggtggcg 1140

aactcccacg ctgcaccact ggcggaaaaa aacggtatcg cgctggtacg tgccggtttc 1200

ccgctttacg accgtctcgg ggaatttcgc cgcgtgcggc agggctatgc gggtattcgc 1260

gacaccttgt tcgaactcgc gaacctgatg caggcgcgcc atcacatgct gacggcgtat 1320

cactcaccgc ttaggcaggt gttcggcctg agcccggtac cggaggccag tcatgaggcg 1380

cgctaa 1386

<210> 90

<211> 1569

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1569)

<223> nifK2

<400> 90

atgagtcaag atcttggcac cccaaaatcc tgtttcccgc tgttcgagca ggatgaatac 60

cagaatatgt ttacccacaa acgcgcgctg gaagaagcac acggcgaggc gaaagtgcgg 120

gaagtgtttg aatggaccac cacgcaggaa tatcaggatc tgaacttctc gcgtgaagcg 180

ctgaccgtcg acccggcgaa agcctgccag ccgttaggcg cggtactttg cgcgctgggt 240

tttaccaaca cgttgccgta tgtccatggt tcacaaggct gtgtggcgta tttccgtacc 300

tattttaatc gtcatttcaa agagccggtg gcctgtgttt ccgactcaat gaccgaagat 360

gccgccgttt ttggcggaaa taacaacatg aatgtcggtc tggaaaacgc cagcgcgctg 420

tacaagccgg aaattattgc ggtctccacc acctgtatgg cggaagtgat cggtgatgac 480

ctgcaggctt ttatcgccaa cgccaaaaaa gacggatttg tggatgccgg tatgccaatc 540

ccgtatgccc atacaccgag ttttctgggc agtcatgtca ccggctggga caacatgttt 600

gaaggcttcg cccgtacctt taccaccgac gccacgcggg aatatcagcc gggcaaactt 660

gccaaactga acgtggtgac cggttttgaa acttatctcg gcaactaccg ggttattcac 720

cgcatgatga gccagatggg ggtcgaatgc agcgtcttgt ccgatccgtc tgaagtgctc 780

gacaccccgg ctgacggcca ataccgcatg tatgccggcg gcaccacgca aaccgaaatg 840

cgtgatgcac cggatgccat cgacaccttg ctgctgcaac cgtggcaatt acagaaaacc 900

aaaaaggtgg tgcagggcga ctggaatcag ccgggcaccg aagtcagtgt accgattggc 960

ctggcggcga ccgatgcctt gctgatgacg gtaagcgaac tgaccggcaa accgatagct 1020

gacgcgctgg cgactgaacg tggccgtctg gtggacatga tgctcgattc tcacacctgg 1080

ctgcacggca agcgtttcgg tctctacggt gacccggatt ttgtgatggg catgaccgca 1140

ttcctgctgg aactgggctg tgaaccgacc accattctca gccataacgg caacaaacgc 1200

tggcagaaag ccatgaagaa aatgctggct gattcgcctt acggacagga cagcgaagtg 1260

tatgtgaact gcgatctgtg gcatttccgc tcgctgatgt ttacccgtaa accggacttt 1320

atgatcggca actcttacgg aaaattcatt cagcgtgaca cgctggccaa aggcgaacag 1380

ttcgaagtgc cgctgatccg tatcggattc ccgatttttg accggcacca tttgcaccgt 1440

cagaccacct ggggatacga gggcgcgatg agcatcctga cgcaactggt gaatgcggtg 1500

ctcgaacagc tggatcgcga aaccatgaag ctcggcaaaa ccgactacaa cttcgatctg 1560

atccgctaa 1569

<210> 91

<211> 1488

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL

<400> 91

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat catcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg ccagccagca gacgccgaaa 240

catatctatg acgaaatgtg gcgcactttg ttgcagggca aatcctggaa cggccaactg 300

atcaaccggc gtaataaccg ttcgctttat ctggcggatg tcactatcac gcctgtttta 360

ggcgcggacg ggcaggtgga gcattacctc ggcatgcaca aagatatcag cgagaaatac 420

gcgctggagc agcggttgcg caaccacatc accttgttca cggaggtgct gaacaatatt 480

cccgccgccg tggtggtggt ggatgagcag gacaatgtgg tgatggacaa tctggcctac 540

aaaaccctgt gcgctgactg cggcggaaaa gagctgttgg ccgaaatggg ctatccgcaa 600

ctcaaagaga tgctcaacag tggcgaaccg gtgccggttt ccatgcgcgg caacgtacgc 660

tggttttctt tcggtcagtg gtcattgcag ggcgttaatg aagaggccag ccgctttttt 720

accggcatta ccgcgccggg aaaactgatt gttctcaccg actgcaccga tcagcatcac 780

cggcagcagc agggttatct tgaccggctc aagcaaaaac ttaccaacgg caaattgctg 840

gcagccatcc gcgagtcgct tgatgccgcg ctgattcagc tcaacgggcc aattaatatg 900

ctggcggctg cgcgtcgtct taacggcgaa gaaggcaaca acatggcgct ggaattcgcc 960

tggcgcgaag gcgagcaggc ggtgagtcgc ttacaggcct gccgtccgtc gctggatttt 1020

gagccgcagg cagaatggcc ggtcagtgaa ttcttcgacg atctgagcgc gctgtacgac 1080

agccattttc tcagtgacgg tgaattgcgt tacgtggtca tgccatctga tctgcacgct 1140

gtcgggcaac gaacgcaaat ccttaccgcg ctgagcttat ggattgatca cacgctgtca 1200

caggcgcagg ccatgccgtc tctgaagctc tcggtgaaca ttgttgcgaa gcaggatgcg 1260

agctggttgt gttttgacat taccgataat gtgccgcgtg aacgggtgcg ttatgcccgc 1320

ccggaagcgg cgttttcccg tccggggaat ggcatggagc tgcgccttat ccagacgctg 1380

atcgcccatc atcgcggttc tttagatctc tcggtccgcc ctgatggcgg caccttgctg 1440

acgttacgcc tgccggtaca gcaggttatc accggaggct taaaatga 1488

<210> 92

<211> 1557

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1557)

<223> nifA

<400> 92

atgacccagt tacctaccgc gggcccggtt atccggcgct ttgatatgtc tgcccagttt 60

acggcgcttt atcgcatcag cgtggcgctg agtcaggaaa gcaataccgc gcgcgcactg 120

gcggcgatcc tcgaagtgct tcacgatcat gcatttatgc aatacggcat ggtgtgtctg 180

ttcgataaag aacgcaatgc actgtttgtg gaatccctgc atggcatcga cggcgaaagg 240

aaaaaagaga cccgccatgt ccgttaccgc atgggggaag gcgtgatcgg cgcggtgatg 300

agccagcgtc aggcgctggt gttaccgcgc atttcagacg atcagcgttt tctcgaccgc 360

ctgaatattt acgattacag cctgccgctg attggtgtgc cgatccccgg tgcggataat 420

cagcctgcgg gtgtgctggt ggcacagccg atggcgttgc acgaagaccg gctggctgcc 480

agtacgcggt ttttagaaat ggtcgccaat ctcatcagcc agccactgcg ttctgccacg 540

cccccggaat cattgcctgc tcaaacgccg gtccggtgca gtgttccgcg ccagtttggt 600

tttgagcaga tggtcgggaa aagtcaggcg atgcgccaga cgatggacat tttacggcag 660

gtttccaaat gggataccac ggttctggtg cgtggtgaaa gcggcaccgg caaggaactt 720

atcgccaatg ccattcatta caactcaccc cgtgcggccg cgccatttgt gaaattcaac 780

tgcgccgcgc tgccggataa cctgctggaa agcgaactgt tcggtcatga aaaaggggcc 840

ttcaccggcg ctatacgcac ccgaaaaggc cgctttgaac tggcggacgg gggcacgtta 900

ttcctcgatg aaatcggcga atcgagcgcg tcgtttcagg ccaaattgct gcgcattttg 960

caggaaggtg aaatggaacg ggtcggcggc gataccacgc tgaaagttga tgtgcgcatt 1020

attgctgcca ccaaccgtaa tcttgaggag gaagtgcgtg ccgggaattt tcgcgaagac 1080

ctgtattatc gcctgaacgt gatgccggtt tcgctgcctg cactgcgtga aaggctggat 1140

gatatcgccg atctggcgcc gtttctggtc aaaaagattg cgctgcgtca ggggcgggaa 1200

ctgcgcatca gtgatggtgc ggtgcgtctg ctgatgacct acagctggcc aggcaacgtg 1260

cgtgaactgg aaaactgcct cgaacgggcg tcggtaatga ccgatgaagg gctgatcgac 1320

cgcgacgtga tcctgttcaa tcaccatgag tccccggcgc tgtccgtcaa acccggtctg 1380

ccgctggcga cagatgaaag ctggctggat caggaactcg acgaacgcca gcgggtgatt 1440

gctgcactgg agaaaaccgg ctgggtgcag gccaaagcgg cccgactgct gggcatgaca 1500

ccgcgccaga ttgcctaccg tatccagatt atggacatca acatgcaccg tatctga 1557

<210> 93

<211> 2838

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2838)

<223> glnE

<400> 93

atgttgccac tttcttctgt tttgcaaagc cacgcgcaga gtttgcctga acgctggcat 60

gaacatcctg aaaacctgcc cctccccgat gatgaacagc tggctgtgct gagcagcagt 120

gaattcatga cggacagttt gctggctttt ccgcagtggt ggcatgaaat tgtccaaaat 180

ccccctcagg cgcaggagtg gcaactttac cgtcagtggc tggatgaatc gctgacgcag 240

gtgactgacg aagccgggtt aatgaaagct ttgcgtctgt tccgccgccg tattctgacc 300

cgcattgcgt ggtcacagtc cgcgcaaacc agcgaagcaa aagatacgct tcaccagctg 360

agtgaactgg cggaattatt gattgtcagc gcccgtgact ggctgtatgc cgcttgctgt 420

cgcgagttcg gtacgccggt caatgccgca ggggaaccgc agagaatgct gatcctcggg 480

atgggcaaac tcggcggtgg cgagctgaat ttctcatcgg acatcgacct gatttttgct 540

tatccggaaa atggccagac acgcggcggt cggcgtgaac tggataacgc acaatttttc 600

acccggctcg gccagcgtct gatcaaagcg ctggatcagc ccactatcga cggttttgtc 660

tatcgcgtgg acatgcgttt gcgtccgttc ggcgacagtg gcccgctggt gatgagcttc 720

ccggcactgg aagattatta tcaggaacag gggcgcgact gggaacgcta cgcaatggtg 780

aaagcgcgtc tgatgggcgg cgcggaggac atcagcagtc aggaattgcg taaaatgctg 840

atgccttttg tcttccgccg ttatatcgat ttcagtgtga tccagtccct gcgtaacatg 900

aaaggcatga tcgcccgcga agtacgccgc cgtggtctga aagacaacat caaactcggc 960

gcaggcggta ttcgtgaaat tgaatttatc gtgcaggtat ttcagctgat ccgtggcggt 1020

cgtgaaccgg cattgcagca gcgtgcgttg ttgccaacgc ttcaggcgct ggaaaatctg 1080

gggctgctgc cggtagagca ggtgttgcag ttgcgtaaca gctatctgtt cctgcgacgt 1140

ctggaaaacc tgttgcaggc cattgctgac gagcaaacgc aaaccttacc gtccgatgag 1200

ctgaatcagg cgcgtctggc gtgggggatg aattacgctg gctggccgca gcttctggat 1260

gcagtgaatg ctcacatgca ggccgtacgc gcggtattta acgatctgat tggcgatgac 1320

acgccagatg ccgaagatga cgtgcaactc tcccggttca gcagtttatg gattgatacg 1380

cttgagcctg acgagctggc tccgctggtg ccgcaacttg acgaaaatgc gcaacggcat 1440

gttttacatc agattgctga ttttcgccgt gacgtggata aacgcacgat agggccacgt 1500

gggcgtgatc agttggattt gctgatgccg cgtttactgg cccaggtctg cacctataaa 1560

aatgcggatg tgacgttaca gcgcctgatg cagttgctgc tcaatatcgt cacgcgcacg 1620

acgtatatcg agctgctggt ggaatatccc ggtgcgctca aacagttaat acgtctgtgc 1680

gctgcctcgc cgatggtggc gacgcaactt gcgcgtcatc ctttattgct cgacgaactg 1740

ctcgacccgc gcacgcttta ccagccgatt gagccgggcg cgtaccgtga tgaactgcgg 1800

caatatctga tgcgggtgcc aaccgaagac gaagaacaac agcttgaagc cgtgcgccag 1860

ttcaaacagg cacagcattt acgtattgcg gccggggata tttccggtgc gttgccggtg 1920

atgaaagtca gtgaccattt aacctacctt gcggaggcca ttctcgacgt tgtggtgcaa 1980

caggcgtggg aacaaatggt cgtaaaatac ggtcagccaa cccatcttca gcaccgtaaa 2040

gggcgcggtt ttgccgtggt gggttacgga aaactcggtg gctgggagct gggttacagc 2100

tcggatctgg atctggtctt cctgctcgat tgcgcgccgg aagtcatgac cgacggcgaa 2160

cgcagcattg acgggcgtca gttttatctg cggctggcgc agcgcatcat gcatttattc 2220

agcacccgta cgtcgtcagg cattctttat gaggttgacc cgcgtctgcg gccttccggt 2280

gcttccggca tgctggtcag caccatcgaa gcttttgcgg attatcaggc caacgaagcc 2340

tggacatggg agcatcaggc gctggttcgc gcgcgtgtgg tttatggtga tccgcaactg 2400

acgcagcaat ttaatgccac gcgtcgcgac attctttgcc gccagcgcga tgccgacggc 2460

ttgcgtaagg aagtccgtga aatgcgcgag aaaatgtatg cccatctggg cagcaaaaga 2520

gccgacgagt ttgatctgaa agccgatccg ggtggcataa cggatattga attcatcgca 2580

caatatctgg ttctgcgttt cgcgcatgat gagccgaagc tgacccgctg gtctgataac 2640

gtgcggattt tcgaactgat ggcgcgacat gacatcatgc cggaagagga agcacgccat 2700

ctgacgcagg cttacgtgac attgcgcgat gaaattcatc atctggcgtt gcaggaacac 2760

agcgggaaag tggccgcaga cagctttgcc actgagcgcg cgcaaatccg cgccagctgg 2820

gcaaactggc ttggctga 2838

<210> 94

<211> 1290

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1290)

<223> amtB

<400> 94

atgaaaaaac ttttatccat gatggggctt ggtgcagtgg ctttgctacc ttcgcttgcc 60

atggcagcag caccagcagc ggcaaacggt gctgataacg cctttatgat gatttgtacc 120

gcgctggtat tgttcatgac cgtacccggt gtggcgttgt tctacggcgg cttactgcgt 180

tctaaaaacg ttttgtccat gctgactcag gttattgtta cctttgctct ggtctgcgtc 240

ctgtggatcc tctacggtta cagccttgcc ttcagtgaag gtaacgcgtt cttcggtggt 300

ttcagcaacg taatgatgaa aggcattggc ctggattctg tgactggcac cttctcgcag 360

atgatccacg ttgcattcca gtgttcattt gcctgcatca ctgtagcgct gatcgtaggt 420

ggtattgctg aacgtgtgcg tttctcagca gttctgattt tcactgtgat ctggctgact 480

ttctcttata ttccgatggc tcacatggta tgggcaggcg gtttcctggc tgctgacggt 540

gcgctggact ttgccggtgg taccgttgtt catatcaatg ccgcaattgc tggcctggta 600

ggggcttatc tgctgggtaa acgcgccggt tttggcaaag aagctttcaa accacacaac 660

ctgccaatgg tcttcactgg cgcctcaatc ctgtatgtgg gctggttcgg cttcaatgcg 720

ggttcagcaa gtgccgcaag ctctgttgcc gcgctggctt tcctgaacac tgtcattgct 780

actgctggcg caatcctgtc ctggacgctg gttgagtgga tggtgcgcgg taagccctca 840

ctgctgggcg caagctccgg tgctatcgca ggtctggtgg ctatcacgcc tgcatgtggt 900

acggtcggcg taggtggtgc tctgattatc ggtctggtag gcggtatcac tggtctgtgg 960

ggggttgtta ccctgaaaaa atggctgcgt gttgatgaca cctgtgatgt gttcggtgtt 1020

catggcgtgt gcggtatcgt aggttgtctg ctgacgggtg tattcacgtc cagttcactt 1080

ggcggcgtgg gctacgcaga aggcgtgacc atgggccatc aggtttgggt gcagttcttc 1140

agcgtgtgcg taacattggt ctggtcaggc gttgttgcct tcatcggtta caaagtggct 1200

gacatgatcg taggtctgcg tgttcctgaa gaacaagaac gcgaaggtct ggacgttaac 1260

agccacggcg aaaacgctta caaccaataa 1290

<210> 95

<211> 500

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(500)

<223> PinfC

<400> 95

tgaatatcac tgactcacaa gctacctatg tcgaagaatt aactaaaaaa ctgcaagatg 60

caggcattcg cgttaaagcc gacttgagaa atgagaagat tggctttaaa attcgcgaac 120

acacgctacg ccgtgttcct tatatgttag tttgtggcga taaagaggtc gaagcaggca 180

aagttgctgt tcgtactcgt cgcggcaaag acttaggaag catggatgtt agcgaagtcg 240

ttgacaaact gctggcggaa atccgcagca gaagtcatca tcaactggag gaataaagta 300

ttaaaggcgg aaaacgagtt caaccggcgc gtcctaatcg cattaacaaa gagattcgcg 360

cgcaagaagt tcgcctcacc ggcgtcgatg gcgagcagat tggtattgtc agtctgaatg 420

aagctcttga aaaagctgag gaagcgggcg tcgatttagt agaaatcagt ccgaatgccg 480

agccgccagt ttgtcgaatc 500

<210> 96

<211> 1085

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1085)

<223> 16S

<400> 96

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggtag cacagagagc ttgctctcgg gtgacgagcg gcggacgggt gagtaatgtc 120

tgggaaactg cctgatggag ggggataact actggaaacg gtagctaata ccgcataacg 180

tcgcaagacc aaagtggggg accttcgggc ctcatgccat cagatgtgcc cagatgggat 240

tagctagtag gtggggtaac ggctcaccta ggcgacgatc cctagctggt ctgagaggat 300

gaccagccac actggaactg agacacggtc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa 360

tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag ccatgccgcg tgtgtgaaga aggccttcgg 420

gttgtaaagc actttcagcg gggaggaagg cggtgaggtt aataacctca ccgattgacg 480

ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 540

caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag gcggtctgtc aagtcggatg 600

tgaaatcccc gggctcaacc tgggaactgc attcgaaact ggcaggctag agtcttgtag 660

aggggggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga gatctggagg aataccggtg 720

gcgaaggcgg ccccctggac aaagactgac gctcaggtgc gaaagcgtgg ggagcaaaca 780

ggattagata ccctggtagt ccacgctgta aacgatgtcg atttggaggt tgtgcccttg 840

aggcgtggct tccggagcta acgcgttaaa tcgaccgcct ggggagtacg gccgcaaggt 900

taaaactcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960

tgcaacgcga agaaccttac ctggtcttga catccacaga actttccaga gatggattgg 1020

tgccttcggg aactgtgaga caggtgctgc atggctgtcg tcagctcgtg ttgtgaaatg 1080

ttggg 1085

<210> 97

<211> 882

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH1

<400> 97

atgaccatgc gtcaatgcgc tatctacggt aaaggcggta tcggtaaatc caccaccacc 60

cagaatctcg tcgcggccct cgccgagatg ggtaagaaag tgatgatcgt cggctgcgat 120

ccgaaagcgg attccacccg tctgatcctc cacgctaaag cccagaacac catcatggag 180

atggcggcgg aagtgggctc ggtcgaggat ctggagctcg aagacgttct gcaaatcggc 240

tatggcgatg tccgttgcgc cgaatccggc ggcccggagc caggcgtcgg ctgcgccgga 300

cgcggggtga tcaccgccat caacttcctc gaggaagaag gcgcctatga agaagatttg 360

gatttcgtct tctatgacgt cctcggcgac gtggtctgcg gcggcttcgc tatgccgatc 420

cgcgaaaaca aagcccagga gatctacatc gtctgctccg gcgagatgat ggcgatgtat 480

gccgccaaca atatctccaa agggatcgtg aagtacgcca aatccggcaa ggtgcgcctc 540

ggcggcctga tctgtaactc gcgcaaaacc gaccgggaag acgaactgat catcgccctg 600

gcggagaagc ttggcacgca gatgatccac ttcgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgc 660

gcggagatcc gccggatgac ggtgatcgag tacgacccga cctgtcagca ggcgaatgaa 720

tatcgtcaac tggcgcagaa gatcgtcaat aacaccaaaa aagtggtgcc gacgccgtgc 780

accatggacg agctggaatc gctgctgatg gagttcggca tcatggaaga agaagacacc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgctgaagaa aacgcggcct ga 882

<210> 98

<211> 1113

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1113)

<223> nifH2

<400> 98

atggttagga aaagtagaag taaaaataca aatatagaac taactgaaca tgaccattta 60

ttaataagtc aaataaaaaa gcttaaaaca caaaccactt gcttttttaa taataaagga 120

ggggttggga agactacatt agtagcaaat ttaggagcag agctatcaat aaactttagt 180

gcaaaagttc ttattgtgga tgccgaccct caatgtaatc tcacgcagta tgtattaagt 240

gatgaagaaa ctcaggactt atatgggcaa gaaaatccag atagtattta tacagtaata 300

agaccactat cctttggtaa aggatatgaa agtgacctcc ctataaggca tgtagagaat 360

ttcggttttg acataattgt cggtgaccct agacttgctt tacaggaaga ccttttagct 420

ggagactggc gagatgccaa aggcggtggg atgcgaggaa ttaggacaac ttttgtattt 480

gcagagttaa ttaagaaagc tcgtgagcta aattatgatt ttgttttctt tgacatggga 540

ccatcattag gcgcaatcaa cagggcagta ttactggcaa tggaattctt tgtcgtccca 600

atgtcaatcg atgtattttc actatgggct attaaaaata ttggctccac ggtttcaata 660

tggaaaaaag aattagacac agggattcgg ctctcagagg aacctagcga attatcacaa 720

ttatcacctc aaggaaaact aaagtttctc ggttacgtca cccaacaaca taaagaacgc 780

tctggatacg atacaattca gcttgagaat actgaggaag aaataaaatc gaaacgtcgg 840

gtaaaggcgt atgaagacat tggagaggtg tttccttcta aaattactga gcatctttct 900

aaactttatg catcaaaaga tatgaaccca caccttggag atatacgtca tttaggtagt 960

ttagctccga aatcacaatc acaacacgtt ccgatgatat cagtgtctgg tacaggaaat 1020

tacaccagac ttagaaaaag cgcgcgtgaa ctttatcgag atattgcaag aagatactta 1080

gagaacattc agactgctaa tggcgagaaa tag 1113

<210> 99

<211> 1374

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD1

<400> 99

atgaagggaa aggaaattct ggcgctgctg gacgaacccg cctgcgagca caaccagaag 60

caaaaatccg gctgcagcgc ccctaagccc ggcgctaccg ccggcggttg cgccttcgac 120

ggcgcgcaga taacgctcct gcccatcgcc gacgtcgcgc acctggtgca cggccccatc 180

ggctgcgcgg gcagctcgtg ggataaccgc ggcagcgtca gcgccggccc ggccctcaac 240

cggctcggct ttaccaccga tcttaacgaa caggatgtga ttatgggccg cggcgaacgc 300

cgcctgttcc acgccgtgcg tcacatcgtc gaccgctatc atccggcggc ggtctttatc 360

tacaacacct gcgtaccggc gatggagggc gatgacatcg aggcggtctg ccaggccgca 420

cagaccgcca ccggcgtccc ggtcatcgct attgacgccg ccggtttcta cggcagtaaa 480

aatcttggca accgaatggc gggcgacgtg atgctcaggc aggtgattgg ccagcgcgaa 540

ccggccccgt ggccagacaa cacgcccttt gccccggccc agcgccacga tatcggcctg 600

attggcgaat tcaatatcgc cggcgagttc tggcaggtcc agccgctgct cgacgagctg 660

gggatccgcg tcctcggcag cctctccggc gacggccgct ttgccgagat ccagaccctg 720

caccgggcgc aggccaatat gctggtgtgc tcgcgcgcgc tgatcaacgt cgcccggggg 780

ctggagctgc gctacggcac gccgtggttt gaaggcagct tctacgggat ccgcgccacc 840

tccgacgcct tgcgccagct ggcgacgctg ctgggggatg acgacctgcg ccgccgcacc 900

gaggcgctga tcgcccgcga agagcaggcg gcggagcagg ctcttgcgcc gtggcgtgag 960

cagctccgcg ggcgcaaagt gctgctctat accggcggcg tgaaatcctg gtcggtggta 1020

tcggccctgc aggatctcgg catgaccgtg gtggccaccg gcacgcgcaa atccaccgag 1080

gaggacaaac agcggatccg tgagctgatg ggcgacgagg cggtgatgct tgaggagggc 1140

aatgcccgca ccctgctcga cgtggtgtac cgctatcagg ccgacctgat gatcgccggc 1200

ggacgcaata tgtacaccgc ctggaaagcc cggctgccgt ttctcgatat caatcaggag 1260

cgcgagcacg cctacgccgg ctatcagggc atcatcaccc tcgcccgcca gctctgtctg 1320

accctcgcca gccccgtctg gccgcaaacg catacccgcg ccccgtggcg ctag 1374

<210> 100

<211> 1449

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD2

<400> 100

atgaccaacg caacaggcga acgtaacctt gcgctcatcc aggaagtcct ggaggtgttt 60

cccgaaaccg cgcgcaaaga gcgcagaaag cacatgatga tcagcgatcc gcagatggag 120

agcgtcggca agtgcattat ctcgaaccgt aaatcgcagc ccggggtgat gaccgtgcgc 180

ggctgcgcct atgcgggctc gaaaggggtg gtgtttgggc caatcaaaga catggcccat 240

atctcgcacg gccccatcgg ctgcggccag tattcccgcg ccggacggcg caactactat 300

accggcgtca gcggtgtcga cagcttcggc accctgaact tcacctctga ttttcaggag 360

cgcgatattg ttttcggcgg cgataaaaag ctgaccaaac tgatcgaaga gatggagctg 420

ctgttcccgc tgaccaaagg gatcaccatc cagtcggagt gcccggtggg cctgatcggc 480

gatgacatca gcgccgtagc caacgccagc agcaaggcgc tggataaacc ggtgatcccg 540

gtgcgctgcg aaggctttcg cggcgtatcg caatcgctgg gccaccatat cgccaacgac 600

gtggtgcgcg actgggtgct gaacaatcgc gaagggcagc cgtttgccag caccccgtac 660

gatgttgcca tcattggcga ttacaacatc ggcggcgacg cctgggcctc gcgcattctg 720

ctggaagaga tggggctgcg cgtagtggcg cagtggtccg gcgacggcac cctggtggag 780

atggagaaca ccccattcgt taagcttaac ctcgtccact gctaccgttc gatgaactat 840

atcgcccgcc atatggagga gaaacatcag atcccatgga tggaatataa cttcttcggc 900

ccgaccaaaa tcgccgaatc gctgcgcaag atcgccgatc aatttgatga caccattcgc 960

gccaatgcgg aagcggtgat cgccaaatat gaggggcaga tggcggccat catcgccaaa 1020

tatcgcccgc ggctggaggg gcgcaaagtg ctgctgtaca tgggggggct gcggccgcgc 1080

cacgtcatcg gcgcctatga ggatctcggg atggagatca tcgccgccgg ctacgagttt 1140

gcccataacg atgattacga ccgcaccctg ccggacctga aagagggcac cctgctgttt 1200

gacgatgcca gcagctatga gctggaggcc ttcgtcaaag cgctgaaacc tgacctcatc 1260

ggctccggga tcaaagagaa atatatcttc cagaaaatgg gggtgccgtt ccgccagatg 1320

cactcctggg actattccgg cccctatcac ggctatgacg gcttcgccat ctttgcccgc 1380

gatatggata tgaccctgaa caatccggcg tggaacgaac tgactgcccc gtggctgaag 1440

tctgcgtga 1449

<210> 101

<211> 1386

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK1

<400> 101

atggcagata ttatccgcag tgaaaaaccg ctggcggtga gcccgattaa aaccgggcaa 60

ccgctcgggg cgatcctcgc cagcctcggg ctggcccagg ccatcccgct ggtccacggc 120

gcccagggct gcagcgcctt cgccaaagtt ttctttattc agcatttcca tgacccggtg 180

ccgctgcagt cgacggccat ggatccgacc gccacgatca tgggggccga cggcaatatc 240

ttcaccgcgc tcgacaccct ctgccagcgc cacagcccgc aggccatcgt gctgctcagc 300

accggtctgg cggaagcgca gggcagcgat atcgcccggg tggtgcgcca gtttcgcgag 360

gcgcatccgc gccataacgg cgtggcgatc ctcaccgtca ataccccgga tttttttggc 420

tctatggaaa acggctacag cgcggtgatc gagagcgtga tcgagcagtg ggtcgcgccg 480

acgccgcgtc cggggcagcg gccccggcgg gtcaacctgc tggtcagcca cctctgttcg 540

ccaggggata tcgaatggct gggccgctgc gtggaggcct ttggcctgca gccggtgatc 600

ctgccggacc tctcgcagtc aatggatggc cacctcggtg aaggggattt tacgcccctg 660

acccagggcg gcgcctcgct gcgccagatt gcccagatgg gccagagtct gggcagcttc 720

gccattggcg tgtcgctcca gcgggcggca tcgctcctga cccaacgcag ccgcggcgac 780

gtgatcgccc tgccgcatct gatgaccctc gaccattgcg atacctttat ccatcagctg 840

gcgaagatgt ccggacgccg cgtaccggcc tggattgagc gccagcgtgg ccagctgcag 900

gatgcgatga tcgactgcca tatgtggctt cagggccagc gcatggcgat ggcggcggag 960

ggcgacctgc tggcggcgtg gtgtgatttc gcccgcagcc aggggatgca gcccggcccg 1020

ctggtcgccc ccaccagcca ccccagcctg cgccagctgc cggtcgagca agtcgtgccg 1080

ggggatcttg aggatctgca gcagctgctg agccaccaac ccgccgatct gctggtggct 1140

aactctcacg cccgcgatct ggcggagcag tttgccctgc cgctgatccg cgtcggtttt 1200

cccctcttcg accggctcgg tgagtttcgt cgcgtccgcc aggggtacgc cggtatgcga 1260

gatacgctgt ttgaactggc caatctgctg cgcgaccgcc atcaccacac cgccctctac 1320

cgctcgccgc ttcgccaggg cgccgacccc cagccggctt caggagacgc ttatgccgcc 1380

cattaa 1386

<210> 102

<211> 1563

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK2

<400> 102

atgagccaaa cgatcgataa aattcacagc tgttatccgc tgtttgaaca ggatgaatac 60

cagaccctgt tccagaataa aaagaccctt gaagaggcgc acgacgcgca gcgtgtgcag 120

gaggtttttg cctggaccac caccgccgag tatgaagcgc tgaacttcca gcgcgaggcg 180

ctgaccgtcg acccggccaa agcctgccag ccgctcggcg ccgtactctg cgcgctgggg 240

ttcgccggca ccctgcccta cgtgcacggc tcccagggct gcgtcgccta ttttcgcacc 300

tactttaacc gccattttaa agagccggtc gcctgcgtct ccgactccat gaccgaggac 360

gcggcggtgt tcggcggcaa caacaacatg aatctgggcc tgcagaatgc cagcgcgctg 420

tataaacccg agattatcgc cgtctccacc acctgtatgg ccgaggtgat cggcgacgat 480

ctgcaggcgt ttatcgccaa cgccaaaaaa gagggatttg ttgacgaccg catcgccatt 540

ccttacgccc atacccccag ctttatcggc agccatgtca ccggctggga caatatgttc 600

gaagggttcg cgaagacctt taccgctgac tacgccgggc agccgggcaa acagcaaaag 660

ctcaatctgg tgaccggatt tgagacctat ctcggcaact tccgcgtgct gaagcggatg 720

atggcgcaga tggatgtccc gtgcagcctg ctctccgacc catcagaggt gctcgacacc 780

cccgccgacg gccattaccg gatgtacgcc ggcggcacca gccagcagga gatcaaaacc 840

gcgccggacg ccattgacac cctgctgctg cagccgtggc agctggtgaa aagcaaaaag 900

gtggttcagg agatgtggaa ccagcccgcc accgaggtgg ccgttccgct gggcctggcc 960

gccaccgacg cgctgctgat gaccgtcagt cagctgaccg gcaaaccgat cgccgacgct 1020

ctgaccctgg agcgcggccg gctggtcgac atgatgctgg attcccacac ctggctgcat 1080

ggcaaaaaat tcggcctcta cggcgatccg gatttcgtga tggggctgac gcgcttcctg 1140

ctggagctgg gctgcgagcc gacggtgatc ctcagtcata acgccaataa acgctggcaa 1200

aaagcgatga agaaaatgct cgatgcctcg ccgtacggtc aggaaagcga agtgttcatc 1260

aactgcgacc tgtggcactt ccggtcgctg atgttcaccc gtcagccgga ctttatgatc 1320

ggtaactcct acggcaagtt tatccagcgc gataccctgg caaagggcaa agccttcgaa 1380

gtgccgctga tccgtctggg ctttccgctg ttcgaccgcc atcatctgca ccgccagacc 1440

acctggggct atgaaggcgc aatgaacatc gtcacgacgc tggtgaacgc cgtgctggaa 1500

aaactggacc acgacaccag ccagttgggc aaaaccgatt acagcttcga cctcgttcgt 1560

taa 1563

<210> 103

<211> 1485

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1485)

<223> nifL

<400> 103

atgaccctga atatgatgct cgataacgcc gcgccggagg ccatcgccgg cgcgctgact 60

caacaacatc cggggctgtt ttttaccatg gtggaacagg cctcggtggc catctccctc 120

accgatgcca gcgccaggat catttacgcc aacccggcgt tttgccgcca gaccggctat 180

tcgctggcgc aattgttaaa ccagaacccg cgcctgctgg ccagcagcca gacgccgcgc 240

gagatctatc aggagatgtg gcataccctg ctccagcgtc agccctggcg cggtcagctg 300

attaatcagc gtcgggacgg cggcctgtac ctggtggaga ttgacatcac cccggtgctt 360

agcccgcaag gggaactgga gcattatctg gcgatgcagc gggatatcag cgtcagctac 420

accctcgaac agcggctgcg caaccatatg accctgatgg aggcggtgct gaataatatc 480

cccgccgccg tggtagtggt ggacgagcag gatcgggtgg tgatggacaa cctcgcctac 540

aaaaccttct gcgctgactg cggcggccgg gagctgctca ccgagctgca ggtctcccct 600

ggccggatga cgcccggcgt ggaggcgatc ctgccggtgg cgctgcgcgg ggccgcgcgc 660

tggctgtcgg taacctgctg gccgttgccc ggcgtcagtg aagaggccag ccgctacttt 720

atcgacagcg cgctggcgcg gaccctggtg gtgatcgccg actgtaccca gcagcgtcag 780

cagcaggagc aagggcgcct tgaccggctg aagcagcaaa tgaccgccgg caagctgctg 840

gcggcgatcc gcgagtcgct ggacgccgcg ctgatccagc tgaactgccc gattaatatg 900

ctggcggcag cccgtcggct gaacggcgag ggaagcggga atgtggcgct ggaggccgcc 960

tggcgtgaag gggaagaggc gatggcgcgg ctccagcgct gtcgcccatc gctggaactc 1020

gaaaaccccg ccgtctggcc gctgcagccc tttttcgacg atctgtgcgc cctctaccgt 1080

acacgcttcg atcccgacgg gctgcaggtc gacatggcct caccgcatct gatcggcttt 1140

ggccagcgca ccccactgct ggcgtgctta agcctgtggc tcgatcgcac cctggccctc 1200

gccgccgaac tcccctccgt gccgctggcg atgcagctct acgccgagga gaacgacggc 1260

tggctgtcgc tgtatctgac tgacaacgta ccgctgctgc aggtgcgcta cgctcactcc 1320

cccgacgcgc tgaactcgcc gggcaaaggc atggagctgc ggctgatcca gaccctggtg 1380

gcgcaccatc gcggggccat tgagctggct tcccgaccgc agggcggcac ctgcctgacc 1440

ctgcgtttcc cgctgtttaa caccctgacc ggaggtgaag catga 1485

<210> 104

<211> 1575

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA

<400> 104

atgatccctg aatccgaccc ggacaccacc gtcagacgct tcgacctctc tcagcagttc 60

accgccatgc agcggataag cgtggtgctg agccgggcca ccgaggccag caaaacgctg 120

caggaggtgc tcagcgtatt acacaacgat gcctttatgc agcacgggat gatctgcctg 180

tacgacagcg agcaggagat cctcagtatc gaagcgctgc agcaaaccgg ccagcagccc 240

ctccccggca gcacgcagat ccgctatcgc cccggcgagg gactggtggg gaccgtgctg 300

gcccaggggc agtcgctggt gctgccccgg gtcgccgacg atcagcgttt tctcgaccgc 360

ctgagcctct acgattacga tctgccgttt atcgccgtac cgttgatggg gcccaacgcc 420

cggccaatag gggtgctggc ggcccagccg atggcgcgcc aggaagagcg gctgccggcc 480

tgcacccgtt ttctcgaaac cgtcgccaac ctcgtcgccc agaccatccg gctgatgatc 540

cttccggcct cacccgccct gtcgagccgc cagccgccga aggtggaacg gccgccggcc 600

tgctcgtcgt cgcgcggcgt gggccttgac aatatggtcg gcaagagccc ggcgatgcgc 660

cagatcgtgg aggtgatccg tcaggtttcg cgctgggaca ccaccgtgct ggtacgcggc 720

gaaagcggca ccgggaaaga gctgatcgcc aacgccatcc atcaccattc gccacgggct 780

ggcgccgcct tcgtcaaatt taactgcgcg gcgctgccgg acaccctgct ggaaagcgaa 840

ctgttcggcc atgagaaagg cgcctttacc ggggcggtgc gtcagcgtaa aggacgtttt 900

gagctggcgg atggcggcac cctgttcctc gatgagattg gtgaaagcag cgcctcgttc 960

caggccaagc tgctgcgtat cctccaggag ggggagatgg agcgggtcgg cggcgatgag 1020

accctgcggg tgaatgtccg catcatcgcc gccaccaacc gtcacctgga ggaggaggtc 1080

cggctgggcc atttccgcga ggatctctac tatcgtctga acgtgatgcc catcgccctg 1140

cccccgctgc gcgagcgtca ggaggacatc gccgagctgg cgcacttcct ggtgcgcaaa 1200

atcggccagc atcaggggcg cacgctgcgg atcagcgagg gcgcgatccg cctgctgatg 1260

gagtacagct ggccgggtaa cgttcgcgaa ctggagaact gcctcgaacg atcggcggtg 1320

atgtcggaga gtggcctgat cgatcgcgac gtgatcctct tcactcacca ggatcgtccc 1380

gccaaagccc tgcctgccag cgggccagcg gaagacagct ggctggacaa cagcctggac 1440

gaacgtcagc gactgatcgc cgcgctggaa aaagccggct gggtgcaggc caaggcggca 1500

cggctgctgg ggatgacgcc gcgccaggtc gcttatcgga tccagatcat ggatatcacc 1560

ctgccgcgtc tgtag 1575

<210> 105

<211> 2838

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2838)

<223> glnE

<400> 105

atgatgccgc tttctccgca attacagcag cactggcaga cggtcgctga ccgtctgcca 60

gcggattttc ccattgccga actgagccca caggccaggt cggtcatggc gttcagcgat 120

tttgtcgaac agagtgtgat cgcccagccg ggctggctga atgagcttgc ggactcctcg 180

ccggaggcgg aagagtggcg gcattacgag gcctggctgc aggatcgcct gcaggccgtc 240

actgacgaag cggggttgat gcgagagctg cgtctcttcc gccgccagat gatggtccgc 300

atcgcctggg cgcaggcgct gtcgctggtg agcgaagaag agactctgca gcagctgagc 360

gtcctggcgg agaccctgat tgtcgccgcc cgcgactggc tgtacgccgc ctgctgtaag 420

gagtggggaa cgccatgcaa tgccgagggc cagccgcagc cgctgctgat cctcgggatg 480

ggaaagctgg gcggcggcga gctgaacttc tcttccgata tcgatctgat ctttgcctgg 540

cctgagcatg gcgccacccg cggcggccgc cgcgagctgg ataacgccca gttctttacc 600

cgtctggggc agcggctgat caaggccctt gaccagccga cgcaggacgg ctttgtctat 660

cgggttgaca tgcgcctgcg gccgtttggc gacagtgggc cgctggtact cagttttgcg 720

gcgctggaag attattacca ggagcagggt cgggactggg aacgctatgc gatggtgaaa 780

gcgcggatca tgggcgataa cgacggcgtg tacgccagcg agttgcgcgc gatgctccgt 840

cctttcgtct tccgccgtta tatcgacttc agcgtgatcc agtcgctgcg taacatgaaa 900

ggcatgatcg cccgcgaagt gcggcgtcgc gggctgaaag acaacatcaa gctcggcgcc 960

ggcgggatcc gtgaaattga gtttatcgtt caggtctttc aactgatccg cggtggtcgc 1020

gaacctgcac tgcagcagcg cgccctgctg ccgacgctgg cggcgattga tgagctacat 1080

ctgctgccgg aaggcgacgc ggcgctgctg cgcgaggcct atctgttcct gcgccggctg 1140

gaaaacctgc tgcaaagcat caacgatgag cagacccaga ccctgccgca ggatgaactt 1200

aaccgcgcca ggctggcgtg ggggatgcat accgaagact gggagacgct gagcgcgcag 1260

ctggcgagcc agatggccaa cgtgcggcga gtgtttaatg aactgatcgg cgatgatgag 1320

gatcagtccc cggatgagca actggccgag tactggcgcg agctgtggca ggatgcgctg 1380

gaagaagatg acgccagccc ggcgctggcg catttaaacg ataccgaccg ccgtagcgtg 1440

ctggcgctga ttgccgattt tcgtaaagag ctggatcggc gcaccatcgg cccgcgcggc 1500

cgccaggtgc tggatcagct gatgccgcat ctgctgagcg aaatctgctc gcgcgccgat 1560

gcgccgctgc ctctggcgcg gatcacgccg ctgttgaccg ggatcgtcac ccgtaccacc 1620

tatcttgagc tgctgagcga attccccggc gcgctgaagc acctgatcac gctctgcgcg 1680

gcgtcgccga tggtcgccag ccagctggcg cgccacccgc tgctgctgga tgagctgctg 1740

gatcccaaca ccctctatca gccgacggcg accgatgcct atcgcgacga gctgcgccag 1800

tacctgctgc gcgtgccgga agaggatgaa gagcagcagc tggaggcgtt gcgccagttt 1860

aagcaggcgc agcagctgca tatcgcggcg gcggatatcg ctggtaccct gccggtgatg 1920

aaggtcagcg atcacttaac ctggcttgcc gaagcgatcc tcgacgcggt ggtgcagcag 1980

gcatgggggc agatggtcgc tcgctacggc cagccgaccc acctgcacga tcgccagggt 2040

cgcggcttcg ccgtcgtcgg ctacggtaag cttggcggct gggagctggg ctacagctcc 2100

gatctcgatc tggtgttcct ccatgactgc ccggcggagg tgatgaccga cggcgagcgg 2160

gagattgacg gccgtcagtt ctacctgcgg ctggcccagc ggatcatgca cctgttcagc 2220

acccgcacct cgtccggtat tctctacgaa gtggacgccc ggctgcgtcc ttctggcgcg 2280

gcggggatgc tggtcaccac cgccgacgcg tttgctgact atcagcagaa cgaagcctgg 2340

acgtgggaac atcaggcgct ggtgcgcgcc cgcgtggtct atggcgaccc ggcgctgcag 2400

gcgcgctttg acgccattcg tcgcgatatc ctgaccaccc cgcgggaggg gatgaccctg 2460

cagaccgagg ttcgcgagat gcgcgagaag atgcgcgccc accttggcaa caaacatccc 2520

gatcgttttg atatcaaagc cgatgccggc gggatcaccg atattgaatt tattactcag 2580

tatctggtcc tacgctatgc cagtgacaag ccgaagctga cccgctggtc tgacaacgtg 2640

cgtattcttg agctgctggc gcagaacgac atcatggacg aggaggaggc gcgcgcctta 2700

acgcatgcgt acaccacctt gcgtgatgcg ctccatcacc tggccctgca ggagcagccg 2760

ggacacgtgg cgccagaggc cttcagccgg gagcgtcagc aggtcagcgc cagctggcag 2820

aagtggctga tggcttaa 2838

<210> 106

<211> 500

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(500)

<223> PinfC

<400> 106

agcgtcaggt accggtcatg attcaccgtg cgattctcgg ttccctggag cgcttcattg 60

gcatcctgac cgaagagttc gctggcttct tcccaacctg gattgcacca gtgcaggtag 120

tggtcatgaa tattaccgat tctcaggctg aatacgttaa cgaattgacg cgtaaactac 180

aaaatgcggg cattcgtgta aaagcagact tgagaaatga gaagattggc tttaaaatcc 240

gcgagcacac tttacgtcgt gtcccgtata tgttggtctg tggcgacaaa gaagtcgaag 300

ccggcaaagt ggccgtgcgc acccgtcgcg ggaaagacct cggcagcatg gacgtaagtg 360

aagtgattga gaagctgcaa caagagattc gcagccgcag tcttcaacaa ctggaggaat 420

aaggtattaa aggcggaaaa cgagttcaaa cggcacgtcc gaatcgtatc aatggcgaga 480

ttcgcgccct ggaagttcgc 500

<210> 107

<211> 1287

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1287)

<223> amtB

<400> 107

atgaaaatgg caacaatgaa atcgggtctg ggggcattag cccttcttcc gggactggca 60

atggccgcgc ccgcagtggc ggacaaagcc gataacgcgt ttatgatgat ttgcaccgcg 120

ctggttctgt ttatgaccat cccggggatc gcgctgtttt acggcggcct gatccgcggc 180

aaaaacgtcc tttccatgct gactcaggtg attgtgacct ttggcctggt ctgcgtactg 240

tgggtgattt atggctatac cctggccttc ggcaccggcg gcagcttctt cggtagtttt 300

gactgggtga tgctgaaaaa tattgaactg aaagcgctga tgggcacctt ctatcagtac 360

atccacgtgg ccttccaggg ctcgttcgcc tgtatcaccg tcgggctgat cgtgggggcg 420

ctggctgagc gtattcgttt ctccgccgtg ctgatttttg tggtggtgtg gatgacgctc 480

tcttatgttc cgattgcgca catggtctgg ggcggcggtc tgctggcgac ccacggcgcg 540

ctggacttcg cgggcggcac cgttgtacac atcaacgccg cggttgccgg gctggtgggt 600

gcgtacatga tgggcaaacg tgtgggcttc ggcaaagaag cgttcaaacc gcacaatctg 660

ccgatggtgt tcaccggaac cgccatcctc tacgtgggct ggttcggctt caacgccggc 720

tccgccagcg cagcgaacga aattgccgca ttggctttcg tcaacaccgt cgtcgccaca 780

gcggctgcca tcctggcgtg gacctttggc gaatgggccc tgcgcggtaa accttcactg 840

ctgggcgcct gctccggggc gattgccggt ctggttggcg tcacaccagc ctgtgggtat 900

atcggtgtcg gtggggcgtt gattgtgggt atcgcatctg gtctggcggg catctggggc 960

gtaacggcgc tgaaacgctg gctgcgggtt gatgaccctt gcgacgtctt cggcgtccac 1020

ggcgtctgcg gcatcgtcgg ctgtatcctg accggtatct tcgcggccac ctctctgggc 1080

ggcgtgggtt atgcagaagg cgtcaccatg ggccatcagc tgctggtgca actcgagagt 1140

atcgcgatta ccatcgtctg gtcgggcgtt gtcgctttca ttggctacaa agtggcggac 1200

atgaccgtgg ggctgcgcgt accagaagag caggagcgcg aaggactgga cgtcaacagc 1260

catggcgaaa acgcctacaa cgcctga 1287

<210> 108

<211> 299

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(299)

<223> Prm8.2

<400> 108

cgccgtcctc gcagtaccat tgcaaccgac tttacagcaa gaagtgattc tggcacgcat 60

ggaacaaatt cttgccagtc gggctttatc cgatgacgaa cgcgcacagc ttttatatga 120

gcgcggagtg ttgtatgata gtctcggtct gagggcatta gcgcgaaatg atttttcaca 180

agcgctggca atccgacccg atatgcctga agtattcaat tacttaggca tttacttaac 240

gcaggcaggc aattttgatg ctgcctatga agcgtttgat tctgtacttg agcttgatc 299

<210> 109

<211> 300

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(300)

<223> Prm6.2

<400> 109

gctaaagttc tcggctaatc gctgataaca tttgacgcaa tgcgcaataa aagggcatca 60

tttgatgccc tttttgcacg ctttcatacc agaacctggc tcatcagtga ttttttttgt 120

cataatcatt gctgagacag gctctgaaga gggcgtttat acaccaaacc attcgagcgg 180

tagcgcgacg gcaagtcagc gttctccttt gcaatagcag ggaagaggcg ccagaaccgc 240

cagcgttgaa gcagtttgaa cgcgttcagt gtataatccg aaacttaatt tcggtttgga 300

<210> 110

<211> 400

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(400)

