一种单细胞水平检测HIV整合位点及对应HIV-宿主基因组相互作用的方法

摘要

本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种单细胞水平检测HIV整合位点及对应HIV‑宿主基因组相互作用的方法，包括以下步骤：透化宿主细胞的细胞膜和细胞核膜，利用限制性内切酶将细胞内DNA进行片段化；使空间上邻近的DNA片段末端和T‑linker发生邻近连接；打断、提纯DNA，构建DNA文库，使用针对HIV LTR的特异性引物进行巢式PCR，获得巢式PCR产物，富集含有LTR的互作信息；通过带有N5序列的N5_REV_LTR2引物和N7短引物对巢式PCR产物进行扩增建库，测序并分析数据，解析细胞中整合位点信息，对应整合位点上HIV LTR与宿主基因组间发生的染色质相互作用信息。