<223> Prm1.2

<400> 110

gcccgctgac cgaccagaac ttccaccttg gactcggcta tacccttggc gtgacggcgc 60

gcgataactg ggactacatc cccattccgg tgatcttacc attggcgtca ataggttacg 120

gtccggcgac tttccagatg acctatattc ccggcaccta caataacggt aacgtttact 180

tcgcctgggc tcgtatacag ttttaattcg ctaagtctta gcaataaatg agataagcgg 240

tgtgtcttgt ggaaaaacaa ggactaaagc gttacccact aaaaaagata gcgactttta 300

tcacttttta gcaaagttgc actggacaaa aggtaccaca attggtgtac tgatactcga 360

cacagcatta gtgtcgattt ttcatataaa ggtaattttg 400

<210> 111

<211> 1536

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1536)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (245)..(245)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (452)..(452)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (454)..(454)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1131)..(1132)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 111

ttgaagagtt tgatcatggc tcagattgaa cgctggcggc aggcctaaca catgcaagtc 60

gagcggtagc acagagagct tgctctcggg tgacgagcgg cggacgggtg agtaatgtct 120

gggaaactgc ctgatggagg gggataacta ctggaaacgg tagctaatac cgcataacgt 180

cgcaagacca aagtggggga ccttcgggcc tcatgccatc agatgtgccc agatgggatt 240

agctngtagg tggggtaacg gctcacctag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg 300

accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat 360

attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtgtgaagaa ggccttcggg 420

ttgtaaagca ctttcagcgg ggaggaaggc gntnaggtta ataaccttgt cgattgacgt 480

tacccgcaga agaagcaccg gctaactccg tgccagcagc cgcggtaata cggagggtgc 540

aagcgttaat cggaattact gggcgtaaag cgcacgcagg cggtctgtca agtcggatgt 600

gaaatccccg ggctcaacct gggaactgca ttcgaaactg gcaggctaga gtcttgtaga 660

ggggggtaga attccaggtg tagcggtgaa atgcgtagag atctggagga ataccggtgg 720

cgaaggcggc cccctggaca aagactgacg ctcaggtgcg aaagcgtggg gagcaaacag 780

gattagatac cctggtagtc cacgctgtaa acgatgtcga tttggaggtt gtgcccttga 840

ggcgtggctt ccggagctaa cgcgttaaat cgaccgcctg gggagtacgg ccgcaaggtt 900

aaaactcaaa tgaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgat 960

gcaacgcgaa gaaccttacc tggtcttgac atccacagaa ctttccagag atggattggt 1020

gccttcggga actgtgagac aggtgctgca tggctgtcgt cagctcgtgt tgtgaaatgt 1080

tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatcctttgt tgccagcggt nnggccggga 1140

actcaaagga gactgccagt gataaactgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat 1200

ggcccttacg accagggcta cacacgtgct acaatggcat atacaaagag aagcgacctc 1260

gcgagagcaa gcggacctca taaagtatgt cgtagtccgg attggagtct gcaactcgac 1320

tccatgaagt cggaatcgct agtaatcgta gatcagaatg ctacggtgaa tacgttcccg 1380

ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtgggtt gcaaaagaag taggtagctt 1440

aaccttcggg agggcgctta ccactttgtg attcatgact ggggtgaagt cgtaacaagg 1500

taaccgtagg ggaacctgcg gttggatcac ctcctt 1536

<210> 112

<211> 882

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH

<400> 112

atgaccatgc gtcaatgcgc tatctacggt aaaggcggta tcggtaaatc caccaccacc 60

cagaatctcg tcgcggccct cgccgagatg ggtaagaaag tgatgatcgt cggctgcgat 120

ccgaaagcgg actccacccg tctgatcctt cacgctaaag cccagaacac catcatggag 180

atggcggcgg aagtgggctc ggtcgaggat ctggagctcg aagacgttct gcaaatcggc 240

tatggcgatg tccgttgcgc cgaatccggc ggcccggagc caggcgtcgg ctgcgccgga 300

cgcggggtga tcaccgccat caacttcctc gaggaagaag gcgcctatga ggaagatttg 360

gatttcgtct tctatgacgt cctcggcgac gtagtctgcg gcggcttcgc catgccgatc 420

cgcgaaaaca aagcccagga gatctacatc gtctgctccg gcgagatgat ggcgatgtat 480

gccgccaaca atatctccaa ggggatcgtg aagtacgcga aatctggcaa ggtgcgcctc 540

ggcggcctga tctgtaactc gcgcaaaacc gaccgggaag acgaactgat catcgccctg 600

gcggagaagc ttggcacgca gatgatccac ttcgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgc 660

gcggagatcc gccggatgac ggtgatcgag tacgacccga cctgtcagca ggcgaatgaa 720

tatcgtcaac tggcgcagaa gatcgtcaat aacaccaaaa aagtggtgcc aacgccgtgc 780

accatggacg agctggaatc gctgctgatg gagttcggca tcatggaaga agaagacacc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgctgaagaa aacgcggcct ga 882

<210> 113

<211> 1449

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD1

<400> 113

atgaccaacg caacaggcga acgtaacctt gcgctcatcc aggaagtcct ggaggtgttt 60

cccgaaaccg cgcgcaaaga gcgcagaaag cacatgatga tcagcgatcc gcagatggag 120

agcgtcggca agtgcattat ctcgaaccgt aaatcgcagc ccggggtgat gaccgtgcgt 180

ggctgcgcct atgcgggctc gaaaggggtg gtgtttgggc caatcaaaga catggcccat 240

atctcgcacg gccccatcgg ctgcggccag tactcgcgcg ccggacggcg caactactat 300

accggcgtca gcggtgtcga cagcttcggc accctgaact tcacctctga ttttcaggag 360

cgcgatattg ttttcggcgg cgataaaaag ctgaccaaac tgatcgaaga gatggagctg 420

ctgttcccgc tgaccaaagg gatcaccatc cagtcggagt gcccggtggg cctgatcggc 480

gatgacatca gcgccgtggc caacgccagc agcaaggcgc tggataaacc ggtgatcccg 540

gtgcgctgcg aaggctttcg cggcgtatcg caatcgctgg gccaccatat cgccaacgac 600

gtggtgcgcg actgggtgct gaacaatcgc gaagggcagc cgtttgccag caccccgtat 660

gatgttgcca tcattggcga ttacaacatc ggcggcgacg cctgggcctc gcgcattctg 720

ctggaagaga tggggctgcg cgtagtggcg cagtggtccg gcgacggcac cctggtggag 780

atggagaaca ccccattcgt taagcttaac ctcgtccact gctaccgttc gatgaactat 840

atcgcccgcc atatggagga gaaacatcag atcccgtgga tggaatataa cttcttcggc 900

ccgaccaaaa tcgccgaatc gctgcgcaag atcgccgatc aatttgatga caccattcgc 960

gccaatgcgg aagcggtgat cgccaaatat gaggggcaga tggcggccat catcgccaaa 1020

tatcgcccgc ggctggaggg gcgcaaagtg ctgctgtaca tgggggggct gcggccgcgc 1080

cacgtcatcg gcgcctatga ggatctcggg atggagatca tcgccgccgg ctacgagttt 1140

gcccataacg atgattacga ccgcaccctg ccggacctga aagagggcac cctgctgttt 1200

gacgatgcca gcagctatga gctggaggcc ttcgtcaaag cgctgaaacc tgacctcatc 1260

ggctccggga tcaaagagaa atatatcttc cagaaaatgg gggtgccgtt ccgccagatg 1320

cactcctggg actattccgg cccctatcac ggctatgacg gcttcgccat ctttgcccgc 1380

gatatggata tgaccctgaa caatccggcg tggaacgaac tgactgcccc gtggctgaag 1440

tctgcgtga 1449

<210> 114

<211> 1374

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD2

<400> 114

atgaagggaa aggaaattct ggcgctgctg gacgaacccg cctgcgagca caaccagaag 60

caaaaatccg gctgcagcgc tcctaagccc ggcgcaaccg ccggcggctg cgccttcgac 120

ggcgcgcaga taacgctcct gcccatcgcc gacgtcgcgc acctggtgca cggccccatc 180

ggctgcgcgg gcagctcgtg ggataaccgc ggcagcgtca gcgccggccc ggccctcaac 240

cggctcggct ttaccaccga tcttaacgaa caggatgtga ttatgggccg cggcgaacgc 300

cgcctgttcc acgccgtccg tcacatcgtc gaccgctatc atccggcggc ggtctttatc 360

tacaacacct gcgtaccggc gatggagggg gatgacctgg aggccgtctg ccaggccgca 420

cagaccgcca ccggcgtccc ggtcatcgcc attgacgccg ccggtttcta cggcagtaaa 480

aatcttggca accgaatggc gggcgacgtg atgctcaggc aggtgattgg ccagcgcgaa 540

ccggccccgt ggccagacaa cacgcccttt gccccggccc agcgccacga tatcggcctg 600

attggcgaat tcaatatcgc cggcgagttc tggcaggtcc agccgctgct cgacgagctg 660

gggatccgcg tcctcggcag cctctccggc gacggccgct ttgccgagat ccagaccctg 720

caccgggcgc aggccaatat gctggtgtgc tcgcgcgcgc tgatcaacgt cgcccggggg 780

ctggagctgc gctacggcac gccgtggttt gaaggcagct tctacgggat ccgcgccacc 840

tccgacgcct tgcgccagct ggcggcgctg ctgggggatg acgacctgtg ccgccgcacc 900

gaggcgctga tcgcccgcga agagcaggcg gcggagcagg cgctggcgcc gtggcgcgag 960

cagctccgtg ggcgcaaagt gttgctctac accggcggcg tgaaatcctg gtcggtggta 1020

tcagccctgc aggatctcgg catgaccgtg gtggccaccg gcacgcggaa atccaccgag 1080

gaggacaaac agcggatccg tgagctgatg ggcgacgagg cggtgatgct tgaggagggc 1140

aatgcccgca ccctgctcga cgtggtgtac cgctatcagg ccgacctgat gatcgccggc 1200

ggacgcaata tgtacaccgc ctggaaagcc cggctgccgt ttctcgatat caatcaggag 1260

cgcgagcacg cctacgccgg ctatcagggc atcatcaccc tcgcccgcca gctctgtctg 1320

accctcgcca gtcccgtctg gccgcaaacg catacccgcg ccccgtggcg ctag 1374

<210> 115

<211> 1386

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK1

<400> 115

atggcagaca ttatccgcag tgaaaaaccg ctggcggtga gcccgattaa aaccgggcaa 60

ccgctcgggg cgatcctcgc cagcctcggg ctggcccagg ccatcccgct ggtccacggc 120

gcccagggct gcagcgcctt cgccaaagtt ttctttattc agcatttcca tgacccggtg 180

ccgctgcagt cgacggccat ggatccgacc gccacgatca tgggggccga cggcaatatc 240

ttcaccgcgc tcgacaccct ctgccagcgc cacagcccgc aggccatcgt gctgctcagc 300

accggtctgg cggaagcgca gggcagcgat atcgcccggg tggtgcgcca gtttcgtgag 360

gcgcatccgc gccataacgg cgtggcgatc ctcaccgtca ataccccgga tttttttggc 420

tcgatggaaa acggctacag cgcggtgatc gagagcgtga tcgagcagtg ggtcgcgccg 480

acgccgcgtc cggggcagcg gccccggcgg gtcaacctgc tggtcagcca cctctgttcg 540

ccaggggata tcgaatggct gggccgctgc gtggaggcct ttggcctgca gccggtgatc 600

ctgccggacc tctcgcagtc aatggatggc cacctcggtg aaggggattt tacgcccctg 660

acccagggcg gcgcctcgct gcgccagatt gcccagatgg gccagagtct gggcagcttc 720

gccattggcg tgtcgctcca gcgggcggca tcgctcctga cccaacgcag ccgcggcgac 780

gtgatcgccc tgccgcatct gatgaccctc gaccattgcg atacctttat ccatcagctg 840

gcgaagatgt ccggacgccg cgtaccggcc tggattgagc gccagcgcgg ccagctgcag 900

gatgcgatga tcgactgcca tatgtggctt cagggccagc gcatggcgat ggcggcggag 960

ggcgacctgc tggcggcgtg gtgtgatttc gcccgcagcc aggggatgca gcccggcccg 1020

ctggtcgccc ccaccagcca ccccagcctg cgccagctgc cggtcgatca ggtcgtgccg 1080

ggggatcttg aggatctgca gcagctgctg agccaccaac ccgccgatct gctggtggct 1140

aactctcacg cccgcgatct ggcggagcag tttgccctgc cgctgatccg cgtcggtttt 1200

cccctcttcg accggctcgg tgagtttcgt cgcgtccgcc aggggtacgc cggtatgcga 1260

gatacgctgt ttgagctggc caatctgctg cgcgaccgcc atcaccacac cgccctctac 1320

cgctcgccgc ttcgccaggg cgccgacccc ctgccggctt caggagacgc ttatgccgcc 1380

cattaa 1386

<210> 116

<211> 183

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(183)

<223> nifK2

<400> 116

gtgccgctga tccgtctggg ctttccgctg ttcgaccgcc atcatctgca ccgccagacc 60

acctggggct atgaaggcgc aatgaacatc gtcacgacgc tggtgaacgc cgtgctggaa 120

aaactggacc acgacaccag ccagttgggc aaaaccgatt acagcttcga cctcgttcgt 180

taa 183

<210> 117

<211> 1485

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1485)

<223> nifL

<400> 117

atgaccctga atatgatgct cgataacgcc gcaccggagg ccatcgccgg cgcgctgact 60

caacaacatc cggggctgtt ttttaccatg gtggaacagg cctcggtggc catatccctc 120

accgatgcca gcgccaggat catttacgcc aacccagcgt tttgccgcca gaccggctat 180

tcgctggcgc aattgttaaa ccagaacccg cgcctgctgg ccagcagcca gacgccgcgc 240

gcgatctatc aggagatgtg gcataccctg ctccagcgtc agccctggcg cggtcagctg 300

attaatcagc gtcgggacgg cggcctgtgc ctggtggaga ttgacatcac cccggtgctt 360

agcccgcaag gggaactgga gcattatctg gcgatgcagc gggatatcag cgtcagctac 420

accctcgaac aacggctgcg caaccatatg accctgatgg aggcggtgct gaataatatc 480

cccgccgccg tggtggtggt ggacgagcag gatcgggtgg tgatggacaa cctcgcctac 540

aaaaccttct gcgctgactg cggcggccgg gagctgctca ccgagctgca ggtctcccct 600

ggccggatga cgcccggcgt ggaggcgatc ctgccggtag cgctgcgcgg ggccgcgcgc 660

tggctgtcgg taacctgctg gccgttgccc ggcgtcagtg aagaggccag ccgctacttt 720

atcgacagcg cgctggcgcg gaccctggtg gtgatcgccg actgtaccca gcagcgtcag 780

cagcaggagc aaggacgcct tgaccggctg aagcagcaaa tgaccgccgg caagctgctg 840

gcggcgatcc gcgagtcgct ggacgccgcg ctgatccagc tgaactgccc gattaatatg 900

ctggcggcag cccgtcggct gaacggcgag ggaagcggga atgtggcgct ggaggccgcc 960

tggcgtgaag gggaagaggc gatggcgcgg ctccagcgct gtcgcccatc gctggaactc 1020

gaaaaccccg ccgtctggcc gctgcagccc tttttcgacg atctgtgcgc cctctaccgt 1080

acccgcttcg atcccgacgg gctgcaggtc gacatggcct caccgcatct gatcggcttt 1140

ggccagcgca ccccgctgct ggcgtgctta agcctgtggc tcgaccgcac cctggccctc 1200

gccgccgaat tgccctccgt gccgctggcg atgcagctct atgccgagga gaacgacggc 1260

tggctgtcgc tgtacctgac tgataacgta ccgctgttgc aggtgcgcta cgcccactcc 1320

cccgacgcgc tgaactcgcc gggtaaaggc atggagctgc ggctgatcca gaccctggtg 1380

gcgcaccatc gcggggccat tgagctggct tcccgaccgc agggcggcac ctgcctgacc 1440

ctgcgtttcc cgctgtttaa caccctgacc ggaggtgaag catga 1485

<210> 118

<211> 1575

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA

<400> 118

atgatccctg aatccgaccc ggacaccacc gtcagacgct tcgacctctc tcagcagttc 60

accgccatgc agcggataag cgtggtgctg agccgggcca ccgaggccag caaaacgctg 120

caggaggtac tcactgtatt gcacaacgat gcctttatgc agcacgggat gatctgcctg 180

tacgacagcg agcaggagat cctcagtatc gaagcgctgc agcaaaccgg ccagcagccc 240

ctccccggca gcacgcagat ccgctatcgc cccggcgagg gactggtggg gaccgtgctg 300

gcccaggggc agtcgctggt gctgccccgg gtcgccgacg atcagcgttt tctcgaccgc 360

ctgagcctct acgattacga tctgccgttt atcgccgtac cgttgatggg gcccaacgcc 420

cggccaatag gggtgctggc ggcccagccg atggcgcgcc aggaagagcg gctgccggcc 480

tgcacccgtt ttctcgaaac cgtcgccaac ctcgtcgccc agaccatccg gctgatgatc 540

cttccggcct cacccgccct gtcgagccgc cagccgccga aggtggaacg gccgccggcc 600

tgctcgtcgt cgcgcggcgt gggccttgac aatatggtcg gcaagagccc ggcgatgcgc 660

cagatcgtgg aggtgatccg tcaggtttcg cgctgggaca ccaccgtgct ggtgcgcggt 720

gaaagcggca ccgggaaaga gctgatcgcc aacgccatcc atcaccattc gccacgggct 780

ggcgccgcct tcgtcaaatt taactgcgcg gcgctgccgg acaccctgct ggaaagcgaa 840

ctgttcggcc atgagaaagg cgcctttacc ggggcggtgc gtcagcgtaa aggacgtttt 900

gagctggcgg atggcggcac cctgttcctc gatgagattg gtgaaagcag cgcctcgttc 960

caggccaagc tgctgcgtat cctccaggag ggggagatgg agcgggtcgg cggcgatgag 1020

accctgcggg tgaatgtccg catcatcgcc gccaccaacc gtcacctgga ggaggaggtc 1080

cggctgggcc atttccgcga ggatctctat tatcgtctga acgtgatgcc catcgccctg 1140

cccccgctgc gcgagcgtca ggaggacatc gccgagctgg cgcacttcct ggtgcgcaaa 1200

atcggccagc atcaggggcg cacgctgcgg atcagcgagg gcgcgatccg cctgctgatg 1260

gagtacagct ggccgggtaa cgttcgcgaa ctggagaact gcctcgaacg atcggcggtg 1320

atgtcggaga gtggcctgat cgatcgcgac gtgatcctct tcactcacca ggatcgtccc 1380

gccaaagccc tgcctgccag cgggccagcg gaagacagct ggctggacaa cagcctggac 1440

gaacgtcagc gactgatcgc cgcgctggaa aaagccggct gggtgcaggc caaggcggca 1500

cggctgctgg ggatgacgcc gcgccaggtc gcttaccgga tccagatcat ggatatcacc 1560

ctgccgcgtc tgtag 1575

<210> 119

<211> 2838

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2838)

<223> glnE

<400> 119

atgatgccgc tttctccgca attacagcag cactggcaga cggtcgctga ccgtctgcca 60

gcggattttc ccattgcaga actgagccca caggccaggt cggtcatggc gttcagcgat 120

tttgtcgaac agagtgtgat cgcccagccg ggctggctga atgagcttgc ggactcctcg 180

ccggaggcgg aagagtggcg gcattacgag gcctggctgc aggatcgcct gcaggccgtc 240

actgacgaag cggggttgat gcgagagctg cgtctcttcc gccgccagat gatggtccgc 300

atcgcctggg cgcaggcgct gtcgctggtg agcgaagaag agaccctgca gcagctgagc 360

gccctggcgg agaccctgat tgtcgccgcc cgcgactggc tctacgccgc ctgctgtaag 420

gagtggggaa cgccatgcaa tgccgagggc cagccgcagc cgctgctgat cctcgggatg 480

ggaaagctgg gcggcggcga gctgaacttc tcttccgata tcgatctgat ctttgcctgg 540

cctgagcatg gcgccacccg cggcggccgc cgcgagctgg ataacgccca gttctttacc 600

cgtctggggc agcggctgat caaggccctt gaccagccga cgcaggacgg ctttgtctat 660

cgggttgaca tgcgcctgcg gccgtttggc gacagtgggc cgctggtact cagctttgcg 720

gcactggaag attattacca ggagcagggt cgggactggg aacgctatgc gatggtgaaa 780

gcgcggatca tgggcgataa cgacggcgtg tacgccagcg agttgcgcgc gatgctccgt 840

cctttcgtct tccgccgtta tatcgacttc agcgtgatcc agtcgctgcg taacatgaaa 900

ggcatgatcg cccgcgaagt gcggcgtcgc gggctgaaag acaacatcaa gctcggcgcc 960

ggcgggatcc gtgaaattga gtttatcgtt caggtctttc agctgatccg cggtggtcgc 1020

gaacctgcac tgcagcagcg cgccctgctg ccgacgctgg cggcgattga tgagctacat 1080

ctgctgccgg aaggcgacgc ggcgctgctg cgcgaggcct atctgttcct gcgccggctg 1140

gaaaacctgc tgcaaagcat caacgatgaa cagacccaga ccctgccgca ggatgaactt 1200

aaccgcgcca ggctggcgtg ggggatgcat accgaagact gggagacgct gagcgcgcag 1260

ctggcgagcc agatggccaa cgtgcggcga gtgtttaatg aactgatcgg cgatgatgag 1320

gatcagtccc cggatgagca actggccgag tactggcgcg agctgtggca ggatgcgctg 1380

gaagaagatg acgccagccc ggcgctggcg catttaaacg ataccgaccg ccgtagcgtg 1440

ctggcgctga ttgccgattt tcgtaaagag ctggatcggc gcaccatcgg cccgcgcggc 1500

cgccaggtgc tggatcagct gatgccgcat ctgctgagcg aaatctgctc gcgtgccgat 1560

gcgccgctgc ctctggcgcg gatcacgccg ctgttgaccg ggatcgtcac ccgtaccacc 1620

tatcttgagc tgctgagcga attccccggc gcgctgaagc acctgatcac gctctgcgcg 1680

gcgtcgccga tggtcgccag ccagctggcg cgccacccgc tgctgctgga tgagctgctg 1740

gatcccaaca ccctctatca gccgacggcg accgatgcct atcgcgacga gctgcgccag 1800

tacctgctgc gcgtgccgga agaggatgaa gagcagcagc tggaggcgtt gcgccagttt 1860

aagcaggcgc agcagctgca tatcgcggcg gcggatatcg ctggtaccct gccggtgatg 1920

aaggtcagcg atcacttaac ctggcttgcc gaagcgatcc tcgacgcggt ggtgcagcag 1980

gcatgggggc agatggtcgc tcgctacggt cagccgaccc acctgcacga tcgccagggt 2040

cgcggcttcg ccgttgtcgg ctacggtaag ctcggcggct gggagctggg ctacagctcc 2100

gatctcgatc tggtgttcct ccatgactgc ccggcggagg tgatgaccga cggcgagcgg 2160

gagattgacg gccgtcagtt ctacctgcgg ctggcccagc ggatcatgca cctgttcagc 2220

acccgcacct cgtccggtat tctctacgaa gtggacgccc ggctgcgtcc ttctggcgcg 2280

gcggggatgc tggtcaccac cgccgacgcg tttgctgact atcagcagaa cgaagcctgg 2340

acgtgggaac atcaggcgct ggtgcgcgcc cgcgtggtct atggcgaccc ggcgctgcag 2400

gcgcgctttg acgccattcg tcgcgatatc ctgaccaccc cgcgggaggg gacgaccctg 2460

cagaccgagg ttcgcgagat gcgcgagaag atgcgcgccc accttggcaa caaacatccc 2520

gatcgttttg atatcaaagc cgatgccggc gggatcaccg atattgaatt tattactcag 2580

tatctggtcc tacgctatgc cagtgacaag ccgaagctga cccgctggtc tgacaacgtg 2640

cgtattcttg agctgctggc gcagaacgac atcatggacg aggaggaggc gcgcgcctta 2700

acgcatgcat acaccacctt gcgtgatgcg ctccatcacc tggccctgca ggagcagccg 2760

ggacacgtgg cgccagaggc cttcagccgg gagcgtcagc aggtcagcgc cagctggcag 2820

aagtggctga tggcttaa 2838

<210> 120

<211> 1287

<212> DNA

<213> 变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1287)

<223> amtB

<400> 120

atgaaaatgg caacaatgaa atcgggtctg ggggcattag cccttcttcc gggactggca 60

atggccgcgc ccgcagtggc ggacaaagcc gataacgcgt ttatgatgat ttgcaccgcg 120

ctggttctgt ttatgaccat cccggggatc gcgctgtttt acggcggcct gatccgcggc 180

aaaaacgtcc tttccatgct gactcaggtg attgtgacct ttggcctggt ctgcgtactg 240

tgggtgattt atggctatac cctggccttc ggcaccggcg gcagcttctt cggtagcttt 300

gactgggtga tgctgaaaaa tattgaactg aaagcgctga tgggcacctt ctatcagtac 360

atccacgtgg ccttccaggg ctcgttcgcc tgtatcaccg tcgggctgat cgtgggggcg 420

ctggctgagc gtattcgttt ctccgccgtg ctgattttcg tggtggtgtg gatgacgctc 480

tcttatgttc cgattgcgca catggtctgg ggcggcggtc tgctggcgac ccacggcgcg 540

ctggacttcg cgggcggcac cgttgtacac atcaacgccg cggttgccgg gctggtgggt 600

gcgtatatga tgggcaaacg tgtgggcttc ggcaaagaag cgttcaaacc gcacaatctg 660

ccgatggtgt tcaccggaac cgccatcctc tacgtgggct ggttcggctt caacgccggc 720

tccgccagcg cagcgaacga aattgccgca ctggctttcg tcaacaccgt cgtcgccaca 780

gcggcagcca tcctggcctg gacctttggc gaatgggctc tgcgcggcaa accttcactg 840

ctgggcgcct gctccggggc gattgccggt ctggttggcg tcacaccagc ctgtgggtat 900

atcggtgtcg gtggggcgtt gattgtgggt atcgcatctg gtctggcggg catctggggc 960

gtaacggcgc tgaaacgctg gctgcgggtt gatgaccctt gcgacgtctt cggcgtccac 1020

ggcgtctgcg gcatcgtcgg ctgtatcctg accggtatct tcgcggccac ctctctgggc 1080

ggcgtgggtt atgcagaagg cgtcaccatg ggccatcagc tgctggtgca actcgagagt 1140

atcgcgatta ccatcgtctg gtcgggcgtt gtcgctttca ttggctacaa agtggcggac 1200

atgaccgtgg ggctgcgcgt accagaagag caggagcgcg aaggactgga cgtcaacagc 1260

catggcgaaa acgcctacaa cgcctga 1287

<210> 121

<211> 1435

<212> DNA

<213> 精神无色杆菌(Achromobacter spiritinus)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1435)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (255)..(255)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (454)..(454)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 121

ctgaagagtt tgatcctggc tcagattgaa cgctagcggg atgccttaca catgcaagtc 60

gaacggcagc acggacttcg gtctggtggc gagtggcgaa cgggtgagta atgtatcgga 120

acgtgcctag tagcggggga taactacgcg aaagcgtagc taataccgca tacgccctac 180

gggggaaagc aggggatcgc aagaccttgc actattagag cggccgatat cggattagct 240

agttggtggg gtaanggctc accaaggcga cgatccgtag ctggtttgag aggacgacca 300

gccacactgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaattttg 360

gacaatgggg gaaaccctga tccagccatc ccgcgtgtgc gatgaaggcc ttcgggttgt 420

aaagcacttt tggcaggaaa gaaacgtcat gggntaatac cccgtgaaac tgacggtacc 480

tgcagaataa gcaccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggtgcaagc 540

gttaatcgga attactgggc gtaaagcgtg cgcaggcggt tcggaaagaa agatgtgaaa 600

tcccagagct taactttgga actgcatttt taactaccgg gctagagtgt gtcagaggga 660

ggtggaattc cgcgtgtagc agtgaaatgc gtagatatgc ggaggaacac cgatggcgaa 720

ggcagcctcc tgggataaca ctgacgctca tgcacgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780

agataccctg gtagtccacg ccctaaacga tgtcaactag ctgttggggc cttcgggcct 840

tagtagcgca gctaacgcgt gaagttgacc gcctggggag tacggtcgca agattaaaac 900

tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc ggtggatgat gtggattaat tcgatgcaac 960

gcgaaaaacc ttacctaccc ttgacatgtc tggaattctg aagagattcg gaagtgctcg 1020

caagagaacc ggaacacagg tgctgcatgg ctgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cattagttgc tacgaaaggg cactctaatg 1140

agactgccgg tgacaaaccg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcctca tggcccttat 1200

gggtagggct tcacacgtca tacaatggtc gggacagagg gtcgccaacc cgcgaggggg 1260

agccaatccc agaaacccga tcgtagtccg gatcgcagtc tgcaactcga ctgcgtgaag 1320

tcggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtgggt tttaccagaa gtagttagcc taacc 1435

<210> 122

<211> 1528

<212> DNA

<213> 马氏无色杆菌(Achromobacter marplatensis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1528)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (255)..(255)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (999)..(999)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1009)..(1009)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1437)..(1437)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 122

ctgaagagtt tgatcctggc tcagattgaa cgctagcggg atgccttaca catgcaagtc 60

gaacggcagc acggacttcg gtctggtggc gagtggcgaa cgggtgagta atgtatcgga 120

acgtgcctag tagcggggga taactacgcg aaagcgtagc taataccgca tacgccctac 180

gggggaaagc aggggatcgc aagaccttgc actattagag cggccgatat cggattagct 240

agttggtggg gtaanggctc accaaggcga cgatccgtag ctggtttgag aggacgacca 300

gccacactgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaattttg 360

gacaatgggg gaaaccctga tccagccatc ccgcgtgtgc gatgaaggcc ttcgggttgt 420

aaagcacttt tggcaggaaa gaaacgtcat gggttaatac cccgtgaaac tgacggtacc 480

tgcagaataa gcaccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggtgcaagc 540

gttaatcgga attactgggc gtaaagcgtg cgcaggcggt tcggaaagaa agatgtgaaa 600

tcccagagct taactttgga actgcatttt taactaccgg gctagagtgt gtcagaggga 660

ggtggaattc cgcgtgtagc agtgaaatgc gtagatatgc ggaggaacac cgatggcgaa 720

ggcagcctcc tgggataaca ctgacgctca tgcacgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780

agataccctg gtagtccacg ccctaaacga tgtcaactag ctgttggggc cttcgggcct 840

tagtagcgca gctaacgcgt gaagttgacc gcctggggag tacggtcgca agattaaaac 900

tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc ggtggatgat gtggattaat tcgatgcaac 960

gcgaaaaacc ttacctaccc ttgacatgtc tggaattcng aagagattng gaagtgctcg 1020

caagagaacc ggaacacagg tgctgcatgg ctgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cattagttgc tacgaaaggg cactctaatg 1140

agactgccgg tgacaaaccg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcctca tggcccttat 1200

gggtagggct tcacacgtca tacaatggtc gggacagagg gtcgccaacc cgcgaggggg 1260

agccaatccc agaaacccga tcgtagtccg gatcgcagtc tgcaactcga ctgcgtgaag 1320

tcggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtgggt tttaccagaa gtagttagcc taaccgnaag 1440

gggggcgatt accacggtag gattcatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500

cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528

<210> 123

<211> 1522

<212> DNA

<213> 壁微杆菌(Microbacterium murale)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1522)

<223> 16S

<400> 123

tacggagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60

cgaacggtga acacggagct tgctctgtgg gatcagtggc gaacgggtga gtaacacgtg 120

agcaacctgc ccctgactct gggataagcg ctggaaacgg cgtctaatac tggatatgtg 180

acgtggccgc atggtctgcg tctggaaaga atttcggttg gggatgggct cgcggcctat 240

cagcttgttg gtgaggtaat ggctcaccaa ggcgtcgacg ggtagccggc ctgagagggt 300

gaccggccac actgggactg agacacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa 360

tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag caacgccgcg tgagggatga cggccttcgg 420

gttgtaaacc tcttttagca gggaagaagc gaaagtgacg gtacctgcag aaaaagcgcc 480

ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtagggcg caagcgttat ccggaattat 540

tgggcgtaaa gagctcgtag gcggtttgtc gcgtctgctg tgaaatccgg aggctcaacc 600

tccggcctgc agtgggtacg ggcagactag agtgcggtag gggagattgg aattcctggt 660

gtagcggtgg aatgcgcaga tatcaggagg aacaccgatg gcgaaggcag atctctgggc 720

cgtaactgac gctgaggagc gaaagggtgg ggagcaaaca ggcttagata ccctggtagt 780

ccaccccgta aacgttggga actagttgtg gggtccattc cacggattcc gtgacgcagc 840

taacgcatta agttccccgc ctggggagta cggccgcaag gctaaaactc aaaggaattg 900

acggggaccc gcacaagcgg cggagcatgc ggattaattc gatgcaacgc gaagaacctt 960

accaaggctt gacatatacg agaacgggcc agaaatggtc aactctttgg acactcgtaa 1020

acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac 1080

gagcgcaacc ctcgttctat gttgccagca cgtaatggtg ggaactcatg ggatactgcc 1140

ggggtcaact cggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgtcttggg 1200

cttcacgcat gctacaatgg ccggtacaaa gggctgcaat accgcgaggt ggagcgaatc 1260

ccaaaaagcc ggtcccagtt cggattgagg tctgcaactc gacctcatga agtcggagtc 1320

gctagtaatc gcagatcagc aacgctgcgg tgaatacgtt cccgggtctt gtacacaccg 1380

cccgtcaagt catgaaagtc ggtaacacct gaagccggtg gcctaaccct tgtggaggga 1440

gccgtcgaag gtgggatcgg taattaggac taagtcgtaa caaggtagcc gtaccggaag 1500

gtgcggctgg atcacctcct tt 1522

<210> 124

<211> 1537

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1537)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (455)..(455)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1004)..(1004)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 124

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgaacggtag cacagagagc ttgctctcgg gtgacgagtg gcggacgggt gagtaatgtc 120

tgggaaactg cccgatggag ggggataact actggaaacg gtagctaata ccgcataatg 180

tcgcaagacc aaagaggggg accttcgggc ctcttgccat cggatgtgcc cagatgggat 240

tagcttgttg gtgaggtaat ggctcaccaa ggcgacgatc cctagctggt ctgagaggat 300

gaccagccac actggaactg agacacggtc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa 360

tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag ccatgccgcg tgtgtgaaga aggccttcgg 420

gttgtaaagc actttcagcg gggaggaagg cgatncggtt aataaccgtg ttgattgacg 480

ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 540

caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag gcggtctgtc aagtcggatg 600

tgaaatcccc gggctcaacc tgggaactgc attcgaaact ggcaggcttg agtcttgtag 660

aggggggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga gatctggagg aataccggtg 720

gcgaaggcgg ccccctggac aaagactgac gctcaggtgc gaaagcgtgg ggagcaaaca 780

ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacgatgtcg acttggaggt tgtgcccttg 840

aggcgtggct tccggagcta acgcgttaag tcgaccgcct ggggagtacg gccgcaaggt 900

taaaactcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960

tgcaacgcga agaaccttac ctggtcttga catccacgga attnggcaga gatgccttag 1020

tgccttcggg aaccgtgaga caggtgctgc atggctgtcg tcagctcgtg ttgtgaaatg 1080

ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcctttg ttgccagcgg tccggccggg 1140

aactcaaagg agactgccag tgataaactg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca 1200

tggcccttac gaccagggct acacacgtgc tacaatggca tatacaaaga gaagcgacct 1260

cgcgagagca agcggacctc ataaagtatg tcgtagtccg gattggagtc tgcaactcga 1320

ctccatgaag tcggaatcgc tagtaatcgt ggatcagaat gccacggtga atacgttccc 1380

gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagtgggt tgcaaaagaa gtaggtagct 1440

taaccttcgg gagggcgctt accactttgt gattcatgac tggggtgaag tcgtaacaag 1500

gtaaccgtag gggaacctgc ggttggatca cctcctt 1537

<210> 125

<211> 882

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH

<400> 125

atgaccatgc gtcaatgcgc catttatggc aaaggtggga tcggcaaatc caccaccacg 60

caaaacctcg tcgccgctct cgcggaaatg ggtaaaaaag tgatgatcgt cggctgcgac 120

ccgaaagcgg actccacccg tctgatcctg catgcgaaag cacagaacac cattatggag 180

atggccgccg aagtgggttc agtggaagac cttgaactgg aagatgtgct gcaaatcggt 240

tacggcggcg tgcgttgtgc agaatccggc ggcccggagc caggcgtggg ttgtgcaggc 300

cgcggcgtta ttaccgccat taacttcctt gaagaagaag gcgcctatgt cagcgacctc 360

gactttgtct tctatgacgt cctcggtgac gtggtctgcg gcgggttcgc catgccgatt 420

cgtgaaaaca aagcgcaaga gatctatatc gtctgctccg gggaaatgat ggcgatgtat 480

gccgctaaca acatctccaa aggcatcgtg aaatacgcta aatccggcaa ggtgcgcctg 540

ggcgggctga tttgtaactc ccgtcagacc gaccgcgaag atgaactgat catcgcgctg 600

gcagaaaaac tgggcaccca gatgattcac tttgtgccac gcgacaacat cgtccagcgc 660

gcggaaattc gccgtatgac ggttatcgaa tatgacccga aatgcaacca ggccgacgaa 720

taccgcgcgc tggcgaacaa gatcgtcaac aacaccctga tggtcgtccc gaccccttgc 780

accatggatg aactggaaga gctgctgatg gaattcggca ttatggatgt ggaagacgcc 840

agcatcatcg gtaaaaccgc cgccgaagaa aacgcggcct ga 882

<210> 126

<211> 660

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(660)

<223> 双固氮酶铁钼辅因子编码序列

<400> 126

atgaacgata acgatgtcct tttctggcgc atgctggcgc tatttcagtg tctgccggaa 60

ctgcaacccg cgcagatcct ggcctggctg acaggagaac gcgacgacgc cttaaccccg 120

gcgtacctcg ataagcttaa cgtccgcgaa ctggaagcga ccttcccgtc tgaaacggcg 180

atgatgtcgc ccgcacgctg gagccgcgtt aacgcgtgcc ttcacggtac gctgcccgca 240

cacctgcagg taaaaagcac cactcgtcag gggcaattac gggtagcctt ttgttcacag 300

gatggattgc tgatcaatgg tcattttggt caggggcggc tgttttttat ctacgccttt 360

gatgaacagg gcggatggct acacgcgtta cgccgtcttc cctcggcccc gcaaacccag 420

gagccgaatg aagttcgcgc gcagctcctg agtgattgcc acctgctgtt ttgtgaagcc 480

attggcggcc ctgcggcggc ccggctgatt cgtcacaata tccacccgat gaaagtgtcg 540

ccagggatgt ccattgccgc ccagtgtgat gccattaccg cactgctgag cggacgtctg 600

ccaccgtggc tggcaaaacg tcttgagaaa gccaacccgc tggaagagcg ggtgttttaa 660

<210> 127

<211> 1374

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD1

<400> 127

atgaagggaa atgacattct cgcgctgctg gatgaacccg cctgcgaaca caatcacaaa 60

cagaaatccg gctgtagcgc ccctaaaccc ggtgccacgg cgggcggttg cgcgttcgac 120

ggcgcgcaaa tcaccctgtt gccgctgtcg gatgtggcgc acctggtcca cggaccgatt 180

ggctgcacgg gaagctcctg ggataaccgg ggcagtatga gctccggccc cagtctcaac 240

cggctcggct ttaccaccga cctgaacgag caggatgtca ttatggggcg cggcgaacgg 300

cggcttttcc acgcggtgcg tcatatcgtc aaccgttatc accctgccgc cgtgtttatc 360

tataacacct gcgttccggc gatggagggt gatgatattg acgccgtctg tcaggcggcg 420

gaaaccgcca ccggcgtgcc agtgattgcc gttgatgccg ccgggttcta tggcagcaaa 480

aaccttggca accgtctcgc gggtgaagtg atggttaaca aggtcattgg acggcgcccg 540

cccgccccct ggccggacga tacccccttc gcgccggaac accgccacga tatcggcctg 600

attggcgaat ttaatatcgc cggggagttc tggcacgttc agccgctgct cgatgagctg 660

ggtattcgcg tgctgggcag cctttccggg gatggccgtt ttagtgaaat ccagaccctg 720

caccacgcgc aggtcaatat gctggtctgc tcaagagcgc tgatcaatgt tgcccgcacc 780

ctggaacagc gctatggcac cccctggttt gagggcagtt tttacggcgt gcgcgctacc 840

tccgatgccc tgcgtcaact ggcatccctg cttggcgaca gcgatctgat tgcccgcacc 900

gaagccgtta ttgcccgcga agaagccacg gcaaatcagg cgctcgcccc gtggcgcgaa 960

cggctacagg gtcgcaaagt gctgctctat accggtgggg tgaaatcctg gtcggtggtc 1020

tccgcattgc aggatttagg gatgaccgtc gtggcgactg gcacccgcaa atctaccgaa 1080

gaagataagc agcgtattcg cgaattaatg ggcgatgacg cgctaatgct ggaagaaggc 1140

aacgcccgca ccctgctgga tgtggtgtac cgctatcagg cggatttgat gatcgctggg 1200

gggcgtaaca tgtataccgc gtacaaagcg cggctgccgt ttctggatat caaccaggag 1260

cgtgaacacg cctttgcggg ttatcgcggc atcgtcaccc tcgcccaaca gctttgccag 1320

actattgaaa gccccgtctg gccgcaaaca cacgcccgcg cgccgtggca ataa 1374

<210> 128

<211> 1449

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD2

<400> 128

atgagcaatg caacaggcga acgtaatctg gaaattatcc aggaagtgct ggagatcttt 60

cccgaaaaaa cgcgcaaaga acgcagaaag cacatgatgg tgaccgaccc ggagatggaa 120

agcgtcggga aatgcatcat ctctaaccgc aaatcgcagc cgggtgtgat gactgtccgc 180

ggctgctcct acgccgggtc gaaaggcgtg gtttttgggc cgattaaaga tatggcccac 240

atctcccacg gcccgatcgg ctgtgggcag tactcccgtg ccgggcggcg caactactac 300

accggggtca gcggcgttga ttccttcggg acgctgaact ttacctctga ttttcaggag 360

cgcgatatcg tcttcggcgg cgataaaaag ctcaccaaac tgattgagga gatggaggaa 420

ctgttcccgc tgaccaaagg catctccatt cagtcggagt gcccggtagg tttaatcggt 480

gacgatatcg aagcggtggc gaatgccagt aaaaaagcgc tcaacaagcc ggtgatcccg 540

gtgcgttgcg aaggctttcg cggcgtgtcg cagtcgctcg gtcaccatat cgccaacgac 600

gttatccgcg actgggtgct ggataaccgc gaagggaagc ccttcgaatc taccccctat 660

gacgtggcca tcatcggcga ttacaacatc gggggggatg cctgggcgtc gcgcattctg 720

cttgaagaga tggggttacg cgtggtggcg cagtggtccg gtgacggcac gctggtagag 780

atggaaaaca ccccgttcgt caagctgaac ctggtgcact gctaccgctc tatgaactac 840

atctctcgcc atatggaaga gaaacacggt atcccgtgga tggagtacaa cttcttcggc 900

ccgaccaaaa tcgccgaatc gctgcgtaag atcgccgatc aatttgacga caccatccgc 960

gccaatgcgg aagcggtgat cgccaaatat caggcgcaaa acgatgcgat tatcgccaaa 1020

taccgcccgc gtctcgaagg ccgcaaggtg ctgctctata tgggtggcct gcgtcctcgc 1080

cacgtgattg gcgcgtatga ggatttgggc atggagattg tcgccgccgg gtatgaattt 1140

gcccataacg acgattacga ccgcaccctg ccggacctca aagagggcac gctgttgttc 1200

gacgatgcca gcagttatga actggaagcc ttcgtgaagg cgattaagcc ggacctcatt 1260

ggctcaggca tcaaggaaaa atacattttc cagaaaatgg gggtaccgtt tcgccagatg 1320

cactcctggg attactccgg cccgtatcac ggctatgacg gctttgccat ctttgcccgc 1380

gatatggaca tgacgctcaa caatcccgcc tggggcgagt tgaccgcacc ctggctgaaa 1440

tcagcctga 1449

<210> 129

<211> 1383

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1383)

<223> nifK1

<400> 129

atggcagata tcatccgtaa tcagaaaccg ctggcggtaa gcccggtaaa aagcggccag 60

ccgttaggcg ccattctggc gagcctcggc tttgagcaca gtattccact ggtgcacggt 120

gcgcagggat gcagcgcgtt cgccaaagtg ttttttatcc aacattttca tgaccctatt 180

ccgctgcaat ccacggcgat ggaccccacc tcaacggtca tgggggcgga cggcaatatc 240

cttgccgcgc tcaatacgct gtgccagcgc aacaccccga aagctatcgt cctgttgagt 300

accggcctgt ctgaggcgca gggcagcgat atcagccgcg tggtacgtca gtttcgtgag 360

gattttcccc gccacaaaaa tatcgccctc ctgacggtca acaccccgga tttttacggc 420

acgctggaga acggctttag tgcggtggtg gaaagcgtca tcgaacagtg ggtgccggaa 480

aagcctcagc atggcctgcg taaccggcgg gtcaacttgt tgttaagtca cctgctgacg 540

cccggtgatg ttgagttgct gcgcagctac gtggaggctt ttggcctgca accggtgatc 600

gtgccggatc tttcacagtc gctggatggt cacctggcaa gcggtgattt ttcgccggtc 660

actcaggggg gaacgcccct gcgcattatc gaacagatgg gacagagcct gtgcacgttt 720

gctattggcg tgtcgctgtc ccgtgcggca tcgctgctgg cacagcgtag ccgtggcgag 780

gtgatcgtgc ttccccatct gatgaccatg gaacattgcg accgttttat tcatcaactg 840

aagatcattt ccgggcgcga ggttcccgcc tggattgagc gccagcgcgg acaattgcag 900

gatgcgatga tcgattgtca tatgtggttg caggataccc ggctcgcgct ggccgccgag 960

ggcgatctgc tggcgggctg gtgtgatttc gcccgtagcc agggcatgct ccccggcccc 1020

gttgtggcgc cggtcagcca gccgggcctg caacagcttc ccgtggagaa agtggtcatt 1080

ggcgatctgg aagatatgca ggatttactc tgcgctatgc ctgctgacct gctggtcgcc 1140

aactcccatg ccgcagacct ggccgaacaa ttctccatcc cgctgatccg cgccgggttc 1200

cctatcttcg acaggcttgg cgaatttcgt cgcgtgcgtc agggataccc cggcattcgc 1260

gacacgctgt ttgagctggc gaacctgatg cgcgaacgtc atcaccacct gcccgtctac 1320

cgctcccccc tgcgccagca atttgcccag gacgctgacg gaggccgcta tgcaacatgt 1380

taa 1383

<210> 130

<211> 1563

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK2

<400> 130

atgagccaaa ctgctgagaa aattgtcacc tgtcatccgc tgtttgaaca ggacgaatac 60

cagacgctgt ttcgcaataa gcgcggtctg gaagaggcgc acgacccgca gcgcgtgcaa 120

gaggtttttg aatggaccac cacggcggag tatgaagcgc tgaactttaa gcgtgaagcg 180

ttaaccgtcg atccggcaaa ggcctgccag cctttaggat cggtactctg ctcgctgggt 240

tttgccaata cgctgcctta tgtgcacggt tcccagggct gtgtggccta tttccgcacc 300

tattttaacc gtcatttcaa agagccgatc gcttgcgttt ccgactctat gacagaggat 360

gcggcggtct tcggcggcaa caacaacctt aacaccgggt tgcaaaatgc cagcgccctg 420

tacaaaccgg aaattgtcgc tgtctccact acctgtatgg cggaggtcat cggcgatgac 480

ctgcaggcct ttatcgccaa cgccaaaaag gacgggttta ttgatgccgc cattccggtg 540

ccctacgccc atacgccaag ttttatcggt agccacatca ccggctggga caacatgttt 600

gaaggtttcg cccgggcatt taccgccgat cacgtggcgc aaccgggcaa actggcgaag 660

ctaaacctgg tgaccggttt tgaaacctat cttggcaatt accgcgtgct caaacgcatg 720

atggcccaga tggaggtgcc ctgtagcctg ctgtctgacc cgtctgaggt gttagatacg 780

ccagccgacg gccactatcg catgtatgcg ggcggcacaa cgcaacaaga gatgcgcgac 840

gcccccgatg ctatcgacac cctgctgctg caaccctggc atctggtgaa gagtaaaaaa 900

gtggtgcagg agtcctgggg ccagcccgcc acagaagtgt ccatcccaat gggactgacc 960

gggaccgacg aactgctgat ggcagtcagt cagttaaccg gcaaaccggt ggccgatgaa 1020

ctgacgctgg agcgtgggcg cctggtggat atgattctcg attcacacac ctggctgcac 1080

ggtaagaaat tcggtctcta cggcgatccg gattttgtga tggggctgac gcgtttcctg 1140

ctggaactgg gctgcgagcc gacggttatc ctctgtcata acggtagcaa gcgctggcag 1200

aaagcgatga agaaaatgct tgaggcatcg ccctacggtc aggagagcga agtgttcatc 1260

aactgcgatc tgtggcattt ccgctcgctg atgtttaccc gcaaaccgga ctttatgatc 1320

ggcaactcgt acgccaaatt catccagcgt gacacgctgg cgaaaggcga acagtttgaa 1380

gttccgctga tccgtcttgg cttcccgttg ttcgaccgcc accacctgca tcgccagacc 1440

acatggggtt atgaaggggc gatgaatatc gtcaccaccc tggtcaacgc cgtgctggaa 1500

aaagtcgacc gcgataccat caaactgggc aaaacggact acagcttcga ccttgtccgc 1560

taa 1563

<210> 131

<211> 1488

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL

<400> 131

atgaccttta atatgatgct ggagaccagc gcaccgcagc acattgcggg caacctctca 60

cttcaacatc ccggactgtt ttccacgatg gttgaacagg ctccgatcgc gatttcgctg 120

accgacccgg acgcgaggat tctgtacgct aatccggcct tttgtcgcca gaccggttat 180

agcctggaag agctgctcaa ccagaaccat cgcatactgg caagccaaca gacgccgcgc 240

agcatttatc aggaactgtg gcaaacgctg ctgcaacaga tgccctggcg cggtcagctc 300

atcaatcgcc gtcgggatgg cagcctttat ctggctgagg tcgatatcac cccggtcgtc 360

aacaaacagg gcgaactgga acactacctc gccatgcaac gtgatatcag cgccagctat 420

gcgctcgaac agcgattgcg caatcacacc accatgagcg aggcggtgct gaacaacatt 480

cctgccgccg tggtggtggt caacgagcag gaccaggtag tcatggacaa cctcgcctac 540

aaaaccttct gtgccgactg cggtggcaag gagctgctca ccgaactgga tttctcccgg 600

cgcaaaagcg atctctatgc cgggcaaata ctgcctgtgg tgctgcgcgg cgccgtgcgc 660

tggctctctg tcacctgctg gaccttgccg ggggtgagcg aagaagccag ccgctacttt 720

attgataccg cgctgccccg caccctggtg gtgatcaccg actgcaccca gcaacaacaa 780

caggccgaac agggccgtct cgatcgtctc aaacaggaga tgaccaccgg gaagctgctg 840

gccgcgatcc gtgaatcgtt ggatgccgcg ctggttcagc taaactgccc catcaatatg 900

ctggcggcgg cgcgacgtct caacggtgaa gataaccata acgtggcgct ggatgccgcg 960

tggcgcgagg gggaagaggc gctggcccgc ctgcaacgct gccgcccttc tctcgatctg 1020

gaagagagcg cgctgtggcc tctgcaaccg ctgtttgacg acctgcgcgc cctttaccat 1080

acccgctata acaatggcga aaatctgcac gttgaaatgg cctctccgca tctggcgggg 1140

tttggtcagc gcacgcagat ccttgcctgt ctcagtttgt ggctcgaccg tacgctggcc 1200

ctcgccgccg cgctaccgga cagaacgctg catacccagc tttacgcccg tgaagaagat 1260

ggctggctgt ccatttggct gacagataat gtgccgctca tccatgtgcg atacgcccac 1320

tcccccgatg ccctgaacgc ccccggcaaa gggatggagc tgcgattgat tcaaaccctg 1380

gttgcccatc atcgcggcgc aatagaacta actacccgcc ctgaaggcgg tacctgcctg 1440

accctgcgat tcccgttatt tcattcactg accggaggcc cacgatga 1488

<210> 132

<211> 1572

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1572)

<223> nifA

<400> 132

atgacccagc gacccgagtc gggcaccacc gtctggcgtt ttgatctctc acagcaattt 60

accgccatgc agcgcatcag cgtggtgttg agtcgcgcaa ccgagataag ccagacgctg 120

caggaggtgc tgtgtgttct gcataatgac gcatttatgc aacacggcat gctgtgtctg 180

tatgacaacc agcaggaaat tctgagtatt gaagccttgc aggaggcaga ccaacatctg 240

atccccggca gctcgcaaat tcgctatcgc cctggcgaag ggctggtagg agccgtactg 300

tcccagggac aatctcttgt gctgccgcgt gtcgccgacg atcaacgctt tctcgacagg 360

cttggcatct atgattacaa cctgccgttt atcgccgtcc ccttaatggg gccaggcgcg 420

cagacgattg gcgtgctcgc cgcgcagccg atggcgcgtc tggaggagcg gcttccttcc 480

tgtacgcgct ttctggaaac cgtcgccaat ctggtcgcac agacagtccg gctgatgacc 540

ccgcctgccg ccgccacacc gcgcgccgcg attgcccaga ccgaacgcca gcgcaactgt 600

ggcactcctc gccccttcgg ctttgagaat atggtgggca aaagcccggc catgcagcag 660

acaatggaca ttatccgcca ggtttcgcgc tgggatacca cggtactggt gcgcggcgaa 720

agcggcaccg gtaaagaact tatcgccaat gctattcatc acaactcccc tcgcgccgcc 780

gcgccctttg tgaaatttaa ctgcgcggcg ctaccggata cgctactgga gagcgaattg 840

ttcggccatg aaaaaggggc gttcaccggc gcggttcgcc agcgtaaagg acgttttgaa 900

ctggccgatg gcggcacact gtttcttgat gaaattggcg aaagcagcgc ctcgttccag 960

gccaaactgc tgcgtatttt gcaggagggt gaaatggagc gcgttggcgg cgacgaaacc 1020

ctgcgcgtca atgtgcgtat catcgccgcc accaaccgga atctggaaga agaggtgcgg 1080

atgggcaatt tccgcgagga tctctattat cgcctcaacg taatgcccat ctccctgccc 1140

ccgctgcgtg aacgtcagga ggacattgcc gagctggcgc actttctggt gcgcaaaatc 1200

gcccataacc aggggcgtac gctgcgcatc agtgatggcg ccatccgtct gctgatgggt 1260

tacaactggc ccggtaacgt gcgtgagctg gaaaattgcc tggaacgttc ggcagtgatg 1320

tcagaaaacg gcctgatcga ccgcgatgtg gtgctcttta accaccgtga gaacacgcca 1380

aaactcgcta tcgccgccgc gccaaaagag gatagctggc ttgatcaaac gctggatgaa 1440

cgtcaacggc tgattgccgc gctggaaaaa gccgggtggg tgcaggccaa agcggcgcgt 1500

ctgctgggta tgacgccccg tcaggtcgcc tatcggatac aaattatgga tatcagcatg 1560

cccaggatgt ga 1572

<210> 133

<211> 2853

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2853)

<223> glnE

<400> 133

atgatgccgc actctccaca gctacagcag cactggcaaa ctgtactggc ccgcttgcct 60

gagtcattca gtgaaacacc gcttagtgaa caagcgcagt tagtgcttac tttcagtgat 120

tttgtgcagg atagccttgc cgcgcatcct gactggctgg ctgagctgga aagcgcaccg 180

ccacaggcgg acgagtggaa gcagtatgcg caaacccttc gcgaatcgct ggaaggtgtg 240

ggagatgagg catcattaat gcgtgcgctg cgcctgttcc gtcgccatat gatggtgcgc 300

attgcctggg cgcagtcgct ggcgctggtg gcagaagatg agacgttgca gcagttgagc 360

gtactggcgg agaccctgat cgtcgctgca cgcgactggc tttacgatgc ctgctgtcgc 420

gagtggggaa cgccgtgcaa tcagcagggg gaaccgcagc cgttgctgat cctgggcatg 480

ggcaagctgg gtggcgggga gcttaacttt tcgtccgata tcgatctgat ttttgcctgg 540

ccggaaaacg gttcaacgcg cggtgggcga cgcgaacttg ataacgccca gttttttact 600

cgcttgggac agcgcctgat caaagtgctc gaccagccga cgcaggatgg ctttgtctat 660

cgcgtggata tgcggctgcg cccgtttggc gacagcggtc cgctggtgct gagttttgcc 720

gcgctggaag attattatca ggagcagggg cgcgactggg aacgttatgc gatggtgaaa 780

gcccgcatta tgggcgataa ggacgatgtt tacgctggcg aattacgggc catgctgcgg 840

ccgttcgtct tccgtcgcta tatcgatttc agcgttattc agtctctgcg taacatgaaa 900

gggatgattg cccgcgaagt gcgccgccgt ggtctgaaag ataacattaa gctgggcgcg 960

ggcggcatcc gtgagattga gtttatcgtt caggtgttcc agttgatacg cggtgggcgc 1020

gagccgtcgt tgcagtcccg ttcactgtta ccgacgctgg acgctatcga taagctgggt 1080

ttgctgccgc ctggcgatgc accggcgtta cgccaggcct atttgtatct gcgccgtctg 1140

gaaaacctgc tgcaaagcat taacgacgaa caaacgcaga cgctgccgac agatgaactc 1200

aatcgcgcgc gtctggcctg ggggatgcgg gtcgcagact gggaaaccct gaccgctgag 1260

cttgaaaagc agatgtctgc cgtacgaggg atattcaaca ccctgattgg cgatgacgaa 1320

gccgaagagc agggggatgc gctctgcggg caatggagtg agttgtggca ggatgcgttt 1380

caggaagatg acagcacgcc tgtgctggcg cacctttctg acgatgatcg ccgccgcgtg 1440

gtcgcgatga ttgctgattt tcgcaaagag ctggataaac gcaccattgg cccacgcggc 1500

cgccaggtgc tcgaccatct gatgccgcat ctgttgagtg atgtctgctc ccgtgaggat 1560

gcccctgtac cgttgtctcg cgtgacgccg ctgttaacgg gaattgtcac gcgtacgacg 1620

tatcttgagc tgctcagcga gtttcctggt gcgcgtaagc atctgatttc actctgtgcc 1680

gcctcgccga tggtggccag taagctggcg cgctatccgt tattgctgga tgagttgctc 1740

gatccgaata ccctttatca gcccacggcg atgaatgcct accgggatga gctacgtcag 1800

tatctgctgc gtgtgccgga tgacgatgaa gagcagcaac tggaggcgtt acgccagttt 1860

aaacaggctc aattgttgcg tgtggcggca gcagatctgg caggcacact ccccgtgatg 1920

aaagtgagcg atcacttaac atggcttgcc gaagccatca ttgaagccgt ggtacaacag 1980

gcgtggagcc tgatggtatc gcgttatggg cagccgaaac acttacgcga ccgtgaaggc 2040

cgtgggtttg cagtggtcgg ttacggcaaa ctgggcggtt gggagctggg ctatagttcc 2100

gatctggatt tgattttcct tcatgactgt ccggtggacg tgatgactga cggcgagcgg 2160

gaaatcgatg gccgccaatt ttatctgcgc cttgcccagc gcgtgatgca cctgttcagt 2220

acgcgcacct catccgggat cctgtatgag gtagacgcgc gcttgcgccc gtccggtgcg 2280

gcgggaatgc tggtgacctc aaccgaatcc tttgccgact accagcgcac cgaagcctgg 2340

acctgggaac atcaggcgct ggttcgcgcc cgcgttgtct atggcgatcc acaattaaac 2400

gcgcaatttg atgccatccg ccgcgatatc accatgaccg tgcgtaatgg tgcaacgtta 2460

caaaccgagg tgcgcgagat gcgcgaaaaa atgcgcgccc acttgagcaa taagcacaag 2520

gatcgctttg atattaaagc cgatgagggt ggaattaccg atatcgaatt tatcacccag 2580

tatctggtgc tgcgttatgc ccatgccaaa ccgaaactga cgcgctggtc ggacaatgtc 2640

cgcattctgg aagggctggc gcaaaacggc attatggaag agcaggaagc gcaggcactt 2700

accaccgcct atacaacgtt gcgtgatgag ctgcatcacc tggcgctaca ggagctgcca 2760

ggacatgttc cggaggcatg ttttgtcgct gaacgcgcga tggtgcgagc ctgctggaac 2820

aagtggttgg tggagccgtg cgaggacgcg taa 2853

<210> 134

<211> 1290

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1290)

<223> amtB

<400> 134

atgaagaaag cactattaaa agcgggtctg gcctcgctgg cattactgcc gtgtctggct 60

atggcagccg atccggttgt cgtcgataaa gccgacaatg cctttatgat gatttgcacc 120

gcgctggtgc tgtttatgtc aattccgggc atcgccctgt tctatggtgg tttaatccgc 180

ggtaaaaacg tcctttctat gctgacacag gttgcggtta cgttcgcact ggtgtgcgtg 240

ctgtgggtgg tttacggcta ctctctggcc tttggcactg gcggcagctt cttcggtagc 300

ttcgactggg tgatgctgaa aaatattgag ctgaaagcgc tgatgggcac catctatcag 360

tacattcacg ttgcgttcca gggctcgttt gcctgtatta ccgtcggcct gattgtcggt 420

gcgctggcag aacgtatccg tttctccgca gtactgattt tcgtcgtggt atggctgacg 480

ctgtcctacg tgccgatcgc acacatggtc tggggcggcg gtctgctggc aacccatggc 540

gccatggatt ttgcgggcgg tacagtcgtt cacatcaacg cagccgttgc aggcctggtg 600

ggtgcttacc tgattggcaa acgtgtcggt ttcggtaaag aagcgtttaa accgcacaac 660

ctgccgatgg tgtttaccgg tacggcaatc ctctactttg gctggttcgg attcaacgcg 720

ggttctgcaa gcgcggcgaa cgaaattgcg ggtctggctt ttgttaacac cgtcgtggca 780

acagcgggtg caatcctctc ctgggtcttc ggtgagtggg cgctgcgcgg caaaccgtct 840

ctgttgggtg cctgttctgg tgcgattgct ggcctcgtgg gtatcacccc ggcgtgtggt 900

tacgttggtg tgggtggcgc gctgatcgtg ggcatcgttg caggcctggc gggtctgtgg 960

ggcgttaccg cgctgaaacg ctggctgcgt gttgacgacc cgtgtgatgt cttcggtgtt 1020

cacggcgtgt gcggtatcgt aggttgtatc atgacaggta tcttcgcagc cacttcactg 1080

ggcggcgtgg gttatgccga aggcgtgacc atgggccatc aggttctggt acaactggaa 1140

agtatcgcca ttactatcgt atggtctggt atcgtcgcct ttatcggtta caaactggct 1200

gatatgacag tgggtctgcg tgttccggaa gatcaggaac gcgaagggct ggacgtcaac 1260

agccacggcg agaacgccta caacgcctga 1290

<210> 135

<211> 498

<212> DNA

<213> 中间克吕沃尔菌(Kluyvera intermedia)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(498)

<223> PinfC

<400> 135

ctggggtcac tggagcgctt tatcggcatc ctgaccgaag aatttgccgg tttcttcccg 60

acctggctgg cccctgttca ggttgtggtg atgaatatca ctgattctca agctgaatat 120

gtcaacgaat tgacccgtaa attgcaaaat gcgggcattc gtgtaaaagc ggacttgaga 180

aacgagaaga ttggctttaa aatccgcgag cacactttac gtcgtgtccc ttatatgttg 240

gtctgtggtg ataaagaggt ggaagcaggc aaagtggccg ttcgcacccg ccgcggtaaa 300

gacctgggca gcctggacgt aagtgaagtg attgagaagc tgcaacaaga gattcgcagc 360

cgcagtcttc aacaactgga ggaataaggt attaaaggcg gaaaacgagt tcaaacggca 420

cgtccgaatc gtatcaatgg cgagattcgc gcccaggaag ttcgcttaac tggtctggaa 480

ggtgagcagc tgggtatt 498

<210> 136

<211> 1537

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1537)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (454)..(454)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 136

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgaacggtag cacagagagc ttgctctcgg gtgacgagtg gcggacgggt gagtaatgtc 120

tgggaaactg cctgatggag ggggataact actggaaacg gtagctaata ccgcataacg 180

tcgcaagacc aaagaggggg accttcgggc ctcttgccat cagatgtgcc cagatgggat 240

tagctagtag gtggggtaac ggctcaccta ggcgacgatc cctagctggt ctgagaggat 300

gaccagccac actggaactg agacacggtc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa 360

tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag ccatgccgcg tgtatgaaga aggccttcgg 420

gttgtaaagt actttcagcg gggaggaagg cganacggtt aataaccgtg ttgattgacg 480

ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 540

caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag gcggtctgtc aagtcggatg 600

tgaaatcccc gggctcaacc tgggaactgc atccgaaact ggcaggcttg agtctcgtag 660

agggaggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga gatctggagg aataccggtg 720

gcgaaggcgg cctcctggac gaagactgac gctcaggtgc gaaagcgtgg ggagcaaaca 780

ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacgatgtct atttggaggt tgtgcccttg 840

aggcgtggct tccggagcta acgcgttaaa tagaccgcct ggggagtacg gccgcaaggt 900

taaaactcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960

tgcaacgcga agaaccttac ctggtcttga catccacaga acttgccaga gatggcttgg 1020

tgccttcggg aactgtgaga caggtgctgc atggctgtcg tcagctcgtg ttgtgaaatg 1080

ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcctttg ttgccagcgg tccggccggg 1140

aactcaaagg agactgccag tgataaactg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca 1200

tggcccttac gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg catacaaaga gaagcgacct 1260

cgcgagagca agcggacctc ataaagtgcg tcgtagtccg gattggagtc tgcaactcga 1320

ctccatgaag tcggaatcgc tagtaatcgt ggatcagaat gccacggtga atacgttccc 1380

gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagtgggt tgcaaaagaa gtaggtagct 1440

taaccttcgg gagggcgctt accactttgt gattcatgac tggggtgaag tcgtaacaag 1500

gtaaccgtag gggaacctgc ggttggatca cctcctt 1537

<210> 137

<211> 882

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH

<400> 137

atgaccatgc gtcaatgcgc catttacggc aaaggtggga tcggtaaatc gaccaccaca 60

cagaacctgg tcgccgcgct ggcggagatg ggtaagaaag tcatgatcgt cggctgcgat 120

ccgaaagccg actccacgcg tttgatcctg catgcgaaag cgcagaacac cattatggag 180

atggccgccg aagtcggctc cgtcgaagac ctggaattag aagacgtgct gcaaatcggt 240

tacggcggcg tgcgctgcgc ggaatccggt ggcccggagc caggtgtggg ttgtgccggt 300

cgtggcgtga tcaccgcgat taacttcctc gaagaagaag gcgcttacgt gccggatctg 360

gattttgttt tctacgacgt gctgggcgac gtggtatgcg gtggtttcgc catgccgatt 420

cgtgaaaaca aagcgcagga gatctacatc gtttgctctg gcgaaatgat ggcgatgtac 480

gccgccaata acatctccaa aggcatcgtg aaatatgcca aatccggtaa agtgcgcctc 540

ggcgggctga tttgtaactc gcgccagacc gaccgcgaag atgaactcat cattgcgctg 600

gcggaaaaac tcggcacgca aatgatccac tttgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgt 660

gcggaaatcc gccgtatgac ggttatcgaa tatgacccga cctgcaatca ggccaacgaa 720

tatcgcagcc ttgccagcaa aatcgtcaac aacaccaaaa tggtggtacc aaccccctgc 780

accatggatg aactggaaga actgctgatg gagttcggca ttatggatgt ggaagacgcc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgccgaagaa aacgccgtct ga 882

<210> 138

<211> 1449

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD1

<400> 138

atgagcaatg caacaggcga acgtaacctg gaaatcatcg agcaggtgct ggaggttttc 60

ccggaaaaga cgcgcaaaga gcgcagaaaa cacatgatgg tgacggaccc ggagcaggag 120

agcgtcggca agtgcatcat ctctaaccgc aaatcgcagc cgggcgtgat gaccgtgcgt 180

ggctgctcgt atgccggatc aaaaggggtg gtatttgggc caatcaaaga tatggcgcat 240

atctcccacg gcccgatcgg ctgcgggcag tactcccgcg ccgggcggcg taactactat 300

accggcgtca gcggcgtgga cagtttcggc acgctcaact tcacctccga tttccaggag 360

cgcgacatcg tgtttggcgg cgacaaaaag ctcgccaaac tgattgaaga gctggaagaa 420

ctgtttccgc tgaccaaagg catttcgatt cagtcggaat gcccggtcgg cctgattggc 480

gatgatattg aagccgtggc gaacgccagc cgcaaagcga tcaacaaacc ggttattccg 540

gtgcgttgcg aaggctttcg cggcgtgtcg caatccctcg gtcaccatat tgccaacgat 600

gtgatccgcg actgggtact ggataaccgc gaaggcaaac cgtttgaatc caccccttac 660

gatgtggcga tcatcggcga ttacaacatc ggtggcgacg cctgggcctc gcgcattttg 720

ctcgaagaga tggggttgcg ggtggtcgcg cagtggtccg gcgacggtac gctggtggag 780

atggaaaaca cgccgttcgt caaactgaac ctggtgcact gctaccgctc gatgaactac 840

atctcgcgcc atatggagga gaagcacggt attccgtgga tggaatacaa cttctttggc 900

ccgacgaaaa tcgcggaatc gctgcgcaaa atcgccgacc tgttcgacga caccattcgc 960

gccaacgccg aagcggtgat cgcccgatac caggcgcaga acgacgccat tatcgccaaa 1020

tatcgcccac gtctggaggg tcgcaaagtg ttgctctata tgggcgggct gcgtccgcgc 1080

catgtgattg gcgcctatga agatctggga atggagatca tcgccgccgg ttatgagttt 1140

ggtcataacg acgattacga ccgcaccctg ccggatctga aagagggcac gctgctgttt 1200

gatgacgcca gcagctatga gctggaggcg tttgtcaacg cgctgaaacc ggatctcatc 1260

ggttccggca tcaaagagaa gtacatcttt cagaaaatgg gcgtgccgtt tcgccagatg 1320

cactcctggg attactccgg cccgtaccac ggctatgacg gcttcgccat cttcgcccgc 1380

gatatggata tgacgctcaa caaccccgcc tggggtcagt tgaccgcgcc gtggcttaaa 1440

tccgcctga 1449

<210> 139

<211> 1374

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD2

<400> 139

atgaagggga acgacatcct ggctctgctc gatgaaccag cctgcgagca taaccataaa 60

cagaaaaccg gctgtagcgc gccaaaaccc ggcgccaccg ccggaggctg cgccttcgac 120

ggcgcacaga tcaccctgct gccactttcc gatgtggcgc atctggtaca tggcccgatt 180

ggctgcgccg gcagctcatg ggataaccgt ggcagcctga gttctggccc gctgattaac 240

cgactcggat tcaccactga tttgaacgaa caggatgtca tcatggggcg cggcgagcgg 300

cggttgtttc acgcggtgcg ccatattgtc gagcgctatc acccggcggc ggtatttatt 360

tacaacacct gcgttccggc tatggaaggc gatgacattg acgcggtctg ccaggccgcc 420

gcgaccgcca ccggtgtgcc cgtgattgcc gtagatgtgg ccggttttta cggtagcaaa 480

aacctgggta accgcctcgc gggcgaggtg atggtgaaaa aagttatcgg cgggcgcgaa 540

cccgcgccgt ggccggacaa tacacctttt gccccggcgc accgccatga cataggcctg 600

attggcgaat ttaacatcgc cggcgagttc tggcatatcc agccgctgct tgatgagctg 660

ggtattcgcg tccttggctc cctttccggc gacgggcgct ttgccgagat ccagacgttg 720

caccgcgcgc aggtcaatat gctggtgtgc tccagggcgc tgattaatgt cgccagatcg 780

cttgaacaac gttatggcac accctggttt gaaggcagtt tttatggcgt tcgcgccacc 840

tccgatgccc tgcgccagct ggcaacactc accggcgata gcgatttaat ggcgcgaacc 900

gaacggctga tcgcacgtga agagcaagcc acagaacagg cgctagcacc gctgcgtgaa 960

cggttacacg gccggaaagt gctgctctat accggtggcg tgaaatcctg gtcggtggtt 1020

tcggcgctgc aggatctcgg catgacggtc gttgctaccg gaacgcgcaa atccaccgaa 1080

gaggataaac aacgcatccg tgaactgatg ggcgatgacg ccatcatgct ggatgaaggc 1140

aatgcccgcg ccttgctgga tgtggtctat cgctacaaag ccgacatgat gatcgcgggc 1200

gggcgcaaca tgtacaccgc ctataaagcg cgtctgccct ttctggatat caaccaggag 1260

cgtgaacacg cgtttgccgg ttatcgcggc atcatcacgc ttgccgaaca actttgtcag 1320

acgctggaaa gcccggtctg gccgcaaaca catgcccgcg ccccgtggca ataa 1374

<210> 140

<211> 1563

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK1

<400> 140

atgagccaga ctgctgagaa aatacagaat tgccatcccc tgtttgaaca ggacgcctac 60

cagacactat ttgccggtaa acgggcactc gaagaggctc actcgccgga gcgggtgcag 120

gaagtgtttc aatggaccac caccccggaa tacgaagcgc tgaacttcaa acgcgaagcg 180

ctgactatcg acccggcaaa agcctgccag ccgctggggg cggtgctctg ttcgctgggg 240

tttgccaaca ccctgccgta tgtgcacggt tcacagggtt gtgtggccta tttccgtacg 300

tactttaacc gccacttcaa agaaccggtg gcctgcgtgt cggattcgat gacggaagac 360

gcggccgtgt tcggcgggaa taacaacctc aacaccgggt tacaaaacgc cagcgcactg 420

tataaaccgg agattatcgc cgtctctacc acctgtatgg cggaagtgat cggtgatgat 480

ttacaggcgt ttatcgccaa cgccaaaaaa gatggttttc tcgatgccgc catccccgtg 540

ccctacgccc acacccccag ttttatcggt agccatatca ccggctggga caacatgttt 600

gaaggttttg cccgtacctt taccgcaaac catcagccac agcccggtaa actttcacgc 660

ctgaacctgg tgaccgggtt tgaaacctat ctcggcaatt tccgcgtgct gaaacgcatg 720

atggaacaaa tggaggtgca ggcgagtgtg ctctccgatc cgtcggaggt gctggacacc 780

cccgccaatg gccattacca gatgtacgcg ggcggtacga cgcagcaaga gatgcgcgag 840

gcaccggatg ccatcgacac cctgctgctg caaccgtggc agctggtgaa aagcaaaaaa 900

gtggtgcagg agatgtggaa tcagcccgcc accgaggttg ccattcccgt cgggctggca 960

ggcacagacg aactgttgat ggcgattagc cagttaaccg gcaaagccat tcccgattcg 1020

ctggcgctgg agcgcgggcg gctggtcgat atgatgctcg actcccacac ctggttacac 1080

ggtaaaaaat tcggtctgtt tggcgatccg gattttgtca tgggattgac ccgcttcctg 1140

ctggaactgg gctgtgaacc tgccgtcatc ctctgccata acggtaacaa acgctggcaa 1200

aaagcgatga agaaaatgct cgatgcttca ccgtacggcc aggagagcga agtgtttatc 1260

aactgcgact tgtggcattt ccgctcgctg atgttcaccc gccagccgga ttttatgatt 1320

ggcaactcgt acgccaagtt tattcagcgc gacaccttag ccaagggcga acagtttgaa 1380

gtcccgctga tccgcctcgg ttttccgctg ttcgaccgtc accatctgca ccgccagacc 1440

acctggggct acgagggcgc gatgagcatt ctcacgacgc tggtgaatgc ggtactggag 1500

aaagtggaca aagagaccat caagctcggc aaaaccgact acagcttcga tcttatccgt 1560

taa 1563

<210> 141

<211> 1386

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK2

<400> 141

atggctgata ttgttcgtag taaaaaaccg ctggcggtga gcccgataaa aagcggccag 60

ccgctggggg cgatcctggc aagcctgggt ttcgaacagt gcataccgct ggtacacggc 120

gctcaggggt gcagcgcgtt cgcgaaagtg ttctttattc aacattttca cgacccgatc 180

ccgctgcaat cgacggcgat ggacccgact tccaccatta tgggcgccga tgaaaacatt 240

tttaccgcgc tcaatgttct ctgccagcgc aacgccgcga aagccatcgt gctgctcagc 300

accgggctgt cagaagccca gggcagcgat atttcacgag tggtgcgcca gtttcgtgat 360

gactttccgc ggcataaaaa cgtggcgctg ctcaccgtca acaccccgga tttctacggc 420

tcgctggaaa acggctacag cgccgtgctg gaaagcatga ttgaacagtg ggtgcccgcg 480

cagcccgccg ccagcctgcg caaccgtcgc gtcaacctgc tggtcagcca tttactgacg 540

ccgggcgata tcgaactgtt acgcagttat gtggaagcat tcggtctgca accggtgatt 600

gtgccggatc tatcgcagtc gctggacgga catctggcca acggtgattt ttcgcccgtc 660

acccaggggg gaacaccgct gcgcatgatt gaacagatgg ggcaaaacct ggccactttt 720

gtgattggcc actcgctggg gcgggcggcg gcgttactgg cgcagcgcag ccgtggcgag 780

gtgatcgccc tgccgcatct gatgacgctt gatgcgtgcg acacctttat ccatcgcctg 840

aaaaccctct ccgggcgcga cgtgcccgcg tggattgagc gccagcgcgg gcaagtgcag 900

gatgcgatga tcgattgcca tatgtggttg cagggcgcgg ctatcgccat ggccgcagaa 960

ggcgatcacc tggcggcatg gtgcgatttc gcccgcagcc agggcatgat ccccggcccg 1020

gttgtcgcgc cggtcagcca gccggggttg caaaatctgc cggttgaaat ggtggtcatc 1080

ggcgatctgg aagatatgca ggatcggctt tgcgcgacgc ccgccgcgtt actggtggcc 1140

aattctcatg ccgccgatct cgccacgcag tttgatatgt cgcttatccg cgccgggttt 1200

ccggtgtatg accggctggg ggaatttcgt cggctgcgcc aggggtatag cggcattcgt 1260

gacacgctgt ttgagctggc gaatgtgatg cgcgaacgcc attgcccgct tgcaacctac 1320

cgctcgccgc tgcgtcagcg cttcggcgac aacgttacgc caggagatcg gtatgccgca 1380

tgttaa 1386

<210> 142

<211> 1488

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL

<400> 142

atgaccctga atatgatgat ggatgccagc gcgcccgagg ccatcgccgg tgcgctttcg 60

caacaacatc ctgggctgtt ttttaccatc gttgaagaag cccccgtcgc tatttcacta 120

accgatgccg aggcacgtat tgtctatgcc aacccggcat tctgccgcca gaccggctat 180

gagcttgagg agttgttgca gcaaaatccc cgcctgcttg ccagtcagca gaccccacgg 240

gaaatctacc aggatatgtg gcacaccctg ttacaacgtc gaccatggcg cgggcaattg 300

atcaaccgcc accgtgacgg cagccttttt ctggttgaga tcgatatcac cccggtgatt 360

aacccgtttg gcgaactgga acactacctg gccatgcagc gcgatatcag cgccggttat 420

gcgctggagc agcggttgcg taatcacatg gcgctgaccg aagcggtgct gaataacatt 480

ccggcggcgg tggtcgtggt cgatgaacgc gatcgtgtgg ttatggataa cctcgcctat 540

aaaactttct gtgctgattg cggcggaaaa gagctactga gcgaactcca tttttcagcc 600

cgtaaagcgg agctggcaaa cggccaggtc ttaccggtgg tgctgcgcgg cgcggtgcgc 660

tggttgtcgg tcacctgctg ggcgctgcca ggcgtcagcg aagaagccag tcgctacttt 720

attgataata ccttgacgcg cacgctggtg gtcatcaccg acgacaccca gcagcgccag 780

cagcaagagc aaggacggct tgaccgcctt aaacagcaga tgaccagcgg caaactgctg 840

gcggcgatcc gcgaagcgct tgacgccgcg ctgatccagc ttaactgccc catcaatatg 900

ctggcggcgg cgcggcgttt aaacggcagt gataacagca acgtagcgct ggacgccgcg 960

tggcgcgaag gtgaagaagc gatggcgcgg ctgaaacggt gccgcccgtc gctggagctg 1020

gaaagtgccg ccgtctggcc gctgcaaccc ttttttgacg acttgcgcgc gctttatcac 1080

acccgctacg agcagggtaa aaatttgcag gtcacgctgg attcgacgca tctggtggga 1140

tttggtcagc gaacccaact gctggcctgc ctgagtctgt ggctcgatcg cacgctggat 1200

attgccgtcg ggctgcgtga tttcaccgcc caaacgcaga tttacgcccg ggaagaagcg 1260

ggctggctct cgttgtatat cactgacaat gtgccgttga ttccgctgcg ccatacccat 1320

tcgccggatg cgcttaacgc accgggaaaa ggtatggagt tgcggctgat ccagacgctg 1380

gtagcgcatc acaacggcgc gatagaactc acttcacgcc ccgaaggggg aagctgcctg 1440

accctacgat tcccgctatt tcattcactg accggaggtt caaaatga 1488

<210> 143

<211> 1575

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA

<400> 143

atgacccagc gaaccgagtc gggtaatacc gtctggcgct tcgatttatc ccagcagttc 60

accgcgatgc agcggataag cgtggttctc agccgggcga ccgaggttga acagacactc 120

cagcaggtgc tgtgcgtatt gcacaatgac gcctttttgc agcacggcat gatctgtctg 180

tacgacagcc agcaggcgat tttgactatt gaagcgttgc aggaagccga tcagcagttg 240

atccccggca gctcgcaaat tcgctaccgt ccgggtgaag ggctggtcgg gacggtgctt 300

tcgcaggggc aatcgttagt gctggcgcgt gtggctgacg atcagcgctt tcttgaccgc 360

ctgggactgt atgattacaa cctgccgttt atcgccgtgc cgctgatagg gccggatgcg 420

cagacttttg gcgtgctgac ggcgcaaccg atggcgcgtt acgaagagcg gttacccgcc 480

tgcacccgct ttctggaaac ggtcgcgaat ctggtggcgc agaccgtgcg tttgatgacg 540

ccgccggctg cacgcccttc cccacgcgct gccatcacgc caaccgccag cccgaaatcg 600

tgcagtactt cacgcgcgtt cggcttcgaa aatatggtcg gcaacagccc ggcaatgcgc 660

cagaccatgg agattatccg tcaggtttcg cgctgggata ccaccgttct ggtgcgcggc 720

gagagcggca ccggcaagga actgattgcc aacgccatcc atcacaattc gccgcgcgcc 780

agtgcgccat ttgtgaaatt caactgtgcg gcgctgccgg acacattgct tgaaagcgaa 840

ttatttggtc atgaaaaagg cgcctttacc ggcgcggtac gccagcgtaa aggccgtttt 900

gagctggccg atggcggcac gctgtttctt gacgaaattg gggaaagcag cgcctcgttt 960

caggctaagc tgctgcgtat tttgcaggag ggcgaaatgg aacgcgtcgg tggtgacgag 1020

acattgcaag tgaatgtgcg catcattgcc gcgacgaacc gcaaccttga agatgaagta 1080

cgcctgggac attttcgcga agatctctat taccgcctga atgtgatgcc catcgccctg 1140

ccgccgctgc gcgaacgcca ggacgacatc gccgaactgg cacattttct ggtgcgtaaa 1200

atcgcccaca accagaaccg cacgctgcgc attagcgagg gcgctatccg cctgctgatg 1260

agctacagct ggcccggcaa tgtgcgcgaa ctggaaaact gccttgagcg ctctgcggtg 1320

atgtcggaaa acggtctgat cgatcgggac gtgattttat ttaatcatcg cgaccagcca 1380

gccaaaccgc cggttatcag cgtcacgccc gacgataact ggctcgataa cacccttgac 1440

gagcgccagc ggctgattgc cgcgctggaa aaagcgggat gggtacaagc caaagccgcc 1500

cgcttgctgg ggatgacgcc gcgccaggtc gcttatcgta ttcagaccat ggatatcacc 1560

ctgccaaggc tataa 1575

<210> 144

<211> 2850

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2850)

<223> glnE

<400> 144

atgccgcacc acgcaggatt gtcgcagcac tggcaaacgg ttttttctcg tctgccggaa 60

gcgctcaccg cgcaaccatt gagcgcgcag gcgcagtcag tgctcacttt tagtgatttt 120

gttcaggaca gcatcatcgt gcatcctgag tggctggcag agcttgaaag cgcaccgccg 180

ccagcgaacg agtggcaaca ctacgcgcaa tggctgcaag cggcgctgga gggcgtcacc 240

gatgaaacct cgctgatgcg cacgctgcgg ctgtttcgcc gtcgcattat ggtgcgcatc 300

gcctggagtc aggcgctaca gttggtggcg gaagaggata tcctgcaaca gctcagcgtg 360

ctggcggaaa ctctgatcgt cgccgcgcgc gactggctct atgacgcctg ctgccgtgag 420

tggggaacgc cgtgcaatcc gcaaggcgtc gcgcagccga tgctggtgct cggcatgggc 480

aaacttggcg gcggcgaact caatttctca tccgatatcg atttgatttt tgcctggccg 540

gaaaatggca ccacgcgcgg cggacgccgt gaactggata acgcgcagtt ttttacccgc 600

cttggtcaac ggctaattaa agtcctcgac cagcccacgc aggatggctt tgtctaccgc 660

gtcgatatgc gcttgcgtcc ctttggcgac agcggcccgc tggtgctgag ttttgccgcg 720

ctggaagatt actaccagga gcaggggcgc gactgggaac gatacgcgat ggtgaaagcg 780

cgcattatgg gggacaacga cggcgaccat gcgcgagagt tgcgcgccat gctgcgcccg 840

ttcgttttcc gccgctatat cgacttcagc gtgatccagt ctctgcgcaa catgaaaggc 900

atgattgccc gcgaagtgcg gcgtcgcggc ctgaaggaca acataaaact cggcgcgggc 960

ggtattcgcg aaatagagtt tatcgtgcag gttttccagt tgattcgcgg cggtcgcgag 1020

cctgcgctgc aatcgcgttc gctgttgccg acgcttgctg ccattgatca actacatctg 1080

ctgccggatg gtgatgcacc ccggctgcgc gaggcgtatt tgtggctgcg acggctggaa 1140

aacttgctgc aaagcattaa tgacgaacag acacagacgc tgccggccga tgatttgaat 1200

cgcgcgcgcc tcgcctgggg aatgggcaaa gagagctggg aagcgctctg cgaaacgctg 1260

gaagcgcata tgtcggcggt gcggcagatt ttcaacgatc tgattggcga tgatgaaacg 1320

gattcgccgg aagatgcgct ttctgagggc tggcgcgaat tgtggcagga tgcgttgcag 1380

gaagaggact ctacgcccgt gctggcgcat ctttccgagg acgatcgccg ccgcgtggtg 1440

gcgctgattg ctgattttcg caaagagctg gataaacgca ccattggccc gcgcgggcga 1500

caggtactcg atcacttaat gccgcatctg ctcagcgatg tatgctcgcg tgacgatgcg 1560

ccagtgccgc tgtcgcgtct gacgccgctg ctcaccggta ttattacgcg caccacttac 1620

cttgagctgc tgagtgaatt ccccggtgcg ctgaaacacc tcatttccct gtgcgccgcg 1680

tcgccgatgg tggccagcca actggcgcgc tacccgatcc tgctcgatga actgctcgac 1740

ccgaacacgc tctatcaacc gacggcgatg aacgcctatc gcgatgaact gcgacaatac 1800

ctgttgcgcg tgccggaaga ggatgaagag cagcaactgg aggcgctacg gcagtttaag 1860

caggcgcagt tgttgcgcgt agcggcggcg gatatcgccg gtacgttacc cgtcatgaaa 1920

gtgagcgatc acttaacctg gctggcggaa gcgattatcg atgcggtggt gcagcaagcc 1980

tggaaccaga tggtggcgcg ttacggccag ccgacgcatc tgcacgatcg cgaagggcgc 2040

ggtttcgccg tggtcggtta cggcaaactt ggcggctggg aattaggtta cagctccgat 2100

ctggatctgg tgttcctgca cgactgcccc atggatgtga tgaccgatgg cgagcgtgaa 2160

atcgatggcc gccagttcta tttgcgcctc gcgcagcgcg tgatgcacct gttcagcacg 2220

cgcacgtcgt ccggcattct ttatgaagtc gatgcgcgtt tgcgcccgtc cggcgcggcc 2280

ggaatgctgg tgaccactgc ggaagcgttc gccgattatc aaaaaaatga agcctggaca 2340

tgggagcatc aggcgctggc gcgtgcgcgc gtggtgtacg gcgatccgca actgaccgcc 2400

gaatttgacg ccattcgccg cgatatcctg atgacctccc gcgatgccgc taccctgcaa 2460

accgaagtgc gggaaatgcg tgagaaaatg cgcgcccatc ttggtaacaa gcacaaagac 2520

cgtttcgatc tgaaagccga tgaaggcggt atcaccgata ttgagtttat cgctcagtat 2580

ctggtgctgc gctttgccca tgagaagccg aaactgacgc gctggtcgga taatgtgcgc 2640

atcctcgaag ggctggcgca aaacggcatc atggatgagc aggaagcgca ggcattgacg 2700

ctggcgtaca ccacgttgcg tgatgagctg caccacctgg cgctgcaaga gctgccagga 2760

catgtggcgc tctcctgttt tgtcgccgag cgtgcgctta tcaaaaccag ctgggacaag 2820

tggctggtgg aaccgtgcgc cccggcgtaa 2850

<210> 145

<211> 1287

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1287)

<223> amtB

<400> 145

atgaaaaaca caacattaaa aacggctctt gcttcgctgg cgttgctgcc aggcctggcg 60

atggcggctc ccgctgtggc ggataaagcc gacaacggct ttatgatgat ttgcaccgcg 120

ctggtgctgt ttatgaccat tccgggcatt gcgctgttct acggcggttt gatccgcggt 180

aaaaacgtgc tgtcgatgct gacgcaggtt gccgtcacct tcgctctggt gtgcatcctg 240

tgggtggttt acggctactc tctggcattt ggcgagggca acagcttctt cggcagtttc 300

aactgggcga tgttgaaaaa catcgaattg aaagccgtga tgggcagcat ttatcagtac 360

atccacgtgg cgttccaggg ctcctttgct tgtatcaccg ttggcctgat tgtcggtgcg 420

ctggctgagc gtattcgctt ctctgcggtg ctgatttttg tggtggtatg gctgacgctt 480

tcttatgtgc cgattgcgca catggtctgg ggtggcggtc tgctggcaac ccacggcgcg 540

ctggatttcg cgggcggtac ggttgttcac atcaacgccg cgatcgcagg tctggtgggg 600

gcttacctga ttggcaaacg cgtgggcttt ggcaaagaag cgttcaaacc gcataacctg 660

ccgatggtct tcaccggcac cgcgatcctc tatgttggct ggtttggctt caacgccggc 720

tctgcaagct cggcgaacga aatcgctgcg ctggctttcg tgaacacggt tgttgccact 780

gcggccgcta ttctggcgtg ggtatttggc gagtgggcaa tgcgcggtaa gccgtctctg 840

ctcggtgcct gttctggtgc catcgcgggt ctggttggta tcaccccggc gtgcggttat 900

gtgggtgtcg gcggcgcgct gattgtgggt ctgattgccg gtctggcagg gctgtggggc 960

gttactgcac tgaaacgtat gttgcgtgtt gatgacccat gcgatgtctt cggtgtgcac 1020

ggcgtgtgcg gcatcgtggg ttgtatcctg accggtatct tcgcgtctac gtcgctgggc 1080

ggtgtcggtt tcgctgaagg ggtgaccatg ggccatcagg tactggtaca gctggaaagc 1140

gttgccatca ctatcgtgtg gtctggcgtg gtggccttta tcggttacaa actggcggat 1200

atgacggtag gcctgcgcgt accggaagag caagagcgtg aagggctgga tgtgaacagc 1260

cacggcgaaa atgcgtataa cgcctga 1287

<210> 146

<211> 500

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(500)

<223> PinfC

<400> 146

ttcttggttc tctggagcgc tttatcggca tcctgactga agaatttgca ggcttcttcc 60

caacctggct tgcacccgtg caggtagttg tgatgaacat cactgattcg caggctgaat 120

acgttaacga attgacccgt aaactgcaaa atgcgggcat tcgtgtaaaa gcagacttga 180

gaaacgagaa gattggcttt aaaatccgcg agcacacttt acgtcgtgtc ccttatatgc 240

tggtttgtgg tgacaaagag gtcgaagccg gcaaagttgc tgtgcgtacc cgtcgcggta 300

aagacctggg tagcctggac gtaaatgatg ttatcgagaa gctgcaacaa gagattcgca 360

gccgcagtct tcaacaactg gaggaataag gtattaaagg cggaaaacga gttcaaacgg 420

cgcgtcccaa tcgtattaat ggcgagattc gcgccacgga agttcgctta acaggtctgg 480

aaggcgagca gcttggtatt 500

<210> 147

<211> 348

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(348)

<223> Prm1

<400> 147

cgttctgtaa taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctc gcggcgcttt 60

ttttatattc tcgactccat ttaaaataaa aaatccaatc ggatttcact atttaaactg 120

gccattatct aagatgaatc cgatggaagc tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt 180

ttattgaaag tcggtgcttc tttgagcgaa cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa 240

aaatattctc aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc 300

aatctagagg gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgc 348

<210> 148

<211> 339

<212> DNA

<213> 假蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia pseudosacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(339)

<223> Prm7

<400> 148

cgcgtcaggt tgaacgtaaa aaagtcggtc tgcgcaaagc acgtcgtcgt ccgcagttct 60

ccaaacgtta attggtttct gcttcggcag aacgattggc gaaaaaaccc ggtgcgaacc 120

gggttttttt atggataaag atcgtgttat ccacagcaat ccattgatta tctcttcttt 180

ttcagcattt ccagaatccc ctcaccacaa agcccgcaaa atctggtaaa ctatcatcca 240

attttctgcc caaatggctg ggattgttca ttttttgttt gccttacaac gagagtgaca 300

gtacgcgcgg gtagttaact caacatctga ccggtcgat 339

<210> 149

<211> 1538

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1538)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (62)..(62)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (265)..(265)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (457)..(457)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (469)..(469)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (539)..(539)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (551)..(552)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (559)..(559)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (561)..(561)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (576)..(576)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (587)..(587)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (591)..(591)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (655)..(657)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (665)..(665)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (678)..(678)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (706)..(706)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (710)..(710)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (714)..(714)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (718)..(718)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (735)..(735)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (755)..(755)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (759)..(759)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (796)..(796)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1006)..(1007)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1016)..(1017)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1133)..(1133)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 149

ttgaagagtt tgatcatggc tcagattgaa cgctggcggc aggcctaaca catgcaagtc 60

gngcggaagc acaggagagc ttgctctctg ggtgacgagc ggcggacggg tgagtaatgt 120

ctgggaaact gcctgatgga gggggataac tactggaaac ggtagctaat accgcataac 180

gtcgcaagac caaagagggg gaccttcggg cctcttgcca tcagatgtgc ccagatggga 240

ttagctagta ggtggggtaa cggcncacct aggcgacgat ccctagctgg tctgagagga 300

tgaccagcca cactggaact gagacacggt ccagactcct acgggaggca gcagtgggga 360

atattgcaca atgggcgcaa gcctgatgca gccatgccgc gtgtatgaag aaggccttcg 420

ggttgtaaag tactttcagc ggggaggaag gtgttgnggt taataaccnc agcaattgac 480

gttacccgca gaagaagcac cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa tacggaggnt 540

gcaagcgtta nncggaatna ntgggcgtaa agcgtncgca ggcggtntgt naagtcggat 600

gtgaaatccc cgggctcaac ctgggaactg cattcgaaac tggcaggcta gagtnnngta 660

gaggngggta gaattccngg tgtagcggtg aaatgcgtag agatcnggan gaanaccngt 720

ggcgaaggcg gcccnctgga caaagactga cgctnaggng cgaaagcgtg gggagcaaac 780

aggattagat accctngtag tccacgccgt aaacgatgtc gacttggagg ttgtgccctt 840

gaggcgtggc ttccggagct aacgcgttaa gtcgaccgcc tggggagtac ggccgcaagg 900

ttaaaactca aatgaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg 960

atgcaacgcg aagaacctta cctactcttg acatccagag aacttnncag agatgnnttg 1020

gtgccttcgg gaactctgag acaggtgctg catggctgtc gtcagctcgt gttgtgaaat 1080

gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttatccttt gttgccagcg gtncggccgg 1140

gaactcaaag gagactgcca gtgataaact ggaggaaggt ggggatgacg tcaagtcatc 1200

atggccctta cgagtagggc tacacacgtg ctacaatggc gcatacaaag agaagcgacc 1260

tcgcgagagc aagcggacct cataaagtgc gtcgtagtcc ggattggagt ctgcaactcg 1320

actccatgaa gtcggaatcg ctagtaatcg tagatcagaa tgctacggtg aatacgttcc 1380

cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgggagtggg ttgcaaaaga agtaggtagc 1440

ttaaccttcg ggagggcgct taccactttg tgattcatga ctggggtgaa gtcgtaacaa 1500

ggtaaccgta ggggaacctg cggttggatc acctcctt 1538

<210> 150

<211> 882

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH

<400> 150

atgaccatgc gtcaatgtgc catttacggc aaaggtggta tcggtaaatc cactaccacg 60

caaaacctgg tcgccgcgct ggcggagatg ggcaagaaag taatgatcgt cggctgcgac 120

ccgaaagcag actccactcg tctgatcctg catgcgaaag cgcagaacac cattatggag 180

atggcggctg aagtcggctc cgtggaagac cttgaactgg aagatgtgct gcaaatcggt 240

tacggcgacg tacgctgcgc agaatccggc ggcccggaac caggcgttgg ctgtgctggt 300

cgcggggtaa ttaccgccat caacttcctg gaagaagaag gcgcctatgt tcccgacctc 360

gatttcgtct tttacgacgt gttgggcgac gtggtgtgcg gggggttcgc catgccgatt 420

cgcgaaaaca aagcgcagga gatctacatc gtctgctccg gcgaaatgat ggcgatgtac 480

gccgccaaca acatctctaa aggcatcgtg aaatacgcca aatccggcaa agtgcgcctt 540

ggcgggctga tctgtaactc ccgtcagacc gaccgcgaag atgagctgat catagcgctg 600

gcggaaaaac tcggcaccca gatgatccac ttcgtgccgc gcgacaacat cgtgcaacgc 660

gctgaaatcc gccgtatgac ggtgattgag tacgatccga aatgcaacca ggccaatgaa 720

taccgcacgc tggcgaacaa gatcgtcaac aacaccaaaa tggtcgtgcc aacgcccatc 780

accatggacg aactggaaga gctgttgatg gaattcggca ttatggatgt ggaagacacc 840

agcattatcg gtaaaaccgc cgcagaagaa aacgcggttt ga 882

<210> 151

<211> 1449

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD1

<400> 151

atgagcaatg caacaggcga acgtaatctg gagatcatcc aggaagtgct ggagatcttt 60

ccggaaaaaa cgcgcaaaga acgcagaaag cacatgatgg tgagcgaccc ggagatggaa 120

agcgtcggga aatgcatcat ctccaaccgt aagtcgcagc ccggcgtaat gaccgtgcgc 180

ggttgctctt acgccggttc taaaggggtg gtattcgggc cgatcaaaga tatggcccat 240

atttcccacg gcccggtcgg ctgcggtcag tactcccgcg ccgggcggcg taactactac 300

accggcgtca gcggtgtgga tagcttcggt acgctcaact ttacctccga ttttcaggag 360

cgcgatatcg tgtttggcgg cgataaaaag ctgaccaaac tgattgaaga gatggagacg 420

ctgttcccgc tgaccaaagg gatctccatt cagtccgaat gcccggtcgg cctgattggc 480

gacgacattg aagccgttgc caacgccagc cgcaaagcca tcaataaacc ggtcattccg 540

gtgcgctgcg aaggttttcg cggcgtttcc cagtcactcg gtcaccacat tgccaacgac 600

gtgatccgcg actgggtact ggataaccgc gaaggcaagc cgtttgaggc cggtccttat 660

gacgtggcga tcatcggcga ttacaacatc ggcggcgatg cctgggcgtc gcgcattttg 720

ctcgaagaga tgggcctgcg cgtggtggcg cagtggtccg gcgacggcac gctggttgag 780

atggagaaca cgccgttcgt caaactcaac cttgtgcact gctaccgctc aatgaactat 840

atctcccgcc atatggagga gaaacacggt attccgtgga tggagtacaa cttcttcggt 900

ccgaccaaag tcgccgaatc gttgcgcaaa atcgccgata tgtttgatga caccattcgc 960

gccaacgccg aagcggtgat cgccaaatat caggcgcaga acgacgccat catcgccaaa 1020

taccgtccgc gtctggaagg ccgcaaagtg ctgctgtata tgggcggttt acgtcctcgc 1080

catgtgattg gcgcttatga agatctgggg atggaaatta tcgctgcggg ttatgaattc 1140

gcccacaacg atgactacga ccgcaccctg ccggatctga aagaaggcac cttgctgttc 1200

gacgatgcca gcagttatga actggaagcc tttgtcaaag cgctgaagcc ggatctgatc 1260

ggctccggca ttaaagagaa gtacatcttc cagaaaatgg gcgtgccgtt tcgccagatg 1320

cactcctggg attactccgg cccctatcac ggttatgacg gctttgccat cttcgcccgc 1380

gatatggata tgacgatcaa caaccccgcg tggggccagt tgaccgcgcc gtggctgaaa 1440

tccgcctga 1449

<210> 152

<211> 1092

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1092)

<223> nifD2

<220>

<221> misc_feature

<222> (709)..(709)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 152

atgggacgcg gcgagcgccg cctgttccat gccgtgcgcc acatcgtcaa ccgctaccac 60

ccggccgccg tctttatcta taacacctgc gttcccgcga tggagggcga cgatatcgaa 120

gccgtctgcc aggcggcaga aaccgccatc ggcgtaccgg tgattgccgt tgatgtcgcc 180

gggttttacg gcagcaaaaa tctcggcaac cggttggccg gtgaagtgat ggtgaaaaag 240

gtgattggcg ggcgtgaacc cgcgccgtgg ccggaagata ccccttttgc cccggcgcac 300

cgccacgata tcgggctgat tggcgaattc aatattgccg gagagttctg gcatattcag 360

ccgctgctcg atgagctggg tattcgcgtg ctcggcagcc tctccggcga cgggcgcttc 420

agtgaaatcc agacgctgca ccgggcgcag gtcaatatgc tggtctgctc cagggcgctg 480

atcaacgtcg cccgctcgct ggagcagcgc tacggcacgc cgtggtttga aggcagtttt 540

tatggtgttc gcgccacctc tgacgccctg cgccaactgg cggcgctgac cggagaccgc 600

gatctgatgc agcgcaccga acagctcatt gcccgcgaag agcagcaaac agagcaggcg 660

ctggccccgc tgcgcgagcg cctgcgcggg cgcaaagcgc tgctctatnc cggcggcgtg 720

aaatcctggt cggtggtttc ggcgcttcag gatctgggca tggaagtggt ggcgaccggc 780

acgcgcaaat ccaccgaaga ggataaacag cgcatccgcg aactgatggg cgccgacgcg 840

ctgatgcttg atgaaggtaa cgcccgctcg ctgctggacg tggtttaccg ctacaaggcg 900

gacatgatga tcgccggggg acgcaatatg tacaccgcct acaaagcgcg gctgccgttc 960

ctcgatatca atcaggagcg cgagcacgcc tttgccggct accgcggcat tgtcaccctg 1020

gccgaacagc tctgcctgac catggaaagc ccggtctggc cgcaaaccca ttcccgcgca 1080

ccgtggcaat aa 1092

<210> 153

<211> 846

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(846)

<223> nifK

<400> 153

atgatggagc aaatggacgt gccgtgcagc ctgctttccg atccctccga agtgctggat 60

accccggctg acgggcatta ccacatgtat gcgggcggta cgacccagca ggagatgcgc 120

gaagcgcctg acgctatcga caccctgctg ctgcaaccct ggcaactggt gaaaaccaaa 180

aaagtggtgc aggaaagctg gaaccagccc gctaccgagg tgcaaatccc aatggggctg 240

gccggaaccg acgagctgct gatgacggta agccagttaa ccggcaaagc cattccggat 300

agcttagcgc tggaacgcgg tcggctggtg gatatgatgc tcgactccca cacctggctg 360

cacggcaaga aattcggcct gttcggtgac ccggattttg tcatggggct gacccgcttc 420

ctgctggaac tgggctgcga accgacggtg attctgtgcc ataacggcag caagcgctgg 480

cagaaagcga tgaagaaaat gcttgaagcc tcgccgtacg ggaaagagag cgaagtcttt 540

atcaactgcg atttgtggca tttccgctcg ctgatgttta cccgtcagcc ggactttatg 600

atcggcaact cctacgccaa gtttatccag cgcgatacgc tggcgaaggg tgagcagttt 660

gaagtgccgc tgatccgcct ggggttcccg ctgttcgatc gccaccatct gcaccgccag 720

accacctggg gttacgaagg ggccatgagt atcctcacca cgctggttaa tgcggtgctg 780

gagaaagtcg acagagagac catcaagctc ggcaaaaccg actacagctt cgatcttatc 840

cgttaa 846

<210> 154

<211> 1095

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1095)

<223> nifL

<220>

<221> misc_feature

<222> (942)..(942)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 154

atgcagcgcg acatcagcac cagctacgcg ctggaacaac ggctgcgcaa tcatatgacg 60

ctgaccgaag ccgtcttgaa taacattccg gcggcggttg tagtggtgga tgaacgcgat 120

cgggtggtga tggataacct cgcctacaaa accttttgcg ccgattgcgg cggtaaagaa 180

ctactcaccg aaatcaactt ttccgcccat aaggcggagc tggcgcaggg cctggtactg 240

ccggtagtgc tgcgcggcac cgtgcgctgg ttgtccgtta cctgttgggc gctgccgggc 300

gtcagcgaag aagcaggccg ctactttatt gatagcgccg tgccgcgcac gctggtggtg 360

atcaccgata atactcagca gcagcaacaa caggagcagg ggcgtcttga tcgtctgaag 420

cagcagataa ccagcggtaa attgctggcg gcgatccgcg aatcgctgga cgccgcgctg 480

gtacaactca attgcccaat taatatgctg gccgccgcac gccgcttaaa tggcgacgag 540

catagcaatc tggcgctgga tgccgcatgg cgtgaaggcg aagaagcgat ggcgcggttg 600

cagcgctgcc gcccgtcgct ggaactggaa agcccggcag tctggccgct ccagccgttc 660

cttgacgatc tgcgtgccct gtatcacacc cgatataacc agggcgaaaa cctgcaaatt 720

gagctggaat cccccgacct ggtgggcttt ggccagcgaa cacaactgct tgcctgcctg 780

agcctgtggc tcgacagaac cctggatatt gccgcggagc tacgtgattt cacggtacag 840

actcaacttt acgcccgcga agagagcggc tggctgtcgt tctatttaaa cgacaatgtg 900

ccgctgattc aggtgcgcta cacccattca cccgatgcac tnaatgcgcc cggtaaaggc 960

atggagctgc ggctgatcca gacgctggtc gcccaccatc gaggcgcaat agaactgacc 1020

tcacgccctc agggaggcac ctgtctgatc ctgcgtttcc cattatttta ctcgctgaca 1080

ggaggctcac tatga 1095

<210> 155

<211> 219

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(219)

<223> nifA partial基因

<400> 155

atgactcagc gaaccgagtc gggtacaacc gtctggcgct ttgacctctc ccaacagttt 60

acagccatgc agcgtatcag tgtggtgtta agccgcgcga cggagatcgg gcagacgcta 120

caggaagtgc tgtgcgtgct gcacaacgat gcctttatgc agcacgggat gatctgtccg 180

tacgcgcggg tgcgcgtctt cgcgagcgta tggctttga 219

<210> 156

<211> 1635

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1635)

<223> glnE

<220>

<221> misc_feature

<222> (234)..(234)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (274)..(274)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (1535)..(1535)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 156

atgcgcgtgg aagactggtc aacgctgacc gaacggctcg atgcccatat ggcaggcgtg 60

cgccgaatct ttaacgaact gatcggtgat gacgaaagtg agtcgcagga cgatgcgctc 120

tccgagcact ggcgcgagct gtggcaggac gcgcttcagg aagatgacac cacgccggtg 180

ctgacgcact taaccgacga cgcgcgccat cgcgtggtgg cgctgatcgc tganttccgt 240

cttgagctga acaaacgcgc catcggcccg cgtngtcgcc aggtgctgga tcacctgatg 300

ccgcacctgc tgagcgaagt ctgctcgcgt gccgatgcgc cggtgccgct gtcgcggatg 360

atgcccctgc tgagcgggat tatcacccgt actacctacc ttgaactcct gagcgagttc 420

cctggcgcgc ttaagcacct gatttcactc tgcgccgcgt cgccgatggt ggccaacaag 480

ctggcgcgtt acccgctgct gctggatgag ctgctcgatc cgaataccct ttatcaaccg 540

acggcgaccg acgcctaccg ggacgaactg cgtcagtatc tgctgcgcgt gccggaagaa 600

gacgaagagc aacagctgga ggcgctgcgt cagtttaagc aggcccagat gctgcgcgtg 660

gcggccgcag atattgccgg aacgctgccg gtgatgaaag tgagcgatca cttaacctgg 720

cttgcggaag cgattatcga cgcggtggtg catcaggcct gggtgcagat ggtggcgcgc 780

tatggccagc cgaaacatct ggctgaccgt gatggtcgcg gcttcgcggt ggtgggttac 840

ggtaagctcg gcggttggga gctgggctat agctccgatc tggatttaat cttcctccac 900

gactgcccgg ttgatgtgat gaccgacggc gagcgcgaga ttgacgggcg tcagttctac 960

ctgcgcctgg cgcagcgcat catgcacctg ttcagcaccc gcacctcgtc gggcattttg 1020

tatgaagtgg atgcccgtct gcgcccgtcc ggcgcggcgg gcatgctggt cacctcgacg 1080

gagtccttcg ctgattacca gaagaatgaa gcctggacgt gggagcatca ggcgctggtg 1140

cgcgcccgtg tggtgtatgg cgatccgctg ctgaaaacgc agtttgacgt gattcgtaag 1200

gaagtcatga ccaccgtgcg cgatggcagc acgctgcaaa cggaagtgcg cgaaatgcgc 1260

gagaaaatgc gcgcgcactt aggcaataaa catcgcgatc gctttgatat taaagccgat 1320

gagggcggta ttaccgatat tgagtttatt acccagtatc tggtgttgct gcacgcgcat 1380

gacaagccga agctgacgcg ctggtcggat aacgtgcgca ttctggaact gctggcgcaa 1440

aacgacatta tggacgagca ggaggcgcag gccttaaccc gtgcctatac aacgcttcgc 1500

gatgagctcc atcatctggc gttgcaggag cagcngggac acgtggcgct ggactgtttc 1560

accgctgaac gcgctcaggt aacggccagc tggcagaagt ggctggtgga accgtgcgta 1620

acaaatcaag tgtga 1635

<210> 157

<211> 1316

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1316)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (43)..(43)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (247)..(247)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (784)..(785)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (794)..(795)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 157

agatgtgccc agatgggatt agctagtagg tggggtaacg gcncacctag gcgacgatcc 60

ctagctggtc tgagaggatg accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac 120

gggaggcagc agtggggaat attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt 180

gtatgaagaa ggccttcggg ttgtaaagta ctttcagcgg ggaggaaggt gttgtggtta 240

ataaccncag caattgacgt tacccgcaga agaagcaccg gctaactccg tgccagcagc 300

cgcggtaata cggagggtgc aagcgttaat cggaattact gggcgtaaag cgcacgcagg 360

cggtctgtca agtcggatgt gaaatccccg ggctcaacct gggaactgca ttcgaaactg 420

gcaggctaga gtcttgtaga ggggggtaga attccaggtg tagcggtgaa atgcgtagag 480

atctggagga ataccggtgg cgaaggcggc cccctggaca aagactgacg ctcaggtgcg 540

aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgtcga 600

cttggaggtt gtgcccttga ggcgtggctt ccggagctaa cgcgttaagt cgaccgcctg 660

gggagtacgg ccgcaaggtt aaaactcaaa tgaattgacg ggggcccgca caagcggtgg 720

agcatgtggt ttaattcgat gcaacgcgaa gaaccttacc tactcttgac atccagagaa 780

cttnncagag atgnnttggt gccttcggga actctgagac aggtgctgca tggctgtcgt 840

cagctcgtgt tgtgaaatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatcctttgt 900

tgccagcggt ccggccggga actcaaagga gactgccagt gataaactgg aggaaggtgg 960

ggatgacgtc aagtcatcat ggcccttacg agtagggcta cacacgtgct acaatggcgc 1020

atacaaagag aagcgacctc gcgagagcaa gcggacctca taaagtgcgt cgtagtccgg 1080

attggagtct gcaactcgac tccatgaagt cggaatcgct agtaatcgta gatcagaatg 1140

ctacggtgaa tacgttcccg ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtgggtt 1200

gcaaaagaag taggtagctt aaccttcggg agggcgctta ccactttgtg attcatgact 1260

ggggtgaagt cgtaacaagg taaccgtagg ggaacctgcg gttggatcac ctcctt 1316

<210> 158

<211> 882

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH

<400> 158

atgaccatgc gtcaatgtgc catttacggc aaaggtggta tcggtaaatc cactaccacg 60

caaaacctgg tcgccgcgct ggcggagatg ggcaagaaag taatgatcgt cggctgcgac 120

ccgaaagcag actccactcg tctgatcctg catgcgaaag cgcagaacac cattatggag 180

atggcggctg aagtcggctc cgtggaagac cttgaactgg aagatgtgct gcaaatcggt 240

tacggcgacg tacgctgcgc agaatccggc ggcccggaac caggcgttgg ctgtgctggt 300

cgcggggtaa ttaccgccat caacttcctg gaagaagaag gcgcctatgt tcccgacctc 360

gatttcgtct tttacgacgt gttgggcgac gtggtgtgcg gggggttcgc catgccgatt 420

cgcgaaaaca aagcgcagga gatctacatc gtctgctccg gcgaaatgat ggcgatgtac 480

gccgccaaca acatctctaa aggcatcgtg aaatacgcca aatccggcaa agtgcgcctt 540

ggcgggctga tctgtaactc ccgtcagacc gaccgcgaag atgagctgat catagcgctg 600

gcggaaaaac tcggcaccca gatgatccac ttcgtgccgc gcgacaacat cgtgcaacgc 660

gctgaaatcc gccgtatgac ggtgattgag tacgatccga aatgcaacca ggccaatgaa 720

taccgcacgc tggcgaacaa gatcgtcaac aacaccaaaa tggtcgtgcc aacgcccatc 780

accatggacg aactggaaga gctgttgatg gaattcggca ttatggatgt ggaagacacc 840

agcattatcg gtaaaaccgc cgcagaagaa aacgcggttt ga 882

<210> 159

<211> 1449

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD1

<400> 159

atgagcaatg caacaggcga acgtaatctg gagatcatcc aggaagtgct ggagatcttt 60

ccggaaaaaa cgcgcaaaga acgcagaaag cacatgatgg tgagcgaccc ggagatggaa 120

agcgtcggga aatgcatcat ctccaaccgt aagtcgcagc ccggcgtaat gaccgtgcgc 180

ggttgctctt acgccggttc taaaggggtg gtattcgggc cgatcaaaga tatggcccat 240

atttcccacg gcccggtcgg ctgcggtcag tactcccgcg ccgggcggcg taactactac 300

accggcgtca gcggtgtgga tagcttcggt acgctcaact ttacctccga ttttcaggag 360

cgcgatatcg tgtttggcgg cgataaaaag ctgaccaaac tgattgaaga gatggagacg 420

ctgttcccgc tgaccaaagg gatctccatt cagtccgaat gcccggtcgg cctgattggc 480

gacgacattg aagccgttgc caacgccagc cgcaaagcca tcaataaacc ggtcattccg 540

gtgcgctgcg aaggttttcg cggcgtttcc cagtcactcg gtcaccacat tgccaacgac 600

gtgatccgcg actgggtact ggataaccgc gaaggcaagc cgtttgaggc cggtccttat 660

gacgtggcga tcatcggcga ttacaacatc ggcggcgatg cctgggcgtc gcgcattttg 720

ctcgaagaga tgggcctgcg cgtggtggcg cagtggtccg gcgacggcac gctggttgag 780

atggagaaca cgccgttcgt caaactcaac cttgtgcact gctaccgctc aatgaactat 840

atctcccgcc atatggagga gaaacacggt attccgtgga tggagtacaa cttcttcggt 900

ccgaccaaag tcgccgaatc gttgcgcaaa atcgccgata tgtttgatga caccattcgc 960

gccaacgccg aagcggtgat cgccaaatat caggcgcaga acgacgccat catcgccaaa 1020

taccgtccgc gtctggaagg ccgcaaagtg ctgctgtata tgggcggttt acgtcctcgc 1080

catgtgattg gcgcttatga agatctgggg atggaaatta tcgctgcggg ttatgaattc 1140

gcccacaacg atgactacga ccgcaccctg ccggatctga aagaaggcac cttgctgttc 1200

gacgatgcca gcagttatga actggaagcc tttgtcaaag cgctgaagcc ggatctgatc 1260

ggctccggca ttaaagagaa gtacatcttc cagaaaatgg gcgtgccgtt tcgccagatg 1320

cactcctggg attactccgg cccctatcac ggttatgacg gctttgccat cttcgcccgc 1380

gatatggata tgacgatcaa caaccccgcg tggggccagt tgaccgcgcc gtggctgaaa 1440

tccgcctga 1449

<210> 160

<211> 1374

<212> DNA

<213> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD2

<400> 160

atgaagggga acgagatcct ggctttgctc gatgaacctg cctgcgagca caaccataaa 60

cagaaatccg gctgcagcgc gccgaaaccc ggcgcgacag cgggcggctg cgcctttgac 120

ggtgcgcaga tcaccctgct gccactctcc gatgttgccc acctggtaca cggccccatt 180

ggttgtaccg gtagctcatg ggataaccgt ggcagcttca gttccggccc gacgatcaac 240

cggctgggtt ttaccaccga tctgagcgaa caggatgtga tcatgggacg cggcgagcgc 300

cgcctgttcc atgccgtgcg ccacatcgtc aaccgctacc acccggccgc cgtctttatc 360

tataacacct gcgttcccgc gatggagggc gacgatatcg aagccgtctg ccaggcggca 420

gaaaccgcca tcggcgtacc ggtgattgcc gttgatgtcg ccgggtttta cggcagcaaa 480

aatctcggca accggttggc cggtgaagtg atggtgaaaa aggtgattgg cgggcgtgaa 540

cccgcgccgt ggccggaaga tacccctttt gccccggcgc accgccacga tatcgggctg 600

attggcgaat tcaatattgc cggagagttc tggcatattc agccgctgct cgatgagctg 660

ggtattcgcg tgctcggcag cctctccggc gacgggcgct tcagtgaaat ccagacgctg 720

caccgggcgc aggtcaatat gctggtctgc tccagggcgc tgatcaacgt cgcccgctcg 780

ctggagcagc gctacggcac gccgtggttt gaaggcagtt tttatggtgt tcgcgccacc 840

tctgacgccc tgcgccaact ggcggcgctg accggagacc gcgatctgat gcagcgcacc 900

gaacagctca ttgcccgcga agagcagcaa acagagcagg cgctggcccc gctgcgcgag 960

cgcctgcgcg ggcgcaaagc gctgctctat accggcggcg tgaaatcctg gtcggtggtt 1020

tcggcgcttc aggatctggg catggaagtg gtggcgaccg gcacgcgcaa atccaccgaa 1080

gaggataaac agcgcatccg cgaactgatg ggcgccgacg cgctgatgct tgatgaaggt 1140

aacgcccgct cgctgctgga cgtggtttac cgctacaagg cggacatgat gatcgccggg 1200

ggacgcaata tgtacaccgc ctacaaagcg cggctgccgt tcctcgatat caatcaggag 1260

cgcgagcacg cctttgccgg ctaccgcggc attgtcaccc tggccgaaca gctctgcctg 1320

accatggaaa gcccggtctg gccgcaaacc cattcccgcg caccgtggca ataa 1374

<210> 161

<211> 1563

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK1

<400> 161

atgagccaaa gtgctgagaa aattcaaaac tgtcatccgc tgtttgaaca ggatgcgtac 60

cagatgctgt ttaaagataa acggcaactg gaagaggccc acgatccggc gcgcgtgcag 120

gaggtctttc aatggaccac caccgccgag tatgaagcgc ttaactttca acgcgaagcg 180

ctgactatcg atccggccaa agcctgccag ccgctgggtg cggtactgtg ctcgctgggc 240

tttgccaata ccctgcccta tgttcacggc tcccaggggt gcgtggccta tttccgcacc 300

tattttaacc gtcactttaa agagccgatt gcctgtgttt ctgactcgat gacggaagat 360

gcggcagtat tcggcggcaa caacaacctg aacaccgggt tgcagaacgc cagcgccctc 420

tacaagccgg aaatcattgc cgtctccacc acctgtatgg cggaggtcat cggcgacgac 480

ctgcaggcgt ttattgctaa cgccaaaaaa gacggcttta tcgacgcggc gatcccggtg 540

ccttacgcgc acacgccaag ctttatcggc agccatatca ccggctggga caatatgttt 600

gagggcttcg cccgtacctt taccgccgat tacagcggac aaccgggcaa attaccgcgt 660

atcaatctgg tcagcggatt tgaaacctat ctcggtaatt tccgcgtgct gaaacgcatg 720

atggagcaaa tggacgtgcc gtgcagcctg ctttccgatc cctccgaagt gctggatacc 780

ccggctgacg ggcattacca catgtatgcg ggcggtacga cccagcagga gatgcgcgaa 840

gcgcctgacg ctatcgacac cctgctgctg caaccctggc aactggtgaa aaccaaaaaa 900

gtggtgcagg aaagctggaa ccagcccgct accgaggtgc aaatcccaat ggggctggcc 960

ggaaccgacg agctgctgat gacggtaagc cagttaaccg gcaaagccat tccggatagc 1020

ttagcgctgg aacgcggtcg gctggtggat atgatgctcg actcccacac ctggctgcac 1080

ggcaagaaat tcggcctgtt cggtgacccg gattttgtca tggggctgac ccgcttcctg 1140

ctggaactgg gctgcgaacc gacggtgatt ctgtgccata acggcagcaa gcgctggcag 1200

aaagcgatga agaaaatgct tgaagcctcg ccgtacggga aagagagcga agtctttatc 1260

aactgcgatt tgtggcattt ccgctcgctg atgtttaccc gtcagccgga ctttatgatc 1320

ggcaactcct acgccaagtt tatccagcgc gatacgctgg cgaagggtga gcagtttgaa 1380

gtgccgctga tccgcctggg gttcccgctg ttcgatcgcc accatctgca ccgccagacc 1440

acctggggtt acgaaggggc catgagtatc ctcaccacgc tggttaatgc ggtgctggag 1500

aaagtcgaca gagagaccat caagctcggc aaaaccgact acagcttcga tcttatccgt 1560

taa 1563

<210> 162

<211> 1386

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK2

<400> 162

atggcagaaa ttatccgtag taaaaagccg ctggccgtca gcccggtaaa aagtggccag 60

ccgctgggcg cgattctggc gagcatgggc tttgaacaga gcattccgct ggttcatggc 120

gctcaggggt gcagcgcctt cgcgaaggtc ttttttatcc agcattttca cgatccgatc 180

ccgctgcaat cgacggcaat ggacccgaca tcgaccatta tgggtgccga tgagaacatc 240

tttaccgcgc tgaatgtgct gtgttcacgc aacaacccga aagcgattgt tctgctgagc 300

actggccttt ccgaggcgca gggcagcgat atttcgcgcg tggtgcgcca gttccgcgat 360

gaatatccgc gccataaagg ggtggcgctg ctgaccgtca acacgccgga tttttacggc 420

agcctggaaa acggctacag cgcggtgctg gagagcatgg ttgaacagtg ggtgccggaa 480

aaaccgcagc cgggcgtgcg caatcgccgc gtgaacctgc tgctcagcca tttgcttacg 540

ccgggcgaca ttgagctgct gcgaagttat gtcgaggcat ttggcctgca gccggtgatg 600

gtgccggatc tttcccagtc gctggatggc catctcgcca gcggggattt ctcgccaatt 660

acccagggcg gcagcagcct gcggctgatt gaacagatgg gacagagtct tggcacgttc 720

gccattggcg tatccctctc ccgcgccgcg caattgctgg cgcagcgcag ccatgcggaa 780

gtggtcaccc tgccgcatct gatgaccatg agccagtgcg atacgtttat tcatcaactg 840

aagcgcctct ccgggcgcga tgttccggcg tggatcgaac gccagcgcgg gcaactgcag 900

gatgcgatga tcgattgtca tatgtggttg cagggcgcgc ctgtcgcgct ggccgccgag 960

ggcgatctgc tcgccgcctg gtgcgatttc gcctgcgata tgggcatggt gcccggcccg 1020

gtggtggcgc cggtgagcca gaaagggttg caggatctgc cggtcgaaaa agtcattatc 1080

ggcgatctgg aggatatgca ggatctgttg tgtgaaacgc ctgcatcgct gctcgtctct 1140

aattctcacg ccgctgattt ggccgggcag ttcgacattc cgctggtgcg cgccggtttc 1200

cccctgttcg accgtctggg cgagtttcgc cgcgtgcgcc agggttacgc cgggatgcgc 1260

gacaccttgt ttgagctggc gaatgcgctg cgcgatcgcc atcatcatct tgccgcttat 1320

cactcgccgc tgcgccagcg tttttacgaa cccgcatctt cgggaggtga ctatgcaaca 1380

tgttaa 1386

<210> 163

<211> 1488

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL

<400> 163

atgaccctga atatgatgat ggacgccacc gcgcccgccg agatcgccgg agcgctctca 60

caacagcatc ccgggttgtt tttcaccatg gttgaacagg cgcccgtcgc gatttcactg 120

accgatgccg atgcccacat tctctacgcc aaccccgcgt tttgtcgcca gtcggggtat 180

gaactggaag agttgttgca gcaaaacccg cgcctgcttg ccagtaagca gacgccgcgt 240

gaaatctacc aggaaatgtg gcacaccctg ctgcaacacc gtccgtggcg cggacaactg 300

atcaaccgtc gccgcgacgg cagcctgttt ctggtggaaa tcgacatcac cccactgttt 360

gatgcgttcg gcaaactcga acattacctg gccatgcagc gcgacatcag caccagctac 420

gcgctggaac aacggctgcg caatcatatg acgctgaccg aagccgtctt gaataacatt 480

ccggcggcgg ttgtagtggt ggatgaacgc gatcgggtgg tgatggataa cctcgcctac 540

aaaacctttt gcgccgattg cggcggtaaa gaactactca ccgaaatcaa cttttccgcc 600

cataaggcgg agctggcgca gggcctggta ctgccggtag tgctgcgcgg caccgtgcgc 660

tggttgtccg ttacctgttg ggcgctgccg ggcgtcagcg aagaagcagg ccgctacttt 720

attgatagcg ccgtgccgcg cacgctggtg gtgatcaccg ataatactca gcagcagcaa 780

caacaggagc aggggcgtct tgatcgtctg aagcagcaga taaccagcgg taaattgctg 840

gcggcgatcc gcgaatcgct ggacgccgcg ctggtacaac tcaattgccc aattaatatg 900

ctggccgccg cacgccgctt aaatggcgac gagcatagca atctggcgct ggatgccgca 960

tggcgtgaag gcgaagaagc gatggcgcgg ttgcagcgct gccgcccgtc gctggaactg 1020

gaaagcccgg cagtctggcc gctccagccg ttccttgacg atctgcgtgc cctgtatcac 1080

acccgatata accagggcga aaacctgcaa attgagctgg aatcccccga cctggtgggc 1140

tttggccagc gaacacaact gcttgcctgc ctgagcctgt ggctcgacag aaccctggat 1200

attgccgcgg agctacgtga tttcacggta cagactcaac tttacgcccg cgaagagagc 1260

ggctggctgt cgttctattt aaacgacaat gtgccgctga ttcaggtgcg ctacacccat 1320

tcacccgatg cactcaatgc gcccggtaaa ggcatggagc tgcggctgat ccagacgctg 1380

gtcgcccacc atcgaggcgc aatagaactg acctcacgcc ctcagggagg cacctgtctg 1440

atcctgcgtt tcccattatt ttactcgctg acaggaggct cactatga 1488

<210> 164

<211> 1575

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA

<400> 164

atgactcagc gaaccgagtc gggtacaacc gtctggcgct ttgacctctc ccaacagttt 60

acagccatgc agcgtatcag tgtggtgtta agccgcgcga cggagatcgg gcagacgcta 120

caggaagtgc tgtgcgtgct gcacaacgat gcctttatgc agcacgggat gatctgtctg 180

tacgacagta agcaagcgat cctttccatt gaagccttgc atgaggccga tcagcagtta 240

attcccggca gttcacagat tcgctaccgt ccgggcgaag ggctggtagg cacggtgctt 300

tcacagggac agtcgctggt actgccctgt gtctccgacg atcggcgttt tctcgatcgc 360

ctgggattgt atgattacag cttgccgttt atcgccgtgc cgctgatggg gccaaactcg 420

cagcctatcg gcgtgctggc cgcccagcct atggcgcgtt acgaggagcg gctgcccgcc 480

tgcacgcgtt ttcttgaaac cgtcgccaat ctggtggcgc aaaccgttcg cctgatgaca 540

ccgcccagcg tcgcgtctcc accccgtgct gctgccgcgc agattgccag ccagcgcggg 600

tgcgcgtctt cgcgagcgta tggctttgaa aacatggtcg gtaaaagcgc ggctatgcgt 660

cagacgctgg aaattattcg ccaggtatca cgctgggaca ccaccgtgct ggtgcgtggc 720

gaaagcggaa ccggtaaaga gttgatagcc aacgctatcc accacaattc accgcgcgcc 780

gccgcgccgt ttgtcaaatt caactgcgcg gcgctgcccg atacgctgct ggagagtgaa 840

ctcttcggtc atgaaaaagg cgcgtttacc ggcgcggtgc gccagcgcaa aggccgtttc 900

gaactggcgg atggcggtac gctgtttctt gatgagatcg gcgaaagtag cgcctcgttt 960

caggcgaaat tgctgcgtat cttgcaggaa ggcgaaatgg aacgcgtcgg cggcgacgaa 1020

acgctgcggg tgaatgtacg gatcattgcc gccaccaacc gcaatctgga agaggaagtg 1080

cggctgggta attttcgcga agatctctac tatcgcctta atgtgatgcc gatctccctg 1140

cccccgctcc gcgagcgtca ggaggacatc gtcgagctgg cgcattttct ggtgcgcaaa 1200

atcgcgcaaa accagaaccg cacgctgcgc atcagcgatg gcgcgatccg tttgttgatg 1260

agctatagct ggcctggaaa cgtgcgtgag ctggaaaact gccttgagcg atcggcggtg 1320

atgtcggaaa acgggctgat cgatcgcgac gtgattttgt ttcaccacag ggaaaatctg 1380

ccaaaaacgc cacagaccag tgcgccgcgc gaagagagct ggctcgatca gaacctcgat 1440

gagcgacaaa gattgatcgc cgcgctggag aaagccggtt gggtacaggc aaaagccgcg 1500

cgcctgctgg gaatgacccc gcgccaggtg gcctatcgta ttcagacgat ggacattgcc 1560

atgccgagat tgtag 1575

<210> 165

<211> 2856

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2856)

<223> glnE

<400> 165

atgccgcttt cttcgcagtt acagcagcag tggcagaccg tttgcgaacg tctgcctgag 60

tcattaccgg cgtcatcgtt aagcgagcag gcaaagagcg tgctcgtctt cagtgatttt 120

gtgcaggaaa gtatcaccgc caacccgaac tggctggcgg aacttgagaa cgcaccaccg 180

caggcagaag agtggcggca ctatgctggc tggctgcaaa ctgtactcga agacgttacg 240

gatgaggcca cgctgatgcg cgtcctgcgc cagttccgtc gtcgggtgat ggtgcgcatt 300

gcctgggctc aggcgctgga actggtgagc gaagagagta cgctgcagca gttaagcgag 360

ctggcgcaaa cgttgattgt cgccgcgcga gactggctct atgccgcctg ctgtaaagag 420

tggggcacgc cgtgcagcga ggaaggggtt cctcagccgc tgttgattct ggggatggga 480

aagctgggcg gctgcgagct gaacttctcc tctgatatcg acctgatttt tgcctggccg 540

gagaacggct ccacgcgcgg aggccgccgc gagctggaca acgcgcagtt ctttacccgt 600

ctcggccagc gcctgattaa agcgctggat cagcccacgc aggacggttt tgtttaccgc 660

gtggacatgc gcctgcgtcc gtttggcgac agcgggccgc tggtgctgag ctttgcggcg 720

ctggaagatt attaccagga gcaaggtcgc gactgggagc gttacgcgat ggtcaaagcg 780

cggatcatgg gcgacagcga cgacgcttat gccaacgagc tgcgcgccat gctgcgtccg 840

ttcgtgttcc gtcgctatat cgacttcagc gtcatccagt ccctgcgaaa tatgaaaggg 900

atgattgccc gcgaggtgcg ccgccgtggg ctgaaagaca atatcaagct cggtgcgggc 960

ggcatccgcg aaatcgaatt tatcgtccag gtcttccagc ttattcgcgg cggacgcgag 1020

ccgtcgctgc agtcccgttc cttattaccg acgctgagcg ccattgcgca gctgcatctc 1080

ctgccggacg gcgacgcgca aaccctgcgc gaggcctatc ttttcctgcg tcgtctggaa 1140

aacctgctgc aaagcattaa tgacgaacag acccaaaccc tgccgggcga cgaccttaac 1200

cgggcgcgtc tggcctgggg aatgcgcgtg gaagactggt caacgctgac cgaacggctc 1260

gatgcccata tggcaggcgt gcgccgaatc tttaacgaac tgatcggtga tgacgaaagt 1320

gagtcgcagg acgatgcgct ctccgagcac tggcgcgagc tgtggcagga cgcgcttcag 1380

gaagatgaca ccacgccggt gctgacgcac ttaaccgacg acgcgcgcca tcgcgtggtg 1440

gcgctgatcg ctgatttccg tcttgagctg aacaaacgcg ccatcggccc gcgtggtcgc 1500

caggtgctgg atcacctgat gccgcacctg ctgagcgaag tctgctcgcg tgccgatgcg 1560

ccggtgccgc tgtcgcggat gatgcccctg ctgagcggga ttatcacccg tactacctac 1620

cttgaactcc tgagcgagtt ccctggcgcg cttaagcacc tgatttcact ctgcgccgcg 1680

tcgccgatgg tggccaacaa gctggcgcgt tacccgctgc tgctggatga gctgctcgat 1740

ccgaataccc tttatcaacc gacggcgacc gacgcctacc gggacgaact gcgtcagtat 1800

ctgctgcgcg tgccggaaga agacgaagag caacagctgg aggcgctgcg tcagtttaag 1860

caggcccaga tgctgcgcgt ggcggccgca gatattgccg gaacgctgcc ggtgatgaaa 1920

gtgagcgatc acttaacctg gcttgcggaa gcgattatcg acgcggtggt gcatcaggcc 1980

tgggtgcaga tggtggcgcg ctatggccag ccgaaacatc tggctgaccg tgatggtcgc 2040

ggcttcgcgg tggtgggtta cggtaagctc ggcggttggg agctgggcta tagctccgat 2100

ctggatttaa tcttcctcca cgactgcccg gttgatgtga tgaccgacgg cgagcgcgag 2160

attgacgggc gtcagttcta cctgcgcctg gcgcagcgca tcatgcacct gttcagcacc 2220

cgcacctcgt cgggcatttt gtatgaagtg gatgcccgtc tgcgcccgtc cggcgcggcg 2280

ggcatgctgg tcacctcgac ggagtccttc gctgattacc agaagaatga agcctggacg 2340

tgggagcatc aggcgctggt gcgcgcccgt gtggtgtatg gcgatccgct gctgaaaacg 2400

cagtttgacg tgattcgtaa ggaagtcatg accaccgtgc gcgatggcag cacgctgcaa 2460

acggaagtgc gcgaaatgcg cgagaaaatg cgcgcgcact taggcaataa acatcgcgat 2520

cgctttgata ttaaagccga tgagggcggt attaccgata ttgagtttat tacccagtat 2580

ctggtgttgc tgcacgcgca tgacaagccg aagctgacgc gctggtcgga taacgtgcgc 2640

attctggaac tgctggcgca aaacgacatt atggacgagc aggaggcgca ggccttaacc 2700

cgtgcctata caacgcttcg cgatgagctc catcatctgg cgttgcagga gcagccggga 2760

cacgtggcgc tggactgttt caccgctgaa cgcgctcagg taacggccag ctggcagaag 2820

tggctggtgg aaccgtgcgt aacaaatcaa gtgtga 2856

<210> 166

<211> 1290

<212> DNA

<213> 未知的(Unknown)

<220>

<223> 肠杆菌属的某个种(Enterobacter sp.)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1290)

<223> amtB

<400> 166

atgaagatag caacacttaa aacgggtctg ggttcgctgg cactgctgcc gggcctggcg 60

ctggctgctg cacctgcggt ggcagacaaa gccgataacg cctttatgat gatcagcacc 120

gcgctggtgc tgttcatgtc cattccgggc attgcgctgt tctatggcgg cctgatccgt 180

ggcaaaaacg ttctctccat gctgacgcag gttgccgtaa cgttcgcgct ggtctgcgta 240

ctgtgggtgg tttacggtta ctcgctggct ttcggcacgg gcaacgcgtt ctttggtaac 300

ttcgactggg tgatgctgaa aaatattgaa ctgaccgcgc tgatgggcag tttctaccag 360

tatattcacg ttgctttcca gggctcgttc gcctgcatta ccgtcgggct gattgtaggc 420

gcgcttgccg agcgtattcg tttctctgcg gtcctgatct tcgtggtggt ctggctgacg 480

ctctcctatg tgccgattgc gcacatggtc tggggtggcg gtctgctggc gacgcatggc 540

gcgctggact tcgcgggcgg taccgttgtg cacattaacg ccgcggtagc gggtctggtt 600

ggcgcatacc tgattggcaa acgcgtgggc ttcggtaaag aagcgttcaa accgcacaac 660

ctgccgatgg tcttcaccgg taccgcgatc ctctactttg gctggtttgg tttcaacgcc 720

ggctcagcaa gtgccgcgaa cgaaatcgcc gcgctggcct tcgtgaatac cgttgtggcc 780

acggcaggtg caatcctctc ctgggtcttt ggcgagtggg ctgtgcgcgg taaaccttct 840

ctgctgggtg cctgttcggg ggcgattgct ggtctggtcg gtatcacccc agcatgtggt 900

tatgtcggtg tgggtggcgc gctgctggtc ggcctggtgt caggtctggc gggtctgtgg 960

ggcgtgacgg cgctgaaacg tattctgcgc gttgatgacc cttgcgatgt gtttggcgtg 1020

cacggcgtgt gcggcatcgt cggctgtatc atgaccggta tctttgcagc gaaatcgctg 1080

ggtggcgtgg gctacgcaga aggcgtcacc atggcccatc aggtgctggt gcagctggaa 1140

agtattgctg tcaccgtggt gtggtctgcc gttgtcgctt tcattggcta caaactggcg 1200

gacatgacgg ttggtctgcg cgtgccggaa gagcaggaac gcgaaggtct ggacgtcaac 1260

agccacggcg agaatgcgta taacgcatga 1290

<210> 167

<211> 1299

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1299)

<223> 16S

<220>

<221> misc_feature

<222> (294)..(294)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (299)..(299)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (302)..(302)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (309)..(310)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (332)..(332)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (346)..(346)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (351)..(351)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (438)..(438)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (445)..(445)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (454)..(454)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (469)..(469)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (477)..(477)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (492)..(492)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (504)..(504)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (555)..(555)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (775)..(775)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 167

gccgagagag gggcccgcgt cggattaggt agttggtgag gtaatggctc accaagcctt 60

cgatccgtag ctggtctgag aggatgatca gccacactgg gactgagaca cggcccagac 120

tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg gacaatgggc gcaagcctga tccagcaatg 180

ccgcgtgagt gatgaaggcc ttagggttgt aaagctcttt cgcacgcgac gatgatgacg 240

gtagcgtgag aagaagcccc ggctaacttc gtgccagcag ccgcggtaat acgnagggng 300

cnagcgttnn tcggaattac tgggcgtaaa gngcgcgtag gcggcntgtt nagtcagaag 360

tgaaagcccc gggctcaacc tgggaatagc ttttgatact ggcaggcttg agttccggag 420

aggatggtgg aattcccngt gtagnggtga aatncgtaga tattgggang aacaccngtg 480

gcgaaggcgg cnatctggac gganactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca 540

ggattagata ccctngtagt ccacgccgta aacgatgaat gctagacgtc ggggtgcatg 600

cacttcggtg tcgccgctaa cgcattaagc attccgcctg gggagtacgg ccgcaaggtt 660

aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa 720

gcaacgcgca gaaccttacc aacccttgac atgtccactt tgggctcgag agatngggtc 780

cttcagttcg gctgggtgga acacaggtgc tgcatggctg tcgtcagctc gtgtcgtgag 840

atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccctaccgt cagttgccat cattcagttg 900

ggcactctgg tggaaccgcc ggtgacaagc cggaggaagg cggggatgac gtcaagtcct 960

catggccctt atgggttggg ctacacacgt gctacaatgg cggtgacagt gggaagcgaa 1020

gtcgcgagat ggagcaaatc cccaaaagcc gtctcagttc ggatcgcact ctgcaactcg 1080

agtgcgtgaa gttggaatcg ctagtaatcg cggatcagca cgccgcggtg aatacgttcc 1140

cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca tgggagttgg ttttacccga aggtggtgcg 1200

ctaaccgcaa ggaggcagcc aaccacggta aggtcagcga ctggggtgaa gtcgtaacaa 1260

ggtagccgta ggggaacctg cggctggatc acctccttt 1299

<210> 168

<211> 897

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(897)

<223> nifH

<400> 168

atggccaaag cgcctctgcg tcagatcgcc ttttacggca agggcggtat cggcaagtcc 60

accacctctc agaacacgct ggccgcgctg gtcgagctgg atcagaggat cctgatcgtc 120

ggctgcgacc cgaaggccga ctcgacccgc ctgatcctgc acgcaaaggc ccaggacacc 180

gtcctgcatc tggccgccga ggccggctcg gtcgaggatc tggagctcga ggacgttctc 240

aagatcggct acaagaacat caagtgcgtc gagtccggcg gtccggagcc gggggtcggc 300

tgcgccggcc gcggcgtcat cacctcgatc aacttcctgg aagagaacgg cgcctacgac 360

gacgtggact atgtgtccta cgacgtgctg ggcgacgtgg tctgcggcgg cttcgccatg 420

ccgatccgcg agaacaaggc ccaggaaatc tacatcgtca tgtccggcga gatgatggcg 480

ctgtacgccg ccaacaacat cgccaagggc atcctgaagt acgcgcacag cggcggcgtc 540

cgtctcggcg gcctgatctg caacgagcgc cagaccgaca aggaatggga tctggccgac 600

gcgctggcca agcgcctggg ctccaagctg atccacttcg tgccgcgcga caacatcgtc 660

cagcacgccg agctgcgccg catgacggtc atcgagtacg ccccggacag caagcaggcc 720

ggcgaatacc gcgcgctcgc caacaagatc catgcgaact ccggccaggg ttgcatcccg 780

accccgatca ccatggaaga gctggaagag atgctgatgg acttcggcat catgaagacc 840

gaggagcagc agctcgccga gctcgccgcc aaggaagcgg cgaaggccgg cgcctga 897

<210> 169

<211> 1440

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1440)

<223> nifD1

<400> 169

atgagcctgt ccgagaacac cacggtcgac gtcaagaacc tcgtcaacga agtcctcgaa 60

gcctatcccg aaaaatcccg caagcgccgc gccaagcacc tgaacgtgct ggaggccgag 120

gccaaggact gcggcgtcaa gtcgaacgtc aagtccatcc ccggcgtcat gaccatccgc 180

ggctgcgcct atgccggctc caagggcgtg gtgtggggtc cgatcaagga catgatccac 240

atctcccacg gtccggtcgg ctgcggctac tactcctggt ccggccgccg caactactac 300

atcggcgaca ccggtgtgga cagctggggc acgatgcact tcacctccga cttccaggag 360

aaggacatcg tcttcggcgg cgacaagaag ctgcacaagg tcatcgagga aatcaacgag 420

ctgttcccgc tggtgaacgg catctcgatc cagtcggaat gcccgatcgg cctgatcggc 480

gacgacatcg aggctgtcgc ccgcgccaag tcggcggaaa tcggcaagcc ggtcatcccc 540

gtgcgctgcg aaggcttccg cggcgtgtcc cagtcgctgg gccaccacat cgccaacgac 600

gccatccgag actgggtgtt cgagaagacg gaacccaagg ccggcttcgt ctccaccccc 660

tatgacgtca ccatcatcgg cgactacaac atcggcggcg acgcctggtc gtcccgcatc 720

ctgctggagg agatcggcct gcgcgtgatc gcccagtggt cgggcgacgg cacgctcgcc 780

gaactggaga acacgccgaa ggccaaggtc aacctgatcc actgctaccg ctcgatgaac 840

tacatcgcgc gccacatgga agagaagttc aacattcctt ggatggaata caacttcttc 900

ggcccgagcc agatcgccga atccctgcgc aagatcgccg ctctcttcga cgacaagatc 960

aaggagaacg ccgagaaggt catcgcccgc taccagccga tggtcgatgc ggtcatcgcc 1020

aagtacaagc cgcggctcga aggcaagaag gtcatgatct acgtcggcgg cctgcgtccc 1080

cgccacgtcg tcgatgccta ccatgacctc ggcatggaga tcaccggcac cggctacgag 1140

ttcgcccaca acgacgacta tcagcgcacg cagcactacg tgaaggaagg cacgctgatc 1200

tacgacgacg tcaccgcgtt cgaactggag aagttcgtcg aggcgatgcg tcccgacctc 1260

gtcgcgtcgg gcatcaagga aaagtacgtg ttccagaaga tgggcctgcc gttccgccag 1320

atgcacagct gggactactc cggcccgtac cacggctatg acggcttcgc gatcttcgcc 1380

cgcgacatgg acctggccat caacaacccc gtctggggcg tgatgaaggc cccgttctga 1440

<210> 170

<211> 1419

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1419)

<223> nifD2

<400> 170

atgctccagg acaagatcca ggatgtcttc aacgaaccgg gctgcgcgac caaccaagcc 60

aaatcggcca aggagaagaa gaagggctgc accaagtcgc tgaaaccggg ggcggcagcc 120

ggcggctgcg cctatgacgg ggcgatgatc gtgctccagc cgatcgccga cgccgcccat 180

ctggtccatg gccccatcgc ctgcctcgga aacagttggg acaaccgcgg ctccaaatcc 240

tccggctcgc agctctaccg caccggcttc accaccgatc tgtcggaact ggacgtcatc 300

ggcggcggcg agaagaagct ctaccgcgcc atcaaggaga tcgttcagca atacgacccg 360

ccggccgtct tcgtctatca gacctgcgtg cccgccatga ccggcgacga catcgccgcg 420

gtctgcaagt tcgccacgca gaagctgggc aagccggtga tcccggtgga ctcgccgggc 480

ttcgtcgggt cgaagaatct cggcaacaag ctggccggcg aagccctgct ggagcatgtc 540

atcggcacgg tcgaaccgga ctacaccacc ccgaccgacg tctgcatcat cggcgaatac 600

aaccttgccg gcgagctgtg gctggtcaag ccgctgctgg acgagatcgg catccgcctc 660

ctgtcctgca tttccggcga cggccgctac cgggaggtgg cgcaggccca ccgcgcccgc 720

gtcaccatga tggtgtgcag ccaggcgctg gtgaatgtcg ggcgcaagat ggaggagcgc 780

tacggcatcc cctatttcga ggggtccttc tacggcgtgt ccgacatgtc ggacaccctg 840

cgcaccatga cccgcatgct ggtggagcgc ggcgccgaca agggcctgat cgaccgggcg 900

gagggcgtga tcgcgcggga ggaaagccgg gtctggcgcc ggctggaacc ctacaagccg 960

cgcttcgacg gcaagcgcgt ccttctcttc accggcggcg tcaagagctg gtcgatggtc 1020

agcgcgctgg agggtgcggg gctgaccatc ctcggcacct ccaccaagaa atcgaccagg 1080

gaggacaagg agcgcatcaa gaagatgaag ggcgaagagt tccaccagtg ggacgatttg 1140

aagccgcgcg acatctacag gatgctggcc gacgatcagg ccgacatcat gatgtccggc 1200

ggccgctcgc agttcatctc gctgaaggcc aaggttccct ggctcgacat caaccaggag 1260

cgccaccacg cctatgccgg ctatgacggc atcgtcaatc tctgcgagga gatcgacaaa 1320

acgctgtcga atccgatctg gcgtcaggtg cgtcagccgg caccgtggga gtccggcgcg 1380

tcctccaccc ttctggcttc ctcgatggcg gcggagtga 1419

<210> 171

<211> 1383

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1383)

<223> nifK

<400> 171

atgtcccaca tccagcgctt cccctccgcc gccaaggccg cctccaccaa cccgctgaag 60

atgagccagc cgctgggtgc ggctctggcc tatctcggcg tcgaccgctg cctgccgctg 120

ttccatggct cgcagggctg caccgccttc gggctggtcc tgctggtgcg ccatttccgc 180

gaggcgatcc cgctccagac cacggcgatg gatcaggtcg ccaccatcct cggcggctac 240

gacaatctgg agcaggcgat ccgcaccatc gtcgagcgca accagcccgc catgatcggc 300

gtcgccacca ccggcgtcac cgagaccaag ggcgaggata tggccggaca gtacacgctg 360

ttccgccagc gcaaccccga cttggccgac acggccctgg tcttcgccaa cacccccgac 420

ttcgccggcg gcttcgagga cggcttcgcc gccgcggtca ccgcgatggt cgagcggttg 480

gtcgaaccgt cgccggtgcg catcccgacc caggtcaacg tgctggccgg ctgccatctg 540

tcccccggcg acgtggagga actgcgcgac atcatcgaag gcttcggcct gtcgccgatc 600

ttcctgcccg acctgtcgct gtcgatggcg ggccgccagc cggccgactt caccgccacc 660

tcgctgggcg gcgtgaccgt cgatcagatc cgcgccatgg gcgcttcggc cctcaccatc 720

gtggtcggtg agcatatgcg ggtggccggt aacgcgctgg agctgaagac cgacgtgccc 780

agccatttct tcaaccgcct gaccgggctg gaggcgacgg acaagctggt ccggctgctg 840

atggagttgt cgggcaagcc ggcgcccgcc cggctgcggc gccagcgcga aagcctggtc 900

gatgccatgc tcgacgggca tttcttctac agccgcaagc gcatcgccgt cgcgctggag 960

cccgacctgc tctatgccgt caccggcttc ctcgccgaca tgggggccga ggtgatcgcc 1020

gcggtgtccc cgacgcagag cccggtgctg gagcggttga aggccgccac catcatggtc 1080

ggcgatcatt ccgacgtgga gacgctggcc cgcgacgccg acctgatcgt ctccaactcg 1140

cacgggcggc agggagccgc gcggatcggc gtggctctgc accgcatggg cctgccgctg 1200

ttcgaccggc tgggggccgg cctgcgcgtc caggtcggct accgcggcac gcgggaactg 1260

ctgtgcgaca tcggcaacct gttcctcgcc cgcgagatgg accacgagca cgggcacgag 1320

agccacgacc acggggaatc ccacggctgc ggaggcggat catgcggatg caacgccgtc 1380

tga 1383

<210> 172

<211> 1560

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1560)

<223> nifK1

<400> 172

atgaccgaca agctttcgca gagcgccgac aaggtcctcg accactacac cctcttccgg 60

cagcccgaat acgcggcgat gttcgagaag aagaagaccg agttcgagta cggccattcg 120

gacgaggaag tcgcccgcgt gtccgaatgg accaagtccg aggactacaa ggcgaagaac 180

ttcgcccgtg aagcggtcgt catcaacccg accaaggcct gccagccgat cggcgcaatg 240

ttcgccgccc agggcttcga aggcaccctg cccttcgtcc acggctccca gggctgcgtc 300

gcctattacc gcacccacct gacccgtcac ttcaaggagc cgaacagcgc ggtctcctcg 360

tcgatgacgg aggacgcggc ggtgttcggc ggcctgaaca acatgatcga cggcctggcg 420

aacgcctatg cgctctacaa gccgaagatg atcgcggtga tgaccacctg catggccgaa 480

gtcatcggcg acgatttgca gggcttcatc gccaatgcga agaccaagga cagcgtcccg 540

gccgacttcc cggtccccta cgcccacacc ccggccttcg tcggcagcca catcgtcggc 600

tacgacaaca tgatcaaggg gatcctgacc aacttctggg gtacgtcgga gaatttcgac 660

acacccaaga ccgagcagat caacctgatc ccgggcttcg acggcttcgc cgtcggcaac 720

aaccgcgaac tgaagcgcat cgccggcgaa ttcggcgtga agctgcaaat cctgtccgac 780

gtgtccgaca atttcgacac gccgatggat ggcgagtacc gcatgtatga cggcggcacc 840

accatcgagg agaccaagga ggccctgcac gccaaggcca ccatctccat gcaggagtac 900

aacacgaccc agaccctgca attctgcaag gagaagggtc aggaagtcgc caagttcaac 960

tacccgatgg gcgtcaccgg caccgacgag ctgctgctga agctcgccga actgtcgggc 1020

aagccggtcc cggccagcct gaagctggag cgcggccgtc tggtcgacgc catcgccgac 1080

agccacaccc acatgcacgg caagcgcttc gccgtctatg gcgacccgga cttctgcctg 1140

ggcatgtcca agttcctgct ggagctgggt gcggagccgg tgcacatcct gtcgacgtcg 1200

ggctccaaga agtgggagaa gcaggtccag aaggtgctgg acggctcgcc cttcggcgcc 1260

tcgggcaagg cccatggcgg caaggatctg tggcacctgc gttcgctgat cttcaccgac 1320

aaggtggact acatcatcgg caacagctac ggcaagtatc tggagcgcga caccaaggtt 1380

ccgctgatcc gcctgaccta cccgatcttc gaccgccacc accaccaccg ctacccgacc 1440

tggggctacc agggcgcgct gaacgtgctg gtacggatcc tggaccggat cttcgaggac 1500

atcgacgcca acaccaacat cgtcggccag accgactact cgttcgacct gatccgctga 1560

<210> 173

<211> 1530

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1530)

<223> nifA

<400> 173

atgttgacct ctgatattgt tggcaaattg cgctgcatcg cagcagaccc caaagcgggc 60

atcgcaaggg gcctcgacac cgggacgacg aagatcggtc ccgtttggga gggtgacgtg 120

ggcgacaccg tggatttcga agcgctgcgc cagcgggcgg tccactccct gttcgaacat 180

ctggaatcca tgtgcgtcgg cgccgtcgcc gtcgaccaca ccggccgcat cgcctggatg 240

gacgagaagt acaaggctct gctgggcgtt cccgacgacc cgcgcggccg gcaggtggag 300

gacgtcatcc ccaacagcca gctgcgccgg gtgatcgaca gcggccagcc gcagccgctg 360

gacatcatgg agttcgacga ccggtccttc gtggtgacgc ggatgccgct gttcggcacc 420

gacggttcga tcatcggcgc catcggcttc gtgctgttcg accgcgccga atatctccgc 480

ccgctggtcc gcaaatacga gaagatgcag gaggagctgg cccgcaccca gcaggagctg 540

gcgcatgagc gccgcgccaa atactccttc tcgcagttcc tgggcgccag cgaatcgatc 600

cgcgagatca agcggctggg gcgccgcgcc gcccagatgg attcgaccgt cctgctgctg 660

ggcgaaaccg ggaccggcaa ggagctgctg gcccaggcca tccattccgc cagcccgcgg 720

gcgtccaagc ccttcgtcgg cgtcaatgtc gccgccattc cggaaaccct gctggaggcg 780

gagttcttcg gcgtcgcccc cggcgccttc accggcgccg accgccgcca ccgcgacggc 840

aagttccagc tcgccaacgg cggcaccctg ttcctcgacg agatcggcga catgccgctg 900

ccggtgcagg ccaagcttct gcgcgtgctg caggagcggg agatcgagcc gctcggctcc 960

aacaaggtgg tgcgggtcga tgtccgcatc atcgccgcca ccagccgtga cctgcacgcc 1020

ctggtgcgtg agaagcagtt ccgcgccgac ctctattacc ggctgaatgt ggtgccgatc 1080

accctgccgc cgctgcgcga ccggccggag gacatcgaga gcatcgccga ccgcatcctg 1140

gaacagctgg cgatccagca gggcacgccg ccgcgcgagc tgctggaatc ggcggtgcag 1200

gtgctgcgcg actatgactg gcccggcaat gtgcgcgagc tttacaacac gctggaacgg 1260

gtggtggcgc tgaccgatgc gccgatcctg accgcgccgc acatccgcag cgtgctgccc 1320

ggccagcatc cggccggcgc gtcggccctg ccgctggcgg ccggcgcgcg gccgttgcag 1380

gaggtgctgc acgccgccga gcgccacgcc atcgccgcgg cgcttgagga ggcgaacggc 1440

gtcaaggcgc gggcggcgaa gctgctgggc atttcgcgcg cgtcgctgta cgaacgcatg 1500

gtgacgctgg ggttgggggc gacgcagtag 1530

<210> 174

<211> 3030

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(3030)

<223> glnE

<400> 174

atgccgagtc ccatcgcgtt ctcaagcccc ttgccgaagc ctttcgacag cgcgcaggcg 60

gcgctgggga tggagcgctg gcgccagcag gccgccgcgg cggagccgga gacccgcgcc 120

tgggcggaag ccttcgccga ttcggagacc ggccgggcgc tgatcggggc ggtgtgcggc 180

aacagcccgt atctcggcca cagcctgacg cgggagttgc ccttcgtcgc ccgtacagtg 240

caggacggct tcgacgacac cttcgccgcg ctgatcgccg ctctccatgc cgagcatggc 300

gaggagaaat cgatggaccg gctgatggcc ggcctgcggg tggcgaagcg gcgggcggcg 360

ctgctgatcg cgctggccga catcgccggc gcgtggccgc tgttccgcgt caccggcgcc 420

ctgtcggagc tggcggagac gggggtgcag ctggccgcga atttcctgct gcgccgcgcc 480

agggaggcgg ggacgctgac gctgccggat ccgcagcgac cgtgggtcgg ttcgggcctg 540

atcgttttgg gcatgggtaa gcttggcggg cgcgaactca actattccag cgacatcgac 600

ctgatcgtcc tgtatgacga cgctgttgtg cagacgcccc agccggacaa cctcgcgcga 660

accttcatca ggctcgcacg cgatcttgtc cgcattatgg atgaacggac caaggacggc 720

tacgtcttcc gcaccgacct tcggcttagg cccgatcccg gcgccacgcc gctggcggtt 780

tccgtctccg cagccgaaat ttattacggc agcgtcggtc agaactggga acgcgcggcg 840

atgatcaagg cccgtcccat cgccggcgat ctggaggcgg gcgcctcctt tgtccgcttc 900

ctggagccct tcgtctggcg ccgcaacctg gatttcgccg ccatccagga catccattcg 960

atcaaacgcc agatcaacgc ccacaagggc caccgcgagg tgacggtcaa cggccacgac 1020

atcaaggtcg gccgcggcgg catccgcgag atcgagttct tcgcccagac ccagcagctg 1080

atcttcggcg ggcgcgaccc gcgcgtgcga atcgctccga ccctgatggc gaacgaggcg 1140

ctgcgcgacg tcggccgcgt gccgccgcag acggtggaag agcttgccgg ggcctatcat 1200

ttcctgcgcc gtgtcgaaca tcgcatccag atgatcgacg accagcagac ccatcgtatt 1260

cccgccgacg atgccggggt ggcgcatttg gccaccttcc tcggctatga cgaccccgcc 1320

gccttccggg cggaactgct ggcgacgctg gggcaggtgg aggaccgcta tgccgagctg 1380

ttcgaggagg cgccgtcgct ttccggcccc ggcaatctgg tcttcaccgg caccgacccc 1440

gatccgggca cgatggagac gctgaagggc atgggcttcg ccgatccggc ccgcgtcatc 1500

agcgtggtgt cggcctggca tcgcggccgc taccgcgcca cccggtcggg ccgggcgcgg 1560

gagctgctga cggagctgac gccggccctg ctgagtgcgc tgaccaagac cccggccccc 1620

gattcggcgc tgatgaactt cgacgatttc ctcggcaagc tgccggccgg cgtcggtctg 1680

ttctcgctgt tcgtcgccaa tccctggctc ctggagctgg tggcggagat catgggcatc 1740

gcgccgcaga tggcgcagac gctgtcgcgc aacccgtcgc tgctcgacgc cgtgctgtcg 1800

ccggacttct tcgacccgct gccgggcaag gaggacgggc tggccgacga ccacgcccgc 1860

gtgatggcgc cggcccgcga tttcgaggat gcgctgaccc tgtcgcggcg ctggaccaac 1920

gaccagcgct tccgcgccgg ggtgcatatc ctgcgcggca tcaccgatgg cgaccgctgc 1980

ggcgccttcc tggccgatct ggccgacatc gtcgtccccg accttgcccg ccgggtggag 2040

gaggagttcg cccagcgcca cggccatatt cccggcggcg cctgggtggt ggtggcgatg 2100

ggcaagctcg gcagccggca gctgaccatc acgtccgaca tcgacctgat cgtcatctac 2160

gatgtggcgc cgggccaagg gggcgggggc ggtccccgct tgtcggatgg tgccaagccg 2220

ctgtcgccca acgagtatta catcaagctg actcagcgtc tgaccaacgc cattaccgcg 2280

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gggccgctcg ccacctcgct ggacgctttc ctgaaatatc aggcgaccga tgcctggacc 2400

tgggagcata tggccctgac ccgcgcccgg gtgatcggcg gtgatgcgga gctggccggg 2460

cgggtgtcgg cagcgatccg ctcggtgctg acggcgccgc gcgatgccga ccggctgctg 2520

tgggacgtgg ccgacatgcg gcggcggatc gagaaggagt tcgggacgac caatgtctgg 2580

aacgtcaaat acgcccgcgg cggcctgatc gacatcgagt tcatcgccca gtacctgcaa 2640

ctgcgccatg gtcacgagcg gccggacatc ctgcacatcg gcaccgccaa ggcgctgggc 2700

tgcgccgccc ggacgggcgc gctggcgccg gaggtggcgg aggatctgga gacgacgctg 2760

cggctgtggc ggcgggtgca gggctttctg cggttgacca ccgccggggt gctcgatccc 2820

aatcaggtgt cgcccagcct gctggccggg ctggtccgcg ccgcctttcc tgctgacttt 2880

cagggcgagc gtgagcctgg cactgttgac ttccccgaac tggaccacaa aatccgtgcc 2940

gtcgccgccc gcgcccatgg tcatttcaag accctggtcg aggaaccggc gggccgtctg 3000

gccccacccg ccaccacgcc tccagcctga 3030

<210> 175

<211> 1440

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1440)

<223> amtB1

<400> 175

atgaaccgtc tgttccttat ggccgcaccg atgatggcgg ttgctctggg cgcggtcggc 60

atgccggccg cagcccttgc ccaggatccg gcggctgccg ccgctgccgc ggctgcggct 120

gcggctgccg ccgctgctgc cgcaccggcg gctccggcgc tgaatggcgg cgacaccgcc 180

tggatgctca tctccaccgc gctggtgctg atgatgacca tccccggcct ggcgctgttc 240

tacggcggca tggtccgcaa gatgaacgtg ctgtcgacgg tgatgcagag cttcgccatc 300

acctgcctga tcagcgtcct gtggtacgtc atcggctaca gcctggcctt caccggcacc 360

ggtgcctatg tcggcggtct cgaccggctg ttcctcaacg ggctcgactt cacgaaggcc 420

ttcgtgctgg gcgaggcgac cgggtcgggc gtcccgacga ccatccccga gccggtcttc 480

atgatgttcc agatgacctt tgcgatcatc accccggccc tgatcaccgg cgccttcgcc 540

gaccgcatga agttctcctc cctgctggtc ttcaccgcgc tgtggtcgat cgtggtctat 600

gcgccgatcg cccactgggt ctggtacccg tcgggcttcc tgttcggcct gggcgtgctg 660

gacttcgccg gcggcacggt cgtgcacatc aacgccggcg tcgccggcct ggtcgccgcg 720

ctggtgatcg gcaagcgcaa gggctacccg aaggaagcct tcatgccgca caacctggtg 780

ctgtcgctga tcggcgcctc gctgctgtgg gtcggctggt tcggcttcaa cgccggttcg 840

gccctgaccg ccggtccgcg tgccggcatg gcgctggccg ccacgcacat cgccaccgcc 900

ggtgccgcca tgggctggct gttcgcggag tggatcgtca agggcaagcc gtcgatcctc 960

ggcatcatct ccggcgccgt cgccggcctg gtcgcggtga ccccggccgc cggcttcgtc 1020

gacccgacgg gcgccatcgt catcggcatc gtcgccggcg tggtctgctt ctggtcggcc 1080

accagcctca agcacatgct gggctatgac gacagcctgg acgccttcgg cgtgcacggc 1140

gtcggcggcc tgatcggcgc catcctgacc ggcgtcttcg ccaagatgtc ggtgtccaac 1200

agcgaaggcg gcttcgcctc cgtcctgcag gccgacccga aggccacgct gggcctgctg 1260

gaaggcaacg ccgccgccgt ctggatccag gtccagggcg tcctctacac catggtctgg 1320

tgcgccatcg ccaccttcgt cctgctgaag atcgtcgatg tggtcatggg cctgcgcgtc 1380

gaagaggatg tggagcgcga cggtctcgac ctcgccctgc atggcgagag catccactaa 1440

<210> 176

<211> 1227

<212> DNA

<213> 产脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1227)

<223> amtB2

<400> 176

atggatgcgg caaagacggg tggcgacgtc cttttcgtgc tgatgggcgc ggtgatggtg 60

ctggcgatgc attgcggctt cgccctgctg gaggtcggga cggtccggcg caagaatcag 120

gtcaacgcgc tggtgaagat cctgtcggac ttcgccatgt cgaccatcgc ctattttttc 180

gtcggttatg ccgtggccta cggcatcgac ttcttcgccg acgcccacac gctggtcggc 240

aagggaagcg gcgggttcgc ggcctatggc tacgatctgg tgaagttctt cttcctggcg 300

accttcgccg ccgcggtgcc ggccatcgtc tcgggcggca tcgccgagcg tgctaggttc 360

tggccgcagg ccgccgccac gctggcgctg atcgcgctgt tctatccatt gctggaaggc 420

acggtctggg gcacccgctt cggcctgcaa agctggatgg ccgcgacctt cggccagcct 480

ttccacgact tcgccggatc tgtggtggtg catgccttcg gcggctgggt ggcgctgggt 540

gccgtgctga acctcggcaa ccgccgcggc cgctaccgtc cgaacggctc gctgatcgcc 600

attccgccgt cgaacatccc cttcctggcg ctgggcgcct gggtgctgtg cgtggggtgg 660

ttcggcttca acgtgatgag cgcccaggtg ctggatggcg tgacgggtct ggtggcgctg 720

aactcgctga tggcgatggt cggcggcatc gtcacctcgc tggtgatcag ccgcaccgat 780

cccggcttcg tccacaacgg cgcgctggcc ggtctggtgg cggtctgcgc cgggtccgac 840

gtgatgcacc cgctgggcgc gctggtcacc ggcggcatcg ccgggctgct gttcgtctgg 900

gccttcaaca aatgccagat cgactggaag atcgacgacg tgctgggcgt ctggccgctg 960

cacggtctgt gcggcctgac cggcggcctg ctggccggcg tcttcgggca ggaggcactg 1020

ggcggccttg gcggcgtgtc gatcctcagc cagatcgtcg gcacggcaag cggcgccagc 1080

ttcggattcg tctcgggtct ggcggtctac ggcctgctgc gcgtcaccgt cggcatccgc 1140

ctcgatcccg agcaggagta caagggcgcc gacttgtcgt tgcaccatat caccgcgtac 1200

ccggaagagg acgcgccgac cctgtaa 1227

<210> 177

<211> 613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(613)

<223> Δ-nifL::PinfC

<400> 177

atgaccctga atatgatgat ggattcttgg ttctctggag cgctttatcg gcatcctgac 60

tgaagaattt gcaggcttct tcccaacctg gcttgcaccc gtgcaggtag ttgtgatgaa 120

catcactgat tcgcaggctg aatacgttaa cgaattgacc cgtaaactgc aaaatgcggg 180

cattcgtgta aaagcagact tgagaaacga gaagattggc tttaaaatcc gcgagcacac 240

tttacgtcgt gtcccttata tgctggtttg tggtgacaaa gaggtcgaag ccggcaaagt 300

tgctgtgcgt acccgtcgcg gtaaagacct gggtagcctg gacgtaaatg atgttatcga 360

gaagctgcaa caagagattc gcagccgcag tcttcaacaa ctggaggaat aaggtattaa 420

aggcggaaaa cgagttcaaa cggcgcgtcc caatcgtatt aatggcgaga ttcgcgccac 480

ggaagttcgc ttaacaggtc tggaaggcga gcagcttggt attgcgatag aactcacttc 540

acgccccgaa gggggaagct gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt cactgaccgg 600

aggttcaaaa tga 613

<210> 178

<211> 1613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1613)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::PinfC

<400> 178

accggataag agagaaaagt gtcgacgtcg gtccggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agctcgccca gtttttggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

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ggaaaatgcg gtgaacatgt cagctattgc gaagagtgtg ccagttttgc tcacgggcaa 240

aagctgcacc agaatgggta ttaatgcacc agcctggcgc tttttttcgc ggcacgtccc 300

ctcgctaatg cccgtctggc gcggctttga cgctgataag gcgctgaata ccgatctgga 360

tcaaggtttt gtcgggttat cgtccaaaag gtgcactctt tgcatggtta taagtgcctg 420

acatggtgtc cgggcgaacg tcgccaggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

accgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggattcttgg ttctctggag 540

cgctttatcg gcatcctgac tgaagaattt gcaggcttct tcccaacctg gcttgcaccc 600

gtgcaggtag ttgtgatgaa catcactgat tcgcaggctg aatacgttaa cgaattgacc 660

cgtaaactgc aaaatgcggg cattcgtgta aaagcagact tgagaaacga gaagattggc 720

tttaaaatcc gcgagcacac tttacgtcgt gtcccttata tgctggtttg tggtgacaaa 780

gaggtcgaag ccggcaaagt tgctgtgcgt acccgtcgcg gtaaagacct gggtagcctg 840

gacgtaaatg atgttatcga gaagctgcaa caagagattc gcagccgcag tcttcaacaa 900

ctggaggaat aaggtattaa aggcggaaaa cgagttcaaa cggcgcgtcc caatcgtatt 960

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attgcgatag aactcacttc acgccccgaa gggggaagct gcctgaccct acgattcccg 1080

ctatttcatt cactgaccgg aggttcaaaa tgacccagcg aaccgagtcg ggtaataccg 1140

tctggcgctt cgatttatcc cagcagttca ccgcgatgca gcggataagc gtggttctca 1200

gccgggcgac cgaggttgaa cagacactcc agcaggtgct gtgcgtattg cacaatgacg 1260

cctttttgca gcacggcatg atctgtctgt acgacagcca gcaggcgatt ttgactattg 1320

aagcgttgca ggaagccgat cagcagttga tccccggcag ctcgcaaatt cgctaccgtc 1380

cgggtgaagg gctggtcggg acggtgcttt cgcaggggca atcgttagtg ctggcgcgtg 1440

tggctgacga tcagcgcttt cttgaccgcc tgggactgta tgattacaac ctgccgttta 1500

tcgccgtgcc gctgataggg ccggatgcgc agacttttgg cgtgctgacg gcgcaaccga 1560

tggcgcgtta cgaagagcgg ttacccgcct gcacccgctt tctggaaacg gtc 1613

<210> 179

<211> 1185

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1185)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 179

tccctgtgcg ccgcgtcgcc gatggtggcc agccaactgg cgcgctaccc gatcctgctc 60

gatgaactgc tcgacccgaa cacgctctat caaccgacgg cgatgaacgc ctatcgcgat 120

gaactgcgac aatacctgtt gcgcgtgccg gaagaggatg aagagcagca actggaggcg 180

ctacggcagt ttaagcaggc gcagttgttg cgcgtagcgg cggcggatat cgccggtacg 240

ttacccgtca tgaaagtgag cgatcactta acctggctgg cggaagcgat tatcgatgcg 300

gtggtgcagc aagcctggaa ccagatggtg gcgcgttacg gccagccgac gcatctgcac 360

gatcgcgaag ggcgcggttt cgccgtggtc ggttacggca aacttggcgg ctgggaatta 420

ggttacagct ccgatctgga tctggtgttc ctgcacgact gccccatgga tgtgatgacc 480

gatggcgagc gtgaaatcga tggccgccag ttctatttgc gcctcgcgca gcgcgtgatg 540

cacctgttca gcacgcgcac gtcgtccggc attctttatg aagtcgatgc gcgtttgcgc 600

ccgtccggcg cggccggaat gctggtgacc actgcggaag cgttcgccga ttatcaaaaa 660

aatgaagcct ggacatggga gcatcaggcg ctggcgcgtg cgcgcgtggt gtacggcgat 720

ccgcaactga ccgccgaatt tgacgccatt cgccgcgata tcctgatgac ctcccgcgat 780

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<210> 180

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2085)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 180

taaagcgagc gctcacttac gtgatctgtt gacgcagtcc gaagcgacca ttacttcagc 60

cgtttcagca gatacggcgg tgtggagtgc gcaatcagcc ctggcgaaac tggtgctcac 120

cgagtggtta gtgacgcagg gctggcgaac cttccttgat gaaaaagcgc aggctaagtt 180

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aaaagccttt gcccagccgc tgggcgacag ctatcgcgac cagttaccgc ggctggcgcg 300

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cggcggatat cgccggtacg ttacccgtca tgaaagtgag cgatcactta acctggctgg 780

cggaagcgat tatcgatgcg gtggtgcagc aagcctggaa ccagatggtg gcgcgttacg 840

gccagccgac gcatctgcac gatcgcgaag ggcgcggttt cgccgtggtc ggttacggca 900

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cgttcgccga ttatcaaaaa aatgaagcct ggacatggga gcatcaggcg ctggcgcgtg 1200

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ccgagcgtgc gcttatcaaa accagctggg acaagtggct ggtggaaccg tgcgccccgg 1680

cgtaagtgtg gtatcatcgc gcgcaaattt tgtatctctc aggagacagg aatgaaagtt 1740

acgctgccag agttcaatca agccggtgtc atggtggtgg gtgatgtgat gctggatcgc 1800

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<210> 181

<211> 461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(461)

<223> Δ-nifL::Prm1

<400> 181

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ctgattaaaa aagcgccctc gcggcgcttt ttttatattc tcgactccat ttaaaataaa 120

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gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg a 461

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<211> 1461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1461)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1

<400> 182

accggataag agagaaaagt gtcgacgtcg gtccggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agctcgccca gtttttggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgcgg 180

ggaaaatgcg gtgaacatgt cagctattgc gaagagtgtg ccagttttgc tcacgggcaa 240

aagctgcacc agaatgggta ttaatgcacc agcctggcgc tttttttcgc ggcacgtccc 300

ctcgctaatg cccgtctggc gcggctttga cgctgataag gcgctgaata ccgatctgga 360

tcaaggtttt gtcgggttat cgtccaaaag gtgcactctt tgcatggtta taagtgcctg 420

acatggtgtc cgggcgaacg tcgccaggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

accgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccagc cgttctgtaa 540

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aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg 840

gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac gccccgaagg 900

gggaagctgc ctgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 960

acccagcgaa ccgagtcggg taataccgtc tggcgcttcg atttatccca gcagttcacc 1020

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2085)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1461)

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<222> (1)..(2085)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

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<220>

<223> 合成多核苷酸

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1451)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm7

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accggataag agagaaaagt gtcgacgtcg gtccggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

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<223> 合成多核苷酸

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ctggagaact ggcaggagct tcaccgtgca atagcacatg acgatcgcag cgtctttgaa 420

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<210> 193

<211> 613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(613)

<223> Δ-nifL::PinfC

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<210> 194

<211> 1613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1613)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::PinfC

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2155)

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<212> DNA

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(412)

<223> Δ-nifL::Prm8.2

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1389)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm8.2

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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atagccggat cgttcaaacg gtttgccgat attaacctct cgcgggtggc ggccgagctg 240

cgcagcgccg tgcagcatct ggcggttgaa gatgccgccg accagttgcc gaagctgtcc 300

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tttcaggcca gggagccctt atggcgctga agcacctgat cacgctctgc gcggcgtcgc 540

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ccgcagccga tgcatgagcg cattcagcag gcgctgggag ccattggcgc actgg 2155

<210> 201

<211> 413

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(413)

<223> Δ-nifL::Prm6.2

<400> 201

atgaccctga atatgatgct cgagctaaag ttctcggcta atcgctgata acatttgacg 60

caatgcgcaa taaaagggca tcatttgatg ccctttttgc acgctttcat accagaacct 120

ggctcatcag tgattttttt tgtcataatc attgctgaga caggctctga agagggcgtt 180

tatacaccaa accattcgag cggtagcgcg acggcaagtc agcgttctcc tttgcaatag 240

cagggaagag gcgccagaac cgccagcgtt gaagcagttt gaacgcgttc agtgtataat 300

ccgaaactta atttcggttt ggagccattg agctggcttc ccgaccgcag ggcggcacct 360

gcctgaccct gcgtttcccg ctgtttaaca ccctgaccgg aggtgaagca tga 413

<210> 202

<211> 1413

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1413)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm6.2

<400> 202

ggccgtcgcc cagcgtcggc gtccccaaca gcagggccgg gtaggccagc aggtccgcca 60

gcgtggcgcg gttaatattg accggggcgg cggcggcctc ccccagctgc ttgtggatca 120

ttttcgcgat cttgcgggtt ttaccggtat cggtaccaaa gaaaatgcca atgttcgcca 180

tagtacgctc ctgtcggaat ggtgttgaaa aaaggaatga cgacagaggt attgcgaagg 240

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tcacgatgcc gcgcgccaaa ggcgcacccg gcggggcgaa aggtaaaaat ccgtgaattt 360

tccccctgtc ggatcaatgt ttcgcgtggt cgttccgata agggcgcaca ctttgcatgg 420

ttatccgggt tcggcttacc ccgccgcgtt ttgcgcacgg tgtcggacaa tttgtcataa 480

ctgcgacaca ggagtttgcg atgaccctga atatgatgct cgagctaaag ttctcggcta 540

atcgctgata acatttgacg caatgcgcaa taaaagggca tcatttgatg ccctttttgc 600

acgctttcat accagaacct ggctcatcag tgattttttt tgtcataatc attgctgaga 660

caggctctga agagggcgtt tatacaccaa accattcgag cggtagcgcg acggcaagtc 720

agcgttctcc tttgcaatag cagggaagag gcgccagaac cgccagcgtt gaagcagttt 780

gaacgcgttc agtgtataat ccgaaactta atttcggttt ggagccattg agctggcttc 840

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ctgccggcct gcacccgttt tctcgaaacc gtc 1413

<210> 203

<211> 513

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(513)

<223> Δ-nifL::Prm1.2

<400> 203

atgaccctga atatgatgct cgagcccgct gaccgaccag aacttccacc ttggactcgg 60

ctataccctt ggcgtgacgg cgcgcgataa ctgggactac atccccattc cggtgatctt 120

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ctacaataac ggtaacgttt acttcgcctg ggctcgtata cagttttaat tcgctaagtc 240

ttagcaataa atgagataag cggtgtgtct tgtggaaaaa caaggactaa agcgttaccc 300

actaaaaaag atagcgactt ttatcacttt ttagcaaagt tgcactggac aaaaggtacc 360

acaattggtg tactgatact cgacacagca ttagtgtcga tttttcatat aaaggtaatt 420

ttggccattg agctggcttc ccgaccgcag ggcggcacct gcctgaccct gcgtttcccg 480

ctgtttaaca ccctgaccgg aggtgaagca tga 513

<210> 204

<211> 1513

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1513)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1.2

<400> 204

ggccgtcgcc cagcgtcggc gtccccaaca gcagggccgg gtaggccagc aggtccgcca 60

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tagtacgctc ctgtcggaat ggtgttgaaa aaaggaatga cgacagaggt attgcgaagg 240

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tctcgaaacc gtc 1513

<210> 205

<211> 1155

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1155)

<223> glnE-Δ-AR-2 36bp缺失

<400> 205

atggcgctga agcacctgat cacgctctgc gcggcgtcgc cgatggtcgc cagccagctg 60

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gtcagcgatc acttaacctg gcttgccgaa gcgatcctcg acgcggtggt gcagcaggca 300

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cgctttgacg ccattcgtcg cgatatcctg accaccccgc gggaggggat gaccctgcag 780

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tggctgatgg cttaa 1155

<210> 206

<211> 2155

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2155)

<223> glnE-Δ-AR-2 36bp缺失

<400> 206

cgtaaggcga ccacccagct ccgcgcgttg ctgaacgacg ctgaagccgt tctgctggcc 60

gcggacaccg ccgacgaggc gttattccgc accgaggtcg tcggcgccaa actggccctg 120

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cgcagcgccg tgcagcatct ggcggttgaa gatgccgccg accagttgcc gaagctgtcc 300

cgcgacatcg acagcgtcca gctgctggcg ggcgcctatg gcgacgccgt cgcgccgtgg 360

ctggagaact ggcaggagct tcaccgtgca atagcacatg acgatcgcag cgtctttgaa 420

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gtaccctgcc ggtgatgaag gtcagcgatc acttaacctg gcttgccgaa gcgatcctcg 780

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ccctgcagga gcagccggga cacgtggcgc cagaggcctt cagccgggag cgtcagcagg 1620

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aatgtgaagt gcgacttcgt ctccgtcccg actcacccga ccatcaccaa gctgcgggtg 2040

ctgtcgcgca atcagcagct gatccgcctc gactttgaag agggcttctc cggcgtggat 2100

ccgcagccga tgcatgagcg cattcagcag gcgctgggag ccattggcgc actgg 2155

<210> 207

<211> 613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(613)

<223> Δ-nifL::PinfC

<400> 207

atgaccctga atatgatgct agaagcgtca ggtaccggtc atgattcacc gtgcgattct 60

cggttccctg gagcgcttca ttggcatcct gaccgaagag ttcgctggct tcttcccaac 120

ctggattgca ccagtgcagg tagtggtcat gaatattacc gattctcagg ctgaatacgt 180

taacgaattg acgcgtaaac tacaaaatgc gggcattcgt gtaaaagcag acttgagaaa 240

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aggtgaagca tga 613

<210> 208

<211> 1613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1613)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::PinfC

<400> 208

ggccgtcgcc cagcgtcggc gtccccaaca gcagggccgg gtaggccagc aggtccgcca 60

gcgtggcgcg gttaatattg accggggcgg cggcggcctc ccccagctgc ttgtggatca 120

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tagtacgctc ctgtcggaat ggtgttgaaa aaaggaatga cgacagaggt attgcgaagg 240

ctgtgccagg ttgccctgca ccgcgacggc ccatccctgc cccatcagga tcgcttcgca 300

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cctttatgca gcacgggatg atctgcctgt acgacagcga gcaggagatc ctcagtatcg 1320

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tcgccgtacc gttgatgggg cccaacgccc ggccaatagg ggtgctggcg gcccagccga 1560

tggcgcgcca ggaagagcgg ctgccggcct gcacccgttt tctcgaaacc gtc 1613

<210> 209

<211> 1191

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1191)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 209

atggcgctga agcacctgat cacgctctgc gcggcgtcgc cgatggtcgc cagccagctg 60

gcgcgccacc cgctgctgct ggatgagctg ctggatccca acaccctcta tcagccgacg 120

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gcggcggata tcgctggtac cctgccggtg atgaaggtca gcgatcactt aacctggctt 300

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gcccgcgtgg tctatggcga cccggcgctg caggcgcgct ttgacgccat tcgtcgcgat 780

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cgggagcgtc agcaggtcag cgccagctgg cagaagtggc tgatggctta a 1191

<210> 210

<211> 2191

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2191)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 210

cgtaaggcga ccacccagct ccgcgcgttg ctgaacgacg ctgaagccgt tctgctggcc 60

gcggacaccg ccgacgaggc gttattccgc accgaggtcg tcggcgccaa actggccctg 120

actgaatggc tggtccagcg cggctggcgt ccgttcctca acgaggcagg agagaaaaaa 180

atagccggat cgttcaaacg gtttgccgat attaacctct cgcgggtggc ggccgagctg 240

cgcagcgccg tgcagcatct ggcggttgaa gatgccgccg accagttgcc gaagctgtcc 300

cgcgacatcg acagcgtcca gctgctggcg ggcgcctatg gcgacgccgt cgcgccgtgg 360

ctggagaact ggcaggagct tcaccgtgca atagcacatg acgatcgcag cgtctttgaa 420

tatttccgtc gccaggcgct ggctgccgag ccgttctggc tgcatagtgg aaaacgataa 480

tttcaggcca gggagccctt atggcgctga agcacctgat cacgctctgc gcggcgtcgc 540

cgatggtcgc cagccagctg gcgcgccacc cgctgctgct ggatgagctg ctggatccca 600

acaccctcta tcagccgacg gcgaccgatg cctatcgcga cgagctgcgc cagtacctgc 660

tgcgcgtgcc ggaagaggat gaagagcagc agctggaggc gttgcgccag tttaagcagg 720

cgcagcagct gcatatcgcg gcggcggata tcgctggtac cctgccggtg atgaaggtca 780

gcgatcactt aacctggctt gccgaagcga tcctcgacgc ggtggtgcag caggcatggg 840

ggcagatggt cgctcgctac ggccagccga cccacctgca cgatcgccag ggtcgcggct 900

tcgccgtcgt cggctacggt aagcttggcg gctgggagct gggctacagc tccgatctcg 960

atctggtgtt cctccatgac tgcccggcgg aggtgatgac cgacggcgag cgggagattg 1020

acggccgtca gttctacctg cggctggccc agcggatcat gcacctgttc agcacccgca 1080

cctcgtccgg tattctctac gaagtggacg cccggctgcg tccttctggc gcggcgggga 1140

tgctggtcac caccgccgac gcgtttgctg actatcagca gaacgaagcc tggacgtggg 1200

aacatcaggc gctggtgcgc gcccgcgtgg tctatggcga cccggcgctg caggcgcgct 1260

ttgacgccat tcgtcgcgat atcctgacca ccccgcggga ggggatgacc ctgcagaccg 1320

aggttcgcga gatgcgcgag aagatgcgcg cccaccttgg caacaaacat cccgatcgtt 1380

ttgatatcaa agccgatgcc ggcgggatca ccgatattga atttattact cagtatctgg 1440

tcctacgcta tgccagtgac aagccgaagc tgacccgctg gtctgacaac gtgcgtattc 1500

ttgagctgct ggcgcagaac gacatcatgg acgaggagga ggcgcgcgcc ttaacgcatg 1560

cgtacaccac cttgcgtgat gcgctccatc acctggccct gcaggagcag ccgggacacg 1620

tggcgccaga ggccttcagc cgggagcgtc agcaggtcag cgccagctgg cagaagtggc 1680

tgatggctta actataaaat cgggtgtgct attatcgcgc gcaaagtttg cgtctcgcag 1740

gagagagtca tgaaagtaac gctgccggag tttgaacgtg caggagtgtt ggtggtgggt 1800

gatgtgatgc tggaccgcta ctggtacggc cccaccagtc gtatttcccc ggaagccccg 1860

gtgccggtgg tgaaggtgga aaatatcgaa gaacgtcctg gcggcgcggc aaacgtagcg 1920

atgaacatcg cctccctggg ggcaacgtcg cgcctggtgg gattgaccgg gattgatgac 1980

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gtcccgactc acccgaccat caccaagctg cgggtgctgt cgcgcaatca gcagctgatc 2100

cgcctcgact ttgaagaggg cttctccggc gtggatccgc agccgatgca tgagcgcatt 2160

cagcaggcgc tgggagccat tggcgcactg g 2191

<210> 211

<211> 1188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1188)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 211

atggcgctca aacagttaat ccgtctgtgt gccgcctcgc cgatggtcgc gacacaactt 60

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gaagaacagc agcttgaagc cgtgcgccag ttcaaacagg cccagcattt gcgtatcgca 240

gccggggata tttccggggc attgccggtg atgaaagtca gtgaccattt aacctacctt 300

gccgaggcca ttctcgatgt cgtggtgcag catgcgtggg aacaaatggt cgtaaaatac 360

gggcagcccg cgcatcttca gcaccgtgag gggcgcggtt ttgccgtggt cggttacggg 420

aaactcggtg gctgggagct gggttatagc tcagatctgg atctggtctt cctgctcgat 480

tgcgcgccgg aggtgatgac ggacggcgaa cgcagcatcg acggacgtca gttttatctt 540

cggctggcgc agcgcattat gcacttattc agcacccgga catcgtcagg cattctttac 600

gaggttgatc cgcgtctgcg accttccggc gcatccggca tgctggtcag taccattgaa 660

gcgtttgcag attatcaggc caatgaagcc tggacgtggg agcatcaggc gctggttcgc 720

gcgcgcgtgg tttacgggga tccgcaactg acacagcaat ttaacgccac gcgtcgcgac 780

attctttgcc gccagcgcga tggcgacggc ctgcgtaagg aggtccgtga aatgcgcgag 840

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ggtggcatca cggatattga attcattgca caatacctgg ttctgcgttt cgcgcatgat 960

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gacatcatgc cggaagagga agcgcgccat ctgacgcagg cttatgtgac gctgcgcgat 1080

gaaattcatc atctggcgtt gcaggaacac agcgggaaag tggccgcgga cagctttgct 1140

actgagcgcg cgcagatccg tgccagctgg gcaaagtggc tcggctga 1188

<210> 212

<211> 2188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2188)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 212

cggtactgga acagaaatcg gcggatgcgc aggaaatttg ttatgacacg gcctgtctga 60

agtgcaagtt agtgcttact tcctggctgg caacctcagg ctggacgccg tttattgatg 120

ataaatctgc gaagaaactg gacgcttcct tcaaacgttt tgctgacatc atgctcggtc 180

gtaccgcagc ggatctgaaa gaagcctttg cgcagccact gacggaagaa ggttatcgcg 240

atcagctggc gcgcctgaaa cgccagatca ttaccttcca tttgcttgcc ggtgcttacc 300

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agcagcaaca cgcctgggag gattcggccc gttctcacgc ggtgatgatg gatgctttct 420

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catcgtcagg cattctttac gaggttgatc cgcgtctgcg accttccggc gcatccggca 1140

tgctggtcag taccattgaa gcgtttgcag attatcaggc caatgaagcc tggacgtggg 1200

agcatcaggc gctggttcgc gcgcgcgtgg tttacgggga tccgcaactg acacagcaat 1260

ttaacgccac gcgtcgcgac attctttgcc gccagcgcga tggcgacggc ctgcgtaagg 1320

aggtccgtga aatgcgcgag aaaatgtatg cccatctggg gagtaaaaaa gcccacgagt 1380

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tgatcggcct gaccggcgta gacgacgctg cgcgtgccct cagtgagcgt ctggcagaag 2040

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ttttgtcccg taaccagcaa ctgatccgcc tcgactttga ggaaggtttt gaaggcgttg 2160

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<210> 213

<211> 635

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(635)

<223> Δ-nifL::Prm6.1

<400> 213

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

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cggtacagca ggttatcacc ggaggcttaa aatga 635

<210> 214

<211> 1635

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1635)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm6.1

<400> 214

tgtttcgtct cgaggccggg caactgagcg gccccgttga aaccgacctg ggctggcatc 60

tgttgttgtg cgaacaaatt cgcctgccgc aacccttgcc gaaagccgaa gccttaacgc 120

gggtgcgtca gcaactgatt gcccggcaac agaaacatta tcagcgccag tggctgcaac 180

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<210> 215

<211> 635

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(635)

<223> Δ-nifL::Prm6.1

<400> 215

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg aatttttttt cacaaagcgt 240

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ttgacattac cgataatgtg ccgcgtgaac gggtgcgtta tgcccgcccg gaagcggcgt 480

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cggtacagca ggttatcacc ggaggcttaa aatga 635

<210> 216

<211> 1635

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1635)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm6.1

<400> 216

tgtttcgtct cgaggccggg caactgagcg gccccgttga aaccgacctg ggctggcatc 60

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gggtgcgtca gcaactgatt gcccggcaac agaaacatta tcagcgccag tggctgcaac 180

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<210> 217

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(786)

<223> Δ-nifL::Prm7.1

<400> 217

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

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<211> 1786

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1786)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm7.1

<400> 218

gtttcgtctc gaggccgggc aactgagcgg ccccgttgaa accgacctgg gctggcatct 60

gttgttgtgc gaacaaattc gcctgccgca acccttgccg aaagccgaag ccttaacgcg 120

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actgatcaac gcctgagcct gttctccttc ttgttgatgc agacgggtta atgcccgttt 240

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gaagctctcg gtgaacattg ttgcgaggca ggatgcgagc tggttgtgtt ttgacattac 1080

cgataatgtg ccgcgtgaac gggtgcgtta tgcccgcccg gaagcggcgt tttcccgtcc 1140

ggggaatggc atggagctgc gccttatcca gacgctgatc gcccatcatc gcggttcttt 1200

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agcaacaccg ggcgcgcact ggcggcgatc ctcgaagtgc ttcacgatca tgcatttatg 1440

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(993)

<223> Δ-nifL::Prm1.2

<400> 219

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg tgaacatcac tgatgcacaa 240

gctacctatg tcgaagaatt aactaaaaaa ctgcaagatg caggcattcg cgttaaagcc 300

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<210> 220

<211> 1993

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1993)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1.2

<400> 220

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<210> 221

<211> 993

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(993)

<223> Δ-nifL::Prm1.2

<400> 221

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<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1993)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1.2

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<220>

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<223> 合成多核苷酸

<220>

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<222> (1)..(2188)

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<223> 合成多核苷酸

<220>

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1663)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm3.1

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atctctcggt ccgccctgat ggcggcacct tgctgacgtt acgcctgccg gtacagcagg 1140

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tgatatgtct gcccagttta cggcgcttta tcgcatcagc gtggcgctga gtcaggaaag 1260

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<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1188)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 227

atggcgctca aacagttaat ccgtctgtgt gccgcctcgc cgatggtcgc gacacaactt 60

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gagccgggcg cttaccgcga cgaactgcgt cagtatctga tgcgggtgcc aacagaagac 180

gaagaacagc agcttgaagc cgtgcgccag ttcaaacagg cccagcattt gcgtatcgca 240

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gcgtttgcag attatcaggc caatgaagcc tggacgtggg agcatcaggc gctggttcgc 720

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attctttgcc gccagcgcga tggcgacggc ctgcgtaagg aggtccgtga aatgcgcgag 840

aaaatgtatg cccatctggg gagtaaaaaa gcccacgagt ttgatctgaa agccgatccg 900

ggtggcatca cggatattga attcattgca caatacctgg ttctgcgttt cgcgcatgat 960

gagccgaagc tgacgcgctg gtctgataac gtgcggattt ttgaactgat ggcacgatat 1020

gacatcatgc cggaagagga agcgcgccat ctgacgcagg cttatgtgac gctgcgcgat 1080

gaaattcatc atctggcgtt gcaggaacac agcgggaaag tggccgcgga cagctttgct 1140

actgagcgcg cgcagatccg tgccagctgg gcaaagtggc tcggctga 1188

<210> 228

<211> 2188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2188)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 228

cggtactgga acagaaatcg gcggatgcgc aggaaatttg ttatgacacg gcctgtctga 60

agtgcaagtt agtgcttact tcctggctgg caacctcagg ctggacgccg tttattgatg 120

ataaatctgc gaagaaactg gacgcttcct tcaaacgttt tgctgacatc atgctcggtc 180

gtaccgcagc ggatctgaaa gaagcctttg cgcagccact gacggaagaa ggttatcgcg 240

atcagctggc gcgcctgaaa cgccagatca ttaccttcca tttgcttgcc ggtgcttacc 300

ctgaaaaaga cgtcgatgcg tatattgccg gctgggtgga cctgcaacag gccatcgttc 360

agcagcaaca cgcctgggag gattcggccc gttctcacgc ggtgatgatg gatgctttct 420

ggttaaacgg gcaacctcgt taactgactg actagcctgg gcaaactgcc cgggcttttt 480

tttgcaagga atctgatttc atggcgctca aacagttaat ccgtctgtgt gccgcctcgc 540

cgatggtcgc gacacaactt gcacgtcatc ctttattgct cgatgaactg ctcgacccgc 600

gcacgcttta ccagccgatt gagccgggcg cttaccgcga cgaactgcgt cagtatctga 660

tgcgggtgcc aacagaagac gaagaacagc agcttgaagc cgtgcgccag ttcaaacagg 720

cccagcattt gcgtatcgca gccggggata tttccggggc attgccggtg atgaaagtca 780

gtgaccattt aacctacctt gccgaggcca ttctcgatgt cgtggtgcag catgcgtggg 840

aacaaatggt cgtaaaatac gggcagcccg cgcatcttca gcaccgtgag gggcgcggtt 900

ttgccgtggt cggttacggg aaactcggtg gctgggagct gggttatagc tcagatctgg 960

atctggtctt cctgctcgat tgcgcgccgg aggtgatgac ggacggcgaa cgcagcatcg 1020

acggacgtca gttttatctt cggctggcgc agcgcattat gcacttattc agcacccgga 1080

catcgtcagg cattctttac gaggttgatc cgcgtctgcg accttccggc gcatccggca 1140

tgctggtcag taccattgaa gcgtttgcag attatcaggc caatgaagcc tggacgtggg 1200

agcatcaggc gctggttcgc gcgcgcgtgg tttacgggga tccgcaactg acacagcaat 1260

ttaacgccac gcgtcgcgac attctttgcc gccagcgcga tggcgacggc ctgcgtaagg 1320

aggtccgtga aatgcgcgag aaaatgtatg cccatctggg gagtaaaaaa gcccacgagt 1380

ttgatctgaa agccgatccg ggtggcatca cggatattga attcattgca caatacctgg 1440

ttctgcgttt cgcgcatgat gagccgaagc tgacgcgctg gtctgataac gtgcggattt 1500

ttgaactgat ggcacgatat gacatcatgc cggaagagga agcgcgccat ctgacgcagg 1560

cttatgtgac gctgcgcgat gaaattcatc atctggcgtt gcaggaacac agcgggaaag 1620

tggccgcgga cagctttgct actgagcgcg cgcagatccg tgccagctgg gcaaagtggc 1680

tcggctgagg gtttttattc ggctaacagg cgcttgtgat attatccggc gcattgtatt 1740

tacccgattt gatttatctg ttttggagtc ttgggatgaa agtgactttg cctgattttc 1800

accgcgcagg tgtgctggtt gtcggtgacg taatgttaga ccgttactgg tatggcccga 1860

ccaatcgtat ttctccggaa gctccggtgc cggtggtgaa ggtcagtacc attgaagagc 1920

ggcctggcgg tgcagctaac gtggcgatga acatttcatc tctgggcgcc tcttcctgtc 1980

tgatcggcct gaccggcgta gacgacgctg cgcgtgccct cagtgagcgt ctggcagaag 2040

tgaaagttaa ctgcgatttc gtcgcactat ccacacatcc taccatcacc aaactgcgaa 2100

ttttgtcccg taaccagcaa ctgatccgcc tcgactttga ggaaggtttt gaaggcgttg 2160

atctcgagcc gatgctgacc aaaataga 2188

<210> 229

<211> 613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(613)

<223> Δ-nifL::PinfC

<400> 229

atgagcatca cggcgttatc agctgaatat cactgactca caagctacct atgtcgaaga 60

attaactaaa aaactgcaag atgcaggcat tcgcgttaaa gccgacttga gaaatgagaa 120

gattggcttt aaaattcgcg aacacacgct acgccgtgtt ccttatatgt tagtttgtgg 180

cgataaagag gtcgaagcag gcaaagttgc tgttcgtact cgtcgcggca aagacttagg 240

aagcatggat gttagcgaag tcgttgacaa actgctggcg gaaatccgca gcagaagtca 300

tcatcaactg gaggaataaa gtattaaagg cggaaaacga gttcaaccgg cgcgtcctaa 360

tcgcattaac aaagagattc gcgcgcaaga agttcgcctc accggcgtcg atggcgagca 420

gattggtatt gtcagtctga atgaagctct tgaaaaagct gaggaagcgg gcgtcgattt 480

agtagaaatc agtccgaatg ccgagccgcc agtttgtcga atctctttag atctctcggt 540

ccgccctgat ggcggcacct tgctgacgtt acgcctgccg gtacagcagg ttatcaccgg 600

aggcttaaaa tga 613

<210> 230

<211> 1613

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1613)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::PinfC

<400> 230

tgtttcgtct cgaagccggg caactgagca gccccgttga aaccgaactg ggctggcatc 60

tgttgttgtg cgaacaaatt cgcctgccgc aacccttgcc gaaagccgag gccttaacgc 120

gggtgcgtca gcaactgatt gcccggcaac agaatcatta tcagcgccag tggctgcaac 180

aactgatcaa cgcctgagcc tgttctcctt cttgttggtg cagacgggtt aatgcccgtt 240

ttgcacgaaa aatgcacata aactgccttc gctgccttat aacagcgcat ggaaatcctg 300

cctcctgcct tgtgccacgc cgcgctttgc ctggtttgtg gtaaaaactg gcccgctttg 360

catcctgatg tttaaaacac cccgttcaga tcaacctttg ggcagataag cccgcgaaag 420

gcctgcaaat tgcacggtta ttccgggtga gtatatgtgt gatttgggtt ccggcattgc 480

gcaataaagg ggagaaagac atgagcatca cggcgttatc agctgaatat cactgactca 540

caagctacct atgtcgaaga attaactaaa aaactgcaag atgcaggcat tcgcgttaaa 600

gccgacttga gaaatgagaa gattggcttt aaaattcgcg aacacacgct acgccgtgtt 660

ccttatatgt tagtttgtgg cgataaagag gtcgaagcag gcaaagttgc tgttcgtact 720

cgtcgcggca aagacttagg aagcatggat gttagcgaag tcgttgacaa actgctggcg 780

gaaatccgca gcagaagtca tcatcaactg gaggaataaa gtattaaagg cggaaaacga 840

gttcaaccgg cgcgtcctaa tcgcattaac aaagagattc gcgcgcaaga agttcgcctc 900

accggcgtcg atggcgagca gattggtatt gtcagtctga atgaagctct tgaaaaagct 960

gaggaagcgg gcgtcgattt agtagaaatc agtccgaatg ccgagccgcc agtttgtcga 1020

atctctttag atctctcggt ccgccctgat ggcggcacct tgctgacgtt acgcctgccg 1080

gtacagcagg ttatcaccgg aggcttaaaa tgacccagtt acctaccgcg ggcccggtta 1140

tccggcgctt tgatatgtct gcccagttta cggcgcttta tcgcatcagc gtggcgctga 1200

gtcaggaaag caataccgcg cgcgcactgg cggcgatcct cgaagtgctt cacgatcatg 1260

catttatgca atacggcatg gtgtgtctgt tcgataaaga acgcaatgca ctgtttgtgg 1320

aatccctgca tggcatcgac ggcgaaagga aaaaagaaac ccgccatgtc cgttaccgca 1380

tgggggaagg cgtgatcggc gcggtgatga gccagcgtca ggcgctggtg ttaccgcgca 1440

tttcagacga tcagcgtttt ctcgaccgcc tgaatattta cgattacagc ctgccgctga 1500

ttggtgtgcc gatccccggt gcggataatc agcctgcggg tgtgctggtg gcacagccga 1560

tggcgttgca cgaagaccgg ctggctgcca gtacgcggtt tttagaaatg gtc 1613

<210> 231

<211> 426

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(426)

<223> Δ-nifL::Prm5

<400> 231

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc ggacatcatc gcgacaaaca atattaatac 60

cggcaaccac accggcaatt tacgagactg cgcaggcatc ctttctcccg tcaatttctg 120

tcaaataaag taaaagaggc agtctacttg aattaccccc ggctggttga gcgtttgttg 180

aaaaaaagta actgaaaaat ccgtagaata gcgccactct gatggttaat taacctattc 240

aattaagaat tatctggatg aatgtgccat taaatgcgca gcataatggt gcgttgtgcg 300

ggaaaactgc ttttttttga aagggttggt cagtagcgga aacaactcac ttcacacccc 360

gaagggggaa gttgcctgac cctacgattc ccgctatttc attcactgac cggaggttca 420

aaatga 426

<210> 232

<211> 1426

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1426)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm5

<400> 232

accggatacg agagaaaagt gtctacatcg gttcggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agcccgccca gtttctggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgccg 180

ggaaatgcgg tgaacgtgtc tgatattgcg aagagtgtgc cagttttggt cgcgggcaaa 240

acctgcacca gtttggttat taatgcacca gtctggcgct ttttttcgcc gagtttctcc 300

tcgctaatgc ccgccaggcg cggctttggc gctgatagcg cgctgaatac cgatctggat 360

caaggttttg tcgggttatc agccaaaagg tgcactcttt gcatggttat acgtgcctga 420

catgttgtcc gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

actgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc ggacatcatc 540

gcgacaaaca atattaatac cggcaaccac accggcaatt tacgagactg cgcaggcatc 600

ctttctcccg tcaatttctg tcaaataaag taaaagaggc agtctacttg aattaccccc 660

ggctggttga gcgtttgttg aaaaaaagta actgaaaaat ccgtagaata gcgccactct 720

gatggttaat taacctattc aattaagaat tatctggatg aatgtgccat taaatgcgca 780

gcataatggt gcgttgtgcg ggaaaactgc ttttttttga aagggttggt cagtagcgga 840

aacaactcac ttcacacccc gaagggggaa gttgcctgac cctacgattc ccgctatttc 900

attcactgac cggaggttca aaatgaccca gcgaaccgag tcgggtaata ccgtctggcg 960

cttcgatttg tcccagcagt tcactgcgat gcagcgcata agcgtggtac tcagccgggc 1020

gaccgaggtc gatcagacgc tccagcaagt gctgtgcgta ttgcacaatg acgccttttt 1080

gcagcacggc atgatctgtc tgtacgacag ccagcaggcg attttgaata ttgaagcgtt 1140

gcaggaagcc gatcagcagt taatccccgg cagctcgcaa atccgctatc gtccgggcga 1200

agggctggtc gggacggtgc tttcgcaggg ccaatcatta gtgctggcgc gcgttgctga 1260

cgatcagcgc tttcttgacc ggctcgggtt gtatgattac aacctgccgt ttatcgccgt 1320

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ttacgaagag cgattacccg cctgcacccg ctttctggaa acggtc 1426

<210> 233

<211> 461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(461)

<223> Δ-nifL::Prm1

<400> 233

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga 60

ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc ccgcctccat ttaaaataaa 120

aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct aagatgaatc cgatggaagc 180

tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag tcggtgcttc tttgagcgaa 240

cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc aacctaaaaa agtttgtgta 300

atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg gtattaataa tgaatcgtac 360

taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg gggaagttgc ctgaccctac 420

gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg a 461

<210> 234

<211> 1461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1461)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1

<400> 234

accggatacg agagaaaagt gtctacatcg gttcggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agcccgccca gtttctggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgccg 180

ggaaatgcgg tgaacgtgtc tgatattgcg aagagtgtgc cagttttggt cgcgggcaaa 240

acctgcacca gtttggttat taatgcacca gtctggcgct ttttttcgcc gagtttctcc 300

tcgctaatgc ccgccaggcg cggctttggc gctgatagcg cgctgaatac cgatctggat 360

caaggttttg tcgggttatc agccaaaagg tgcactcttt gcatggttat acgtgcctga 420

catgttgtcc gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

actgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa 540

taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc 600

ccgcctccat ttaaaataaa aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct 660

aagatgaatc cgatggaagc tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag 720

tcggtgcttc tttgagcgaa cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc 780

aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg 840

gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg 900

gggaagttgc ctgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 960

acccagcgaa ccgagtcggg taataccgtc tggcgcttcg atttgtccca gcagttcact 1020

gcgatgcagc gcataagcgt ggtactcagc cgggcgaccg aggtcgatca gacgctccag 1080

caagtgctgt gcgtattgca caatgacgcc tttttgcagc acggcatgat ctgtctgtac 1140

gacagccagc aggcgatttt gaatattgaa gcgttgcagg aagccgatca gcagttaatc 1200

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cagggccaat cattagtgct ggcgcgcgtt gctgacgatc agcgctttct tgaccggctc 1320

gggttgtatg attacaacct gccgtttatc gccgtgccgc tgatagggcc agatgcgcag 1380

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acccgctttc tggaaacggt c 1461

<210> 235

<211> 461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(461)

<223> Δ-nifL::Prm1

<400> 235

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga 60

ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc ccgcctccat ttaaaataaa 120

aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct aagatgaatc cgatggaagc 180

tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag tcggtgcttc tttgagcgaa 240

cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc aacctaaaaa agtttgtgta 300

atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg gtattaataa tgaatcgtac 360

taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg gggaagttgc ctgaccctac 420

gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg a 461

<210> 236

<211> 1461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1461)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1

<400> 236

accggatacg agagaaaagt gtctacatcg gttcggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agcccgccca gtttctggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgccg 180

ggaaatgcgg tgaacgtgtc tgatattgcg aagagtgtgc cagttttggt cgcgggcaaa 240

acctgcacca gtttggttat taatgcacca gtctggcgct ttttttcgcc gagtttctcc 300

tcgctaatgc ccgccaggcg cggctttggc gctgatagcg cgctgaatac cgatctggat 360

caaggttttg tcgggttatc agccaaaagg tgcactcttt gcatggttat acgtgcctga 420

catgttgtcc gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

actgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa 540

taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc 600

ccgcctccat ttaaaataaa aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct 660

aagatgaatc cgatggaagc tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag 720

tcggtgcttc tttgagcgaa cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc 780

aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg 840

gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg 900

gggaagttgc ctgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 960

acccagcgaa ccgagtcggg taataccgtc tggcgcttcg atttgtccca gcagttcact 1020

gcgatgcagc gcataagcgt ggtactcagc cgggcgaccg aggtcgatca gacgctccag 1080

caagtgctgt gcgtattgca caatgacgcc tttttgcagc acggcatgat ctgtctgtac 1140

gacagccagc aggcgatttt gaatattgaa gcgttgcagg aagccgatca gcagttaatc 1200

cccggcagct cgcaaatccg ctatcgtccg ggcgaagggc tggtcgggac ggtgctttcg 1260

cagggccaat cattagtgct ggcgcgcgtt gctgacgatc agcgctttct tgaccggctc 1320

gggttgtatg attacaacct gccgtttatc gccgtgccgc tgatagggcc agatgcgcag 1380

actttcggtg tgctgacggc acaacccatg gcgcgttacg aagagcgatt acccgcctgc 1440

acccgctttc tggaaacggt c 1461

<210> 237

<211> 1188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1188)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 237

atggcactga aacacctcat ttccctgtgt gccgcgtcgc cgatggttgc cagtcagctg 60

gcgcgctacc cgatcctgct tgatgaattg ctcgacccga atacgctcta tcaaccgacg 120

gcgatgaatg cctatcgcga tgagctgcgc caatacctgc tgcgcgtgcc ggaagatgat 180

gaagagcaac agcttgaggc gctgcggcag tttaagcagg cgcagttgct gcgcgtggcg 240

gcggcggata ttgccggtac gttgccagta atgaaagtga gcgatcactt aacctggctg 300

gcggaagcga ttattgatgc ggtggtgcag caagcctggg ggcagatggt ggcgcgttat 360

ggccagccaa cgcatctgca cgatcgcgaa gggcgcggtt ttgcggtggt cggttatggc 420

aagctgggcg gctgggagct gggttacagc tccgatctgg atctggtatt cctgcacgac 480

tgcccgatgg atgtgatgac cgatggcgag cgtgaaatcg atggtcgcca gttctatttg 540

cgtctcgcgc agcgcgtgat gcacctgttt agcacgcgca cgtcgtccgg catcctttat 600

gaagttgatg cgcgtctgcg tccatctggc gctgcgggga tgctggtcac tactacggaa 660

tcgttcgccg attaccagca aaacgaagcc tggacgtggg aacatcaggc gctggcccgt 720

gcgcgcgtgg tgtacggcga tccgcaactg accgccgaat ttgacgccat tcgccgcgat 780

attctgatga cgcctcgcga cggcgcaacg ctgcaaaccg acgtgcgaga aatgcgcgag 840

aaaatgcgtg cccatcttgg caacaagcat aaagaccgct tcgatctgaa agccgatgaa 900

ggcggtatca ccgacatcga gtttatcgcc caatatctgg tgctgcgctt tgcccatgac 960

aagccgaaac tgacgcgctg gtcggataat gtgcgcattc tcgaagggct ggcgcaaaac 1020

ggcatcatgg aggagcagga agcgcaggca ttgacgctgg cgtacaccac attgcgtgat 1080

gagctgcacc acctggcgct gcaagagttg ccgggacatg tggcgctctc ctgttttgtc 1140

gccgagcgtg cgcttattaa aaccagctgg gacaagtggc tggtggaa 1188

<210> 238

<211> 2206

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2206)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 238

gcgcaaagcg agtgctcact tacgtgatct gttgacacaa tctgaagcga ccataacttc 60

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<220>

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<223> 合成多核苷酸

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<400> 245

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cggcaaccac accggcaatt tacgagactg cgcaggcatc ctttctcccg tcaatttctg 120

tcaaataaag taaaagaggc agtctacttg aattaccccc ggctggttga gcgtttgttg 180

aaaaaaagta actgaaaaat ccgtagaata gcgccactct gatggttaat taacctattc 240

aattaagaat tatctggatg aatgtgccat taaatgcgca gcataatggt gcgttgtgcg 300

ggaaaactgc ttttttttga aagggttggt cagtagcgga aacaactcac ttcacacccc 360

gaagggggaa gttgcctgac cctacgattc ccgctatttc attcactgac cggaggttca 420

aaatga 426

<210> 246

<211> 1426

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1426)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm5

<400> 246

accggatacg agagaaaagt gtctacatcg gttcggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agcccgccca gtttctggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgccg 180

ggaaatgcgg tgaacgtgtc tgatattgcg aagagtgtgc cagttttggt cgcgggcaaa 240

acctgcacca gtttggttat taatgcacca gtctggcgct ttttttcgcc gagtttctcc 300

tcgctaatgc ccgccaggcg cggctttggc gctgatagcg cgctgaatac cgatctggat 360

caaggttttg tcgggttatc agccaaaagg tgcactcttt gcatggttat acgtgcctga 420

catgttgtcc gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

actgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc ggacatcatc 540

gcgacaaaca atattaatac cggcaaccac accggcaatt tacgagactg cgcaggcatc 600

ctttctcccg tcaatttctg tcaaataaag taaaagaggc agtctacttg aattaccccc 660

ggctggttga gcgtttgttg aaaaaaagta actgaaaaat ccgtagaata gcgccactct 720

gatggttaat taacctattc aattaagaat tatctggatg aatgtgccat taaatgcgca 780

gcataatggt gcgttgtgcg ggaaaactgc ttttttttga aagggttggt cagtagcgga 840

aacaactcac ttcacacccc gaagggggaa gttgcctgac cctacgattc ccgctatttc 900

attcactgac cggaggttca aaatgaccca gcgaaccgag tcgggtaata ccgtctggcg 960

cttcgatttg tcccagcagt tcactgcgat gcagcgcata agcgtggtac tcagccgggc 1020

gaccgaggtc gatcagacgc tccagcaagt gctgtgcgta ttgcacaatg acgccttttt 1080

gcagcacggc atgatctgtc tgtacgacag ccagcaggcg attttgaata ttgaagcgtt 1140

gcaggaagcc gatcagcagt taatccccgg cagctcgcaa atccgctatc gtccgggcga 1200

agggctggtc gggacggtgc tttcgcaggg ccaatcatta gtgctggcgc gcgttgctga 1260

cgatcagcgc tttcttgacc ggctcgggtt gtatgattac aacctgccgt ttatcgccgt 1320

gccgctgata gggccagatg cgcagacttt cggtgtgctg acggcacaac ccatggcgcg 1380

ttacgaagag cgattacccg cctgcacccg ctttctggaa acggtc 1426

<210> 247

<211> 461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(461)

<223> Δ-nifL::Prm1

<400> 247

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga 60

ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc ccgcctccat ttaaaataaa 120

aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct aagatgaatc cgatggaagc 180

tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag tcggtgcttc tttgagcgaa 240

cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc aacctaaaaa agtttgtgta 300

atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg gtattaataa tgaatcgtac 360

taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg gggaagttgc ctgaccctac 420

gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg a 461

<210> 248

<211> 1461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1461)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1

<400> 248

accggatacg agagaaaagt gtctacatcg gttcggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agcccgccca gtttctggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgccg 180

ggaaatgcgg tgaacgtgtc tgatattgcg aagagtgtgc cagttttggt cgcgggcaaa 240

acctgcacca gtttggttat taatgcacca gtctggcgct ttttttcgcc gagtttctcc 300

tcgctaatgc ccgccaggcg cggctttggc gctgatagcg cgctgaatac cgatctggat 360

caaggttttg tcgggttatc agccaaaagg tgcactcttt gcatggttat acgtgcctga 420

catgttgtcc gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

actgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa 540

taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc 600

ccgcctccat ttaaaataaa aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct 660

aagatgaatc cgatggaagc tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag 720

tcggtgcttc tttgagcgaa cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc 780

aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg 840

gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg 900

gggaagttgc ctgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 960

acccagcgaa ccgagtcggg taataccgtc tggcgcttcg atttgtccca gcagttcact 1020

gcgatgcagc gcataagcgt ggtactcagc cgggcgaccg aggtcgatca gacgctccag 1080

caagtgctgt gcgtattgca caatgacgcc tttttgcagc acggcatgat ctgtctgtac 1140

gacagccagc aggcgatttt gaatattgaa gcgttgcagg aagccgatca gcagttaatc 1200

cccggcagct cgcaaatccg ctatcgtccg ggcgaagggc tggtcgggac ggtgctttcg 1260

cagggccaat cattagtgct ggcgcgcgtt gctgacgatc agcgctttct tgaccggctc 1320

gggttgtatg attacaacct gccgtttatc gccgtgccgc tgatagggcc agatgcgcag 1380

actttcggtg tgctgacggc acaacccatg gcgcgttacg aagagcgatt acccgcctgc 1440

acccgctttc tggaaacggt c 1461

<210> 249

<211> 1188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1188)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 249

atggcactga aacacctcat ttccctgtgt gccgcgtcgc cgatggttgc cagtcagctg 60

gcgcgctacc cgatcctgct tgatgaattg ctcgacccga atacgctcta tcaaccgacg 120

gcgatgaatg cctatcgcga tgagctgcgc caatacctgc tgcgcgtgcc ggaagatgat 180

gaagagcaac agcttgaggc gctgcggcag tttaagcagg cgcagttgct gcgcgtggcg 240

gcggcggata ttgccggtac gttgccagta atgaaagtga gcgatcactt aacctggctg 300

gcggaagcga ttattgatgc ggtggtgcag caagcctggg ggcagatggt ggcgcgttat 360

ggccagccaa cgcatctgca cgatcgcgaa gggcgcggtt ttgcggtggt cggttatggc 420

aagctgggcg gctgggagct gggttacagc tccgatctgg atctggtatt cctgcacgac 480

tgcccgatgg atgtgatgac cgatggcgag cgtgaaatcg atggtcgcca gttctatttg 540

cgtctcgcgc agcgcgtgat gcacctgttt agcacgcgca cgtcgtccgg catcctttat 600

gaagttgatg cgcgtctgcg tccatctggc gctgcgggga tgctggtcac tactacggaa 660

tcgttcgccg attaccagca aaacgaagcc tggacgtggg aacatcaggc gctggcccgt 720

gcgcgcgtgg tgtacggcga tccgcaactg accgccgaat ttgacgccat tcgccgcgat 780

attctgatga cgcctcgcga cggcgcaacg ctgcaaaccg acgtgcgaga aatgcgcgag 840

aaaatgcgtg cccatcttgg caacaagcat aaagaccgct tcgatctgaa agccgatgaa 900

ggcggtatca ccgacatcga gtttatcgcc caatatctgg tgctgcgctt tgcccatgac 960

aagccgaaac tgacgcgctg gtcggataat gtgcgcattc tcgaagggct ggcgcaaaac 1020

ggcatcatgg aggagcagga agcgcaggca ttgacgctgg cgtacaccac attgcgtgat 1080

gagctgcacc acctggcgct gcaagagttg ccgggacatg tggcgctctc ctgttttgtc 1140

gccgagcgtg cgcttattaa aaccagctgg gacaagtggc tggtggaa 1188

<210> 250

<211> 2206

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2206)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 250

gcgcaaagcg agtgctcact tacgtgatct gttgacacaa tctgaagcga ccataacttc 60

tgccgtttca gcgaatacgg cggtgtggag cgcacaatca gccctggcga agctggtgct 120

caccgagtgg ctagtgacgc agggctggcg aaccttcctt gatgaaaaag cgcaggccaa 180

attcgccgac tcctttaaac gctttgctga catccatctg tcacgcagcg ccgccgagct 240

gaaaaaagcc tttgcccaac cgctgggcga cagctatcgc gaccagttgc cgcgcctggc 300

gcgtgatatc gactgcgcgt tactgctggc cgggcattac gatcgcgcgc gcgccgtgga 360

atggctggaa aactggcagg ggcttcagca cgccattgaa acgcgccaga gagtcgaaat 420

cgaacatttc cgtaataccg cgattaccca ggagccgttc tggttgcaca gcggaaaacg 480

ttaacgaaag gatatttcgc atggcactga aacacctcat ttccctgtgt gccgcgtcgc 540

cgatggttgc cagtcagctg gcgcgctacc cgatcctgct tgatgaattg ctcgacccga 600

atacgctcta tcaaccgacg gcgatgaatg cctatcgcga tgagctgcgc caatacctgc 660

tgcgcgtgcc ggaagatgat gaagagcaac agcttgaggc gctgcggcag tttaagcagg 720

cgcagttgct gcgcgtggcg gcggcggata ttgccggtac gttgccagta atgaaagtga 780

gcgatcactt aacctggctg gcggaagcga ttattgatgc ggtggtgcag caagcctggg 840

ggcagatggt ggcgcgttat ggccagccaa cgcatctgca cgatcgcgaa gggcgcggtt 900

ttgcggtggt cggttatggc aagctgggcg gctgggagct gggttacagc tccgatctgg 960

atctggtatt cctgcacgac tgcccgatgg atgtgatgac cgatggcgag cgtgaaatcg 1020

atggtcgcca gttctatttg cgtctcgcgc agcgcgtgat gcacctgttt agcacgcgca 1080

cgtcgtccgg catcctttat gaagttgatg cgcgtctgcg tccatctggc gctgcgggga 1140

tgctggtcac tactacggaa tcgttcgccg attaccagca aaacgaagcc tggacgtggg 1200

aacatcaggc gctggcccgt gcgcgcgtgg tgtacggcga tccgcaactg accgccgaat 1260

ttgacgccat tcgccgcgat attctgatga cgcctcgcga cggcgcaacg ctgcaaaccg 1320

acgtgcgaga aatgcgcgag aaaatgcgtg cccatcttgg caacaagcat aaagaccgct 1380

tcgatctgaa agccgatgaa ggcggtatca ccgacatcga gtttatcgcc caatatctgg 1440

tgctgcgctt tgcccatgac aagccgaaac tgacgcgctg gtcggataat gtgcgcattc 1500

tcgaagggct ggcgcaaaac ggcatcatgg aggagcagga agcgcaggca ttgacgctgg 1560

cgtacaccac attgcgtgat gagctgcacc acctggcgct gcaagagttg ccgggacatg 1620

tggcgctctc ctgttttgtc gccgagcgtg cgcttattaa aaccagctgg gacaagtggc 1680

tggtggaacc gtgcgccccg gcgtaagtgt ggtatcatcg cgcgcaaatt ttgtatctct 1740

caggagacag gaatgaaagt gacgctgcca gagtttaagc aagccggtgt aatggtggtg 1800

ggtgatgtga tgctggatcg ttactggtat ggcccaacca gccgtatctc tccggaagcg 1860

ccagtcccgg ttgttaaagt cgataccatt gaagagcgtc ctggcggcgc ggcaaacgtg 1920

gcgatgaata tcgcctcact gggcgccacg gcgcgtctgg ttggcctgac tggcattgac 1980

gatgcggcgc gcgcgctgag caaagcgctg gccgatgtta acgttaaatg tgacttcgtt 2040

tctgttccga cgcatcccac catcactaag ctgcgcgtgc tgtcgcgtaa ccagcagctg 2100

attcgcctgg actttgaaga gggttttgaa ggagtcgatc cgcaaccgat gcatgaacgc 2160

atcagccagg cgcttggtaa tattggcgcg ctggtgctgt cggatt 2206

<210> 251

<211> 199

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(199)

<223> Δ-amtB

<400> 251

tttcgctgaa ggtgtgacca tgggccatca ggtgctggtg cagctggaaa gtgttgccat 60

cactatcgtg tggtctggcg tggtggcctt tattggttac aaactggcgg acatgacggt 120

aggcctgcgc gtaccggaag aacaagaacg tgaagggctg gatgtaaaca gccacggcga 180

aaacgcctat aacgcctga 199

<210> 252

<211> 1199

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1199)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-amtB

<400> 252

tttcctttct gactctgccc gtccgggcgc actaacggcc tgaaatactc cctcttttca 60

ttcctggcac aacgattgca atgtctgttg cgtgttagct gcggccatta tcgaattcga 120

ctggaggggg atctatgaag ctggttaccg tggtgattaa gccattcaaa cttgaagacg 180

tgcgtgaagc gctttcttct attggtattc aagggttgac cgtaactgaa gtgaaaggct 240

ttggccgtca gaagggtcac gctgagctgt accgcggtgc ggaatatagc gttaatttcc 300

tgccgaaagt gaaaattgat gtggcgatcg ctgacgatca actcgatgaa gtaatcgatg 360

tgatcagcaa agcggcctac accggaaaaa ttggcgacgg caaaattttc gttgctgagc 420

tgcaacgcgt cattcgtatt cgtaccggcg aagccgacga agcggcactg taatacaaga 480

cacacagtga tggggatcgg tttcgctgaa ggtgtgacca tgggccatca ggtgctggtg 540

cagctggaaa gtgttgccat cactatcgtg tggtctggcg tggtggcctt tattggttac 600

aaactggcgg acatgacggt aggcctgcgc gtaccggaag aacaagaacg tgaagggctg 660

gatgtaaaca gccacggcga aaacgcctat aacgcctgat tgcgttgagt tatctcctga 720

gcataaaaaa gcctccattc ggaggctttt ctttttttaa gtttaaagcg cggttagttg 780

cgattgcgca tgacgccttc ctgcacgctg gacgcgacca gcacaccctc ttgcgtatag 840

aactcgccgc gcacaaaacc gcgagcgctg gaggctgacg tgctttccac actgtagagc 900

agccattcgt tcatattaaa cgggcgatgg aaccacatgg agtggtcaat ggtggcaacc 960

tgcataccgc gctcaaggaa gcccacgccg tgcggctgaa gtgcaaccgg caggaagtta 1020

aagtctgagg catatccaag cagatattga tgtacgcgaa aatcgtccgg caccgtgccg 1080

tttgcgcgga tccatacctg gcgggtggga tcggcaacgt ggcctttcag cgggttatga 1140

aactcaaccg ggcggatctc cagtggttta tcactaagaa acttctcttt ggcctgcgg 1199

<210> 253

<211> 1563

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1563)

<223> glnE-Δ-AR-1

<400> 253

atgtttaacg atctgattgg cgatgatgaa acggattcgc cggaagatgc gctttctgag 60

agctggcgcg aattgtggca ggatgcgttg caggaggagg attccacgcc cgtgctggcg 120

catctctcag aggacgatcg ccgccgcgtg gtggcgctga ttgccgattt tcgcaaagag 180

ttggataaac gcaccattgg cccgcgaggg cggcaggtac tcgatcactt aatgccgcat 240

ctgctcagcg atgtatgctc gcgcgacgat gcgccagtac cgctgtcacg cctgacgccg 300

ctgctcaccg gaattattac ccgcaccact taccttgagc tgctaagtga atttcccggc 360

gcactgaaac acctcatttc cctgtgtgcc gcgtcgccga tggttgccag tcagctggcg 420

cgctacccga tcctgcttga tgaattgctc gacccgaata cgctctatca accgacggcg 480

atgaatgcct atcgcgatga gctgcgccaa tacctgctgc gcgtgccgga agatgatgaa 540

gagcaacagc ttgaggcgct gcggcagttt aagcaggcgc agttgctgcg cgtggcggcg 600

gcggatattg ccggtacgtt gccagtaatg aaagtgagcg atcacttaac ctggctggcg 660

gaagcgatta ttgatgcggt ggtgcagcaa gcctgggggc agatggtggc gcgttatggc 720

cagccaacgc atctgcacga tcgcgaaggg cgcggttttg cggtggtcgg ttatggcaag 780

ctgggcggct gggagctggg ttacagctcc gatctggatc tggtattcct gcacgactgc 840

ccgatggatg tgatgaccga tggcgagcgt gaaatcgatg gtcgccagtt ctatttgcgt 900

ctcgcgcagc gcgtgatgca cctgtttagc acgcgcacgt cgtccggcat cctttatgaa 960

gttgatgcgc gtctgcgtcc atctggcgct gcggggatgc tggtcactac tacggaatcg 1020

ttcgccgatt accagcaaaa cgaagcctgg acgtgggaac atcaggcgct ggcccgtgcg 1080

cgcgtggtgt acggcgatcc gcaactgacc gccgaatttg acgccattcg ccgcgatatt 1140

ctgatgacgc ctcgcgacgg cgcaacgctg caaaccgacg tgcgagaaat gcgcgagaaa 1200

atgcgtgccc atcttggcaa caagcataaa gaccgcttcg atctgaaagc cgatgaaggc 1260

ggtatcaccg acatcgagtt tatcgcccaa tatctggtgc tgcgctttgc ccatgacaag 1320

ccgaaactga cgcgctggtc ggataatgtg cgcattctcg aagggctggc gcaaaacggc 1380

atcatggagg agcaggaagc gcaggcattg acgctggcgt acaccacatt gcgtgatgag 1440

ctgcaccacc tggcgctgca agagttgccg ggacatgtgg cgctctcctg ttttgtcgcc 1500

gagcgtgcgc ttattaaaac cagctgggac aagtggctgg tggaaccgtg cgccccggcg 1560

taa 1563

<210> 254

<211> 2563

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2563)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-1

<400> 254

gcgcaaagcg agtgctcact tacgtgatct gttgacacaa tctgaagcga ccataacttc 60

tgccgtttca gcgaatacgg cggtgtggag cgcacaatca gccctggcga agctggtgct 120

caccgagtgg ctagtgacgc agggctggcg aaccttcctt gatgaaaaag cgcaggccaa 180

attcgccgac tcctttaaac gctttgctga catccatctg tcacgcagcg ccgccgagct 240

gaaaaaagcc tttgcccaac cgctgggcga cagctatcgc gaccagttgc cgcgcctggc 300

gcgtgatatc gactgcgcgt tactgctggc cgggcattac gatcgcgcgc gcgccgtgga 360

atggctggaa aactggcagg ggcttcagca cgccattgaa acgcgccaga gagtcgaaat 420

cgaacatttc cgtaataccg cgattaccca ggagccgttc tggttgcaca gcggaaaacg 480

ttaacgaaag gatatttcgc atgtttaacg atctgattgg cgatgatgaa acggattcgc 540

cggaagatgc gctttctgag agctggcgcg aattgtggca ggatgcgttg caggaggagg 600

attccacgcc cgtgctggcg catctctcag aggacgatcg ccgccgcgtg gtggcgctga 660

ttgccgattt tcgcaaagag ttggataaac gcaccattgg cccgcgaggg cggcaggtac 720

tcgatcactt aatgccgcat ctgctcagcg atgtatgctc gcgcgacgat gcgccagtac 780

cgctgtcacg cctgacgccg ctgctcaccg gaattattac ccgcaccact taccttgagc 840

tgctaagtga atttcccggc gcactgaaac acctcatttc cctgtgtgcc gcgtcgccga 900

tggttgccag tcagctggcg cgctacccga tcctgcttga tgaattgctc gacccgaata 960

cgctctatca accgacggcg atgaatgcct atcgcgatga gctgcgccaa tacctgctgc 1020

gcgtgccgga agatgatgaa gagcaacagc ttgaggcgct gcggcagttt aagcaggcgc 1080

agttgctgcg cgtggcggcg gcggatattg ccggtacgtt gccagtaatg aaagtgagcg 1140

atcacttaac ctggctggcg gaagcgatta ttgatgcggt ggtgcagcaa gcctgggggc 1200

agatggtggc gcgttatggc cagccaacgc atctgcacga tcgcgaaggg cgcggttttg 1260

cggtggtcgg ttatggcaag ctgggcggct gggagctggg ttacagctcc gatctggatc 1320

tggtattcct gcacgactgc ccgatggatg tgatgaccga tggcgagcgt gaaatcgatg 1380

gtcgccagtt ctatttgcgt ctcgcgcagc gcgtgatgca cctgtttagc acgcgcacgt 1440

cgtccggcat cctttatgaa gttgatgcgc gtctgcgtcc atctggcgct gcggggatgc 1500

tggtcactac tacggaatcg ttcgccgatt accagcaaaa cgaagcctgg acgtgggaac 1560

atcaggcgct ggcccgtgcg cgcgtggtgt acggcgatcc gcaactgacc gccgaatttg 1620

acgccattcg ccgcgatatt ctgatgacgc ctcgcgacgg cgcaacgctg caaaccgacg 1680

tgcgagaaat gcgcgagaaa atgcgtgccc atcttggcaa caagcataaa gaccgcttcg 1740

atctgaaagc cgatgaaggc ggtatcaccg acatcgagtt tatcgcccaa tatctggtgc 1800

tgcgctttgc ccatgacaag ccgaaactga cgcgctggtc ggataatgtg cgcattctcg 1860

aagggctggc gcaaaacggc atcatggagg agcaggaagc gcaggcattg acgctggcgt 1920

acaccacatt gcgtgatgag ctgcaccacc tggcgctgca agagttgccg ggacatgtgg 1980

cgctctcctg ttttgtcgcc gagcgtgcgc ttattaaaac cagctgggac aagtggctgg 2040

tggaaccgtg cgccccggcg taagtgtggt atcatcgcgc gcaaattttg tatctctcag 2100

gagacaggaa tgaaagtgac gctgccagag tttaagcaag ccggtgtaat ggtggtgggt 2160

gatgtgatgc tggatcgtta ctggtatggc ccaaccagcc gtatctctcc ggaagcgcca 2220

gtcccggttg ttaaagtcga taccattgaa gagcgtcctg gcggcgcggc aaacgtggcg 2280

atgaatatcg cctcactggg cgccacggcg cgtctggttg gcctgactgg cattgacgat 2340

gcggcgcgcg cgctgagcaa agcgctggcc gatgttaacg ttaaatgtga cttcgtttct 2400

gttccgacgc atcccaccat cactaagctg cgcgtgctgt cgcgtaacca gcagctgatt 2460

cgcctggact ttgaagaggg ttttgaagga gtcgatccgc aaccgatgca tgaacgcatc 2520

agccaggcgc ttggtaatat tggcgcgctg gtgctgtcgg att 2563

<210> 255

<211> 461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(461)

<223> Δ-nifL::Prm1

<400> 255

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga 60

ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc ccgcctccat ttaaaataaa 120

aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct aagatgaatc cgatggaagc 180

tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag tcggtgcttc tttgagcgaa 240

cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc aacctaaaaa agtttgtgta 300

atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg gtattaataa tgaatcgtac 360

taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg gggaagttgc ctgaccctac 420

gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg a 461

<210> 256

<211> 1461

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1461)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm1

<400> 256

accggatacg agagaaaagt gtctacatcg gttcggttga tattgaccgg cgcatccgcc 60

agcccgccca gtttctggtg gatctgtttg gcgattttgc gggtcttgcc ggtgtcggtg 120

ccgaaaaaaa taccaatatt tgccataaca cacgctcctg ttgaaaaaga gatcccgccg 180

ggaaatgcgg tgaacgtgtc tgatattgcg aagagtgtgc cagttttggt cgcgggcaaa 240

acctgcacca gtttggttat taatgcacca gtctggcgct ttttttcgcc gagtttctcc 300

tcgctaatgc ccgccaggcg cggctttggc gctgatagcg cgctgaatac cgatctggat 360

caaggttttg tcgggttatc agccaaaagg tgcactcttt gcatggttat acgtgcctga 420

catgttgtcc gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta 480

actgaccgca ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa 540

taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc 600

ccgcctccat ttaaaataaa aaatccaatc ggatttcact atttaaactg gccattatct 660

aagatgaatc cgatggaagc tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt ttattgaaag 720

tcggtgcttc tttgagcgaa cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa aaatattctc 780

aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc aatctagagg 840

gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgcaa ctcacttcac accccgaagg 900

gggaagttgc ctgaccctac gattcccgct atttcattca ctgaccggag gttcaaaatg 960

acccagcgaa ccgagtcggg taataccgtc tggcgcttcg atttgtccca gcagttcact 1020

gcgatgcagc gcataagcgt ggtactcagc cgggcgaccg aggtcgatca gacgctccag 1080

caagtgctgt gcgtattgca caatgacgcc tttttgcagc acggcatgat ctgtctgtac 1140

gacagccagc aggcgatttt gaatattgaa gcgttgcagg aagccgatca gcagttaatc 1200

cccggcagct cgcaaatccg ctatcgtccg ggcgaagggc tggtcgggac ggtgctttcg 1260

cagggccaat cattagtgct ggcgcgcgtt gctgacgatc agcgctttct tgaccggctc 1320

gggttgtatg attacaacct gccgtttatc gccgtgccgc tgatagggcc agatgcgcag 1380

actttcggtg tgctgacggc acaacccatg gcgcgttacg aagagcgatt acccgcctgc 1440

acccgctttc tggaaacggt c 1461

<210> 257

<211> 199

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(199)

<223> Δ-amtB

<400> 257

tttcgctgaa ggtgtgacca tgggccatca ggtgctggtg cagctggaaa gtgttgccat 60

cactatcgtg tggtctggcg tggtggcctt tattggttac aaactggcgg acatgacggt 120

aggcctgcgc gtaccggaag aacaagaacg tgaagggctg gatgtaaaca gccacggcga 180

aaacgcctat aacgcctga 199

<210> 258

<211> 1199

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1199)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-amtB

<400> 258

tttcctttct gactctgccc gtccgggcgc actaacggcc tgaaatactc cctcttttca 60

ttcctggcac aacgattgca atgtctgttg cgtgttagct gcggccatta tcgaattcga 120

ctggaggggg atctatgaag ctggttaccg tggtgattaa gccattcaaa cttgaagacg 180

tgcgtgaagc gctttcttct attggtattc aagggttgac cgtaactgaa gtgaaaggct 240

ttggccgtca gaagggtcac gctgagctgt accgcggtgc ggaatatagc gttaatttcc 300

tgccgaaagt gaaaattgat gtggcgatcg ctgacgatca actcgatgaa gtaatcgatg 360

tgatcagcaa agcggcctac accggaaaaa ttggcgacgg caaaattttc gttgctgagc 420

tgcaacgcgt cattcgtatt cgtaccggcg aagccgacga agcggcactg taatacaaga 480

cacacagtga tggggatcgg tttcgctgaa ggtgtgacca tgggccatca ggtgctggtg 540

cagctggaaa gtgttgccat cactatcgtg tggtctggcg tggtggcctt tattggttac 600

aaactggcgg acatgacggt aggcctgcgc gtaccggaag aacaagaacg tgaagggctg 660

gatgtaaaca gccacggcga aaacgcctat aacgcctgat tgcgttgagt tatctcctga 720

gcataaaaaa gcctccattc ggaggctttt ctttttttaa gtttaaagcg cggttagttg 780

cgattgcgca tgacgccttc ctgcacgctg gacgcgacca gcacaccctc ttgcgtatag 840

aactcgccgc gcacaaaacc gcgagcgctg gaggctgacg tgctttccac actgtagagc 900

agccattcgt tcatattaaa cgggcgatgg aaccacatgg agtggtcaat ggtggcaacc 960

tgcataccgc gctcaaggaa gcccacgccg tgcggctgaa gtgcaaccgg caggaagtta 1020

aagtctgagg catatccaag cagatattga tgtacgcgaa aatcgtccgg caccgtgccg 1080

tttgcgcgga tccatacctg gcgggtggga tcggcaacgt ggcctttcag cgggttatga 1140

aactcaaccg ggcggatctc cagtggttta tcactaagaa acttctcttt ggcctgcgg 1199

<210> 259

<211> 607

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(607)

<223> Δ-nifL::PinfC

<400> 259

atgaccttta atatgatgcc tggggtcact ggagcgcttt atcggcatcc tgaccgaaga 60

atttgccggt ttcttcccga cctggctggc ccctgttcag gttgtggtga tgaatatcac 120

tgattctcaa gctgaatatg tcaacgaatt gacccgtaaa ttgcaaaatg cgggcattcg 180

tgtaaaagcg gacttgagaa acgagaagat tggctttaaa atccgcgagc acactttacg 240

tcgtgtccct tatatgttgg tctgtggtga taaagaggtg gaagcaggca aagtggccgt 300

tcgcacccgc cgcggtaaag acctgggcag cctggacgta agtgaagtga ttgagaagct 360

gcaacaagag attcgcagcc gcagtcttca acaactggag gaataaggta ttaaaggcgg 420

aaaacgagtt caaacggcac gtccgaatcg tatcaatggc gagattcgcg cccaggaagt 480

tcgcttaact ggtctggaag gtgagcagct gggtattgca atagaactaa ctacccgccc 540

tgaaggcggt acctgcctga ccctgcgatt cccgttattt cattcactga ccggaggccc 600

acgatga 607

<210> 260

<211> 1607

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1607)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::PinfC

<400> 260

ggtacgacaa aaacgtctcc agcgacgtgc ggttaatatt gactggcgca tccgccacat 60

cccccagttt ttgctggatc agtttggcga ttttgcgggt ttttcccgtg tcactgccaa 120

aaaaaatacc aatgttagcc atgtcgcgct cctgttgaga aagaataagg ccgcctgcaa 180

acggcggata tcccttctcc tgttgcgaag gctgtgccag gtttttttaa ggccttctgt 240

gcactgaaat gggtgaaaaa atgactcttt tttgtgcagg caccgtcctc tctccgctat 300

ccagacctgc tttgaaggcc tctgagggcc aaatcagggc caaaacacga atcaggatca 360

atgtttcggc gcgttacctg ttcgaaaggt gcactctttg catggttaat cacacccaat 420

cagggctgcg gatgtcgggc gtttcacaac acaaaatgtt gtaaatgcga cacagccggg 480

cctgaaacca ggagcgtgtg atgaccttta atatgatgcc tggggtcact ggagcgcttt 540

atcggcatcc tgaccgaaga atttgccggt ttcttcccga cctggctggc ccctgttcag 600

gttgtggtga tgaatatcac tgattctcaa gctgaatatg tcaacgaatt gacccgtaaa 660

ttgcaaaatg cgggcattcg tgtaaaagcg gacttgagaa acgagaagat tggctttaaa 720

atccgcgagc acactttacg tcgtgtccct tatatgttgg tctgtggtga taaagaggtg 780

gaagcaggca aagtggccgt tcgcacccgc cgcggtaaag acctgggcag cctggacgta 840

agtgaagtga ttgagaagct gcaacaagag attcgcagcc gcagtcttca acaactggag 900

gaataaggta ttaaaggcgg aaaacgagtt caaacggcac gtccgaatcg tatcaatggc 960

gagattcgcg cccaggaagt tcgcttaact ggtctggaag gtgagcagct gggtattgca 1020

atagaactaa ctacccgccc tgaaggcggt acctgcctga ccctgcgatt cccgttattt 1080

cattcactga ccggaggccc acgatgaccc agcgacccga gtcgggcacc accgtctggc 1140

gttttgatct ctcacagcaa tttaccgcca tgcagcgcat cagcgtggtg ttgagtcgcg 1200

caaccgagat aagccagacg ctgcaggagg tgctgtgtgt tctgcataat gacgcattta 1260

tgcaacacgg catgctgtgt ctgtatgaca accagcagga aattctgagt attgaagcct 1320

tgcaggaggc agaccaacat ctgatccccg gcagctcgca aattcgctat cgccctggcg 1380

aagggctggt aggagccgta ctgtcccagg gacaatctct tgtgctgccg cgtgtcgccg 1440

acgatcaacg ctttctcgac aggcttggca tctatgatta caacctgccg tttatcgccg 1500

tccccttaat ggggccaggc gcgcagacga ttggcgtgct cgccgcgcag ccgatggcgc 1560

gtctggagga gcggcttcct tcctgtacgc gctttctgga aaccgtc 1607

<210> 261

<211> 1536

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1536)

<223> 16S-1

<400> 261

ttgaagagtt tgatcatggc tcagattgaa cgctggcggc aggcctaaca catgcaagtc 60

gaacggtagc acagagagct tgctctcggg tgacgagtgg cggacgggtg agtaatgtct 120

gggaaactgc ctgatggagg gggataacta ctggaaacgg tagctaatac cgcataacgt 180

cgcaagacca aagaggggga ccttcgggcc tcttgccatc agatgtgccc agatgggatt 240

agctagtagg tggggtaacg gctcacctag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg 300

accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat 360

attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtgtgaagaa ggccttcggg 420

ttgtaaagca ctttcagcgg ggaggaaggg agtaaggtta ataaccttat tcattgacgt 480

tacccgcaga agaagcaccg gctaactccg tgccagcagc cgcggtaata cggagggtgc 540

aagcgttaat cggaattact gggcgtaaag cgcacgcagg cggtctgtca agtcggatgt 600

gaaatccccg ggctcaacct gggaactgca tccgaaactg gcaggcttga gtctcgtaga 660

gggaggtaga attccaggtg tagcggtgaa atgcgtagag atctggagga ataccggtgg 720

cgaaggcggc ctcctggacg aagactgacg ctcaggtgcg aaagcgtggg gagcaaacag 780

gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa acgatgtcta tttggaggtt gtgcccttga 840

ggcgtggctt ccggagctaa cgcgttaaat agaccgcctg gggagtacgg ccgcaaggtt 900

aaaactcaaa tgaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgat 960

gcaacgcgaa gaaccttacc tggtcttgac atccacagaa ctttccagag atggattggt 1020

gccttcggga actgtgagac aggtgctgca tggctgtcgt cagctcgtgt tgtgaaatgt 1080

tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tatcctttgt tgccagcggt ccggccggga 1140

actcaaagga gactgccagt gataaactgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat 1200

ggcccttacg accagggcta cacacgtgct acaatggcgc atacaaagag aagcgacctc 1260

gcgagagtaa gcggacctca taaagtgcgt cgtagtccgg attggagtct gcaactcgac 1320

tccatgaagt cggaatcgct agtaatcgtg gatcagaatg ccacggtgaa tacgttcccg 1380

ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtgggtt gcaaaagaag taggtagctt 1440

aaccttcggg agggcgctta ccactttgtg attcatgact ggggtgaagt cgtaacaagg 1500

taaccgtagg ggaacctgcg gttggatcac ctcctt 1536

<210> 262

<211> 1537

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1537)

<223> 16S-2

<220>

<221> misc_feature

<222> (450)..(450)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (452)..(452)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (455)..(455)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (473)..(473)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 262

ttgaagagtt tgatcatggc tcagattgaa cgctggcggc aggcctaaca catgcaagtc 60

gaacggtagc acagagagct tgctctcggg tgacgagtgg cggacgggtg agtaatgtct 120

gggaaactgc ctgatggagg gggataacta ctggaaacgg tagctaatac cgcataacgt 180

cgcaagacca aagaggggga ccttcgggcc tcttgccatc agatgtgccc agatgggatt 240

agctagtagg tggggtaacg gctcacctag gcgacgatcc ctagctggtc tgagaggatg 300

accagccaca ctggaactga gacacggtcc agactcctac gggaggcagc agtggggaat 360

attgcacaat gggcgcaagc ctgatgcagc catgccgcgt gtgtgaagaa ggccttcggg 420

ttgtaaagca ctttcagcgg ggaggaaggn antanggtta ataacctgtg ttnattgacg 480

ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 540

caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag gcggtctgtc aagtcggatg 600

tgaaatcccc gggctcaacc tgggaactgc atccgaaact ggcaggcttg agtctcgtag 660

agggaggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga gatctggagg aataccggtg 720

gcgaaggcgg cctcctggac gaagactgac gctcaggtgc gaaagcgtgg ggagcaaaca 780

ggattagata ccctggtagt ccacgccgta aacgatgtct atttggaggt tgtgcccttg 840

aggcgtggct tccggagcta acgcgttaaa tagaccgcct ggggagtacg gccgcaaggt 900

taaaactcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960

tgcaacgcga agaaccttac ctggtcttga catccacaga acttagcaga gatgctttgg 1020

tgccttcggg aactgtgaga caggtgctgc atggctgtcg tcagctcgtg ttgtgaaatg 1080

ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcctttg ttgccagcgg ttaggccggg 1140

aactcaaagg agactgccag tgataaactg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca 1200

tggcccttac gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg catacaaaga gaagcgacct 1260

cgcgagagta agcggacctc ataaagtgcg tcgtagtccg gattggagtc tgcaactcga 1320

ctccatgaag tcggaatcgc tagtaatcgt ggatcagaat gccacggtga atacgttccc 1380

gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagtgggt tgcaaaagaa gtaggtagct 1440

taaccttcgg gagggcgctt accactttgt gattcatgac tggggtgaag tcgtaacaag 1500

gtaaccgtag gggaacctgc ggttggatca cctcctt 1537

<210> 263

<211> 882

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH

<400> 263

atgaccatgc gtcaatgcgc catttacggc aaaggtggga tcggcaaatc gaccaccaca 60

cagaacctgg tcgccgcgct ggcggagatg ggtaaaaaag tcatgattgt cggctgtgac 120

ccgaaagccg attccacgcg tttgatcctg catgcgaaag cgcagaacac cattatggag 180

atggctgctg aagtcggctc cgtggaagac ctggagttag aagacgtgct gcaaatcggt 240

tacggcggcg tgcgctgcgc agagtccggc ggcccggagc caggcgtggg ctgtgccggt 300

cgcggggtga tcaccgcgat taacttcctc gaagaagaag gcgcttacgt gccggatctc 360

gattttgttt tctacgacgt gctgggcgac gtggtatgcg gtggtttcgc catgccgatt 420

cgtgaaaaca aagcgcagga gatctacatc gtttgctctg gcgaaatgat ggcgatgtac 480

gccgccaaca acatctccaa aggcatcgtg aaatacgcca aatccggtaa agtgcgcctc 540

ggcgggctga tttgtaactc gcgccagacc gaccgtgaag atgaactgat cattgcgctg 600

gcagaaaaac tcggcacgca gatgatccac tttgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgt 660

gcggaaatcc gccgtatgac ggttatcgaa tatgacccga cctgcaatca ggcgaacgaa 720

tatcgcagcc ttgccagcaa aatcgtcaac aacaccaaaa tggtggtgcc caccccctgc 780

accatggatg aactggaaga actgctgatg gagttcggca ttatggatgt ggaagacacc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgccgaagaa aacgccgtct ga 882

<210> 264

<211> 1449

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD2

<400> 264

atgagcaatg caacaggcga acgcaacctg gagataatcg agcaggtgct cgaggttttc 60

ccggagaaga cgcgcaaaga acgcagaaaa cacatgatgg tgacggaccc ggagcaggaa 120

agcgtcggta agtgcatcat ctctaaccgc aaatcgcagc caggcgtgat gaccgtgcgc 180

ggctgctcgt atgccggttc gaaaggggtg gtatttgggc caatcaagga tatggcgcat 240

atctcgcatg gcccaatcgg ctgcggccaa tactcccgcg ccgggcggcg gaactactac 300

accggcgtca gcggcgtgga cagcttcggc acgctcaact tcacctccga ttttcaggag 360

cgcgacatcg tgtttggcgg cgataaaaag ctcgccaaac tgattgaaga gctggaagag 420

ctgttcccgc tgaccaaagg catttcgatt cagtcggaat gcccggtcgg cctgattggc 480

gatgacattg aggccgtcgc gaacgccagc cgcaaagcca tcaacaaacc ggttattccg 540

gtgcgttgcg aaggctttcg cggcgtgtcg caatccctcg gtcaccatat tgccaacgat 600

gtgatccgcg actgggtgct ggataaccgc gaaggcaaac cgttcgaatc caccccttac 660

gatgtggcga tcatcggcga ttacaacatc ggcggcgatg cctgggcttc gcgcattttg 720

ctcgaagaga tgggcttgcg ggtggtggca cagtggtctg gcgacggtac gctggtggag 780

atggaaaaca cgccgttcgt caaactgaac ctggtgcatt gttaccgctc aatgaactac 840

atctcgcgcc atatggagga gaagcacggt attccgtgga tggaatacaa cttctttggt 900

ccgacgaaaa tcgcggaatc gctgcgcaaa atcgccgacc agtttgacga caccattcgc 960

gccaacgccg aagcggtgat cgccagatac caggcgcaaa acgacgccat tatcgccaaa 1020

tatcgcccgc gtctggaggg gcgcaaagtg ctgctttata tgggcgggct gcgtccgcgc 1080

catgtgattg gcgcctatga agacctggga atggagatca tcgctgccgg ttatgagttc 1140

ggtcataacg atgattacga ccgcaccttg ccggatctga aagagggcac gctgctgttt 1200

gatgatgcca gcagttatga gctggaggcg ttcgtcaacg cgctgaaacc ggatctcatc 1260

ggttccggca tcaaagagaa gtacatcttt cagaaaatgg gcgtgccgtt tcgccagatg 1320

cactcctggg attactccgg cccgtaccac ggctatgacg gcttcgccat cttcgcccgc 1380

gatatggata tgacgctcaa caaccccgcg tggggccagt tgaccgcgcc gtggctgaaa 1440

tccgcctga 1449

<210> 265

<211> 1563

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK2

<400> 265

atgagccaga ctgctgagaa aatacagaat tgccatcccc tgtttgaaca ggatgcttac 60

cagacgctgt ttgccggtaa acgggcactc gaagaggcgc actcgccgga gcgggtgcag 120

gaagtgtttc aatggaccac taccccggaa tatgaagcgc tgaactttaa acgcgaagcg 180

ctgactatcg acccggcaaa agcctgccag ccgctgggcg cggtgctctg ttcgctgggg 240

tttgccaata ccctaccgta tgtgcacggt tcacagggtt gcgtggccta tttccgcacg 300

tactttaacc gccactttaa agaaccggtg gcctgcgtgt cggattcaat gacggaagac 360

gcggcggtgt tcggcgggaa taacaacctc aacaccggct tacaaaacgc cagcgcgctg 420

tataaaccgg agattatcgc cgtctctacc acctgtatgg cggaagtgat cggtgatgat 480

ttgcaggcct ttatcgccaa cgccaaaaaa gatggttttc tcgatgccgc catccccgtg 540

ccctacgcgc acacccccag ttttatcggc agccatatca ccggctggga taacatgttt 600

gaaggttttg cccggacctt tacggcagac catgaagctc agcccggcaa actttcacgc 660

atcaacctgg tgaccgggtt tgaaacctat ctcggcaatt tccgcgtgct gaaacgcatg 720

atggaacaaa tggaggtgcc ggcgagtgtg ctctccgatc cgtcggaagt gctggatact 780

cccgccaacg ggcattacca gatgtacgcg ggcgggacga cgcagcaaga gatgcgcgag 840

gcgccggatg ctatcgacac cctgttgctg cagccctggc aactggtgaa aagcaaaaaa 900

gtggtgcagg agatgtggaa tcagcccgcc accgaggttt ctgttcccgt tgggctggca 960

ggaacagacg aactgttgat ggcgattagc cagttaaccg gcaaggccat tcccgattca 1020

ctggcgctgg agcgcgggcg gctggtcgat atgatgctcg attcccacac ctggttgcac 1080

ggtaaaaaat tcggcctgtt tggcgatccg gattttgtca tgggattgac ccgtttcctg 1140

ctggagctgg gctgcgaacc gaccgttatc ctctgccaca acggtaacaa acgctggcag 1200

aaagcaatga agaaaatgct tgacgcctcg ccgtacggcc aggagagcga agtgtttatc 1260

aactgcgatt tgtggcattt ccgctcgctg atgtttaccc gccagccgga ttttatgatt 1320

ggcaactcgt acggcaagtt cattcagcgc gacaccttag ccaaaggcga gcagtttgaa 1380

gttccgctga tccgcctcgg ttttcccctg ttcgaccgcc accatctgca ccgccagacc 1440

acctggggct acgagggcgc catgagcatt ctcactaccc ttgtgaatgc ggtactggag 1500

aaagtggaca aagagaccat caagctcggc aaaaccgact acagcttcga tcttatccgt 1560

taa 1563

<210> 266

<211> 1488

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1488)

<223> nifL

<400> 266

atgaccctga atatgatgat ggatgccggc gcgcccgagg caatcgccgg tgcgctttcg 60

cgacaccatc ctgggctgtt ttttaccatc gttgaagaag cgcccgtcgc catttcgctg 120

actgatgccg acgcacgcat tgtctatgcc aacccggctt tctgccgcca gaccggctat 180

gaactagaag cgttgttgca gcaaaatccc cgcctgcttg caagtcgcca aaccccacgg 240

gaaatctatc aggatatgtg gcacaccttg ttacaacgcc gaccgtggcg cgggcaattg 300

attaaccgcc accgcgacgg cagcctgtat ctggtcgaga tcgatatcac cccggtgatt 360

aacccgtttg gcgaactgga acactacctg gcaatgcagc gcgatatcag cgccagttat 420

gcgctggagc agcggttgcg caatcacatg acgctgaccg aagcggtgct gaataacatt 480

ccggcggcgg tggttgtagt ggatgaacgc gatcatgtgg ttatggataa ccttgcctac 540

aaaacgttct gtgccgactg cggcggaaaa gagctcctga gcgaactcaa tttttcagcc 600

cgaaaagcgg agctggcaaa cggccaggtc ttaccggtgg tgctgcgcgg tgaggtgcgc 660

tggttgtcgg tgacctgctg ggcgctgccg ggcgtcagcg aagaagccag tcgctacttt 720

attgataaca ggctgacgcg cacgctggtg gtgatcaccg acgacaccca acaacgccag 780

cagcaggaac agggccgact tgaccgcctt aaacagcaga tgaccaacgg caaactactg 840

gcagcgatcc gcgaagcgct tgacgccgcg ctgatccagc ttaactgccc catcaatatg 900

ctggcggcgg cgcgacgttt aaacggcagt gataacaaca atgtggcgct cgacgccgcg 960

tggcgcgaag gtgaagaggc gatggcgcgg ctgaaacgtt gccgcccgtc gctggaactg 1020

gaaagtgcgg ccgtctggcc gctgcaaccc ttttttgacg atctgcgcgc gctttatcac 1080

acccgctacg agcaggggaa aaatttgcag gtcacgctgg attcccatca tctggtggga 1140

tttggtcagc gtacgcaact gttagcctgc ctgagtctgt ggctcgatcg cacgctggat 1200

attgccgccg ggctgggtga tttcaccgcg caaacgcaga tttacgcccg cgaagaagag 1260

ggctggctct ctttgtatat cactgacaat gtgccgctga tcccgctgcg ccacacccac 1320

tcgccggatg cgcttaacgc tccgggaaaa ggcatggagc tgcgcctgat ccagacgctg 1380

gtggcacacc accacggcgc aatagaactc acttcacacc ccgaaggggg aagttgcctg 1440

accctacgat tcccgctatt tcattcactg accggaggtt caaaatga 1488

<210> 267

<211> 1575

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA

<400> 267

atgacccagc gaaccgagtc gggtaatacc gtctggcgct tcgatttgtc ccagcagttc 60

actgcgatgc agcgcataag cgtggtactc agccgggcga ccgaggtcga tcagacgctc 120

cagcaagtgc tgtgcgtatt gcacaatgac gcctttttgc agcacggcat gatctgtctg 180

tacgacagcc agcaggcgat tttgaatatt gaagcgttgc aggaagccga tcagcagtta 240

atccccggca gctcgcaaat ccgctatcgt ccgggcgaag ggctggtcgg gacggtgctt 300

tcgcagggcc aatcattagt gctggcgcgc gttgctgacg atcagcgctt tcttgaccgg 360

ctcgggttgt atgattacaa cctgccgttt atcgccgtgc cgctgatagg gccagatgcg 420

cagactttcg gtgtgctgac ggcacaaccc atggcgcgtt acgaagagcg attacccgcc 480

tgcacccgct ttctggaaac ggtcgctaac ctggtcgcgc aaaccgtgcg tttgatggca 540

ccaccggcag tgcgcccttc cccgcgcgcc gccataacac aggccgccag cccgaaatcc 600

tgcacggcct cacgcgcatt tggttttgaa aatatggtcg gtaacagtcc ggcgatgcgc 660

cagaccatgg agattatccg tcaggtttcg cgctgggaca ccaccgttct ggtacgcggc 720

gagagtggca ccggcaagga gctgattgcc aacgccatcc accaccattc gccgcgtgcc 780

ggtgcgccat ttgtgaaatt caactgtgcg gcgctgccgg acacactgct ggaaagcgaa 840

ttgttcggtc acgagaaagg ggcatttacc ggcgcggtac gccagcgtaa aggccgtttt 900

gagctggccg atggcggcac gctgtttctt gacgagatcg gcgagagtag cgcctcgttt 960

caggctaagc tgctgcgcat tttgcaggaa ggcgaaatgg aacgcgtcgg cggcgacgag 1020

acattgcaag tgaatgtgcg cattattgcc gcgacgaacc gcaatcttga agatgaagtc 1080

cggctggggc actttcgcga agatctctat tatcgcctga atgtgatgcc catcgccctg 1140

ccgccactac gcgaacgcca ggaggacatt gccgagctgg cgcactttct ggtgcgtaaa 1200

atcgcccata accagagccg tacgctgcgc attagcgagg gcgctatccg cctgctgatg 1260

agctacaact ggcccggtaa tgtgcgcgaa ctggaaaact gccttgagcg ctcagcggtg 1320

atgtcggaga acggtctgat cgatcgggat gtgattttgt ttaatcatcg cgaccagcca 1380

gccaaaccgc cagttatcag cgtctcgcat gatgataact ggctcgataa caaccttgac 1440

gagcgccagc ggctgattgc ggcgctggaa aaagcgggat gggtacaagc caaagccgcg 1500

cgcttgctgg ggatgacgcc gcgccaggtc gcctatcgta ttcagacgat ggatataacc 1560

ctgccaaggc tataa 1575

<210> 268

<211> 2850

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2850)

<223> glnE

<400> 268

atgccgcacc acgcaggatt gtcgcagcac tggcaaacgg tattttctcg tctgccggaa 60

tcgctcaccg cgcagccatt gagcgcgcag gcgcagtcag tgctcacttt tagtgatttt 120

gttcaggaca gcatcatcgc gcatcctgag tggctggcag agcttgaaag cgcgccgccg 180

cctgcgaacg aatggcaaca ctatgcgcaa tggctgcaag cggcgctgga tggcgtcacc 240

gatgaagcct cgctgatgcg cgcgctgcgg ctgtttcgcc gtcgcatcat ggtgcgcatc 300

gcctggagcc aggcgttaca gttggtggcg gaagaagata tcctgcaaca gcttagcgtg 360

ctggcggaaa ccctgatcgt cgccgcgcgc gactggcttt atgaggcctg ctgccgtgag 420

tggggaacgc cgagcaatcc acaaggcgtg gcgcagccga tgctggtact cggcatgggc 480

aaactgggtg gcggcgaact caatttctca tccgatatcg atttgatttt cgcctggccg 540

gaaaatggcg caacgcgcgg tggacgccgt gagctggata acgcgcaatt tttcactcgc 600

cttggtcaac ggctgattaa agtcctcgac cagccaacgc aggatggctt tgtctaccgc 660

gtcgatatgc gcttgcgccc gtttggcgac agcggcccgc tggtgctgag ctttgccgcg 720

ctggaagatt actaccagga gcaggggcgc gattgggaac gctacgcgat ggtgaaagcg 780

cgcattatgg gcgataacga cggcgaccat gcgcgggagt tgcgcgcaat gctgcgcccg 840

tttgttttcc gccgttatat cgacttcagc gtgattcagt ccctgcgtaa catgaaaggc 900

atgattgccc gcgaagtgcg tcgccgtggc ctgaaggaca acattaagct cggcgcgggc 960

gggatccgcg aaatagaatt tatcgtccag gttttccagc tgattcgcgg cggtcgcgag 1020

cctgcactgc aatcgcgttc actgttgccg acgcttgctg ccatagatca actgcatctg 1080

ctgccggatg gcgacgcaac ccggctgcgc gaggcgtatt tgtggctgcg acggctggag 1140

aacctgctgc aaagcatcaa tgacgaacag acacagacgc tgccgggcga tgaactgaat 1200

cgcgcgcgcc tcgcctgggg aatgggcaaa gatagctggg aagcgctctg cgaaacgctg 1260

gaagcgcata tgtcggcggt gcgtcagata tttaacgatc tgattggcga tgatgaaacg 1320

gattcgccgg aagatgcgct ttctgagagc tggcgcgaat tgtggcagga tgcgttgcag 1380

gaggaggatt ccacgcccgt gctggcgcat ctctcagagg acgatcgccg ccgcgtggtg 1440

gcgctgattg ccgattttcg caaagagttg gataaacgca ccattggccc gcgagggcgg 1500

caggtactcg atcacttaat gccgcatctg ctcagcgatg tatgctcgcg cgacgatgcg 1560

ccagtaccgc tgtcacgcct gacgccgctg ctcaccggaa ttattacccg caccacttac 1620

cttgagctgc taagtgaatt tcccggcgca ctgaaacacc tcatttccct gtgtgccgcg 1680

tcgccgatgg ttgccagtca gctggcgcgc tacccgatcc tgcttgatga attgctcgac 1740

ccgaatacgc tctatcaacc gacggcgatg aatgcctatc gcgatgagct gcgccaatac 1800

ctgctgcgcg tgccggaaga tgatgaagag caacagcttg aggcgctgcg gcagtttaag 1860

caggcgcagt tgctgcgcgt ggcggcggcg gatattgccg gtacgttgcc agtaatgaaa 1920

gtgagcgatc acttaacctg gctggcggaa gcgattattg atgcggtggt gcagcaagcc 1980

tgggggcaga tggtggcgcg ttatggccag ccaacgcatc tgcacgatcg cgaagggcgc 2040

ggttttgcgg tggtcggtta tggcaagctg ggcggctggg agctgggtta cagctccgat 2100

ctggatctgg tattcctgca cgactgcccg atggatgtga tgaccgatgg cgagcgtgaa 2160

atcgatggtc gccagttcta tttgcgtctc gcgcagcgcg tgatgcacct gtttagcacg 2220

cgcacgtcgt ccggcatcct ttatgaagtt gatgcgcgtc tgcgtccatc tggcgctgcg 2280

gggatgctgg tcactactac ggaatcgttc gccgattacc agcaaaacga agcctggacg 2340

tgggaacatc aggcgctggc ccgtgcgcgc gtggtgtacg gcgatccgca actgaccgcc 2400

gaatttgacg ccattcgccg cgatattctg atgacgcctc gcgacggcgc aacgctgcaa 2460

accgacgtgc gagaaatgcg cgagaaaatg cgtgcccatc ttggcaacaa gcataaagac 2520

cgcttcgatc tgaaagccga tgaaggcggt atcaccgaca tcgagtttat cgcccaatat 2580

ctggtgctgc gctttgccca tgacaagccg aaactgacgc gctggtcgga taatgtgcgc 2640

attctcgaag ggctggcgca aaacggcatc atggaggagc aggaagcgca ggcattgacg 2700

ctggcgtaca ccacattgcg tgatgagctg caccacctgg cgctgcaaga gttgccggga 2760

catgtggcgc tctcctgttt tgtcgccgag cgtgcgctta ttaaaaccag ctgggacaag 2820

tggctggtgg aaccgtgcgc cccggcgtaa 2850

<210> 269

<211> 1536

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1536)

<223> 16S-3

<220>

<221> misc_feature

<222> (766)..(776)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (905)..(905)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 269

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgaacggtag cacagagagc ttgctctcgg gtgacgagtg gcggacgggt gagtaatgtc 120

tgggaaactg cctgatggag ggggataact actggaaacg gtagctaata ccgcataacg 180

tcgcaagacc aaagaggggg accttcgggc ctcttgccat cagatgtgcc cagatgggat 240

tagctagtag gtggggtaac ggctcaccta ggcgacgatc cctagctggt ctgagaggat 300

gaccagccac actggaactg agacacggtc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa 360

tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag ccatgccgcg tgtgtgaaga aggccttcgg 420

gttgtaaagc actttcagcg gggaggaagg gagtaaggtt aataaccttg ctcattgacg 480

ttacccgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat acggagggtg 540

caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag gcggtctgtc aagtcggatg 600

tgaaatcccc gggctcaacc tgggaactgc atccgaaact ggcaggcttg agtctcgtag 660

agggaggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga gatctggagg aataccggtg 720

gcgaaggcgg cctcctggac gaagactgac gctcaggtgc gaaagnnnnn nnnnnnaaca 780

ggattagata ccctggtagt ccatgccgta aacgatgtct actagccgtt ggggcctttg 840

aggctttagt ggcgcagcta acgcgataag tagaccgcct ggggagtacg gtcgcaagac 900

taaanctcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga 960

tgcaacgcga agaaccttac ctggccttga catagtaaga attttccaga gatggattgg 1020

tgccttcggg aacttacata caggtgctgc atggctgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080

ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttgtcattag ttgctacatt tagttgggca 1140

ctctaatgag actgccggtg acaaaccgga ggaaggtggg gatgacgtca agtcctcatg 1200

gcccttatag gtggggctac acacgtcata caatggctgg tacaaagggt tgccaacccg 1260

cgagggggag ctaatcccat aaaaccagtc gtagtccgga tcgcagtctg caactcgact 1320

gcgtgaagtc ggaatcgcta gtaatcgtgg atcagaatgt cacggtgaat acgttcccgg 1380

gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagcgggttc tgccagaagt agttagctta 1440

accgcaagga gggcgattac cacggcaggg ttcgtgactg gggtgaagtc gtaacaaggt 1500

agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt 1536

<210> 270

<211> 882

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifD1

<400> 270

atgaccatgc gtcaatgcgc catttacggc aaaggtggga tcggcaaatc gaccaccaca 60

cagaacctgg tcgccgcgct ggcggagatg ggtaaaaaag tcatgattgt cggctgtgac 120

ccgaaagccg attccacgcg tttgatcctg catgcgaaag cgcagaacac cattatggag 180

atggctgctg aagtcggctc cgtggaagac ctggagttag aagacgtgct gcaaatcggt 240

tacggcggcg tgcgctgcgc agagtccggc ggcccggagc caggcgtggg ctgtgccggt 300

cgcggggtga tcaccgcgat taacttcctc gaagaagaag gcgcttacgt gccggatctc 360

gattttgttt tctacgacgt gctgggcgac gtggtatgcg gtggtttcgc catgccgatt 420

cgtgaaaaca aagcgcagga gatctacatc gtttgctctg gcgaaatgat ggcgatgtac 480

gccgccaaca acatctccaa aggcatcgtg aaatacgcca aatccggtaa agtgcgcctc 540

ggcgggctga tttgtaactc gcgccagacc gaccgtgaag atgaactgat cattgcgctg 600

gcagaaaaac tcggcacgca gatgatccac tttgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgt 660

gcggaaatcc gccgtatgac ggttatcgaa tatgacccga cctgcaatca ggcgaacgaa 720

tatcgcagcc ttgccagcaa aatcgtcaac aacaccaaaa tggtggtgcc caccccctgc 780

accatggatg aactggaaga actgctgatg gagttcggca ttatggatgt ggaagacacc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgccgaagaa aacgccgtct ga 882

<210> 271

<211> 1386

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK1

<400> 271

atggccgaaa ttctgcgcag taaaaaaccg ctggcggtca gcccgataaa aagcggccag 60

ccgctggggg cgatcctcgc aagcctgggt gtcgaacagt gcataccgct ggtacacggc 120

gcacagggat gtagcgcgtt cgcgaaggtg ttctttattc aacattttca cgatccgatc 180

ccgctgcaat cgacggcgat ggatccgact tccaccatta tgggcgccga tgaaaacatt 240

tttaccgcgc tcaatgtgct ctgccagcgc aacgccgcga aagccattgt gctgctcagc 300

accgggcttt cagaagccca gggcagcgac atttcgcggg tggtgcgcca gtttcgtgat 360

gattttcccc ggcataaagg cgttgcgctg ctcaccgtca acacacccga tttctacggc 420

tcgctggaaa acggctacag cgccgtgctg gaaagcatga ttgaacagtg ggtacccgca 480

cagcccgccg ccagcctgcg caaccgccgt gtcaacctgc tggtcagcca tttactgaca 540

ccaggcgata tcgaactgtt gcgcagttat gttgaagcct tcggcctgca accggtgatt 600

gtgccggatc tgtcgctgtc gctggacggg catctggcag acggtgattt ttcgcctgtt 660

acccaagggg gaacatcgct gcgcatgatt gaacagatgg ggcaaaacct ggccaccttt 720

gtgattggcg cctcgctggg ccgtgcggcg gcgttactgg cgcagcgcag ccgtggcgag 780

gtgatcgccc tgccgcatct gatgacgctt gcagcctgcg acacgtttat tcatcgactg 840

aaaaccctct ccgggcgcga tgtccccgcg tggattgagc gccagcgcgg ccaagttcag 900

gatgcgatga tcgattgcca tatgtggctg cagggtgcgg ctatcgccat ggcagcagaa 960

ggcgatcacc tggcggcatg gtgcgatttc gcccgcagcc agggcatgat ccccggcccg 1020

attgtcgcac cggtcagcca gccggggttg caaaatctgc cggttgaaac cgtggttatc 1080

ggcgatctgg aagatatgca ggatcggctt tgcgcgacgc ccgccgcgtt actggtggcc 1140

aattctcatg ccgccgatct cgccacgcag tttgatttgt cacttatccg cgccgggttc 1200

ccggtgtatg accggctggg ggaatttcgt cgcctgcgcc aggggtacag cggcattcgt 1260

gacacgctgt ttgagctggc gaatgtgatg cgcgagcgcc atcacccgct tgcaacctac 1320

cgctcgccgc tgcgccagca cgccgacgac aacgttacgc ctggagatct gtatgccgca 1380

tgttaa 1386

<210> 272

<211> 1287

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1287)

<223> amtB

<400> 272

atgaaaaaca caacattaaa aacagcgctt gcttcgctgg cgttactgcc tggcctggcg 60

atggcggctc ccgctgtggc ggataaagcc gacaacggct ttatgatgat ttgcaccgcg 120

ctggtgctgt ttatgaccat tccgggcatt gcgctgttct acggcggttt gatccgcggt 180

aaaaacgtgc tgtcgatgct gacgcaggtt gccgtcacct tcgcactggt gtgcattctg 240

tgggtggtgt atggctactc gctggcattt ggcgagggca acagcttctt cgggagtttt 300

aactgggcga tgttgaaaaa catcgaactg aaagccgtga tgggcagcat ttatcagtat 360

atccacgtgg cgttccaggg ttccttcgcc tgtatcaccg ttggcctgat tgtcggtgca 420

ctggctgagc gtattcgctt ctctgcggtg ctgatttttg tggtggtatg gctgacgctt 480

tcttacgtgc cgattgcaca catggtgtgg ggcggcggtc tgctggcaac ccacggtgcg 540

ctggatttcg caggcggtac ggttgttcac atcaacgctg cgattgcagg tctggtgggg 600

gcttacctga ttggcaaacg cgtgggcttt ggcaaagaag cattcaaacc gcataacctg 660

ccgatggtct tcactggcac cgctatcctg tatgttggct ggtttggttt caacgccggc 720

tccgcaagct cggcgaacga aattgctgcg ctggccttcg tgaacactgt cgttgccact 780

gctgccgcta ttctggcgtg ggtatttggc gaatgggcaa tgcgcggcaa gccgtctctg 840

ctcggtgcct gttctggtgc catcgcgggt ctggttggta tcacccccgc ctgtggttat 900

gtgggtgtcg gcggtgcgct gattgtgggt ctgattgccg gtctggctgg gctgtggggc 960

gttactgcgc tgaaacgtat gttgcgtgtc gatgacccgt gtgacgtatt cggtgtgcac 1020

ggcgtgtgcg gcatcgtggg ctgtatcctg acgggtatct tcgcctctac gtcgctgggt 1080

ggtgtcggtt tcgctgaagg tgtgaccatg ggccatcagg tgctggtgca gctggaaagt 1140

gttgccatca ctatcgtgtg gtctggcgtg gtggccttta ttggttacaa actggcggac 1200

atgacggtag gcctgcgcgt accggaagaa caagaacgtg aagggctgga tgtaaacagc 1260

cacggcgaaa acgcctataa cgcctga 1287

<210> 273

<211> 348

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(348)

<223> Prm1

<400> 273

cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt 60

ttttatattc ccgcctccat ttaaaataaa aaatccaatc ggatttcact atttaaactg 120

gccattatct aagatgaatc cgatggaagc tcgctgtttt aacacgcgtt ttttaacctt 180

ttattgaaag tcggtgcttc tttgagcgaa cgatcaaatt taagtggatt cccatcaaaa 240

aaatattctc aacctaaaaa agtttgtgta atacttgtaa cgctacatgg agattaactc 300

aatctagagg gtattaataa tgaatcgtac taaactggta ctgggcgc 348

<210> 274

<211> 313

<212> DNA

<213> 蔗糖科萨克氏菌(Kosakonia sacchari)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(313)

<223> Prm5

<400> 274

ggacatcatc gcgacaaaca atattaatac cggcaaccac accggcaatt tacgagactg 60

cgcaggcatc ctttctcccg tcaatttctg tcaaataaag taaaagaggc agtctacttg 120

aattaccccc ggctggttga gcgtttgttg aaaaaaagta actgaaaaat ccgtagaata 180

gcgccactct gatggttaat taacctattc aattaagaat tatctggatg aatgtgccat 240

taaatgcgca gcataatggt gcgttgtgcg ggaaaactgc ttttttttga aagggttggt 300

cagtagcgga aac 313

<210> 275

<211> 1485

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1485)

<223> nifL

<400> 275

atgaccctga atatgatgct cgataacgcc gcgccggagg ccatcgccgg cgcgctgact 60

caacaacatc cggggctgtt ttttaccatg gtggaacagg cctcggtggc catctccctc 120

accgatgcca gcgccaggat catttacgcc aacccggcgt tttgccgcca gaccggctat 180

tcgctggcgc aattgttaaa ccagaacccg cgcctgctgg ccagcagcca gacgccgcgc 240

gagatctatc aggagatgtg gcataccctg ctccagcgtc agccctggcg cggtcagctg 300

attaatcagc gtcgggacgg cggcctgtac ctggtggaga ttgacatcac cccggtgctt 360

agcccgcaag gggaactgga gcattatctg gcgatgcagc gggatatcag cgtcagctac 420

accctcgaac agcggctgcg caaccatatg accctgatgg aggcggtgct gaataatatc 480

cccgccgccg tggtagtggt ggacgagcag gatcgggtgg tgatggacaa cctcgcctac 540

aaaaccttct gcgctgactg cggcggccgg gagctgctca ccgagctgca ggtctcccct 600

ggccggatga cgcccggcgt ggaggcgatc ctgccggtgg cgctgcgcgg ggccgcgcgc 660

tggctgtcgg taacctgctg gccgttgccc ggcgtcagtg aagaggccag ccgctacttt 720

atcgacagcg cgctggcgcg gaccctggtg gtgatcgccg actgtaccca gcagcgtcag 780

cagcaggagc aagggcgcct tgaccggctg aagcagcaaa tgaccgccgg caagctgctg 840

gcggcgatcc gcgagtcgct ggacgccgcg ctgatccagc tgaactgccc gattaatatg 900

ctggcggcag cccgtcggct gaacggcgag ggaagcggga atgtggcgct ggaggccgcc 960

tggcgtgaag gggaagaggc gatggcgcgg ctccagcgct gtcgcccatc gctggaactc 1020

gaaaaccccg ccgtctggcc gctgcagccc tttttcgacg atctgtgcgc cctctaccgt 1080

acacgcttcg atcccgacgg gctgcaggtc gacatggcct caccgcatct gatcggcttt 1140

ggccagcgca ccccactgct ggcgtgctta agcctgtggc tcgatcgcac cctggccctc 1200

gccgccgaac tcccctccgt gccgctggcg atgcagctct acgccgagga gaacgacggc 1260

tggctgtcgc tgtatctgac tgacaacgta ccgctgctgc aggtgcgcta cgctcactcc 1320

cccgacgcgc tgaactcgcc gggcaaaggc atggagctgc ggctgatcca gaccctggtg 1380

gcgcaccatc gcggggccat tgagctggct tcccgaccgc agggcggcac ctgcctgacc 1440

ctgcgtttcc cgctgtttaa caccctgacc ggaggtgaag catga 1485

<210> 276

<211> 1575

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1575)

<223> nifA

<400> 276

atgatccctg aatccgaccc ggacaccacc gtcagacgct tcgacctctc tcagcagttc 60

accgccatgc agcggataag cgtggtgctg agccgggcca ccgaggccag caaaacgctg 120

caggaggtgc tcagcgtatt acacaacgat gcctttatgc agcacgggat gatctgcctg 180

tacgacagcg agcaggagat cctcagtatc gaagcgctgc agcaaaccgg ccagcagccc 240

ctccccggca gcacgcagat ccgctatcgc cccggcgagg gactggtggg gaccgtgctg 300

gcccaggggc agtcgctggt gctgccccgg gtcgccgacg atcagcgttt tctcgaccgc 360

ctgagcctct acgattacga tctgccgttt atcgccgtac cgttgatggg gcccaacgcc 420

cggccaatag gggtgctggc ggcccagccg atggcgcgcc aggaagagcg gctgccggcc 480

tgcacccgtt ttctcgaaac cgtcgccaac ctcgtcgccc agaccatccg gctgatgatc 540

cttccggcct cacccgccct gtcgagccgc cagccgccga aggtggaacg gccgccggcc 600

tgctcgtcgt cgcgcggcgt gggccttgac aatatggtcg gcaagagccc ggcgatgcgc 660

cagatcgtgg aggtgatccg tcaggtttcg cgctgggaca ccaccgtgct ggtacgcggc 720

gaaagcggca ccgggaaaga gctgatcgcc aacgccatcc atcaccattc gccacgggct 780

ggcgccgcct tcgtcaaatt taactgcgcg gcgctgccgg acaccctgct ggaaagcgaa 840

ctgttcggcc atgagaaagg cgcctttacc ggggcggtgc gtcagcgtaa aggacgtttt 900

gagctggcgg atggcggcac cctgttcctc gatgagattg gtgaaagcag cgcctcgttc 960

caggccaagc tgctgcgtat cctccaggag ggggagatgg agcgggtcgg cggcgatgag 1020

accctgcggg tgaatgtccg catcatcgcc gccaccaacc gtcacctgga ggaggaggtc 1080

cggctgggcc atttccgcga ggatctctac tatcgtctga acgtgatgcc catcgccctg 1140

cccccgctgc gcgagcgtca ggaggacatc gccgagctgg cgcacttcct ggtgcgcaaa 1200

atcggccagc atcaggggcg cacgctgcgg atcagcgagg gcgcgatccg cctgctgatg 1260

gagtacagct ggccgggtaa cgttcgcgaa ctggagaact gcctcgaacg atcggcggtg 1320

atgtcggaga gtggcctgat cgatcgcgac gtgatcctct tcactcacca ggatcgtccc 1380

gccaaagccc tgcctgccag cgggccagcg gaagacagct ggctggacaa cagcctggac 1440

gaacgtcagc gactgatcgc cgcgctggaa aaagccggct gggtgcaggc caaggcggca 1500

cggctgctgg ggatgacgcc gcgccaggtc gcttatcgga tccagatcat ggatatcacc 1560

ctgccgcgtc tgtag 1575

<210> 277

<211> 1540

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1540)

<223> 16S-1

<400> 277

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcag cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgaaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcatcatac ttaatacgtg tggtgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgagcttaa cttgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccaga gaatttgcca gagatggcga 1020

agtgccttcg ggaactctga gacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc acgtaatggt 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgaga gcaagcggac ctcataaagt atgtcgtagt ccggattgga gtctgcaact 1320

cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat cgtagatcag aatgctacgg tgaatacgtt 1380

cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgggagtg ggttgcaaaa gaagtaggta 1440

gcttaacctt cgggagggcg cttaccactt tgtgattcat gactggggtg aagtcgtaac 1500

aaggtaaccg taggggaacc tgcggttgga tcacctcctt 1540

<210> 278

<211> 1540

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1540)

<223> 16S-2

<220>

<221> misc_feature

<222> (267)..(267)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 278

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcat cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgaaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggctnacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcatcatac ttaatacgtg tggtgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgagcttaa cttgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccaga gaatttgcca gagatggcga 1020

agtgccttcg ggaactctga gacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc acgtgatggt 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgaga gcaagcggac ctcataaagt atgtcgtagt ccggattgga gtctgcaact 1320

cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat cgtagatcag aatgctacgg tgaatacgtt 1380

cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgggagtg ggttgcaaaa gaagtaggta 1440

gcttaacctt cgggagggcg cttaccactt tgtgattcat gactggggtg aagtcgtaac 1500

aaggtaaccg taggggaacc tgcggttgga tcacctcctt 1540

<210> 279

<211> 1540

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1540)

<223> 16S-3

<220>

<221> misc_feature

<222> (455)..(455)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 279

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcag cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgaaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcancatac ttaatacgtg tggtgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgagcttaa cttgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccaga gaatttgcca gagatggcga 1020

agtgccttcg ggaactctga gacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc acgtgatggt 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgaga gcaagcggac ctcataaagt atgtcgtagt ccggattgga gtctgcaact 1320

cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat cgtagatcag aatgctacgg tgaatacgtt 1380

cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgggagtg ggttgcaaaa gaagtaggta 1440

gcttaacctt cgggagggcg cttaccactt tgtgattcat gactggggtg aagtcgtaac 1500

aaggtaaccg taggggaacc tgcggttgga tcacctcctt 1540

<210> 280

<211> 1540

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1540)

<223> 16S-4

<220>

<221> misc_feature

<222> (70)..(70)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 280

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcan cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgaaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggcttacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcatcacac ttaatacgtg tggtgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgagcttaa cttgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccaga gaatttgcca gagatggcga 1020

agtgccttcg ggaactctga gacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc acgtgatggt 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgaga gcaagcggac ctcataaagt atgtcgtagt ccggattgga gtctgcaact 1320

cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat cgtagatcag aatgctacgg tgaatacgtt 1380

cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgggagtg ggttgcaaaa gaagtaggta 1440

gcttaacctt cgggagggcg cttaccactt tgtgattcat gactggggtg aagtcgtaac 1500

aaggtaaccg taggggaacc tgcggttgga tcacctcctt 1540

<210> 281

<211> 1540

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1540)

<223> 16S-5

<400> 281

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcag cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tctgggaaac tgcctgatgg agggggataa ctactggaaa cggtagctaa taccgcatga 180

cctcgaaaga gcaaagtggg ggatcttcgg acctcacgcc atcggatgtg cccagatggg 240

attagctagt aggtgaggta atggctcacc taggcgacga tccctagctg gtctgagagg 300

atgaccagcc acactggaac tgagacacgg tccagactcc tacgggaggc agcagtgggg 360

aatattgcac aatgggcgca agcctgatgc agccatgccg cgtgtgtgaa gaaggcctta 420

gggttgtaaa gcactttcag cgaggaggaa ggcatcacac ttaatacgtg tgttgattga 480

cgttactcgc agaagaagca ccggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggaggg 540

tgcaagcgtt aatcggaatt actgggcgta aagcgcacgc aggcggtttg ttaagtcaga 600

tgtgaaatcc ccgagcttaa cttgggaact gcatttgaaa ctggcaagct agagtcttgt 660

agaggggggt agaattccag gtgtagcggt gaaatgcgta gagatctgga ggaataccgg 720

tggcgaaggc ggccccctgg acaaagactg acgctcaggt gcgaaagcgt ggggagcaaa 780

caggattaga taccctggta gtccacgctg taaacgatgt cgacttggag gttgtgccct 840

tgaggcgtgg cttccggagc taacgcgtta agtcgaccgc ctggggagta cggccgcaag 900

gttaaaactc aaatgaattg acgggggccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc 960

gatgcaacgc gaagaacctt acctactctt gacatccaga gaatttgcca gagatggcga 1020

agtgccttcg ggaactctga gacaggtgct gcatggctgt cgtcagctcg tgttgtgaaa 1080

tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcctt tgttgccagc acgtgatggt 1140

gggaactcaa aggagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaagtca 1200

tcatggccct tacgagtagg gctacacacg tgctacaatg gcatatacaa agagaagcga 1260

actcgcgaga gcaagcggac ctcataaagt atgtcgtagt ccggattgga gtctgcaact 1320

cgactccatg aagtcggaat cgctagtaat cgtagatcag aatgctacgg tgaatacgtt 1380

cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgggagtg ggttgcaaaa gaagtaggta 1440

gcttaacctt cgggagggcg cttaccactt tgtgattcat gactggggtg aagtcgtaac 1500

aaggtaaccg taggggaacc tgcggttgga tcacctcctt 1540

<210> 282

<211> 1009

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1009)

<223> 16S-6

<220>

<221> misc_feature

<222> (296)..(296)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (311)..(311)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<220>

<221> misc_feature

<222> (973)..(973)

<223> n是a, c, t, g, 未知的或其它

<400> 282

gtagctaata ccgcatgacc tcgaaagagc aaagtggggg atcttcggac ctcacgccat 60

cggatgtgcc cagatgggat tagctagtag gtgaggtaat ggctcaccta ggcgacgatc 120

cctagctggt ctgagaggat gaccagccac actggaactg agacacggtc cagactccta 180

cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag ccatgccgcg 240

tgtgtgaaga aggccttagg gttgtaaagc actttcagcg aggaggaagg catcanactt 300

aatacgtgtg ntgattgacg ttactcgcag aagaagcacc ggctaactcc gtgccagcag 360

ccgcggtaat acggagggtg caagcgttaa tcggaattac tgggcgtaaa gcgcacgcag 420

gcggtttgtt aagtcagatg tgaaatcccc gagcttaact tgggaactgc atttgaaact 480

ggcaagctag agtcttgtag aggggggtag aattccaggt gtagcggtga aatgcgtaga 540

gatctggagg aataccggtg gcgaaggcgg ccccctggac aaagactgac gctcaggtgc 600

gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacgctgta aacgatgtcg 660

acttggaggt tgtgcccttg aggcgtggct tccggagcta acgcgttaag tcgaccgcct 720

ggggagtacg gccgcaaggt taaaactcaa atgaattgac gggggcccgc acaagcggtg 780

gagcatgtgg tttaattcga tgcaacgcga agaaccttac ctactcttga catccagaga 840

atttgccaga gatggcgaag tgccttcggg aactctgaga caggtgctgc atggctgtcg 900

tcagctcgtg ttgtgaaatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcctttg 960

ttgccagcac gtnatggtgg gaactcaaag gagactgccg gtgataaac 1009

<210> 283

<211> 1519

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1519)

<223> 16S-7

<400> 283

attgaagagt ttgatcatgg ctcagattga acgctggcgg caggcctaac acatgcaagt 60

cgagcggcag cgggaagtag cttgctactt tgccggcgag cggcggacgg gtgagtaatg 120

tcctgatgga ggggataact actggaacgg tagctaatac cgcacctcga aagagcaaag 180

tgggggatct tcggacctca cgccatcgga tgtgcccaga tgggattagc tagtaggtga 240

ggtaatggct cacctaggcg acgatcccta gctggtctga gaggatgacc agccacactg 300

gaactgagac acggtccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg 360

cgcaagcctg atgcagccat gccgcgtgtg tgaagaaggc cttagggttg taaagcactt 420

tcagcgagga ggaaggcatc atacttaata cgtgtggtga ttgacgttac tcgcagaaga 480

agcaccggct aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg agggtgcaag cttaatcgga 540

attactgggc gtaaagcgca cgcaggcggt tgttaagtca gatgtgaaat ccccgagctt 600

aacttgggaa ctgcatttga aactggcaag ctagagtctt gtagaggggg gtagaattcc 660

aggtgtagcg gtgaaatgcg tagagatctg gaggaatacc ggtggcgaag gcggccccct 720

ggacaaagac tgacgctcag gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta ataccctggt 780

agtccacgct gtaacgatgt cgacttggag gttgtgccct gaggcgtggc ttccggagct 840

aacgcgttaa gtcgaccgcc tggggagtac ggccgcaagg ttaaaactca aatgaattga 900

cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg atgcaacgcg aagaacctta 960

cctactcttg acatccagag aatttgccag agatggcgaa gtgccttcgg gaactctgag 1020

acaggtgctg catggctgtc gtcagctcgt gttgtgaaat gttgggttaa gtcccgcaac 1080

gagcgcaacc cttatccttt gttgccagca cgtaatggtg ggaactcaaa ggagactgcc 1140

ggtgataaac cggaggaagg tggggatgac gtcaagtcat catggccctt acgagtaggg 1200

ctacacacgt gctacaatgg catatacaaa gagaagcgaa ctcgcgagag caagcggacc 1260

tcataaagta tgtcgtagtc cggattggag tctgcaactc gactccatga agtcggaatc 1320

gctagtaatc gtagatcaga atgctacggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc 1380

ccgtcacacc atgggagtgg gttgcaaaag aagtaggtag cttaaccttc gggagggcgc 1440

ttaccacttt gtgattcatg actggggtga agtcgtaaca aggtaaccgt aggggaacct 1500

gcggttggat cacctcctt 1519

<210> 284

<211> 882

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(882)

<223> nifH1

<400> 284

atgaccatgc gtcaatgcgc tatctacggt aaaggcggta tcggtaaatc caccaccacc 60

cagaatctcg tcgcggccct cgccgagatg ggtaagaaag tgatgatcgt cggctgcgat 120

ccgaaagcgg attccacccg tctgatcctc cacgctaaag cccagaacac catcatggag 180

atggcggcgg aagtgggctc ggtcgaggat ctggagctcg aagacgttct gcaaatcggc 240

tatggcgatg tccgttgcgc cgaatccggc ggcccggagc caggcgtcgg ctgcgccgga 300

cgcggggtga tcaccgccat caacttcctc gaggaagaag gcgcctatga agaagatttg 360

gatttcgtct tctatgacgt cctcggcgac gtggtctgcg gcggcttcgc tatgccgatc 420

cgcgaaaaca aagcccagga gatctacatc gtctgctccg gcgagatgat ggcgatgtat 480

gccgccaaca atatctccaa agggatcgtg aagtacgcca aatccggcaa ggtgcgcctc 540

ggcggcctga tctgtaactc gcgcaaaacc gaccgggaag acgaactgat catcgccctg 600

gcggagaagc ttggcacgca gatgatccac ttcgttcccc gcgacaacat tgtgcagcgc 660

gcggagatcc gccggatgac ggtgatcgag tacgacccga cctgtcagca ggcgaatgaa 720

tatcgtcaac tggcgcagaa gatcgtcaat aacaccaaaa aagtggtgcc gacgccgtgc 780

accatggacg agctggaatc gctgctgatg gagttcggca tcatggaaga agaagacacc 840

agcatcattg gtaaaaccgc cgctgaagaa aacgcggcct ga 882

<210> 285

<211> 1113

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1113)

<223> nifH2

<400> 285

atggttagga aaagtagaag taaaaataca aatatagaac taactgaaca tgaccattta 60

ttaataagtc aaataaaaaa gcttaaaaca caaaccactt gcttttttaa taataaagga 120

ggggttggga agactacatt agtagcaaat ttaggagcag agctatcaat aaactttagt 180

gcaaaagttc ttattgtgga tgccgaccct caatgtaatc tcacgcagta tgtattaagt 240

gatgaagaaa ctcaggactt atatgggcaa gaaaatccag atagtattta tacagtaata 300

agaccactat cctttggtaa aggatatgaa agtgacctcc ctataaggca tgtagagaat 360

ttcggttttg acataattgt cggtgaccct agacttgctt tacaggaaga ccttttagct 420

ggagactggc gagatgccaa aggcggtggg atgcgaggaa ttaggacaac ttttgtattt 480

gcagagttaa ttaagaaagc tcgtgagcta aattatgatt ttgttttctt tgacatggga 540

ccatcattag gcgcaatcaa cagggcagta ttactggcaa tggaattctt tgtcgtccca 600

atgtcaatcg atgtattttc actatgggct attaaaaata ttggctccac ggtttcaata 660

tggaaaaaag aattagacac agggattcgg ctctcagagg aacctagcga attatcacaa 720

ttatcacctc aaggaaaact aaagtttctc ggttacgtca cccaacaaca taaagaacgc 780

tctggatacg atacaattca gcttgagaat actgaggaag aaataaaatc gaaacgtcgg 840

gtaaaggcgt atgaagacat tggagaggtg tttccttcta aaattactga gcatctttct 900

aaactttatg catcaaaaga tatgaaccca caccttggag atatacgtca tttaggtagt 960

ttagctccga aatcacaatc acaacacgtt ccgatgatat cagtgtctgg tacaggaaat 1020

tacaccagac ttagaaaaag cgcgcgtgaa ctttatcgag atattgcaag aagatactta 1080

gagaacattc agactgctaa tggcgagaaa tag 1113

<210> 286

<211> 1374

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1374)

<223> nifD1

<400> 286

atgaagggaa aggaaattct ggcgctgctg gacgaacccg cctgcgagca caaccagaag 60

caaaaatccg gctgcagcgc ccctaagccc ggcgctaccg ccggcggttg cgccttcgac 120

ggcgcgcaga taacgctcct gcccatcgcc gacgtcgcgc acctggtgca cggccccatc 180

ggctgcgcgg gcagctcgtg ggataaccgc ggcagcgtca gcgccggccc ggccctcaac 240

cggctcggct ttaccaccga tcttaacgaa caggatgtga ttatgggccg cggcgaacgc 300

cgcctgttcc acgccgtgcg tcacatcgtc gaccgctatc atccggcggc ggtctttatc 360

tacaacacct gcgtaccggc gatggagggc gatgacatcg aggcggtctg ccaggccgca 420

cagaccgcca ccggcgtccc ggtcatcgct attgacgccg ccggtttcta cggcagtaaa 480

aatcttggca accgaatggc gggcgacgtg atgctcaggc aggtgattgg ccagcgcgaa 540

ccggccccgt ggccagacaa cacgcccttt gccccggccc agcgccacga tatcggcctg 600

attggcgaat tcaatatcgc cggcgagttc tggcaggtcc agccgctgct cgacgagctg 660

gggatccgcg tcctcggcag cctctccggc gacggccgct ttgccgagat ccagaccctg 720

caccgggcgc aggccaatat gctggtgtgc tcgcgcgcgc tgatcaacgt cgcccggggg 780

ctggagctgc gctacggcac gccgtggttt gaaggcagct tctacgggat ccgcgccacc 840

tccgacgcct tgcgccagct ggcgacgctg ctgggggatg acgacctgcg ccgccgcacc 900

gaggcgctga tcgcccgcga agagcaggcg gcggagcagg ctcttgcgcc gtggcgtgag 960

cagctccgcg ggcgcaaagt gctgctctat accggcggcg tgaaatcctg gtcggtggta 1020

tcggccctgc aggatctcgg catgaccgtg gtggccaccg gcacgcgcaa atccaccgag 1080

gaggacaaac agcggatccg tgagctgatg ggcgacgagg cggtgatgct tgaggagggc 1140

aatgcccgca ccctgctcga cgtggtgtac cgctatcagg ccgacctgat gatcgccggc 1200

ggacgcaata tgtacaccgc ctggaaagcc cggctgccgt ttctcgatat caatcaggag 1260

cgcgagcacg cctacgccgg ctatcagggc atcatcaccc tcgcccgcca gctctgtctg 1320

accctcgcca gccccgtctg gccgcaaacg catacccgcg ccccgtggcg ctag 1374

<210> 287

<211> 1449

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1449)

<223> nifD2

<400> 287

atgaccaacg caacaggcga acgtaacctt gcgctcatcc aggaagtcct ggaggtgttt 60

cccgaaaccg cgcgcaaaga gcgcagaaag cacatgatga tcagcgatcc gcagatggag 120

agcgtcggca agtgcattat ctcgaaccgt aaatcgcagc ccggggtgat gaccgtgcgc 180

ggctgcgcct atgcgggctc gaaaggggtg gtgtttgggc caatcaaaga catggcccat 240

atctcgcacg gccccatcgg ctgcggccag tattcccgcg ccggacggcg caactactat 300

accggcgtca gcggtgtcga cagcttcggc accctgaact tcacctctga ttttcaggag 360

cgcgatattg ttttcggcgg cgataaaaag ctgaccaaac tgatcgaaga gatggagctg 420

ctgttcccgc tgaccaaagg gatcaccatc cagtcggagt gcccggtggg cctgatcggc 480

gatgacatca gcgccgtagc caacgccagc agcaaggcgc tggataaacc ggtgatcccg 540

gtgcgctgcg aaggctttcg cggcgtatcg caatcgctgg gccaccatat cgccaacgac 600

gtggtgcgcg actgggtgct gaacaatcgc gaagggcagc cgtttgccag caccccgtac 660

gatgttgcca tcattggcga ttacaacatc ggcggcgacg cctgggcctc gcgcattctg 720

ctggaagaga tggggctgcg cgtagtggcg cagtggtccg gcgacggcac cctggtggag 780

atggagaaca ccccattcgt taagcttaac ctcgtccact gctaccgttc gatgaactat 840

atcgcccgcc atatggagga gaaacatcag atcccatgga tggaatataa cttcttcggc 900

ccgaccaaaa tcgccgaatc gctgcgcaag atcgccgatc aatttgatga caccattcgc 960

gccaatgcgg aagcggtgat cgccaaatat gaggggcaga tggcggccat catcgccaaa 1020

tatcgcccgc ggctggaggg gcgcaaagtg ctgctgtaca tgggggggct gcggccgcgc 1080

cacgtcatcg gcgcctatga ggatctcggg atggagatca tcgccgccgg ctacgagttt 1140

gcccataacg atgattacga ccgcaccctg ccggacctga aagagggcac cctgctgttt 1200

gacgatgcca gcagctatga gctggaggcc ttcgtcaaag cgctgaaacc tgacctcatc 1260

ggctccggga tcaaagagaa atatatcttc cagaaaatgg gggtgccgtt ccgccagatg 1320

cactcctggg actattccgg cccctatcac ggctatgacg gcttcgccat ctttgcccgc 1380

gatatggata tgaccctgaa caatccggcg tggaacgaac tgactgcccc gtggctgaag 1440

tctgcgtga 1449

<210> 288

<211> 1386

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1386)

<223> nifK1

<400> 288

atggcagata ttatccgcag tgaaaaaccg ctggcggtga gcccgattaa aaccgggcaa 60

ccgctcgggg cgatcctcgc cagcctcggg ctggcccagg ccatcccgct ggtccacggc 120

gcccagggct gcagcgcctt cgccaaagtt ttctttattc agcatttcca tgacccggtg 180

ccgctgcagt cgacggccat ggatccgacc gccacgatca tgggggccga cggcaatatc 240

ttcaccgcgc tcgacaccct ctgccagcgc cacagcccgc aggccatcgt gctgctcagc 300

accggtctgg cggaagcgca gggcagcgat atcgcccggg tggtgcgcca gtttcgcgag 360

gcgcatccgc gccataacgg cgtggcgatc ctcaccgtca ataccccgga tttttttggc 420

tctatggaaa acggctacag cgcggtgatc gagagcgtga tcgagcagtg ggtcgcgccg 480

acgccgcgtc cggggcagcg gccccggcgg gtcaacctgc tggtcagcca cctctgttcg 540

ccaggggata tcgaatggct gggccgctgc gtggaggcct ttggcctgca gccggtgatc 600

ctgccggacc tctcgcagtc aatggatggc cacctcggtg aaggggattt tacgcccctg 660

acccagggcg gcgcctcgct gcgccagatt gcccagatgg gccagagtct gggcagcttc 720

gccattggcg tgtcgctcca gcgggcggca tcgctcctga cccaacgcag ccgcggcgac 780

gtgatcgccc tgccgcatct gatgaccctc gaccattgcg atacctttat ccatcagctg 840

gcgaagatgt ccggacgccg cgtaccggcc tggattgagc gccagcgtgg ccagctgcag 900

gatgcgatga tcgactgcca tatgtggctt cagggccagc gcatggcgat ggcggcggag 960

ggcgacctgc tggcggcgtg gtgtgatttc gcccgcagcc aggggatgca gcccggcccg 1020

ctggtcgccc ccaccagcca ccccagcctg cgccagctgc cggtcgagca agtcgtgccg 1080

ggggatcttg aggatctgca gcagctgctg agccaccaac ccgccgatct gctggtggct 1140

aactctcacg cccgcgatct ggcggagcag tttgccctgc cgctgatccg cgtcggtttt 1200

cccctcttcg accggctcgg tgagtttcgt cgcgtccgcc aggggtacgc cggtatgcga 1260

gatacgctgt ttgaactggc caatctgctg cgcgaccgcc atcaccacac cgccctctac 1320

cgctcgccgc ttcgccaggg cgccgacccc cagccggctt caggagacgc ttatgccgcc 1380

cattaa 1386

<210> 289

<211> 1563

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(1563)

<223> nifK2

<400> 289

atgagccaaa cgatcgataa aattcacagc tgttatccgc tgtttgaaca ggatgaatac 60

cagaccctgt tccagaataa aaagaccctt gaagaggcgc acgacgcgca gcgtgtgcag 120

gaggtttttg cctggaccac caccgccgag tatgaagcgc tgaacttcca gcgcgaggcg 180

ctgaccgtcg acccggccaa agcctgccag ccgctcggcg ccgtactctg cgcgctgggg 240

ttcgccggca ccctgcccta cgtgcacggc tcccagggct gcgtcgccta ttttcgcacc 300

tactttaacc gccattttaa agagccggtc gcctgcgtct ccgactccat gaccgaggac 360

gcggcggtgt tcggcggcaa caacaacatg aatctgggcc tgcagaatgc cagcgcgctg 420

tataaacccg agattatcgc cgtctccacc acctgtatgg ccgaggtgat cggcgacgat 480

ctgcaggcgt ttatcgccaa cgccaaaaaa gagggatttg ttgacgaccg catcgccatt 540

ccttacgccc atacccccag ctttatcggc agccatgtca ccggctggga caatatgttc 600

gaagggttcg cgaagacctt taccgctgac tacgccgggc agccgggcaa acagcaaaag 660

ctcaatctgg tgaccggatt tgagacctat ctcggcaact tccgcgtgct gaagcggatg 720

atggcgcaga tggatgtccc gtgcagcctg ctctccgacc catcagaggt gctcgacacc 780

cccgccgacg gccattaccg gatgtacgcc ggcggcacca gccagcagga gatcaaaacc 840

gcgccggacg ccattgacac cctgctgctg cagccgtggc agctggtgaa aagcaaaaag 900

gtggttcagg agatgtggaa ccagcccgcc accgaggtgg ccgttccgct gggcctggcc 960

gccaccgacg cgctgctgat gaccgtcagt cagctgaccg gcaaaccgat cgccgacgct 1020

ctgaccctgg agcgcggccg gctggtcgac atgatgctgg attcccacac ctggctgcat 1080

ggcaaaaaat tcggcctcta cggcgatccg gatttcgtga tggggctgac gcgcttcctg 1140

ctggagctgg gctgcgagcc gacggtgatc ctcagtcata acgccaataa acgctggcaa 1200

aaagcgatga agaaaatgct cgatgcctcg ccgtacggtc aggaaagcga agtgttcatc 1260

aactgcgacc tgtggcactt ccggtcgctg atgttcaccc gtcagccgga ctttatgatc 1320

ggtaactcct acggcaagtt tatccagcgc gataccctgg caaagggcaa agccttcgaa 1380

gtgccgctga tccgtctggg ctttccgctg ttcgaccgcc atcatctgca ccgccagacc 1440

acctggggct atgaaggcgc aatgaacatc gtcacgacgc tggtgaacgc cgtgctggaa 1500

aaactggacc acgacaccag ccagttgggc aaaaccgatt acagcttcga cctcgttcgt 1560

taa 1563

<210> 290

<211> 2838

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(2838)

<223> glnE

<400> 290

atgatgccgc tttctccgca attacagcag cactggcaga cggtcgctga ccgtctgcca 60

gcggattttc ccattgccga actgagccca caggccaggt cggtcatggc gttcagcgat 120

tttgtcgaac agagtgtgat cgcccagccg ggctggctga atgagcttgc ggactcctcg 180

ccggaggcgg aagagtggcg gcattacgag gcctggctgc aggatcgcct gcaggccgtc 240

actgacgaag cggggttgat gcgagagctg cgtctcttcc gccgccagat gatggtccgc 300

atcgcctggg cgcaggcgct gtcgctggtg agcgaagaag agactctgca gcagctgagc 360

gtcctggcgg agaccctgat tgtcgccgcc cgcgactggc tgtacgccgc ctgctgtaag 420

gagtggggaa cgccatgcaa tgccgagggc cagccgcagc cgctgctgat cctcgggatg 480

ggaaagctgg gcggcggcga gctgaacttc tcttccgata tcgatctgat ctttgcctgg 540

cctgagcatg gcgccacccg cggcggccgc cgcgagctgg ataacgccca gttctttacc 600

cgtctggggc agcggctgat caaggccctt gaccagccga cgcaggacgg ctttgtctat 660

cgggttgaca tgcgcctgcg gccgtttggc gacagtgggc cgctggtact cagttttgcg 720

gcgctggaag attattacca ggagcagggt cgggactggg aacgctatgc gatggtgaaa 780

gcgcggatca tgggcgataa cgacggcgtg tacgccagcg agttgcgcgc gatgctccgt 840

cctttcgtct tccgccgtta tatcgacttc agcgtgatcc agtcgctgcg taacatgaaa 900

ggcatgatcg cccgcgaagt gcggcgtcgc gggctgaaag acaacatcaa gctcggcgcc 960

ggcgggatcc gtgaaattga gtttatcgtt caggtctttc aactgatccg cggtggtcgc 1020

gaacctgcac tgcagcagcg cgccctgctg ccgacgctgg cggcgattga tgagctacat 1080

ctgctgccgg aaggcgacgc ggcgctgctg cgcgaggcct atctgttcct gcgccggctg 1140

gaaaacctgc tgcaaagcat caacgatgag cagacccaga ccctgccgca ggatgaactt 1200

aaccgcgcca ggctggcgtg ggggatgcat accgaagact gggagacgct gagcgcgcag 1260

ctggcgagcc agatggccaa cgtgcggcga gtgtttaatg aactgatcgg cgatgatgag 1320

gatcagtccc cggatgagca actggccgag tactggcgcg agctgtggca ggatgcgctg 1380

gaagaagatg acgccagccc ggcgctggcg catttaaacg ataccgaccg ccgtagcgtg 1440

ctggcgctga ttgccgattt tcgtaaagag ctggatcggc gcaccatcgg cccgcgcggc 1500

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tatcttgagc tgctgagcga attccccggc gcgctgaagc acctgatcac gctctgcgcg 1680

gcgtcgccga tggtcgccag ccagctggcg cgccacccgc tgctgctgga tgagctgctg 1740

gatcccaaca ccctctatca gccgacggcg accgatgcct atcgcgacga gctgcgccag 1800

tacctgctgc gcgtgccgga agaggatgaa gagcagcagc tggaggcgtt gcgccagttt 1860

aagcaggcgc agcagctgca tatcgcggcg gcggatatcg ctggtaccct gccggtgatg 1920

aaggtcagcg atcacttaac ctggcttgcc gaagcgatcc tcgacgcggt ggtgcagcag 1980

gcatgggggc agatggtcgc tcgctacggc cagccgaccc acctgcacga tcgccagggt 2040

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acccgcacct cgtccggtat tctctacgaa gtggacgccc ggctgcgtcc ttctggcgcg 2280

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gcgcgctttg acgccattcg tcgcgatatc ctgaccaccc cgcgggaggg gatgaccctg 2460

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tatctggtcc tacgctatgc cagtgacaag ccgaagctga cccgctggtc tgacaacgtg 2640

cgtattcttg agctgctggc gcagaacgac atcatggacg aggaggaggc gcgcgcctta 2700

acgcatgcgt acaccacctt gcgtgatgcg ctccatcacc tggccctgca ggagcagccg 2760

ggacacgtgg cgccagaggc cttcagccgg gagcgtcagc aggtcagcgc cagctggcag 2820

aagtggctga tggcttaa 2838

<210> 291

<211> 449

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(449)

<223> Prm4

<400> 291

agtctgaact catcctgcgg cagtcggtga gacgtatttt tgaccaaaga gtgatctaca 60

tcacggaatt ttgtggttgt tgctgcttaa aagggcaaat ctacccttag aatcaactgt 120

tatatcaggg ggattcagag agatattagg aatttgcaca agcgcacaat ttaaccacat 180

catgataacg ccatgtaaaa caaagataaa aaaacaaaat gcagtgactt acatcgcaag 240

caaggcattt tcttatccaa ttgctcaaag tttggccttt catatcgcaa cgaaaatgcg 300

taatatacgc gcccttgcgg acatcagtat ggtcattcct agttcatgcg catcggacac 360

caccagctta caaattgcct gattgcggcc ccgatggccg gtatcactga ccgaccattt 420

cgtgccttat gtcatgcgat gggggctgg 449

<210> 292

<211> 500

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(500)

<223> Prm1.2

<400> 292

tgaacatcac tgatgcacaa gctacctatg tcgaagaatt aactaaaaaa ctgcaagatg 60

caggcattcg cgttaaagcc gacttgagaa atgagaagat tggctttaaa attcgcgaac 120

acacgctacg ccgtgttcct tatatgttag tttgtggcga taaagaggtc gaagcaggca 180

aagttgctgt tcgtacccgc cgcggcaaag acttaggaag catggatgtt agcgaagtcg 240

ttgacaaact gctggcggaa atccgcagca gaagtcttca tcaactggag gaataaagta 300

ttaaaggcgg aaaacgagtt caaccggcgc gtcctaatcg cattaacaaa gagattcgcg 360

cgcaagaagt tcgcctcaca ggcgtcgatg gcgagcagat tggtattgtc agtctgaatg 420

aagctcttga aaaagctgag gaagcgggcg tcgatttagt agaaatcagt ccgaatgccg 480

agccgccagt ttgtcgaatc 500

<210> 293

<211> 170

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(170)

<223> Prm3.1

<400> 293

tacagtagcg cctctcaaaa atagataaac ggctcatgta cgtgggccgt ttattttttc 60

tacccataat cgggaaccgg tgttataatg ccgcgccctc atattgtggg gatttcttaa 120

tgacctatcc tgggtcctaa agttgtagtt gacattagcg gagcactaac 170

<210> 294

<211> 142

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(142)

<223> Prm6.1

<400> 294

aatttttttt cacaaagcgt agcgttattg aatcgcacat tttaaactgt tggccgctgt 60

ggaagcgaat attggtgaaa ggtgcggttt taaggccttt ttctttgact ctctgtcgtt 120

acaaagttaa tatgcgcgcc ct 142

<210> 295

<211> 293

<212> DNA

<213> 水生拉恩菌(Rahnella aquatilis)

<220>

<221> 基因

<222> (1)..(293)

<223> Prm7.1

<400> 295

ttaaaaacgt gaccacgagc attaataaac gccacgaaat gtggcgttta tttattcaaa 60

aagtatcttc tttcataaaa agtgctaaat gcagtagcag caaaattggg ataagtccca 120

tggaatacgg ctgttttcgc tgcaattttt aactttttcg taaaaaaaga tgtttctttg 180

agcgaacgat caaaatatag cgttaaccgg caaaaaatta ttctcattag aaaatagttt 240

gtgtaatact tgtaacgcta catggagatt aacttaatct agagggtttt ata 293

<210> 296

<211> 1188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1188)

<223> glnE-Δ-AR-2

<400> 296

atggcgctca aacagttaat ccgtctgtgt gccgcctcgc cgatggtcgc gacacaactt 60

gcacgtcatc ctttattgct cgatgaactg ctcgacccgc gcacgcttta ccagccgatt 120

gagccgggcg cttaccgcga cgaactgcgt cagtatctga tgcgggtgcc aacagaagac 180

gaagaacagc agcttgaagc cgtgcgccag ttcaaacagg cccagcattt gcgtatcgca 240

gccggggata tttccggggc attgccggtg atgaaagtca gtgaccattt aacctacctt 300

gccgaggcca ttctcgatgt cgtggtgcag catgcgtggg aacaaatggt cgtaaaatac 360

gggcagcccg cgcatcttca gcaccgtgag gggcgcggtt ttgccgtggt cggttacggg 420

aaactcggtg gctgggagct gggttatagc tcagatctgg atctggtctt cctgctcgat 480

tgcgcgccgg aggtgatgac ggacggcgaa cgcagcatcg acggacgtca gttttatctt 540

cggctggcgc agcgcattat gcacttattc agcacccgga catcgtcagg cattctttac 600

gaggttgatc cgcgtctgcg accttccggc gcatccggca tgctggtcag taccattgaa 660

gcgtttgcag attatcaggc caatgaagcc tggacgtggg agcatcaggc gctggttcgc 720

gcgcgcgtgg tttacgggga tccgcaactg acacagcaat ttaacgccac gcgtcgcgac 780

attctttgcc gccagcgcga tggcgacggc ctgcgtaagg aggtccgtga aatgcgcgag 840

aaaatgtatg cccatctggg gagtaaaaaa gcccacgagt ttgatctgaa agccgatccg 900

ggtggcatca cggatattga attcattgca caatacctgg ttctgcgttt cgcgcatgat 960

gagccgaagc tgacgcgctg gtctgataac gtgcggattt ttgaactgat ggcacgatat 1020

gacatcatgc cggaagagga agcgcgccat ctgacgcagg cttatgtgac gctgcgcgat 1080

gaaattcatc atctggcgtt gcaggaacac agcgggaaag tggccgcgga cagctttgct 1140

actgagcgcg cgcagatccg tgccagctgg gcaaagtggc tcggctga 1188

<210> 297

<211> 2188

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(2188)

<223> 具有500bp侧翼的glnE-Δ-AR-2

<400> 297

cggtactgga acagaaatcg gcggatgcgc aggaaatttg ttatgacacg gcctgtctga 60

agtgcaagtt agtgcttact tcctggctgg caacctcagg ctggacgccg tttattgatg 120

ataaatctgc gaagaaactg gacgcttcct tcaaacgttt tgctgacatc atgctcggtc 180

gtaccgcagc ggatctgaaa gaagcctttg cgcagccact gacggaagaa ggttatcgcg 240

atcagctggc gcgcctgaaa cgccagatca ttaccttcca tttgcttgcc ggtgcttacc 300

ctgaaaaaga cgtcgatgcg tatattgccg gctgggtgga cctgcaacag gccatcgttc 360

agcagcaaca cgcctgggag gattcggccc gttctcacgc ggtgatgatg gatgctttct 420

ggttaaacgg gcaacctcgt taactgactg actagcctgg gcaaactgcc cgggcttttt 480

tttgcaagga atctgatttc atggcgctca aacagttaat ccgtctgtgt gccgcctcgc 540

cgatggtcgc gacacaactt gcacgtcatc ctttattgct cgatgaactg ctcgacccgc 600

gcacgcttta ccagccgatt gagccgggcg cttaccgcga cgaactgcgt cagtatctga 660

tgcgggtgcc aacagaagac gaagaacagc agcttgaagc cgtgcgccag ttcaaacagg 720

cccagcattt gcgtatcgca gccggggata tttccggggc attgccggtg atgaaagtca 780

gtgaccattt aacctacctt gccgaggcca ttctcgatgt cgtggtgcag catgcgtggg 840

aacaaatggt cgtaaaatac gggcagcccg cgcatcttca gcaccgtgag gggcgcggtt 900

ttgccgtggt cggttacggg aaactcggtg gctgggagct gggttatagc tcagatctgg 960

atctggtctt cctgctcgat tgcgcgccgg aggtgatgac ggacggcgaa cgcagcatcg 1020

acggacgtca gttttatctt cggctggcgc agcgcattat gcacttattc agcacccgga 1080

catcgtcagg cattctttac gaggttgatc cgcgtctgcg accttccggc gcatccggca 1140

tgctggtcag taccattgaa gcgtttgcag attatcaggc caatgaagcc tggacgtggg 1200

agcatcaggc gctggttcgc gcgcgcgtgg tttacgggga tccgcaactg acacagcaat 1260

ttaacgccac gcgtcgcgac attctttgcc gccagcgcga tggcgacggc ctgcgtaagg 1320

aggtccgtga aatgcgcgag aaaatgtatg cccatctggg gagtaaaaaa gcccacgagt 1380

ttgatctgaa agccgatccg ggtggcatca cggatattga attcattgca caatacctgg 1440

ttctgcgttt cgcgcatgat gagccgaagc tgacgcgctg gtctgataac gtgcggattt 1500

ttgaactgat ggcacgatat gacatcatgc cggaagagga agcgcgccat ctgacgcagg 1560

cttatgtgac gctgcgcgat gaaattcatc atctggcgtt gcaggaacac agcgggaaag 1620

tggccgcgga cagctttgct actgagcgcg cgcagatccg tgccagctgg gcaaagtggc 1680

tcggctgagg gtttttattc ggctaacagg cgcttgtgat attatccggc gcattgtatt 1740

tacccgattt gatttatctg ttttggagtc ttgggatgaa agtgactttg cctgattttc 1800

accgcgcagg tgtgctggtt gtcggtgacg taatgttaga ccgttactgg tatggcccga 1860

ccaatcgtat ttctccggaa gctccggtgc cggtggtgaa ggtcagtacc attgaagagc 1920

ggcctggcgg tgcagctaac gtggcgatga acatttcatc tctgggcgcc tcttcctgtc 1980

tgatcggcct gaccggcgta gacgacgctg cgcgtgccct cagtgagcgt ctggcagaag 2040

tgaaagttaa ctgcgatttc gtcgcactat ccacacatcc taccatcacc aaactgcgaa 2100

ttttgtcccg taaccagcaa ctgatccgcc tcgactttga ggaaggtttt gaaggcgttg 2160

atctcgagcc gatgctgacc aaaataga 2188

<210> 298

<211> 524

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(524)

<223> Δ-nifL::null-v1

<400> 298

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg agtctgaact catcctgcga 240

tgggggctgg gccgtctctg aagctctcgg tgaacattgt tgcgaggcag gatgcgagct 300

ggttgtgttt tgacattacc gataatgtgc cgcgtgaacg ggtgcgttat gcccgcccgg 360

aagcggcgtt ttcccgtccg gggaatggca tggagctgcg ccttatccag acgctgatcg 420

cccatcatcg cggttcttta gatctctcgg tccgccctga tggcggcacc ttgctgacgt 480

tacgcctgcc ggtacagcag gttatcaccg gaggcttaaa atga 524

<210> 299

<211> 1524

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1524)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::null-v1

<400> 299

tgtttcgtct cgaggccggg caactgagcg gccccgttga aaccgacctg ggctggcatc 60

tgttgttgtg cgaacaaatt cgcctgccgc aacccttgcc gaaagccgaa gccttaacgc 120

gggtgcgtca gcaactgatt gcccggcaac agaaacatta tcagcgccag tggctgcaac 180

aactgatcaa cgcctgagcc tgttctcctt cttgttgatg cagacgggtt aatgcccgtt 240

ttgcacgaaa aatgcacata aattgcctgc gttgccttat aacagcgcag ggaaatcctg 300

cctccggcct tgtgccacac cgcgctttgc ctggtttgtg gtaaaaactg gcccgctttg 360

catcctgatg cttaaaacac cccgttcaga tcaacctttg ggcagataag cccgcgaaag 420

gcctgcaaat tgcacggtta ttccgggtga gtatatgtgt gatttgggtt ccggcattgc 480

gcaataaagg ggagaaagac atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga 540

atatcgccag ccgcttgtcg ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat 600

cttcggtggc gatttcgctg accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat 660

tctgccgcca gacgggtttt gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg 720

agtctgaact catcctgcga tgggggctgg gccgtctctg aagctctcgg tgaacattgt 780

tgcgaggcag gatgcgagct ggttgtgttt tgacattacc gataatgtgc cgcgtgaacg 840

ggtgcgttat gcccgcccgg aagcggcgtt ttcccgtccg gggaatggca tggagctgcg 900

ccttatccag acgctgatcg cccatcatcg cggttcttta gatctctcgg tccgccctga 960

tggcggcacc ttgctgacgt tacgcctgcc ggtacagcag gttatcaccg gaggcttaaa 1020

atgacccagt tacctaccgc gggcccggtt atccggcgct ttgatatgtc tgcccagttt 1080

acggcgcttt atcgcatcag cgtggcgctg agtcaggaaa gcaacaccgg gcgcgcactg 1140

gcggcgatcc tcgaagtgct tcacgatcat gcatttatgc aatacggcat ggtgtgtctg 1200

tttgataaag aacgcaatgc actctttgtg gaatccctgc atggcatcga cggcgaaagg 1260

aaaaaagaga cccgccatgt ccgttaccgc atgggggaag gcgtgatcgg cgcggtgatg 1320

agccagcgtc aggcgctggt gttaccgcgc atttcagacg atcagcgttt tctcgaccgc 1380

ctgaatattt acgattacag cctgccgttg attggcgtgc cgatccccgg tgcggataat 1440

cagccatcgg gcgtgctggt ggcacagccg atggcgttgc acgaagaccg gctgactgcc 1500

agtacgcggt ttttagaaat ggtc 1524

<210> 300

<211> 266

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(266)

<223> Δ-nifL::null-v2

<400> 300

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg ttaaagcctg ccggtacagc 240

aggttatcac cggaggctta aaatga 266

<210> 301

<211> 1266

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1266)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::null-v2

<400> 301

tgtttcgtct cgaggccggg caactgagcg gccccgttga aaccgacctg ggctggcatc 60

tgttgttgtg cgaacaaatt cgcctgccgc aacccttgcc gaaagccgaa gccttaacgc 120

gggtgcgtca gcaactgatt gcccggcaac agaaacatta tcagcgccag tggctgcaac 180

aactgatcaa cgcctgagcc tgttctcctt cttgttgatg cagacgggtt aatgcccgtt 240

ttgcacgaaa aatgcacata aattgcctgc gttgccttat aacagcgcag ggaaatcctg 300

cctccggcct tgtgccacac cgcgctttgc ctggtttgtg gtaaaaactg gcccgctttg 360

catcctgatg cttaaaacac cccgttcaga tcaacctttg ggcagataag cccgcgaaag 420

gcctgcaaat tgcacggtta ttccgggtga gtatatgtgt gatttgggtt ccggcattgc 480

gcaataaagg ggagaaagac atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga 540

atatcgccag ccgcttgtcg ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat 600

cttcggtggc gatttcgctg accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat 660

tctgccgcca gacgggtttt gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg 720

ttaaagcctg ccggtacagc aggttatcac cggaggctta aaatgaccca gttacctacc 780

gcgggcccgg ttatccggcg ctttgatatg tctgcccagt ttacggcgct ttatcgcatc 840

agcgtggcgc tgagtcagga aagcaacacc gggcgcgcac tggcggcgat cctcgaagtg 900

cttcacgatc atgcatttat gcaatacggc atggtgtgtc tgtttgataa agaacgcaat 960

gcactctttg tggaatccct gcatggcatc gacggcgaaa ggaaaaaaga gacccgccat 1020

gtccgttacc gcatggggga aggcgtgatc ggcgcggtga tgagccagcg tcaggcgctg 1080

gtgttaccgc gcatttcaga cgatcagcgt tttctcgacc gcctgaatat ttacgattac 1140

agcctgccgt tgattggcgt gccgatcccc ggtgcggata atcagccatc gggcgtgctg 1200

gtggcacagc cgatggcgtt gcacgaagac cggctgactg ccagtacgcg gtttttagaa 1260

atggtc 1266

<210> 302

<211> 943

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(943)

<223> Δ-nifL::Prm4

<400> 302

atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga atatcgccag ccgcttgtcg 60

ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat cttcggtggc gatttcgctg 120

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 180

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg agtctgaact catcctgcgg 240

cagtcggtga gacgtatttt tgaccaaaga gtgatctaca tcacggaatt ttgtggttgt 300

tgctgcttaa aagggcaaat ctacccttag aatcaactgt tatatcaggg ggattcagag 360

agatattagg aatttgcaca agcgcacaat ttaaccacat catgataacg ccatgtaaaa 420

caaagataaa aaaacaaaat gcagtgactt acatcgcaag caaggcattt tcttatccaa 480

ttgctcaaag tttggccttt catatcgcaa cgaaaatgcg taatatacgc gcccttgcgg 540

acatcagtat ggtcattcct agttcatgcg catcggacac caccagctta caaattgcct 600

gattgcggcc ccgatggccg gtatcactga ccgaccattt cgtgccttat gtcatgcgat 660

gggggctggg ccgtctctga agctctcggt gaacattgtt gcgaggcagg atgcgagctg 720

gttgtgtttt gacattaccg ataatgtgcc gcgtgaacgg gtgcgttatg cccgcccgga 780

agcggcgttt tcccgtccgg ggaatggcat ggagctgcgc cttatccaga cgctgatcgc 840

ccatcatcgc ggttctttag atctctcggt ccgccctgat ggcggcacct tgctgacgtt 900

acgcctgccg gtacagcagg ttatcaccgg aggcttaaaa tga 943

<210> 303

<211> 1943

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(1943)

<223> 具有500bp侧翼的Δ-nifL::Prm4

<400> 303

tgtttcgtct cgaggccggg caactgagcg gccccgttga aaccgacctg ggctggcatc 60

tgttgttgtg cgaacaaatt cgcctgccgc aacccttgcc gaaagccgaa gccttaacgc 120

gggtgcgtca gcaactgatt gcccggcaac agaaacatta tcagcgccag tggctgcaac 180

aactgatcaa cgcctgagcc tgttctcctt cttgttgatg cagacgggtt aatgcccgtt 240

ttgcacgaaa aatgcacata aattgcctgc gttgccttat aacagcgcag ggaaatcctg 300

cctccggcct tgtgccacac cgcgctttgc ctggtttgtg gtaaaaactg gcccgctttg 360

catcctgatg cttaaaacac cccgttcaga tcaacctttg ggcagataag cccgcgaaag 420

gcctgcaaat tgcacggtta ttccgggtga gtatatgtgt gatttgggtt ccggcattgc 480

gcaataaagg ggagaaagac atgagcatca cggcgttatc agcatcattt cctgagggga 540

atatcgccag ccgcttgtcg ctgcaacatc cttcactgtt ttataccgtg gttgaacaat 600

cttcggtggc gatttcgctg accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat 660

tctgccgcca gacgggtttt gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg 720

agtctgaact catcctgcgg cagtcggtga gacgtatttt tgaccaaaga gtgatctaca 780

tcacggaatt ttgtggttgt tgctgcttaa aagggcaaat ctacccttag aatcaactgt 840

tatatcaggg ggattcagag agatattagg aatttgcaca agcgcacaat ttaaccacat 900

catgataacg ccatgtaaaa caaagataaa aaaacaaaat gcagtgactt acatcgcaag 960

caaggcattt tcttatccaa ttgctcaaag tttggccttt catatcgcaa cgaaaatgcg 1020

taatatacgc gcccttgcgg acatcagtat ggtcattcct agttcatgcg catcggacac 1080

caccagctta caaattgcct gattgcggcc ccgatggccg gtatcactga ccgaccattt 1140

cgtgccttat gtcatgcgat gggggctggg ccgtctctga agctctcggt gaacattgtt 1200

gcgaggcagg atgcgagctg gttgtgtttt gacattaccg ataatgtgcc gcgtgaacgg 1260

gtgcgttatg cccgcccgga agcggcgttt tcccgtccgg ggaatggcat ggagctgcgc 1320

cttatccaga cgctgatcgc ccatcatcgc ggttctttag atctctcggt ccgccctgat 1380

ggcggcacct tgctgacgtt acgcctgccg gtacagcagg ttatcaccgg aggcttaaaa 1440

tgacccagtt acctaccgcg ggcccggtta tccggcgctt tgatatgtct gcccagttta 1500

cggcgcttta tcgcatcagc gtggcgctga gtcaggaaag caacaccggg cgcgcactgg 1560

cggcgatcct cgaagtgctt cacgatcatg catttatgca atacggcatg gtgtgtctgt 1620

ttgataaaga acgcaatgca ctctttgtgg aatccctgca tggcatcgac ggcgaaagga 1680

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<400> 348

ccgtctctga agctctcggt gaacattgtt gcgaggcagg atgcgagctg gttgtgtttt 60

gacattaccg ataatgtgcc gcgtgaacgg gtgcgttatg 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

<400> 349

tacagtagcg cctctcaaaa atagataaac ggctcatgta cgtgggccgt ttattttttc 60

tacccataat cgggaaccgg tgttataatg ccgcgccctc 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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<223> 连接点下游100 bp

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aactcacttc acaccccgaa gggggaagtt gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt 60

cactgaccgg aggttcaaaa tgacccagcg aaccgagtcg 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

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<223> 合成多核苷酸

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cgtcctgtaa taataaccgg acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt 60

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

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<212> DNA

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<220>

<223> 合成多核苷酸

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aactcacttc acaccccgaa gggggaagtt gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt 60

cactgaccgg aggttcaaaa tgacccagcg aaccgagtcg 100

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<223> 合成多核苷酸

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tttaacgatc tgattggcga tgatgaaacg gattcgccgg aagatgcgct ttctgagagc 60

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gcactgaaac acctcatttc cctgtgtgcc gcgtcgccga tggttgccag tcagctggcg 60

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gcgctcaaac agttaatccg tctgtgtgcc gcctcgccga tggtcgcgac acaacttgca 60

cgtcatcctt tattgctcga tgaactgctc gacccgcgca 100

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<212> DNA

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<220>

<223> 合成多核苷酸

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agtctgaact catcctgcgg cagtcggtga gacgtatttt tgaccaaaga gtgatctaca 60

tcacggaatt ttgtggttgt tgctgcttaa aagggcaaat 100

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<212> DNA

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<223> 合成多核苷酸

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<223> 连接点下游100 bp

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ccgtctctga agctctcggt gaacattgtt gcgaggcagg atgcgagctg gttgtgtttt 60

gacattaccg ataatgtgcc gcgtgaacgg gtgcgttatg 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

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agcgtcaggt accggtcatg attcaccgtg cgattctcgg ttccctggag cgcttcattg 60

gcatcctgac cgaagagttc gctggcttct tcccaacctg 100

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<222> (1)..(100)

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gcgctgaagc acctgatcac gctctgcgcg gcgtcgccga tggtcgccag ccagctggcg 60

cgccacccgc tgctgctgga tgagctgctg gatcccaaca 100

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gcccgctgac cgaccagaac ttccaccttg gactcggcta tacccttggc gtgacggcgc 60

gcgataactg ggactacatc cccattccgg tgatcttacc 100

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<212> DNA

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<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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<223> 连接点下游100 bp

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gccattgagc tggcttcccg accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg 60

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<223> 合成多核苷酸

<220>

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<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

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gctaaagttc tcggctaatc gctgataaca tttgacgcaa tgcgcaataa aagggcatca 60

tttgatgccc tttttgcacg ctttcatacc agaacctggc 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

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gccattgagc tggcttcccg accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg 60

tttaacaccc tgaccggagg tgaagcatga tccctgaatc 100

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<212> DNA

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<220>

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<220>

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<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

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cgccgtcctc gcagtaccat tgcaaccgac tttacagcaa gaagtgattc tggcacgcat 60

ggaacaaatt cttgccagtc gggctttatc cgatgacgaa 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

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gccattgagc tggcttcccg accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg 60

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<212> DNA

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<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

<400> 368

tctttagatc tctcggtccg ccctgatggc ggcaccttgc tgacgttacg cctgccggta 60

cagcaggtta tcaccggagg cttaaaatga cccagttacc 100

<210> 369

<211> 100

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

<400> 369

tgaatatcac tgactcacaa gctacctatg tcgaagaatt aactaaaaaa ctgcaagatg 60

caggcattcg cgttaaagcc gacttgagaa atgagaagat 100

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<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

<400> 370

ctggggtcac tggagcgctt tatcggcatc ctgaccgaag aatttgccgg tttcttcccg 60

acctggctgg cccctgttca ggttgtggtg atgaatatca 100

<210> 371

<211> 100

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(100)

<223> 连接点下游100 bp

<400> 371

gcaatagaac taactacccg ccctgaaggc ggtacctgcc tgaccctgcg attcccgtta 60

tttcattcac tgaccggagg cccacgatga cccagcgacc 100

<210> 372

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / PinfC

<400> 372

tggtgtccgg gcgaacgtcg ccaggtggca caaattgtca gaactacgac acgactaacc 60

gaccgcagga gtgtgcgatg accctgaata tgatgatgga ttcttggttc tctggagcgc 120

tttatcggca tcctgactga agaatttgca ggcttcttcc caacctggct tgcacccgtg 180

caggtagttg tgatgaacat 200

<210> 373

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> PinfC/中断的nifL基因

<400> 373

cggaaaacga gttcaaacgg cgcgtcccaa tcgtattaat ggcgagattc gcgccacgga 60

agttcgctta acaggtctgg aaggcgagca gcttggtatt gcgatagaac tcacttcacg 120

ccccgaaggg ggaagctgcc tgaccctacg attcccgcta tttcattcac tgaccggagg 180

ttcaaaatga cccagcgaac 200

<210> 374

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 5' UTR和ATG/截短的glnE基因

<400> 374

cgccagagag ttgaaatcga acatttccgt aataccgcca ttacccagga gccgttctgg 60

ttgcacagcg gaaaacgtta acgaaaggat atttcgcatg tccctgtgcg ccgcgtcgcc 120

gatggtggcc agccaactgg cgcgctaccc gatcctgctc gatgaactgc tcgacccgaa 180

cacgctctat caaccgacgg 200

<210> 375

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm1

<400> 375

cgggcgaacg tcgccaggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta accgaccgca 60

ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccagc cgttctgtaa taataaccgg 120

acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctc gcggcgcttt ttttatattc tcgactccat 180

ttaaaataaa aaatccaatc 200

<210> 376

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm1/中断的nifL基因

<400> 376

tcaacctaaa aaagtttgtg taatacttgt aacgctacat ggagattaac tcaatctaga 60

gggtattaat aatgaatcgt actaaactgg tactgggcgc aactcacttc acgccccgaa 120

gggggaagct gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt cactgaccgg aggttcaaaa 180

tgacccagcg aaccgagtcg 200

<210> 377

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm7

<400> 377

cgggcgaacg tcgccaggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta accgaccgca 60

ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccagc cgcgtcaggt tgaacgtaaa 120

aaagtcggtc tgcgcaaagc acgtcgtcgt ccgcagttct ccaaacgtta attggtttct 180

gcttcggcag aacgattggc 200

<210> 378

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm4/中断的nifL基因

<400> 378

aattttctgc ccaaatggct gggattgttc attttttgtt tgccttacaa cgagagtgac 60

agtacgcgcg ggtagttaac tcaacatctg accggtcgat aactcacttc acgccccgaa 120

gggggaagct gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt cactgaccgg aggttcaaaa 180

tgacccagcg aaccgagtcg 200

<210> 379

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> amtB基因的5' UTR至ATG-4bp/中断的amtB基因

<400> 379

gtaaccaata aaggccacca cgccagacca cacgatagtg atggcaacac tttccagctg 60

caccagcacc tgatggccca tggtcacacc ttcagcgaaa ccgatcccca tcactgtgtg 120

tcttgtatta cagtgccgct tcgtcggctt cgccggtacg aatacgaatg acgcgttgca 180

gctcagcaac gaaaattttg 200

<210> 380

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm1.2/中断的nifL基因

<400> 380

tggtattgtc agtctgaatg aagctcttga aaaagctgag gaagcgggcg tcgatttagt 60

agaaatcagt ccgaatgccg agccgccagt ttgtcgaatc ccgtctctga agctctcggt 120

gaacattgtt gcgaggcagg atgcgagctg gttgtgtttt gacattaccg ataatgtgcc 180

gcgtgaacgg gtgcgttatg 200

<210> 381

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm1.2

<400> 381

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 60

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg tgaacatcac tgatgcacaa 120

gctacctatg tcgaagaatt aactaaaaaa ctgcaagatg caggcattcg cgttaaagcc 180

gacttgagaa atgagaagat 200

<210> 382

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm3.1/中断的nifL基因

<400> 382

cgggaaccgg tgttataatg ccgcgccctc atattgtggg gatttcttaa tgacctatcc 60

tgggtcctaa agttgtagtt gacattagcg gagcactaac ccgtctctga agctctcggt 120

gaacattgtt gcgaggcagg atgcgagctg gttgtgtttt gacattaccg ataatgtgcc 180

gcgtgaacgg gtgcgttatg 200

<210> 383

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm3.1

<400> 383

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 60

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg tacagtagcg cctctcaaaa 120

atagataaac ggctcatgta cgtgggccgt ttattttttc tacccataat cgggaaccgg 180

tgttataatg ccgcgccctc 200

<210> 384

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm1/中断的nifL基因

<400> 384

tcaacctaaa aaagtttgtg taatacttgt aacgctacat ggagattaac tcaatctaga 60

gggtattaat aatgaatcgt actaaactgg tactgggcgc aactcacttc acaccccgaa 120

gggggaagtt gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt cactgaccgg aggttcaaaa 180

tgacccagcg aaccgagtcg 200

<210> 385

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm1

<400> 385

gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta actgaccgca 60

ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc cgtcctgtaa taataaccgg 120

acaattcgga ctgattaaaa aagcgccctt gtggcgcttt ttttatattc ccgcctccat 180

ttaaaataaa aaatccaatc 200

<210> 386

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm5

<400> 386

gggcgacaaa cggcctggtg gcacaaattg tcagaactac gacacgacta actgaccgca 60

ggagtgtgcg atgaccctga atatgatgat ggatgccggc ggacatcatc gcgacaaaca 120

atattaatac cggcaaccac accggcaatt tacgagactg cgcaggcatc ctttctcccg 180

tcaatttctg tcaaataaag 200

<210> 387

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm5/中断的nifL基因

<400> 387

taagaattat ctggatgaat gtgccattaa atgcgcagca taatggtgcg ttgtgcggga 60

aaactgcttt tttttgaaag ggttggtcag tagcggaaac aactcacttc acaccccgaa 120

gggggaagtt gcctgaccct acgattcccg ctatttcatt cactgaccgg aggttcaaaa 180

tgacccagcg aaccgagtcg 200

<210> 388

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 5' UTR和ATG/截短的glnE基因

<400> 388

cgccagagag tcgaaatcga acatttccgt aataccgcga ttacccagga gccgttctgg 60

ttgcacagcg gaaaacgtta acgaaaggat atttcgcatg tttaacgatc tgattggcga 120

tgatgaaacg gattcgccgg aagatgcgct ttctgagagc tggcgcgaat tgtggcagga 180

tgcgttgcag gaggaggatt 200

<210> 389

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 5' UTR和ATG/截短的glnE基因

<400> 389

cgccagagag tcgaaatcga acatttccgt aataccgcga ttacccagga gccgttctgg 60

ttgcacagcg gaaaacgtta acgaaaggat atttcgcatg gcactgaaac acctcatttc 120

cctgtgtgcc gcgtcgccga tggttgccag tcagctggcg cgctacccga tcctgcttga 180

tgaattgctc gacccgaata 200

<210> 390

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 5' UTR和ATG/截短的glnE基因

<400> 390

gatgatggat gctttctggt taaacgggca acctcgttaa ctgactgact agcctgggca 60

aactgcccgg gctttttttt gcaaggaatc tgatttcatg gcgctcaaac agttaatccg 120

tctgtgtgcc gcctcgccga tggtcgcgac acaacttgca cgtcatcctt tattgctcga 180

tgaactgctc gacccgcgca 200

<210> 391

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm4

<400> 391

accgatccgc aggcgcgcat ttgttatgcc aatccggcat tctgccgcca gacgggtttt 60

gcacttgaga cacttttggg cgagaaccac cgtctgctgg agtctgaact catcctgcgg 120

cagtcggtga gacgtatttt tgaccaaaga gtgatctaca tcacggaatt ttgtggttgt 180

tgctgcttaa aagggcaaat 200

<210> 392

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm4/中断的nifL基因

<400> 392

catcggacac caccagctta caaattgcct gattgcggcc ccgatggccg gtatcactga 60

ccgaccattt cgtgccttat gtcatgcgat gggggctggg ccgtctctga agctctcggt 120

gaacattgtt gcgaggcagg atgcgagctg gttgtgtttt gacattaccg ataatgtgcc 180

gcgtgaacgg gtgcgttatg 200

<210> 393

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> PinfC/中断的nifL基因

<400> 393

tcttcaacaa ctggaggaat aaggtattaa aggcggaaaa cgagttcaaa cggcacgtcc 60

gaatcgtatc aatggcgaga ttcgcgccct ggaagttcgc gccattgagc tggcttcccg 120

accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg tttaacaccc tgaccggagg 180

tgaagcatga tccctgaatc 200

<210> 394

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因/PinfC

<400> 394

tccgggttcg gcttaccccg ccgcgttttg cgcacggtgt cggacaattt gtcataactg 60

cgacacagga gtttgcgatg accctgaata tgatgctcga agcgtcaggt accggtcatg 120

attcaccgtg cgattctcgg ttccctggag cgcttcattg gcatcctgac cgaagagttc 180

gctggcttct tcccaacctg 200

<210> 395

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 5' UTR和ATG/截短的glnE基因

<400> 395

atcgcagcgt ctttgaatat ttccgtcgcc aggcgctggc tgccgagccg ttctggctgc 60

atagtggaaa acgataattt caggccaggg agcccttatg gcgctgaagc acctgatcac 120

gctctgcgcg gcgtcgccga tggtcgccag ccagctggcg cgccacccgc tgctgctgga 180

tgagctgctg gatcccaaca 200

<210> 396

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm1.2

<400> 396

tccgggttcg gcttaccccg ccgcgttttg cgcacggtgt cggacaattt gtcataactg 60

cgacacagga gtttgcgatg accctgaata tgatgctcga gcccgctgac cgaccagaac 120

ttccaccttg gactcggcta tacccttggc gtgacggcgc gcgataactg ggactacatc 180

cccattccgg tgatcttacc 200

<210> 397

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm1.2/中断的nifL基因

<400> 397

tcacttttta gcaaagttgc actggacaaa aggtaccaca attggtgtac tgatactcga 60

cacagcatta gtgtcgattt ttcatataaa ggtaattttg gccattgagc tggcttcccg 120

accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg tttaacaccc tgaccggagg 180

tgaagcatga tccctgaatc 200

<210> 398

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm6.2

<400> 398

tccgggttcg gcttaccccg ccgcgttttg cgcacggtgt cggacaattt gtcataactg 60

cgacacagga gtttgcgatg accctgaata tgatgctcga gctaaagttc tcggctaatc 120

gctgataaca tttgacgcaa tgcgcaataa aagggcatca tttgatgccc tttttgcacg 180

ctttcatacc agaacctggc 200

<210> 399

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm6.2/中断的nifL基因

<400> 399

gttctccttt gcaatagcag ggaagaggcg ccagaaccgc cagcgttgaa gcagtttgaa 60

cgcgttcagt gtataatccg aaacttaatt tcggtttgga gccattgagc tggcttcccg 120

accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg tttaacaccc tgaccggagg 180

tgaagcatga tccctgaatc 200

<210> 400

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / Prm8.2

<400> 400

tccgggttcg gcttaccccg ccgcgttttg cgcacggtgt cggacaattt gtcataactg 60

cgacacagga gtttgcgatg accctgaata tgatgctcga cgccgtcctc gcagtaccat 120

tgcaaccgac tttacagcaa gaagtgattc tggcacgcat ggaacaaatt cttgccagtc 180

gggctttatc cgatgacgaa 200

<210> 401

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> Prm8.2/中断的nifL基因

<400> 401

gatatgcctg aagtattcaa ttacttaggc atttacttaa cgcaggcagg caattttgat 60

gctgcctatg aagcgtttga ttctgtactt gagcttgatc gccattgagc tggcttcccg 120

accgcagggc ggcacctgcc tgaccctgcg tttcccgctg tttaacaccc tgaccggagg 180

tgaagcatga tccctgaatc 200

<210> 402

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> PinfC/中断的nifL基因

<400> 402

tggtattgtc agtctgaatg aagctcttga aaaagctgag gaagcgggcg tcgatttagt 60

agaaatcagt ccgaatgccg agccgccagt ttgtcgaatc tctttagatc tctcggtccg 120

ccctgatggc ggcaccttgc tgacgttacg cctgccggta cagcaggtta tcaccggagg 180

cttaaaatga cccagttacc 200

<210> 403

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / PinfC

<400> 403

tgcaaattgc acggttattc cgggtgagta tatgtgtgat ttgggttccg gcattgcgca 60

ataaagggga gaaagacatg agcatcacgg cgttatcagc tgaatatcac tgactcacaa 120

gctacctatg tcgaagaatt aactaaaaaa ctgcaagatg caggcattcg cgttaaagcc 180

gacttgagaa atgagaagat 200

<210> 404

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> 中断的nifL基因 / PinfC

<400> 404

tcagggctgc ggatgtcggg cgtttcacaa cacaaaatgt tgtaaatgcg acacagccgg 60

gcctgaaacc aggagcgtgt gatgaccttt aatatgatgc ctggggtcac tggagcgctt 120

tatcggcatc ctgaccgaag aatttgccgg tttcttcccg acctggctgg cccctgttca 180

ggttgtggtg atgaatatca 200

<210> 405

<211> 200

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成多核苷酸

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)..(200)

<223> PinfC/中断的nifL基因

<400> 405

cggaaaacga gttcaaacgg cacgtccgaa tcgtatcaat ggcgagattc gcgcccagga 60

agttcgctta actggtctgg aaggtgagca gctgggtatt gcaatagaac taactacccg 120

ccctgaaggc ggtacctgcc tgaccctgcg attcccgtta tttcattcac tgaccggagg 180

cccacgatga cccagcgacc 200

<210> 406

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 406

caagaagttc gcctcacagg 20

<210> 407

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 407

tgcctcgcaa caatgttcac 20

<210> 408

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 408

cgccctcata ttgtggggat 20

<210> 409

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 409

ggcataacgc acccgttca 19

<210> 410

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成探针

<400> 410

tctgaagctc tcggt 15

<210> 411

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 411

taaactggta ctgggcgcaa ct 22

<210> 412

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 412

caaatcgaag cgccagacgg tat 23

<210> 413

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成探针

<400> 413

gaccctacga ttccc 15

<210> 414

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 414

ggtgcactct ttgcatggtt 20

<210> 415

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 415

gcgcagtctc gtaaattgcc 20

<210> 416

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成探针

<400> 416

gcgatgaccc tgaat 15

<210> 417

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 417

ctcggcagca tggacgtaa 19

<210> 418

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 418

agggtgttaa acagcgggaa a 21

<210> 419

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成探针

<400> 419

tccgaatcgt atcaa 15

<210> 420

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 420

gagccgttct ggctgcatag 20

<210> 421

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 421

gccgtcggct gatagagg 18

<210> 422

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成探针

<400> 422

tgaagcacct gatca 15

<210> 423

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 423

ggaaaacgag ttcaaccggc 20

<210> 424

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 合成引物

<400> 424

gggcggaccg agagatctaa 20

<210> 425

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 天然条形码多核苷酸盒137 条形码_1

<400> 425

tatccgtaag cgagcaaagc gtgacgactg gtcgcgtgac ctgaatgc 48

<210> 426

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 天然条形码多核苷酸盒137 条形码_2

<400> 426

tatccgtaag cgagcaaagc gtgagccatt atgcagtcga tcgttcac 48

<210> 427

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 天然条形码多核苷酸盒137 条形码_7

<400> 427

tatccgtaag cgagcaaagc gtgagtgaag tctactacgc tctctcag 48

<210> 428

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 天然条形码多核苷酸盒137-1036条形码_

<400> 428

tatccgtaag cgagcaaagc gtgaaacggc acgtccgaat cgtatcaa 48

<210> 429

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物27F

<400> 429

agagtttgat cctggctcag 20

<210> 430

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物338R

<400> 430

tgctgcctcc cgtaggagt 19

<210> 431

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物515F

<400> 431

gtgccagcmg ccgcggtaa 19

<210> 432

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物806R

<400> 432

ggactachvg ggtwtctaat 20

<210> 433

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物804F

<400> 433

agattagata cccdrgtagt c 21

<210> 434

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物1392R

<400> 434

acgggcggtg tgtrc 15

<210> 435

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 137-3933 条形码_15

<400> 435

tatccgtaag cgagcaaagc gtgacaaaga tcttctcctg actggtct 48

<210> 436

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 137-3944 条形码_17

<400> 436

tatccgtaag cgagcaaagc gtgagacctt cagcctttat cttaacgg 48

<210> 437

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> 137-2286 条形码_10

<400> 437

tatccgtaag cgagcaaagc gtgagactat ccgattctgc tccttgat 48

<210> 438

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> Otter块1

<400> 438

caagatgcag tggccgaaaa ccaggaagct cacgggatgg aagtagct 48

<210> 439

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> Otter块2

<400> 439

caagatgcag tggccgaaaa ccagggcgag gaaacagtct ttaatcct 48

<210> 440

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> Otter块3

<400> 440

caagatgcag tggccgaaaa ccagagagac ctagcatcgt cctccact 48

<210> 441

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> Otter块4

<400> 441

aatgaatagg tatttctggc tcggtcatca ttttccttct ctggggct 48

<210> 442

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> Otter块5

<400> 442

agatttatcc atatcattgc atgagcctgt cggtcttatt tgggtggt 48

<210> 443

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> Otter块6

<400> 443

aagtcccagc tccctacttt gtggggacta gaaccagttt ggctcttt 48